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2023年12月，根据“热心肠因子”计算的40篇必读文献。 Nature Reviews：微生物组在癌症治疗中的重要作用（综述） Nature Reviews Immunology——[100.3] ① 肠道微生物及其产物可影响如化疗、放疗、免疫检查点抑制剂和CAR-T疗法等多种癌症治疗效果；② 肠道微生物及其产物可改善癌症治疗导致的粘膜炎、结肠炎、神经毒性等副作用；③ 肠道微生物相关分子模式（MAMP）可激活NOD2等模式识别受体，驱动炎症反应；④ 肠道微生物向肿瘤和淋巴结的转移可增强免疫细胞激活，并可改变免疫检查点分子的表达；⑤ 粪菌移植、饮食、益生菌、益生元、抗生素和噬菌体等可调节肠道菌群，从而改善癌症治疗效果。 【主编评语】 微生物群影响人类健康和包括癌症在内的多种疾病的发展，而肠道菌群的组成影响癌症治疗的疗效和毒性以及治疗耐药性。发表在Nature Reviews Immunology上的一项综述指出，微生物群是决定癌症治疗疗效和治疗所引发的急性和长期毒性的关键因素，并讨论了涉及的复杂机制以及这些机制之间的相互关系。此外，文章还评估了微生物群靶向干预的潜力，以优化对癌症治疗的反应和恢复。通过深入了解微生物群与癌症之间的关系，我们有望发展出更加有效和个性化的癌症治疗策略，以提高治疗效果并减少治疗引发的不良反应。（@EADGBE） 【原文信息】 Role of the microbiota in response to and recovery from cancer therapy 2023-11-06, doi: 10.1038/s41577-023-00951-0 Nature Reviews：将微生物组纳入精准医学（综述） Nature Reviews Microbiology——[88.1] ① 菌群可作为标志物鉴定疾病易感个体，通过菌群靶向性干预调控疾病风险可用于个体化的疾病一级预防；② 量化疾病相关微生物和菌群代谢物等分子可用于疾病诊断，肿瘤等组织的低生物量菌群也有应用前景；③ 治疗疾病的菌群干预包括：补充微生物（用益生菌/元和精准营养促进有益菌、工程菌、菌群移植）、靶向性清除疾病相关微生物（如噬菌体疗法）、菌群衍生分子（如SCFA、胆汁酸等）；④ 菌群还可用于调节疗效和不良反应；⑤ 该领域仍有诸多挑战。 【主编评语】 人与人之间的个体差异驱动了精准医学的研究和发展。菌群是个体差异中的一个重要因素，在疾病的早期检测、预后预测方面具有应用前景，调控菌群也被认为可以优化个性化医疗干预。Nature Reviews Microbiology发表的这篇综述，回顾总结了微生物组数据应用于疾病精准医疗的最新研究进展，并讨论了该领域所面临的挑战、局限性和前景，推荐专业人士关注。（@mildbreeze） 【原文信息】 Utilization of the microbiome in personalized medicine 2023-12-18, doi: 10.1038/s41579-023-00998-9 Nature Reviews：发酵食品与胃肠健康（综述） Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology——[65.1] ① 发酵食品（FF）对人体健康的各个方面，尤其是胃肠道健康都有益影响，FF中的发酵过程可以产生新的化合物，例如生物活性肽和胞外多糖；② 发酵可以帮助从食物基质中去除潜在的有毒或有害化合物，将FF中的活的或死的微生物或其成分引入肠道可以带来健康益处；③ FF中有益微生物和生物活性化合物的独特组合可以通过多种方式促进胃肠道健康；④ 充分了解FF的治疗和临床潜力，需要进一步研究，包括随机对照试验和采用基于组学的方法的跨学科研究。 【主编评语】 虽然发酵最初可能是作为保存食物底物的一种手段而发展起来的，但许多发酵食品及其成分被认为对人类健康的各个方面特别是胃肠道健康具有有益的影响。近期发表于Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology的一篇综述重点讨论了发酵食品促进肠道健康潜力的机制。（@注册营养师陈彬林） 【原文信息】 Fermented foods and gastrointestinal health: underlying mechanisms 2023-12-11, doi: 10.1038/s41575-023-00869-x Nature子刊：自闭症谱系障碍和胃肠道的关联（综述） Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology——[65.1] ① 胃肠道问题与自闭症谱系障碍（ASDs）核心症状和精神问题、易怒、僵硬强迫和攻击行为等中枢介导合并症严重程度增加有关，也是ASD最常见的合并症，特别是便秘、腹泻和腹痛；② 临床前和临床研究表明，肠道菌群及其代谢物、肠道神经递质或调节剂等肠道因素在ASD中有潜在重要性；③ 影响中枢和肠道神经系统发育和功能的遗传及环境风险因素可能是ASD合并胃肠道问题的发病机制和致病因素；④ 肠道菌群或其代谢物调节是ASD潜在治疗靶点。 【主编评语】 自闭症谱系障碍（ASDs）被认为是一种中枢神经发育障碍，通过社交互动、沟通和重复行为障碍来诊断。近期发表于Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology的一篇综述概述了现有的和新出现的临床和临床前证据，这些证据强调肠道是ASD患者的一种新的机制和潜在的治疗靶点。（@注册营养师陈彬林） 【原文信息】 Autism spectrum disorders and the gastrointestinal tract: insights into mechanisms and clinical relevance 2023-12-19, doi: 10.1038/s41575-023-00857-1 Nature Reviews：孕期母体肠道菌群如何影响后代免疫发育？（综述） Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology——[65.1] ① 母体微生物群和免疫系统适应妊娠的不同阶段，母体微生物群及其DNA、细胞碎片和代谢产物，在胎儿免疫中起关键作用；② 阴道分娩过程中，母体和阴道微生物群是新生儿微生物组成的主要来源，被新生儿免疫系统识别为共生微生物，影响妊娠结局和新生儿结局；③ 口腔微生物组潜在影响孕产妇和新生儿结局；④ 母乳是新生儿出生后微生物和免疫调节化合物的主要来源，驱动其微生物群和免疫系统发育；⑤ 微生物群-免疫系统在妊娠期间的确切相互作用未知。 【主编评语】 肠道菌群在宿主代谢和免疫中具有重要作用，微生态失调影响人体生理和健康。怀孕期间的母体免疫和微生物代谢物，分娩期间的微生物转移，以及通过母乳喂养的免疫因子、微生物和代谢物的转移，是生命早期微生物和免疫训练的重要来源，对人类健康具有重要影响。目前只有少数研究直接调查了怀孕期间肠道微生物群和免疫系统之间的相互作用，以及随后对后代发育的影响。近期发表于Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology的一篇综述旨在描述母体微生物组如何影响与妊娠相关的母体、胎儿和早期新生儿的整体免疫系统，重点关注现有证据并强调当前的空白，以促进进一步的研究。（@注册营养师陈彬林） 【原文信息】 The maternal gut microbiome in pregnancy: implications for the developing immune system 2023-12-14, doi: 10.1038/s41575-023-00864-2 Nature Reviews：肠道菌群与脂肪组织的“对话”调控超重/肥胖（综述） Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology——[65.1] ① 脂肪组织分为白色、棕色和米色，在体内的能量储存、产热和新陈代谢中有不同的作用；② 环境因素对能量代谢有重大影响，其中饮食、运动和睡眠是主要因素；③ 肠道细菌参与肠道和脂肪组织之间的双向通讯，影响能量代谢、营养吸收、食欲和脂肪组织功能；④ 脂肪组织拥有自己独特的微生物群，这些微生物群因代谢健康和其他因素而异，对此深入研究可以提供新的见解；⑤ 将肠道微生物群研究从动物模型转化为人类应用面临着方法学和生物学方面的挑战。 【主编评语】 全球约40%的人口受到超重或肥胖的影响，超重和肥胖的特征是当能量摄入超过能量消耗时产生过多的脂肪堆积。一种合理的控制能量消耗的方法是调节白色脂肪组织（WAT）和/或棕色脂肪组织（BAT）的产热途径。在能够影响宿主代谢和能量平衡的不同环境因素中，肠道微生物群现在被认为是一个关键的参与者。近期发表于Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology的一项综述讨论了WAT和BAT的一般生理学，并介绍了肠道细菌和多种微生物衍生的代谢物、它们的受体和信号通路如何调节脂肪组织的发育及其代谢能力。最后，通过提出具体的关键例子来描述从实验到临床的关键挑战。（@注册营养师陈彬林） 【原文信息】 Gut microbiota in overweight and obesity: crosstalk with adipose tissue 2023-12-08, doi: 10.1038/s41575-023-00867-z Science子刊：肠道菌群对肥胖及其改善的影响（综述） Science Translational Medicine——[17.1] ① 肠道菌群包含数万亿个细菌、真菌、病毒和古细菌，肥胖患者中其丰度及多样性改变；② 啮齿动物研究明确将肠道菌群与能量处理联系起来，并表明肠道菌群在肥胖发展中的作用；③ 目前人体研究通过前瞻性、多种族纵向队列研究以表明肠道菌群与肥胖之间的因果关系；④ 研究设计的标准化、宏基因组学方法和数据库的应用、扩大研究人群以及延长随访时间是未来研究要素；⑤ 超生理剂量的代谢物、粪菌移植和个性化益生菌或可用于对抗肥胖及其不利影响。 【主编评语】 啮齿动物研究表明肠道菌群与肥胖之间存在联系，但在人体中因果关系的证据仍然很少。近日，发表在Science Translational Medicine上的这篇综述，总结了肠道菌群与肥胖发展之间联系的证据，并概述了如何从机制上了解肠道菌群在能量稳态中的作用以减少全球肥胖流行的影响。（@圆圈儿） 【原文信息】 Evidence for the contribution of the gut microbiome to obesity and its reversal 2023-11-22, doi: 10.1126/scitranslmed.adg2773 Nature：反向代谢组学方法，挖掘IBD新线索 Nature——[64.8] ① 开发反向代谢组学方法，通过合成新化合物→获得质谱图（LC-MS/MS）→搜索公共代谢组数据（MASST）→元数据分析（ReDU），揭示代谢物与表型、物种、样本类型的关联；② 对4类人体代谢物进行合成和探索，其中胆汁酸类分子的分析表明，克罗恩病中Glu、Ile/Leu、Phe、Thr、Trp和Tyr结合型胆酸升高，并在4个IBD队列中验证；③ 双歧杆菌属、梭菌属和肠球菌属等可产生某些胆汁酰胺化合物，可能通过调节T细胞的IFNγ生成和激动PXR促进肠道炎症。 【主编评语】 近年来，微生物组研究开始将重点从微生物本身转向它们产生的分子。这些分子会直接与人体细胞互作，影响宿主健康。然而，试图确定人体微生物组正在产生哪些分子是相当具有挑战性的。近日，加州大学圣地亚哥分校研究人员在Nature发表最新研究，通过结合有机合成、数据科学和质谱分析等开发出反向代谢组学新方法，发现了数百种以前从未在人体中观察到的分子，还可以较好鉴定出炎症性肠病（IBD）的生物标志物，值得关注。