TFAP2C

更新于：2025-05-07

基本信息

别名

Activating enhancer-binding protein 2 gamma、AP2-GAMMA、ERF1

+ [5]

简介

Sequence-specific DNA-binding transcription factor that interacts with cellular enhancer elements to regulate transcription of selected genes, and which plays a key role in early embryonic development (PubMed:11694877, PubMed:24413532). AP-2 factors bind to the consensus sequence 5'-GCCNNNGGC-3' and activate genes involved in a large spectrum of important biological functions (PubMed:11694877, PubMed:24413532). TFAP2C plays a key role in early embryonic development by regulating both inner cell mass (ICM) and trophectoderm differentiation (By similarity). At the 8-cell stage, during morula development, controls expression of cell-polarity genes (By similarity). Upon trophoblast commitment, binds to late trophectoderm genes in blastocysts together with CDX2, and later to extra-embryonic ectoderm genes together with SOX2 (By similarity). Binds to both closed and open chromatin with other transcription factors (By similarity). Involved in the MTA1-mediated epigenetic regulation of ESR1 expression in breast cancer (PubMed:24413532).

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2025-05-01·International Journal of Biological Macromolecules

An ethylene response factor negatively regulates red light induced resistance of melon to powdery mildew by inhibiting ethylene biosynthesis

Article

作者: Liu, Motong ; Wu, Xutong ; Xing, Qiaojuan ; Wang, Lixia ; Qi, Hongyan ; Tong, Pucheng

Powdery mildew is a common serious disease threatening global melon production. Red light can improve plant resistance to powdery mildew by inducing endogenous ethylene synthesis; however, the underlying molecular mechanism requires elucidation. In this study, an ERF transcription factor CmRAP2-13 was identified, silencing it significantly improved melon seedlings resistance to powdery mildew. Further research found that CmRAP2-13 inhibited the expression of key ethylene synthesis genes CmACS10 and CmERF27 by binding to GCC-box in the promoters, thus inhibiting ethylene biosynthesis. At the same time, protein-level interaction between CmRAP2-13 and CmERF27 also occurred. When CmRAP2-13 existed, the transcriptional activation of CmERF27 on CmACS10 was interfered and weakened. However, red light pretreatment notably decreased the expression of CmRAP2-13, and this process was influenced by phytochrome B, the red light receptor. Analysis of defence-related gene expression following ethephon application and CmRAP2-13 silencing revealed that CmRAP2-13 acted as a negative regulator of melon seedling resistance to powdery mildew, functioning as a convergence point for red light and ethylene signalling. Taken together, red light induced CmRAP2-13 and played a negative role in regulating Podosphaera xanthii infection in melons. Powdery mildew infection produced ethylene, which further inhibited CmRAP2-13 expression and formed a feedback regulation loop to participate in disease resistance. Our research on CmRAP2-13 deciphers the important regulatory network of red light-induced ethylene production in melon powdery mildew resistance, which can be used as a potential target of genetic engineering to enhance plant protection against powdery mildew.

2025-04-01·Cell Genomics

Interpreting regulatory mechanisms of Hippo signaling through a deep learning sequence model

Article

作者: McAnany, Charles ; Weilert, Melanie ; McKinney, Mary Cathleen ; Dalal, Khyati ; Krueger, Sabrina ; Zeitlinger, Julia

Signaling pathway components are well studied, but how they mediate cell-type-specific transcription responses is an unresolved problem. Using the Hippo pathway in mouse trophoblast stem cells as a model, we show that the DNA binding of signaling effectors is driven by cell-type-specific sequence rules that can be learned genome wide by deep learning models. Through model interpretation and experimental validation, we show that motifs for the cell-type-specific transcription factor TFAP2C enhance TEAD4/YAP1 binding in a nucleosome-range and distance-dependent manner, driving synergistic enhancer activation. We also discovered that Tead double motifs are widespread, highly active canonical response elements. Molecular dynamics simulations suggest that TEAD4 binds them cooperatively through surprisingly labile protein-protein interactions that depend on the DNA template. These results show that the response to signaling pathways is encoded in the cis-regulatory sequences and that interpreting the rules reveals insights into the mechanisms by which signaling effectors influence cell-type-specific enhancer activity.

