04月10日的《热心肠日报》,我们解读了 15 篇文献,关注:肿瘤菌群,肠道菌群演化,动物菌群,噬菌体,真菌,反刍动物,猪,陆龟,线虫,蚊子,转移性大肠癌,EnteroBiotix,海正苏立康,德昇济医药,悦康药业,Biora Therapeutics。
该篇日报由R·AI辅助创作生成,人工审核校对。
Cell:首个大规模泛癌转移性肿瘤菌群图谱
Cell——[64.5]
① 对4160例多部位多癌症类型的转移瘤活检样本进行宏基因组学、基因组学、转录组学和临床数据的整合分析,在物种层面揭示了肿瘤菌群的组成和动态特征,及其与肿瘤生物学、肿瘤免疫和免疫治疗效果的关系;② 转移瘤菌群中厌氧菌占比较高(尤其缺氧肿瘤中),其组成与转移部位和原发肿瘤类型和表型(如MSI状态)相关;③ 肿瘤菌群组成和多样性与肿瘤生理(尤其肿瘤免疫)特征密切相关,例如肿瘤内中性粒细胞等免疫细胞浸润和免疫排斥,EGFR、TGF-β、TNF-α等信号通路活性,以及肿瘤胞外基质重塑和抗菌肽等,都与较高的菌群多样性相关;④ 转移瘤菌群随时间推移保持一定的稳定性,而免疫治疗能重塑其组成,尤其在响应治疗的患者中;⑤ 肺癌中,梭杆菌属的富集与免疫治疗效果不佳相关;⑥ 这项研究建立了首个大规模的泛癌症转移性肿瘤菌群图谱,为深入研究肿瘤菌群及其治疗靶点潜力提供了重要资源。
【原文信息】
A pan-cancer analysis of the microbiome in metastatic cancer
2024-04-09 , doi: 10.1016/j.cell.2024.03.021
Cell子刊:肠道菌群演化的新途径——插入序列驱动的基因多样性
Cell Host and Microbe——[30.3]
① 开发出一套数据库和计算流程,探究肠道微生物组中插入序列(IS)元素如何推动微生物适应性进化;② 不同的IS元素能够插入人类肠道细菌基因组中,这一现象与宿主的生活方式无关,且IS元素会靶向细菌的辅助基因,帮助细菌适应特定的环境条件;③ 在拟杆菌属中,IS扩展会导致辅助基因的“热点”插入,且这些插入是稳定的,能够在人与人之间传递;④ 在极端环境干扰下,IS元素会从微生物组中消失,且在环境恢复稳态后很多无法复原,为理解微生物组中菌株水平变异如何影响人类健康奠定了基础。
【原文信息】
A metagenomics pipeline reveals insertion sequence-driven evolution of the microbiota
2024-04-01 , doi: 10.1016/j.chom.2024.03.005
陈卫华+刘庆友等:反刍动物肠道病毒群落中存在高比例的裂解性噬菌体
Microbiome——[15.5]
① 基于8种反刍动物10个胃肠道位点的2333个样本,构建出统一反刍动物噬菌体目录(URPC),用于表征不同反刍动物和胃肠道位点中噬菌体基因组的分布;② 识别到64922个非冗余噬菌体基因组,大多数噬菌体对特定宿主具有专一性;③ 约60%的反刍动物噬菌体为裂解型,这一比例高于其他所有环境,显示出在微生物干预中的应用潜力;④ 构建了病毒与细菌/古菌的互作网络,并识别了多个可能对产甲烷古菌具有裂解作用的噬菌体;⑤ 本研究结果有助于指导反刍动物病原菌控制和甲烷排放减少的噬菌体治疗研究。
【原文信息】
A compendium of ruminant gastrointestinal phage genomes revealed a higher proportion of lytic phages than in any other environments
2024-04-04 , doi: 10.1186/s40168-024-01784-2
鉴别猪肠道菌群与恢复力的联系
Microbiome——[15.5]
① 本研究首次探索肠道菌群与恢复力之间的联系,发现肠道菌群可以作为识别低恢复力个体的生物标志物;② 不同恢复力水平的微生物组组成和多样性存在差异,四个指标中, LnVar和MaxArea在捕捉与肠道菌群的联系方面最有效;③ 恢复力较差的动物α-多样性下降,而与炎症反应相关的特异性扩增序列变体和KEGG通路与恢复力呈负相关;④ 微生物组成的显著差异主要发生在恢复力较低的动物身上;⑤ 微生物组成有可能作为一种可靠的生物标志物,用于区分具有较低恢复力的个体。
【原文信息】
A first characterization of the microbiota-resilience link in swine
2024-03-15 , doi: 10.1186/s40168-024-01771-7
Nature子刊:揭秘龟类肠道中的厌氧真菌
Nature Communications——[16.6]
① 通过非培养方法在陆龟中鉴定出三个新的深支系厌氧真菌属,这些属在大多数样本中占据了超过90%的序列;② 基于转录组学的系统发育和分子年代学分析表明,这些属在厌氧肠道真菌树中占据古老且深支系的位置,其进化分化时间估计为1.04-1.12亿年前;③ 陆龟相关的厌氧真菌(T-AGF)在植物多糖代谢能力方面有限,缺乏编码多个碳水化合物活性酶(CAZyme)家族的基因;④ 与哺乳动物相关的厌氧真菌相比,T-AGF基因组中水平基因转移的稀缺性导致了其降解能力的缩减和CAZyme组成的减少。
【原文信息】
