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2024年3月27日,浙江大学生命科学研究院蒋超实验室在生物信息学领域著名期刊Briefings In Bioinformatics上在线发表了题为“Generalized reporter score-based enrichment analysis for omics data”的研究论文。该工作开发了面向多组学及纵向组学数据富集分析的Generalized Reporter Score-based Analysis(GRSA)方法及对应R软件包。功能富集分析是一种主流的生物信息学分析方法,有助于了解大型组学数据集(如转录组、宏基因组和代谢组数据)的生物学意义。我们可以通过识别丰富的功能类别(例如GO或KEGG pathway)来深入了解潜在的生物学过程和功能,并为下游实验提供假设。然而,大多数现有工具无法直接将富集分析应用于多群组(Multi-group)和纵向(Longitudinal)组学数据。基于Reporter Score的富集分析(RSA)方法显示出卓越的敏感性,因为它依赖于p值而不是特征原始值,但由于缺乏适当的工具经常被误用。研究团队开发了改进的基于广义Reporter Score的分析方法(GRSA),该方法可在R包 ReporterScore中实现(https://github.com/Asa12138/ReporterScore),并提供了全面的可视化方法和通路数据库。 GRSA 是一种无阈值富集方法,适用于所有类型的生物医学特征,例如基因、化合物和微生物物种等。GRSA支持多群组和纵向实验设计,因为其包含与其兼容的统计方法。ReporterScore包还支持自定义分层和关系数据库,为高级用户提供了额外的灵活性。GRSA的工作流程研究团队在多个数据集中对 GRSA 与其他流行的富集方法(clusterProfiler,GSEA,GSA,PADOG等)进行了基准测试。GRSA显示出比其他常用富集分析方法更高的优先度和灵敏度,可以有潜力地识别出与所研究疾病相关的更多生物学途径。研究团队在4个有代表性的组学研究案例中使用了GRSA(1. 皮肤微生物组的年龄相关功能动态分析;2. 心肌细胞分化过程中的转录组动态变化;3. 胎龄相关的母体代谢组系统性变化;4. 皮肤微生物组的Taxonomy富集分析)。GRSA结果不仅确认了之前的主要发现,并针对不同数据揭示了新的生物学见解,展示了GRSA在各类实验设计(两组,多群组,纵向)及各类组学数据中的有效应用。总之,该研究开发的GRSA方法和ReporterScore软件包可以极大地促进不同组学数据的功能富集分析,并具有更高的灵敏度,与多组和纵向设计的兼容性,以及可自定义数据库的灵活性。研究团队相信,GRSA和ReporterScore软件包将在生物医学研究领域的各类组学数据中有广泛的应用。蒋超实验室博士生彭晨为论文的第一作者,蒋超研究员为论文的通讯作者,参与该研究的还有蒋超实验室博士后陈琼,华大研究员谭上进和斯坦福大学博士后申小涛。该研究得到了国家自然科学基金等项目资助,以及生命科学研究院NECHO高性能计算集群的支持。论文链接:https://doi.org/10.1093/bib/bbae116原文链接:http://lsi.zju.edu.cn/2024/0329/c25130a2896059/page.htm本文仅用于学术分享,转载请注明出处。若有侵权,请联系微信:bioonSir 删除或修改!
3月27日上午,“聚势5载,向新而生”华大时空组学2024新品发布会成功举行。时空组学首席科学家陈奥正式发布了时空蛋白转录组Stereo-CITE,同时公布了在今年1月份启动的“时空蛋白转录组科研支持计划”的14个入选项目名单;此外时空转录组FFPE、时空转录组V1.3等即将上市的新品也在本次发布会上集中亮相。在过去的5年里,华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq被全球科学家信任和选择,成为前沿组学研究的关键引擎。华大与全球多家机构共同成立了时空组学联盟(STOC),并发起了“人类时空组学”大科学计划,共同树立生命科学的新里程碑。截至目前,时空组学突破性科研发现屡次刊登于顶级学术期刊上,涵盖胚胎发育、器官再生、脑科学、疾病研究等多个领域,共发表了50多篇文章,为人类带来新的生命认知,驱动科研范式的全面升级。本次发布会主题为“聚势5载,向新而生”。新,既是对新产品的信心,也是时空组学持续创新的初心,更是不断加速“新质生产力”发展的决心。时空组学首席科学家陈奥表示,时空团队致力于通过不断的技术创新,为全球的生命科学研究带来更多可能性。华大生命科学研究院时空组学首席科学家陈奥发布2024年度新品正式发布01Stereo-CITE:100+重蛋白检测一直以来,时空组学持续基于应用场景和用户需求,对技术和产品进行优化升级,加速生命科学研究的突破。2024年,华大时空产品将聚焦多组学、多样本、技术性能提升三个方面,致力于帮助广大科研人员进行更广、更深层次的组学探索。为了帮助科研人员通过多组学研究更深入地探索疾病的发生发展机制,华大时空组学开发了时空蛋白转录组Stereo-CITE。发布会上,陈奥展示了Stereo-CITE在小鼠肝脏、人癌旁淋巴结等样本上的应用数据,结果显示该技术可以在同一张组织切片上、以单细胞/亚细胞级分辨率、实现全转录组和100+重蛋白的原位共检测,并配有强大的分析工具,生成基因和蛋白的空间表达图谱。