（@九卿臣） 【原文信息】 Reverse metabolomics for the discovery of chemical structures from humans 2023-12-05, doi: 10.1038/s41586-023-06906-8 Nature：未培养微生物中的40万个新基因家族 Nature——[64.8] ① 分析多个生境的149842个基因组，构建未培养原核生物中有重要功能和进化意义的新基因家族目录（FESNov），含404085个基因家族；② 所有FESNov基因家族都跨多个物种，呈现负选择信号，可视为新的直系同源基因群；③ 1034个共同衍征基因家族能在门纲目水平上准确区分未培养类群；④ 预测了32.4%的FESNov基因家族的功能关联，包括4349个与关键生物过程相关的高置信度关联，并实验验证了2个基因家族；⑤ 新基因家族的相对丰度谱可区分不同环境和临床状况，如发现与大肠癌相关的潜在新生物标志物。 【主编评语】 尽管微生物培养技术已取得很多进展，但地球上仍有大量未培养微生物，其基因的特征和功能在很大程度上被归为微生物“暗物质”。Nature发表的这项最新研究，对5个数据库中来自82个生境（含肠道）的近15万个细菌和古菌基因组（宏基因组组装基因组和单扩增基因组），进行了系统性地比较分析研究，编制了专属于未培养原核生物的新基因家族目录FESNov，使细菌和古菌基因家族数量变为原有的3倍，极大扩展了对未培养微生物遗传库在功能和演化方面的认知，有助于未来的宏基因组学研究。（@mildbreeze） 【原文信息】 Functional and evolutionary significance of unknown genes from uncultivated taxa 2023-12-18, doi: 10.1038/s41586-023-06955-z Nature：肠细胞处理膳食脂质，线粒体有何重要作用？ Nature——[64.8] ① 肠上皮特异性敲除DARS2、SDHA或COX10以造成肠上皮线粒体功能缺陷，可导致小鼠近端小肠肠细胞中出现大脂滴积累，影响存活；② 无脂喂养可抑制DARS2缺陷肠细胞的脂滴积累，表明脂滴源自膳食脂肪；③ 代谢追踪分析表明，肠上皮缺乏DARS2损害小鼠从肠道向外周器官运输膳食脂质的能力；④ DARS2缺陷使肠细胞中成熟的乳糜微粒减少，并破坏高尔基体，表明线粒体功能障碍可阻碍乳糜微粒从内质网向高尔基体的运输，进而导致膳食脂质在大脂滴中积累。 【主编评语】 线粒体功能障碍会导致氧化磷酸化不足和代谢缺陷，几乎可影响所有细胞类型，引发疾病。然而，线粒体在肠上皮细胞中的作用尚不清楚。Nature发表的一项最新研究，通过小鼠研究揭示了线粒体在肠上皮细胞中对膳食脂肪的运输和处理的关键作用，这些发现有助于理解线粒体病患者的肠道功能异常。（@mildbreeze） 【原文信息】 Mitochondrial dysfunction abrogates dietary lipid processing in enterocytes 2023-12-20, doi: 10.1038/s41586-023-06857-0 Nature：用菌群导向性食物改善儿童营养不良，再获新发现 Nature——[64.8] ① 分析菌群导向性辅食（MDCF-2）干预试验中营养不良儿童的肠道菌群，发现75个细菌基因组（MAG）与体重增长正相关；② 菌群RNA测序揭示了MDCF-2影响的菌群代谢途径，2个与体重增长正相关的Prevotella copri MAG是MDCF-2中多种聚糖的代谢途径的主要贡献者；③ 分析多糖利用位点及其碳水化合物活性酶底物特异性，结合相关菌株的体外生长实验和粪便碳水化合物结构分析，支持特定P. copri菌株是MDCF-2聚糖代谢和宿主体重增长反应的关键介导者。 【主编评语】 美国圣路易斯华盛顿大学的Jeffrey Gordon团队，在Nature发表的一项最新研究，在该团队此前在孟加拉国开展的一项针对中度急性营养不良儿童的菌群导向性辅食干预研究（https://www.chinagut.cn/papers/read/1079900740）的基础上，通过分析受试者的肠道微生物组数据，发现特定的Prevotella copri菌株或是促进患儿响应营养干预增加体重的关键介导肠菌，并鉴定出这些菌株所代谢的聚糖成分。该研究强调了饮食诱导的肠道菌群反应的菌株特异性，为开发更精准的微生态干预制剂（例如，筛选出关键肠菌和对应营养成分组成合生制剂，以更有效地修复患儿菌群，使其更好地响应饮食干预）提供了新思路。（@mildbreeze） 【原文信息】 Bioactive glycans in a microbiome-directed food for children with malnutrition 2023-12-13, doi: 10.1038/s41586-023-06838-3 Cell：揭秘肠道中的隐藏角色——原生生物 Cell——[64.5] ① 从工业化和非工业化人群中鉴定出副基体纲原生生物，揭示其多样性；② 在小鼠中发现副基体纲三毛滴虫属新物种（Tc），与此前研究的同属物种Tmu有不同的代谢特征；③ 代谢差异影响了Tc和Tmu的免疫调控作用：二者都能诱导小肠Th1/Th17，但由于只有Tmu能排出琥珀酸因而能诱导Th2免疫；④ 代谢差异还决定了二者在菌群中的生态位（Tc利用宿主黏液聚糖、Tmu偏好膳食纤维），影响与特定共生菌的跨界竞争；⑤ 调节膳食纤维组成可控制Tmu诱导的2型免疫。 【主编评语】 肠道微生物中包括原生生物，但这类微生物对肠道环境的影响尚有很多未知。Cell最新发表的研究，揭示了共生原生生物在肠道微生物群中的多样性和代谢差异，表明它们通过不同的代谢作用影响肠道免疫和与细菌的跨界竞争，并提出膳食干预或能调节它们对肠道健康的影响。（@mildbreeze） 【原文信息】 Metabolic diversity in commensal protists regulates intestinal immunity and trans-kingdom competition 2023-12-13, doi: 10.1016/j.cell.2023.11.018 Science：菌群多样性如何抵抗病原体定植？原理不复杂 Science——[56.9] ① 在体外和体内（悉生小鼠）研究人肠菌如何影响致病菌（肺炎克雷伯菌和伤寒沙门氏菌）的定植；② 单个物种的定植抵抗作用有限，群落水平的定植抵抗是一种集体特性，取决于其生态多样性和组成（特定关键物种的存在）；③ 定植抵抗作用可归因于群落共同消耗的营养素与致病菌所需营养素的重叠，从而限制致病菌生长和定植；④ 基于这种营养阻断原理建立预测模型（可用群落与靶标菌株的基因组重叠度作为替代指标），可指导构建抵抗靶标菌株的菌群。 【主编评语】 肠道菌群在抵抗病原体定植方面具有重要作用，但目前还无法有效预测怎样的群落会起到保护作用。Science最新发表的一项研究，通过大量体外研究和体内实验验证，表明菌群多样性和复杂性在定植抵抗中的作用可以用一个简单的生态学基本原理来解释，即群落成员通过共同消耗与病原体相同的营养素实现对病原体的营养阻断（占据生态位），从而有效抑制病原体的生长和定植，这为设计能抵抗特定病原体的微生物群落提供了理论指导。（@mildbreeze） 【原文信息】 Microbiome diversity protects against pathogens by nutrient blocking 2023-12-14, doi: 10.1126/science.adj3502 Nature：用可解释的深度学习模型，研发对抗超级耐药菌的全新抗生素 Nature——[64.8] ① 基于39312种化合物抗生素活性和人体细胞毒性特征，采用蒙特卡罗搜索树算法结合深度学习模型，筛选大约1200万种化合物，被预测对耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）具有活性；② 对模型识别的283种候选化合物进行验证，通过在培养皿测试MRSA，进而识别出两个来自同一类别化合物；③ 构建两种小鼠感染模型（皮肤和系统感染），发现这些化合物可将小鼠体内MRSA数量减少10倍；④ 这些化合物可通过破坏细菌维持细胞膜电化学梯度的能力来杀死细菌。 【主编评语】 据世界卫生组织数据显示，2019年全球约有120万人死于由抗生素耐药性加剧的细菌感染，这已超过艾滋病导致的死亡人数。近日，麻省理工学院研究人员在Nature发表最新研究，利用人工智能和可解释的深度学习模型，从超过1200万种化合物中识别出一种全新的新型抗生素类型，可以杀死临床上常见的超级细菌耐甲氧西林金黄色葡萄球菌。这些化合物对人类细胞的毒性很低，因此成为特别有希望的抗生素候选者，值得关注。（@九卿臣） 【原文信息】 Discovery of a structural class of antibiotics with explainable deep learning 2023-12-20, doi: 10.1038/s41586-023-06887-8 Nature：为什么吃着吃着就饱了？ Nature——[64.8] ① 当营养物质被注入胃中时，PRLH神经元通过内脏反馈表现出持续的激活，而在食物咀嚼过程中，这些持续的反应显著减少；② 相反，PRLH神经元转变为一种阶段性活动模式，这种模式与摄入时间锁定，并与食物的味道有关；③ 光遗传学揭示PRLH神经元控制秒时间尺度进食刺激的持续时间，即通过嗅觉信号反馈来抑制进食速度；④ GCG神经元被肠道的机械反馈激活，跟踪食物的消耗量，并出现持续数十分钟的饱腹感。 【主编评语】 一顿饭中停止进食是由尾部脑干中的专用神经回路控制的，但这些神经环路如何将进食过程中产生的感觉信号转化为行为的动态控制还需要更多研究。孤束尾核（cNTS）是大脑中第一个感知和整合许多膳食相关信号的部位，但cNTS在行为过程中如何处理摄取反馈尚不清楚。Nature近期发表的文章，通过研究进食过程对PRLH（泌乳素释放激素）和GCG神经元（两种促进非厌恶性饱腹感的主要cNTS细胞类型）的影响，发现口腔和肠道提供连续的负反馈信号，分别与尾侧脑干的不同回路相连，而尾侧脑干又控制着短时间和长时间内的进食行为。（@章台柳） 【原文信息】 Sequential appetite suppression by oral and visceral feedback to the brainstem 2023-11-22, doi: 10.1038/s41586-023-06758-2 Cell：空间多组学解析大肠癌中的肿瘤-微环境共演化 Cell——[64.5] ① 对31例人结直肠癌（CRC）样本进行空间多组学分析，将瘤内不同区域作为癌症演化中的快照，绘制个体化的CRC进展轨迹谱系生物地理学图谱；② 肿瘤演化可归为3种主要模型，且可将局部肿瘤区域定位到涉及染色体不稳定性（CIN+）途径和高突变（HM）途径的癌症进展伪时间线上；③ 发现一种沿CIN+途径进展的免疫排斥（IEX）特征（DDR1、TGFBI、PAK4和DPEP1上调），呈现出细胞毒性免疫的抑制，可预测患者不良预后。 【主编评语】 结直肠癌（CRC）在从癌前病变向恶性发展的过程中表现出动态的细胞和基因异质性。Cell最新发表的这项研究，通过空间多组学分析，揭示了CRC肿瘤进展的个体化轨迹和克隆/微环境变化，特别是发现了与肿瘤进展相关的免疫排斥特征（涉及胞外基质调节因子），为患者分层和靶向治疗提供了重要信息。（@mildbreeze） 【原文信息】 Molecular cartography uncovers evolutionary and microenvironmental dynamics in sporadic colorectal tumors 2023-12-07, doi: 10.1016/j.cell.2023.11.006 Cell：结肠干细胞的命运交响曲——致癌基因与微环境信号的共舞 Cell——[64.5] ① 对1107个结肠类器官的系统性单细胞分析揭示了受细胞内外信息（致癌突变和基质信号）调控的结肠干细胞（CSC）表型景观图谱；② 图谱两端分别是CLU+再生CSC（revCSC）和LRIG1+高增殖CSC（proCSC）；③ 成纤维细胞通过基质配体WNT3A和TGF-β1上调上皮YAP信号，使上皮细胞（EC）向revCSC极化；④ APC缺失和KRASG12D致癌突变及基质EGF/EREG则激活MAPK/PI3K信号，使EC向proCSC极化；⑤ APC缺失和KRASG12D共同阻断基质-上皮互作，将EC困在proCSC状态。 