Decode (Shanghai) Biomedical Technology Co., Ltd

黑色素瘤治疗已迈入精准医疗时代，早期识别病灶特征、规范手术治疗，结合分子分型开展个体化诊疗，是改善患者预后的核心关键。分子检测可精准明确肿瘤生物学特性，辅助指导临床治疗方案制定，预判预后与复发风险，全面提升黑色素瘤精准诊疗效果。 黑色素瘤依基因变异可分为4种： ①肢端型;  ②黏膜型;  ③慢性日光损伤型;  ④非慢性日光损伤型（包括原发病灶不明型）。 日光损伤型主要包括头颈部和四肢黑色素瘤，日光暴露较多，高倍镜下可观察到慢性日光晒伤小体，国外资料显示28%的患者发生KIT基因变异（突变或拷贝数增多），10%发生BRAF变异，5%发生NRAS变异； 肢端型和黏膜型发生KIT基因变异较多，其次为BRAF突变； 非慢性日光损伤型，如躯干黑色素瘤，大部分发生BRAF V600E突变（40%~60%）或NRAS突变（20%）。 黑色素瘤分子检测及其诊疗应用的专家共识（2025版）速览 推荐所有黑色素瘤患者建议常规做BRAF检测，优先NGS，PCR可常规筛查，IHC仅用于初筛，不作为用药依据。 可同步检测CKIT、NRAS指导靶向治疗；针对难治性多线复发患者，建议筛查NTRK/ROS1/ALK/RET等基因融合，挖掘潜在靶向治疗机会。同时可检测NF1、TP53、CDK4等基因，辅助判断肿瘤特征、筛选潜在药物。 PD-L1、TMB、MSI/dMMR等免疫标志物，可精准指导免疫治疗方案。 循环肿瘤（CTC）、ctDNA、MRD等液体活检，也可用于黑色素瘤的早期辅助诊断、疗效监测及预后评估，助力个体化精准诊疗。ctDNA动态监测可预测复发风险，MRD检测可早于影像学发现转移。 中国临床肿瘤学会（CSCO）黑色素瘤诊疗指南 CSCO指南建议所有患者治疗前都做基因检测，目前成熟的靶点是BRAF, c-KIT和NRAS，基因检测结果与预后、分子分型和晚期治疗有关。 PART.01 皮肤黑色素瘤 皮肤黑色素瘤新辅助/辅助治疗推荐：2026版CSCO指南新增达拉非尼+曲美替尼用于BRAF V600突变患者术前新辅助治疗作为Ⅱ级推荐；同时CSCO指南推荐达拉非尼+曲美替尼用于BRAF V600突变术后Ⅲ期患者的辅助治疗。 转移性皮肤黑色素瘤（无脑转移）治疗方案推荐：针对携带BRAF V600突变患者，推荐使用达拉非尼+曲美替尼、维莫非尼/考比替尼+阿替利珠单抗；携带KIT突变患者可考虑使用伊马替尼；携带NRAS突变患者可考虑使用妥拉美替尼。 PART.02 肢端黑色素瘤 肢端黑色素瘤辅助治疗推荐：达拉非尼+曲美替尼用于BRAF V600突变患者术后辅助治疗。 转移性肢端黑色素瘤（无脑转移）治疗方案推荐：针对携带BRAF V600突变患者，一线治疗推荐使用达拉非尼+曲美替尼、维莫非尼，二线治疗推荐适用达拉非尼+曲美替尼+帕博利珠单抗；携带KIT突变患者一线治疗可考虑使用伊马替尼；携带NRAS突变患者二线治疗可考虑使用妥拉美替尼。 PART.03 黏膜黑色素瘤 黏膜黑色素瘤辅助治疗推荐：达拉非尼+曲美替尼用于BRAF V600突变患者术后辅助治疗 不可切除或Ⅳ期黏膜黑色素瘤治疗方案推荐：针对携带BRAF V600突变患者，一线治疗推荐使用达拉非尼+曲美替尼；携带KIT突变患者一线治疗可考虑使用伊马替尼；携带NRAS突变患者二线治疗可考虑使用妥拉美替尼。 