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环球视野,深度视角
各位亲爱的股东们,大家早上好中午好晚上好。
单细胞测序,我们一直特指的是scRNA-Seq,很少有提到关于scDNA-Seq,对吧?
除了Mission Bio曾经浮出过水面一段时间,然后就...没有然后了。
其实,并不难理解。
相对RNA而言,对单细胞的基因组进行测序还是太超前了点。
基因组多少数据,转录组多少数据,天渊之别。
不过,有些方向倒是可以讨论。
比如,MissionBio的靶向单细胞DNA测序。
然而,今天我们并不想过多去聊Mission Bio,今天聊的是主要是BioSkryb。
#01
我们不一样
经常做单细胞测序的朋友们都知道,这个活有个很重要的“工序”就是给每个细胞打上标记,避免不同细胞的混淆。
那么,有没有一种可能,我不需要给每个细胞打标记,也能做单细胞测序呢。
(没错,用的就是赛多利斯的CellCelector)
哎,聪明的你肯定想到了,我先把单细胞分出来不就得了。
天才!
BioSkryb也是这么想的。
先用FACS把单细胞分出来,接下来做全基因组(WGA)或者全转录组扩增(WTA),然后建库不就得了?
事实上他们也确实是这么做的。
但是这里带来两个问题:
第一,这种方法的通量显然不高。
第二,要做WGA/WTA难度也不小。
BioSkryb表示我们不一样,解决不了就不解决了。
通量问题以后再考虑,他们着重解决了放大的问题。
BioSkryb既然能在江湖上立下名号,必然有过人之处,他们发明的技术被称之为PTA(Primary Template-Directed Amplification)。
#02
吊打MDA
看了上图,经常做WGA的高手想必已经能看出BioSkryb要表达的意思了。
呃,我没...
后来才理解了,BioSkryb想要表达的是PTA技术在基因组上的覆盖是非常均匀的。
在看这张图,会发现MDA在某些区域会过度扩增,有些地方又覆盖较低。
十分不均匀,厚此薄彼必然不是好老板。
吊打MDA了属于是。
那么,PTA是怎么做到的呢?
其实说简单也并不复杂,简单的说只需要3步。
1变性:首先,DNA样本需要经过变性处理,使双链DNA分开成单链。
2、退火:然后,随机引物(6-9个碱基长度)与单链DNA退火,即引物与DNA模板结合。
3、延伸:使用Phi29 DNA聚合酶和专有的核苷酸池进行延伸反应,生成大约250到1500bp以上长度的扩增子(amplicons)。
由于用的Phi29 DNA聚合酶会持续延伸,直到遇到终止子,并且会把已经延伸出的新链切除。
这就会持续不断的在基因组上扩增出长度不一的序列,并且由于新生成的链被切除后依然会被延伸生成双链。
新链生成后,依然会被Phi29捕获生成双链,但是由于新的双链太短,无法与随机引物结合,因此阻止了扩增子过度扩增的问题。
好家伙,天才~
#03
并非无敌
很显然,PTA技术在WGA上的应用是非常不错的。
但是,如果用在scDNA-Seq上就会瓶颈。
首当其冲的就是通量问题,这表现在两个方面。
第一,单细胞的数量问题。分选出来的细胞数量是有限的,很难做到高通量。
第二,是测序数据量问题。PTA过后的数据是整个基因组,如果要做单碱基突变等后续分析,测序数据量将难以估量。
不过,这么好的技术显然有很多应用方向。
随便举几个例子:
PGT:胚胎植入前筛查。
低起始量建库:比如古法医学啥的,最低起始量可以干到4pg。
CNV/SV:对于这种基因组上均匀扩增的技术,用来做SV结构变异检测显然再好不过,CNV拷贝数变异检测也行。
你还别说,看好CNV检测这块市场的,可不止有BioSkryb。
Mission Bio 2024年9月26日宣布了自己在单细胞拷贝数检测上的最新产品。
只不过,Mission Bio的方案更简单,原先的流程基本没变,就是把靶区域换了换。
在基因组上每相隔5.8Mb左右放一对引物,这样整个人类基因组3Gb大约只需要500多对引物就能拿来算CNV了,算是基因组全覆盖了。
算,我相信也不是不能算,就是与PTA想必优缺点也很明显。
优点是Mission Bio的技术本来就可以高通量的来做scDNA-Seq,并且500多个区域需要的数据量也不高。
缺点是只能做CNV和覆盖区域的SNV检测,不能覆盖整个基因组,并且5.8Mb这个距离并不算近,难免损失精度。
可能正是因为此,BioSkryb也得到了与HCA(Human Cell Atlas)牵手的机会。
#04
最后
那么高通来给你单细胞DNA测序要崛起了吗?