【主编评语】 癌细胞受细胞内在（致癌基因突变）和细胞外在（肿瘤微环境）信号的共同调控，但这些过程往往被分开研究，这些信号如何共同调控细胞命运仍待阐释。Cell最新发表的这项研究填补了这一空白。该研究通过scRNA-seq和高度复用的TOBis MC方法，对超过1000个结肠类器官培养物进行平行扰动分析，描绘了细胞内在/固有和外部信号共同调控的结肠干细胞（CSC）极化的连续表型景观图谱，并发现致癌基因突变和基质信号可竞争式地影响CSC表型特性，但致癌基因能通过阻断基质对细胞命运可塑性的调控，最终占据主导地位。（@mildbreeze） 【原文信息】 An oncogenic phenoscape of colonic stem cell polarization 2023-12-07, doi: 10.1016/j.cell.2023.11.004 Cell：患者类器官+单细胞分析，揭示大肠癌的化疗“保护伞” Cell——[64.5] ① 开发了一种高度复用的质谱平台以及Trellis方法，对＞2500个结直肠癌患者衍生类器官（PDO）和癌相关成纤维细胞（CAF）培养物进行单细胞水平的药物反应分析；② 即使对于抵抗化疗的PDO，药物对细胞周期阻断和DNA损伤的作用都较普遍，但药物诱导的凋亡则较少见且有患者特异性，与细胞的翻译后修饰信号有关；③ CAF能调节PDO可塑性，将增殖型结肠干细胞（proCSC）转变为慢周期的再生结肠干细胞（revCSC），从而在化疗中保护癌细胞。 【主编评语】 患者衍生类器官（PDO）可以建立个性化治疗反应模型；然而，目前的筛选技术无法揭示药物反应机制或肿瘤微环境细胞如何改变治疗效果。Cell发表的这项研究，利用一种名为Trellis的方法对超过2500个患者衍生类器官和癌症相关成纤维细胞（CAF）培养物进行单细胞分析，揭示了患者特异性药物反应，并发现CAF可改变PDO的结肠干细胞状态，从而使PDO抵抗化疗。这些发现为癌症治疗策略提供了新见解。（@mildbreeze） 【原文信息】 Trellis tree-based analysis reveals stromal regulation of patient-derived organoid drug responses 2023-12-07, doi: 10.1016/j.cell.2023.11.005 Nature：牙釉质与肠道——意想不到的免疫连接 Nature——[64.8] ① 绝大多数患有APS-1患者和乳糜泻患者都会产生抗成釉细胞特异性蛋白的自身抗体（主要是IgA同种型），成釉细胞特异性蛋白的表达是由AIRE在胸腺中诱导的；② 这反过来又导致中枢耐受性的崩溃，随后产生相应自身抗体来干扰牙釉质形成；③ 在乳糜泻中，这种自身抗体的产生似乎是由外周对肠道抗原耐受性的破坏驱动的，而肠道抗原也在釉质组织中表达；④ 这两种情况是先前未确定的IgA依赖性自身免疫性疾病，将其统称为自身免疫性釉质形成不全。 【主编评语】 成釉细胞是颌骨中的特殊上皮细胞，在牙釉质的形成中起着不可或缺的作用——成釉作用。成釉作用依赖于多种成釉细胞衍生的蛋白质，这些蛋白质作为羟基磷灰石晶体的支架。成釉细胞衍生蛋白功能的丧失导致一组罕见的先天性疾病，称为成釉不全。在由AIRE缺陷引起的1型自身免疫性多关节综合征（APS-1）患者和被诊断为乳糜泻的患者中也发现了牙釉质形成缺陷。Nature近期发表的文章，对APS-1和乳糜泻患者如何产生自身免疫性成釉不全的机制进行研究，为相关疾病的诊断和治疗提供了新见解。（@章台柳） 【原文信息】 Autoimmune amelogenesis imperfecta in patients with APS-1 and coeliac disease 2023-11-22, doi: 10.1038/s41586-023-06776-0 于君等Nature Reviews：多点突破——靶向菌群的癌症管理方法（年度回顾） Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology——[65.1] ① 癌症微生物组研究取得重大突破，在癌症管理的不同方面（包括筛查、预防、分子分型和治疗）具有潜在的临床益处；② 布氏瘤胃球菌驱动的微生物组特征与免疫特征相关，可预测结直肠癌患者的总体生存率；③ 麦芽香肉杆菌通过增强肠道维生素D的生物生成，显示出预防结直肠癌的潜力；④ 肠道菌群（尤其Coprobacillus cateniformis）可通过靶向PDL2–RGMb轴，增强抗PD1或抗PDL1免疫疗法疗效。 【主编评语】 香港中文大学的于君与合作者在Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology发表年度回顾文章，重点介绍了2023年发表的3项具有临床应用前景的癌症相关肠道菌群研究，强调了菌群或可作为靶点，在癌症预防、预后和治疗发面发挥功能，有助于减少全球的癌症负担。（@章台柳） 【原文信息】 Microbiota-based biomarkers and therapeutics for cancer management 2023-12-06, doi: 10.1038/s41575-023-00879-9 Nature Reviews：转移性结直肠癌晚期治疗的新选择（年度回顾） Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology——[65.1] ① 在SUNLIGHT试验中，在三线疗法曲氟利定—替皮拉西尔（FTD/TPI）中联用贝伐珠单抗，可延长先前接受过VEGF抑制剂治疗的mCRC患者的总生存期；② FRESCO-2研究确立了在包括FTD/TPI和/或regorafenib在内的标准疗法失败后，呋喹替尼是mCRC患者晚期治疗的新选择；③ 在CodeBreak300试验中，在经治的KRAS G12C突变mCRC患者中，KRAS-G12C抑制剂sotorasib联用panitumumab优于FTD/TPI或 regorafenib 。 【主编评语】 Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology上发表的一项年度回顾，总结了2023年在转移性结直肠癌（mCRC）的晚期治疗领域的重磅临床研究。（@aluba） 【原文信息】 New options for late-line treatment of metastatic colorectal cancer 2023-12-08, doi: 10.1038/s41575-023-00881-1 Nature Reviews：IBD治疗临床研究新进展（年度回顾） Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology——[65.1] ① 一项概念验证的2期临床试验表明，对于中重度溃疡性结肠炎患者，IL-23抑制剂古塞库单抗与TNF抑制剂戈利木单抗联合用药可能比单独用药更有效；② 三项安慰剂对照的3期临床试验证明了乌帕替尼作为中重度克罗恩病患者的诱导和维持治疗的有效性和安全性，使其于2023年获批；③ 丹麦一项大型回顾性研究显示，在新诊断的回肠或回盲肠克罗恩病患者中，与抗TNF治疗相比，回盲肠切除术可将复合不良结局率降低33%，有必要对这种方法进行前瞻性研究。 【主编评语】 Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology发表的这篇年度回顾文章，聚焦炎症性肠病治疗干预的临床研究进展，重点介绍了3项涉及生物制剂和手术治疗的临床研究。（@mildbreeze） 【原文信息】 Upgrading therapeutic ambitions and treatment outcomes 2023-12-07, doi: 10.1038/s41575-023-00885-x 国内团队JAMA：信迪利单抗联合化疗用于胃癌和胃食管交界腺癌 JAMA——[120.7] ① 在中国62家医院共纳入650例患有无法切除的局部晚期或转移性胃或胃食管交界癌患者进行信迪利单抗或安慰剂联合XELOX方案治疗；② 在所有随机患者中，与安慰剂相比，信迪利单抗将总生存期中位数从12.3个月提高到15.2个月；③ 61.1%患者的肿瘤PD-L1联合阳性评分大于等于5，在这些患者中信迪利单抗将总生存期中位数从12.9个月提高到18.4个月；④ 与治疗相关最多的不良事件是血小板计数减少、中性粒细胞计数减少和贫血。 【主编评语】 全球每年有超过100万人被诊断出胃癌和胃食管交界腺癌，而且有效的治疗方法很少。针对PD-1或其配体PD-L1的免疫疗法已证明对胃和胃食管交界腺癌具有疗效。中国人民解放军总医院徐建明主任医师及团队将可与PD-1结合的信迪利单抗，联合化疗，用于临床患有不可切除的胃癌或胃食管交界腺癌病人的临床治疗中，相关数据近期发表于JAMA。结果表明信迪利单抗联合化疗对于胃癌和胃食管交界腺癌展现出良好的疗效。（@RZN） 【原文信息】 Sintilimab Plus Chemotherapy for Unresectable Gastric or Gastroesophageal Junction Cancer - The ORIENT-16 Randomized Clinical Trial 2023-12-05, doi: 10.1001/jama.2023.19918 Nature子刊：Divarasib联合西妥昔单抗治疗KRAS G12C结直肠癌 Nature Medicine——[82.9] ① 纳入29名KRAS G12C阳性结直肠癌患者评估Divarasib联合西妥昔单抗安全性和抗肿瘤活性；② 联合用药的安全性与单药Divarasib和西妥昔单抗治疗一致，所有患者都经历了至少一次治疗相关不良事件（TRAE），91.6%TRAE为1-2 级，最常见的包括皮疹、腹泻、恶心和呕吐；③ 与单药相比，联合用药抗肿瘤活性进一步改善，缓解率为62.5%，中位应答持续时间为6.9个月，中位无进展生存期为 8.1个月；④ 联合用药较单药KRAS G12C ctDNA水平下降幅度更大。 【主编评语】 KRAS G12C突变普遍存在结直肠癌（CRC）中约占4%，且与不良预后相关，虽能被精准检测识别，但目前针对KRAS G12C突变的有效精准靶向治疗依然缺乏。近日，发表在Nature Medicine上的这篇文章，公布了Divarasib联合西妥昔单抗用于KRAS G12C突变转移性CRC 1b期临床研究结果，为未来KRAS G12C CRC治疗带来曙光。（@圆圈儿） 【原文信息】 Divarasib plus cetuximab in KRAS G12C-positive colorectal cancer: a phase 1b trial 2023-12-05, doi: 10.1038/s41591-023-02696-8 Nature子刊：肠道病毒组直接与学龄前哮喘风险相关 Nature Medicine——[82.9] ① 纳入哥本哈根儿童哮喘前瞻性研究2010（COPSAC2010）母婴队列的647名1岁儿童，进行肠道病毒组分析；② 特定的温和肠道噬菌体分类群被发现与哮喘的后期发展有关，特别是19个caudoviral家族的联合丰度对这种关联有显著贡献；③ 哮喘相关的病毒组和细菌组特征结合分析，其对哮喘风险具有加性影响，这意味着独立的病毒组-哮喘相关性；④ 病毒组相关的哮喘风险由宿主TLR9 rs187084基因变体调节，这表明噬菌体和宿主免疫系统之间存在直接相互作用。 