化学作为制药行业的基础,其本质是破坏和重建化学键。虽然大多数药物通过与其靶点的非共价作用来发挥疗效,但自药物诞生以来,药物与靶点之间的共价结合一直发挥着重要作用。例如,被誉为“抗炎神药”的阿司匹林和 “奇迹之药”的青霉素,它们通过形成与生物靶标的共价键来施展功效。近年来,随着一系列共价抑制剂的成功问世,特别是针对那些传统上被认为难以成药的受体,如EGFR、BTK、KRAS的抑制剂,共价抑制剂已然成为小分子药物研发的热点。
01
共价抑制剂介绍
共价抑制剂组成和作用机制
共价抑制剂指与酶或受体等生物大分子形成共价结合,通过共价键的形成使生物大分子失活的药物[1]。相较于非共价抑制剂,共价抑制剂的优势在于它们能够提供持久的抑制作用和更长的药效持续时间,这种特性使得它们能够在更低的剂量下发挥作用,从而提高患者对治疗的依从性,并减少潜在耐药性风险。同时,共价抑制剂可以精确地定位到特定的蛋白或酶上,实现靶向治疗。
图1 传统抑制剂与共价抑制剂[1]
靶向共价抑制剂(Targeted Covalent Inhibitors, TCIs)是通过合理药物设计的新型共价药物,其结构一般由亲和性组件和弹头两部分构成[2](图2 A),它们与靶蛋白的结合过程分为两个阶段(图2 B)。第一阶段,TCIs的亲和性组件与靶蛋白的特定结合位点发生非共价相互作用,形成初始的非共价复合物;第二阶段,抑制剂的弹头与蛋白中的氨基酸残基形成共价键,发生可逆或不可逆的(通常是不可逆)共价结合,从而进一步增强抑制剂与靶蛋白的结合强度。
图2 靶向共价抑制剂的组成和作用机制[2]
共价抑制剂发展和临床应用
回顾共价药物的发展历程,最早的共价药物可以追溯到1899年上市的阿司匹林(乙酰水杨酸);随后是以青霉素为代表的抗生素类药物,其结构以β内酰胺为主;抗血小板凝剂和质子泵抑制剂药物的上市,标志着更多共价药物的出现;进入21世纪,一系列基于共价成药机制系统性研发的新药纷纷上市,包括抗病毒蛋白酶抑制剂,以及抗肿瘤抑制剂等[3](图3)。
图3 主要共价药物的研发历史[3]
过去十年,随着结构生物信息学和药物化学技术的进步与突破,基于共价成药机制的研发策略不断成熟,共价药物在抗肿瘤领域得到了飞速发展,具有更高药效以及更低副作用的靶向共价抑制剂在此初现锋芒。在肿瘤治疗领域已有12个TCI药物获批上市[4],为众多病患带来福音,这些TCI药物一共针对6种不同靶点,包括蛋白酶体、表皮生长因子受体EGFR、布鲁顿酪氨酸激酶BTK、输出蛋白Exportin 1、成纤维细胞生长因子受体FGFR,以及G12C突变型Kirsten大鼠肉瘤病毒蛋白KRAS G12C。从结构中看出,这类抑制剂大多含有丙烯酰胺或不饱和酰胺键的共价弹头(图4)。
图4 FDA获批TCI药物类型[4]
随着各种共价弹头和氨基酸残基在临床上的成功应用,特别是靶向共价抑制剂的精准设计取得多项突破后,共价抑制剂的发展迅速。这些共价药物被广泛用于治疗多种疾病,其中大约28%用于肿瘤治疗,23%用于中枢神经系统和心血管疾病,21%作为抗感染药物(主要是β-内酰胺类抗生素),以及约有11%用于胃肠道疾病治疗[5](图5)。
图5 已获批共价药物的治疗领域[5]
02
共价药物发现策略
共价药物设计和发现流程
共价药物的设计和研发策略与传统药物相似,例如采用虚拟筛选和基于理性的药物设计技术。然而,在共价抑制剂的合理设计方面,仍存在一些特有的考量,如靶点的选择、共价弹头和靶点残基的确定。因此,共价药物的设计通常包括四个关键阶段:靶点识别和氨基酸残基的选择、苗头化合物的识别、结合特性的表征以及分子结构的优化[6](图6)。
图6 共价药物发现过程[6]
共价药物发现策略
1.配体优先(Ligand-first)的药物发现策略
该策略是通过将反应温和的亲电官能团整合到已知的可逆配体中,以增强对蛋白质功能的抑制作用。应用这类方法的一个典型例子是受体酪氨酸激酶EGFR的共价抑制剂的迭代[3](图7)。