目前BioSkryb和Mission Bio的方案都存在比较大的缺点,只能算是过渡阶段的产品。
当然,这并不妨碍大家用这两家的技术发文章。
甚至,拿他们做个二次开发也不是不行。
其实,高通量单细胞DNA测序还有两个巨大的门槛需要跨越。
第一,极低的测序成本。
如果要充分发挥高通量单细胞DNA测序的威能,至少得做到单细胞WES测序吧,那么目前9.9RMB/G的价格可能远远不够低,华大智造、真迈、赛陆们再努努力。
第二,极低的存储成本。自不必多言了,那时候一个小姐姐的房间可能还放不下你一个样品的数据。
第三,极快的分析速度。同样,存储了还得算吧,这么海量的数据,要是算完都延毕两次了咋整...
最后的最后,HCA看上BioSkryb不会是因为他们加入折扣计划给的优惠太多了吧...
END
啊对对对对,扫描这货
能联系到我
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相关资料:注1:https://www.bioskryb.com/news/bioskryb-partners-with-human-cell-atlas/注2:https://missionbio.com/press/genome-integrity-assay
环球视野,深度视角
各位亲爱的股东们,大家早上好中午好晚上好。
昨天,文章忘了标原创了...大家理解下。
毕竟上年纪了...另外那不是商稿,非要给钱也行。
昨天,Natera和NeoGenomics的两份公告让人摸不着头脑。
一个似乎赢了,又不像真的赢了。
有个似乎输了,又不像真的输了。
呃,薛定谔来了高低得敬一杯...
#01
Natera:我赢了!
2024年9月23日,美国液态活检领域的大佬Natera发布公告更新其与NeoGenomics的专利纠纷进展。
Natera表示,宣布北卡罗来纳州中区地方法院对NeoGenomics的RaDaR检测法颁发了永久禁令。
在此之前,美国专利商标局拒绝了NeoGenomics对本案所涉及的454专利的有效性挑战。
这事,怎么看都是Natera赢。
MRD专利战风云再起!Natera诉NeoGenomics RaDaR专利侵权
这事咱们在去年就跟踪报道过,感兴趣的小伙伴点击上面了解详情。
懒得动弹的,我再复述一下。
2023年7月31日,Natera宣布起诉NeoGenomics,指控NeoGenomics侵犯了公司专利,涉及专利号为11,519,035/11,530,454。
该两项专利,主要涉及MRD检测,而NeoGenomics的RaDaR检测不恰当的使用了这两项专利。
2023年12月27日,Natera宣布赢得了与NeoGenomics RaDaR MRD检测诉讼的专利禁令。
一路赢过来,Natera专利和法务团队确实有两把刷子。
然而,NeoGenomics表示:嘿嘿~
#02
NeoGenomics:嘿嘿
同一日,被告NeoGenomics也发布了一份公告。
NeoGenomics高兴的宣布其RaDaR技术的新版本已通过可行性阶段,并且已解决与Natera关于RaDaR 1.0的诉讼。
啊?怎么解决的?Natera真的知道吗?
我觉得他不知道啊。
Natera在公告里可是明确表示:继续对RaDaR检测法的修改版本提起侵权诉讼。
怎么着,您这给RaDaR套个2.0马甲,Natera就不敢告你了是咋地...
不存在啊...
仔细看下NeoGenomics的公告,哦,和解了。
But,保密。
仔细看了下时间,我大概理了下。
应该是禁令出来后,给NeoGenomics造成了压力。
随后NeoGenomics给Natera展示了其新版RaDaR的原理,表示完全可以不依赖Natera的专利。
然而Natera表示不care,继续专利战。
随后,NeoGenomics服软,双方各退一步。
内容的细节可能是:
1,交叉授权:以新技术交叉授权给Natera作为代价;
2,延期支付:前面Natera要求的侵权赔偿可能通过在后续产品销售中予以计提的方式而不是立即支付现金;
以上两点纯属瞎猜,欢迎大佬们指正。
#03
关于RaDaR
所谓RaDaR,就是原来由Inivata(不是Invitae)开发,是一种tumor-informed MRD检测方案。
使用WES确认患者个性化位点,据此再来开发个性化探针/引物,对后续ctDNA进行富集,检测MRD情况。
根据公开资料,RaDaR检测的位点最多不超过48个,其LoD(limit of detection,最低检测限)低至0.001%的VAF.
