003(Xinchuan Biotechnology)

近期，港股18A创新药板块企业较为普遍出现较大幅度的调整。例如，康方生物股价出现了接近40%的回调。如何看待这种回调呢？这里简要谈一下个人的几点看法：一、一段时间以来，我国优秀的18A创新药们比较普遍的进入了低调发育、低潜前行的状态。比较典型的表现是，很多优秀企业，除非出现重大关键进展，一般选择尽量不动态的、公开的披露其潜在重磅创新药物的研发进展、临床实验数据等等信息。这里面一个非常典型的例子是亚盛医药。这种低调潜行的状态，对于这些优秀的创新生物医药企业来讲，是有效应对世界和中国的众多潜在竞争者、模仿者、甚至“潜在抄袭者”的正确策略选择，对于企业自身的优秀产品及其研发工作都有一种增强保护的作用。我们作为这些优秀企业的长期价值投资者的一员，要举双手赞成这种“低调潜行”策略。然而，不无遗憾的是，如果我们要持续追踪研究这些优秀企业的潜在重磅产品的研发进展和临床检验效果，则可能会面临获得的临床数据等信息更晚、更迟、更碎片等方面的困难、挑战和考验。当然，这种挑战和考验，对于真正有兴趣、有志向、着眼长远的价值投资者们而言，都是可以接受、可以克服的问题，甚至能够为这种持续跟进研究工作平添另外一种乐趣！二、可获得的信息虽然变慢了，但是，也并不是不能获得信息！最关键的是，从各方面情况来看，这些优秀的创新生物医药企业们和他们卓越的企业家们，仍然在矢志不渝、积极创新、砥砺前行！尽管这些企业有时候会步履蹒跚，但是，他们的基本面仍然持续巩固，他们依然在坚定果决的勇毅前进！1、康方生物。在国际市场上，我们看到，康方生物AK112的海外BD合作伙伴SUMMIT在持续推进的系列海外III期临床实验，不仅以比较明显的领先态势覆盖了NSCLC的主要适应症，而且获得FDA批准以pfs为主要终点、OS为次要重点的III期注册临床实验覆盖了其他免疫疗法产品一直无效的95%的MSSCRC一线治疗人群，进一步巩固和扩大这款产品的潜在领先优势；SUMMIT在与FDA监管机构沟通的基础上计划于今年第4季度提交AK112的EGFRTKI耐药的NSCLC适应症的BLA，因而，康方生物将有一定的可能性在明年迎来AK112这款潜在国际重磅创新药物在国际市场上的首个获批适应症；康方生物的AK104、AK117等具有FBB潜力的创新生物医药产品的国际化临床，正在坚定的向前推进。在国内市场上，康方生物AK112和AK104很有可能分别按照原价和小幅降价的态势，将其NSCLC、胃癌、宫颈癌等领域的新增一线适应症扩大纳入医保，从而为其该两款明星产品在中国市场的快速拓展奠定良好的基础。在其他创新产品领域，我们看到，康方生物的mrna肿瘤疫苗产品进入临床，康方生物研发的针对阿尔兹海默症的Aβ蛋白双抗产品进入临床，康方生物的pd-1/tigit双抗产品的临床实验继续推进......综合各方面信息来看，我们欣喜的看到，康方生物依然还是那么优秀、那么笃定、那么坚毅、那么精彩！2、亚盛医药。她的信息披露工作做的太......优秀了（或者说是太审慎了），所以，我们几乎得不到她的关键产品的临床实验的进展信息！但是，我们在ESMO和未来的ASH会议上，仍然有机会看到她们的隐约的身影！基于过去历年临床数据所展现出来的潜在的强大产品疗效和安全性指标特性，个人倾向于认为，亚盛医药的1351、2575、2449、5918......等系列优秀的创新产品，依然很有可能会在未来适当的时机带给大家一个又一个惊喜！3、荣昌生物。她的RC18、RC48、rc118、rc148......等优秀的创新产品的临床实验都在积极的推进，并且不得取得新的成果。特别是，她的泰它西普已经在SLE、MG、IGA肾病、干燥症等多个适应症上取得良好、甚至是突破性的临床实验数据，并且在国内获得了广大医生和患者的高度认可，从而使得其销售数据持续保持快速增长。