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仁济医院周磊/林青霞等Science:新机制,成纤维细胞如何调控免疫抗肠炎?
Science:持久影响肠道!婴儿期无症状艰难梭菌定植未必无害
Science:高脂饮食如何促肠癌转移?神经酰胺激活YAP
Cell:一种糖脂,让厌氧菌在新生儿有氧肠道内定植并促进免疫发育
Cell:4种关键肠菌代谢物,双向调控CAR-T疗效
Cell:肠道菌群如何影响脑卒中?锁定关键代谢物和免疫调控机制
Cell:剥离共病迷雾,锁定真正的癌症肠菌特征
农科院常贺坦团队Cell:共生菌的化学信号,指挥蝗虫聚集产卵并驱除天敌
Cell:破解深海微生物暗物质,近万个单细胞基因组图谱发布
Cell:去伪存真,Metax让宏基因组分析更精准
中肿徐瑞华/王峰等:锁定HER2与CLDN18.2,胃癌靶向治疗进入双星时代(综述)
Lancet:3期RCT,单次粪菌移植治疗肠易激综合征效果如何?
Lancet:细菌裂解物OM-85未能预防高危婴幼儿喘息
NEJM:孕妇多吃鸡蛋和花生,不能预防宝宝食物过敏
NEJM:切除高风险肠息肉后,复查间隔可以延长到5年吗?
Nat Med:口肠除真菌,IBD患者的治疗新选择
Nature Reviews:从微环境到类器官,肠道再生的新蓝图
Nature Reviews:非抗生素药物如何伤肠菌?(综述)
每天吃多少全谷物最护心?87项RCT给出量化答案
NBT:新算法!超大规模菌群分析提速近千倍
从深海到肠道,10万测序数据绘制全球共生微生物图谱
肠道菌群如何遥控血压?5-羟色胺与迷走神经是关键
华科大周雪/吴洋等Nature子刊:胃吸附与肠截留,新材料有效清除微塑料
南京大学王婷婷/赵越等Cell Metab:二甲双胍降糖效果不佳?一种肠菌酶或是元凶
清华大学程功/王毛等Cell Research:营养不良改变皮肤菌群,释放气味更招蚊子
Gastroenterology:代替菌群移植,单株普氏栖粪杆菌有效预防艰难梭菌复发
Nature子刊:雄激素剥夺致肠漏,共生真菌竟成前列腺癌帮凶
Nature子刊:肠菌代谢物ImP如何驱动原发性硬化性胆管炎?
Nature子刊:肠道菌群发育停滞与1型糖尿病风险升高相关
北大韩敬东/陈嘉伟等Nature子刊:AI锁定口腔中的"长寿菌",开启全身抗衰新靶点
北大汪锴团队GUT:肠道天然菌株化身"微型药厂",持续缓释治疗分子
GUT:机器学习融合菌群数据,升级肝硬化预后模型
北京大学302临床医学院陆荫英/钱振伟等GUT:追踪肠道菌群动态变化,破解免疫治疗疗效预测难题
浙大汪海峰/唐文杰等Cell子刊:果胶让肠菌"换装"指挥免疫抵御肠炎
北医三院庞艳莉团队Cell子刊:肠菌代谢物"对话"脂肪组织,降低神经酰胺改善PCOS
港中大黄子隽/焦颖等Cell子刊:肠癌基因突变如何"招募"细菌帮凶促癌?
中山六院李孟鸿/谢小珊等Cell子刊:胃癌菌"投毒"染色质重塑因子,驱动免疫逃逸
Cell子刊:降解马尿酸的尿液菌促肾结石,蔓越莓或可预防
Cell子刊:一种肠菌胞外多糖,精准燃烧内脏脂肪
Nature子刊:肠脑免疫轴新发现,肠道T细胞远程迁移守护硬脑膜
仁济医院周磊/林青霞等Science:新机制,成纤维细胞如何调控免疫抗肠炎?
