近年来,蛋白水解靶向嵌合体(PROteolysis TArgeting Chimeras, PROTAC)技术已成为利用细胞自身破坏机制去除特定疾病相关蛋白的最有前途的方法之一[1]。除了PROTAC之外,许多不同的靶向蛋白质降解(Targeted Protein Degradation, TPD)策略正在涌现,涉及小分子类的TPD还包括分子胶(Molecular glue)[2]、自噬靶向嵌合体(Autophagy-Targeting Chimera, AUTEC)[3]、自噬体系连化合物(Autophagosome Tethering Compound, ATTEC)[4]、自噬靶向嵌合体(AUTOphagy TArgeting Chimera, AUTOTAC)[5]等。该类化合物多是一种双功能小分子,其结构中含有两部分,一部分包含E3招募配体,用于激活泛素化级联通路;另一部分则是含有靶向目的蛋白(POI)的弹头,二者利用合适的Linker进行组装。进入体内后形成POI-PROTAC-E3三元复合物,诱导POI泛素化并随后通过UPS降解。在许多情况下,其相对较大的分子量(通常> 1000 Da)可能会导致口服生物利用度、溶解度和/或体内药代动力学特性受损(不符合里宾斯基五规则)[6];此外,某些细胞内蛋白对该类分子具有抗性,因为它们可能不是蛋白酶体清除的底物[7]。针对上述遇到的问题以及PROTAC的“元素”组成,抗体以高选择性和亲和力与任何免疫原性靶点结合(原则上)及其商业化的成功(off-the-shelf),已被广泛应用到基于溶酶体的降解策略中,该策略被广泛地称为“基于抗体的靶蛋白降解技术(AbTAC)”。根据其组成的不同,该类分子包括基于抗体的PROTAC (AbTAC/PROTAB)[8, 9]、溶酶体靶向嵌合体(Lysosome-Targeting Chimera, LYTAC)[10]、GlueBody靶向嵌合体(GlueBody Targeting Chimera, GlueTAC)[11]、细胞因子受体靶向嵌合体(cytokine receptor-targeting chimeras, KineTACs)[12]和信号介导的溶酶体靶向嵌合体(Signal-mediated lysosome-targeting chimeras, SignalTACs)[13]。这些技术不仅极大地扩展了TPD的范围,而且为抗体药物的发现提供了新的见解。在这里,作者简要总结了抗体介导的靶蛋白降解技术(AbTAC)的最新进展,希望为对此领域感兴趣的研究人员提供参考。 01 信号介导的溶酶体靶向嵌合体(SignalTAC)膜蛋白降解技术依赖于特定的细胞表面溶酶体靶向受体来发挥功效,但这些内化受体的表达随组织和细胞类型的不同而变化,从而对其进一步应用造成了重大限制。溶酶体靶向受体的内吞作用是一个由受体胞质域内信号介导的复杂过程。大多数信号是基于双亮氨酸或基于酪氨酸的肽基序,这些基序被网格蛋白外壳的成分识别,以确保通过网格蛋白介导的内吞作用将蛋白质准确转运到溶酶体中。其中,低密度脂蛋白受体(LDLR)中基于酪氨酸的溶酶体分选基序NPXY (Asn-Pro-X-Tyr,其中X代表任何氨基酸)可用于诱导网格蛋白介导的抗EGFR纳米抗体的内吞作用和溶酶体运输(图1A)[14]。因此,中山大学蔡晓青教授课题组基于上述研究提出了具有溶酶体分选信号的膜蛋白结合物可以形成信号介导的溶酶体靶向嵌合体(Signal-mediated lysosome-targeting chimeras, SignalTAC),用于靶向膜蛋白的降解(图1B)[13]。SignalTAC与膜蛋白结合内化后,膜蛋白将在酸化的内体区室中与SignalTAC解离,并进入溶酶体进行降解。图1 溶酶体分选基序NPXY介导的靶蛋白降解(A)和SignalTAC作用机制(B)非阳离子依赖型甘露糖-6-磷酸受体(Cation-independent mannose-6-phosphate receptor, CI-M6PR)是一种单跨膜糖蛋白,可介导细胞外配体的内吞作用和新合成的溶酶体酶的细胞内分选,其功效不依赖于任何溶酶体穿梭受体。因此,利用CI-M6PR固有的溶酶体分选信号来开发SignalTAC平台技术。