2021年5月5日,NeoGenomics宣布收购Inivata,对价为3.9亿美元。
MRD专利战风云再起!Natera诉NeoGenomics RaDaR专利侵权
感兴趣的可以去看看上面那篇,比较详细。
#04
最后
这告诉我们一个道理,只要手里面的技术储备足够。
就算跪,也跪的比较帅。
受此消息影响,两家股票在盘后都有上涨。
Natera涨幅更大,似乎是投资人认为Natera赚了。
真的吗?
END
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相关资料:注1:https://investor.natera.com/news/news-details/2024/Court-Orders-Permanent-Injunction-Against-NeoGenomics-Accused-RaDaR-Assay-as-Case-Enters-New-Phase/default.aspx注2:https://ir.neogenomics.com/news-events/press-releases/detail/273/neogenomics-announces-new-radar-technology-and-resolution
深度聚焦类器官与3D培养论坛,OTC2024论坛合作详询:王晨 180 1628 8769近日获悉,杭州霆科生物科技有限公司(下称“霆科生物”)宣布完成由磐霖资本独家投资的数千万元A+轮融资。本轮融资由探针资本担任独家融资顾问,资金将用于杭州微流控芯片生产基地建设,加速霆科生物在全球市场的CDMO业务拓展,以及新技术与工艺研发和产能扩大。霆科生物成立于2014年,是一家专注于开发并量产微流控芯片的技术平台型公司。公司定位为“微流控芯片第三方研发制造整体解决方案提供商(CDMO)”,依托于全链条的微流控技术平台,为医疗体外诊断(生化分析、免疫检测、分子诊断、基因测序、液态活检)、器官芯片、纳米药物/材料合成、食安/环保检测等行业提供专业及全面的微流控产品设计开发与生产制造整体解决方案。图1.霆科生物杭州总部和研发中心所谓微流控(Microfluidics)技术,是一种在微米尺度空间中(10-1000μm)对流体进行精确操控的技术。该技术可以实现将生物、化学、医学等领域分析样品时所涉及到的制备、反应、分离、检测等基本单元集成到一块微米尺度的芯片上,并自动完成分析,具有集成性、微型化、高通量、智能化、样本及检测试剂消耗少等特点。因此,微流控芯片系统是当下生命科学发展的重要方向与前沿,在体外诊断、生命科学和药物合成以及器官芯片等领域得到了广泛的应用和落地。近年来,微流控技术在国外市场已被充分验证,多款产品成功商业化。在国内,微流控技术在产品端的应用才刚起步,发展潜力巨大。在国家政策支持及传统IVD企业战略升级大背景下,国内微流控产业正在以27%的高增速发展。霆科生物基于创始人叶嘉明博士近20年的产学研经验积累,搭建起了国内一流的从理论到芯片设计、加工到量产的全链条微流控技术平台。公司很好地把握住了市场需求,以其D端(研发设计端)技术优势快速切入到微流控CDMO领域,能根据不同领域客户的个性化需求快速交付产品,极大地为客户节省了产品开发成本。目前,公司已为国内外上百家IVD、生物医药龙头企业/上市公司提供微流控芯片CDMO服务,其研发收入位居行业首位,商业化转产能力已初步得到验证。图2. 霆科生物微流控芯片产品方案霆科生物现拥有杭州总部/研发中心和杭州、嘉兴两个生产基地,已通过IS013485《体外诊断用微流控芯片的设计开发、生产和销售》体系认证,具备PMMA、PC、COC、PS、PP、PDMS、玻璃等材质的微流控芯片从设计、开发到量产全流程转化能力。图3.霆科生物杭州萧山生产基地图4.霆科生物嘉兴生产基地注塑车间霆科生物拥有国际一流的微流控芯片产品研发、生产及管理团队。霆科生物创始人叶嘉明博士师从厦门大学田昭武院士、中国科学院大连化学物理研究所林炳承教授,曾任职于博奥生物有限公司(暨生物芯片北京国家工程研究中心)、浙江清华长三角研究院,在微流控、分子诊断、免疫诊断、分析仪器等领域拥有20余年的产品研发、生产与管理经验。