【主编评语】 栖息在肠道中的噬菌体群落对细菌种群的结构和功能有着重要影响，但它们在生命早期的作用以及与健康和疾病的关系尚不清楚。Nature medicine近期发表的文章，发现婴儿肠道病毒组直接与宿主免疫系统之间相互作用，不依赖于对细菌结构和功能的影响，与学龄前哮喘风险相关联。（@章台柳） 【原文信息】 The infant gut virome is associated with preschool asthma risk independently of bacteria 2023-12-15, doi: 10.1038/s41591-023-02685-x 黄秀娟团队Lancet子刊：SIM01合生制剂可改善长新冠 The Lancet Infectious Diseases——[56.3] ① 一项针对长新冠的随机、双盲、安慰剂对照试验中，463名患者分两组，接受合生制剂SIM01或安慰剂干预；② 6个月时，SIM01组在疲劳、记忆丧失、难以集中注意力、胃肠不适和总体不适等长新冠症状的改善方面，显著优于安慰剂组，且安全性良好；③ 相较于安慰剂组，SIM01组的肠道菌群发生了有益变化，如细菌多样性增加、SCFA生成途径上调、抗生素抗性基因减少；④ 使用SIM01、感染奥密克戎株、新冠前接种疫苗、新冠轻症，均为症状缓解的预测因素。 【主编评语】 全球约有6500万人受长新冠（PACS，COVID-19急性期后综合征）影响，但目前缺乏有效治疗方案。The Lancet Infectious Diseases最新发表了香港中文大学黄秀娟、陈家亮与团队开展的一项临床试验研究，表明合生制剂SIM01（3个菌株（分别属于青春双歧杆菌、两歧双歧杆菌、长双歧杆菌）+3种益生元（低聚半乳糖、低聚木糖和抗性糊精））（10^10 CFU，每天2次）在减轻多种PACS症状上显著优于安慰剂，伴随肠道菌群有益变化。这一发现为通过调节肠道菌群来治疗PACS提供了新思路，未来可进一步测试将SIM01推广用于其他慢性疾病或感染后症状的治疗。（@mildbreeze） 【原文信息】 A synbiotic preparation (SIM01) for post-acute COVID-19 syndrome in Hong Kong (RECOVERY): a randomised, double-blind, placebo-controlled trial 2023-12-07, doi: 10.1016/S1473-3099(23)00685-0 张必翔/杨祥良/刘智/陈孝平/陈卫华Cell子刊：调肠菌可改善肝癌手术预后 Cell Host and Microbe——[30.3] ① 肝细胞癌（HCC）患者的术后肝功能恢复延迟（DR）与长期生存率降低相关，伴随粪便长双歧杆菌（Bl）减少；② 给小鼠移植患者菌群表明肠道菌群可影响术后肝功能恢复时间，口服Bl可改善小鼠肝功能恢复；③ 针对HCC患者的非盲随机空白对照试验表明，口服含Bl的复合益生菌可促进术后肝功能恢复，缩短住院时间，提高1年生存率；④ Bl可能通过改变菌群代谢（如增加5-羟色胺、次级胆汁酸、短链脂肪酸）来减轻肝脏炎症和纤维化并促进肝细胞增殖。 【主编评语】 肝细胞癌（HCC）患者进行肝切除术后，及时恢复肝功能对预后有重要意义。肠道菌群在肠-肝轴的调节中有重要作用，但尚不清楚肠菌对HCC术后肝功能恢复有何影响。Cell Host and Microbe最新发表了来自华中科技大学张必翔、杨祥良、刘智、陈孝平、陈卫华与团队的重要研究，结合队列分析、小鼠实验和临床试验等手段，发现长双歧杆菌对促进HCC术后肝功能恢复、提高生存率具有积极作用，并探索了背后的肠-肝轴机制。这项研究为HCC术后治疗提供了新策略，强调了调节肠道菌群的重要作用。（@mildbreeze） 【原文信息】 Bifidobacterium longum promotes postoperative liver function recovery in patients with hepatocellular carcinoma 2023-12-12, doi: 10.1016/j.chom.2023.11.011 高翔等Nature子刊：脆弱拟杆菌泛素同源物会驱动肠菌种内细菌竞争？ Nature Microbiology——[28.3] ① 纯化的泛素同源物（BfUbb）蛋白对多种脆弱拟杆菌有杀菌活性，晶体结构分析显示BfUbb通过两个半胱氨酸形成一个未报道的特异二硫键；② 在敏感菌株裂解液中鉴定到一个肽基脯氨酰基顺反异构酶（PPIase），体内外试验证明BfUbb通过靶向PPIase发挥杀菌活性；③ BfUbb通过C末端二硫键与PPIase中119位酪氨酸（Tyr119）互作，决定两者结合特异性及菌株对BfUbb的敏感性；④ 小鼠研究证明BfUbb为编码菌株提供竞争优势，并在人类肠道宏基因组中验证。 【主编评语】 细菌间的拮抗和相关的防御策略在细菌竞争中必不可少。人类肠道共生体脆弱拟杆菌会分泌一种泛素同源物（BfUbb），对体外脆弱拟杆菌菌株的一个亚群有毒。近日，山东大学高翔及团队在Nature Microbiology发表最新研究，系统深入地解析了人肠道拟杆菌分泌的泛素同源物BfUbb独特的杀菌机制，并表明BfUbb是塑造人类肠道内菌株组成的强大驱动因子，具有重要的应用潜力，值得关注。（@九卿臣） 【原文信息】 Bacteroides fragilis ubiquitin homologue drives intraspecies bacterial competition in the gut microbiome 2023-12-11, doi: 10.1038/s41564-023-01541-5 刘瑞欣等Cell子刊：锁定肠菌产丙酸促进肠道稳态的关键酶 Cell Host and Microbe——[30.3] ① 在多形拟杆菌（Bt）中鉴定出参与丙酸生物合成的甲基丙二酰-辅酶A变位酶（MCM）基因操作子；② 构建MCM缺陷型Bt菌株，通过无菌小鼠定植和体外实验表明，MCM介导的丙酸生成促进杯状细胞分化和粘液相关基因表达；③ 肠道类器官实验表明，MCM生成的丙酸一定程度上通过作用于受体GPR41，促进杯状细胞分化；④ 野生型Bt对DSS诱导的结肠炎有保护作用，而MCM缺陷型菌株无此效果，补充丙酸可恢复。 【主编评语】 丙酸是一种短链脂肪酸，由菌群发酵纤维产生。丙酸可调节免疫和代谢，发挥有益健康的作用。多形拟杆菌等关键肠道细菌会产生丙酸，但其生化途径和具体功能仍待研究。上海交通大学医学院附属瑞金医院刘瑞欣、王计秋、王卫庆、宁光与团队在Cell Host and Microbe发表的一项最新研究中，鉴定出拟杆菌中参与丙酸生物合成的关键酶——甲基丙二酰-辅酶A变位酶，并证明该途径可促进肠道杯状细胞分化和粘液完整性，从而帮助抵抗结肠炎，维持肠道稳态。（@mildbreeze） 【原文信息】 Bacteroides methylmalonyl-CoA mutase produces propionate that promotes intestinal goblet cell differentiation and homeostasis 2023-12-05, doi: 10.1016/j.chom.2023.11.005 陈鹏等Cell子刊：口服镁调节肠菌代谢，预防对乙酰氨基酚的肝脏损伤 Cell Host and Microbe——[30.3] ① 菌群移植表明，口服镁可通过作用于肠道菌群，在小鼠和猪中预防对乙酰氨基酚（APAP）引起的急性肝衰竭（ALF）；② 口服镁可改变人和小鼠的肠道菌群组成，富集双歧杆菌，并改变双歧杆菌代谢，促进生成吲哚-3-羧酸（I3C），从而对ALF起保护作用；③ 细菌基因敲除和工程菌实验表明，甲酸C-乙酰转移酶（pflB）是双歧杆菌中生成I3C的关键酶；④ 机制上，I3C通过结合并抑制CYP2E1酶活，减少APAP代谢产生的有害中间体，降低肝细胞氧化损伤。 【主编评语】 过度使用对乙酰氨基酚（APAP）是急性肝衰竭（ALF）的常见原因。在ALF中，APAP被CYP2E1等酶代谢并转化为活性物质，从而导致氧化损伤和肝衰竭。Cell Host and Microbe最新发表了来自南方医科大学陈鹏、马强、姜勇与团队的最新研究，揭示了口服镁通过改变肠道菌群（尤其双歧杆菌）代谢，生成特定代谢物，从而预防对乙酰氨基酚引起的ALF。（@mildbreeze） 【原文信息】 Oral magnesium prevents acetaminophen-induced acute liver injury by modulating microbial metabolism 2023-12-05, doi: 10.1016/j.chom.2023.11.006 周文+贺艳娟+贾伟+陈翔Cell子刊：从肠菌入手，改善多发性骨髓瘤耐药性 Cell Metabolism——[29] ① 复发的多发性骨髓瘤（MM）患者肠道菌群中，弗氏柠檬酸杆菌（Cf）特异性富集；② 小鼠实验表明，Cf通过升高铵水平，诱导MM对硼替佐米的耐药性；③ 铵经跨膜通道蛋白SLC12A2进入MM细胞，通过增加乙酰化、减少泛素化稳定NEK2蛋白，促进染色体不稳定性和耐药性；④ 细胞、小鼠和患者分析表明，呋喃苯胺酸钠能下调SLC12A2，抑制MM细胞对铵的摄取，减少MM耐药性，改善无进展生存和疗效评分；⑤ 丁酸梭菌等益生菌可抑制Cf生长，改善MM小鼠耐药性。 【主编评语】 此前研究发现，多发性骨髓瘤（MM）患者肠道中的氮回收细菌增多，但其在MM复发中的作用尚不明确。中南大学湘雅医院周文、贺艳娟、陈翔和香港浸会大学贾伟与团队，在Cell Metabolism发表最新研究，发现肠道菌群中的氮回收细菌弗氏柠檬酸杆菌能通过增加血液中的铵水平，诱导对硼替佐米的耐药性，并揭示了其中的细胞和分子机制。用利尿剂呋喃苯胺酸钠抑制MM细胞的铵摄取，以及用益生菌（如丁酸梭菌）抑制氮回收菌生长，可改善MM的治疗效果，为MM的治疗提供了新的策略和靶点。（@mildbreeze） 【原文信息】 Targeting gut microbial nitrogen recycling and cellular uptake of ammonium to improve bortezomib resistance in multiple myeloma 2023-12-18, doi: 10.1016/j.cmet.2023.11.019 国内团队Cell子刊：多发性硬化两性差异背后的肠道机制 Immunity——[32.4] ① 多发性硬化患者（MS）粪便苯乙胺含量显著高于健康对照且存在性别差异，基因敲除发现小鼠肠上皮细胞只有多巴胺受体D2时，可显著缓解MS疾病进展；② 在DRD2敲除的MS小鼠模型中，伴随着抗菌肽表达量显著减少和肠菌改变，且DRD2作用依赖于肠菌；③ 鉴定出47种只在雌鼠脊髓中有差异的代谢物，其中N-乙酰赖氨酸可显著抑制炎症反应，缓解自身免疫性脑脊髓炎发病；④ N-乙酰赖氨酸可显著降低MS相关小胶质细胞比例，提高增殖性和稳态小胶质细胞比例。 【主编评语】 多发性硬化症在发病率和临床特征上表现出强烈的女性倾向，其患者多为中青年女性。但目前已有的治疗药物多为对症治疗，选择品种有限且价格昂贵，无法得到根治，给家庭和社会带来巨大的负担。近日，中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心周嘉伟、中国科学院分子细胞科学卓越创新中心宋昕阳、中国科学院上海有机化学研究所生物与化学交叉研究中心朱正江、上海交通大学医学院附属瑞金医院神经内科陈晟及团队在Immunity发表最新研究，发现肠道上皮细胞多巴胺D2受体（IEC DRD2）过度激活可选择性地在雌性小鼠中改变肠道菌群的组成及其代谢物水平，从而促进多发性硬化的发病，值得关注。