CI-M6PR的内吞作用和分选由其羧基末端的基于双亮氨酸的信号引导(该信号由一簇酸性氨基酸和随后的双亮氨酸组成),基于上述信息作者构建了一系列基于IgG/Nb的SignalTAC,其中CI-M6PR分选信号通过重链、轻链或两条链融合到IgG抗体的C末端(图2A),其中Nb1与母本5F7相比细胞荧光显著增强(图2B);此外,基于Trastuzumab (Tz)改造的含有RRRRK序列的SignalTAC (Ab6)表现出最高的内化能力(图2C)。构效关系研究表明,基于双亮氨酸的基序DEDLL (Asp7−Ile11)对其作用的发挥至关重要(图2D);同时,对其序列进行截短处理发现P1的13个残基可协同作用促进Nb1的内化(图2E)。 图2. SignalTAC的构建及其构效关系研究利用IgG型SignalTACs对HER2+细胞系(SKBR3、BT474和SKOV3)进行处理,结果表明SignalTACs Ab1−Ab6在三种细胞系中均产生降解作用(图3A);同时对Ab6的降解作用进行进一步研究,结果表明其浓度在100 nM时处理SKBR3细胞48小时后产生最大的靶蛋白降解效果(图3B)。降解机制研究表明,网格蛋白介导的内吞作用是SignalTAC促进降解机制的关键途径,但仍需要进一步的研究工作来详细了解SignalTAC诱导降解的分子机制。除对靶蛋白HER2产生降解外,SignalTAC还可以下调HER2下游信号(PI3K/AKT/mTOR)的传导,进而促进细胞凋亡并抑制HER2驱动的癌细胞的增殖(图3C)。图3. SignalTAC降解作用的评估基于上述SignalTAC在体外试验中的良好效果,作者在SKOV3小鼠异种移植模型中探究Ab6的抗癌作用,其处理组可显著抑制肿瘤生长,而Tz处理组仅能减缓肿瘤生长(图4A);Western结果表明肿瘤组织中HER2蛋白大量减少(图4B);qPCR分析证实Ab6处理组明显高于对照组和Tz处理组的HER2降解水平(图4C),这些结果表明Ab6的治疗效果优于抗体的自身抑制效果。除了HER2靶点外,作者基于特异性靶向靶蛋白的抗体构建一系列的SignalTACs,可以降解多种发病机制相关的膜蛋白,包括EGFR、PD-L1、CD20和CD71 (图4D)。图4. SignalTAC体内实验结果(A/B/C)及其应用范围的拓展(D)SignalTAC的可调节特征提供了一种简单而通用的策略,以分子精度降解具有挑战性的膜蛋白,并且可能代表具有广泛研究和治疗应用的强大平台。希望通过进一步的优化和验证,SignalTAC技术能够应用于更广泛的降解靶点,并改善活性和治疗效果。 02 细胞因子受体靶向嵌合体(KineTAC)由于溶酶体递送靶向降解嵌合体的局限性-模块化程度低、开发难度大、实用性差和组织靶向性受限,UCSF James A. Wells教授团队开发了新型细胞因子受体靶向嵌合体 (Cytokine receptor-targeting chimeras, KineTACs)。KineTAC是完全基因编码的双特异性抗体,由结合其同源细胞因子受体的细胞因子臂和与靶蛋白结合的结合臂组成(图5);KineTAC类双特异性抗体的构建不会因轻-重链错配问题而变得复杂,这种轻-重链错配问题是双特异性抗体的常见问题;此外,KineTAC平台只需要设计一个靶蛋白的抗原结合臂即可,天然细胞因子可以招募相关的降解受体。 图5. KineTAC的构建及其作用机制为了验证上述KineTAC平台设计理念,作者构建了针对不同靶蛋白(PD-L1、HER2、PD-1、EGFR、CDCP1和TROP2)的KineTAC双特异性抗体,其中人CXCL12趋化因子N端融合到双特异性抗体Fc结构域形成细胞因子结合臂;抗原结合臂包含抗原结合片段(Fab)抗体序列,与Fc融合,与正常抗体一致(图5)。这六种KineTACs的最大降解效率(Dmax)分别为~70%、51%、84%、82%、93%和51% (图6),这些结果证明KineTAC平台能够降解多种细胞表面蛋白,具有良好的技术通用性。图6. KineTAC技术的普适性研究随后,作者评估KineTAC在受体信号传导、结合亲和力和结合表位等方面对靶蛋白降解的影响。