第一代EGFR抑制剂erlotinib(厄洛替尼)和gefitinib(吉非替尼)是可逆的非共价抑制剂,对野生型和少数突变型EGFR产生抑制作用。然而,EGFR的突变体在肿瘤组织中广泛存在,且突变种类多样,第一代EGFR抑制剂无法对其中T790M为主的突变体产生抑制效果,因此产生抗药性。
第二代EGFR共价抑制剂通过在喹唑啉的侧链结构中引入丙烯酰胺活性基团,发现对T790M突变体产生抑制作用。然而,这一代抑制剂对野生型EGFR的抑制作用依然存在,因此可能伴随较高的毒副作用。
第三代EGFR共价抑制剂,喹唑啉母核被替换为二取代嘧啶结构,抑制T790M突变体的同时不影响原有野生型,更好的选择性意味着能够通过增大给药剂量来提高治疗效果。
图7 三代EGFR抑制剂结构的演变[3]
2. 基于片段(Fragment-based)的药物发现策略
目前,化学蛋白组学的药物研发策略得到广泛应用和关注[7]。这一策略具备强大的筛选能力,能够迅速揭示数千种癌症靶点与共价分子间的复杂相互作用机制,并能发现那些不易察觉的结合靶点。特别是对于那些传统上被视为难以成药的靶点,这种高通量筛选技术为新型蛋白质相互作用(POI)的探索和研发提供了可能。
图8 基于片段的共价配体发现[7]
在这一策略中,需要用到共价片段小分子库。这种独特的化合物库不仅有助于发掘新型药物靶点,对于开发靶向非半胱氨酸残基的新型共价药物也至关重要。药明康德研发化学服务部(Research Chemistry Services , RCS)近期积极投入相关工作,从虚拟化合物库中筛选出一系列常见的共价弹头结构,并对其组成分子产品进行研究和合成,如丙烯酰胺类、氯乙酰胺类、烯基磺酰胺类,氰基丙烯酰胺类片段库等,从而帮助客户实现利用这些新颖的化合物快速进行初步筛选的目标。
3. 亲电片段优先(Electrophile-first)的药物发现策略
这一策略是对共价片段筛选技术的进一步应用,同时也是一种越来越流行的配体发现方法。该方法意味着从一开始就植根于寻找共价配体,而不是将共价结合到已知的可逆配体中。此方法的应用实例有KRASG12C抑制剂的发现过程。2013年,Kevan M. Shokat课题组通过二硫键对接的方式,发现了可以靶向结合KRAS蛋白的配体6H05。随后,研究人员对该分子进行了结构上的改造,将共价结合的弹头部位更换为丙烯酰胺。研究发现,当KRAS蛋白与丙烯酰胺结合后,蛋白质表面原本光滑的区域形成了一个疏水性空腔,这个空腔可以允许小分子进入并与之结合。
基于这一发现,研究人员开始了从苗头化合物到先导化合物的系统优化,并成功发现了首个先导化合物12。接着,他们进行了一系列先导化合物的进一步优化,并成功开发了多个表现出色的临床前化合物。这些显著的成果引起了众多制药公司的关注,纷纷在靶向KRAS领域投入研发资源,进一步优化先导化合物的各项性能,开发出的一系列KRAS TCI产品相继进入了临床试验阶段[7,8](图9)。
图9 KRASG12C共价药物研发[7,8]
03
共价弹头
共价弹头是与蛋白靶点的氨基酸残基进行共价结合的部分,它们通常具备一定的亲电活性。共价弹头通常具有共轭不饱和键的酰胺或磺酰胺结构,环张力较大的如β-内酰胺和环氧结构,以及含不饱和C-N或C-O键的官能团,如氰基、醛基等(图10)。
图10 常用共价弹头结构
共价弹头的结构设计与其靶向的不同氨基酸残基类型紧密相关,因此在共价抑制剂的研发中,根据结合的氨基酸靶点的类型对共价弹头进行细致的分类和分析发现,靶向半胱氨酸的共价弹头类型最丰富(图11)。这是由于半胱氨酸残基在蛋白中丰度较低,是共价结合中针对性比较强的氨基酸残基。这种分类有助于指导共价抑制剂的定制化设计,确保分子能够针对性地与特定的靶点氨基酸残基发生高效和选择性的共价结合。
图11 结合不同氨基酸残基的常见共价弹头结构
对FDA批准的共价抑制剂中使用的弹头类型进行统计显示,β内酰胺结构是最常用结构,其次是丙烯酰胺类[2](图12),随着技术进步,共价弹头的种类也越来越丰富。
