撰文 | 风
RNA感知是一种重要的先天免疫监视程序以防护病原体入侵。模式识别受体监测内体和胞质外源RNA。在内体中,TLR3感知双链RNA(dsRNA),TLR7/8感知单链RNA(ssRNA)【1】。RIG-I样受体包括RIG-I和MDA5监测胞质外源RNA【2,3】。RNA识别后开启NF-κB依赖的促炎因子表达和IRF3或IRF7依赖的I型干扰素表达【4,5】。RNA并非病原相关分子模式,因此机体需要防止自身RNA的感知,涉及的机制包括空间隔离、RNA酶降解以及RNA修饰。N-糖基化是最近鉴定一种RNA新型修饰(详见BioArt报道:Cell | 细胞膜表面RNA结合蛋白和糖基化RNA: 介导细胞肽进入细胞的密钥;Cell | tRNAs中糖基化辫苷修饰与功能;Cell | Jun Lu/Dianqing Wu合作揭示细胞表面RNA的功能——糖基化RNA调控中性粒细胞炎症反应;专家点评Cell | 改写教科书:糖基化修饰的新载体,glycoRNA;糖RNA发现者Flynn教授《细胞表面糖基化RNA生物学》课程最全笔记)。RNA糖基化的直接位点是修饰碱基3-(3-氨基-3-羧丙基)尿苷(acp3U),主要发生在tRNA的D-loop中(详见BioArt报道:Cell | 谢一轩/柴培远等揭示修饰的RNA碱基acp3U是糖RNA中N-聚糖的结合位点)。在内质网,糖基化的RNA通过内质网-高尔基体网络转运至细胞表面,随后在不刺激免疫情况下被内吞。然而,糖基化RNA如何阻止被自我感知以及其具体功能仍不清楚。值得注意的是,机体凋亡细胞被组织驻留巨噬细胞清除且并不引发炎症,该过程称为胞葬作用(efferocytosis)。在这种情况下,细胞表面的糖基化RNA增加细胞内体中RNA感受器的暴露风险。因此,糖基化RNA的细胞表面定位对清除死亡细胞的免疫静默提出新的挑战,但其机制不明。
近日,美国康涅狄格大学法明顿分校健康医学院免疫系Vijay A. Rathinam团队和波士顿儿童医院Ryan A. Flynn团队在Nature上发表了题为RNA N-glycosylation enables immuneevasion and homeostatic efferocytosis的研究文章。该研究揭示小RNA的N-糖基化修饰阻止内体中内源性小RNA的感知以避免炎症反应,为自身RNA耐受以及凋亡细胞清除稳态提供新的机制。
团队分离HeLa细胞(富集糖基化RNA)小RNA,并使用PNGase F处理去除糖基化基团。实验发现天然小RNA并不能诱导RAW细胞产生IFNβ。相反,PNGase F处理的小RNA却可以诱导明显的IFNβ产生,但这种表型可以被 RNA酶处理废除。然而,PNGase F处理的长链RNA(无糖基化RNA)并不能在巨噬细胞产生IFNβ。Western blot实验发现去糖基化小RNA促进巨噬细胞TBK1和IRF3,以及JNK、ERK1/2、p38和NF-κB的磷酸化。此外,考虑到细胞膜表面的糖基化RNA持续性内吞,作者使用9倍浓度的PNGase F直接处理RAW细胞也能引起RNA依赖的炎症反应。上述结果表明RNA的N糖基化抑制免疫活化。随后,作者检测到人和小鼠血清中也存在糖基化小RNA,且这些血清去糖基化RNA也具有免疫刺激能力。
紧接着,团队检测糖基化RNA对于巨噬细胞胞葬作用的影响。阿霉素诱导Hela细胞凋亡后与巨噬细胞孵育,发现经PNGase F处理的凋亡细胞明显诱导炎症反应,而活细胞和正常凋亡细胞以及经PNGase F+RNA酶处理的凋亡细胞经均不能引起类似的IFNβ产生。与此同时,肌动蛋白聚合抑制剂松孢菌素D抑制胞葬作用则可以显著降低IFNβ水平,表明胞葬作用是含有去糖基化RNA的凋亡细胞诱导炎症反应的前提。总之,RNA的N-糖基化促进凋亡细胞清除的免疫静默。
作者前期鉴定acp3U是RNA糖基化位点(详见BioArt报道:Cell | 谢一轩/柴培远等揭示修饰的RNA碱基acp3U是糖RNA中N-聚糖的结合位点)。acp3U是由DTWD1/2催化尿嘧啶形成。因此,作者猜测DTWD2缺失可以通过阻止acp3U形成抑制RNA的N-糖基化,进而促进RNA依赖的炎症反应。意外的是,作者观察到相反的表型,从DTWD2缺失的细胞中分离的小RNA并不能诱导巨噬细胞的IFNβ产生。类似地,DTWD2缺失的凋亡细胞也不能诱导胞葬作用介导的IFNβ炎症反应。一个解释是小RNA的acp3U是其免疫刺激能力所必须的,但其N-糖基化可以封闭此位点。为此,作者先使用Endo-F2/F3处理小RNA去除糖链但保留单个N-葡糖胺封闭acp3U位点,发现其并不能引起炎症反应。随后,直接人工合成18个核苷酸的包含U以及acp3U的tRNA,发现acp3U的tRNA相比于非修饰tRNA刺激巨噬细胞产生更高水平的IL-6和TNFα。RNA-seq分析证实含有acp3U的tRNA诱导RNA感知和固有免疫应答,如TLR和IRF通路。这些数据支持一种模型,即acp3U修饰的RNA是一种固有免疫激活剂,但acp3U的N-糖基化可以封闭其活性基团。