CXCL12除了结合再循环受体CXCR7之外,还结合信号传导受体CXCR4,从而导致下游信号传导,导致受体内化和降解;实验结果表明CXCL12的拮抗变体(ΔKP、ΔKPVS和R8E)保留降解PD-L1的能力,其程度与CXCL12野生型(CXCL12WT)相似,因此说明CXCL12通过CXCR4的信号传导对于KineTAC的降解并不关键(图7A)。同时,对靶向PD-L1的Atezolizumab互补决定区域进行破坏性丙氨酸突变,测试其的亲和力对PD-L1降解效率的影响,结果发现PD-L1的降解与Kd (R2=0.638)成反比,与koff (R2=0.804)呈负相关,但与kon(R2=0.036)无关;由于这些突变的影响几乎全部影响koff,这表明对于稳定降解而言,在靶蛋白上较长的停留时间比在CXCR7上较高的停留时间更重要(图7B)。此外,为了研究靶蛋白上的结合表位如何影响降解效率,作者构建了具有不同HER2和EGFR靶向抗体的KineTAC,结果表明KineTAC介导的降解对靶蛋白上的结合表位具有很强的依赖性。最后,作者验证了KineTAC双臂朝向问题对降解效果的影响,平行方向比串联方向更有利于降解(SI)。图7. KineTAC在受体信号传导、结合亲和力和结合表位等方面对靶蛋白降解的影响作者对KineTAC可以诱导靶蛋白的降解机制进行深入研究,确定KineTAC的降解途径(溶酶体/蛋白酶体催化降解)。经巴弗洛霉素(Bafilomycin,溶酶体抑制剂)预处理可减少PD-L1的降解,而MG132 (蛋白酶体抑制剂)处理不影响PD-L1的降解,这表明KineTAC通过将靶蛋白递送至溶酶体来介导降解(图8A);基于前述研究,CXCL12的两种受体中的CXCR7是负责KineTAC介导的降解的主要受体(图7A/8B),同时也证明使用替代细胞因子(例如CXCL11和vMIPII)也可降解靶蛋白(图8B)。与传统抗体疗法相比,KineTAC介导的降解可提供功能优势,传统抗体疗法只结合并抑制但不降解(图8C);体内药代动力学实验表明KineTAC注射后在血浆中保留长达10天,半衰期为8.7天,与报道的小鼠IgG半衰期相当(图8D)。图8. KineTAC的作用机制、应用范围及其药代动力学特性研究在证明了KineTAC介导细胞表面蛋白质降解的能力后,作者将注意力转移到KineTAC能否也可以应用于可溶性细胞外蛋白质的降解,对其应用范围进行扩展(图9A)。以VEGF为例,KineTACs成功介导细胞内对细胞外VEGF的摄取并递送至溶酶体(图9B),KineTAC介导的VEGF摄取呈现时间依赖性,且摄取水平取决于KineTAC:配体比率(图9C);除HeLa细胞系外,CXCL12-Beva也可促进其他细胞系(包括乳腺癌和肺癌系)摄取VEGF的能力(图9D)。此外,与VEGF摄取实验一致,TNF-α摄取也取决于KineTAC:配体比率(SI)。因此,KineTACs可以强有力地介导可溶性靶蛋白的细胞内摄取,大大扩展了KineTAC介导的靶向降解的目标范围。图9. KineTAC对可溶性蛋白VEGF降解效率的研究除更换KineTAC与靶抗原结合的Fab臂外,作者尝试选择其他的细胞因子受体来介导靶蛋白的清除。将白介素-2 (IL-2)引入到KineTAC中验证其降解效果,其Dmax可达86.7%,这表明其他细胞因子也可以进行KineTAC的构建,从而进一步扩大了细胞选择性靶向蛋白质降解的范围。虽然KineTAC展示出很好的体外实验结果,但其体内实验并没有过多的研究,仅展示了其体内药代动力学研究,这是否与细胞因子在体内的作用强度有关(体外有效剂量是否会导致体内产生“细胞因子风暴”副作用)还需更多的动物实验去验证。希望KineTAC平台能够呈现更多的体内实验数据,对其针对治疗和研究应用的靶蛋白质发挥良好的降解作用。 03 基于抗体的靶蛋白降解技术(PROTABs)除了上述的KineTAC,James A. Wells教授团队于2021年开发了基于抗体的靶蛋白降解技术(antibody-based PROTACs, AbTAC)并将相关成果在JACS上发表(图10)[8]。利用完全重组的双特异性抗体AC-1,可招募膜结合E3连接酶RNF43来降解细胞表面蛋白PD-L1,Dmax达到63%。