（@九卿臣） 【原文信息】 Intestinal epithelial dopamine receptor signaling drives sex-specific disease exacerbation in a mouse model of multiple sclerosis 2023-11-21, doi: 10.1016/j.immuni.2023.10.016 国内团队Cell子刊：生酮饮食促肝GDF15表达，发挥减重作用 Cell Metabolism——[29] ① 使用GDF15及其受体GFRAL全身性敲除小鼠模型，发现敲除GDF15本身或其受体GFRAL，生酮饮食减重作用被大幅削弱；② 配对试验发现生酮饮食除通过GDF15降低能量摄入外，也通过FGF21增加机体能量消耗；③ 肝脏是其GDF15增加主要来源，体内/外试验证实肝细胞PPARγ能直接调控GDF15转录和表达，但不能调控脂肪细胞GDF15转录与分泌；④ 机制上，生酮饮食对肝细胞特异性PPARγ敲除小鼠有益作用被消除是由于肝脏GDF15表达减少和循环GDF15水平降低所致。 【主编评语】 多项文献报道GDF15具有显著抑制食欲的生理学功能，在体重管理中发挥着重要作用。而生酮饮食亦能显著降低机体的食物/能量摄入，两者间是否存在关联，仍需深入探究。近日，西北农林科技大学动科学院吴江维、西京医院内分泌科李晓苗及团队在Cell Metabolism发表最新研究，通过小鼠、小型猪和人群试验结合基因敲除、转录组学、组织表达谱，免疫荧光染色等技术，系统揭示了GDF15在生酮饮食发挥体重管理中不可或缺的作用机制，增进了对生酮饮食发挥代谢调控作用的理解，值得关注。（@九卿臣） 【原文信息】 GDF15 is a major determinant of ketogenic diet-induced weight loss 2023-12-05, doi: 10.1016/j.cmet.2023.11.003 Cell子刊：罗伊氏乳杆菌可改善自闭症，但有菌株特异性 Cell Host and Microbe——[30.3] ① 开展一项随机、双盲、安慰剂对照试验，共纳入43名自病症（ASD）儿童随机分为益生菌组（2株罗伊氏乳杆菌组合）和安慰机组，干预持续6个月；② 益生菌干预不会改变自闭症的整体严重程度、刻板重复行为、微生物组组成或免疫谱，但可显著改善患儿社会功能；③ 构建ASD小鼠模型，补充罗伊氏乳杆菌ATCC-PTA-6475（而不是DSM-17938），可逆转小鼠社交缺陷，提示罗伊氏乳杆菌的有益作用可能是菌株特异性的。 【主编评语】 自闭症谱系障碍（ASD）的特征是存在刻板重复行为和社会沟通缺陷，由于ASD有效治疗方法仍然难以捉摸，因此需要新的治疗策略。近日，罗马第二大学的研究人员在Cell Host and Microbe发表最新研究，通过临床和动物实验，发现补充罗伊氏乳杆菌可显著改善患者社会功能，但存在菌株特异性，值得关注。（@九卿臣） 【原文信息】 Precision microbial intervention improves social behavior but not autism severity: A pilot double-blind randomized placebo-controlled trial 2023-12-18, doi: 10.1016/j.chom.2023.11.021 Cell子刊：婴儿肠道菌群如何影响认知能力？ Cell Host and Microbe——[30.3] ① 本研究发现婴儿复合认知和肠道微生物群组成的关联最早在6月龄时就建立起来了；② 复合认知高于中位数（Inf-aboveCC）相比低于中位数（Inf-belowCC）的婴儿的肠道微生物群落具有更高的多样性和均匀度；③ 此外，Inf-aboveCC小鼠肠道富含已知与认知有关的Phocaeicola、拟杆菌和双歧杆菌；④ 认知能力较好婴儿的肠道微生物群的移植促进了受体小鼠的记忆，并调节了小鼠鼻周皮质（perirhinal cortex，PRC）的组氨酸代谢组。 【主编评语】 肠道微生物群与神经发育之间存在关系，但其潜在机制尚未确定。近期发表于Cell Host and Microbe的一项研究利用代谢组学等方法揭示了婴儿认知和肠道微生物群之间的联系，进一步分析发现肠道菌群可能通过调节组氨酸代谢影响婴儿的认知能力。（@注册营养师陈彬林） 【原文信息】 Infant gut microbiota contributes to cognitive performance in mice 2023-12-04, doi: 10.1016/j.chom.2023.11.004 Cell子刊：母亲来源的噬菌体更能稳定定植于肠道 Cell Host and Microbe——[30.3] ① 从28名足月婴儿和24名早产儿及其母亲身上收集的819个粪便样本进行宏基因组分析，发现早期生命中噬菌体的丰富度随着时间的推移而增加，并在3岁时达到类似成人的复杂性；② 大约9%早期噬菌体的定植（主要通过母体传播并感染拟杆菌）可持续3年，该现象在足月儿比早产儿更普遍；③ 尽管罕见，但具有终止密码子重新分配的噬菌体比未重新编码的噬菌体更有可能持续存在，并且通常在3年内显示出编码框内重新分配的终止密码子的增加。 【主编评语】 噬菌体是肠道微生物组的关键组成部分，但噬菌体在婴儿肠道中的定植过程尚不清楚。Cell Host and Microbe近期发表的文章，对婴儿期到3岁的肠道噬菌体进行分析，发现母体来源、终止密码子重新分配、宿主CRISPR-Cas基因座流行率和不同的噬菌体群体有助于稳定的病毒定植。（@章台柳） 【原文信息】 Infant gut DNA bacteriophage strain persistence during the first 3 years of life 2023-12-13, doi: 10.1016/j.chom.2023.11.015 Cell子刊：STING进核激活AHR，促进共生菌和肠道稳态 Immunity——[32.4] ① 核定位的STING1可驱动转录因子芳烃受体（AHR）激活，来控制肠道微生物群组成和稳态；② 该功能独立于DNA感知和自噬，并与细胞质cGAS-STING1信号表现出竞争性抑制作用；③ STING1的环状二核苷酸结合结构域与AHR的N-末端结构域相互作用，但STING1介导的AHR转录激活需要额外的核伴侣，包括正向和负向调节蛋白；④ AHR配体可以改善野生型小鼠的结肠炎病理和微生态失调，但STING1的失活突变可消除这种保护作用。 【主编评语】 STING1（也称为STING）蛋白作为信号中枢，调控细胞对胞质内的异位DNA的免疫反应和自噬反应。Immunity近期发表的文章，发现STING1可定位到细胞核中，来驱动转录因子AHR的激活。STING1-AHR互作可保护小鼠抵抗肠道炎症和菌群失调。（@章台柳） 【原文信息】 Nuclear localization of STING1 competes with canonical signaling to activate AHR for commensal and intestinal homeostasis 2023-11-27, doi: 10.1016/j.immuni.2023.11.001 Cell子刊：膳食补充AHR配体或可抵御隐孢子虫感染 Cell Host and Microbe——[30.3] ① 隐孢子虫感染回肠，引起炎症、上皮细胞损伤并影响上皮细胞分化，但不影响结肠；② 造血细胞特异性芳香烃受体（AHR）缺陷小鼠易受隐孢子虫感染；③ 上皮AHR信号传导对于控制寄生虫生长来说是可有可无的；④ CD8+上皮内淋巴细胞（IELs）中AHR表达是其维持和细胞毒性所必需的，这些CD8+IELs可以有效控制宿主体内隐孢子虫的生长；⑤ 新生小鼠进行膳食补充AHR配体吲哚-3-甲醇可增加CD8+IELs， 可保护小鼠免受隐孢子虫感染。 【主编评语】 隐孢子虫感染是儿童腹泻致死的主要原因，特别是在资源匮乏的环境中，隐孢子虫还会针对免疫功能低下、长期感染艾滋病毒和原发性免疫缺陷的人，目前没有疫苗或有效的治疗方法。Cell Host and Microbe最新研究性文章表明肠道CD8阳性上皮内淋巴细胞对隐孢子虫感染具有抵抗力，并且这一过程依赖于芳香烃受体AHR，并且补充AHR膳食配体可增强宿主对隐孢子虫病的免疫反应，从而预防疾病。（@RZN） 【原文信息】 Dietary environmental factors shape the immune defense against Cryptosporidium infection 2023-12-04, doi: 10.1016/j.chom.2023.11.008 Cell子刊：肠菌如何塑造有抗炎作用的Th17 Immunity——[32.4] ① 通过探索共生微生物诱导肠道Th17细胞抗炎属性，表现为IL-10和共抑制受体表达，由转录因子c-MAF驱动；② 分节丝状细菌（SFB）等微生物特异性诱导的Th17细胞是异质的，起源于TCF1+肠道驻留的祖先Th17细胞群；③ SFB诱导Th17细胞抗炎转录程序与其他肠道Th17细胞不同，类似于耗竭和调节性CD4+ T细胞；④ 特异性删除Th17细胞c-MAF会导致其失去抗炎表型并增加促炎特性；⑤ TCF1+祖先Th17细胞向抗炎IL-10的转变会受到IL-10信号和肠道巨噬细胞影响。 【主编评语】 共生微生物诱导产生细胞因子的效应组织驻留CD4+ T细胞，但这些T细胞在粘膜稳态中的功能尚不清楚。近日，哥伦比亚大学研究人员在Immunity发表最新研究，展示Th17细胞的异质性和在肠道耐受中的专门调节功能，突显了特异性共生T细胞在维持稳态方面超越病原体控制的被低估的作用，对炎症和微生物组免疫互作产生影响，并为在炎症性肠病中治疗性地靶向SFB Th17细胞轴提供了理论基础，值得关注。（@九卿臣） 【原文信息】 Intestinal microbiota-specific Th17 cells possess regulatory properties and suppress effector T cells via c-MAF and IL-10 2023-11-30, doi: 10.1016/j.immuni.2023.11.003 Nature子刊：一种共生菌产生的广谱且半衰期短的抗菌肽 Nature Microbiology——[28.3] ① 鉴定一种由鼻腔表皮葡萄球菌IVK83产生的抗菌药物——epifadin，它由非核糖体合成的肽、聚酮组分和末端修饰的氨基酸部分组成；② Epifadin的抗菌靶点谱较为广泛，且仅几个小时的寿命；③ 在类似体内的条件下，它是高度不稳定的，有可能作为限制细菌共生体附带损伤的一种手段；④ 在体外和体内共同培养过程中，金黄色葡萄球菌被产生epifadin的表皮葡萄球菌所消除，这表明产生epifidin的共生菌有助于防止鼻腔携带金黄色葡萄菌； 【主编评语】 Nature Microbiology近期发表的文章，鉴定出一种广谱且半衰期短的抗菌肽，可消除鼻腔金黄色葡萄球菌。这提示，限制抗菌肽的半衰期可能有助于平衡其有益和有害的活性。（@章台柳） 【原文信息】 Commensal production of a broad-spectrum and short-lived antimicrobial peptide polyene eliminates nasal Staphylococcus aureus 2023-12-18, doi: 10.1038/s41564-023-01544-2 感谢本期日报的创作者：DM，mildbreeze，湖人总冠军，orchid，阿当，圆圈儿，九卿臣，章台柳，RZN，注册营养师陈彬林 点击阅读过去10天的日报： 12-31 | 26页综述详解：浆果的健康作用和食品价值 12-30 | 多吃还是少吃？10文聚焦食欲调控的奥秘 12-29 | 22页《自然·综述》讲透自闭症与胃肠道的关系 12-28 | 65分综述详解：母亲菌群如何影响孩子免疫发育？ 12-27 | Cell子刊揭秘：肠道衰老，源头在哪？ 12-26 | 《自然·综述》年度回顾：炎症性肠病疗法的新进展 12-25 | 口腔健康莫忽视！12页综述解析牙周炎与癌症的复杂关系 12-24 | 发酵食品如何促进胃肠健康？65分综述一文读懂 12-23 | 肠脑轴前沿：10文一览肠道与脑健康的紧密关系 12-22 | 《自然·综述》领衔，10文聚焦微生态干预