Science——[47.3]
①
研究背景与设计
:针对炎症性肠病免疫调控机制不明的问题,整合单细胞转录组、患者样本及小鼠模型解析肠道微环境互作网络。②
核心发现与意义
:表达IGF1的成纤维细胞通过抑制3型固有淋巴细胞(ILC3)分泌CXCL10及浆细胞样树突状细胞(pDC)招募,构成保守抗炎环路。③
成纤维细胞表型
:临床分析显示患者肠道IGF1+成纤维细胞显著减少,小鼠特异性敲除成纤维细胞Igf1导致结肠炎显著加重。④
受体配体互作
:空间转录组提示成纤维细胞源IGF1作用于表达IGF1R的ILC3,敲除ILC3的Igf1r显著加剧小鼠肠炎。⑤
分子调控机制
:体外实验证实,IGF1经PI3K/AKT通路抑制IFNγ诱导的STAT1磷酸化,显著阻断ILC3内Cxcl10转录。⑥
细胞招募网络
:ILC3源CXCL10经CXCR3显著招募pDC浸润并释放I型干扰素加剧炎症,清除pDC显著逆转致病表型。⑦
临床病理相关性
:患者肠组织中IGF1+成纤维细胞减少与ILC3高表达CXCL10及pDC浸润增多显著相关,提示该互作轴失调伴随肠炎发生。
【原文信息】
Fibroblasts restrain gut inflammation by IGF1-dependent regulation of innate lymphocytes
2026-09-24 , doi: 10.1126/science.aei0062
Science:持久影响肠道!婴儿期无症状艰难梭菌定植未必无害
Science——[47.3]
①
研究背景与设计
:利用新生小鼠模型及人类婴儿结肠活检与类器官,探究婴儿期无症状艰难梭菌定植对肠道发育的影响。②
核心发现与意义
:产毒艰难梭菌通过毒素驱动肠干细胞重编程,导致损伤修复型肠干细胞(ISC)扩增与分泌谱系偏移,该表型跨生命周期持续。③
上皮炎症与再生
:艰难梭菌定植虽无组织损伤,但诱导肠上皮IFN/NF-κB/STAT3通路激活,Lcn2等因子上调及Ki67+细胞增多。④
干细胞命运重编程
:SCA-1+(Ly6a+)损伤修复型ISC显著富集,Lgr5+稳态ISC不变;类器官形成效率及出芽率显著升高。⑤
分泌谱系偏移
:MUC2+杯状细胞及CHGA+肠内分泌细胞等上调,该偏移持续至成年期并在10代类器官中稳定维持,且结肠固有层固有淋巴细胞(ILC2/3)减少。⑥
毒素依赖与干预
:艰难梭菌非产毒菌株或ΔtcdAΔtcdB突变体不引发表型;母体mRNA-LNP疫苗可通过抗体转移降低子代肠道毒素,预防ISC异常。⑦
人体相关性
:人类婴儿肠上皮同样对毒素敏感并表现出相似的重编程特征,且流行病学提示工业化地区婴儿定植率更高。
【原文信息】
Early-life colonization with Clostridioides difficile remodels the developing gut
2026-09-03 , doi: 10.1126/science.ady2886
Science:高脂饮食如何促肠癌转移?神经酰胺激活YAP
Science——[47.3]
①
研究背景与设计
:针对结直肠癌转移起始机制不明的问题,整合小鼠原位模型、患者来源类器官及多组学分析探究了膳食脂肪的作用。②
核心发现与意义
:膳食脂肪通过增强肿瘤内在神经酰胺从头合成激活PP2A-YAP轴,特异性驱动肝转移起始而不影响原发瘤生长。③
细胞状态转变
:高脂饮食选择性扩增高表达Basp1与YAP靶基因的YAP驱动型癌症干细胞群,该群具备极强的转移起始能力。④
代谢驱动机制
:高脂饮食特异性上调Degs1以促进超长链神经酰胺积累,缺失Degs1显著降低神经酰胺并削弱肝转移。⑤
因果验证
:缺失Asah1或使用PP2A抑制剂证实,神经酰胺积累通过PP2A介导YAP去磷酸化从而直接激活再生转录程序。⑥
临床相关性
:肥胖患者肿瘤中DEGS1与BASP1表达显著升高,且BASP1高表达伴随更差的无病生存期。⑦
靶向潜力
:靶向神经酰胺合成或PP2A-YAP互作可特异性阻断转移起始,为转移性结直肠癌提供潜在代谢干预策略。
【原文信息】
Ceramide synthesis mediates colorectal cancer metastasis through a YAP-driven regenerative program
2026-09-24 , doi: 10.1126/science.adw8520
Cell:一种糖脂,让厌氧菌在新生儿有氧肠道内定植并促进免疫发育
Cell——[45.1]
①
研究背景与设计
:针对严格厌氧菌脆弱拟杆菌如何突破新生儿肠道短暂氧暴露瓶颈的问题,利用纵向婴儿宏基因组、无菌小鼠定植模型及全基因组转座子测序开展了机制解析。②
核心发现与意义
:细菌膜糖脂BfaGC同步驱动了微需氧适应与宿主自然杀伤T(NKT)细胞发育,为理解跨代微生物共生稳态提供了时间特异性的机制框架。③
基因筛选鉴定
:转座子筛选鉴定出新生期特异性定植必需基因agcT,其编码酶催化BfaGC合成;ΔagcT菌株在出生后第0天定植显著受损,而在第7天时缺陷消失。④
生物物理机制
:BfaGC通过降低细菌膜质子渗透性维持质子动势,从而支撑依赖于cydAB的需氧呼吸,且该功能不改变电子传递链活性。⑤
免疫发育关联
:BfaGC作为CD1d配体,在新生儿期特异性驱动结肠NKT细胞扩增;定植正常但无法诱导BfaGC的ppGpp0突变株不能驱动NKT成熟。⑥
