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本期目录 Nature：沙门氏菌如何"操控"肠道真菌作为感染"帮凶"？ Nature：压力下的脑-肝"紧急对话"让血糖飙升，长期或促代谢紊乱 邵玥等Nature：构建人胃类器官，揭示早期胃发育中的区域模式形成 Science：单细胞转录组学技术，助力菌群研究（综述） Science：肠上皮细胞"拔河赛"——张力而非压力决定谁走谁留 王萌等Science：肠道向生殖系"寄送"组蛋白，把祖辈"饥饿"营养信号转化为后辈"长寿"表观记忆 Science：物理隔离+微生物"农药"，白蚁"农夫"双管齐下保护菌圃 Cell：分析百万年前猛犸象样本，揭示迄今最古老的动物菌群 Cell：IL-25锻造效应记忆ILC2，塑造肠道适应性改变，长期守护黏膜 Cell：长读长测序组装肠菌完整基因组，深度解析儿童营养不良 Cell：调控摄食行为的大脑“食欲旋钮” Cell：HIV感染如何损伤肠屏障？"饥饿"的T细胞"啃食"肠上皮 Cell：克罗恩病肠道纤维化，爬行脂肪为何是"源头"？ NEJM：低剂量阿司匹林，有效预防PI3K突变型大肠癌复发 NEJM：补钾提升至正常高值，减少心衰与致命心律失常 JAMA：幽门螺杆菌筛查未显著降低心梗后上消化道出血风险，但高危患者或受益 房静远/陈萦晅等Nature Reviews：一文读懂具核梭杆菌（综述） Nature Reviews：父母孕前孕期吃什么，经菌群对后代有重大影响（综述） Nature Reviews：从胃肠到脑健康，一文读懂肠道中的多巴胺信号（综述） Nature Reviews：胃肠癌治疗中的"以食为药"（观点） Nature子刊：AI精准风险分层赋能大肠癌围手术期管理，实现预后与成本双赢 卞修武/陈明亮等Cell子刊：生酮饮食促进肠菌生成丁酸，激活小胶质细胞抗脑瘤 邓成/陈亿/黄玉川/宋欢等：GPR15——吸烟加重克罗恩病却缓解溃疡性结肠炎的分子开关 Lancet子刊：无菌粪便滤液能否预防复发性艰难梭菌感染？ Cell子刊：门静脉富集的代谢物，或是肠道菌群"遥控"胰岛素抵抗的关键 于君/匡铭等Cell子刊：一种肠菌"搬家"到肝，打开促肝癌信号"开关" Nature子刊：菌群与黏膜免疫的终身对话（综述） 王硕等Nature子刊：探究肠道ILC"出身"，前体细胞的表观遗传"蓝图"已预设谱系命运 白岩等Nature子刊：气候变暖，为何吃糖增加？ 周平红/李全林/王烁等Nature子刊：零人工！精确标注肠镜图像的全自动AI 林欣等Cell子刊：肠道（而非皮肤）微生物是银屑病炎症关键因素 Cell子刊：皮肤上的金黄色葡萄球菌如何"遥控"肠道，加剧食物过敏？ 郑啸/郝海平/段丽萍/张学丽等：肠拟杆菌代谢物IAA，或是化疗腹泻的背后元凶 张发明/崔伯塔等GUT：疾病特异性有益菌+洗涤菌群移植，开拓菌群疗法新方向 肥胖损伤注意力？靶向肠道菌群或能改善 Nature子刊：多糖大战单糖！菊粉促益菌→小肠耗果糖→拯救脂肪肝 Nature子刊：含糖饮料如何成为肠癌转移帮凶？ 郑钜圣/潘雄飞/潘安/邱琇等Cell子刊：孕早期肠道菌群可预警早产 周宏伟/李悦/李壮等Cell子刊：肾病患者心不好，肠菌使坏益菌保 Cell子刊：脆弱拟杆菌蛋白酶Bfp1，激活宿主PAR2，诱发肠道疼痛和炎症 该篇日报由R·base创作生成，人工审核校对。 Nature：沙门氏菌如何"操控"肠道真菌作为感染"帮凶"？ Nature——[48.5] ① 研究对象与方法 ：本研究利用小鼠感染模型、体外共培养体系及多组学方法，解析肠道共生真菌（白色念珠菌）与病原菌（鼠伤寒沙门氏菌（STm））的跨界互作。② 核心发现 ：白色念珠菌定植显著提高STm在盲肠的定植与向脾肝播散；该过程中STm通过主动操控白色念珠菌代谢，诱导精氨酸生成，从而增强自身毒力并抑制宿主免疫，最终加剧全身性感染。③ 分子互作机制 ：STm通过1型菌毛黏附白色念珠菌，并经III型分泌系统（T3SS）将效应蛋白SopB转入真菌，激活其精氨酸生物合成并诱导毫摩尔级释放。④ 代谢物双重作用 ：白色念珠菌释放的精氨酸一方面上调STm毒力基因并增强对肠上皮的侵袭，另一方面抑制宿主早期炎症反应（如IL-17与Cxcl1下降），减少中性粒细胞浸润。⑤ 因果证据链条 ：缺失精氨酸合成的白色念珠菌突变株arg4Δ/Δ不再增强STm致病性，而外源补充精氨酸可模拟STm伴念珠菌时的致病增强与炎症抑制表型。⑥ 临床启示价值 ：研究将白色念珠菌定植界定为STm播散风险因素，并将精氨酸确立为介导这种真菌-细菌-宿主三方互作的关键代谢物，提示抗真菌疗法可能为防治细菌感染提供新策略。 【原文信息】 Commensal yeast promotes Salmonella Typhimurium virulence 2025-09-03 , doi: 10.1038/s41586-025-09415-y Nature：压力下的脑-肝"紧急对话"让血糖飙升，长期或促代谢紊乱 Nature——[48.5] ① 研究对象与方法 ：本研究在小鼠中结合病毒示踪、空间转录组学、光遗传与化学遗传学等手段，系统解析急性应激触发的血糖调控环路。② 核心发现与机制 ：急性应激通过一条杏仁核-肝脏轴快速升高血糖，此过程独立于经典的肾上腺和胰腺激素，揭示了全新的血糖调控通路。③ 应激激活神经通路 ：应激优先激活内侧杏仁核（MeA）投射到腹内侧下丘脑（VMH）的神经元，进而经交感神经的多突触通路调控肝脏，促进肝脏迅速动员葡萄糖以应对应激。④ 功能实验验证 ：对MeA→VMH环路的光/化学遗传激活，可上调肝脏葡萄糖-6-磷酸酶等基因表达，快速促进肝脏糖异生，迅速为机体“战逃反应”等防御行为提供能量。⑤ 反复应激损害稳态 ：反复或间隔应激使MeA及MeA→VMH轴的活动逐步钝化，损害机体在应激下的血糖调控能力。⑥ 通路失调致代谢紊乱 ：长期性的MeA→VMH通路功能缺陷导致小鼠在标准饮食下体重增加，在高脂饮食下加剧高血糖与糖耐受不良，揭示了慢性应激诱发2型糖尿病的潜在神经机制。 【原文信息】 Amygdala–liver signalling orchestrates glycaemic responses to stress 2025-09-03 , doi: 10.1038/s41586-025-09420-1 邵玥等Nature：构建人胃类器官，揭示早期胃发育中的区域模式形成 Nature——[48.5] ① 研究设计 ：人多能干细胞（hPS）经多胚层共发育策略构建胃类器官gastroids，再现早期胃底（fundus）-幽门窦（antrum）轴向模式。② 核心发现 ：神经来源的非内胚层组织形成WNT旁分泌中枢，邻近胃底区域调控区域分化；缺失该组织或阻断WNT信号将导致胃底分化缺陷而幽门窦特征占优。③ 结构特征 ：gastroids具自组织的双极PDX1/SOX2分子分布，包含上皮、神经和间质细胞，单细胞RNA测序显示其细胞类型与人胎胃高度匹配。④ 信号证据 ：神经组织特异性表达WNT2B，邻近上皮的WNT响应（TopFlash报告系统）增强，且WNT通路对胃底细胞调控强于幽门窦细胞。⑤ 关键因子 ：转录因子NR2F2在胃底上皮富集，其基因敲降导致胃底分化受阻，PDX1+幽门窦域异常扩展。⑥ 验证与价值 ：微手术去除内细胞团或使用WNT分泌缺陷的神经球组装体均消除区域化，证明该模型可精准模拟人胃发育机制。 【原文信息】 Human gastroids to model regional patterning in early stomach development 2025-09-10 , doi: 10.1038/s41586-025-09508-8 Science：单细胞转录组学技术，助力菌群研究（综述） Science——[45.8] ① 核心话题 ：单细胞转录组学技术突破了传统微生物组研究的局限，通过在单个细胞水平上解析基因表达，揭示了微生物群落内部隐藏的功能异质性、动态互作及移动遗传元件（MGEs）的活动规律。② 关键技术与挑战 ：该领域依赖单细胞RNA测序（scRNA-seq）和荧光原位杂交（FISH）等方法，并结合液滴微流控与组合条形码技术；当前主要挑战在于如何高效处理细胞壁、提高极低的单细胞mRNA捕获率以及应对数据稀疏性。③ 解析群落功能分工 ：该技术能够精准剖析生物膜等多细胞结构内的劳动分工，区分不同物种或同种内不同细胞亚群在代谢、基质生产和运动等功能上的特化，并揭示了群落水平的功能冗余现象。④ 洞察胁迫与遗传交流 ：在单细胞层面，可追踪微生物对环境胁迫（如抗生素）产生的异质性响应，如持久性细胞的形成和孢子激活；同时，还能确定MGEs的宿主范围及其对宿主细胞生理状态的影响。