Anaerobic fungi in the tortoise alimentary tract illuminate early stages of host-fungal symbiosis and Neocallimastigomycota evolution
2024-03-28 , doi: 10.1038/s41467-024-47047-4
Science子刊:吃适应氧化应激的细菌,延长线虫寿命
Science Advances——[13.6]
① 利用秀丽隐杆线虫及其简化的细菌饮食,探究微生物对氧化应激的适应以及影响宿主的寿命和应激反应;② 以氧化应激适应型细菌为食的线虫表现出更强的抗压力和更长的寿命;③ 通过遗传和代谢分析,发现氧化应激适应型细菌中的铁能够激活线虫的线粒体激活蛋白激酶途径,从而增强其抗压性和延长寿命;④ 本研究表明应激进化的细菌通过PMK-1/p38-MAPK信号通路介导线虫的抗逆性,提示理解微生物对压力的适应性变化有助于减缓衰老过程和缓解与年龄相关的健康衰退。
【原文信息】
A diet of oxidative stress-adapted bacteria improves stress resistance and lifespan in C. elegans via p38-MAPK
2024-04-03 , doi: 10.1126/sciadv.adk8823
Nature子刊:蚊子肠道干细胞如何抵御疟原虫感染?
Nature Communications——[16.6]
① 本研究揭示了蚊子中肠干细胞对恶性疟原虫感染的一种新型细胞防御反应,为疟疾控制提供了新的思路;② 恶性疟原虫的发育子囊体会触发中肠祖细胞的增殖,这一过程受Jak/STAT通路调控,且与中肠上的子囊体数量成正比;③ 随着祖细胞的增殖,与肠母细胞直接接触的寄生虫比例随时间增加;④ 通过RNA干扰技术抑制关键信号通路的组分发现,增加祖细胞的增殖显著减少子囊体数量,而限制祖细胞的增殖则增加子囊体的存活;⑤ 活体成像揭示,肠母细胞可直接与子囊体相互租用并消灭它们;⑥ 中肠祖细胞感知到寄生虫子囊体的存在,发起细胞防御反应,包括广泛的增殖和组织重塑,最终通过溶解子囊体和吞噬寄生虫残骸来抵御感染。
【原文信息】
Mosquito midgut stem cell cellular defense response limits Plasmodium parasite infection
2024-02-16 , doi: 10.1038/s41467-024-45550-2
Nature Reviews:局部进展期直肠癌全新辅助治疗的未来方向(综述)
Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology——[65.1]
① 本综述探讨了全面新辅助治疗(TNT)在治疗局部晚期直肠癌中的未来方向,强调了通过精准的分子特征预测哪些患者能从TNT和非手术管理中受益的重要性;② 尽管治疗手段有所进步,大多数试验中局部晚期直肠癌患者的无病生存期和总生存期因远处转移而未见改善;③ TNT,包括化疗和放疗或化放疗,已成为高风险疾病患者的标准治疗方法,以防止局部复发和远处转移;④ 在有临床完全反应的选定患者中,可能通过非手术管理避免后续手术,但未对TNT有反应的患者预后不佳;⑤ 通过人工智能和机器学习对时空多组学的综合分析,特别是精细的分子特征鉴定,展现出预测患者对TNT和非手术治疗反应的巨大潜力。
【原文信息】
Future direction of total neoadjuvant therapy for locally advanced rectal cancer
2024-03-14 , doi: 10.1038/s41575-024-00900-9
转移性结直肠癌患者的HER2基因表达水平有助于治疗方案的选择
Journal of Clinical Oncology——[45.3]
① 本研究揭示了HER2表达水平与治疗方案之间存在显著的相互作用,表明HER2表达水平可以作为选择贝伐单抗与西妥昔单抗治疗的重要依据。② III期临床显示转移性结直肠癌患者接受一线化疗联合贝伐单抗或西妥昔单抗治疗,总生存率没有差异;3.对559名患者的原发肿瘤DNA进行分析,发现高HER2表达与更长的无进展生存期(PFS,11.6 vs 10个月)和总生存期(OS,32 vs 25.3个月)相关,且这种相关与治疗无关;③ 在高HER2表达组中,与西妥昔单抗相比,贝伐单抗治疗显示出OS优势,而在低表达组中,西妥昔单抗与更差的PFS相关;④ 当作为连续变量建模时,增加的
HER2
表达与较长的OS相关和PFS,在中位数后达到平台效应;⑤ 在
HER2
表达低于中位数的患者中,与贝伐珠单抗相比,使用西妥昔单抗与较差的PFS和OS相关。
【原文信息】
HER2 Gene Expression Levels Are Predictive and Prognostic in Patients With Metastatic Colorectal Cancer Enrolled in CALGB/SWOG 80405
2024-03-08 , doi: 10.1200/JCO.23.01507
转移灶不可切除结肠癌转移患者:原发肿瘤切除是否能延长总生存期?