生态与进化拓展
:BfaGC驱动了产肠毒素菌株在成年宿主肠道氧富集区的选择性富集,并与多数拟杆菌合成PI-Cer以实现成年期持久定植形成进化策略分化。
【原文信息】
Oxygen-responsive bacterial glycosphingolipid links symbiont fitness and immune development in neonatal host
2026-09-01 , doi: 10.1016/j.cell.2026.08.011
Cell:4种关键肠菌代谢物,双向调控CAR-T疗效
Cell——[45.1]
①
研究背景与设计
:针对血液肿瘤CAR-T疗法复发机制不明的问题,利用129例患者多组学队列及人鼠模型解析了肠道免疫调节代谢物对疗效的调控作用。②
核心发现与意义
:肠道微生物代谢谱比单一菌群组成更具疗效预测价值,特定代谢物对CAR-T细胞功能及肿瘤控制发挥截然相反的决定性作用,为开发基于代谢物的微生物干预策略提供了靶点。③
临床观察关联
:多组学分析显示,基线粪便戊酸水平升高与无进展生存期延长显著相关,而吲哚-3-甲醛(ICA)、吲哚-3-乙酸(IAA)及异戊酸水平升高伴随疾病进展风险增加。④
吲哚类耗竭机制
:单细胞测序及体内外实验证实,ICA通过激活AHR通路驱动CAR-T细胞终末耗竭并抑制其杀伤功能,而敲除AHR基因可完全阻断此效应。⑤
脂肪酸代谢分化
:戊酸显著增强CAR-T细胞的mTOR-S6信号及组蛋白乙酰化从而提升抗肿瘤活性,而异戊酸虽在体外增强T细胞功能,但在体内直接驱动肿瘤生长并上调PD-L1表达导致净疗效恶化。⑥
临床转化潜力
:整合戊酸、异戊酸、IAA及ICA水平的粪便风险评分可稳健预测患者生存结局。
【原文信息】
Opposing functions of gut immunomodulatory metabolites on CAR-T therapy
2026-09-28 , doi: 10.1016/j.cell.2026.09.004
Cell:肠道菌群如何影响脑卒中?锁定关键代谢物和免疫调控机制
Cell——[45.1]
①
研究背景与设计
:针对肠道菌群如何调节缺血性卒中严重程度的问题,利用小鼠模型与患者队列及单细胞测序技术,解析了肠菌代谢物-免疫-脑轴机制。②
核心发现与意义
:产吲哚大肠杆菌通过激活树突状细胞的芳香烃受体(AHR)信号加剧缺血性脑损伤,靶向该微生物免疫轴为干预卒中提供了新策略。③
肠菌代谢物致病性
:卒中小鼠及患者肠道内富含tnaA基因的产吲哚大肠杆菌显著增多,局部吲哚浓度升高,定植该菌或补充吲哚加剧小鼠脑梗死和神经功能恶化。④
AHR-DC因果链
:CD11c+树突状细胞高表达AHR,在该细胞群中特异性敲除Ahr或使用抑制剂,可抵消吲哚的致病作用,并保留肠道1型经典树突状细胞亚群,上调其免疫调节与迁移的转录特征。⑤
脑膜免疫互作
:AHR抑制可促进肠源性树突状细胞以CCR7依赖的方式向脑膜迁移,伴随脑膜调节性T细胞扩增并减轻神经炎症,而耗竭该T细胞可消除神经保护效应。⑥
临床转化潜力
:重症卒中患者粪菌移植导致受体小鼠脑损伤加重,且患者肠道tnaA丰度升高与90天不良预后显著相关。
【原文信息】
Gut microbiota primes stroke severity via the AHR in intestinal dendritic cells
2026-09-29 , doi: 10.1016/j.cell.2026.09.013
Cell:剥离共病迷雾,锁定真正的癌症肠菌特征
Cell——[45.1]
①
队列与设计
:基于1364例癌症患者与287名健康对照的真实世界宏基因组队列,整合差异分析与共病校正解析癌症特异性肠道微生物信号。②
核心发现与意义
:多数肠道菌群改变跨癌种共享且由共病驱动,严格校正后揭示了特定癌种及早发癌的专属微生物谱,并确定了预测化疗毒性的功能基因。③
共病混杂效应
:体重减轻与贫血等共病成分显著关联特定菌群丰度变化,涵盖了超六成泛癌种共享的富集菌群,提示部分癌症相关菌群实为共病伴随现象。④
特异性微生物谱
:经共病校正后,神经内分泌瘤显著富集口腔来源菌群,肝内胆管癌特异性伴随粪肠球菌丰度升高。⑤
早发癌特征
:早发性结直肠癌伴随小韦荣球菌及粪便乳酸显著升高,早发性乳腺癌特征为初级胆汁酸及斯氏梭菌显著降低。⑥
化疗毒性预测
:基线肠道菌群中由Anaerostipes hadrus编码的preTA操纵子丰度降低显著关联5-氟尿嘧啶相关腹泻的发生。⑦
生存期关联
:基于物种互作网络计算的健康相关SIG2+拓扑得分与泛癌种总生存期延长显著相关,且该效应独立于免疫检查点抑制剂治疗史。
【原文信息】
Microbiome signatures linked to cancer and treatment adverse events in a real-world cohort
2026-09-29 , doi: 10.1016/j.cell.2026.09.009
农科院常贺坦团队Cell:共生菌的化学信号,指挥蝗虫聚集产卵并驱除天敌
Cell——[45.1]
①
背景与设计
:针对飞蝗群居型雌虫集群产卵与子代防御的协同机制,整合行为学、神经遗传学及微生物组学技术开展研究。②
核心发现与意义
:卵关联细菌Enterobacter roggenkampii合成的2,4,6-TMP同时驱动同种雌虫聚集产卵与天敌回避,揭示了生殖协调与化学防御偶联的微生物信号机制。③