未来,Stereo-CITE有望为时空病理提供重要助力。点击视频了解时空蛋白转录组Stereo-CITE发布会现场还公布了华大时空组学联合生态合作伙伴,共同发起的“时空蛋白转录组科研支持计划”的入选名单。该计划在今年1月份正式启动,一经发布,便受到广泛关注。最终,由10余位领域专家组成的评审团围绕项目科学性、创新性、可行性、应用前景、工作基础等多个维度进行了系统性评审,以下14个获得支持的项目脱颖而出。后续项目将由联合举办本次计划的生态合作伙伴落地完成。即将上市发布会上,陈奥也隆重介绍了两款即将上市的产品。其中时空转录组FFPE产品方案,基于随机探针进行原位捕获,能在同一张切片上实现H&E染色和基因表达分析。与利用polyT进行靶向捕获的技术相比,该方案可以捕获存在降解的RNA,也能实现编码及非编码RNA的共捕获,以及宿主与微生物的共检测,并且没有物种限制。该产品已开启全面预定。此外,时空转录组V1.3,相较于现有版本,操作流程将缩短4小时以上,通量更高;同时基因捕获数提升~70%,MID提升~157%。该产品将于5月份开放预订。敬请期待。共建时空生态圈2022年起,华大时空组学积极致力于推进全球科研合作和生态合作伙伴建设,打造时空生态圈。目前,华大时空组学已与国内外多家头部生物科技公司达成合作。此次新品发布会在安诺基因、嘉因生物、格物致和、联川生物、极智基因、诺禾致源、基迪奥生物、裕策生物、百奥智汇等华大时空组学生态合作伙伴视频号同步直播,以上产品已同步在所有生态合作伙伴开放预订,可联系生态合作伙伴进行咨询。时空组学照亮浩瀚生命,工具创新助力新质未来。接下来,华大时空组学将继续开发通用且功能强大的工具,携手生态合作伙伴,共同助力广大科研工作者在生长发育、生命演化、器官结构、疾病机制等研究领域取得创新突破,推动生命科学行业加速发展。点击阅读原文,或扫描下方二维码,登录时空组学官网,查看新品详情。https://www.stomics.tech/特别关注为助力研究人员利用FFPE(Formalin Fixed Paraffin Embedded,福尔马林固定石蜡包埋 )样本在肿瘤、免疫、病理及动植物等领域的进行时空探索,华大时空组学近期将发布适配FFPE样本的空间转录组检测产品(体验版)。该产品利用随机探针对FFPE组织细胞内的RNA分子进行原位捕获,通过空间条形码(Coordinate lD,CID)还原RNA分子的空间位置,从而实现全物种/全转录组空间表达情况的研究。产品预订通道现已全面开启,即刻扫描二维码订购吧。⬆扫码订购产品详细信息及后续活动请密切关注华大时空公众号。推荐阅读联系我们对时空组学或细胞组学整体解决方案感兴趣的老师,可选择以下方式和我们联系,我们将及时为您进行详细的介绍:1. 在公众号留言;2. 发送信息至邮箱:services@stomics.tech;
2024年3月14日,在扶持创新药的政策传闻刺激下,A股与港股的创新药公司股票普涨,但是作为CXO龙头的药明康德、药明生物再次大跌。3月13日,据外媒Endpoints News报道,全球规模和影响力最大的生物技术创新产业组织之一BIO宣布将剔除WuXi(药明康德)会员资格,并将终止与其合作。BIO全称为Biotechnology Innovation Organization,代表了美国及世界30多个国家的1100多个生物技术公司,学术研究机构,国家级生物科技中心及各相关组织。BIO成员的业务遍及创新医疗、农业、工业和环境生物技术产品的研究与开发。报道称,Bio组织正面临着来自美国国会越来越大的压力。3月6日,在美国参议院国土安全与政府事务委员会召开的听证会上,参院版的《生物安全法案》以压倒性的同意票数获得通过。美国两党政界人士皆希望限制中国在美国的影响力,包括在生物制药和其它行业。BIO表示,正在采取“重要步骤”支持美国国家安全,“重要步骤”包括支持《生物安全法案》。《生物安全法案》是由美资深民主党参议员加里·彼得斯(Gary Peters)提出,其核心内容旨在禁止美国联邦机构与中国华大系、药明系和其他受到关注的生物技术公司签订合同。法案特别点名了四家中国生物医药企业:华大基因、华大智造、Complete Genomics(华大在美收购的基因测序科技企业)、药明康德。法案通过捕风捉影的强行关联,声称这些企业与中国人民解放军有特殊关系,对美构成国家安全威胁,是“biotechnology company of concern”。克劳利写道:“BIO将支持《生物安全法案》...BIO现在正在采取措施,与药明康德就该组织的成员资格进行分离。”对于《生物安全法案》听证会通过,药明康德发布公告回应称,“作为全球生物药CRDMO平台,本公司既没有人类基因组学业务,亦未在其各类业务中收集人类基因组数据。此外,本公司并未对美国或其他国家的国家安全构成风险。由于修订法案草案仍有待美国立法机构进一步审议变更,且尚未颁布生效,本公司将继续与其顾问一起密切关注修订法案草案立法程序的进展。”声明:发表/转载本文仅仅是出于传播信息的需要,并不意味着代表本公众号观点或证实其内容的真实性。据此内容作出的任何判断,后果自负。若有侵权,告知必删!长按关注本公众号 粉丝群/投稿/授权/广告等请联系公众号助手 觉得本文好看,请点这里↓
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