12月11日的《热心肠日报》，我们解读了 10 篇文献，关注：结直肠癌，肝癌，临床试验，免疫治疗，KRAS变异，人工智能，叶酸，衰老，类器官，菌群代谢物。 于君等Nature Reviews：多点突破——靶向菌群的癌症管理方法（年度回顾） Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology——[65.1] ① 癌症微生物组研究取得重大突破，在癌症管理的不同方面（包括筛查、预防、分子分型和治疗）具有潜在的临床益处；② 布氏瘤胃球菌驱动的微生物组特征与免疫特征相关，可预测结直肠癌患者的总体生存率；③ 麦芽香肉杆菌通过增强肠道维生素D的生物生成，显示出预防结直肠癌的潜力；④ 肠道菌群（尤其Coprobacillus cateniformis）可通过靶向PDL2–RGMb轴，增强抗PD1或抗PDL1免疫疗法疗效。 【主编评语】 香港中文大学的于君与合作者在Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology发表年度回顾文章，重点介绍了2023年发表的3项具有临床应用前景的癌症相关肠道菌群研究，强调了菌群或可作为靶点，在癌症预防、预后和治疗发面发挥功能，有助于减少全球的癌症负担。（@章台柳） 【原文信息】 Microbiota-based biomarkers and therapeutics for cancer management 2023-12-06, doi: 10.1038/s41575-023-00879-9 国内团队：菌群来源甲基乙二醛或可辅助癌症治疗 Journal for ImmunoTherapy of Cancer——[10.9] ① 肠道菌群衍生代谢物甲基乙二醛（MG）会增强局部晚期直肠癌术前放疗的有效性；② MG在体外通过增加DNA断裂激活cGAS-STING通路，诱导PD-1表达，同时促进ROS介导的内质网应激，导致肿瘤细胞中免疫原性细胞死亡；③ MG促进CT26小鼠肿瘤模型中免疫原性细胞死亡并重塑肿瘤免疫微环境，促进肿瘤浸润CD8+T细胞和自然杀伤细胞，抑制肿瘤生长并延长生存期；④ MG、放疗和抗PD-1三联疗法可以重塑肿瘤免疫微环境，产生抗肿瘤效果。 【主编评语】 放射疗法和免疫疗法的结合为癌症治疗提供了一种有前途的方法，肠道菌群可能会影响对放疗和免疫治疗的效果。福建医科大学吴君心和张达及团队在Journal for ImmunoTherapy of Cancer发表最新研究进展，揭示肠道菌群衍生的代谢物甲基乙二醛可逆转放射抗性并增强免疫疗法的疗效。（@RZN） 【原文信息】 Methylglyoxal from gut microbes boosts radiosensitivity and radioimmunotherapy in rectal cancer by triggerING endoplasmic reticulum stress and cGAS-STING activation 2023-11-30, doi: 10.1136/jitc-2023-007840 Nature子刊：如何在体外研究人类结直肠癌与肿瘤微环境相互作用？ Nature Communications——[16.6] ① 从人类结直肠癌（CRC）和小鼠CRC模型的单细胞转录组中预测肿瘤-肿瘤微环境的相互作用；② 培养肿瘤类器官，其会抑制与炎症和免疫细胞迁移有关的基因表达程序，或可在体外重建癌症与免疫细胞的相互作用；③ 将人单核细胞衍生的巨噬细胞引入肿瘤类器官培养物中，巨噬细胞获得与体内类似的免疫抑制和促肿瘤基因表达程序，包括编码骨桥蛋白的SPP1的标志性诱导，骨桥蛋白是一种具有既定致癌作用的细胞外CD44配体。 【主编评语】 癌症的发生和发展与肿瘤微环境（TME）密切相关。Nature Communications近期发表的文章，利用单细胞测序数据来定位结直肠癌与肿瘤微环境的相互作用，利用肿瘤类器官在体外研究结直肠癌与肿瘤微环境的相互作用的平台。（@章台柳） 【原文信息】 Mapping and modeling human colorectal carcinoma interactions with the tumor microenvironment 2023-11-30, doi: 10.1038/s41467-023-43746-6 JAMA子刊：KRAS变异增加青年期和老年起结直肠癌患者的死亡率 JAMA Network Open——[13.8] ① 纳入231661名被诊断为结肠或直肠腺癌的患者，其中3842例为青年期（20-49岁间确诊，YO CRC），17819例为老年期（50岁及以上确诊，LO CRC），有KRAS变异的分别是1546和7311人；② 变异型KRAS与野生型患者的中位病因特异性生存（CSS）时间存在显著差异，YO CRC中3.0 vs 3.5年，LO CRC中2.5 vs 3.4年；③ 与野生型相比，KRAS变异型肿瘤与更高的CRC相关死亡风险相关；④ YO CRC患者中，死亡率风险随着位置的变化而不同，但LO患者中没有这种趋势。 【主编评语】 JAMA Network Open近期发表的文章，对确诊为结肠癌的患者进行研究，发现KRAS序列变异与青年期和老年期肿瘤患者的死亡率增加有关。在青年期癌症中，远端肿瘤的变异KRAS相关死亡率高于近端肿瘤。（@章台柳） 【原文信息】 KRAS Sequence Variation as Prognostic Marker in Patients With Young- vs Late-Onset Colorectal Cancer 2023-11-30, doi: 10.1001/jamanetworkopen.2023.45801 衰老促进小鼠结肠肿瘤和炎症 Gut Microbes——[12.2] ① 与年轻供者（RY）相比，老年供者（RO）的结肠肿瘤患病率大约高出3倍，增殖性结肠炎细胞高约2倍，结肠IL-6、IL-1β和Tnf-α显著升高；② RO小鼠中线粒体相关基因显著富集，粪便微生物多样性降低；③ RY中Ruminoclostridium 、Lachnoclostridium和胞杆菌科XIII的一个未表征属升高，RO中拟杆菌属、丹毒丝菌科和梭状芽胞杆菌目的一个未表征属升高；④ 与RY相比，RO的结肠增殖、炎症和肿瘤丰度显著升高，Ppargc1b和ESrra表达显著升高。 【主编评语】 衰老是结直肠癌（CRC）的一个重要危险因素，尽管肠道菌群的组成随着年龄的增长会变得更加促炎，并且可以在肠道和包括大脑在内的远端引发生理紊乱，但尚不清楚菌群的这种变化是否也会促进结肠的致瘤性。近期刊登于Gut Microbes上的文章，将来自年轻或年老供体小鼠的粪菌移植到年轻的受体小鼠中，随后用化学致癌物氧化偶氮甲烷处理小鼠。结果表明，衰老引起的肠道菌群改变确实会增加CRC风险，并且这种风险可以在个体之间传播。（@RZN） 【原文信息】 Fecal microbiota transplanted from old mice promotes more colonic inflammation, proliferation, and tumor formation in azoxymethane-treated A/J mice than microbiota originating from young mice 2023-11-29, doi: 10.1080/19490976.2023.2288187 基因组常见变异或影响叶酸与结直肠癌风险之间的关系 American Journal of Clinical Nutrition——[7.1] ① 纳入51项研究，共30550例病例和42336名对照，分析基因组常见变异与膳食叶酸、叶酸补充剂、总叶酸与结直肠癌（CRC）风险的相互作用；② 饮食叶酸、总叶酸和叶酸补充与CRC呈负相关；③ 叶酸补充剂与3p25.2基因座（SYN2/TIMP4区域）变体具有相互作用，变体rs150924902（位于SYN2上游）显示出最强的相互作用；④ rs150924902基因型的分层分析中，TT基因型中，叶酸补充与CRC风险降低相关，而TA型则风险增加；⑤ 饮食、总叶酸与常见变异无相互作用。 【主编评语】 流行病学和实验证据表明，叶酸摄入量越高，结直肠癌癌症（CRC）风险越低；但其中的机制尚不清楚。American Journal of Clinical Nutrition近期发表的文章，发现3p25.2基因位点的变异可能影响叶酸补充与CRC风险的关系。（@章台柳） 【原文信息】 Genome-wide interaction analysis of folate for colorectal cancer risk 2023-08-26, doi: 10.1016/j.ajcnut.2023.08.010 国内团队：人工智能在结肠镜检查中检测结直肠肿瘤的优缺点 EClinicalMedicine——[15.1] ① 纳入33项试验的27404名患者，13580名患者接受人工智能 （AI） 辅助结肠镜检查；② 接受AI辅助结肠镜检查的患者的息肉漏检率降低52.5%，息肉检出率增加23.8%，每次结肠镜检查发现息肉（PPC）率增加38.8%，PPC数量增加0.271例；③ 使用AI辅助结肠镜检查的患者的腺瘤漏检率降低50.5%，腺瘤检出率（ADR）增加24.2%，每次结肠镜检查发现腺瘤（ APC）率增加39%，APC数量增加0.202例；④ 人工智能辅助结肠镜检查或通过降低漏检率显著增强CRC检测。 【主编评语】 结肠镜检查期间使用人工智能（AI）检测结直肠肿瘤（CRC）或能提高腺瘤检出率并降低腺瘤漏诊率，然而不同研究观察到不同的结果。近日，哈尔滨医科大学 韩鹏、 刘彦龙、崔滨滨团队在EClinicalMedicine上发表文章，通过对Embase、Medline和Cochrane数据库进行全面文献检索，评估了结肠镜检查期间使用AI辅助系统的潜在优缺点。（@圆圈儿） 【原文信息】 Artificial intelligence for colorectal neoplasia detection during colonoscopy: a systematic review and meta-analysis of randomized clinical trials 2023-11-30, doi: 10.1016/j.eclinm.2023.102341 共同护理vs常规护理，结直肠癌幸存者应怎样随访管理？ EClinicalMedicine——[15.1] ① 招募经过意向性治疗后的I-III期结直肠癌患者150名，随机分成SC（全科医生GP和肿瘤学家共同随访）和UC（常规肿瘤学家随访），其中11名GP拒绝参与试验；② SC和UC在12个月时的平均GHQ生活质量得分分别为72和73，两组之间没有显著差异；③ 12个月时，SC组偏好SC为63%，UC组偏好SC和专科护理的均为35%；④ SC的CEA（癌胚抗原）检测完成率较高，两组之间的复发相似；⑤ SC患者的平均医疗费用比UC患者少314美元。 【主编评语】 EClinicalMedicine近期发表了SCORE的临床结果，SCORE是一项随机对照试验，来评估全科医生和肿瘤学家共同护理（SC）随访与常规肿瘤学家随访在结直肠癌（CRC）幸存者管理中的影响。结果显示，两者的表现相当，SC更节省成本。SC或是CRC幸存者的一种合适且具有成本效益的随访模式。（@章台柳） 【原文信息】 SCORE: a randomised controlled trial evaluating shared care (general practitioner and oncologist) follow-up compared to usual oncologist follow-up for survivors of colorectal cancer 2023-11-30, doi: 10.1016/j.eclinm.2023.102346 JAMA子刊：晚期结直肠癌伴肝转移患者谨慎使用免疫检查点抑制剂疗法！ JAMA Network Open——[13.8] ① 纳入180名难治性结直肠癌患者，70.6%患有肝转移（LM），随机分配到德瓦鲁单抗联合曲美木单抗治疗组119人，最佳支持治疗（BSC）组61人；② LM患者血浆肿瘤突变负荷显著升高；③ 单变量分析中，无论LM如何，单抗联合治疗组和BSC组总生存期均无差异，且相互作用检验为阴性；④ 无LM患者接受单抗联合治疗后无进展生存期显著改善；⑤ 无LM患者接受单抗联合治疗后疾病控制率（DCR）为49%，BSC组为14%，LM患者接受单抗联合治疗后DCR为10%，BSC组为4%。 【主编评语】 免疫检查点抑制剂（ICI）常用于治疗微卫星不稳定性高或错配修复缺陷的结直肠癌患者，但这一类患者仅占晚期结直肠癌病例的5%，且ICI单独或与其他药物联合使用对于大多数微卫星稳定（MSS）或错配修复正常（pMMR）结直肠癌患者均无效。MSS或pMMR的晚期结直肠癌伴肝转移（LM）对于ICI是否有耐药性仍然未知。近期发表于JAMA Network Open上的文章，对随机临床试验进行了二次分析后发现，LM与晚期结直肠癌患者的较差预后相关，无LM患者使用德瓦鲁单抗联合曲美木单抗后能够改善无进展生存期，且疾病控制率更高。（@RZN） 【原文信息】 Liver Metastases and Immune Checkpoint Inhibitor Efficacy in Patients With Refractory Metastatic Colorectal Cancer - A Secondary Analysis of a Randomized Clinical Trial 2023-12-05, doi: 10.1001/jamanetworkopen.2023.46094 Lancet子刊：仑伐替尼联合帕博利珠单抗在晚期肝癌干预中并未达到预期结果 The Lancet Oncology——[51.1] ① 纳入1309名（中位年龄66岁）肝癌患者，794名随机分配至仑伐替尼联合帕博利珠单抗组（n=395）或仑伐替尼加安慰剂组（n=399）；② 中位随访32.1个月，联合单抗组中位总生存期和中位无进展生存期分别为21.2和8.2个月，联合安慰剂组分别为19和8个月；③ 最常见的治疗相关3-4级不良反应为高血压、天冬氨酸转氨酶升高和腹泻 ；④ 联合单抗组有一定的临床活性，但未能达到预设的总生存期和无进展生存期改善，研究结果不支持临床实践的改变。 【主编评语】 本文评估了仑伐替尼联合帕博利珠单抗、仑伐替尼联合安慰剂在晚期肝癌临床干预中的效果。研究结果显示，仑伐替尼联合帕博利珠单抗对于晚期肝癌具有一定的效果，但是在生存数据上并未达到预期，此结果不支持其临床应用。（@Bingbing） 【原文信息】 Lenvatinib plus pembrolizumab versus lenvatinib plus placebo for advanced hepatoCellular carcinoma (LEAP-002): a randomised, double-blind, phase 3 trial 2023-11-28, doi: 10.1016/S1470-2045(23)00469-2 感谢本期日报的创作者：湖人总冠军，Jadon，章台柳，RZN，orchid 点击阅读过去10天的日报： 12-10 | 限制性饮食如何影响健康？多文阐述背后的科学原理 12-09 | 黄秀娟等Lancet子刊突破：微生态干预可改善长新冠 12-08 | Cell连发3文，大肠癌基础和转化研究成焦点 12-07 | Nature重磅：用反向代谢组学方法，挖掘IBD中的微生物新分子 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时间匆匆易逝，转眼间5月份即将结束，在即将过去的5月里，Nature杂志又有哪些亮点研究值得学习呢？小编对相关文章进行了整理，与大家一起学习！ 时间匆匆易逝，转眼间5月份即将结束，在即将过去的5月里，Nature杂志又有哪些亮点研究值得学习呢？小编对相关文章进行了整理，与大家一起学习！ 【1】Nature：利用新型机器学习算法CEBRA解码小鼠大脑的动态信号 doi：10.1038/s41586-023-06031-6 是否有可能仅根据大脑信号就完全重建某人所看到的东西？答案是否定的，还没有。近日，一篇发表在国际杂志Nature上题为“Learnable latent embeddings for joint behavioural and neural analysis”的研究报告中，来自瑞士洛桑联邦理工学院的研究人员在这个方向上迈出了重要的一步：他们引入了一种新的算法来建立人工神经网络模型，以令人印象深刻的准确度来捕捉大脑的动态。这种根植于数学的新型机器学习算法被称为CEBRA，可学习神经代码中的隐藏结构。 使用CEBRA进行一致的和可解释的嵌入 图片来源：Nature, 2023, doi:10.1038/s41586-023-06031-6 这些作者的演示很清晰。一只小鼠观看一部20世纪60年代的黑白电影片段，其中一个男人跑向一辆汽车并打开后备箱。在另一个屏幕上，人们看到的是CEBRA计算出来这部电影的重建。这种由CEBRA构建的电影几乎与原作完全吻合，只是有一些怪异的扭曲，就好像你刚刚在《黑客帝国（Matrix）》中看到了一只虫子。CEBRA从原始神经数据中学习到什么信息，可以在训练后通过解码进行测试---这是一种用于脑机接口（brain-machine-interface， BMI）的方法，他们发现他们可以从这种模型中解码出小鼠在观看电影时看到的内容。但CEBRA并不限于视觉皮层神经元，甚至是大脑数据。他们的研究还表明，它可以用来预测灵长类动物的手臂运动，并重建大鼠在竞技场上自由奔跑时的位置。 研究者表示，这项研究只是朝着神经技术中需要的有理论支持的算法以实现高性能的脑机接口迈出了一步。为了学习小鼠视觉系统中的潜伏（即隐藏）结构，CEBRA在最初的训练阶段将大脑信号和电影特征进行映射后，可以直接从大脑信号中预测未观看的电影帧；这些用于视频解码的数据是通过艾伦研究所（Allen Institute）公开获取的。这些大脑信号是通过插入小鼠大脑视觉皮层区域的电极探针或者使用光学探针---涉及使用经过基因改造后让激活的神经元发出绿色荧光的小鼠---直接测量大脑活动获得的。在这种训练阶段，CEBRA学习将大脑活动映射到特定的电影帧。考虑到小鼠的这一大脑区域大约由50万个神经元组成，CEBRA在视觉皮层中不到1%的神经元上表现良好。 【2】Nature：靶向PD-L2–RGMb有望增强克服肠道菌群相关的免疫治疗抵抗力，增强癌症免疫疗法的疗效 doi：10.1038/s41586-023-06026-3 癌症免疫疗法已经改变了许多类型癌症的治疗。然而，由于仍然不甚明了的原因，并非所有患者都能从这些强大的疗法中获得同样的益处。近日，一篇发表在国际杂志Nature上题为“Targeting PD-L2–RGMb overcomes microbiome-related immunotherapy resistance”的研究报告中，来自美国哈佛医学院和丹娜-法伯癌症研究所的研究人员指出影响癌症免疫疗法治疗结果的一个有力因素似乎是患者的肠道菌群---生活在人类肠道中的数万亿个微生物。 这项研究是在小鼠身上完成的，它指出了肠道微生物如何增强身体对一种称为称为PD-1检查点阻断疗法的常见免疫疗法的反应。目前，PD-1检查点阻断疗法用于治疗25种形式的癌症。该研究发现，特定的肠道细菌可以影响两种免疫分子---PD-L2和RGMb---的活性，以及它们之间的相互作用。该研究还表明，阻断其中任何一种分子的活性或它们之间的相互作用，可以增强对癌症免疫疗法的反应，优化身体检测和摧毁癌细胞的能力。 研究者Arlene Sharpe说道，我们的研究表明，用阻断PD-L2与RGMb相互作用的抗体进行治疗可以解除对抗癌T细胞的抑制，使得它们能够根除肿瘤。这项新的研究还确定了RGMb分子是以前未知的破坏身体发现和摧毁肿瘤能力的帮凶。RGMb主要以其在神经系统发育中的作用而闻名，也在抗癌的T细胞表面上发现。然而，在此之前，没有人知道它在调节T细胞对癌症免疫疗法的反应方面发挥了作用。 这些作者指出，如果在人类身上得到重现，这些发现可以为开发改善免疫疗法治疗结果的疗法提供信息。研究者Joon Seok Park表示，我们的发现为一个复杂的难题提供了关键的线索，并以此提出了增强癌症免疫疗法效力和改善患者预后的具体方法。我们提出了一种新的方法，通过了解帮助我们的免疫系统对抗癌症的肠道细菌来克服这种疾病对当前癌症免疫疗法的抵抗。 【3】Nature：揭示最小的可编程核酸酶TnpB的三维结构 doi：10.1038/s41586-023-05826-x 近日，一篇发表在国际杂志Nature上题为“TnpB structure reveals minimal functional core of Cas12 nuclease family”的研究报告中，来自立陶宛维尔纽斯大学生命科学中心等机构的科学家们通过利用低温电镜（cryo-EM）确定了TnpB的结构。CRISPR-Cas核酸酶，如Cas9或Cas12，也被称为基因剪刀，已经彻底改变了基因组编辑领域。它们能够精确编辑基因组，并校正致病突变。然而，Cas9或Cas12的大小限制了利用已用于基因治疗的腺相关病毒（AAV）将它们递送到靶细胞中。 在之前的一项研究中，？ik？nys团队报告了一类新的可编程的核酸酶---TnpB---的发现，TnpB与称为转座子的可移动遗传元件有关（Nature， 2021， doi：10.1038/s41586-021-04058-1）。他们证实TnpB是最小的可编程核酸酶，可用于有效的基因编辑；然而，它的结构组织和作用机制仍然未知。？ik？nys教授说，“这项新的研究是长期不懈努力的结果，它展示了立陶宛科学家在生命科学领域的潜力，以及他们成为该领域领导者的能力。这项研究揭示了TnpB基因剪刀的结构和机制，为进一步有针对性地改造TnpB复合物奠定了基础。” 在这项新的研究中，这些作者使用低温电镜来确定最小的可编程核酸内切酶TnpB的三元结构，这种结构与生化实验数据一起解释了TnpB基因剪刀如何精确识别和切割DNA靶标。 【4】Nature：构建出第一种人类肠道病毒crassvirus的结构图谱 doi：10.1038/s41586-023-06019-2 一类称为crassvirus（也被称为crassvirales、噬菌体、crass样噬菌体）的病毒是人类肠道中最丰富的一组病毒，它们在塑造肠道微生物组、影响健康和疾病方面可以发挥重要作用。近日，一篇发表在国际杂志Nature上题为“Structural atlas of a human gut crassvirus”的研究报告中，来自爱尔兰科克大学等机构的研究人员完成了有史以来第一种称为ΦcrAss001的crassvirus的结构图谱。 ΦcrAss001病毒颗粒的结构和功能分配 图片来源：Nature, 2023, doi:10.1038/s41586-023-06019-2 这些作者首次在实验室中培养了一种crassvirus，并开发出了这种肠道病毒的详细原子级结构。这类肠道病毒被认为在塑造人类微生物组的组成和功能方面发挥着作用。在实验室中培养它们的能力，加上这个新构建的结构图谱，将促进探究它们在肠道微生物组功能和人类健康中的作用所需的研究。关键的突破包括确定这种crassvirus病毒携带的多种货物蛋白的存在，包括找到一种同时占据该病毒头部和尾部的蛋白。这一发现使得他们能够预测该病毒如何将它的DNA注入它的细菌宿主的机制。 这些作者还发现了一种新的蛋白折叠，它起到了“看门人”的作用，控制着病毒颗粒的进出。此外，他们如今能够为之前被认为是假设的病毒基因分配功能。研究者Colin Hill教授说，“这类病毒可能是与人类相关的最丰富的生物实体，然而我们在不到十年前才发现它们，所以这一切都相当新颖，非常令人兴奋。