挥发物来源
:群居型雌虫经附腺将该菌沉积至卵荚,其赖氨酸降解通路中的赖氨酸脱羧酶决定了2,4,6-TMP的特异性合成。④
宿主受体机制
:双基因敲除证实嗅觉受体LmOR34和LmOR36是飞蝗感知自然释放浓度(10-6至10-5)2,4,6-TMP并驱动集群产卵偏好所必需的核心分子。⑤
天敌受体机制
:红火蚁通过嗅觉受体SinOR43a-1特异性识别2,4,6-TMP,RNAi敲低该受体导致其丧失回避行为并均等捕食群居型与孤居型卵。⑥
生态有效性
:半野外及田间试验验证该挥发物及其产菌显著提升集群产卵率并阻断红火蚁等天敌对卵荚的挖掘取食。
【原文信息】
Microbial signaling coordinates group oviposition and predator defense in migratory locusts
2026-09-23 , doi: 10.1016/j.cell.2026.08.050
Cell:破解深海微生物暗物质,近万个单细胞基因组图谱发布
Cell——[45.1]
①
研究背景与设计
:针对海洋无光层原核浮游生物组成与功能认知空白,利用单细胞分选与基因组扩增技术构建了包含全球58个无光层水样中9,698个高质量单细胞扩增基因组的GORG-Dark图谱。②
核心发现与意义
:揭示了原核浮游生物延伸至深渊带的垂直分层格局,并绘制了化能自养与生物合成基因簇图谱,拓展了对深海微生物生态与生物技术潜力的认知边界。③
垂直与水平分布
:宏基因组读段招募分析显示原核浮游生物组成在中层至深渊带呈显著分层,且波罗的海与黑海等缺氧内海伴随大量自由生活的Patescibacteria与Nanoarchaeota富集。④
代谢与合成潜能
:基因组注释提示硝化与硫氧化等化能自养途径以及核糖体合成肽等药用次级代谢产物合成基因簇广泛分布于全深度无光层。⑤
视紫红质进化
:系统发育分析鉴定出一个Pelagibacterales特异性的铁氧还蛋白关联视紫红质单系群,其光谱调谐向绿光偏移提示其可能感知深海生物发光。⑥
颗粒附着新证
:结合流式细胞术与差异过滤宏基因组分析证实部分细胞直径极小的Pelagibacterales显著富集于大颗粒组分,支持其通过附着颗粒下沉至深渊带。
【原文信息】
Single-cell-resolved genome atlas of prokaryoplankton inhabiting the ocean's interior
2026-09-15 , doi: 10.1016/j.cell.2026.08.036
Cell:去伪存真,Metax让宏基因组分析更精准
Cell——[45.1]
①
问题与方法
:针对跨域、低生物量及宿主污染场景下的宏基因组物种鉴定精度瓶颈,整合期望最大化算法与全基因组覆盖度统计建模,以观测-期望覆盖广度比量化覆盖均匀性开发了Metax。②
核心能力与价值
:该工具显著提升了跨域物种鉴定准确性,同步实现假阳性过滤、病原体检测、污染溯源及疾病相关微生物标志物发现。③
基准性能
:在逾600个模拟与真实样本中,物种水平F1得分平均提高55%,Bray-Curtis差异度降低45%,且在极低读数样本中仍保持极高准确率。④
病原体检测
:在下呼吸道感染长读长测序样本中,以100%的敏感性与特异性检出病原体,且在88%的样本中目标病原体丰度居首。⑤
污染识别
:通过极低的覆盖广度比识别出肿瘤血浆游离DNA中的栖热菌属及刚地弓形虫,揭示多数肿瘤微生物组信号实为技术假象。⑥
疾病标志物
:在口腔微生物组中,发现Redondoviridae病毒丰度与种植体周围炎显著相关,并捕获了其与宿主齿龈内阿米巴的跨域互作。
【原文信息】
Metax enables accurate cross-domain taxonomic profiling of metagenomes
2026-09-11 , doi: 10.1016/j.cell.2026.08.024
中肿徐瑞华/王峰等:锁定HER2与CLDN18.2,胃癌靶向治疗进入双星时代(综述)
CA - A Cancer Journal for Clinicians——[685.2]
①
胃癌精准干预全景
:基于分子分型与生物标志物驱动的多学科、全病程精准干预体系已取代单一治疗,显著提升各分期患者生存获益。②
早期内镜切除指征
:内镜黏膜下剥离术已成为无淋巴结转移疑似的早期分化型黏膜内癌首选,其肿瘤学控制率与外科手术相当。③
局部晚期围术期基石
:D2淋巴结清扫确立为外科金标准,基于奥沙利铂的围术期或辅助化疗方案显著改善无病生存与总生存。④
免疫化疗协同与突破
:含奥沙利铂的化疗骨架展现出更优的免疫协同增效作用,去化疗的围术期免疫单药在错配修复缺陷人群中诱导极高病理完全缓解率。⑤
晚期靶向治疗重塑
:抗体偶联药物颠覆HER2阳性后线治疗标准,佐妥昔单抗联合化疗确立为CLDN18.2阳性一线治疗新基准。⑥
前沿靶点与耐药挑战
:靶向CLDN18.2的CAR-T疗法及针对FGFR2b、DKK1等微环境调控通路的干预策略正处于关键验证期,克服获得性耐药是未来核心壁垒。
【原文信息】
Advances in therapeutic approaches to gastric cancer
2026-09-17 , doi: 10.3322/caac.70103
Lancet:3期RCT,单次粪菌移植治疗肠易激综合征效果如何?