⑤ 未来发展方向 ：未来需建立标准化的样本处理与生物信息学分析流程，并与基因组测序等多组学技术融合，从而在系统层面深入理解微生物在复杂生态系统（尤其是宿主体内）中的功能、适应与进化。 【原文信息】 Dissecting microbial communities with single-cell transcriptome analysis 2025-09-04 , doi: 10.1126/science.adp6252 Science：肠上皮细胞"拔河赛"——张力而非压力决定谁走谁留 Science——[45.8] ① 研究模型与方法 ：采用小鼠肠道类器官模型，结合长时程活细胞成像、光遗传学精准调控肌球蛋白II活性及激光消融等技术，探究肠上皮细胞挤出的力学调控新机制。② 颠覆传统认知 ：研究发现肠上皮细胞挤出并非由传统认为的细胞增殖和拥挤压力驱动，而是由贯穿绒毛的组织张力主导，细胞间通过“拔河”式的力学竞争决定其去留。③ 张力产生与竞争 ：张力源于细胞基底面动态收缩的肌动蛋白-肌球蛋白网络；在细胞竞争中，收缩力更强（更能“拉”）的细胞会驱动其邻近的、收缩力较弱的细胞被优先挤出。④ 挤出触发机制 ：无论是基因手段削弱细胞收缩力，还是通过激光消融瞬时破坏细胞基底皮层，只要细胞产生张力的能力突然丧失，就会迅速触发其被周围细胞“拔”出。⑤ 组织协同调控 ：细胞挤出是一个协同过程，不仅挤出细胞自身肌球蛋白II水平上调，其邻近细胞的肌球蛋白II活性也会增强，共同完成对目标细胞的清除并维护上皮屏障。⑥ 疾病病理新解 ：在先天性簇状肠病（CTE）模型中，上皮细胞黏附分子（Epcam）基因缺失导致肌球蛋白II过度激活和组织张力异常，进而加剧了力学竞争，使收缩力相对正常的野生型细胞被超生理性地大量清除。⑦ 重塑稳态观念 ：该研究将肠道稳态重塑为一个主动的力学调控过程，提出“机械稳态”概念，即组织通过主动清除力学弱点来维持完整性，并启示靶向力学信号通路可能成为治疗肠道屏障疾病的新策略。 【原文信息】 Epithelial tension controls intestinal cell extrusion 2025-09-04 , doi: 10.1126/science.adr8753 王萌等Science：肠道向生殖系"寄送"组蛋白，把祖辈"饥饿"营养信号转化为后辈"长寿"表观记忆 Science——[45.8] ① 研究对象与方法 ：本研究以秀丽隐杆线虫为模型，通过遗传杂交与染色质分析等方法，探究肠道中的溶酶体代谢信号如何通过表观遗传调控跨代长寿。② 核心发现 ：激活肠道溶酶体代谢通路可增加组蛋白变体H3.3的表达，其在被运输至生殖系后受到关键的H3K79甲基化修饰，从而将长寿效应稳定地传递给后代。③ 上游信号通路 ：激活溶酶体脂解（如LIPL-4酶活化）、激活溶酶体AMPK或抑制溶酶体mTORC1信号，均可上调肠道中组蛋白H3.3变体his-71的转录水平。④ 跨代运输机制 ：肠道中合成的组蛋白HIS-71经卵黄生成素/受体RME-2通路被运输至生殖细胞（卵母细胞）中，阻断该环节则长寿效应无法跨代遗传。⑤ 关键甲基化修饰 ：进入生殖系的HIS-71由生殖系特异性的甲基转移酶DOT-1.3催化，在其K79位点发生甲基化（H3K79me2/me3）；肠或生殖系过表达his-71或者过表达DOT-1.3可重现跨代长寿，而HIS-71(K79A)突变（K79位点不可甲基化）、H3.3缺失或dot-1.3突变会削弱/消除该效应，证实该甲基化修饰对于长寿代际传递至关重要。⑥ 生理学意义 ：该机制同样介导饥饿诱导的长寿效应，揭示了亲代的营养信号可以通过肠-生殖轴，将获得的生存优势以表观遗传的方式传递给子代。 【原文信息】 Lysosomes signal through the epigenome to regulate longevity across generations 2025-09-25 , doi: 10.1126/science.adn8754 Science：物理隔离+微生物"农药"，白蚁"农夫"双管齐下保护菌圃 Science——[45.8] ① 研究对象与方法 ：本研究以“种植”共生真菌（Termitomyces）的白蚁（Odontotermes obesus）为对象，通过设计不同感染程度的受控实验，观察并分析其抑制真菌“杂草”（Pseudoxylaria）的一系列防御行为及策略。② 核心发现 ：白蚁整合了特定的防御行为与携带抑菌微生物的土壤块，能够精准地抑制真菌“杂草”扩散，同时不影响其共生真菌“作物”的生长。③ 分级行为策略 ：白蚁根据杂草感染的严重程度采取不同对策，对初期的局部感染，会通过移除、封装和清洁等复合行为高效清除；而对于大面积感染，则采用完全封装的方式进行有效隔离。④ 土壤块的抑菌作用 ：白蚁用于封装的土壤块富含抑菌微生物，其实验室提取物能显著抑制杂草和共生真菌的生长，而单纯使用无菌土壤进行物理覆盖则无法阻止杂草蔓延。⑤ 抑菌活性主要来源 ：土壤块的抑菌活性主要源于细菌（如Burkholderia、Serratia等）而非真菌群落，并且白蚁只在杂草感染区域策略性地使用这些土壤块，从而避免对健康的真菌作物造成伤害。⑥ 综合性防御体系 ：白蚁的这套策略结合了物理行为（机械控制）与微生物（生物控制），构成了一种高效的“综合虫害管理”体系，旨在控制而非根除杂草，以维持其农业生态系统的稳定。 【原文信息】 Fungus-farming termites can protect their crop by confining weeds with fungistatic soil boluses 2025-09-25 , doi: 10.1126/science.adr2713 Cell：分析百万年前猛犸象样本，揭示迄今最古老的动物菌群 Cell——[42.5] ① 研究对象与方法 ：基于时间跨度逾百万年的483份猛犸象遗骸，采用宏基因组筛查、污染过滤、损伤模式与系统发育推断，并在微生物的古DNA（aDNA）鉴定中采用严格质控与评分流程，解析不同组织中的宿主相关微生物信号。② 核心发现 ：共识别310个古微生物候选，尽管多数微生物为环境来源或死后定植，研究仍鉴定出六个长期与猛犸象共存的宿主相关微生物进化枝，涵盖放线杆菌属、巴斯德氏菌属、链球菌属和丹毒丝菌属，它们在广阔的地理和时间范围内持续存在。③ 最古老宿主相关微生物基因组 ：从一具约110万年前的草原猛犸象遗骸中，成功重建了丹毒丝菌属的部分基因组，是迄今最古老的、有确凿证据的宿主相关微生物基因组。④ 致病潜力线索 ：部分谱系携带推定毒力因子，与现代动物病原体关联密切，例如发现了与非洲象死亡相关的巴斯德氏菌属细菌的近缘菌，以及与马龋齿相关的Streptococcus devriesei的相似种。⑤ 古微生物组学研究潜力 ：虽然多数样本经尿嘧啶-DNA糖基化酶（UDG）处理限制了aDNA损伤信号的验证，但本研究证实了从古代动物遗骸中解析宿主相关微生物组的可行性，为理解史前巨型动物的微生物组演化、健康与疾病提供了新视角。 【原文信息】 Ancient host-associated microbes obtained from mammoth remains 2025-09-02 , doi: 10.1016/j.cell.2025.08.003 Cell：IL-25锻造效应记忆ILC2，塑造肠道适应性改变，长期守护黏膜 Cell——[42.5] ① 研究模型与方法 ：通过IL-25反复给药诱导小鼠形成长期小肠适应，结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）与转座酶可及染色质测序（ATAC-seq）等技术解析细胞与分子变化。② 核心机制发现 ：IL-25可在小肠中诱导生成具有效应记忆特征的2型固有淋巴细胞（ILC2s），这些效应记忆ILC2s可驱动并维持持久的肠上皮重塑，并赋予广谱黏膜免疫保护。③ 适应性长期维持 ：IL-25诱导的小肠黏膜适应性改变（肠道增长、杯状细胞和簇状细胞扩增、黏液层强化等）可持续数月，该效应由IL-25诱导的效应记忆ILC2s建立和维持，而非依赖于肠道干细胞重编程。④ 效应记忆ILC2s特征 ：这些ILC2s经由表观遗传与转录重编程，呈现独特的分子特征，可持续产生IL-13和IL-5，其激活状态的维持不依赖于警报素，而是一种内在状态；而且，这些ILC2s的活化和扩增没有增加食物过敏易感性。⑤ 跨组织防御 ：这些ILC2在肠道中诱导后，可在肺和脂肪等远端组织积累，构建分布式黏膜防线，增强机体对肠道细菌（如沙门菌）和呼吸道病毒（如SARS-CoV-2）的抵抗力，并伴随体脂降低与代谢改善。