Journal of Clinical Oncology——[45.3]
① 本研究探讨了在接受系统化疗前进行原发肿瘤切除(PTR)对于转移灶不可切除的Ⅳ期结肠癌患者的总生存期(OS)是否有延长作用,结果显示与单纯化疗相比,PTR不会延长OS,可能与PTR中接受化疗的人数较低相关;② 纳入393名患者被随机分配接受PTR或前期化疗(无PTR组),PTR组有24.1%的患者没有化疗,无PTR组有6.4%没有化疗,中位随访时间为36.7个月;③ PTR组患者的中位OS为16.7个月,无PTR组为18.6个月,无显著差异;④ 无PTR组中患者发生严重不良事件发生率为18.0%,显著高于接受PTR组的10.2%。
【原文信息】
Primary Tumor Resection Before Systemic Therapy in Patients With Colon Cancer and Unresectable Metastases: Combined Results of the SYNCHRONOUS and CCRe-IV Trials
2024-02-27 , doi: 10.1200/JCO.23.01540
活菌药企业EnteroBiotix宣布完成2700万英镑的融资
① 4月4日,EnteroBiotix宣布完成了2700万英镑(约合人民币2.47亿元)的融资;② 本轮融资由Thairm Bio、Kineticos Life Sciences、苏格兰国家投资银行和苏格兰企业等新老投资者投资;③ 融资包括1570万英镑的新股权和1160万英镑的贷款票据转换为股权;④ 融资资金将用于推进活菌药EBX-102-02进入肠易激综合征(IBS)的2期临床试验,并推进公司其他与肠道微生物组失调相关疾病(如肝硬化和肝性脑病)的产品管线。
【原文信息】
EnteroBiotix Completes £27m Financing Round to Advance Clinical Trials
2024-04-04 , Globe Newswire
特医食品企业「海正苏立康」完成数千万元融资
① 近日,浙江海正苏立康生物科技有限公司完成数千万元融资,栈道资本独家投资;② 本轮融资将用于海正苏立康重磅产品的研发注册及专业渠道建设;③ 海正苏立康是国内最早一批专注于特医食品研发和生产的企业,已获得多项特医食品批文;④ 特医食品市场潜力巨大,海正苏立康产品已进入220多家三级医院,且在专业医疗渠道开拓方面持续发力。
【原文信息】
【首发】海正苏立康完成数千万元融资,引领国内特医食品行业发展
2024-04-09 , 动脉网
生物技术公司「德昇济医药」宣布完成A+轮融资
① 4月8日,德昇济医药宣布完成了6200万美元(约合人民币4.48亿元)A+轮融资;② 本轮融资由欧洲生命科学投资企业Medicxi领投,现有投资者经纬中国和药明康德风险投资基金跟投;③ 融资资金将用于加速德昇济医药产品管线开发,特别是推动首款产品D3S-001的全球临床试验;④ D3S-001是新一代小分子KRAS G12C抑制剂,目前正在进行全球2期临床开发,适应证包括结直肠癌、非小细胞肺癌等;⑤ 德昇济医药专注于肿瘤及免疫精准治疗药物的研发及商业化。
【原文信息】
德昇济医药完成6200万美元A+轮融资,推进创新肿瘤药物管线研发
2024-04-08 , 医药观澜
悦康药业「注射用艾司奥美拉唑钠」获药品注册证书
① 4月9日,悦康药业发布公告称,已获得国家药监局核准签发的注射用艾司奥美拉唑钠《药品注册证书》;② 该药品规格为40mg,属于化药4类,用于临床治疗胃食管反流病等疾病;③ 注射用艾司奥美拉唑钠由悦康药业生产,同时悦康药业也是上市许可持有人;④ 药品获批有助于提升悦康药业在消化领域的市场竞争力和市场份额。
【原文信息】
悦康药业:自愿披露关于注射用艾司奥美拉唑钠获得药品注册证书的公告
2024-04-09 , 东方财富网
Biora液体药物递送技术BioJet获新专利授权
① 4月8日,Biora Therapeutics公司宣布,旗下液体药物递送技术BioJet新专利获得美国专利商标局授权,专利号为11,938,295;② 新专利描述了BioJet在递送药物至胃肠道释放液体药物过程的关键参数;③ BioJet旨在以口服方式将生物大分子递送至小肠,液体喷射将药物释放到小肠组织,实现药物的系统性循环,从而提高其生物利用度;④ 目前,BioJet液体药物递送技术已获得12项专利授权,另外有31项专利待授权。
【原文信息】
Biora Therapeutics Announces New Patent Covering its BioJet™ Liquid Jet Delivery Technology
2024-04-08 , Globe Newswire
感谢本期日报的审核者:mildbreeze,九卿臣,RZN,章台柳,刘永鑫-农科院-宏基因组,lxx,Richard
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