Lancet——[109]
①
研究背景与设计
:肠易激综合征的菌群干预疗效仍存争议,多中心Ⅲ期双盲试验纳入448例中重度患者,比较单次供体粪菌移植与自体粪便安慰剂直肠灌肠。②
核心发现与意义
:供体菌群虽成功定植,移植组症状改善仍未优于安慰剂组,提示单次非特异性菌群替换不足以产生额外临床获益。③
主要终点结果
:第90天以肠易激综合征症状严重程度评分(IBS-SSS)降低至少75分为改善标准,移植组达标率为40%,安慰剂组为38%,组间差异不显著。④
长期随访结果
:第365天两组达标率分别为44%和45%,生活质量与腹痛缓解也未见明显组间差异。⑤
菌群定植证据
:宏基因组分析显示受者菌群向指定供体特征偏移,但这种菌群变化未转化为优于安慰剂的症状改善。⑥
安全性与边界
:两组不良事件和严重不良事件发生率相近,结果仅涉及所研究的单次供体移植方案,不能推及所有粪菌移植方式。
【原文信息】
Faecal microbiota transplantation in irritable bowel syndrome (REFIT2): a randomised, double-blind, placebo-controlled, phase 3 trial
2026-09-24 , doi: 10.1016/S0140-6736(26)01424-8
Lancet:细菌裂解物OM-85未能预防高危婴幼儿喘息
Lancet——[109]
①
背景与试验设计
:早期接触微生物(如细菌裂解物OM-85)被认为可降低哮喘风险,本研究纳入822名哮喘高风险的6至18月龄儿童开展双盲随机对照试验,评估口服OM-85持续24个月后,在36个月停药观察期内对喘息性下呼吸道疾病的一级预防效果。②
核心发现与意义
:早期口服OM-85未能降低高危儿童喘息性下呼吸道疾病的发生率,亦未能预防6岁时哮喘的发生,不支持将细菌裂解物用于学龄前儿童哮喘样症状的一级预防。③
主要终点
:在停药后的36个月观察期内,OM-85组与安慰剂组在首次发生喘息性下呼吸道疾病的时间上无显著差异,风险比为1.16。④
次要终点
:在24个月的治疗期内,两组的喘息性下呼吸道疾病发生率无显著差异,且至6岁时两组的哮喘累积发病率均为21%。⑤
安全性与耐受性
:发热、咳嗽和感冒等最常见不良事件的发生率在两组间无显著差异,提示长期口服OM-85具有良好的安全性。
【原文信息】
Use of the bacterial lysate OM-85 for the primary prevention of wheezing lower respiratory illness in preschool children: a randomised, placebo-controlled trial
2026-09-07 , doi: 10.1016/S0140-6736(26)01443-1
NEJM:孕妇多吃鸡蛋和花生,不能预防宝宝食物过敏
New England Journal of Medicine——[84.5]
①
研究背景与设计
:针对孕期和哺乳期暴露于食物过敏原能否预防婴儿食物过敏证据不足的问题,开展了一项多中心随机对照试验,纳入2137名胎儿具有过敏家族史的孕妇。②
核心发现与意义
:孕期和哺乳期高摄入鸡蛋和花生并未显著降低高危婴儿1岁时IgE介导的食物过敏风险,提示通过孕产妇高剂量饮食干预预防婴儿食物过敏的策略可能无效。③
干预实施
:参与者从妊娠23周前至产后4个月,随机分配至高摄入组(每周≥6个鸡蛋和60颗花生)或标准组(≤3个鸡蛋和30颗花生),两组均表现出良好的饮食依从性。④
主要终点
:临床评估显示,婴儿1岁时,高摄入组和标准组IgE介导的鸡蛋或花生过敏率分别为7.8%和8.4%(相对风险0.93),组间无显著差异。⑤
次要终点与安全
:两组在婴儿鸡蛋或花生致敏率、单项过敏率、湿疹发生率及母婴严重不良事件发生率上均无显著差异,证实了干预措施的安全性但缺乏临床获益。
【原文信息】
Trial of a Maternal Diet Rich in Eggs and Peanuts to Reduce Infant Allergy
2026-09-17 , doi: 10.1056/NEJMoa2605659
NEJM:切除高风险肠息肉后,复查间隔可以延长到5年吗?