总经理邱波博士曾任职于大唐国际化工技术研究院、大唐国际发电股份有限公司、三盛智慧教育科技股份有限公司(300282),拥有20余年研发管理、企业运营管理经验。此外,霆科生物还拥有微流控首席科学家中科院林炳承研究员和生物首席科学家清华大学周海梦教授、清华校友总会生命科学与医疗健康专委会秘书长余永平先生等在内的微流控与生物医学顶级权威专家组成的科学顾问委员会。对于此轮融资和霆科生物的未来规划,霆科生物创始人兼董事长叶嘉明博士表示:“非常感谢磐霖资本对霆科生物的充分认可与大力支持,资本的加持将助力霆科生物微流控CDMO业态发展再上新台阶,更好地打造公司的微流控研发与生产端能力。霆科公司自创办之日起,始终坚持‘让微流控变得更简单、让生命变得更健康’的发展使命和‘微流控技术为用户赋能,实现合作共赢’的经营理念,努力争取成为微流控产业的助力者和创新引领者。霆科生物将以此次融资为契机,快速推动5000平米杭州生产基地的建设,继续扩大微流控芯片产能,加强研发能力和工艺积累,坚持以客户为导向,不断创新升级生产体系,加速完善市场服务网络,以更优的品质、更高的效率为海内外客户提供更好的微流控CDMO服务。”霆科生物首席科学家林炳承教授表示:“对霆科生物与磐霖资本的合作表示热烈祝贺。当前中国微流控产业处于快速发展阶段,微流控芯片作为一种‘平台型、颠覆性’的科学技术,已成为传统IVD产品创新升级的一个理想技术平台。霆科生物团队已拥有20多年微流控技术储备和10余年的产品开发与工程化经验,产品应用全面覆盖IVD生化、免疫、分子诊断以及细胞分析等领域,具备全面而扎实的微流控产品开发和生产能力。希望未来霆科生物团队能够抓住发展机遇,为中国的微流控产业化事业做出贡献。”磐霖资本管理合伙人薛孟军先生表示:“微流控技术在IVD、药物研发、生物制药等领域拥有丰富的应用场景,是当前极具发展潜力的新兴科学技术。而微流控芯片的开发是系统化工程,需要交叉学科和多年产业经验的稀缺团队。霆科生物形成了以叶博和邱总为代表的核心创始团队,有效地将产研经验和商业化经验相结合。在其带领下,公司发展路径清晰且具差异化:以行业领先的D端研发快速切入微流控领域,用专利构建壁垒,随着公司在M端生产的持续完善,公司将成为业内少有的‘研发+生产’两条腿走路的全能型企业。目前,霆科已发展成为中国微流控上游产业的代表性企业,跻身业内第一梯队,磐霖非常看好公司在接下来国内微流控产业化浪潮以及全球微流控产业链协同创新中的持续进阶。”关于磐霖资本磐霖资本成立于2010年,是一家在“科技创新引领产业升级”主题下,围绕生物科技及数据智能应用,聚焦医疗,To B及科技两大领域的早中期风险投资机构。在生物医疗领域, 磐霖基于生物科技(Biotechnology),专注投资重大疾病的创新生物药研发及高端医疗器械的进口替代企业,先后在早期投出了康泰生物(300601)、瑞博生物、盛诺基、劲方医药、亲合力、Cothera、ABM、复诺健、健信生物、智新浩正、至善唯新等生物医药企业和凯普生物(300639)、金仕生物、安泰康成、透彻影像、琅瑞医疗、奥咨达、凯普医检、阅尔基因、3N科技、京都儿童医院、密码子、力文所等医疗器械、服务及创新生物技术应用企业。寻找科学家中的企业家,成就企业家中的创新者。关于探针资本探针资本成立于2017年,是一家专注医疗健康与生命科技的精品投行,旗下业务包括财务顾问、直接投资、产业咨询和创新孵化。创始团队来自业内一线私募股权投资机构、财务顾问机构、管理咨询公司和医疗垂直媒体。自成立以来,探针资本每年均完成两位数的私募融资与并购交易,累计交易金额超百亿元人民币。在企业增值服务方面,探针资本团队也拥有成熟的产业经验。2020年探针新医疗基金成立,目前已投资多家业内头部公司。关于霆科生物发展使命:让微流控变得更简单、让生命变得更健康经营理念:微流控技术为用户赋能、实现合作共赢企业文化:诚信务实、专注专业、合作共赢、坚持创新主营业务:微流控芯片及配套仪器的研发外包(R&D Outsourcing)、生产制造(ODM/OEM)服务END深度聚焦类器官与3D培养论坛,OTC2024论坛合作详询:王晨 180 1628 8769戳“阅读原文”立即领取限量免费参会名额!
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