图12 FDA批准的共价抑制剂中使用的弹头类型[2]
药明康德研发化学服务部成功合成了多种共价弹头结构。其中,针对半胱氨酸的巯基研究最为广泛;此外,针对赖氨酸的氨基以及丝氨酸和苏氨酸的羟基等共价弹头也丰富多样;值得一提的是,针对组氨酸、酪氨酸和甲硫氨酸这样的残基,团队也开发了特定的共价弹头的合成方法,并已在化学生物学领域得到了应用。
04
药明康德研发化学服务部
靶向共价抑制剂化学探索平台
根据客户的需求,药明康德研发化学服务部(Research Chemistry Services , RCS)搭建了完善的靶向共价抑制剂早期发现平台,为共价药物提供合成、分析及纯化全方位服务,加速其发现进程。不论是专业设计还是多样化定制,该平台有着独特的优势:
拥有超过1,000经验丰富的发现化学家;
服务过超过100客户或合作伙伴;
已合成超过40种共价弹头,包括丙烯酰胺(Acrylamide)、氯乙酰胺(Chloroacetamide)、2-氯丙酰胺(2-Chloropropionamide)和烯基砜(Vinyl Sulfone)等化合物类别;
自2021年起成功交付了超过18万个共价化合物。
依托丰富的经验和先进的技术设备,该平台不仅在合成库类型分子方面具有高效的产出能力,还能够高效地提供优质的共价化合物分子。通过一系列精准的研发流程和严格的质量控制,确保每一步合成都能达到最优化,确保共价药物分子的稳定性和纯度,加速共价药物的研发。
图13 靶向共价抑制剂早期发现平台反应设备和仪器
05
结语
共价药物以其显著的优势吸引着越来越多研发人员的目光,这也预示着未来将会有更多创新和高效的共价药物问世。可逆共价抑制剂、共价降解剂,以及靶向其他种类氨基酸的共价药物,都是备受期待的研发领域。药明康德研发化学服务部以其专业和高效的服务,为共价药物的研发保驾护航。
参考文献:
[1] Singh, J. J. Med. Chem. 2022, 65, 8, 5886–5901
[2] De Vita, E. Future Med. Chem. 2021, 13, 193–210
[3] Boike, L.; Henning, N. J.; Nomura, D. K. Nat. Rev. Drug. Discov. 2022, 21, 881-898
[4] Ngo, H.X.; Wen, Y.W.; Pisupati, S.; Huang, W.; Mandlekar, S. Clin. Pharmacol. Ther. 2024, https://doi.org/10.1002/cpt.3390
[5] Sutanto, F.; Konstantinidou, M.; Dömling, A. RSC Med. Chem. 2020, 11, 876-884.
[6] Zheng, L.; Li, Y.; Wu, D. F.; Xiao, H.; Zheng, S. L.; Wang, G.; Sun, Q. MedComm – Oncology. 2023, 2, e56
[7] Lu, W. C.; Kostic, M.; Zhang, T. H.; Che, J. W.; Patricelli, M. P.; Jones, L. H.; Chouchani, E. T.; Gray, N. S. RSC Chem. Biol., 2021, 2, 354-367
[8] Kwan, A. K.; Piazza, G. A.; Keeton, A. B.; Leite, C. A. J. Exp. Clin. Cancer Res. 2022, 41, art. no. 27
声明:发表/转载本文仅仅是出于传播信息的需要,并不意味着代表本公众号观点或证实其内容的真实性。据此内容作出的任何判断,后果自负。若有侵权,告知必删!
长按关注本公众号
粉丝群/投稿/授权/广告等
请联系公众号助手
觉得本文好看,请点这里↓