New England Journal of Medicine——[84.5]
①
研究背景与设计
:针对高风险腺瘤切除后结肠镜监测起始时机缺乏高质量证据的问题,在8个欧洲国家开展了随机非劣效性试验,比较5年与3年起始监测的结直肠癌发病率。②
核心发现与意义
:高风险腺瘤切除后5年起始监测在预防结直肠癌方面非劣效于3年起始监测,为延长监测间隔、减轻患者与医疗系统负担提供了强有力的随机对照试验支持。③
主要终点分析
:逆概率加权分析显示,5.5年随访时5年组结直肠癌累积发病率为0.77%,3年组为0.82%,组间差异为−0.05个百分点,99.12%置信区间上界为0.68,低于预设的0.7非劣效界值。④
临床结局特征
:两组在结直肠癌诊断分期分布、结直肠癌相关死亡率(5年组0.06%,3年组0.04%)及全因死亡率方面均无实质性差异。⑤
监测负担评估
:5年组的总结肠镜检查数量较3年组减少了48.5%,且两组在结肠镜相关不良事件发生率上无显著差异。
【原文信息】
Colonoscopy Intervals and Colorectal Cancer Incidence after Adenoma Removal
2026-09-17 , doi: 10.1056/NEJMoa2603816
Nat Med:口肠除真菌,IBD患者的治疗新选择
Nature Medicine——[52.5]
①
研究背景与设计
:针对炎症性肠病(IBD)真菌失调干预空白,基于口腔与肠道共享白色念珠菌现象,纳入53例患者,前瞻性比较了口腔制霉菌素真菌靶向治疗(ORNT)与胃肠及口腔氟康唑真菌靶向治疗(GIFT)的疗效。②
核心发现与意义
:GIFT显著降低肠道真菌负荷并重塑跨界微生物网络,伴随抗炎代谢物恢复与临床症状改善,为基于真菌组分层的靶向干预提供了依据。③
真菌靶向特异性
:仅GIFT显著降低了粪便真菌负荷及机会性真菌相对丰度,而白色念珠菌等耐药菌在GIFT干预下轻微增加。④
跨界微生物互作
:GIFT干预后细菌α多样性显著升高,且白色念珠菌丰度与细菌多样性呈负相关,提示真菌抑制驱动了细菌群落恢复。⑤
有益菌群扩增
:靶向肠道真菌显著促进了普氏栖粪杆菌等短链脂肪酸产生菌及肠道健康相关细菌的持续扩增。⑥
代谢功能重编程
:GIFT显著上调了丁酸和次级胆汁酸等抗炎代谢物水平,并持续降低了微生物群失调评分。⑦
临床预后关联
:GIFT干预伴随疾病活动指数显著下降,8周内疾病进展风险降至3.0%,显著低于制霉菌素组的37.5%。
【原文信息】
Antifungal therapy improves microbiome dynamics in inflammatory bowel disease
2026-09-01 , doi: 10.1038/s41591-026-04616-y
Nature Reviews:从微环境到类器官,肠道再生的新蓝图
Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology——[57.5]
①
研究范围与主线
:2009–2024年肠道干细胞联盟(ISCC)整合动物、人源类器官和单细胞研究,聚焦肠道干细胞(ISC)微环境、损伤修复与转化。②
干细胞稳态与可塑性
:ISC包括活跃增殖型和静息储备型,损伤后分化上皮细胞可去分化并启动胎儿样程序,但谱系证据仍有争议。③
微环境信号
:小肠CD81⁺滋养细胞分泌RSPO3、GREM1等WNT支持因子,亚上皮肌成纤维细胞(SEMFs)通过BMP促进分化,结肠缺少潘氏细胞并依赖间质WNT维持干性。④
损伤应答
:特定损伤后,簇状细胞、分泌前体和Fgfbp1⁺隐窝峡部细胞可承担兼性ISC功能,并启动胎儿样程序修复上皮。⑤
治疗策略
:成体或诱导多能干细胞来源类器官移植、GLP-2及工程化WNT替代物显示潜力,空气-液体界面和微流控类器官可加入神经、免疫组分。⑥
转化瓶颈
:人源微环境建模、最小细胞产品、规范化制造、免疫排斥和递送仍待解决。⑦
未来方向
:空间多组学有望解析区域再生机制,发展仿生微环境支架协同细胞疗法。
【原文信息】
Building and regenerating intestines by manipulating intestinal stem cells
2026-09-03 , doi: 10.1038/s41575-026-01242-4
Nature Reviews:非抗生素药物如何伤肠菌?(综述)
Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology——[57.5]
①
核心机制与现状
:非抗生素抗菌剂(NAAs)对人肠道菌群具有广泛抑制作用,其窄谱、高剂量特性及多重机制重塑菌群生态,已公认为抗生素耐药与疾病风险的重要驱动因素。②
直接抗菌机制
:NAAs靶向细菌特有通路(如UppS)、模拟代谢物(甲氨蝶呤仿叶酸)、劫持转运系统(阿卡波糖干扰Sus系统)或损伤DNA及膜结构。③