皮肤黑色素瘤NCCN指南 NCCN指南推荐皮肤黑色素瘤患者进行特异性基因突变（BRAF、NRAS、KIT）检测。 在局限性及进展期黑色素瘤中，NRAS突变提示患者预后生存期更差。在长期/间断日晒型皮肤、肢端、黏膜来源的黑色素瘤中，NRAS突变发生率约15%。MEK抑制剂仅能使小部分NRAS突变患者获得治疗应答。NRAS 突变几乎不会与BRAF、KIT等可靶向突变共存，因此检出NRAS突变的患者，一般无需再做其他分子靶点检测。 KIT突变亚型繁多，不推荐KIT免疫组化筛查，优先采用PCR或二代测序（NGS）；相比传统sanger测序，NGS 能更快、更低成本完成DNA/RNA测序；临床也可采用单基因或小panel 靶向测序，单独检测BRAF或少数基因。 检测样本首选肿瘤组织；无组织标本时可采血做循环肿瘤DNA（ctDNA）检测；ctDNA存在假阴性可能，结果阴性仍需补做组织检测。 ctDNA 动态监测：Ⅲ/Ⅳ 期黑色素瘤术后可连续监测 ctDNA；在 BRAF/MEK 靶向、PD-1 免疫辅助治疗研究中，术后可检出 ctDNA 提示预后不良；多数患者术后ctDNA为阴性，目前 ctDNA 结果尚未正式纳入临床诊疗决策。 ctDNA 潜在应用：全身/局部治疗后微小残留病灶定量、晚期肿瘤/新辅助治疗期间疗效动态评估；但上述应用仍需更多临床研究证实实用价值。 通过下一代测序多基因panel检测（MGPT）可以检出其他罕见驱动基因突变： NTRK1、NTRK2、NTRK3基因在各亚型黑色素瘤中突变罕见，突变占比＜1%。 ALK、ROS1基因融合多见于肺癌，在黑色素瘤各亚型中发生率同样不足1%。 早期（Ⅰ/Ⅱ期）：无入组临床试验需求时，不常规做BRAF基因或多基因测序；Ⅲ期高危患者建议查BRAF基因以备靶向治疗；Ⅳ期或复发患者优先活检标本做 BRAF+KIT基因，在条件允许时推荐大Panel二代测序（NGS，即多基因靶向检测），尤其当检测结果可指导后续用药、或用于筛选临床试验入组时；NGS还可检出BRAF非V600型罕见突变。 若先行BRAF单基因检测结果为阴性，临床医师应优先考虑完善多基因靶向检测，排查KIT、BRAF非V600等其他潜在可靶向基因突变。 PD-L1表达：晚期不可切除黑色素瘤中，PD-L1高表达（＞5%）患者，单用纳武利尤单抗的疗效与纳武利尤单抗+伊匹木单抗联合方案疗效相近；PD-L1低表达患者，单药纳武单抗疗效劣于双药联合方案。即便存在上述疗效差异，指南仍不推荐常规依靠PD-L1表达结果制定治疗方案。 约10%的黑色素瘤与遗传因素有关，包括存在致病性胚系变异（PV）或易感多态性，这些因素可能增加家族性黑色素瘤的风险。 解码黑色素瘤产品介绍 解码肿瘤基因检测产品可以提供多元化的黑色素瘤基因检测服务，全面覆盖临床指南推荐的BRAF\KIT\NRAS等重要靶向用药相关基因的检测，同时包括遗传风险评估及免疫治疗相关分子标记物检测。 检测优势 高灵敏度：可检出低至1%（组织版）/0.1%（血液版)的低频变异。 质量保证：CAP认证实验室，拥有二级生物安全实验室资质，连续9年累积满分通过国家卫生健康委临床检验中心(NCCL)及上海市临床检验中心(SCCL)发布的室间质评300余次。 多元化解决方案：采用高通量测序技术，全面覆盖大、中、小Panel产品矩阵，满足个性化检测需求。 