⑥ 生理相关性验证 ：自然蠕虫感染也能诱导产生功能和转录特征相似的ILC2s亚群，证实了这种记忆样固有免疫在生理性宿主防御中的存在。 【原文信息】 IL-25-induced memory type 2 innate lymphoid cells enforce mucosal immunity 2025-09-05 , doi: 10.1016/j.cell.2025.08.017 Cell：长读长测序组装肠菌完整基因组，深度解析儿童营养不良 Cell——[42.5] ① 研究设计与数据 ：本研究对马拉维幼儿进行为期11个月的纵向粪便宏基因组分析，系统比较了长读长测序PacBio（PB）、Oxford Nanopore（ONT）与短读长Illumina（ILMN）技术在恢复完整宏基因组组装基因组（cMAGs）方面的效能，共获得986个cMAGs，其中839个为环状、74个为潜在新物种。② 技术平台比较 ：研究证实长读长测序生成完整基因组的效率远超短读长，其cMAGs产出率高出44至64倍，其中PB平台在组装准确性、完整度和成本效益上综合表现最佳。③ 核心关联发现 ：儿童线性生长迟缓与“常驻”肠道微生物随时间的基因组不稳定性直接相关，即生长改善儿童的微生物基因组更稳定，而生长迟滞儿童的微生物基因组更不稳定（平均核苷酸一致性（ANI）随时间的下降幅度更大）。④ 关键菌属与基因 ：泛基因组与微生物全基因组关联研究（mGWAS）识别出多个与生长相关的菌属，其中双歧杆菌属、巨球菌属、粪杆菌属和普雷沃菌属的特定基因变异与儿童年龄别身长Z评分（LAZ）改善或母乳喂养状态显著关联；发现89个与良好生长相关基因，其中包括脂多糖修饰相关的arnC。⑤ 病毒整合线索 ：粪杆菌属中噬菌体整合事件在LAZ上升的儿童中更频繁，提示病毒-细菌相互作用及菌株进化可能参与生长差异。⑥ 数据库与应用 ：把本研究产生的986个cMAGs引入到公共数据库GTDB后，能显著提升物种分类与下游分析分辨率，为微生物组研究提供了高质量参考。 【原文信息】 Culture-independent meta-pangenomics enabled by long-read metagenomics reveals associations with pediatric undernutrition 2025-09-09 , doi: 10.1016/j.cell.2025.08.020 Cell：调控摄食行为的大脑“食欲旋钮” Cell——[42.5] ① 研究对象与方法 ： 论文以小鼠为模型，采用单细胞RNA测序、光遗传学及光纤钙成像技术，解析终纹床核（BNST）调控摄食行为的神经机制。② 核心发现 ： BNST是整合内外信号的中枢枢纽，通过接收杏仁核Pdyn神经元的甜味信号与下丘脑AGRP神经元的饥饿信号，统一控制对甜味、盐等刺激的摄食行为。③ 甜味-摄食环路 ： 杏仁核中央核（CEA）的Pdyn神经元特异性响应甜味，其投射至BNST的激活可驱动饮水转化为摄食行为，且需实际摄入而非单纯奖赏驱动。④ 内部状态调控 ： 饥饿通过激活AGRP-BNST通路增强甜味响应，使甜味摄入量增加3-4倍；盐缺乏则提升BNST对高浓度盐的敏感性，单细胞成像显示其编码刺激类型与状态。⑤ 双向调控与临床价值 ： 直接激活BNST可引发对甜/咸/苦味物质的非选择性摄食，而抑制BNST全面阻断摄食行为，该机制为恶病质和肥胖症治疗提供新靶点，GLP1R激动剂司美格鲁肽通过调控BNST PKCδ神经元抑制摄食。 【原文信息】 A brain center that controls consummatory responses 2025-09-10 , doi: 10.1016/j.cell.2025.08.021 Cell：HIV感染如何损伤肠屏障？"饥饿"的T细胞"啃食"肠上皮 Cell——[42.5] ① 研究方法与对象 ：通过分析接受抗逆转录病毒治疗的HIV感染者（PWH）结肠的活检样本和衍生类器官模型，结合小鼠实验，探究PWH肠道CD8+ T细胞的免疫代谢特征及其与肠屏障损伤的关联。② 核心发现 ：PWH结肠组织驻留记忆CD8+ T细胞中，关键脂质感应核受体PPARγ表达显著下调，这些具有代谢缺陷的T细胞诱导肠上皮细胞凋亡，破坏肠道屏障。③ 关键代谢缺陷 ：PPARγ表达降低导致CD8+ T细胞内脂滴耗竭、脂肪酸氧化功能受损，使细胞无法有效利用内源性脂质。④ 细胞接触依赖性损伤 ：能量代谢受限的CD8+ T细胞通过直接接触的方式，从邻近的肠上皮细胞“掠夺”脂质，导致上皮细胞膜损伤和凋亡。⑤ 体内验证 ：CD8+ T细胞特异性敲除PPAR的小鼠模型复现了肠上皮细胞凋亡和肠道屏障功能受损的现象，证实PPAR信号通路在维持肠道免疫-上皮稳态中的核心作用。⑥ 潜在治疗策略 ：使用PPARγ激动剂（如罗格列酮）可恢复CD8+ T细胞脂质稳态，减少其对上皮细胞的接触性杀伤，为干预HIV相关肠道损伤提供了新靶点。 【原文信息】 Immunometabolic defects of CD8+ T cells disrupt gut barrier integrity in people with HIV 2025-09-11 , doi: 10.1016/j.cell.2025.08.024 Cell：克罗恩病肠道纤维化，爬行脂肪为何是"源头"？ Cell——[42.5] ① 研究设计与方法 ：本研究构建了人类克罗恩病（CD）成纤维细胞图谱，并通过整合单细胞测序、空间转录组学与细胞外基质（ECM）超微结构分析，结合可模拟爬行脂肪（CF）和肠道纤维化的小鼠模型，系统探究了CF在肠道纤维化中的作用。② 核心发现 ：来源于CF的CTHRC1+机械敏感成纤维细胞，通过YAP/TAZ信号通路驱动了CD中的肠道纤维化进程，这些细胞在CF与肠壁的交界处富集，并迁移至狭窄部位沉积ECM，而靶向抑制YAP/TAZ信号可显著减轻纤维化程度。③ 关键细胞定位 ：CTHRC1+成纤维细胞高度富集于CF与肠壁的交界区域，其YAP/TAZ信号激活水平随远离肠壁、深入CF而增强，表明机械应力是其远端激活的关键因素，同时该交界区域形成了由纤维化ECM、炎症细胞及血管相关细胞组成的独特微环境。④ 动物模型验证 ：在小鼠模型中，施加机械牵张能促进CF来源成纤维细胞中YAP的核内积聚与ECM的分泌，而敲除YAP/TAZ可有效减少CF的包裹范围和肠壁纤维化；移植实验进一步证实，CF来源成纤维细胞的迁移能力依赖于YAP/TAZ信号。⑤ 未来临床启示 ：研究揭示CF是驱动纤维化的活性成纤维细胞来源，而不仅是疾病标志物，提示未来的抗纤维化策略需同时靶向肠道与CF；靶向YAP/TAZ通路或通过手术更彻底地切除CF，可能成为预防CD肠道狭窄及其术后复发的新方向。 【原文信息】 Creeping fat-derived mechanosensitive fibroblasts drive intestinal fibrosis in Crohn’s disease strictures 2025-09-17 , doi: 10.1016/j.cell.2025.08.029 NEJM：低剂量阿司匹林，有效预防PI3K突变型大肠癌复发 New England Journal of Medicine——[78.5] ① 研究设计与方法 ：一项双盲随机对照试验，纳入携带PI3K通路基因突变的局部结直肠癌患者，评估每日服用160mg阿司匹林对比安慰剂干预3年的效果，以癌症复发为主要终点。② 核心发现 ：对于PIK3CA热点突变（A组）的患者，阿司匹林显著降低了3年复发风险比（HR）至0.49（复发率 7.7% vs 14.1%）；在携带其他PI3K通路基因突变（B组）的患者中，也观察到了相似甚至更强的保护效果（HR 0.42，复发率 7.7% vs 16.8%）。③ 改善无病生存 ：阿司匹林同样提升了患者的无病生存率，这一获益在B组中达到了统计学显著性（89.1% vs 78.7%，HR 0.51），而在A组中也显示出积极的改善趋势，但未达到统计学显著性（88.5% vs 81.4%，HR 0.61）。④ 特定亚组获益 ：亚组分析显示，阿司匹林的保护作用在部分人群中更为突出，例如，女性、直肠癌及接受辅助治疗的患者似乎获益更明显。⑤ 总体安全性可控 ：与安慰剂组（11.6%）相比，阿司匹林组的严重不良事件发生率略高（16.8%），但总体安全可控，且风险特征与低剂量阿司匹林的已知情况基本一致，未发现意外的安全信号。 