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推出一个新的测序仪这个话题已经没什么新鲜的了。问题是,到底什么样的测序仪算得上是革命性的?美国公司454 Bio昨天宣布推出了突破性的DNA测序平台,它可能是革命性的,因为它是开源的,提供DNA测序技术的开放获取。该平台的主要功能包括:• DIY DNA 测序设备的说明:易于遵循的可在家构建DNA测序设备的指南。• 可定制的测序试剂盒:用户可以根据其个人研究需求创建特定于应用的测序耗材。• 简化的分子生物学操作协议:该平台简化了复杂的程序,使非专家也可以管理使用。• 社区驱动的创新:鼓励用户分享他们的修改和改进,为持续开发营造协作环境。在测序这个领域,有史以来第一次,个人可以下载说明来搭建自己的DNA测序设备。这不光是让先进科学工具负担得起,而且是在真正催生基因分析领域的民主化。这代表了我们进行基因研究的方式的根本转变。通过赋予个人进行自己的实验的能力,可能引发全球公民科学家运动。454这个名字是不是听起来很熟悉?2007年罗氏收购了测序仪公司454 Life Sciences。两家公司同名的原因正是因为其背后的创始人都是同一个人:Jonathan Rothberg。对,就是那个大名鼎鼎的罗斯伯格。在454焦磷酸测序、Ion Torrent半导体测序、Quantum-Si蛋白测序之后,罗斯伯格又创立了这家454 Bio,要做开源的DNA测序。454 Bio 开发了化学、硬件和分析软件,对DNA测序进行了简化,使测序比以往任何时候都更容易实现,通过用户自己构建超低成本的测序仪来实现。在测序化学上,454 Bio通过基于 Lightning Terminator的合成测序来实现。Lightning Terminators (LT) 是一类 3'-OH 未封闭的可逆终止子核苷酸。终止部分(S)-α-叔丁基-5-OMe-2-硝基苄基连接至羟甲基化核碱基。荧光染料与可光裂解的终止部分连接以实现检测。Lightning Terminators上的荧光团可被可见光激发,并且连接基团可被紫外线光裂解。这使得简单的 LED- TIRF 成像系统能够实时捕获测序数据。在454 Bio的LED-TIRF 系统中,LED 指向测序基板的边缘。产生倏逝波,激发最靠近测序基底表面的分子。从测序池测得的信号主要是紧密堆积在测序簇中的掺入 LT,而不是溶液中的 LT。这一平台不需要任何类型的流体或循环,测序是在单一温度下完成的,所有组件都存在于 One Pot中—称之为一锅测序。这不同于传统的SBS,通常需要庞大的流体系统和各种解决方案。一锅测序解决方案包含测序引物、DNA 聚合酶、Lightning Terminator、DISCS 以及用于掺入、LED-TIRF 成像和 LED-TIRF UV 裂解的所有其他重要组件。将这种单一溶液引入储液器中,只需按一下按钮,一锅测序运行就会开始。454 Bio近期完成了技术的概念验证,也提供了开源文档,包含了构建你自己的 LED-TIRF Transformer、制作测序耗材、制备 DNA 库以及在你的 Transformer 上对该文库进行测序所需的一切。当然,这一切都还需持续改进和优化。基于这个开源的理念,454 Bio率先发起了DNA聚合酶的有奖开发,通过优化可优先使用 Lightning Terminators的DNA 聚合酶就有机会赢得 20万美金。下一篇文章中,我们会对具体的测序化学、实施路径及初步数据进行详细的解读。欢迎关注。声明:本文只代表个人观点,不包含任何投资建议;笔者与文中所述公司无任何利益冲突;文中信息不当或不准确的地方,还请留言或私信指正。文章信息及附图、视频均来自于公开可获取的内容,若涉及隐私和保密信息或有侵权请联系删除。如果有收获,欢迎打赏、转发、分享给更多的朋友!!
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