专业服务：从采样到报告解读，提供一站式检测服务，全程专业团队支持，精准解读报告，为患者个体化用药提供科学依据。 极速报告周期：血液样本：4个自然日；组织样本：5个自然日。  关 于 我 们 中国规模最大的测序服务中心之一 解码(上海)生物医药科技有限公司成立于2011年，公司总部位于上海国际医学园区。旗下的上海解码医学检验所拥有实验室及办公面积逾6000m2，深耕生命科学领域十余年，并已建成超大规模测序服务中心，日均测序产能超过200T，服务范围辐射全国。 汇聚全球顶尖主流分子检测平台 解码生物与华大智造、Illumina、PacBio、Agena等顶尖的跨国企业建立了战略合作伙伴关系。现拥有DNBSEQ-T20x2一台, DNBSEQ-T7-15台，DNBSEQ-T7+ 一台， NovaSeqXPlus-4台, PacBioRevio system-1台，MassARRAY飞行时间质谱2台，荧光定量PCR仪170余台。 全生命周期基因检测解决方案 依托先进的检测平台，提供覆盖肿瘤早筛&精准用药&复发监测、妇产儿健康、慢性病风险评估、常规体检筛查、遗传病辅助诊断&携带者筛查、感染性疾病分子诊断及药物基因组学等500多项基因检测项目，致力于为不同临床场景提供精准、可靠的分子诊疗依据，助力诊疗决策，服务全生命周期健康管理。 极速交付，快人一步 让精准诊疗更快一步，qPCR平台1自然日，核酸质谱平台2自然日，NGS平台4自然日。 软硬件系统全流程自动化，低风险，低差错 提取、建库、杂交捕获、生信分析等全流程自动化，依托全面及时更新的专业知识库，实现医疗服务低风险、低差错。 资质齐全，质量保障 CAP认证实验室，拥有二级生物安全实验室资质，连续8年满分通过NCCL/SCCL三百余项室间质评。 全程服务 合作共赢 提供全面的售前咨询和售后服务，以合作伙伴为中心的共同成长的全方位服务体系。 供 稿 人 丨向日葵 编辑排版丨小肥龙

精准诊疗再升级！解码生物168基因+HRD检测项目重磅升级、全新上线！ 本产品在原有BRCA1/2+HRR+HRD评分检测体系基础上全面扩容优化，功能升级、加量不加价，一站式覆盖靶向、化疗、免疫治疗及遗传风险评估，精准匹配卵巢癌、乳腺癌、胰腺癌、前列腺癌临床诊疗需求，为患者个体化治疗保驾护航。 01 读懂HRD：PARP抑制剂 用药的核心靶点 同源重组修复(homologous recombination repair，HRR)是DNA双链断裂的首选修复方式。同源重组修复缺陷(homologousrecombination deficiency，HRD)通常指细胞水平上的HRR功能障碍状态，可由HRR相关基因胚系突变或体细胞突变以及表观遗传失活等诸多因素导致。HRD的临床检测方法可分为三大类：HRR相关基因突变检测，基因组瘢痕与突变谱系分析以及HRD功能性检测。 HRD（同源重组修复缺陷）是卵巢癌、乳腺癌、胰腺癌、前列腺癌精准诊疗的关键靶点，与PARP抑制剂疗效高度相关，卵巢癌中HRD发生率约52%，是HRD检测应用最成熟的癌种；目前已经开展了大量针对具体临床场景，PARP抑制剂及BRCA/HRD伴随诊断的临床研究。乳腺癌中HRD发生率约24%；胰腺癌中HRD发生率约7.3%；前列腺癌中HRD发生率约5.6%。 