【原文信息】 Low-Dose Aspirin for PI3K-Altered Localized Colorectal Cancer 2025-09-18 , doi: 10.1056/NEJMoa2504650 NEJM：补钾提升至正常高值，减少心衰与致命心律失常 New England Journal of Medicine——[78.5] ① 研究对象与设计 ：丹麦多中心、开放标签、事件驱动的随机优效性试验，纳入1200名植入式心脏复律除颤器（ICD）且基线血钾≤4.3 mmol/L的患者，干预通过补钾、盐皮质激素受体拮抗剂（MRA）与饮食指导将血钾提升至4.5–5.0 mmol/L。② 核心主要发现 ：中位随访39.6个月，干预显著降低主要复合终点（室性心动过速（VT）/适当ICD治疗、因心律失常或心力衰竭（HF）住院、全因死亡）风险（22.7% vs 29.2%，风险比（HR）0.76，P=0.01）。③ 关键终点拆解 ：效益主要由VT/适当ICD治疗减少（HR 0.75）及心律失常住院下降（HR 0.63）驱动，全因死亡无统计学差异（HR 0.85）。④ 亚组与一致性 ：各预设亚组效应一致，且保护作用不依赖血钾是否达标，提示避免低正常或低钾状态可能是关键。⑤ 安全性与代价 ：干预使血肌酐轻度升高，但未增加因高钾血症、低钾血症或肾衰竭住院风险；电解质相关住院发生率两组相近。 【原文信息】 Increasing the Potassium Level in Patients at High Risk for Ventricular Arrhythmias 2025-08-29 , doi: 10.1056/NEJMoa2509542 JAMA：幽门螺杆菌筛查未显著降低心梗后上消化道出血风险，但高危患者或受益 JAMA——[55] ① 研究背景与设计 ：为探究心梗后高出血风险问题，一项全国性群组随机交叉试验纳入18466名急性心肌梗死（AMI）患者，评估住院期常规幽门螺杆菌筛查与常规护理对上消化道出血的影响，中位随访1.9年。② 核心发现 ：常规筛查并未显著降低上消化道出血的主要终点风险（率比0.90，95%置信区间0.77-1.05，P=0.18）。③ 高危亚组获益 ：预设亚组分析显示，筛查显著降低了中重度贫血（率比0.44）及肾功能不全（率比0.75）等高危患者的出血风险，提示特定人群可能受益。④ 质子泵抑制剂影响 ：出院时近半数患者使用质子泵抑制剂（PPI），这可能削弱了筛查的额外益处，按出院PPI使用进行事后分层显示，筛查的保护作用在未用PPI者中更明显。⑤ 筛查干预依从性 ：在筛查组中，70%的患者接受了检测，其中23.6%为阳性，阳性患者中96.6%接受了根除治疗，反映了真实世界的实施情况。⑥ 结论与建议 ：研究不支持对所有AMI患者进行常规筛查，但提示对合并贫血或肾功能不全等特定高危人群或可采取风险分层筛查策略。 【原文信息】 Helicobacter pylori Screening After Acute Myocardial Infarction: The Cluster Randomized Crossover HELP-MI SWEDEHEART Trial 2025-09-01 , doi: 10.1001/jama.2025.15047 房静远/陈萦晅等Nature Reviews：一文读懂具核梭杆菌（综述） Nature Reviews Microbiology——[103.3] ① 核心话题和观点 ：具核梭杆菌是一种致病共生菌，通过多样的生态适应性和致病机制驱动局部及全身性疾病，尤其是癌症。② 生态适应性 ：具核梭杆菌通过FadA、Fap2、RadD等关键粘附素和生物膜在口腔、肠道及肿瘤等多微环境定植，并利用代谢灵活性在菌群失衡时转变为病原体。③ 疾病关联性 ：该菌与牙周病、炎症性肠病（IBD）、多种癌症（尤其是结直肠癌CRC）、不良妊娠结局及心血管疾病密切相关，其在CRC中的高丰度预示着疾病进展和不良预后。④ 多元致癌机制 ：其粘附素激活Wnt、NF-κB等癌性通路，代谢物重塑肿瘤微环境，外膜囊泡（OMVs）递送毒力因子；同时通过抑制T细胞及NK细胞功能实现免疫逃逸，并诱导化疗抵抗。⑤ 临床转化潜力 ：该菌可作为CRC的非侵入性诊断生物标志物，而靶向它的抗生素、噬菌体疗法、疫苗和益生菌干预等策略展现出临床应用前景。⑥ 其他同属病原 ：坏死梭杆菌（引发勒米埃尔综合征）、牙周梭杆菌（关联口腔癌）等其他梭杆菌属物种也表现出独特致病性，但机制尚待深入研究。⑦ 未来研究方向 ：未来的研究重点在于阐明菌株特异性、多微生物互作机制，并开发能精准靶向病原体而不破坏微生物群稳态的新型疗法。 【原文信息】 Fusobacterium nucleatum: ecology, pathogenesis and clinical implications 2025-09-22 , doi: 10.1038/s41579-025-01237-z Nature Reviews：父母孕前孕期吃什么，经菌群对后代有重大影响（综述） Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology——[51] ① 核心观点与框架 ：综述认为父母孕前与孕期饮食重塑肠道微生物组，经“肠-新生儿轴”“肠-生殖轴”诱发代谢物驱动的表观遗传重编程，长期影响后代心血管代谢与免疫健康。② 母体代谢物跨胎盘 ：短链脂肪酸（SCFAs）可抑制组蛋白去乙酰化酶（HDACs）并入胎儿循环；胆碱等甲基供体经一碳代谢调控DNA甲基化，共同塑造新生儿表观遗传。③ 饮食模式与效应 ：高脂低纤维或失衡蛋白摄入改变后代菌群与表观遗传标记，关联肥胖、糖代谢异常、炎症与血压升高；高纤维摄入提升SCFAs，改善屏障与免疫。④ 父系贡献机制 ：父体饮食与微生物组可经“肠-生殖轴”改变精子非编码RNA——微小RNA（miRNA）与PIWI相互作用小RNA（piRNA），关联后代代谢与行为表型。⑤ 证据与转化前景 ：现有研究多为动物证据，需高质量人群与个体化营养干预验证，并评估直接补充关键代谢物或靶向表观遗传的预防策略。 【原文信息】 Parental diet and offspring health: a role for the gut microbiome via epigenetics 2025-09-03 , doi: 10.1038/s41575-025-01106-3 Nature Reviews：从胃肠到脑健康，一文读懂肠道中的多巴胺信号（综述） Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology——[51] ① 肠道多巴胺的核心作用 ：肠道多巴胺信号在调控胃肠动力、维持黏膜完整性和塑造微生物群中起核心作用，其功能异常与帕金森病等神经退行性疾病的“肠道优先”假说密切相关。② 产生分布与受体功能 ：人体内相当一部分多巴胺在胃肠道产生，主要来源是胃壁细胞，神经元、免疫细胞及肠道菌群亦可合成，并通过五种多巴胺受体（D₁-D₅）介导多样化效应，如D₂受体可延迟胃排空并增强直肠运动。③ 调节消化与黏膜保护 ：多巴胺通过减少胃酸分泌、增加黏膜血流及促进黏液分泌来保护黏膜；D₂受体激活可刺激十二指肠碳酸氢盐分泌，增强肠道屏障功能。④ 抑制肿瘤与调控代谢 ：D₂受体通过抑制血管内皮生长因子（VEGF）信号来抑制肿瘤血管生成；长期多巴胺信号可改善胰岛素敏感性，但短期可能抑制胰岛素分泌。⑤ 肠-脑轴与神经退行关联 ：肠道多巴胺系统紊乱可能先于中枢病变，支持α-突触核蛋白沿迷走神经向脑部扩散的理论，提示肠道是帕金森病早期病理起源的关键部位。⑥ 微生物与免疫互作 ：肠道菌群可合成多巴胺并激活宿主D₂/D₅受体，D₅受体调控巨噬细胞极化以增强抗病原体防御，菌群代谢产物如苯乙胺可跨血脑屏障影响中枢功能。 【原文信息】 Dopaminergic signalling in gastrointestinal health and disease 2025-09-09 , doi: 10.1038/s41575-025-01112-5 Nature Reviews：胃肠癌治疗中的"以食为药"（观点） Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology——[51] ① 核心观点 ：饮食影响消化道癌症风险与生存。饮食通过调节癌症风险和生存质量，为改善患者治疗结局和生活质量提供机会，尤其针对结直肠癌（CRC）和肝癌等近年发病率上升的早期发病型癌症。② 风险因素与机制 ：红肉、酒精增加CRC风险，而全谷物、植物性饮食可降低风险；红肉摄入引发烷基化突变，可诱导KRAS等致癌基因突变，加剧肿瘤进展。