虽然该AbTAC代表了PROTAC领域的一种新类型(利用完全重组的生物分子靶向降解细胞表面蛋白),但其业界影响力远不及Genentech的PROTAB。图10. AbTAC介导的靶蛋白降解研究Genentech开发的PROTAB平台技术所构建的双特异性抗体与James A. Wells教授团队开发的极为相似,一端靶向E3连接酶N端糖蛋白D表位,另一端与靶蛋白结合,发挥降解作用(图11A/B)。Genentech团队对其作用机制进行了探究,发现PROTAB可参与蛋白酶体和溶酶体两种途径的降解,MG132和Baf均可以影响靶蛋白的降解,不同于前述的几种TPD技术(图11C);同时也拓展了PROTAB技术平台的应用范围,对不同的靶点均有降解效果,证明PROTAB对靶蛋白降解的可复制性;此外,还对PROTAB的组装形式进行优化,探究不同组装形式的蛋白降解效率(图D)。尽管PROTAB具有类似于PROTAC的Hook效应,但我们相信结合模块化的抗体工程技术能够加速其转化,为药物发展做出更多的贡献。图11. PROTAB技术的开发研究 04 溶酶体靶向嵌合体(LYTACs)溶酶体靶向嵌合体(LYTAC)使用IgG-聚糖生物缀合物来实现有效的靶蛋白清除,其需要对聚糖进行化学合成并进行体外共轭偶联,以实现有效的靶蛋白清除。其作用机制如图12A所示,靶蛋白配体部分与靶蛋白的胞外结构域结合,同时聚糖与细胞表面的溶酶体靶向受体(LTR)结合后形成三元复合物,经网格蛋白介导内吞进入细胞内,并经囊泡运送到内体中;随着内体酸化,三元复合物被继续转运至溶酶体中降解。同SignalTAC一样,作者选用CI-M6PR(其配体为M6P)为靶点,将M6Pn聚糖肽通过“点击”化学偶联到能特异性识别CI-M6PR的抗体上,得到具有特异性降解靶蛋白的LYTAC,针对膜蛋白EGFR和CD71表现出良好的降解作用(图12B/C)。基于上述方法构建LYTAC需要体外偶联反应,过程较为繁琐;引入的聚糖肽可能存在一定的免疫原性,导致其清除加快,降解效率下降,其应用价值还需进一步探索。 图12. LYTAC作用机制及其应用 05 GlueBody靶向嵌合体(GlueTAC)GlueTAC技术由北京大学陈鹏教授课题组开发,基于共价Nb的PROTAC技术。经过共价改造的单域抗体GlueBody (迫近反应性非天然氨基酸PrUAAs修饰)能与膜蛋白抗原如PD-L1通过距离迫近的偶联反应形成共价键,减少内吞降解过程中靶蛋白的解离和逃逸;同时,与共价单域抗体偶联的细胞穿膜肽(cell-penetrating peptides, CPPs)和溶酶体分选序列(lysosome-sorting sequence, LSS)在无需借助细胞表面特定蛋白质的情况下,有效促进复合物的内吞和溶酶体转运,最终实现了靶向溶酶体的膜蛋白降解(图13A)。图13. GlueTAC作用机制及其应用研究利用非小细胞肺癌细胞系H460评估经该方法构建的GlueTAC对靶蛋白的降解效果,Western blot显示GlueTAC诱导的PD-L1降解率(剩余11%)比NbTAC (剩余68%)高得多,证明了共价键对靶蛋白的降解具有重要作用;Atezolizumab、Nb-PD-L1和GlueBody表现出较低的降解率,表明单独的抗体或Nb的内化不足以降解靶蛋白,PD-L1有可能内吞后经循环重新回到细胞膜上(图13B)。对GlueTAC降解机制研究发现,Chloroquine/Bafilomycin处理可显著降低PD-L1的降解,但MG132处理则不然,表明降解过程依赖于内体-溶酶体途径(图13C)。体内实验表明,GlueBody和GlueTAC的处理均显著抑制肿瘤生长,而相同剂量的Atezolizumab处理仅适度地减缓肿瘤生长;对肿瘤进行解剖分析表明,经GlueTAC处理的肿瘤的平均重量低于经GlueBody处理的肿瘤(图13D)。从体内实验结果来看,GlueBody组依旧好于“T药”组且和GlueTAC组差异不大,这可能与其采用的距离迫近式生物偶联(Proximity enabled covalent binding)的反应效率有关,更换偶联方式可能有助于提高GlueTAC的抗肿瘤活性;将该种GlueBody更换为抗体可能会提高其抗癌活性,Fc与FcR结合产生的效应功能有助于抗癌作用的发挥。