https://doi.org/10.1038/s41467-020-19406-4 《卵巢癌PARP抑制剂临床应用指南 (2025 版)》明确指出：HRD检测可将PARP抑制剂敏感人群，从25%的BRCA突变人群扩大至50%的HRD阳性人群，让更多患者获得精准治疗机会！卵巢癌包括输卵管癌和原发性腹膜癌NCCN指南指出在没有BRCA1/2突变的情况下, HRD状态可提供PARP抑制剂治疗获益程度的信息。国内外临床指南均推荐卵巢癌包括输卵管癌和原发性腹膜癌患者进行同源重组修复缺陷（HRD）检测，指导PARP抑制剂治疗。 中国临床肿瘤学会（CSCO）卵巢癌诊疗指南 乳腺癌及胰腺癌临床指南推荐检测BRCA1/BRCA2/PALB2基因胚系或体系突变，指导相关PARP抑制剂（奥拉帕利、芦卡帕尼、Talazoparib）治疗。 前列腺癌NCCN指南推荐检测HRR基因包括（但不限于） BRCA1/2/ATM/PALB2/FANCA/RAD51D/CHEK2/CDK12。目前，美国食品药品监督管理局（FDA）获批PARP抑制剂用于前列腺癌的适应症如下： 此外，奥拉帕利单药、奥拉帕利联合阿比特龙、他拉唑帕利联合恩扎卢胺、尼拉帕利阿比特龙均已被国家药品监督管理局（NMPA）获批用于携带BRCA1/2或HRR基因突变的转移性去势抵抗性前列腺癌（mCRPC）成人患者的治疗。 02 产品升级，加量不加价 解码生物重磅上线【168基因+HRD检测】项目。该项目在原同源重组错配修复机制综合评估(BRCA+HRR+HRD) (组织版)检测项目的基础上，优化探针覆盖范围，增加微卫星不稳定性（MSI）状态评估、化疗药物提示模块，升级为168基因+同源重组修复缺陷评估（HRD）检测项目 此次上线的168 基因+HRD检测项目，在原 BRCA+HRR+HRD（组织版）基础上重磅升级，核心优化亮点如下： 检测内容重磅升级 覆盖范围全面升级，检测精准度与灵敏度双提升；新增微卫星不稳定性（MSI ）评估与化疗用药提示，实现靶向+免疫+化疗用药多维指导，单一样本收获更多临床价值。 全面·精准·超值 一站式覆盖靶向用药基因、化疗药物指导基因、遗传性肿瘤易感基因、免疫治疗标志物（MSI/MMR）、同源重组修复（HRR）基因及 HRD 状态评估，多维检测一次完成，最大化利用患者珍贵样本，实现精准诊疗全维度覆盖。 加量不加价 升级内容全面扩容，价格保持不变，大幅提升检测可及性。 高灵敏度与高准确性 全面覆盖FDA/NMPA批准、NCCN/CSCO指南推荐的所有靶向用药基因。平均测序深度1000X，可稳定检出1%热点突变。 极速报告交付体验 5-7自然日。 样本要求: 肿瘤组织样本+对照血液 适用人群: 初治或复发的乳腺癌、卵巢癌、前列腺癌、胰腺癌患者 拟进行靶向、免疫、化疗治疗的卵巢癌、乳腺癌、前列腺癌、胰腺癌患者  解码HRD产品介绍 解码同源重组错配修复机制综合评估项目全新升级，通过多轮标准品和临床样本测试，准确度，精密度等关键指标均合格，精密度远超NMPA标准。该检测适用于卵巢癌（包括输卵管癌和原发性腹膜癌）、乳腺癌、胰腺癌和前列腺癌患者。 168基因+HRD、700基因+HRD项目除常规用于评估PARP抑制剂疗效（HRR/HRD）外，还包括靶向、免疫、化疗、遗传性肿瘤基因检测，全面覆盖卵巢癌、乳腺癌、前列腺癌、胰腺癌国内外临床指南推荐的靶向用药相关基因，以充分利用患者的宝贵样本。  