③ 生存期关联研究 ：高植物性饮食指数与转移性CRC患者总生存率提高相关（HR 0.76），而高胰岛素饮食使CRC特异性死亡风险升高66%（HR 1.66），咖啡和全谷物摄入与全因死亡率降低相关。④ 微生物群作用 ：富含纤维的饮食通过改善肠道微生物多样性（如α-多样性）促进短链脂肪酸生成，提升CRC患者无病生存率，尤其在直肠癌患者中效果显著（HR 0.40）。⑤ 干预试验结果 ：个性化营养干预改善CRC幸存者生活质量，如全球健康状态提升30%，疲劳评分降低80%，6.5年随访显示生存期延长至7.3年。⑥ 未来研究方向 ：需开展更多随机对照试验，整合饮食、微生物组和基因组数据，探索精准营养策略，解决干预试验中肿瘤异质性、治疗副作用等挑战。 【原文信息】 Food as medicine in gastrointestinal cancer therapy 2025-09-18 , doi: 10.1038/s41575-025-01117-0 Nature子刊：AI精准风险分层赋能大肠癌围手术期管理，实现预后与成本双赢 Nature Medicine——[50] ① 研究设计与方法 ：本研究基于丹麦全国注册库及单中心临床数据，开发并验证了一款人工智能（AI）预测模型，并根据风险分层匹配干预强度，指导对结直肠癌手术患者进行个性化的围手术期治疗。② 核心发现 ：AI辅助的个性化治疗组患者术后严重并发症（综合并发症指数>20）的发生率显著低于标准治疗组（19.1% vs 28.0%，OR=0.63），且更具成本效益。③ 模型开发与验证 ：该模型基于超1.8万例患者数据开发，在外部验证中对1年死亡率的预测表现良好（AUC 0.79）。④ 临床效果 ：个性化治疗组的医疗并发症发生率也显著低于标准治疗组（23.7% vs 37.3%，OR=0.53），且术后90天内再入院率降低34%。⑤ 成本效益 ：AI辅助治疗节省每位患者约2,848美元，同时提升质量调整生命年（QALY），被评估为短期最具成本效益策略。⑥ 研究意义 ：研究通过风险分层实现了干预强度的精准匹配，成功展示了AI预测模型从开发到临床应用的完整路径，为可扩展的精准外科决策支持提供了重要范例。 【原文信息】 Clinical implementation of an AI-based prediction model for decision support for patients undergoing colorectal cancer surgery 2025-09-18 , doi: 10.1038/s41591-025-03942-x 卞修武/陈明亮等Cell子刊：生酮饮食促进肠菌生成丁酸，激活小胶质细胞抗脑瘤 Cancer Cell——[44.5] ① 研究对象与方法 ：本研究以胶质瘤患者及多种小鼠模型为对象，综合运用了肠道菌群与代谢组学、单核RNA测序等方法进行深入探究。② 核心发现 ：生酮饮食（KD）可通过重塑肠道菌群促进丁酸的生成，进而激活小胶质细胞中的Caspase-3（CASP3），最终抑制胶质瘤的进展。③ 患者关键特征 ：胶质瘤患者粪便与血清BA降低，产丁酸细菌（尤其是粪罗斯氏菌）丰度下降，且该菌丰度与患者生存期正相关。④ 丁酸抑制肿瘤 ：丁酸是肠道菌群产生的关键抑癌代谢物，它通过在小胶质细胞中恢复CASP3活性，诱导其抗肿瘤的免疫表型。⑤ 生酮饮食机制 ：KD通过上调黏蛋白-2（MUC2）的肠道表达，特异性地富集嗜黏蛋白阿克曼氏菌（Akk菌），该菌降解黏蛋白产生乙酸，为其他产丁酸菌（如粪罗斯氏菌）生成丁酸提供底物。⑥ 因果依赖性验证 ：抗生素处理（ABX）或无菌（GF）状态、敲低MUC2、特异性耗竭小胶质细胞、在小胶质细胞中敲除CASP3，均削弱甚至消除KD的抗胶质瘤效果；而补充丁酸、Akk菌和/或粪罗斯氏菌可在ABX和GF小鼠中恢复KD诱导的小胶质细胞CASP3表达和抗肿瘤表型。⑦ 饮食优化策略 ：研究提示，在经典KD中添加可发酵纤维（如菊粉）可协同提升MUC2和丁酸水平并富集Akk菌和粪罗斯氏菌，增强抗胶质瘤功效。 【原文信息】 Ketogenic diet inhibits glioma progression by promoting gut microbiota-derived butyrate production 2025-09-25 , doi: 10.1016/j.ccell.2025.09.002 邓成/陈亿/黄玉川/宋欢等：GPR15——吸烟加重克罗恩病却缓解溃疡性结肠炎的分子开关 Signal Transduction and Targeted Therapy——[52.7] ① 研究设计与方法 ：本研究整合人类流行病学数据与化学诱导的克罗恩病（CD）和溃疡性结肠炎（UC）小鼠模型，系统探究了吸烟对两种炎症性肠病（IBD）产生差异性影响的分子机制。② 核心发现 ：G蛋白偶联受-体15（GPR15）是介导吸烟双向调节作用的关键分子开关，它在CD的恶化中扮演促炎角色，却在UC的缓解中发挥保护性作用。③ 流行病学证据 ：英国生物样本库数据显示，当前吸烟会增加CD风险（风险比1.37），但对UC有保护作用（风险比0.76）。④ CD致病机制 ：在CD小鼠模型中，吸烟通过上调结肠组织中的GPR15表达，驱动辅助性T细胞17（Th17）分化与增殖，进而加剧肠道炎症损伤。⑤ UC保护机制 ：在UC小鼠模型中，吸烟同样上调GPR15，却驱动了调节性T细胞（Treg）群体的扩张，进而抑制炎症并缓解病情。⑥ 基因敲除效应 ：在吸烟环境下，Gpr15基因的缺失逆转了吸烟的作用，表现为CD模型的炎症得到改善，而UC模型则因失去了保护效应、病情加剧。⑦ 转基因模型验证 ：过表达人源GPR15的转基因小鼠在吸烟时，表现出与Gpr15基因敲除小鼠相反的表型，进一步证实了GPR15的核心功能。 【原文信息】 GPR15 differentially regulates the effects of cigarette smoke exposure on Crohn's disease and ulcerative colitis 2025-09-17 , doi: 10.1038/s41392-025-02384-8 Lancet子刊：无菌粪便滤液能否预防复发性艰难梭菌感染？ Lancet Gastroenterology & Hepatology——[38.6] ① 研究设计方法 ：一项多中心随机双盲非劣效性试验，旨在比较口服冷冻干燥无菌粪便滤液（LSFF）与冷冻干燥供体粪便（LFMT）在预防成人复发性艰难梭菌感染（rCDI）方面的功效。② 核心发现 ：结果未能证实LSFF的非劣效性，反而证明LFMT在预防艰难梭菌感染复发方面效果显著更优，凸显了活微生物在粪菌移植疗法中不可或缺的关键作用。③ 关键疗效数据 ：在8周时，LFMT组的无复发率为88%，显著高于LSFF组的65%；由于疗效差异巨大，该研究因无效性而被提前终止。④ 治疗安全性 ：两种治疗方案的整体耐受性良好，严重不良事件罕见，仅一例可能与干预措施相关；最常见的不良反应为腹部不适，但两组间无统计学差异。⑤ 微生物组变化 ：LFMT能更有效地将患者的肠道菌群结构推向健康供体状态，并恢复因感染而耗竭的关键共生菌群（如毛螺菌科和瘤胃球菌科），而LSFF组的恢复效果则不完全或缺失。⑥ 患者生活质量 ：尽管主要疗效存在差异，但在治疗24周后，两组患者均报告其健康相关生活质量（HRQOL）和日常活动能力相较于基线有显著的、具有临床意义的改善。 【原文信息】 Effects of lyophilised faecal filtrate compared with lyophilised donor stool on Clostridioides difficile recurrence: a multicentre, randomised, double-blinded, non-inferiority trial 2025-09-22 , doi: 10.1016/S2468-1253(25)00190-6 Cell子刊：门静脉富集的代谢物，或是肠道菌群"遥控"胰岛素抵抗的关键 Cell Metabolism——[30.9] ① 研究设计 ：本研究通过对不同遗传背景（代谢综合征易感型和抵抗型）小鼠，在高脂饮食（HFD）及抗生素干预下，比较门静脉与外周血代谢组，结合肠道菌群和基因表达分析等方法，揭示了肠道菌群介导肝脏胰岛素抵抗的新机制。② 核心发现 ：肠道菌群来源、在门静脉中特异性富集的三羧酸（TCA）循环相关代谢物，尤其中康酸/衣康酸/柠康酸三种异构体，是连接肠道与肝脏的关键信号分子，能直接调控肝脏代谢与胰岛素信号通路。