2025-04-01·Stem Cell Reviews and Reports

Identification of Cell Fate Determining Transcription Factors for Generating Brain Endothelial Cells

Article

作者: De Smedt, Jonathan ; Verfaillie, Catherine ; Balaton, Bradley ; Ramezankhani, Roya ; Vanmarcke, Gert ; Vosough, Massoud ; Toprakhisar, Burak ; van der Veer, Bernard K ; Chai, Yoke Chin ; van Grunsven, Leo ; Tricot, Tine

AbstractReliable models of the blood-brain barrier (BBB), wherein brain microvascular endothelial cells (BMECs) play a key role in maintenance of barrier function, are essential tools for developing therapeutics and disease modeling. Recent studies explored generating BMEC-like cells from human pluripotent stem cells (hPSCs) by mimicking brain-microenvironment signals or genetic reprogramming. However, due to the lack of comprehensive transcriptional studies, the exact cellular identity of most of these cells remains poorly defined. In this study we aimed to identify the most likely master transcription factors (TFs) for inducing brain endothelial cell (EC) fate and assess the transcriptomic changes following their introduction into immature ECs. Therefore, we first generated PSC-derived immature ECs by transient overexpression of the TF, ETV2. Subsequently, by performing an extensive meta-analysis of transcriptome studies of brain and non-brain ECs, 12 candidate TFs were identified, which might fate immature ECs towards cells with brain EC features. Following combinatorial overexpression of these 12 TFs tagged with unique barcodes, single cell transcriptomics identified a subset of transduced cells that resembled mid-gestational human brain ECs. Assessment of the TF barcodes present in these cells revealed significant enrichment of the TFs ZIC3, TFAP2C, TFAP2A, and DLX2. These TFs might be useful to fate PSC-EC to BMEC-like cells, which could be incorporated in human in vitro BBB models.Graphical Abstract