关 于 我 们 中国规模最大的测序服务中心之一 解码(上海)生物医药科技有限公司成立于2011年，公司总部位于上海国际医学园区。旗下的上海解码医学检验所拥有实验室及办公面积逾6000m2，深耕生命科学领域十余年，并已建成超大规模测序服务中心，日均测序产能超过200T，服务范围辐射全国。 汇聚全球顶尖主流分子检测平台 解码生物与华大智造、Illumina、PacBio、Agena等顶尖的跨国企业建立了战略合作伙伴关系。现拥有DNBSEQ-T20x2一台, DNBSEQ-T7-15台，DNBSEQ-T7+ 一台， NovaSeqXPlus-4台, PacBioRevio system-1台，MassARRAY飞行时间质谱2台，荧光定量PCR仪170余台。 全生命周期基因检测解决方案 依托先进的检测平台，提供覆盖肿瘤早筛&精准用药&复发监测、妇产儿健康、慢性病风险评估、常规体检筛查、遗传病辅助诊断&携带者筛查、感染性疾病分子诊断及药物基因组学等500多项基因检测项目，致力于为不同临床场景提供精准、可靠的分子诊疗依据，助力诊疗决策，服务全生命周期健康管理。 极速交付，快人一步 让精准诊疗更快一步，qPCR平台1自然日，核酸质谱平台2自然日，NGS平台4自然日。 软硬件系统全流程自动化，低风险，低差错 提取、建库、杂交捕获、生信分析等全流程自动化，依托全面及时更新的专业知识库，实现医疗服务低风险、低差错。 资质齐全，质量保障 CAP认证实验室，拥有二级生物安全实验室资质，连续8年满分通过NCCL/SCCL三百余项室间质评。 全程服务 合作共赢 提供全面的售前咨询和售后服务，以合作伙伴为中心的共同成长的全方位服务体系。 供 稿 人 丨向日葵 编辑排版丨小肥龙

单细胞和空间组学技术彻底改变了我们解析癌症等复杂疾病的能力。复杂多模态数据分析为肿瘤生态系统的基因组特征、细胞状态及细胞间互作提供了新的见解，助力解析生物学关键机制，加深我们对药物反应、耐药机制及靶点发现的认知。然而在单细胞和空间组学技术充分发挥临床应用潜力前，仍面临诸多挑战。2026年2月发表在Nature cancer上的重磅综述，系统总结了单细胞及空间组学的应用机遇、现存壁垒及潜在解决方案，涵盖样本采集与保存方法及分析工具等，为这些技术在临床场景中稳健、可重复性应用提供了可实施性建议。 01 癌症治疗靶点发现：空间与单细胞组学两大利器，强强联合 肿瘤组织长期以来被视为复杂的“细胞群落”：遗传与表观遗传异质性的癌细胞群体，与复杂的肿瘤微环境共存、协同进化；肿瘤微环境既可能被癌细胞利用以促进进展，也可被调控以抑制肿瘤生长。单细胞组学把组织拆成单个细胞，逐个分析基因组、转录组、蛋白组，精准捕获稀有细胞亚群及细胞状态差异。将单细胞数据与药物干扰筛选、CRISPR 基因编辑技术结合，可直接关联分子特征与药物反应、耐药性，开展高维度表型分析，助力解析未知生物学通路、开发新疗法。这类的应用已被广泛报道。例如，单细胞测序技术在胶质母细胞瘤中发现同一肿瘤内存在不同亚型细胞，且单个肿瘤包含多种不同细胞状态的癌细胞。在肿瘤微环境解析中，多项针对转移性黑色素瘤、乳腺癌、基底细胞癌的单细胞研究中，明确了癌细胞内在的免疫检查点抑制剂耐药特征，以及影响免疫疗效的T细胞状态、动态变化和受体克隆性。基于微流控、液滴技术的单细胞基因组学方法（含转座酶可及染色质测序ATAC-seq）的开发与商业化，推动了该技术在各类癌症中的广泛应用，助力解析肿瘤进展、细胞可塑性、转移器官倾向性及新型耐药机制。 