最后,团队探索acp3U的适配性受体。作者从对照、TRIF KO(TLR3适配器)、MyD88 KO(TLR7适配器)小鼠分离骨髓来源巨噬细胞,并使用去糖基化小RNA刺激发现TRIF和MyD88敲除显著降低IFNβ产生。随后,作者直接从从对照、TLR3 KO、TLR7 KO小鼠分离骨髓来源巨噬细胞,同样使用去糖基化小RNA刺激发现TLR3和TLR7敲除也能显著降低IFNβ产生。类似的炎症降低表型也见于凋亡细胞胞葬作用实验。这些实验结果表明内体TLR3和TLR7感知acp3U 小RNA并诱导炎症反应。此外,相比于经典TLR3/7激动剂poly(I:C)(TLR3)、CL097(TLR7和TLR8)、R837(TLR7)、2′,3′-cGMP(TLR7)和ssRNA40(TLR7和TLR8),去糖基化小RNA具有类似的炎症刺激能力。总之,这些结果进一步支持RNA的N-糖基化作为化学屏障基团防止RNA在内体的感知以避免炎症反应。
综上所述,这项研究揭示小RNA中acp3U位点N-糖基化修饰的生物意义,去糖基化小RNA的acp3U可以在巨噬细胞内体中经TLR3/7识别引发RNA依赖的炎症反应,而N-糖基化修饰作为封闭基团阻止acp3U暴露进而避免自身RNA识别引发炎症反应,为自身RNA耐受和凋亡细胞清除稳态提供新的生物机制。
原文链接:
https://doi.org/10.1038/s41586-025-09310-6
制版人: 十一
参考文献
1. Katherine A, Fitzgerald., Jonathan C, Kagan.(2020). Toll-like Receptors and the Control of Immunity. Cell, 180(6), 0. doi:10.1016/j.cell.2020.02.041
2. Mitsutoshi, Yoneyama., Mika, Kikuchi., Takashi, Natsukawa., Noriaki, Shinobu., Tadaatsu, Imaizumi., Makoto, Miyagishi., Kazunari, Taira., Shizuo, Akira., Takashi, Fujita.(2004). The RNA helicase RIG-I has an essential function in double-stranded RNA-induced innate antiviral responses. Nat Immunol, 5(7), 0. doi:10.1038/ni1087
3. Hiroki, Kato., Osamu, Takeuchi., Eriko, Mikamo-Satoh., Reiko, Hirai., Tomoji, Kawai., Kazufumi, Matsushita., Akane, Hiiragi., Terence S, Dermody., Takashi, Fujita., Shizuo, Akira.(2008). Length-dependent recognition of double-stranded ribonucleic acids by retinoic acid-inducible gene-I and melanoma differentiation-associated gene 5. J Exp Med, 205(7), 0. doi:10.1084/jem.20080091
4. Y T, Juang., W, Lowther., M, Kellum., W C, Au., R, Lin., J, Hiscott., P M, Pitha.(1998). Primary activation of interferon A and interferon B gene transcription by interferon regulatory factor 3. Proc Natl Acad Sci U S A, 95(17), 0. doi:10.1073/pnas.95.17.9837
5. Yaqun, Huang., Da, Liu., Mengting, Chen., San, Xu., Qinqin, Peng., Yan, Zhu., Juan, Long., Tangxiele, Liu., Zhili, Deng., Hongfu, Xie., Ji, Li., Fangfen, Liu., Wenqin, Xiao.(2023). TLR7 promotes skin inflammation via activating NFκB-mTORC1 axis in rosacea. PeerJ, 11(0), 0. doi:10.7717/peerj.15976
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