③ 血流差异 ：门静脉与外周血的代谢谱有显著区别，前者富集多种脂质、胆汁酸及部分源于菌群的TCA中间体；后者则富集核苷和胆固醇酯等，且这种差异受饮食、菌群与宿主遗传共同塑造。④ 菌群与宿主互作 ：宿主遗传背景决定了肠道内与胰岛素敏感性相关的有益菌（Class I+）和有害菌（Class II+）组成差异；抗生素干预可重塑代谢综合征易感型小鼠品系的菌群结构，提升门静脉中康酸等TCA代谢物水平。⑤ 代谢物功能机制 ：体外及体内实验证实，中康酸等代谢物能直接增强肝细胞的胰岛素信号（如Akt磷酸化），并依赖转录因子PPARα，下调脂肪新生、上调脂肪酸氧化相关基因表达，改善肝脂积累和线粒体功能。⑥ 人体数据佐证 ：人类队列中，血浆柠康酸水平与空腹血糖水平显著负相关，提示这些TCA相关代谢物对维持人体血糖稳态和降低代谢综合征风险可能具有保护作用。 【原文信息】 Portal vein-enriched metabolites as intermediate regulators of the gut microbiome in insulin resistance 2025-09-05 , doi: 10.1016/j.cmet.2025.08.005 于君/匡铭等Cell子刊：一种肠菌"搬家"到肝，打开促肝癌信号"开关" Cell Metabolism——[30.9] ① 研究对象与方法 ：分析52例肝细胞癌（HCC）患者与50名健康人的肿瘤/肝组织及粪便样本，结合多种小鼠模型，探究特定肠道细菌在肝癌发生发展中的作用机制。② 核心发现 ：从肠道移位至肝脏的Catenibacterium mitsuokai通过分泌代谢物喹啉酸（QA），激活促肿瘤生长的TIE2/PI3K/AKT信号通路，从而直接推动HCC恶性进展。③ 关键临床关联 ：C. mitsuokai在HCC患者的粪便及肿瘤组织中显著富集，且验证队列中13.2%患者在粪便和肿瘤样本中同时检出该菌。④ 肠道屏障破坏 ：该菌通过削弱肠道黏液层并下调E-Cadherin、Occludin、Claudin-3等紧密连接蛋白表达，破坏肠道屏障完整性，为自身移位进入肝脏创造条件。⑤ 肝脏定植机制 ：迁移至肝脏后，C. mitsuokai借助其表面的Gtr1/RagA蛋白与肝癌细胞上的γ-连环蛋白（γ-catenin）受体结合，实现在肝脏肿瘤微环境中的附着与定植。⑥ 代谢物致癌功能 ：C. mitsuokai分泌的关键代谢物QA能够直接作为配体结合并激活肝癌细胞表面的TIE2受体，进而磷酸化并激活下游的PI3K/AKT致癌信号通路，促进癌细胞增殖并抑制其凋亡。⑦ 体内功能验证 ：在多种HCC动物模型中，口服C. mitsuokai均能显著加速肿瘤生长，而在无菌小鼠中单独定植该菌也足以促进肝癌形成；使用TIE2抑制剂则能有效阻断并逆转其促癌效应。 【原文信息】 Catenibacteriummitsuokai promotes hepatocellular carcinogenesis by binding to hepatocytes and generating quinolinic acid 2025-09-25 , doi: 10.1016/j.cmet.2025.09.001 Nature子刊：菌群与黏膜免疫的终身对话（综述） Nature Immunology——[27.6] ① 核心观点 ：微生物群是贯穿生命周期的黏膜免疫核心调控者，其通过代谢产物和细胞互作维持机体稳态，并深刻影响多种疾病的发生与治疗。② 早期生命免疫印记 ：新生儿期的肠道菌群与营养共同塑造免疫系统，对个体长期的疾病易感性（如过敏、炎症性肠病（IBD））产生深远影响，早期抗生素暴露是潜在风险因素。③ 关键代谢物调控 ：菌群产生的短链脂肪酸（SCFAs）通过促进调节性T细胞（Treg）分化来抑制炎症，而次级胆酸等代谢物则精细调节T细胞平衡，其失调与IBD等疾病相关。④ 肠道屏障与细胞互作 ：肠道上皮屏障的完整性至关重要，其细胞死亡与修复失衡是IBD的核心病理；同时，特定抗原提呈细胞（APCs）与淋巴细胞的互作是建立口服免疫耐受的基础。⑤ 多界微生物协同作用 ：除细菌外，真菌（如念珠菌）和病毒（如噬菌体）亦是黏膜免疫的重要参与者，它们能驱动特定的免疫反应或在病理条件下加剧炎症。⑥ 新兴治疗策略 ：靶向微生物群的干预手段潜力巨大，包括利用微生物衍生分子、高纤维饮食以及粪菌移植（FMT）等，已显示出改善IBD和增强癌症免疫治疗效果的前景。 【原文信息】 Microbiota-mediated mechanisms of mucosal immunity across the lifespan 2025-09-16 , doi: 10.1038/s41590-025-02281-w 王硕等Nature子刊：探究肠道ILC"出身"，前体细胞的表观遗传"蓝图"已预设谱系命运 Nature Immunology——[27.6] ① 研究对象与方法 ：研究团队从小鼠小肠和骨髓中分别分离固有淋巴细胞（ILC）亚群及ILC前体细胞（ILCP），通过单细胞多组学技术同步解析其DNA甲基组、染色质可及性与转录组。② 核心发现 ：ILCP可分为ILCP1和ILCP2两个阶段，其中ILCP2表现出显著的DNA甲基化异质性，其特征性甲基化区域（SMR）已预先匹配未来分化的ILC亚群（ILC1、ILC2、ILC3）。③ 关键谱系特征 ：ILCP2中与分化相关的差异甲基化主要集中在基因启动子，其SMR在Tbx21、Bcl11b、Rorc等关键基因位点已呈低甲基化，但细胞的转录和染色质状态仍维持前体特征，揭示了表观遗传印记先于细胞表型变化。④ 因果机制验证 ：通过甲基化追踪与dCas9编辑技术证实，SMR的低甲基化状态对定向分化具有因果性作用，而DNA甲基转移酶1（DNMT1）是维持此异质性的关键。⑤ 稳态功能影响 ：DNMT1缺失会破坏ILCP的SMR异质性，导致分化停滞与细胞凋亡，证明DNA甲基化对维持ILCP的稳态与分化潜能至关重要；而成熟ILC对DNMT1抑制/缺失不敏感。⑥ 结论与意义 ：研究揭示ILC的谱系命运在前体阶段已被SMR甲基化印记所决定，阐明了“启动子甲基化-谱系分离”的决定性通路，为先天免疫调控提供了新见解。 【原文信息】 Epigenetic imprinting in innate lymphoid cell precursors directs the lineage segregation of innate lymphoid cells 2025-09-18 , doi: 10.1038/s41590-025-02261-0 白岩等Nature子刊：气候变暖，为何吃糖增加？ Nature Climate Change——[27.1] ① 研究设计 ：基于2004-2019年美国家庭的大规模交易数据，结合气象记录与家庭社会经济背景，量化分析了日常气温变化对居民添加糖消费的影响。② 核心发现 ：添加糖摄入量与气温呈显著正相关，尤其在12-30°C区间内，气温每升高1°C，人均日添加糖消费量增加0.70克，30°C以上效应趋于平台或减弱。③ 主要驱动因素 ：升温导致含糖饮料（SSB）购买显著上升并贡献主要增量，冷冻甜点增幅较小，而烘焙、食用油和原糖略降，提示替代与解渴偏好驱动，剔除价格波动后结论稳健。④ 人群差异 ：低收入与低受教育家庭对升温更敏感，高收入或研究生教育家庭几乎不变，亚裔群体反应不显著。⑤ 时空分布特征 ：在气候变暖背景下北部地区增幅更大，且夏秋季增加更明显。⑥ 未来风险预测 ：气候模型预测，至2095年升温5°C情景下，美国人均日添加糖摄入量将增加2.99克，弱势群体负担加重，凸显了气候变化对公共健康的间接威胁，提示需推进SSB税、营养教育与适应性干预。 【原文信息】 Rising temperatures increase added sugar intake disproportionately in disadvantaged groups in the USA 2025-09-08 , doi: 10.1038/s41558-025-02398-8 周平红/李全林/王烁等Nature子刊：零人工！精确标注肠镜图像的全自动AI Nature Biomedical Engineering——[26.6] ① 研究方法创新 ：本研究提出EndoKED数据挖掘框架，利用大型语言模型（LLM）和大型视觉模型（LVM）协同作用，实现了对大规模结肠镜图文记录的全自动、无人工像素级标注。② 核心性能表现 ：EndoKED框架在息肉检测、分割和光学活检任务中均达到顶尖水平，其训练的分割模型在多中心验证中平均Dice相似系数达0.827，且光学活检模型仅用少量数据即达专家水平。