在国际市场上，虽然她泰它西普的BD合作伙伴VOR的“高价不融资、低价才融资”的行为，确实不算一个太智慧、太光彩的行为，但是，她毕竟融到了一笔重要的资金，进一步夯实了其在美国和国际市场上继续推进MG的III期临床实验的能力；我们需要注意到，只要泰它西普的疗效和安全性指标真的足够优秀，能够在FDA监管下的III期临床实验中相对比较好的复制国内MG的III期临床实验的数据和结果，那么，即使VOR还要经历我们难以准确判断和把握的阶段性的巨大的波动变化，但是，从中长期视角来看，VOR的企业价值的逐步展现以及其股价的逐步波动上升，最终都将是不可避免会发生的。而泰它西普在MG的国际III期临床试验的成功，又能进一步助力VOR未来在更高的价格融资并在国际市场上更快、更好的拓展泰它西普在pss、iga肾病等其他适应症的市场潜力和空间。这些，又将反过来助力荣昌生物的产品价值和企业价值的进一步展现。另一方面，我们看到，辉瑞对其自荣昌生物BD买入的维迪西妥单抗还是比较重视的，仍然在持续推进多项临床实验，并且已经取得了尿路上皮癌一线、二线适应症的多项突破，从而为荣昌生物持续获得该产品的国际里程碑和销售分成奠定越来越坚实的基础。4、康宁杰瑞。随着石药集团、康宁杰瑞对026、003两款产品在胃癌、乳腺癌、卵巢癌等多个肿瘤适应症领域的探索，该两款产品优秀的疗效和安全性数据陆续读出；其中，026二线治疗her2+胃癌III期临床数据依靠其pfs、os双双低于0.3的惊艳表现星光闪耀在ESMO会场，获得权威专家“20年未见之优异数据”的高度评价！如果我们可以把这两款产品作为康宁杰瑞价值的基础的话，那么，我们可以说，康宁杰瑞的价值底座正在变得越来越坚实！此外，康宁杰瑞的JSKN016的大规模的二期临床实验正在（甚至部分已经开始）读出数据。从JSKN016的药物机理、前期临床数据情况以及康宁杰瑞历次信息解读等方面的情况来综合判断，个人倾向于认为JSKN016有可能在部分适应症，例如，或许，可能，不排除在TNBC、HR-ER-BC、甚至部分NSCLC等适应症上，能够看到比较好的疗效和安全性的数据，从而为其创新产品池再添一员虎将！再此外，我们还欣喜的发现，康宁杰瑞基于其糖基偶联双抗（双）毒素ADC平台，创设出来的一系列具有潜在FBB潜力的创新医药产品JSKN021、JSKN022、JSKN027......等等，也正在以中美双报等形式，逐步揭开她们朦胧婆娑的面纱。尽管康宁杰瑞曾经在046产品上连续遭遇3次失败，但是，考虑到她基本面已经展现出的明显、重大、趋势性的改变，个人倾向于继续保持这两三年来一直延续着的一种态度，那就是，中长期来看，我们有可能仍然值得对康宁杰瑞的未来抱有一份谨慎乐观的期待！5、加科思。自从在她退通前几天买入部分持仓后，个人始终伴随着她一路风雨中前行、风雪中成长！个人倾向于认为，无论是王印祥博士、他带领的团队、他们所形成的企业文化还是加科思这家企业本身，都仍然在沿着“锚定世界前三创新医药产品”的战略目标，持续在扎扎实实的做事。无论是其已经被市场和临床数据证明了可能属于世界bestinclass之列的krasg12c格莱雷塞，还是世界firstinclass的SHP2，还是具有世界FBB潜力的正在按照中美双报的方式开展I期爬坡实验且目前揭示出的安全性数据已经明显超越Revolution的世界首款panras产品的创新医药pankras产品，还是正在扎实的开展临床前准备工作以便尽量为其后续临床实验奠定坚实基础Krasg12dtADC和Her2StingiADC产品，加科思和王印祥博士团队们仍然在一如既往的，按照实事求是、科学严谨、追求卓越、目光长远的方式，低调潜行、扎实推进。值得注意的是，加科思最近将其CMO（好像叫王谊博士吧？不查了，就凭记忆写了哈！如有错误，还请王博士见谅！）任命为了联席CEO，主要负责加科思的海外BD事项，充分体现了加科思对海外BD事项的高度重视和投入更多战略资源的决心！个人倾向于认为，从中长期来看，在优秀务实的王印祥博士团队的领导下，随着加科思pankras等系列产品的相关临床数据的读出，随着加科思对海外BD战略的进一步重视和发力，加科思的“锚点世界前三创新医药产品”的战略，还是有一定的可能性能够逐步开花结果，并最终向我们和世界展露出她那绚烂多彩的妙曼身影的吧！