培养病毒是一个重要的研究里程碑和突破。从本质上讲，你必须能够培养它才能了解它，一旦我们在APC 微生物组研究所开发了培养这种病毒的能力，我们就能够联系约克大学的同事，帮助研究它的所有精致细节。最终的结构确实很漂亮，是对APC 微生物组研究所和约克大学多年来精心工作的恰当回报。 【5】Nature：揭示铜促进炎症产生机制，有望开发抗击炎症和癌症的新疗法 doi：10.1038/s41586-023-06017-4 炎症是一种复杂的生物过程，可以根除病原体并促进受损组织的修复。然而，免疫系统失调会导致炎症不受控制，反而产生病变。炎症也与癌症有关。炎症的分子机制并不完全了解，因此开发针对炎症的新药面临着重大挑战。早在2020年，法国国家科学研究中心研究主任、居里研究所细胞与化学生物学实验室化学生物学团队负责人Raphael Rodriguez博士就对一种名为CD44的膜受体有了新的认识，该膜受体标志着免疫反应、炎症和癌症进展。Rodriquez博士和他的团队发现了CD44有助于将铁输入细胞，引发一系列反应，导致参与这种输入过程的基因被激活。他解释说，“这是一种细胞可塑性现象，我们继续研究，以便探究其他可能被CD44内化的金属，特别是铜。” 如今，一篇发表在国际杂志Nature上题为“A druggable copper-signalling pathway that drives inflammation”的研究报告中，Rodriquez博士和他的同事们达到了一个新的里程碑。他们成功确定了一条涉及铜的可导致巨噬细胞中促炎性基因表达的信号传导通路，其中巨噬细胞存在于所有组织中，在先天免疫中发挥着重要作用。 一旦在巨噬细胞中内化，铜就会进入线粒体（负责细胞呼吸和能量产生的细胞器），在那里它催化NADH氧化为NAD+（某些酶发挥活性所需的分子）。细胞中NAD+的增加使得某些参与产生对表观遗传调节至关重要的代谢物的酶被激活。因此，这些代谢物有助于激活参与炎症的基因。这些作者并没有就此止步，他们还从二甲双胍（metformin）的结构中得到启发，设计了能够与铜结合的分子。通过在急性炎症模型上测试这些新分子，他们发现二甲双胍的一种合成二聚体---LCC-12（也被称为Supformin）---减少了巨噬细胞的激活并减弱了炎症。Rodriguez博士解释说，“我们的研究使我们能够开发一种使细胞代谢机制中的铜化学反应失活从而阻断参与炎症的基因表达的药物原型。” 【6】Nature：个性化的mRNA疫苗在临床试验中或有望治疗人类胰腺导管腺癌 doi：10.1038/s41586-023-06063-y 胰腺导管腺癌在88%的患者中都是致命的，但其所携带的突变衍生的T细胞新抗原（neoantigens）却非常适合进行相关的疫苗开发。近日，一篇发表在国际杂志Nature上题为“Personalized RNA neoantigen vaccines stimulate T cells in pancreatic cancer”的研究报告中，来自纪念斯隆-凯特琳癌症中心等机构的科学家们通过研究开发了一种新型个体化mRNA疫苗，在临床试验中其或有望帮助抵御胰腺癌的侵袭性形式。 个性化的mRNA疫苗在临床试验中或有望治疗人类胰腺导管腺癌。 图片来源：Nature (2023). DOI:10.1038/s41586-023-06063-y 文章中，研究人员发现，针对胰腺导管腺癌的T细胞或能被单一mRNA疫苗所激活，胰腺癌是人类最致命的一种癌症类型，因为其通常并不会出现疾病症状直到患者进展到晚期，这时候就非常难以治疗了；胰腺导管腺癌尤其具有致死性，其通常会引起大约88%的患者死亡，这就使其成为了美国第三大致命性癌症，被诊断为胰腺导管腺癌的患者通常会有两种选择，即制定死亡计划或接受药物和手术疗法。 近年来，免疫检查点抑制剂作为免疫化疗制剂，已经被证明能有效治疗多种人类癌症，然而，胰腺导管腺癌却并不是其中一种，尽管研究人员目前报告表示，个性化疫苗或许能使这种方法变得可行。免疫疗法能通过识别肿瘤细胞表面的特殊蛋白（新抗原），从而诱导宿主机体免疫系统攻击肿瘤，研究者发现，一种个性化的mRNA疫苗或能激发针对肿瘤细胞表面新抗原的T细胞的攻击作用。 【7】Nature：当缺乏葡萄糖时，胰腺癌细胞利用尿苷作为新的营养物茁壮成长 doi：10.1038/s41586-023-06073-w 近日，一篇发表在国际杂志Nature上题为“Uridine-derived ribose fuels glucose-restricted pancreatic cancer”的研究报告中，来自美国密歇根大学罗杰尔癌症中心等机构的研究人员发现了胰腺癌细胞用来生长的一种新的营养物来源：尿苷（uridine）。尿苷为生化过程和可能的治疗途径提供了深入的研究。当癌细胞无法获得葡萄糖时，它们能够适应。科学家们之前已确定了作为胰腺癌燃料来源的其他营养物；这项新的研究将尿苷加入了这个营养物清单中。 胰腺肿瘤几乎没有正常发挥功能的血管，不能轻易获得来自血液的营养物，如葡萄糖。研究者Costas Lyssiotis博士解释说，如果没有合适的营养物，胰腺癌细胞就会饥饿。他说，“我们知道它们仍然在生长，显然，但它们用什么来生长呢？这些发现表明，在某些情况下，尿苷是这些燃料之一。”当被问及这一发现的影响时，论文共同第一作者Zeribe Nwosu博士说，“癌症切换到替代营养物的能力已经让我着迷了很久。阻断这类代偿性开关可能使我们获得新的治疗方法，这就是我们希望这项研究能够打开的大门。” 尿苷存在于肿瘤微环境中，但它的确切来源，以及癌细胞如何获得它，仍然是一个谜。Lyssiotis说，“部分原因是它在血液中，但我们不知道它具体来自哪里。很可能，它来自多个地方，到目前为止，我们还不能把它锁定在一个单一的来源上。” 【8】Nature：重大进展！在动物肠道中发现一种储存磷酸盐的细胞器 doi：10.1038/s41586-023-06039-y 近日，一篇发表在国际杂志Nature上题为“A phosphate-sensing organelle regulates phosphate and tissue homeostasis”的研究报告中，来自美国哈佛医学院布拉瓦特尼克研究所的研究人员在研究果蝇肠道中的磷酸盐运输时发现了一些非凡的东西--一种从未见过的细胞器。 细胞器是在细胞内执行特定功能的结构，是大多数生物学入门课程的基础。主要的细胞器包括保存着DNA并将DNA转录为RNA的细胞核；将RNA翻译为蛋白的内质网；对蛋白进行酶处理的高尔基体；以及为细胞提供能量、参与监测和调节细胞以及一些细胞间交流的线粒体。动物细胞内还存在其他几十种次要的细胞器，人们可能认为经过这么多年的研究，每种细胞器都被发现了。事实并非如此。 在这项新的研究中，这些作者忙于一项实验，它证实无机磷酸盐缺乏诱导果蝇中肠消化上皮中的过度增殖和肠细胞（enterocyte）分化。他们推测，由于无机磷酸盐是细胞生命所必需的，这可能是一种产生更多能够吸收磷酸盐的肠细胞的生存机制。他们还观察到，在磷酸盐耗尽的状态下，基因PXo（CG10483）的表达也较低。由于对PXo蛋白的作用感兴趣，他们设计了一些实验。通过抑制PXo的表达或完全剔除该基因，他们观察到与诱导无机磷酸盐缺乏时相同的效果，这表明PXo在磷酸盐运输中起着关键作用。如果这项研究到此为止，人们对磷酸盐代谢和细胞信号传导的知识将有一个很好的补充，但实际上它并没有到此为止。 【9】Nature：新研究有望开发出不会导致成瘾和幻觉的止痛药 doi：10.1038/s41586-023-06030-7 治疗疼痛而不引发危险副作用（如欣快感和成瘾）的策略已被证明是比较困难的。几十年来，科学家们一直试图开发出能够选择性地激活一种类型阿片受体（opioid receptor）来治疗疼痛，同时不激活与成瘾有关的另一种类型阿片受体的药物。不幸的是，这些化合物可能会引起另一种不想要的效果：幻觉。近日，一篇发表在国际杂志Nature上题为“Ligand and G-protein selectivity in the κ-opioid receptor”的研究报告中，来自美国华盛顿大学圣路易斯医学院等机构的研究人员发现了一条潜在的止痛途径，它既不会引发成瘾，也不会激活导致幻觉的途径。 与Gi/o家族亚型结合在一起的κ型阿片受体的低温电镜结构 图片来源：Nature, 2023, doi:10.1038/s41586-023-06030-7。 吗啡和羟考酮等止痛药，以及海洛因和芬太尼等非法街头毒品，都会激活神经细胞表面上所谓的μ型阿片受体（mu opioid receptor）。靶向这种受体可以缓解疼痛，但也会引起欣快感（euphoria），即兴奋的会导致成瘾的感觉。另一种策略是靶向另一种称为κ型阿片受体（kappa opioid receptor）的阿片受体。试图制造仅靶向κ型阿片受体的药物的科学家们发现，它们也能有效地缓解疼痛，但它们可能与其他副作用有关，如幻觉。 这些作者确定了这种幻觉背后的潜在机制，目的是开发没有这种副作用的止痛药。利用电子显微镜，他们确定了一种与鼠尾草植物有关的天然化合物仅选择性地结合κ型阿片受体随后导致幻觉的方式。研究者Tao Che博士说，“自2002年以来，科学家们一直试图了解这种小分子如何通过κ型阿片受体引起幻觉。我们确定了它如何与这种受体结合并激活潜在的致幻途径，但我们也发现κ型阿片受体上的其他结合点并不导致幻觉。”开发靶向κ型阿片受体上的这些其他结合位点的新药物可能会缓解疼痛，不会出现与较老的阿片类药物有关的成瘾问题，也不会出现与选择性地靶向κ型阿片受体的现有药物有关的幻觉。 【10】告别染发剂？Nature重磅：科学家发现白发可逆变黑的“开关”！ doi：10.1038/s41586-023-05960-6 随着生活压力的增大，“白发”已不仅仅是中老年人的标配，越来越多的青壮年年纪不大却已“早生华发”，武侠小说和影视剧中也常常有“一夜白头”的桥段。长白头发不仅显老，还影响精神样貌，十分让人头疼。目前，对抗白发最常见的方式就是染发了，从理发馆出来的那一刻，便好似从“头”开始，焕然一新了。那么，显美显帅显年轻的“染发”长期使用是安全的么？ 早在2020年，BMJ杂志就曾发表了一篇随访36年，11万余名女性参与的前瞻性研究，探究了个人使用永久性染发剂与癌症风险及死亡率之间的关系。结果发现，个人使用永久性染发剂与大多数癌症风险和癌症相关死亡率之间未发现正相关关系，但基底细胞癌、乳腺癌和卵巢癌的风险增加。果然，染发有风险，爱美须谨慎！不过，科学家对于头发的研究也从未停止。近日，顶级期刊Nature发表一篇题为“Dedifferentiation maintains melanocyte stem cells in a dynamic niche”的研究论文，从负责头发色素沉着的黑色素细胞干细胞（McSC）系统中发现了头发变白的原因。或许在不久的未来，发掘一种预防头发变白、甚至逆转白发变黑的健康新方法将不再是梦想！ 来自美国纽约大学格罗斯曼医学院Mayumi Ito教授团队通过3D成像、遗传标记和scRNA-seq等技术，对小鼠黑色素细胞干细胞（McSC）的自我更新能力、分化轨迹、去分化、可逆性调节等一系列过程进行了深入分析研究。首先，我们先来了解一下黑色素细胞干细胞（McSC）系统。负责头发色素沉着的黑色素细胞干细胞（McSC）系统组织与毛囊干细胞（HFSC）组织相似。McSCs位于休止期毛囊（HFs）的隆突（bulge）区和毛基质（hair germ ，HG）区域，McSCs被毛囊上皮干细胞（隆突细胞）和祖细胞（HG细胞）包围，构成McSC生态位。为了验证HG McSCs是否具有自我更新能力，研究者使用小鼠模型通过体内成像技术对休止期HG McSCs进行了命运图谱。结果表明，与HFSC系统中HG上皮细胞在增殖分化后消失不同，HG中的黑色素细胞干细胞（McSC）具有自我更新能力。提示McSCs在促分化环境中聚集时依然保持其干性，大多数McSCs在转运扩增（TA）和干细胞状态之间切换，以进行自我更新和成熟后代的产生，这种机制与其他自我更新系统在根本上有所不同。（生物谷Bioon.com） 生物谷更多精彩盘点！敬请期待！