间接调控途径
:质子泵抑制剂升高胃肠道pH、他汀改变胆汁酸池、糖皮质激素下调MUC2表达,通过宿主途径重塑菌群微环境。④
人群关联证据
:多药联用与长期用药显著关联于菌群α多样性下降及Escherichia等病原共生菌富集。⑤
耐药与感染风险
:NAAs暴露增加耐药基因丰度、促进质粒接合转移并削弱定植抗性,加剧感染与耐药传播。⑥
宿主健康影响
:NAAs通过改变短链脂肪酸及胆汁酸代谢,影响宿主免疫与肠脑轴功能。
【原文信息】
Drug–microbiome–host interactions: antimicrobial effects of non-antibiotic compounds
2026-09-14 , doi: 10.1038/s41575-026-01258-w
每天吃多少全谷物最护心?87项RCT给出量化答案
European Heart Journal——[45.3]
①
背景与设计
:针对全谷物摄入与心血管代谢风险剂量反应关系不明的问题,基于87项成人随机对照试验开展了剂量反应荟萃分析。②
总体概述
:全谷物摄入显著改善多项心血管代谢风险指标,支持将60至100克/天干重作为优化摄入目标,为膳食指南提供量化依据。③
人体测量学指标
:每增加48克/天干重全谷物,体重和腰围分别显著减少0.20千克和0.22厘米,且呈剂量依赖性。④
脂质代谢
:每增加48克/天干重全谷物,总胆固醇、低密度脂蛋白胆固醇和甘油三酯分别显著降低0.10、0.07和0.04 mmol/L,非线性分析提示最佳改善剂量约为80克/天。⑤
糖代谢与血压
:空腹血糖和收缩压分别显著降低0.03 mmol/L和0.82 mmHg,最大效应分别见于80克/天和60至80克/天。⑥
炎症与高密度脂蛋白
:白细胞介素-6显著下降0.12 pg/mL,C反应蛋白最大降幅见于60克/天,而高密度脂蛋白胆固醇在220克/天时显著升高,提示其剂量反应模式存在差异。
【原文信息】
Whole-grain consumption and cardiometabolic risk: a meta-analysis of randomized trials
2026-09-15 , doi: 10.1093/eurheartj/ehag519
NBT:新算法!超大规模菌群分析提速近千倍
Nature Biotechnology——[44.5]
①
研究背景与设计
:针对宏基因组时代海量样本与分类单元下UniFrac计算不可行的瓶颈,DartUniFrac算法将距离统一重构为树支上的加权Jaccard相似性并结合平衡括号树与加权MinHash草图实现高效近似。②
核心发现与意义
:DartUniFrac首次实现了百万样本与十亿分类单元规模的距离计算,为跨研究荟萃分析与宏基因组深度学习训练驱动了可扩展的进化距离基础。③
算法原理
:平衡括号表示法高效遍历超大系统发育树并将每个分支视为加权集合元素,随后通过DartMinHash或高效拒绝采样生成固定长度草图向量。④
计算性能
:基于图形处理器的DartUniFrac比现有实现提速约900倍且显存占用降低24倍,中央处理器处理百万样本仅需极短时间且内存需求显著降低。⑤
准确性验证
:主坐标分析与精确UniFrac呈现显著的高度一致性,且支持无偏估计从而决定了大规模差异丰度分析的可靠性。⑥
下游应用扩展
:集成快速主坐标分析与流式计算模式,驱动了重采样与层次聚类在百万样本尺度上的高效运行。
【原文信息】
Megascale microbiome analysis with DartUniFrac
2026-08-28 , doi: 10.1038/s41587-026-03260-8
NBT:从深海到肠道,10万测序数据绘制全球共生微生物图谱
Nature Biotechnology——[44.5]
①
研究背景与设计
:针对微生物共生体全球分布与代谢特征不清的问题,利用机器学习框架symclatron分析107,067个环境宏基因组及参考基因组,构建了共生体基因组目录SymGs。②
核心发现与意义
:15-23%的未培养原核生物具有宿主关联或专性胞内共生特征,揭示了共生生活方式在自然界中的广泛性,为合成共生系统设计提供了庞大的基因组资源。③
系统发育分布
:预测的14,070个高置信度共生体广泛分布于半数以上的已知细菌与古菌门中,并显著富集于衣原体门及DPANN超门等专性宿主依赖类群。④
基因组功能缩减
:共生体基因组普遍缺失氨基酸与核苷酸从头合成通路,提示其在演化过程中形成了对宿主代谢产物的强烈依赖。⑤
生态位特异性适应
:共生体特异性保留或富集了细胞色素o泛醌氧化酶及氮硫代谢等特定功能模块,提示其通过代谢互补协助宿主适应缺氧或深海热液等特殊生境。
【原文信息】
A genomic catalog of Earth's bacterial and archaeal symbionts