空间组学技术在保留组织空间结构的前提下，直接在切片上分析基因或蛋白表达，保留组织原貌，还原细胞社交网络,精准定位细胞位置和空间互作。越来越多研究采用多模态联合分析，整合多种技术数据，深化对肿瘤进化、细胞互作及治疗反应性的认知。对遗传背景差异显著、样本类型多样的患者队列数据开展分析，需开发先进计算方法以完成数据处理、整合与解读，后文将详细探讨单细胞癌症基因组学的分析挑战。 单细胞测序和空间组学技术强强联合，达到1+1＞2的效果，构建肿瘤时空全景图。单细胞组学负责“高精度解析细胞身份”，空间组学负责“还原细胞位置关系”，两者结合，既能看清细胞是谁，又能知道它在哪里，和谁互动。 02 临床样本怎么选、怎么存？顶刊给的实操指南 临床样本用于单细胞基因组学研究，面临诸多难以控制的变量与人为误差，如采集到处理的时间差、收样流程差异、脆弱细胞类型丢失等问题。临床实体瘤诊断常用的样本类型有：手术切除组织、活检组织、体液（恶性积液、脑脊液）；血液系统恶性肿瘤多采用血液、骨髓穿刺样本。此外，临床常规诊疗中还会采集新辅助治疗后肿瘤切除样本、耐药机制相关样本临床试验中的序贯采集样本。组织样本常规的保存方式有FFPE、快速冷冻、慢速冷冻、OCT包埋等。样本类型、保存方式及其他变量，直接决定不同单细胞基因组技术的适配性。（表1） 表1. 临床常规样本类型及特征、常用检测方法 01 新鲜组织样本 优势：新鲜组织可获取大量组织，多适用于单细胞测序、多组学分析及活细胞功能实验，数据质量高，适合稀有细胞亚群深度分析。 关键注意点：组织解离方式（机械或酶解）直接影响数据质量。部分组织可通过机械力解离，多数需酶解基质释放细胞；常用酶包括胶原酶、内肽酶、DNA酶，可能破坏组织抗原（如免疫标志物），酶解流程需标准化以保证数据可比性；建议预实验拆分样本，对比不同解离方案，评估应激通路激活等变量影响，选择解离效果好、对数据质量影响小的方案；优先选用聚丙烯耗材（细胞吸附性低于聚苯乙烯）。 劣势：需完善的实验设施；易丢失神经元、脂肪细胞、髓系细胞等难采集细胞；组织复杂度不同导致处理时间差异大，易引入人为基因表达误差（免疫细胞亚群如小胶质细胞尤为明显），主要源于解离、FACS过程中的细胞应激；患者队列异质性强、样本量小，研究结论难以广泛推广。 02 快速冷冻组织样本 优势：可融入常规临床病理流程，无需额外设施；支持前瞻性、回顾性患者队列筛选；处理流程、测序文库构建更高效；减少分析前变量（处理时间、患者既往治疗史）与人为基因表达误差；标准化组织采集流程，支持多机构联合研究。 劣势：稀有细胞亚群富集难度大；部分细胞不耐受快速冷冻、易死亡；优先捕获内含子RNA、偏好长mRNA片段；细胞表面结构破坏，无法检测表面蛋白；冷冻导致组织结构破坏、细胞形态变形，不适合空间转录组分析。 03 FFPE组织样本:宝藏资源，解锁存档样本 优势：福尔马林通过分子交联保存组织结构与形态；可利用大型病理档案库构建大样本队列，获取同一患者原发灶、转移灶，治疗前、进展后配对样本。 劣势：FFPE处理、储存时长及条件会破坏DNA/RNA完整性、导致片段化，引入人为突变信号；单细胞及单细胞核测序中，上述问题更突出。 