三、优秀的18A创新药企还有不少！受个人知识水平和眼界限制，这里就不再赘述了！个人倾向于认为，无论市场风云如何变幻，这些优秀的18A创新医药企业依靠他们的锐意进取、科学严谨、勇攀高峰的精神，不断向世界医药研发的舞台的中央进发的步伐和态势，不会改变！当前，我们仍然处在这个不断持续和深化的历史趋势之中！也许，再经历10年、15年、20年的持续攀登前行之后，我们将可以越来越清晰的看到18A的这些优秀企业们，依靠他们的越来越多的优秀的创新生物医药产品，渐渐移步并最终挺立到世界药企们面前，逐步开始引领着世界各国的MNC们不断锐意进取、积极研发、持续拓展，努力去拯救各个领域的众多病患进而造福越来越多的世人的靓丽身姿！四、虽然事物发展的过程难免充满剧烈的波动和曲折，但是，内在的历史大势不会根本改变！反观当前，我们也看到，18A的优秀的企业们的基本面越来越扎实、越来越稳固；然而，他们的股票价格和企业市值却不断下跌和缩水！那么，作为秉承巴老“价值投资”理念的价值投资者的一份子，我们如何看待这种二元背离现象呢？这种场景，不由得我不想起巴老说过的几句精彩的话，例如，“要在别人恐惧时贪婪！”，再如，“当天上下黄金时，要用大盆去接！”。我也想起前些天，雪球创始人方三文先生在采访段永平先生时，段永平先生说过：“如果不能承受50%以上的跌幅和回撤，那可能就不适合做价值投资”。也许，这些经典话语，用在当前的市场环境下，也是比较合适的吧！五、个人倾向于遵循价值投资的基本理念去行动，基本上也一直处于“满仓”状态。所以，个人一直是陪伴着这些我认为是非常优秀的18A创新药企飘摇和浮沉的，也几乎总是没有富余的资金在企业股票价格大跌的时候额外加仓（不排除在持股标的内部进行仓位比例之间的结构调整）。但是，从过去的经验来看，也许是个人运气还不错吧，只要个人所选择的投资标的的基本面是稳固坚实的、基本符合预期方向的，那么，在继续持有一段或长或短的时间（短的几天、几个月，长的几年哈！）后，我的这些持股标的最终似乎几乎都能够逐步走出低谷，逐步波动前进，最终攀升到一个更高的新平台。从理论上讲，个人倾向于认为，在投资标的的基本面持续巩固向好，而其股价不断大幅下跌的情况下，如果有额外的资金可以追加，也许适当的追加投入会是一个不错的选择；如果没有额外的资金可以追加，那么，就继续耐心的陪伴这些优秀的企业们一路披荆斩棘、经风历雨、破浪前行吧！六、是为记！@康方生物09926HK@亚盛医药06855HK@荣昌生物@加科思@flcq@大隐无言

新冠病毒 RNA 病毒的特征导致了高突变率，从而产生了药物耐药性问题。针对关键病毒蛋白（如主蛋白酶Mpro）的抑制剂开发是控制病毒复制的有效策略。然而，随着临床广泛使用Nirmatrelvir，对耐药性的担忧日益增加。虽然临床上尚未报道对Nirmatrelvir产生耐药性的Mpro变体，但体外研究表明，病毒在选择压力下可获得耐药性突变。研究者发现，Mpro的底物结合口袋中的S1和S4位点突变会破坏Nirmatrelvir的结合能力。此外，S2和S4'位点突变导致主蛋白酶活性增加。常见的突变包括L50F和E166V，而且Mpro能同时沿着两个途径进化，产生L50F+E166V双突变。 为了应对耐药性问题，研究者提出了一个新颖的药物筛选策略。他们首先使用分子动力学（MD）模拟来探索耐药机制。随后，研究者进行了高通量虚拟筛选 (HTVS), 综合运用基于配体的相似性搜索、多构象对接和MD模拟。结果显示，NMI-003 (Z1557501297) 与 Nirmatrelvir 相比，对Mpro E166V和Mpro_L50F+E166V具有更强的抑制活性，其EC50分别为8.76±0.96μM和13.67±1.33μM。这些发现突出了开发针对耐药突变体的新型抑制剂的重要性。研究者认为，这种方法对于快速识别针对新冠病毒Mpro耐药突变的有效抑制剂至关重要。 