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编辑丨王多鱼
排版丨水成文
玉米是我国种植面积最大、总产量最高的作物,但长期受限于缺乏快脱水的品种,导致玉米籽粒机械化收获面积还不到15%,影响了生产效率和种植成本。迄今为止,控制籽粒脱水速率(Kernel dehydration rate,KDR)这一性状的基因很少被克隆,其潜在机制尚不清楚,这是难以通过遗传改良培育快脱水宜机收玉米品种的根本原因。
2024年11月12日,华中农业大学严建兵团队在 Cell 期刊发表了题为:A Zea genus-specific micropeptide controls kernel dehydration in maize 的研究论文。
该研究首次揭示了玉米籽粒脱水的分子机制。该研究鉴定到一个影响籽粒脱水的小肽microRPG1,是玉米及其近缘种中特有的一种编码31个氨基酸的新型小肽,由非编码序列从头起源,通过精确调节乙烯信号通路关键基因的表达来控制籽粒脱水。研究结果为快脱水宜机收玉米培育奠定了重要基础。
研究团队围绕这个产业关键问题持续攻关,建立了籽粒脱水表型田间鉴定技术,利用该技术通过QTL定位,定位到四个影响籽粒脱水的QTL(图1A)。该研究对其中一个主效QTL-qKDR1进行了精细定位,并成功缩小至1417bp,发现是一段不编码任何蛋白也不转录的DNA序列,在目标区域双亲之间存在一个约6.2Kb的转座子序列(图1)。敲除双亲序列后,不管是否含有转座子,都能导致籽粒脱水速率显著降低。分析表明,qKDR1可能作为一个抑制子,抑制其上游约10Kb处一个名为RPG (qKDR1 REGULATED PEPTIDE GENE)基因的表达。进一步研究发现,RPG就是qKDR1调控的目标基因,两个转录因子ZmMYBST1和ZmMYBR43可以结合到qKDR1而抑制RPG的表达。
图1. qKDR1是控制籽粒脱水的位点
RPG在玉米基因组中尚未被注释,是一个全新的基因。研究团队通过多种技术共同证明了RPG通过编码一段31个氨基酸的小肽发挥功能,该小肽被命名为microRPG1。敲除microRPG1可加快脱水速率,超表达则显著降低脱水速率。
进一步研究发现,microRPG1可能通过调控乙烯信号途径中的关键基因ZmEIL1和ZmEIL3的表达而影响脱水。RPG在授粉后26天的籽粒中表达,在38天达到最高,此时玉米籽粒灌浆基本结束,调控乙烯的表达可以促进籽粒的快速脱水,又不影响产量,实现了产量和脱水的平衡。这一发现也为下一步籽粒脱水的精准调控提供了新思路。
microRPG1和任何已知的小肽并不同源,在其它物种中也未被鉴定到,是玉米及其近缘种特有的,其如何起源是一个值得探究的问题。研究发现,该小肽仅在玉蜀黍属和摩擦禾属中存在同源序列,在禾本科的其他成员中没有。虽然相似的序列存在于摩擦禾属中,但缺乏起始密码子,不能翻译,无法行使功能。在玉蜀黍属中,一个核苷酸(ACG到ATG)的突变产生了新的起始密码子,导致一段非编码序列起始翻译,从头产生了一个新基因。系统发育树表明,该突变可能发生在65万年前玉蜀黍属和摩擦禾属分化之后(图2),该发现为新基因的起源提供了一个新的范例,也为从头创造新基因提供了方向。
图2. microRPG1小肽从头起源于一个非编码序列
这样一个独特的小肽在其它物种中是否起作用呢?