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2024-12-19

·生物探索

Nature | 细胞命运重塑的新篇章：染色质结构与重编程因子的协奏

引言细胞命运的转换是现代生命科学和医学领域中最具革命性的话题之一。通过精准操控细胞命运，研究人员可以将一种成熟的细胞类型重编程为另一种完全不同的细胞类型，这种过程不仅揭示了生命系统的可塑性，更为再生医学、疾病建模和个性化治疗开辟了新的可能性。然而，重编程的核心机制依然存在许多未解之谜：转录因子（Transcription Factors, TFs）如何从庞大的基因组中快速而精准地找到目标结合位点？在高度压缩的染色质结构中，它们又是如何协同打开特定基因的表达开关以引导细胞命运的改变？近年来，研究人员发现，一些特殊的转录因子，称为先锋因子（pioneer factors），能够直接结合于“关闭”的染色质区域，并重新塑造其开放状态，吸引其他因子的进入，从而激活基因表达。然而，仅凭对DNA序列基序（motif）的识别，尚不足以解释这些因子在基因组上的选择性结合行为。这种现象表明，染色质三维结构（3D chromatin organization）和核小体的拓扑结构（nucleosome fibre topology）可能扮演了重要角色。12月18日Nature的研究报道“Nucleosome fibre topology guides transcription factor binding to enhancers”，正是针对这一关键问题展开，通过解析不同转录因子组合在核小体上的结合规律，探讨了染色质拓扑结构如何指导因子的协同结合与细胞命运决定。该研究采用了多种转录因子组合，包括经典的OSKM因子（OCT4、SOX2、KLF4、MYC）和用于滋养干细胞（trophoblast stem cells）诱导的GETM因子（GATA3、EOMES、TFAP2C、MYC），对小鼠胚胎成纤维细胞（MEFs）进行了重编程实验。通过结合转录组学、染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）及微核酸酶消化测序（MNase-seq）等技术，研究团队深入剖析了不同因子组合如何以特定的模式绑定核小体，并揭示了这些模式如何影响基因的表达与细胞命运的塑造。这项工作不仅揭示了细胞重编程背后的分子密码，还提出了一种全新的模型：基于核小体拓扑结构的“引导搜索”（guided search）机制。这一发现为我们理解细胞命运的基础规则提供了新的视角，同时也为未来的干细胞研究、基因治疗以及疾病建模提供了理论依据和技术方向。通过打开染色质的“密码”，我们正在逐步揭示生命塑造的秘密，并朝着操控细胞命运的目标迈进。打开细胞命运之锁：细胞重编程的科学革命生命的奥秘，往往蕴藏在细胞的命运之中。每个细胞似乎从诞生起就被赋予了固定的角色，例如心肌细胞负责跳动，神经细胞负责传递信号。然而，研究人员发现，这种“命运”并非不可逆转。细胞重编程技术的诞生，正是为了解锁这一自然规律，赋予细胞“再选择”的权利。通过引入特定的转录因子（Transcription Factors, TFs），原本分化成熟的体细胞可以被重新塑造成其他类型的细胞，甚至重回胚胎干细胞（Pluripotent Stem Cells, PSCs）的状态。这一技术的出现，不仅为再生医学打开了崭新的大门，也重新定义了人类对细胞命运的理解。细胞重编程的历史，可以追溯到上世纪70年代。当时的研究人员首次通过核移植实验表明，细胞核中的遗传信息具有全能性（totipotency）。这一发现的真正突破发生在2006年，日本科学家山中伸弥及其团队通过引入四个关键转录因子——OCT4、SOX2、KLF4和MYC（统称OSKM），成功将小鼠体细胞重编程为诱导多能干细胞（iPSCs）。自此之后，细胞重编程领域迅速发展，不同的转录因子组合被开发出来，例如GETM因子（GATA3、EOMES、TFAP2C、MYC），能够将细胞重编程为诱导滋养干细胞（iTSCs）。这些突破性的发现不仅揭示了转录因子在重编程中的核心作用，也为理解细胞命运调控提供了宝贵的线索。细胞重编程的意义，早已超越了基础科学的范畴。在再生医学中，它为治疗退行性疾病、创伤修复和器官移植提供了巨大的潜力；在疾病建模中，它为研究罕见疾病和个性化药物开发提供了新工具；甚至在生物制造领域，重编程技术还可能催生出功能化细胞产品。然而，重编程的过程远非简单的基因“开关”操作。先锋因子的奥秘：如何穿越关闭的染色质？在细胞命运的旅程中，染色质的开放状态决定了哪些基因可以被激活，而哪些基因将被沉默。然而，大多数转录因子只能在“开放”的染色质区域工作，对“关闭”的染色质束手无策。这时，一种特殊的转录因子——先锋因子（Pioneer Factors）闪亮登场，它们能够突破关闭染色质的“防御”，为其他因子的到来打开通道，如同破译密码的先行者。先锋因子的独特之处在于它们可以直接结合于核小体表面，而核小体通常是DNA缠绕在组蛋白上的压缩结构，是关闭染色质的基本单元。例如，OSKM因子中的OCT4和SOX2就具有这种先锋能力。在研究中，研究人员发现这些因子能够识别核小体上隐藏的特定基序（motifs），并通过与DNA结合改变染色质结构，使其更加“松散”。这种染色质重塑作用不仅为后续因子的结合提供了空间，还激活了关键基因的表达，从而推动细胞命运的改变。数据显示，OCT4和SOX2等先锋因子在染色质关闭区域（closed chromatin）中的结合位置具有特异性。例如，研究发现，OCT4的结合基序通常位于核小体的超螺旋位置（SHL）3.5到6.5之间，而SOX2则更倾向于结合核小体核心区域。这些结合行为显示了先锋因子如何精准识别隐藏的目标，并依靠特定的“密码”解锁染色质。更令人惊叹的是，先锋因子并非孤军作战。在细胞重编程过程中，它们通常与其他转录因子协同作用。