相关研究于2024年10月10日，以Molecular Mechanism-Driven Discovery of Novel Small Molecule Inhibitors against Drug-Resistant SARS-CoV-2 Mpro Variants为题发表在Journal of Chemical Information and Modeling上。 针对SARS-CoV-2 Mpro抑制剂的计算与实验方法 作者通过分子动力学模拟、虚拟筛选和体外实验相结合，系统性地研究了SARS-CoV-2 Mpro抑制剂的活性。 分子动力学模拟 (Molecular Dynamics Simulations)：首先使用PyMOL对SARS-CoV-2 Mpro的野生型和L50F、E166V、L50F+E166V突变体与NMI-001和NMI-002复合物进行了建模。随后，使用Antechamber工具包和AMBER ff14SB力场分别准备了小分子化合物和蛋白质的力场参数。利用LEaP模块生成模拟系统的拓扑和坐标文件，并加入反离子和水分子，构建了符合要求的周期性边界模拟系统。 模拟设置 (Simulation Settings)：所有分子动力学模拟均在AMBER18软件中，通过GPU加速进行。能量最小化分两步进行：首先使用约束势，然后释放所有原子进行自由移动。随后进行两阶段升温，最终进行平衡模拟。所有体系在NPT系综下，于310K温度和1atm压力下进行了100 ns的生产模拟。通过自动脚本，获得了总时长为 54.2 μs的分子动力学模拟轨迹，涵盖了NMI-001、NMI-002以及536个新化合物与三种突变体Mpro的复合物。 模拟分析 (Analysis of MD Simulations)：CPPTRAJ用于分析轨迹的结构性质，例如稳定性。计算了每个复制相对于初始结构的均方根偏差（RMSD）来监测模拟的收敛性，并通过Mpro的Cα均方根波动（RMSF）研究了突变导致的构象变化。此外，还提取了平衡轨迹中的代表性结构，用于展示抑制剂和Mpro之间的结合模式。通过MM/GBSA方法计算了结合能，并通过能量分解分析确定了关键残基。公式 (1)： 公式 (2): 高通量虚拟筛选 (High-Throughput Virtual Screening)：研究者结合基于配体的相似性搜索和基于结构的对接方法，对来自多个供应商的六个化合物库进行了高通量虚拟筛选。 基于整体分子相似性的骨架跳跃 (Scaffold Hopping by Holistic Molecular Similarity Search)：使用WHALES描述符对NMI-001（模板）进行骨架跳跃，检索出与模板相似的化合物。选择WHALES描述符来编码几何原子间距、分子形状和原子性质。最终保留968个化合物进入后续步骤。 基于结构的虚拟筛选 (Structure-Based Virtual Screening)：考虑靶蛋白口袋的灵活性，利用来自MD模拟的八种SARS-CoV-2 Mpro构象系综进行对接。采用三阶段对接流程，包括高通量虚拟筛选、标准精度对接和额外精度对接。对接前使用Protein Preparation Wizard和LigPrep模块准备了化合物结构和复合物结构。选择对接分数低于-4.60 kcal/mol的分子，并使用分子动力学模拟验证了其结合模式和结合亲和力。 体外实验 (In Vitro Experiments)：SARS-CoV-2抑制试验 (SARS-CoV-2 Inhibition Assay)：使用Vero E6细胞，以不同浓度化合物处理细胞后，感染野生型或表达mNeonGreen报告蛋白的耐药SARS-CoV-2突变体（L50F、E166V、L50F+E166V）。24小时后，测定细胞裂解物的荧光值，并计算EC50值。 IC50测定 (IC50 Measurement)：在大肠杆菌中表达并纯化His标签的SARS-CoV-2 Mpro野生型和三个突变体。使用底物Dabcyl-KTSAVLQSGFRKME-Edans测定Mpro的活性。