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Nature：首次报告世界上迄今为止最大规模的人类全基因组测序工作

2022-07-21

在一项新的研究中，来自deCODE Genetics和冰岛雷克雅未克大学等研究机构的研究人员报告了英国生物库（UK biobank）中15万参与者的全基因组序列。这是迄今为止最大的全基因组测序工作，这些作者将在三年内对50万个全基因组进行测序。相关研究结果于2022年7月20日在线发表在Nature期刊上，论文标题为“The sequences of 150,119 genomes in the UK Biobank”。这些作者在这15万个基因组中发现了6亿个单核苷酸多态性（SNP）和序列插入/缺失（indel），相当于人类基因组中理论上可能出现的那些SNP和indel的7%。然而，理论上可能出现的一些变体很可能与生命不相容。这个庞大的数据集使这些作者能够将那些能够容忍序列中巨大多样性的区域与那些不能容忍巨大多样性的区域分开。人们假设不耐受序列多样性的区域对人类的生存和生育很重要。长期以来，人们一直认为编码外显子（coding exon）是对人类生存最重要的区域。然而，当对基因组中序列保守性最好的1%进行研究时，其中只有13%是编码外显子。deCODE Genetics创始人、论文共同通讯作者Kari Stefansson说，“这种类型和数量的数据将彻底改变我们识别和表征对人类多样性具有重要意义的基因间序列的能力，无论是对疾病风险和治疗反应还是其他一些特性。”英国生物库中序列变异的突变类型。图片来自Nature, 2022, doi:10.1038/s41586-022-04965-x。此外，这些作者还报告了那些没有通过全外显子组测序确定的变体与疾病和其他表型之间的关联性。英国生物库的参与者具有不同的遗传血统，他们的祖先来自世界上的大多数国家。这些作者确定，85%的参与者可以将他们的大部分祖先追溯到不列颠群岛。他们还发现有一大群参与者可以将他们的祖先大部分追溯到非洲和南亚。这项新的研究可能代表了最大的一组非洲和南亚血统的全基因组测序个体。然而，从社会和科学的角度来看，为这项新的研究以及其他已经发表的研究提供序列的人的种族比例失衡是令人遗憾的。这些作者决心在未来努力实现更为种族平衡的测序队列。参考资料：Bjarni Halldorsson et al. The sequences of 150,119 genomes in the UK Biobank. Nature, 2022, doi:10.1038/s41586-022-04965-x.

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