例如，在OSKM组合中，OCT4和SOX2先行绑定于关闭染色质，随后吸引KLF4和MYC等因子的加入，从而完成染色质的全面重塑和基因激活。这种协同作用不仅显著提高了重编程效率，也展示了染色质打开过程中复杂而有序的机制。单核小体上的基序解读仅能解释转录因子（TF）的单独结合（Credit: Nature）图a：胚泡模型与重编程因子的组合展示了不同重编程因子组合（如OSKM、GETM和GETMR）诱导的细胞命运如何模拟胚泡发育中的不同细胞类型：OSKM组合可以将小鼠胚胎成纤维细胞（MEFs）重编程为诱导多能干细胞（iPSCs），类似胚泡中的内细胞团（inner cell mass）。GETM组合能够将MEFs重编程为诱导滋养干细胞（iTSCs），类似胚泡中的滋养层（trophectoderm）。GETMR因子组合的重编程路径因培养条件不同而分支，分别通向iPSCs或iTSCs。图b：主成分分析（PCA）揭示重编程轨迹使用RNA测序（RNA-seq）数据进行的PCA分析展示了OSKM和GETMR驱动的细胞重编程路径：OSKM因子直接将MEFs重编程为iPSCs。GETMR因子展示出双分支轨迹，根据培养条件决定细胞命运走向iPSCs或iTSCs。这种分支轨迹反映了不同因子组合对细胞命运的分化影响。图c和d：OSKM和GETM因子的结合模式图c展示了OSKM因子在开放和关闭染色质中的结合特点：OSKM因子的基序密度热图显示，OCT4、SOX2和KLF4在染色质开放（open chromatin）和关闭（closed chromatin）区域均可结合。基序密度呈现明显的方向性，说明OSKM因子对核小体的结合具有特定的空间偏好。图d与c类似，展示了GETM因子的结合特点：GATA3、EOMES和TFAP2C在染色质关闭区域中的结合基序分布更为显著，且基序排列方向也具有一定规律。图e和f：单因子（solo-nucs）与多因子协同结合（combo-nucs）模式比较图e（OSKM因子）：单独结合：OCT4基序主要分布在核小体的超螺旋位置（SHL）3.5到6.5。协同结合：多个OSKM因子绑定同一个核小体时，其基序的方向性和分布更加集中，形成组合核小体（combo-nucleosome）。OSKM因子的“单独结合”（solo binding）与“协同结合”（combo binding）模式表现出显著差异，图中还显示了带有OCT4基序的核小体结构细节，强调了方向性在协同结合中的重要性。图f（GETM因子）：GETM因子显示类似的模式，但GATA3和TFAP2C的方向性更为突出，而EOMES的结合模式较为分散。图g和h：组合核小体的结构示意图图g展示了OSKM组合核小体的结构：核小体上的OCT4基序（红色）位于顶层，与SOX2和KLF4基序形成协同结合的空间布局。图1h展示了GETM组合核小体的结构：核小体上的GATA3基序在顶层，其他因子如EOMES和TFAP2C的基序分布补充了协作结合的模式。核小体上的“密码”：重编程因子如何找到目标？在细胞重编程的过程中，转录因子需要在庞大的基因组中精准定位并绑定特定的DNA序列，这一过程看似偶然，却隐藏着一套精妙的“密码”。该研究揭示，这套密码不仅与DNA序列本身有关，还受到核小体的三维拓扑结构的严格控制。这些复杂的染色质结构如何成为转录因子结合的“路标”，正是研究人员试图破解的关键问题。核小体是染色质的基本单位，由DNA缠绕在组蛋白八聚体上形成。然而，DNA在核小体中的排列并非随机，而是具有方向性和高度组织化的三维拓扑特征。研究发现，转录因子在结合DNA时，实际上是在解读核小体的空间分布模式。数据显示，OSKM因子中的OCT4、SOX2和KLF4在核小体表面的结合基序（motifs）有着严格的空间限制：OCT4的基序通常分布在超螺旋位置（SHL）3.5到6.5之间，而SOX2的结合更接近核小体中心。这种精确的分布不仅有助于因子找到目标，也反映了核小体的三维结构对结合位点的指导作用。更重要的是，当这些因子协同工作时，它们的结合模式发生显著变化。例如，在OSKM组合中，多个转录因子可以同时绑定同一个核小体，形成所谓的“组合核小体”（combo-nucleosome）。研究发现，这些组合核小体上的基序排列遵循特定的“方向性规则”，例如OCT4和SOX2基序在核小体上的分布呈现相反方向，而KLF4则集中于核心区域。这些方向性的排列使转录因子的协同作用更为高效，并最终推动基因的激活。这一切的背后，是染色质三维结构作为“密码”的作用。已进入提出了一种“引导搜索”（guided search）模型，认为转录因子能够通过解读核小体的拓扑特征，精准找到目标区域。这种机制大大缩小了它们在基因组中“搜索”的范围，使得重编程过程更加快速和高效。核小体的三维结构不再是单纯的染色质包装单位，而是转录因子结合的导航系统。 OSKM与GETM：两条重编程之路的密码解析在细胞重编程的领域，OSKM与GETM是两组具有代表性的转录因子组合，它们如同两把截然不同的钥匙，分别解锁了细胞命运的两条道路：多能性（pluripotency）和滋养性（trophoblast fate）。尽管这两组因子都能重新塑造小鼠胚胎成纤维细胞（MEFs）的命运，但它们的作用方式、结合规律和细胞路径却截然不同。 OSKM因子由OCT4、SOX2、KLF4和MYC组成，是细胞重编程领域的“明星组合”。它们的任务是将成纤维细胞转变为诱导多能干细胞（iPSCs），一种与胚胎干细胞（ESCs）功能类似的细胞类型。研究表明，OSKM因子倾向于结合关闭染色质（closed chromatin），通过先锋因子OCT4和SOX2打开基因组中“沉睡”的区域，为KLF4和MYC的进入铺平道路。在核小体层面，OSKM因子的结合表现出明确的方向性和协同性。OCT4、SOX2和KLF4在核小体上的结合位点分布有一定规律，能够形成“组合核小体”（combo-nucleosome），这大幅提高了其打开染色质的效率，从而激活多能性基因。相比之下，GETM因子（GATA3、EOMES、TFAP2C、MYC）的任务是将MEFs重编程为诱导滋养干细胞（iTSCs），一种与滋养层干细胞（TSCs）相似的细胞类型。