在与不同浓度化合物共培养后，测量荧光强度，计算IC50值。 主要结果 作者研究了两种化合物NMI-001和NMI-002与野生型及突变型SARS-CoV-2 Mpro的结合稳定性。通过分子动力学模拟，发现L50F、E166V以及L50F+E166V突变对NMI-001和NMI-002的结合影响较小。如图2所示，这些突变体与抑制剂的结合模式与野生型相似，氢键和疏水相互作用是主要的结合方式。 图1 严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2 Mpro野生型（WT）和三个突变体（L50F、E166V和L50F+E166V）中（A）NMI-001和（B）NMI-002结合模式的结构比对。带有耐火砖和灰色的虚线分别代表氢键和疏水相互作用。 Mpro的RMSD值显示突变体与抑制剂的复合物在模拟过程中保持稳定，且活性位点残基的RMSD值较低，说明突变对配体结合影响不大。RMSF分析表明，突变并未引起蛋白质构象的显著变化。 图2 严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2型Mpro的野生型（WT）和三个突变体（L50F、E166V和L50F+E166V）中关键残基的能量分布有助于（A）NMI-001和（B）NMI-002结合。绝对能量贡献高于0.5千卡/摩尔的残留物被定义为关键残留物。这些关键残基对结合能量有重大贡献，有助于稳定Mpro活性位点的抑制剂。颜色越深，结合能贡献的绝对值就越大。 进一步的结合能分析（如图3所示）显示，E166V突变体中残基166的能量贡献增加，这表明该位点在突变体与抑制剂结合中起重要作用。 为了筛选出能克服耐药性的新型抑制剂，作者使用了基于NMI-001的骨架跳跃相似性搜索和基于结构的虚拟筛选相结合的方法。研究者从1500多万个小分子中筛选出了968个结构与NMI-001相似的分子，并进行了分层聚类分析。基于多个Mpro构象（从分子动力学模拟中提取）的虚拟筛选过程，通过计算对接评分和MM/GBSA结合能（如图4所示）筛选出了潜在的候选化合物。 图3（A）nirmatrevir和（B-F）五种候选化合物对严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2型Mpro WT的抑制作用以及Vero E6细胞中预测的相应突变体；通过检测发光来计算最大效应中值（EC50）值的浓度。 通过MD模拟评估，并根据结合稳定性，结合模式和结合能等指标，最终选择了六种化合物进行分析。其中，Z1557501297（NMI-003）被选中进入实验验证。实验结果表明，NMI-003在体外对SARS-CoV-2的E166V突变体和L50F +E166V突变体具有较好的抑制活性（如图5，6所示），且优于nirmatrelvir。 图4（A）nirmatrevir和（B-F）五种化合物对严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2型Mpro WT的抑制活性特征以及预测的相应突变体。通过基于荧光共振能量转移（FRET）的切割试验确定中值抑制浓度（IC50）值。 作者进一步深入研究了NMI-003的抗耐药机制，通过分子动力学模拟分析了NMI-003与Mpro E166V和L50F+E166V突变体的复合物，（如下图 7 所示）发现NMI-003能与突变体的结合口袋很好地匹配，其结合能分别为-49.04和-43.17 kcal/mol，疏水相互作用和氢键是主要的驱动力。 图5 新型化合物NMI-003抗药性特征的分子机制。NMI-003与Mpro（A）E166V和（B）L50F+E166V的相互作用模式。Mpro（C）E166V和（D）L50F+E166V与NMI-003结合的配合物中关键残基的能量贡献。 对复合物的结合能详细分析表明，V166突变残基在结合中起关键作用。NMI-003与突变体Mpro结合时的关键残基在活性位点均匀分布，与S1-S4口袋良好匹配。