③ 多尺度知识蒸馏 ：该框架通过多实例学习（MIL）将LLM提取的报告级标签传递至图像级，再结合类激活图与SAM模型将知识提炼至像素级，逐级生成精准标注。④ 预训练显著增益 ：利用EndoKED生成的自动化标注数据进行预训练，能够大幅提升下游模型在未知数据集上的泛化能力与稳健性，显著降低检测任务的假阳性率。⑤ 光学活检数据高效 ：其视觉骨干网络在光学活检任务中展现出卓越的数据效率，使用仅为传统方法十分之一的标注数据量，即可达到媲美资深内镜医师的诊断性能。 【原文信息】 Leveraging large language and vision models for knowledge extraction from large-scale image–text colonoscopy records 2025-09-16 , doi: 10.1038/s41551-025-01500-x 林欣等Cell子刊：肠道（而非皮肤）微生物是银屑病炎症关键因素 Immunity——[26.3] ① 研究设计与模型 ：使用携带CARD14E138A突变的自发性银屑病小鼠模型，结合抗生素处理、微生物移植及代谢组学分析，探究肠道菌群与皮肤炎症的关联。② 核心发现 ：肠道菌群与宿主“代谢接力”生成吲哚硫酸盐（I3S），通过激活芳烃受体（AHR）信号调控皮肤Th17细胞功能，驱动银屑病炎症进程，且患者血清I3S水平与病情严重度相关。③ 肠道菌群主导炎症 ：口服抗生素抑制肠道菌群可显著缓解小鼠皮肤炎症，而皮肤局部抗生素无效，粪菌移植实验进一步证明肠道而非皮肤微生物是炎症关键驱动因素。④ I3S促炎机制 ：I3S通过AHR依赖性染色质重塑，增强Th17细胞关键效应基因（如 Il17a、Il23r）的可及性，强化Th17细胞功能。⑤ 临床相关性 ：在62例患者队列中，血清I3S水平显著升高，且与银屑病面积和疾病严重程度正相关，提示其为潜在生物标志物。⑥ 代谢通路解析 ：膳食色氨酸经肠菌色氨酸酶TnaA转化为吲哚，宿主肝脏进一步将吲哚代谢生成I3S，定植敲除TnaA的工程菌可减少I3S产生并减轻炎症。⑦ 治疗启示 ：在T细胞中特异性缺失Ahr或药理抑制AHR通路可限制Th17扩增与皮肤炎症，提示靶向肠道菌群代谢或AHR信号是潜在治疗策略。 【原文信息】 Gut microbe-derived metabolites drive psoriatic inflammation via modulation of skin Th17 cells 2025-09-09 , doi: 10.1016/j.immuni.2025.08.006 Cell子刊：皮肤上的金黄色葡萄球菌如何"遥控"肠道，加剧食物过敏？ Immunity——[26.3] ① 研究设计与方法 ：利用特应性皮炎（AD）小鼠模型，在皮肤共同施用过敏原（卵清蛋白OVA）与金黄色葡萄球菌（S. aureus）或其超抗原SEB致敏，继而口服过敏原，并结合阻断与遗传工具，解析皮肤细菌暴露对食物过敏的影响与通路。② 核心发现 ：皮肤接触S. aureus可诱导嗜碱性粒细胞浸润引流淋巴结，促进Th2分化和IL-4分泌，进而增加肠道通透性，加剧口服OVA引起的食物过敏反应。③ 上游通路 ：SEB以CD40依赖方式结合角质形成细胞，诱导IL-33释放，进一步促使T细胞分泌IL-3，驱动嗜碱性粒细胞向皮肤引流淋巴结迁移并定植。④ 嗜碱性粒细胞关键作用 ：淋巴结嗜碱性粒细胞释放IL-4，促进携带抗原OVA的树突状细胞（DC）驱动初始T细胞向Th2分化。⑤ IL-4下游效应 ：T细胞产生的IL-4作用于肠上皮细胞的IL-4Rα，增加肠上皮通透性和过敏原跨膜吸收，进而增强肠道与系统性肥大细胞活化，形成过敏级联放大，导致更严重的全身性反应。⑥ 临床意义 ：AD患者中合并S. aureus皮肤定植且存在食物过敏者可检测到较高的血清IL-4，表明该通路具临床相关性，为开发针对AD患者食物过敏的治疗策略提供新思路。 【原文信息】 S. aureus exposure during cutaneous antigen sensitization causes basophil- and interleukin-4-dependent exaggerated food anaphylaxis 2025-09-25 , doi: 10.1016/j.immuni.2025.09.001 郑啸/郝海平/段丽萍/张学丽等：肠拟杆菌代谢物IAA，或是化疗腹泻的背后元凶 Gut——[25.8] ① 研究对象与设计 ：基于对接受伊立替康治疗的结直肠癌患者队列的多组学分析，结合小鼠和肠道类器官模型，肠道菌群在药物诱导的迟发性腹泻中的作用与机制。② 核心发现 ：腹泻易感者中，肠拟杆菌（Bacteroides intestinalis）富集，其基线粪菌移植可将对伊立替康肠毒性的敏感性传递给受体小鼠；吲哚-3-乙酸（IAA）在治疗期显著上升并与腹泻严重度相关，指向关键致病代谢物与预测信号。③ 关键致病机制 ：肠拟杆菌将色氨酸代谢为IAA，抑制肠上皮细胞PI3K-Akt信号通路，从而降低肠道干细胞增殖并削弱损伤修复；Akt激动剂可部分逆转该表型。④ 因果验证证据 ：小鼠模型中，单独定植肠拟杆菌或可合成IAA的工程菌，可加重伊立替康诱导的肠道损伤；抗生素处理或对照菌株则不致此效，确立“肠拟杆菌-IAA轴”的关键致病作用。⑤ 生物标志潜力 ：患者粪便中的IAA水平与腹泻严重程度密切相关，提示基线肠拟杆菌丰度和IAA水平可作为预测伊立替康相关肠毒性的潜在生物标志物。⑥ 理论与转化意义 ：该发现补充了以细菌β-葡糖醛酸糖苷酶（β-GUS）为核心的伊立替康毒性传统范式，揭示了肠菌代谢物在塑造化疗毒性个体差异中的关键作用，表明“肠拟杆菌-IAA轴”可作为减毒干预靶点。 【原文信息】 Bacteroides intestinalis mediates the sensitivity to irinotecan toxicity via tryptophan catabolites 2025-09-02 , doi: 10.1136/gutjnl-2024-334699 张发明/崔伯塔等GUT：疾病特异性有益菌+洗涤菌群移植，开拓菌群疗法新方向 Gut——[25.8] ① 研究设计与方法 ：在放射性肠炎（RE）患者前瞻性队列中筛选可增强洗涤菌群移植（WMT）疗效的疾病特异性有益菌（X），并在小鼠模型中评估其联合WMT的协同疗法——X增强型WMT（X-auWMT）的疗效。② 核心发现 ：Holdemanella biformis（Hb）是增强WMT治疗RE的关键菌株，在RE小鼠模型中，Hb-auWMT疗法展现出比单独WMT更优越的治疗效果。③ 临床队列发现 ：在RE患者中，WMT的临床疗效显著优于常规治疗，且治疗响应者与健康供体肠道中均富集了RE患者治疗前普遍缺失的Hb。④ 动物模型验证 ：Hb-auWMT组小鼠的存活率及肠道损伤恢复均优于仅WMT治疗，能更有效地修复肠道屏障、抗细胞凋亡，并维持上皮低氧稳态，同时增加结肠调节性T细胞、抑制炎症因子，改善免疫失衡。⑤ 关键代谢产物 ：增强的疗效与肠道内丁酸和戊酸水平升高相关，两者单独补充亦可缓解RE。⑥ 核心信号通路 ：PPAR-γ信号通路具有核心作用，其拮抗剂阻断显著削弱了Hb-auWMT在炎症抑制、屏障修复与上皮低氧维持等方面的效果。⑦ 创新治疗概念 ：本研究提出并验证了X-auWMT新型治疗范式，为开发增强型菌群移植疗法提供新思路 【原文信息】 Holdemanella biformis augments washed microbiota transplantation for the treatment of radiation enteritis 2025-09-14 , doi: 10.1136/gutjnl-2025-335230 肥胖损伤注意力？靶向肠道菌群或能改善 Gut——[25.8] ① 多队列多模型研究 ：该研究整合了三个人群队列和两种动物模型，通过宏基因组和代谢组学等方法，探究肥胖背景下肠道菌群与注意力的关联。② 核心发现 ：肥胖与注意力下降显著相关，而由肠道菌群调控的色氨酸代谢物3-羟基邻氨基苯甲酸（3-HAA）是其中的关键正向调控分子。③ 菌群特征变化 ：肥胖者的肠道变形菌门等菌群丰度较高且与注意力呈负相关，而放线菌门、疣微菌门等则与注意力呈正相关。④ 关键代谢物作用 ：血浆中3-HAA浓度与注意力水平呈正相关，而其前体物质邻氨基苯甲酸（AA）则显示出负相关性，尤其是在肥胖个体中。⑤ 小鼠模型验证 ：粪菌移植实验证实，高注意力人类供体的菌群可提升受体小鼠脑内3-HAA水平，并调控其降解关键酶基因Haao的表达。