与OSKM不同，GETM的结合模式更加复杂且具有分层性。研究发现，GETM因子在结合染色质时倾向于聚集在高度互联的核小体区域。这些区域富含GATA3和EOMES的基序，并形成具有两种方向性分类的核小体“阵列”。有趣的是，GETM的协作模式与OSKM有所不同，其基序分布更加均匀，方向性不如OSKM明显，但其结合区域的核小体更紧密。这两组因子的结合规律直接影响了重编程路径的分化轨迹。主成分分析（PCA）显示，OSKM组合驱动细胞直接向多能性方向发展，而GETM则表现出更复杂的分支轨迹，不同的培养条件可决定细胞命运是多能性还是滋养性。这种路径分化反映了因子本身的结合特点和染色质重塑能力的差异。 OSKM与GETM的研究不仅为我们揭示了重编程的多样性，还提供了一个关于细胞命运可塑性的全新视角。基序与拓扑的协奏曲：染色质结构如何“引导搜索”？在基因组中，转录因子如何从几十亿个碱基对中精准找到自己的结合位点？这不仅是细胞重编程中需要回答的核心问题，也是解码基因调控网络的关键。该研究提出了一种全新的“引导搜索”（guided search）机制，揭示了染色质结构如何为转录因子的结合提供导航，并大幅提高结合效率。这一发现将基序识别和染色质拓扑结构的作用完美结合，如同谱写了一曲生物分子合作的“协奏曲”。在传统认知中，转录因子的结合主要依赖DNA序列中的特定基序（motifs）。然而，研究显示，单凭基序识别不足以解释转录因子的高效结合。该研究的数据进一步揭示，核小体的三维拓扑结构提供了额外的空间线索。通过微核酸酶消化测序（MNase-seq）和染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq），研究发现，OSKM因子在染色质上并非随机分布，而是受到核小体排列方向性的精确引导。例如，OCT4和SOX2的基序在核小体阵列中呈现出明显的方向性，且这些阵列通常位于染色质环（chromatin loops）的边界处，为转录因子的结合提供了最佳的立体位置。更进一步，研究提出，这种“引导搜索”机制不仅依赖单个核小体的基序分布，还涉及更大范围的核小体阵列和染色质。实验显示，OSKM因子首先绑定于核小体阵列的“近端边界”，随后沿着阵列方向性分布，逐步扩展至基因增强子（enhancers）。这种拓扑特性犹如“路标”，为转录因子的协同结合指明了方向，从而避免了随机搜索所带来的时间和能量浪费。在GETM因子中，这一机制表现出不同的特性。GETM组合的转录因子更倾向于结合在染色质环的交汇点，这些位置被称为“高度互联的路标元素”（highly connected signpost elements）。这些区域的核小体排列更加紧密，具有明显的边界基序（例如GATA3和TFAP2C的基序），从而进一步优化了转录因子的结合效率。 “引导搜索”机制重新定义了转录因子结合的规则。它通过基序的方向性排列和染色质拓扑结构，缩小了基因组中转录因子需要探索的空间范围。这种机制不仅揭示了染色质结构对基因表达调控的重要性，也为未来优化细胞重编程效率和基因治疗技术提供了新的策略。重塑生命：从实验室走向应用的重编程技术细胞重编程技术不仅揭示了细胞命运的可塑性，更为医学和生物技术的应用提供了无限可能。通过控制特定转录因子的组合与染色质结构，研究人员正在探索如何将这项技术从实验室的发现转化为解决临床问题的强大工具。这项技术的前景如同重新书写生命的语言，将影响从再生医学到疾病建模的方方面面。首先，在再生医学中，细胞重编程带来了修复和再生受损组织的新方法。例如，通过OSKM因子将体细胞重编程为诱导多能干细胞（iPSCs），可以生成无限增殖的干细胞。这些细胞能够进一步分化为心肌、神经或肝细胞，为治疗退行性疾病（如帕金森病、阿尔茨海默病）和心肌梗死等病症带来了新的可能性。此外，GETM因子组合能够生成诱导滋养干细胞（iTSCs），为妊娠相关疾病和胎盘功能障碍的研究与治疗提供了独特的细胞来源。这些重编程技术消除了传统胚胎干细胞存在的伦理争议，同时为个性化再生治疗开辟了新路径。其次，在基因治疗领域，重编程技术也展现出巨大的潜力。研究显示，转录因子与染色质的精确结合能够有效激活或沉默特定基因，从而为治疗单基因遗传病或复杂疾病（如癌症）提供可能。例如，通过理解OSKM和GETM因子在染色质中的“引导搜索”机制，可以开发新的基因编辑策略，使治疗靶点更加精准，副作用更少。最后，细胞重编程在疾病建模中的应用令人瞩目。通过将患者体细胞重编程为特定类型的干细胞，研究人员可以在实验室中模拟疾病的发生与发展，从而加速药物筛选和治疗方案的优化。例如，利用iPSCs建立神经退行性疾病的模型，可以揭示疾病的分子机制，并测试多种潜在药物的效果。这种个性化疾病建模方法为精准医学奠定了基础。该研究不仅为我们提供了理解转录因子与染色质相互作用的分子图谱，更为这些技术的临床转化奠定了理论基础。重编程技术正从实验室的试验走向实际应用，它赋予了细胞新的命运，也赋予了生命科学新的可能性。参考文献 O’Dwyer, M.R., Azagury, M., Furlong, K. et al. Nucleosome fibre topology guides transcription factor binding to enhancers. Nature (2024). https://doi.org/10.1038/s41586-024-08333-9 责编|探索君排版|探索君转载请注明来源于【生物探索】声明：本文仅用于分享，不代表平台立场，如涉及版权等问题，请尽快联系我们，我们第一时间更正，谢谢！ End 往期精选围观 Nature | 单细胞分析技术的革命性进展热文 Nature | 环状RNA（circRNA）为何成为基因调控的新宠？热文 Cell | AI取代科研人员还有多远？热文新英格兰 | 司美格鲁肽（semaglutide）又有新发现：助力关节炎治疗热文 CRISPR技术进化史 | 24年Cell 综述