同时，NMI-003与V166和Q189之间的相互作用进一步稳定了抑制剂与蛋白的结合。 总结 针对新冠病毒Mpro蛋白的Nirmatrelvir药物在体外选择性压力下，促使Mpro蛋白产生了多种耐药突变。其中，L50F和E166V突变及其组合L50F+E166V突变，对新冠病毒有效治疗构成显著障碍。前期研究者已发现NMI-001和NMI-002这两种新型非肽抑制剂，它们具有独特的骨架和结合模式，区别于Nirmatrelvir。基于此，作者提出了一种药物设计策略，旨在快速筛选能够对抗突变诱导的耐药性的抑制剂。首先，利用分子动力学（MD）模拟，研究了NMI-001和NMI-002与三种耐药突变体（Mpro L50F、Mpro E166V和Mpro L50F+E166V）的结合机制。 随后，作者进行了两阶段的高通量虚拟筛选。第一阶段，以NMI-001为模板，在一个包含15,742,661个化合物的库中进行了基于骨架跳跃的相似性搜索。第二阶段，通过分子对接和MD模拟，对968个与NMI-001相似的化合物进行了评估。鉴定出六个可能对至少一种突变体有效的化合物，并采购了五个化合物进行体外实验。最终，发现化合物Z1557501297（NMI-003）对E166V（IC50=27.81±2.65μM）和 L50F+E166V（IC50=8.78±0.74μM）突变体表现出抑制作用。研究者进一步在原子水平上阐明了NMI-003 与Mpro E166V和NMI-003与Mpro L50F+E166V的结合模式。NMI-003是首个对E166V和L50F+E166V突变体均有活性的化合物，为设计治疗耐药新冠病毒的新型抗病毒药物提供了良好的起点。 要点回顾 Q1：本文研究的主要目标是什么？ A：本文研究的主要目标是寻找能够有效对抗SARS-CoV-2 Mpro蛋白药物耐药突变的新型小分子抑制剂。具体而言，研究针对尼马瑞韦 (Nirmatrelvir) 选择压力下产生的L50F, E166V以及L50F+E166V这些具有代表性的耐药突变，旨在快速发现能够克服这些突变导致的药物耐药性的抑制剂。 Q2：研究中使用了哪些主要的实验和计算方法？ A：研究中主要使用了以下方法： 分子动力学 (MD) 模拟：用于研究NMI-001和NMI-002与野生型及突变型Mpro 的结合机制。 高通量虚拟筛选：包括基于骨架跃迁的相似性搜索和基于结构的分子对接，用于筛选潜在的抑制剂。 体外实验：通过细胞感染实验和酶活性检测来评估化合物的抑制效果。 MM/GBSA（分子力学-广义玻恩表面积）方法: 用于计算抑制剂与Mpro的结合能，并通过残基能量分解分析识别关键残基。 Q3：为什么选择NMI-001作为模板进行相似性搜索？ A：选择NMI-001作为模板的原因是： NMI-001是一种新型非肽抑制剂，它具有与尼马瑞韦不同的独特骨架和结合模式。 NMI-001在与Mpro结合时，与166位残基的相互作用较强。 本研究发现的E166V突变对尼马瑞韦产生最严重的耐药性，因此NMI-001被认为是开发针对该突变抑制剂的合适模板。 Q4：在分子动力学模拟中如何制备和设置系统？ A：分子动力学模拟中的系统制备和设置包括以下步骤： 结构准备：基于NMI-001和NMI-002与野生型Mpro的复合物结构，通过计算机模拟诱变生成L50F, E166V和L50F+E166V突变体的复合物。 力场参数：使用Antechamber套件和AM1-BCC电荷模型计算小分子化合物的电荷，并使用parmchk2程序获得缺失的参数。蛋白质使用AMBER ff14SB力场描述。 系统构建：使用LEaP模块生成模拟系统的promtop和inpcrd文件，包括分配力场参数，加入抗衡离子，并将结构浸入一个边长为10.0Å的TIP3P水分子矩形周期性盒子中。 模拟设置：所有MD模拟均使用AMBER18软件进行，包括能量最小化（约束和无约束）、两阶段加热、平衡模拟和最终100ns的生产模拟。 Q5：什么是WHALES描述符？