⑥ 果蝇模型干预 ：在果蝇中，定植变形菌门的代表菌株（如Enterobacter cloacae）可诱发类似注意力缺陷的行为，而补充3-HAA能缓解高糖饮食导致的此类行为表型。⑦ 潜在治疗靶点 ：通过靶向调控肠道菌群、3-HAA或其代谢通路，有望为改善肥胖相关的注意力缺陷提供新的干预策略。 【原文信息】 Gut microbial modulation of 3-hydroxyanthranilic acid and dopaminergic signalling influences attention in obesity 2025-09-27 , doi: 10.1136/gutjnl-2025-336391 Nature子刊：多糖大战单糖！菊粉促益菌→小肠耗果糖→拯救脂肪肝 Nature Metabolism——[20.8] ① 研究设计与方法 ：该研究通过小鼠模型，结合同位素示踪、代谢组学和微生物组移植等技术，探究膳食纤维菊粉对高果葡糖浆（HFCS）诱导的代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）的干预效果与机制。② 核心发现 ：补充菊粉不仅能预防，还能逆转由HFCS引起的肝脏脂肪变性、纤维化和胰岛素抵抗，其关键在于重塑肠道菌群的功能，使其能主动清除膳食果糖。③ 小肠菌群清糖机制 ：菊粉能特异性促进小肠菌群分解膳食果糖，从而显著减少果糖溢出至肝脏和结肠，从源头抑制肝脏从头脂肪生成（DNL）。④ 肝脏代谢重塑机制 ：菊粉还将肝脏内的果糖代谢碳流从DNL转向丝氨酸和甘氨酸的从头合成，进而增强谷胱甘肽生成，有效对抗果糖诱导的肝脏脂质过氧化损伤。⑤ 关键菌种及作用 ：鉴定出产酸拟杆菌（Bacteroides acidifaciens）是介导菊粉效应的关键菌种，其丰度因菊粉而增加，并能高效分解果糖以抑制宿主DNL。⑥ 菌群介导因果验证 ：菊粉的保护作用可通过肠道菌群移植传递给受体小鼠，而抗生素处理则会消除这些益处，共同证实肠道菌群的介导作用。 【原文信息】 Dietary fibre-adapted gut microbiome clears dietary fructose and reverses hepatic steatosis 2025-09-15 , doi: 10.1038/s42255-025-01356-0 Nature子刊：含糖饮料如何成为肠癌转移帮凶？ Nature Metabolism——[20.8] ① 研究设计与方法 ：本研究以结直肠癌（CRC）细胞系和动物模型为对象，通过模拟含糖饮料（SSB）中的葡萄糖与果糖组合，探究其对CRC转移的影响。② 核心发现 ：葡萄糖与果糖的协同作用通过激活山梨醇脱氢酶（SORD）的逆向反应，显著增强了CRC细胞的迁移、侵袭和体内肝转移能力。③ 关键代谢机制 ：SORD逆向反应提升了细胞质的NAD⁺/NADH比值，解除了糖酵解速率的限制，从而加速糖酵解通量并为下游生物合成提供更多原料。④ 下游通路激活 ：增强的糖酵解活动最终驱动了甲羟戊酸通路的活化，该通路是介导SORD促进细胞迁移和转移的关键下游效应途径。⑤ SORD临床相关性 ：临床数据显示SORD在人类CRC肿瘤中表达显著上调，且其高表达与肿瘤的高级别和转移状态正相关，提示其潜在的预后价值。⑥ 关键验证与启示 ：敲除SORD可阻断糖诱导的促转移效应，而使用他汀类药物抑制甲羟戊酸通路也能有效抑制转移，为CRC患者的饮食干预和治疗提供了新思路。 【原文信息】 Fructose and glucose from sugary drinks enhance colorectal cancer metastasis via SORD 2025-09-19 , doi: 10.1038/s42255-025-01368-w 郑钜圣/潘雄飞/潘安/邱琇等Cell子刊：孕早期肠道菌群可预警早产 Cell Host and Microbe——[18.7] ① 多队列整合分析 ：基于中国两个独立孕妇队列共5,313例，孕早期与孕中期采集粪便和血液样本，通过16S rRNA和宏基因组测序结合宿主基因组学建立预测模型。② 核心结论 ：早孕期肠道菌群特征显著关联早产风险，构建的微生物风险评分（MRS）在独立队列中有效分层高风险人群。③ 标志物与模型 ：共鉴定11个属及无害梭菌（Clostridium innocuum）与早产风险相关，基于肠道菌群特征构建的MRS可有效区分早产高风险孕妇，其预测能力优于传统风险因素（AUC提升0.11），且在外部验证队列保持一致性。④ 关键物种机制 ：无害梭菌是早产的强预测因子，其携带的基因k141_29441_57（在早产孕妇中富集）编码雌二醇降解酶，能将17β-雌二醇转化为活性较弱的雌酮，提示微生物-激素轴参与早产风险调控。⑤ 基因-微生物互作 ：宿主多基因风险评分（PRS）与MRS存在交互效应，高微生物风险显著放大遗传风险效应。⑥ 临床意义 ：无害梭菌及雌二醇降解通路为早产预测提供了新的微生物生物标志物和潜在干预靶点。 【原文信息】 Maternal gut microbiome during early pregnancy predicts preterm birth 2025-09-10 , doi: 10.1016/j.chom.2025.08.004 周宏伟/李悦/李壮等Cell子刊：肾病患者心不好，肠菌使坏益菌保 Cell Host and Microbe——[18.7] ① 研究对象与方法 ：本研究聚焦慢性肾病（CKD）相关心力衰竭（HF），通过人类队列分析、大鼠模型、代谢组学和益生菌干预，结合16S rRNA测序与机器学习等，探究肠道菌群与心衰的关联。② 核心发现 ：肠道菌群衍生的硫酸吲哚酚（IS）通过激活芳烃受体（AHR）-细胞色素P450 1B1（CYP1B1）信号通路，导致心肌线粒体功能障碍并诱导细胞凋亡，促进CKD相关HF进展。③ 关键致病菌 ：CKD合并HF患者肠道中大肠杆菌显著富集，其通过色氨酸酶（TnaA）通路产生IS，导致血液IS水平升高，且与心功能下降相关。④ 机制验证 ：CKD大鼠模型中，口服大肠杆菌可升高IS引发心肌损伤，TnaA缺失菌株丧失致病性，而外源补充IS可复现损伤；抑制CYP1B1或给予辅酶Q10可保护线粒体功能、改善心肌表型。⑤ 益生菌干预 ：自研益生菌DM02（含罗伊氏乳杆菌和植物乳杆菌）在CKD大鼠模型中改善了心脏功能，并在大鼠及患者体内成功减少了大肠杆菌丰度和血液IS水平。⑥ 临床预测价值 ：基于肠道菌群特征（如大肠杆菌等的丰度）和临床信息构建的机器学习模型可有效预测CKD患者6个月内的HF风险（AUC 0.94），为早期诊断提供了新的微生物标志物。 【原文信息】 Gut-microbiota-derived indole sulfate promotes heart failure in chronic kidney disease 2025-09-16 , doi: 10.1016/j.chom.2025.08.014 Cell子刊：脆弱拟杆菌蛋白酶Bfp1，激活宿主PAR2，诱发肠道疼痛和炎症 Cell Host and Microbe——[18.7] ① 研究对象方法 ：本研究通过建立功能筛选平台分析140种肠道细菌分泌组，结合化学蛋白质学技术，鉴定出能激活宿主蛋白酶激活受体2（PAR2）的微生物蛋白酶。② 核心发现 ：脆弱拟杆菌分泌的丝氨酸蛋白酶1（Bfp1）可特异性切割并激活PAR2，通过破坏肠道屏障功能、敏化伤害感受器，诱发结肠炎症和腹痛。③ 蛋白酶鉴定 ：功能筛选结合不可逆抑制剂探针发现Bfp1，其基因敲除（Δbfp1）菌株丧失PAR2激活能力，证实其为关键效应蛋白。④ 受体激活机制 ：Bfp1切割PAR2胞外域，诱导受体内化及钙离子信号（HEK293模型），并触发肠上皮细胞PAR2内吞（转基因小鼠模型）。⑤ 屏障功能破坏 ：Bfp1使肠类器官跨上皮电阻下降50%，增加FITC-葡聚糖通透性，该效应依赖PAR2信号（类器官及尤斯灌流室实验）。⑥ 神经敏化作用 ：Bfp1降低背根神经节神经元激活阈值，增强结肠传入神经自发放电和机械敏感性，该效应在PAR2基因敲除小鼠中消失。⑦ 动物表型验证 ：结肠给予Bfp1诱发PAR2依赖性炎症因子（TNF-α、IL-1β）升高及持续腹痛，定植野生型（非Δbfp1）菌株的小鼠出现类似疼痛行为。 【原文信息】 A Bacteroides fragilis protease activates host PAR2 to induce intestinal pain and inflammation 2025-09-26 , doi: 10.1016/j.chom.2025.09.010