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2024 ESMO ASIA丨一文纵览上消化道肿瘤领域精彩壁报！

编者按 2024年欧洲肿瘤内科学会亚洲年会（ESMO ASIA 2024）将于当地时间12月6~8日在新加坡召开，届时将公布多项全球及亚太地区的最新科研和临床进展，进一步推动领域内的学术交流。目前大会官网已披露了摘要标题，《肿瘤瞭望消化时讯》特此整理了食管癌、胃癌、胰腺癌等上消化道肿瘤领域的摘要标题，带您快速浏览大会的精彩资讯！胃癌 183P-HER2过表达或无过表达时胃腺癌对新辅助化疗的反应：一项前瞻性观察研究作者：Pratap K.Deb（印第安纳州加尔各答） 157P-腹膜转移胃癌分化轨迹和耐药特征的单细胞表征作者：Haoxin Peng（中国北京） 158P-SOX方案联合伊尼妥单抗一线治疗HER2阳性晚期胃癌的最新疗效与安全性作者：Ying Kong（中国济南） 159P-B细胞的空间组织在胃癌预测和预后中的作用作者：Ryan Tay（新加坡） 160P-胃癌腹膜转移的腹膜生态位进化和微环境重塑作者：Joseph J.Zhao（新加坡） 161P-评估口服维生素B12治疗胃癌患者全胃切除术后维生素B12缺乏症的多中心随机对照试验的Ⅱ期研究作者：Three Aoyama（日本横滨） 162P-围手术期FLOT治疗胃癌和胃食管交界处癌实现PCR的疗效：单机构经验的回顾性分析作者：Xue Ru Ting（乔治市，MY） 163P-腹腔镜辅助胃切除术和常规胃切除术胃癌患者术后饮食摄入量的比较作者：Junya Morita（日本横滨） 164P-一项评估安罗替尼联合特瑞普利单抗作为一线方案治疗PS 2晚期胃癌患者的疗效和安全性的开放标签、单臂、Ⅱ期试验作者：刘可（中国上海） 165P-局部晚期胃癌新辅助治疗后病理完全缓解的预后分析：一项全国性、多中心、回顾性研究作者：Jie Chen（中国上海） 166P-幽门螺杆菌感染胃癌样本中CHOP、GRP94和干性状态之间的相互作用作者：Fatemeh Alizadeh（马什哈德，爱尔兰） 167P-与老年Ⅱ/Ⅲ期胃癌患者早期复发相关的因素：一项回顾性队列研究作者：Yu-Hsuan Shih（台中市） 168P-肌肉减少症作为接受手术和辅助化疗的Ⅱ~Ⅲ期胃癌患者的预后指标作者：Jeong Eun Kim（韩国光明） 169P-真实世界研究中PD-1抑制剂、曲妥珠单抗和一线化疗治疗HER-2阳性晚期胃癌的疗效和预后作者：刘宝瑞（中国南京） 170P-通过多模式血浆游离DNA分析鉴别恶性和良性胃病变作者：Ho D.Vo（越南胡志明市） 171P-一项关于80岁及以上Ⅱ/Ⅲ期胃癌患者辅助S-1化疗的多中心调查作者：Ai Harinauchi（日本） 172P-环状RNA谱确定circATXN1失调可作为胃癌的一个增殖因子和预后标志物作者：Jie Chen（中国上海） 173P-胃腺癌位置重要吗？来自单个肿瘤中心的回顾性研究作者：Alaaeldin Shablak（英国南安普敦） 175P-副干酪乳杆菌ZJUZ2-3通过3-IAA抑制NF-κB通路来抑制胃肿瘤发生作者：Rui Yang（中国杭州） 176P-DHX9及其靶基因AURKA通过PI3K/AKT和TNF信号通路在胃癌中的功能和机制作者：Zuhua Chen（中国武汉） 177P-HGF介导的MAP17在胃癌细胞增殖和转移中的重要作用作者：ByeongIl Jang（韩国大邱）食管癌 178P-KEYNOTE-859研究更新：帕博利珠单抗+化疗治疗晚期HER2阴性胃癌或胃食管结合部（G/GEJ）癌作者：Lina Yin（美国凯尼尔沃思） 179P-个性化微小残留病分析可预测接受根治性放疗的食管癌的预后作者：Lin-Rui Gao（中国北京） 180P-微创海绵细胞学检查在食管鳞状细胞癌和胃贲门腺癌筛查中的应用评估作者：Zhiyuan Fang（中国北京） 181P-围手术期亚叶酸、奥沙利铂、多西紫杉醇和S-1（LOTS）治疗局部晚期胃癌或胃食管结合部腺癌的疗效、安全性及游离DNA分析：一项前瞻性Ⅱ期试验作者：Chih Chieh Yen（台南市中环） 182P-东亚地区HER2阳性局部晚期或转移性胃或胃食管结合部腺癌患者的真实世界治疗模式作者：Do-Youn Oh（韩国首尔） 144P-辅助放化疗在食管角化鳞状细胞癌治疗中的作用作者：Mohamed Z.Elkarany（亚历山大市，EG） 186P-每周对比每月新辅助顺铂和氟尿嘧啶放化疗方案在局部区域食管鳞状细胞癌中的疗效和安全性作者：Cheng-Lun Lai（台湾台中市） 187P-卡瑞利珠单抗在晚期食管癌中的有效性、安全性和使用模式：基于来自三项前瞻性观察性队列研究的987例患者的个体病例数据（IPD）汇总分析作者：鲁智豪（中国北京） 