在本文中是如何应用的？ A：WHALES（Weighted Holistic Atom Localization and Entity Shape）描述符是一种用于表征分子结构的描述符，它能够以整体的方式编码几何原子间距离、分子形状和原子属性。在本文中，WHALES描述符被用于执行基于NMI-001的骨架跃迁相似性搜索： 所有化合物（包括 NMI-001）都被WHALES描述符编码。 通过计算WHALES描述符的欧几里得距离来衡量化合物与NMI-001的相似性。 保留了与NMI-001距离较近的968个化合物用于后续的筛选步骤。 Q6：高通量虚拟筛选是如何进行的？ A：高通量虚拟筛选分为两个阶段： 第一阶段 (基于配体的相似性搜索)：使用基于NMI-001的WHALES描述符进行骨架跃迁相似性搜索，从超过1500万的化合物库中筛选出968个与NMI-001结构相似的化合物。 第二阶段 (基于结构的虚拟筛选)：将第一阶段保留的968个化合物与从MD模拟中提取的8个Mpro构象（分别与NMI-001和NMI-002结合的野生型和三个突变体）进行分子对接。分子对接分为高通量虚拟筛选（HTVS）、标准精度（SP）对接和超高精度（XP）对接三个阶段。最终保留每个对接程序中对接评分低于-4.60 kcal/mol 的分子。 Q7：为什么分子对接之后还需要分子动力学模拟评估？ A：尽管分子对接能够筛选出大量有潜力的抑制剂，但由于其本质上是基于静态结构的，因此在准确预测配体 - 蛋白相互作用方面存在局限性。分子动力学模拟： 可以模拟更真实的蛋白结构动态变化，并能更好地反映化合物与蛋白之间的相互作用。 可以更准确评估抑制剂与靶蛋白结合的稳定性。 可以进一步验证候选化合物的结合模式和结合亲和力。 Q8：研究发现了哪种最有效的抗耐药突变的化合物？ A：研究发现化合物Z1557501297（也称为NMI-003）在体外实验中有效抑制了携带 E166V(IC50=27.81±2.65μM) 和 L50F+E166V (IC50=8.78±0.74μM) 突变的 SARS-CoV-2 Mpro。NMI-003是第一个被报道对E166V和L50F+E166V突变体具有活性的化合物。 Q9：NMI-003与Mpro的结合有什么特点？ A：NMI-003与Mpro的结合具有以下特点： NMI-003通过氢键和疏水相互作用与Mpro结合。 NMI-003的4-甲基苯基磺酰胺基团嵌入S1口袋，通过氢键与G143和V166相互作用，并通过疏水相互作用与L141、N142和V166接触。 NMI-003的5-羟基哌啶部分占据S2和S3亚口袋。 NMI-003的苯环部分位于S4亚口袋，哌啶部分与S4口袋中的Q189形成氢键。 突变残基V166是稳定NMI-003与Mpro突变体结合的关键，并且V166与NMI-003之间的氢键和疏水相互作用为NMI-003带来显著结合能。总体而言，NMI-003与E166V和L50F+E166V突变体的结合模式十分相似，且都通过不同亚口袋的氢键和疏水相互作用共同稳定结合。 Q10：研究结果对未来抗病毒药物设计有何意义？ A：研究结果表明： 该研究成功地通过计算模拟和实验验证结合的方法，快速识别了一种针对SARS-CoV-2 Mpro耐药突变的新型抑制剂NMI-003。 NMI-003是第一个被发现对E166V和L50F+E166V突变体具有活性的化合物。 这项研究证实结合分子动力学模拟和高通量虚拟筛选相结合的方法在快速发现抗耐药药物或优化先导化合物方面具有实用价值。 为设计新型抗病毒药物提供了良好的起点，特别是针对SARS-CoV-2的耐药变种。 参考资料： https://pubs-acs-org.2421.top/doi/pdf/10.1021/acs.jcim.4c01206 --------- End --------- 感兴趣的读者，可以添加小邦微信加入读者实名讨论微信群。添加时请主动注明姓名-企业-职位/岗位 或  姓名-学校-职务/研究方向。