研究团队体外合成该小肽并外源施加于拟南芥,发现可以显著延迟角果的成熟,并显著提高了拟南芥种子的水分含量。在拟南芥中超表达microRPG1,也能够显著延迟角果的成熟。拟南芥的根可以吸收小肽并可以被运输到地上部分。这些结果暗示了microRPG1小肽在其它物种中可能具有保守的功能,这为进一步探索该小肽的应用价值提供了富有想象的空间。
图3. microRPG1调控籽粒脱水的机制
适合机械化收获的玉米籽粒含水量要求在15%-25%之间,但我国大多数玉米品种在收获时的含水量通常在30%-40%之间。多年多点的试验表明,敲除microRPG1可使收获时的籽粒含水量下降2%-17%,平均下降7%,同时其他农艺和产量性状没有明显的变化。研究团队分析了数百份具有代表性的玉米种质材料,发现几乎所有的材料都存在RPG基因,意味着操纵RPG来改变籽粒脱水速率培育宜机收的品种具有巨大的应用潜力。据悉,团队围绕玉米籽粒脱水的精准调控已经布局多个专利,并授权未米生物公司开展商业化应用,目前已经取得良好进展。
作物遗传改良全国重点实验室、湖北洪山实验室、崖州湾国家实验室严建兵教授为该论文通讯作者。博士研究生余延辉、刘塬方,青年教师李文强副教授为该论文共同第一作者,华中农业大学刘衍军教授、欧阳亦聃教授、杨宁教授、肖英杰教授、赖志兵教授、殷平教授、卓琳老师,华中农业大学讲座教授David Jackson,未米生物科技有限公司许洁婷博士,华中科技大学薛宇教授,崖州湾国家实验室刘海军主任科学家、贾安强博士,以及德国马普分子植物生理研究所Alisdair R. Fernie教授等多个团队的师生参与了该项工作或提供了有价值的讨论。该研究得到国家重点研发计划、国家自然科学基金、湖北省科技厅重大项目及111计划等项目的支持。
论文链接:
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(24)01212-1
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近日,中国农科院植保所/湖南农业大学合作在Plant Physiology在线发表了题为“Soybean ZINC FINGER PROTEIN03 targets two
近日,中国农科院植保所/湖南农业大学合作在Plant Physiology在线发表了题为“Soybean ZINC FINGER PROTEIN03 targets two SUPEROXIDE DISMUTASE1s and confers resistance to Phytophthora sojae ”的研究论文。该研究克隆了一个大豆疫霉菌 ( Phytophthora sojae ) 抗性基因 RpsYD29 GmZFP03 ,该基因编码一个锌指蛋白类型的转录因子,通过靶标两个 SOD1 基因的启动子并激活这两个基因表达而表现大豆疫霉菌抗性。
由大豆疫霉菌引起的大豆疫霉根腐病是大豆主要病害之一,严重制约大豆生产。克隆并利用大豆疫霉菌抗性基因(Rps)创制和栽培抗病品种是经济、有效防控该病害措施。然而,尽管已经定位了40多个Rps位点,但少有Rps基因克隆的报道。在利用大豆抗病品种豫豆29 (Yudou 29)与感病品种吉科豆2 (Jikedou 2) 的杂交群体将Yudou 29主效Rps抗性位点RpsYD29定位到位于第3条染色体上长约204.8 kb的一段区间 (Zhang et al., Theoretical and Applied Genetics, 2013, 126: 1555-1561 ) 的基础上,该研究设计和利用各类分子标记构建高密度遗传图谱、基因组学分析、基因等位性分析以及遗传互补功能验证,克隆出RpsYD29基因GmZFP03 (Glyma.03g033600),该基因编码一个C2H2型锌指蛋白转录因子。Yudou 29体内的SOD酶活性比Jikedou 2要高,GmZFP03转基因大豆植株体内的SOD酶活性高于遗传转化背景品种Williams 82的酶活性。并且,外源施用SOD后,能显著提高Jikedou 2和Williams 82的大豆疫霉菌抗性。通过筛选发现,SOD基因中的SOD1-3 (Glyma.03g242900)和SOD1-19 (Glyma.19g240400)两个基因在抗性材料Yudou 29和GmZFP03转基因植株中的表达水平均比对应感病材料要高。进一步分析分析表明,GmZFP03可结合SOD1-3和SOD1-19启动子上一个与抗病和胁迫反应相关的基序,并激活这两个基因的表达。由此,该研究成功克隆了锌指蛋白转录因子基因GmZFP03这一新型大豆疫霉菌抗性基因,并开发出了相应的特异性分子标记,揭示了一种GmZFP03通过结合和激活SOD1基因启动子表现其抗性功能的机制,为大豆疫霉菌抗性机理研究和抗病育种提供了重要参考和基因资源。
中国农科院植保所刘世名研究员及湖南农业大学戴良英教授和李魏教授为论文共同通讯作者。湖南农业大学李魏教授为论文第一作者,中国农科院植保所博士生赵洁、湖南农业大学研究生郑向、成瑢和钟婵娟及易图永教授、中国农科院作物科学研究所朱振东研究员和未米生物科技徐洁婷博士对该研究作出了重要贡献;威斯康星大学麦迪逊分校和南伊利诺伊大学研究人员也参与了部分工作。该研究获得了国家自然科学基金和中国农科院农业科技创新工程等项目的资助。

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