188P-原发肿瘤和淋巴结病理消退对新辅助化疗免疫治疗后局部晚期食管鳞状细胞癌患者复发和生存率的影响作者：Yixin Li（中国南京） 189P-NC18（一种新型HER2靶向ADC）对Enhertu耐药CDX模型的优越的抗肿瘤活性作者：Zhi Li（中国北京） 190P-替雷利珠单抗治疗食管癌的系统评价和荟萃分析作者：Hashim Talib Hashim（Karbala） 191P-来自印度南部的资源有限环境中接受多模式治疗的非转移性癌食管患者的真实世界数据作者：Ravi Teja R.Matta（印第安纳州拉贾蒙德里） 192P-探索氯硝柳胺在食管鳞状细胞癌中对EHMT2的调节作用作者：I-Chen Wu（台湾高雄市） 193P-DCLK1的激酶活性驱动其在食管鳞状细胞癌中的促干性作用作者：Yuping Yang（中国福州） 194P-呋喹替尼联合S-1治疗一线免疫治疗失败后ESCC患者的剂量探索结果更新作者：Ningning Li（中国北京） 195P-miR-10a-5p靶向TFAP2C促进食管癌的顺铂耐药作者：Kiran Pasbola（印第安纳州新德里） 196P-可切除胃和胃食管结合部癌的围手术期FLOT+免疫治疗的系统评价和荟萃分析作者：Lorenz Fort E.Revillas（奎松市，菲律宾） 198P-新辅助多西他赛加顺铂、5-FU治疗可切除局部晚期食管鳞状细胞癌后，辅助纳武利尤单抗治疗的疗效和安全性作者：Nozomu Ogura（日本） 244P-基因组分析检测对胃肠道神经内分泌癌治疗结果的影响作者：Toshiki Ozato（日本冈山） 263TiP-TroFuse-015：TROP2定向抗体-药物偶联物sac-TMT对比医生选择的方案治疗经治转移性胃食管腺癌的Ⅲ期研究作者：Kohei Shitara（日本） 264TiP-一项评估德曲妥珠单抗（trastuzumab deruxtecan，T-DXd）联合rilvegostomig和化疗治疗HER2阳性（HER2+）和HER2低表达的胃或胃食管结合部腺癌（GEJA）患者的Ⅰb/Ⅱ期开放标签研究：DESTINY-Gastric03研究第4部分作者：Yelena Y.Janjigian（美国纽约） 265TiP-Ⅰ/Ⅱ期开放标签、伞式平台设计的研究药物联合或不联合pembrolizumab和/或化疗对既往接受过PD-（L）1抑制剂治疗的晚期食管癌患者的研究：KEYMAKER-U06子研究作者：Sean Kato（日本） 266TiP-替雷利珠单抗联合S-1对于新辅助免疫化疗后根治性切除术后残留原发病灶和淋巴结阴性食管鳞状细胞癌患者的疗效：一项Ⅱ期多中心试验（PPIO-008）作者：Yingjian Wang（中国重庆） 267TiP-CHAPTER-GIST-101：pimitespib联合伊马替尼治疗伊马替尼难治性胃肠道间质瘤患者的Ⅰ期研究作者：WeiPeng Yong（新加坡）胰腺癌 250P-评估液体活检衍生的循环肿瘤DNA（ctDNA）作为预测生物标志物对早期胰腺癌治疗反应的影响作者：Hashim Talib Hashim（Karbala） 252P-XELOXIRI方案在不可切除胰腺导管腺癌患者中的安全性和有效性作者：Biyang Cao（中国北京） 253P-预后营养指数是接受新辅助化疗和手术切除的胰腺癌患者继续S-1辅助化疗的独立危险因素作者：Shinnosuke Kawahara（日本横滨） 255P-NALLONG研究的亚洲队列中既往接受过脂质体伊立替康治疗的转移性胰腺导管腺癌长期幸存者的真实世界结果作者：Chang hoon Yoo（韩国首尔） 256P-胰腺导管腺癌中的PIK3CA突变作者：Omali Pitiyarachchi（澳大利亚兰德威克） 257P-“H”至“H”精准新辅助化疗可提高胰腺癌的可切除率作者：Yonggang He（中国重庆） 258P-真实世界背景下晚期胰腺癌患者治疗方案和总生存期的当前趋势作者：Hiroshi Imaoka（日本） 259P-伊立替康脂质体为基础的方案在中国晚期胰腺癌患者中的应用：一项前瞻性、多中心、观察性真实世界研究作者：Jin Xu（中国上海） 260P-NALIRIFOX作为基于吉西他滨的化疗后转移性胰腺癌的后续治疗：单中心真实世界经验作者：Hisn-Chen Lin（台湾嘉义市）（来源：肿瘤瞭望消化时讯）声明凡署名原创的文章版权属《肿瘤瞭望》所有，欢迎分享、转载。本文仅供医疗卫生专业人士了解最新医药资讯参考使用，不代表本平台观点。该等信息不能以任何方式取代专业的医疗指导，也不应被视为诊疗建议，如果该信息被用于资讯以外的目的，本站及作者不承担相关责任。