优化进展：探针捕获法mRNA检测技术已应用于FFPE 样本单细胞核RNA测序，与新鲜、冷冻组织相比，检测回收率、数据质量、生物学完整性均表现良好；但探针法仅能检测预设序列，无法分析单核苷酸变异、新抗原等序列特征。 适配场景：FFPE切片空间结构、细胞形态保存完好，是空间转录组、空间蛋白质组分析的首选样本；解离细胞、细胞系可直接在载玻片上开展成像类空间转录组分析，实现规模化、多模态检测。 表2.不同组织类型适用的检测技术 03 其他临床变量影响因素 疾病部位、患者遗传背景、既往治疗史会显著改变癌细胞状态与肿瘤微环境，影响单细胞及空间组学检测结果。临床数据标准化收集是样本精准注释的关键，但临床数据常分散于多中心，可能存在数据注释不全或非结构化文本。因此，开展临床研究需多机构协作，统一样本采集、数据生成流程，确保结果的可重复性和可靠性。 04 数据分析挑战 肿瘤细胞及其生态系统的高度异质性，导致标准单细胞分析流程难以适配临床癌症数据；罕见癌种、特定亚群研究样本量小，难以构建通用模型。数据分析存在以下共性难题： 01 数据标准化整合（批次效应校正） 核心难题：跨患者、机构、治疗条件的数据整合，如何进行有效地校正批次效应（技术差异导致的非生物学变异）；冷冻组织还存在冷冻方案、储存时长、解冻流程差异带来的额外变异。 现有工具：免疫细胞等生物学差异较小的样本，scVI、Harmony、Scanorama、Seurat、STACAS、cyCombine等批次校正工具效果良好；参考批次法适配大型图谱数据整合；同时有批次校正效果评估工具，部分工具可检测过度校正问题。 工具局限性：复杂协变量（如治疗史）数据校正效果差；临床队列中，校正后易丢失肿瘤遗传、表型、治疗史相关的真实患者特异性差异；scGPT、Geneformer等大模型工具是新方向，但批次校正效果不及传统工具，且适配异质性癌症数据的方案尚未成熟。 统计效力提升方案：传统人工分层法受样本采集不统一、患者异质性限制；概率模型、样本协变量建模、自动分层算法可缓解该问题，如scITD 匹配样本基因程序与临床协变量、MrVI 实现细胞水平无监督样本分层。 02 拷贝数变异（CNA）影响解析 关键挑战：肿瘤亚克隆间CNA差异显著，影响免疫检查点抑制剂等治疗效果；单细胞水平 CNA检测成本高、难度大；基因表达量与CNA剂量并非绝对相关，易干扰肿瘤进展、转移、治疗反应相关转录程序解读。 解决方案： 克隆水平分析：通过最大简约法、距离矩阵推断法构建肿瘤进化树，追踪CNA累积过程；CAN和单核苷酸多态性（SNP）联合分析提升进化树准确性；推荐配对批量全基因组、外显子测序、SNP芯片数据辅助CNA推断。 多组学整合：整合多模态数据，区分CNA剂量效应与表型可塑性、微环境互作等外部影响；冷冻样本RNA降解、缺失值需通过插补法、概率模型处理；多组学整合助力解析肿瘤可塑性驱动因素，支撑癌症大模型开发。 03 空间解析：细胞互作与肿瘤微环境 空间邻域建模、空间细胞类型解析、组织学整合技术，可解析微环境特异性细胞状态、细胞间互作、空间信号通路。原位成像空间组学中多重蛋白染色可为细胞注释提供验证依据，受配体互作分析需要实验验证；无监督聚类、机器学习适配单细胞、空间转录组和空间蛋白组的细胞邻域与互作分析。 04 时间维度：肿瘤微环境动态演化 研究价值：同一患者治疗过程中多次采样，可解析肿瘤微环境时间演化、治疗反应机制，筛选耐药相关基因突变、基因程序。 