同时,该种方法也会导致一定的非特异性偶联,可能会导致非靶蛋白的降解而引发副作用。此外,PrUAA的引入可能会产生一定的免疫原性,导致GlueTAC代谢加快,在体内实验中掩盖其治疗效果。总体而言,GlueTAC技术为抗体药物的发展开辟了新的重要方向。 写在最后 过去二十年见证了TPD技术的诞生和繁荣(图14),但TPD技术的发展仍面临许多挑战[15]。图14. 已有的TPD技术(不含SignalTAC)PROTAC类技术的发展仍然面临很多挑战:首当其冲的是其成药性的问题,经常存在细胞通透性差和口服利用度低的问题;其次,人类基因组编码超过600个E3泛素连接酶,其中只有少数(VHL、CRBN、IAP和MDM2)被用来降解靶蛋白,应用范围还需进一步扩展;再者,不得不说的毒性问题,PROTAC可能比小分子抑制剂产生更大的毒性,因为它们会降解整个靶蛋白质,而不是仅仅抑制它们,如何控制“降解度”是一个TPD技术领域亟待解决的问题。基于溶酶体开发的TPD技术极大地拓宽了PROTAC和分子胶的靶标范围,对这一领域的研究兴趣激增,但目前其仍处于起步阶段,溶酶体作为重要的细胞器,除了蛋白质降解之外还调节许多重要的生理功能,尚不清楚“劫持(hijack)”溶酶体降解途径是否会影响机体的生理功能;此外,靶蛋白降解后可能会导致级联信号通路的“负反馈调节”或旁路信号的过度激活会不会带来更加严重的副作用尚未有研究开展;同时,尚不清楚特定受体内化功能的过度激活是否会损害其原始生物学功能并导致获得性耐药。尽管存在这些挑战,TPD技术的发展将为生物医学研究提供强大的工具,而且为未来的药物开发带来巨大希望。 主要参考文献 1. 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Signal Transduct Target Ther, 2022. 7(1): p. 113.抗体行业在过去几十年中经历了快速而显著的发展,成为生物医药领域中一个快速发展且备受关注的领域。自20世纪80年代第一种单克隆抗体药物(Muromonab-CD3)获得批准以来,许多抗体药物已经被批准用于各种疾病的治疗,包括肿瘤、免疫性疾病和感染性疾病等。市场上已经有数十种成功抗体药物,并且在临床开发和研究中有更多的候选药物,预计未来将有更多新药上市。如今,除了传统的单克隆抗体,越来越多的新型抗体技术被陆续开发出来,包括双特异性抗体、多克隆抗体、人源化抗体、重组抗体、抗体偶联药物等。这些新技术使得抗体药物具有更高的特异性、亲和力、稳定性和生产可行性,拓宽了抗体的应用范围。今年是COVID-19大流行趋于稳定后的第一年,人民生活逐渐走向正轨,经济也在缓慢但有力的复苏之中,而各抗体企业也依然在不断奋进、不断突破、不断超越,使抗体领域蓬勃发展,硕果累累。为促进抗体行业的交流与创新,2023年10月14-15日第六届金秋十月抗体产业发展大会如约而至。会议旨在为研究人员提供一个互动交流的平台,有助于推动抗体产业的进一步发展。会议内容时间:2023年10月14-15日地点:苏州(酒店定向通知)规模:600-800人主办单位:生物制品圈、抗体圈指导单位:康维讯生物、夏尔巴生物会议费用:免费FREE!(仅收取50元报名定金,含参会学习、茶歇、会议手册,定金概不退还),9月15日报名定金提高到100元,先到先得,报完即止,超过9月20日预登记将收取会议费!报名方式:扫描下方二维码或点击文章最底部“阅读原文”→ 填写表格 → 报名成功(报名志愿者,承担一定工作,请慎重考虑,免交定金)!组委会获得报名信息后,根据报名信息进行初筛,并进一步与报名者沟通确认,实现精准邀请。最终有机会进入大会微信群(严格审核通过)。日程安排更多嘉宾仍在邀请中。。。。。。识别微信二维码,添加生物制品圈小编,符合条件者即可加入生物制品微信群!请注明:姓名+研究方向!版权声明本公众号所有转载文章系出于传递更多信息之目的,且明确注明来源和作者,不希望被转载的媒体或个人可与我们联系(cbplib@163.com),我们将立即进行删除处理。所有文章仅代表作者观点,不代表本站立场。