临床2期放射疗法

2024-04-06

·生物探索

Dev Cell | 同济大学陈嘉瑜/高绍荣/江赐忠/高睿等揭秘TFAP2C在小鼠着床期间转录因子网络的中心角色

引言转录因子(TFs)在早期胚胎发育中发挥重要作用，但在这一过程中调节TF作用的因素、信号级联的关系、全基因组定位以及对细胞命运转变的影响尚未明确阐明。2024年4月3日，同济大学陈嘉瑜、高绍荣、江赐忠及高睿共同通讯在Developmental Cell 在线发表题为“Defining a TFAP2C-centered transcription factor network during murine peri-implantation”的研究论文，该研究使用uliCUT&RUN-seq描述了一个以TFAP2C为中心的调控网络，表明它涉及启动子-增强子相互作用，并调节TEAD4和KLF5功能来介导细胞极化。值得注意的是，该研究发现母体维甲酸代谢通过诱导活性的SINEs去甲基化来调节TFAP2C的表达和功能，这表明RARG-TFAP2C-TEAD4/KLF5轴将母体到合子的转变与极化联系起来。此外，还发现基因组印迹和SNP转移的遗传信息都可以影响TF定位，从而以复杂的方式调节亲本基因的表达。综上所述，该研究提出了一个以TFAP2C为核心元件，以代谢、表观遗传和遗传信息为连接通路节点的TF调控小鼠胚胎发育的三元模型。哺乳动物胚胎发育从受精到原肠胚形成的过程涉及到细胞潜能的一系列有序变化，从受精卵获得全能性到囊胚的细胞命运特化。这些阶段导致胚胎和胚胎外谱系的形成，胚胎体最终由此产生。细胞状态的转变是在不同的分子水平上精确控制的，包括表观遗传、转录和转录后水平，它们是防止发育缺陷或胚胎致死的先决条件。适当的表观遗传重编程对于基因在早期发育中的精确调控至关重要。DNA甲基化组、组蛋白修饰、染色质可及性和高阶染色质组织的全基因组重编程是配子体发生和胚胎发生的重要方面。随着超灵敏染色质分析方法的快速发展，这一关键发育时期的表观遗传机制的独特原理逐渐被发现。模式图（Credit: Developmental Cell）细胞命运的决定主要是由转录因子(TFs)和染色质修饰因子的集体作用协调的，并且先前的研究已经阐明了某些关键TFs在早期胚胎发育中的分子功能。然而，由于细胞数量有限和TFs的短暂占用，在很大程度上缺乏TFs和染色质调节因子的占用图谱，无法全面理解在早期胚胎发生过程中决定细胞身份的特定发育基因是如何重新连接的。此外，协调TF作用的调控途径以及基因组上合适的TF定位和功能的有限位点数量也尚不清楚。该研究清楚地阐明了以TFAP2C为中心的TF网络对早期胚胎发育的微调调控，该网络连接配子遗传代谢基因、亲本遗传环境和表观基因组，共同调节早期胚胎发育。这个RARG-TFAP2C-TEAD4/KLF5轴涉及启动子-增强子(P-E)环，它正确地连接了母系到合子的转变(MZT)和细胞极化，这为转录调控的复杂性提供了前所未有的视角。胚胎可以利用配子遗传的代谢、表观基因组和遗传背景在不同程度上共同调节结合，从而精心决定最终的转录结果。对这些协同活动的研究可以帮助研究人员进一步破译早期胚胎发生的调控转录基础。原文链接https://doi.org/10.1016/j.devcel.2024.03.015责编|探索君排版|探索君文章来源|“iNature”End往期精选围观一文读透细胞死亡(Cell Death) | 24年Cell重磅综述（长文收藏版）热文Nature | 破除传统：为何我们需要重新思考肿瘤的命名方式热文Nature | 2024年值得关注的七项技术热文Nature | 自身免疫性疾病能被治愈吗？科学家们终于看到了希望热文CRISPR技术进化史 | 24年Cell综述

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