挑战：采样时间不规律、患者间条件差异大，需纵向数据整合算法；多模态数据插值、插补填补时间点缺失值。 解决方案：窗口期临床试验提供标准化样本，精准解析术前治疗干预效果；DIISCO 等算法重建细胞状态动态，预测细胞互作；整合先验知识、结构化数据建模，提升小样本队列分析效力，解析耐药克隆中免疫浸润差异、免疫网络与免疫治疗反应的关联。 05 研究设计与样本管理建议：提升数据质量 01 人类样本类型及技术匹配建议 优先选择新鲜组织：适配10x Genomics、ATAC-seq等液滴法单细胞测序；无法获取新鲜组织时，按下游技术选择保存方式； FFPE：首选空间组学（转录组或蛋白组）（冷冻破坏组织结构）； 快速冷冻：适配长读长DNA/RNA测序（完整保留长片段核酸，无需解交联）； 冷冻关键原则：快速冷冻（RNA 分析尤为重要，高温加速核酸降解）。 02 人类样本储存建议 血液样本（PBMC）：液氮中长期储存，可保存数年； 快速冷冻组织：解冻后可直接用于单细胞核测序，一天内完成检测； 慢速冷冻组织：解冻后可直接测序，支持单细胞蛋白质组（流式）分析； 全血 vs PBMC：优先用全血开展免疫分析，可保留中性粒细胞等敏感细胞、避免 PBMC分离的技术变异、样本用量更少、更贴近体内免疫环境； FFPE 样本：室温或4℃长期储存（4℃更优）；恒温、低湿、避光保存，避免石蜡软化、核酸降解。 03 样本量设计与数据分析 预实验和效力分析：通过预实验确定最小样本量；平衡队列同质性（疾病分期、治疗史）与多样性； 样本量双重维度：患者数量、单患者细胞数量；差异表达分析需分层统计效力计算；稀有细胞鉴定需细胞数量优化；增加细胞数量≈提升测序深度； 成本平衡：优先大样本、中等深度测序，而非少数患者高深度测序，结论更具临床普适性； 数据整合原则：谨慎校正批次效应（纵向样本避免过度校正，保留真实生物学差异）；保守解读降维可视化结果，需统计学验证；多模态研究采用多视图整合算法；纵向或空间研究需考虑时间、空间依赖性、采样差异。 图1. 不同临床样本类型收集保存方法及检测技术决策树 06 展望：精准治疗的“加速器” 单细胞和空间组学不仅是研究工具，更是精准治疗的核心驱动力。临床样本分析助力新一代疗法开发（如CAR-T细胞治疗），标准化检测流程、降低成本，推动精准医疗普及，实现个体化治疗方案选择；解析不同患者、癌种、治疗方案下的肿瘤微环境多样性，阐明单药或联合治疗反应机制，预测治疗反应，筛选获益人群；患者纵向监测，治疗前后多次采样，可精准解析异质性治疗反应，最终实现患者预后分层、精准治疗。 单细胞和空间组学，正彻底改变我们对肿瘤的认知：从模糊的肿瘤块到清晰的细胞生态系统，从一刀切治疗到个体化精准干预。尽管仍有挑战，但随着技术迭代、成本下降、标准化推进，这两大利器必将全面走进临床，为癌症患者带来新希望！ 科研服务需求 扫码填写表格 关于解码时空 解开生命密码，守护人类健康 解码时空是解码（上海）生物医药科技有限公司（简称：解码生物）旗下专注于时空组学技术服务的核心品牌，依托解码生物在多组学领域的深厚积累，聚焦于空间位置与时间维度整合的生命科学研究，为科研机构、药企及临床提供从样本处理到数据分析的全链条解决方案。 解码时空的技术体系与应用场景深度融合布鲁克空间生物学、华大智造、10x Genomics等战略合作伙伴的前沿平台，成为国内时空组学服务的标杆。 供 稿 人 丨张玉涵 编辑排版丨小肥龙