2026-08-31 , doi: 10.1038/s41587-026-03213-1
肠道菌群如何遥控血压?5-羟色胺与迷走神经是关键
Circulation——[41.3]
①
研究背景与设计
:针对肠道菌群调控血压机制不明的问题,整合粪菌移植、光遗传学、在体钙成像及人类结肠活检解析了肠脑迷走神经轴的功能。②
核心发现与意义
:肠道菌群通过表观遗传抑制结肠5-羟色胺合成,进而削弱迷走神经感觉信号传导,驱动血压升高。③
表观遗传调控
:高血压大鼠菌群移植导致受体结肠Tph1启动子区H3K9乙酰化显著降低,抑制5-羟色胺合成并升高血压。④
人类临床证据
:高血压患者结肠活检样本显示5-羟色胺水平及Tph1与5HT3a受体表达显著下降。⑤
神经功能验证
:光遗传学激活或特异性损毁结肠投射的5HT3aR+迷走感觉神经元,分别导致急性血压下降或长期血压升高及应激易感性增加。⑥
感觉信号缺陷
:在体钙成像证实,高血压及致病菌群移植大鼠的结肠迷走神经元对5HT3a受体激动剂的钙响应及降压效应显著减弱。⑦
靶向干预疗效
:靶向恢复高血压大鼠结肠迷走神经5HT3a受体表达并辅以色氨酸饮食,显著缓解了菌群失调相关的血压进展。
【原文信息】
Intestinal Serotonergic Vagal Signaling as a Mediator of Microbiota-Induced Hypertension
2026-09-15 , doi: 10.1161/CIRCULATIONAHA.124.072363
华科大周雪/吴洋等Nature子刊:胃吸附与肠截留,新材料有效清除微塑料
Nature Nanotechnology——[37.5]
①
研究背景与设计
:针对微塑料(MPs)经口摄入在胃肠道蓄积的风险,构建pH响应型藻酸盐-几丁质微纳米纤维框架(Alg-Ch),于模拟消化系统及小鼠模型中评估其拦截效能。②
核心发现与意义
:Alg-Ch通过胃部静电吸附与肠道溶胀截留双重机制高效捕获MPs,同步修复肠道屏障并重建菌群,为MPs风险防控提供可转化的口服干预平台。③
双相捕获机制
:胃酸中质子化的几丁质网络通过静电吸附MPs,进入中性肠道后藻酸盐微纤维显著溶胀形成多孔网络物理截留MPs,胃肠捕获容量分别达816.6 mg·g-1和1114.5 mg·g-1。④
体内清除与修复
:小鼠口服Alg-Ch后2小时结肠MP荧光降低约50%并加速粪便排泄,长期干预显著恢复ZO-1等紧密连接蛋白表达从而减轻肠组织损伤。⑤
系统性保护效应
:Alg-Ch干预显著降低血清促炎因子和脂多糖水平,伴随普雷沃菌属等产短链脂肪酸菌群富集,逆转MPs驱动的菌群失调及代谢紊乱。
【原文信息】
Dynamic biomass micro–nanofibre framework for entrapment and clearance of gastrointestinal microplastics
2026-09-02 , doi: 10.1038/s41565-026-02266-2
南京大学王婷婷/赵越等Cell Metab:二甲双胍降糖效果不佳?一种肠菌酶或是元凶
Cell Metabolism——[37]
①
背景与设计
:针对2型糖尿病患者二甲双胍疗效差异,整合临床队列、无菌小鼠粪菌移植与结构生物学探究肠道菌群的药物代谢机制。②
核心发现与意义
:微生物醛-醇脱氢酶AdhE特异性降解二甲双胍,导致系统暴露降低与血糖控制减弱,为靶向微生物酶增效提供精准干预范式。③
微生物因果性
:移植低反应者粪菌显著降低小鼠肠道及血浆二甲双胍浓度并恶化糖耐量,而抗生素清除菌群则逆转该效应。④
关键菌株与酶
:低反应者富集的关键菌株霍氏真杆菌MD1分泌AdhE,通过关键残基Val145直接催化二甲双胍转化为无活性的N,N-二甲基胍。⑤
靶向干预效果
:噬菌体特异性清除该菌株或敲除AdhE基因均显著提升小鼠二甲双胍暴露量并恢复糖稳态。⑥
临床转化验证
:AI辅助虚拟筛选锁定天然产物大豆苷元为AdhE抑制剂,小鼠和随机对照试验证实大豆苷元联用二甲双胍可显著提升血药浓度、改善血糖控制。
【原文信息】
Microbial aldehyde-alcohol dehydrogenase degrades metformin to limit therapeutic response in type 2 diabetes
2026-09-29 , doi: 10.1016/j.cmet.2026.09.003
清华大学程功/王毛等Cell Research:营养不良改变皮肤菌群,释放气味更招蚊子
Cell Research——[31.1]
①
研究背景与设计
:营养不良与蚊媒疾病高发区重合,在营养不良小鼠和人类志愿者中结合行为学与多组学,解析蚊虫趋性机制。②
总体机制
:营养不良引发皮脂腺萎缩和抗菌脂肪酸减少,促使皮肤产醛菌群扩增并释放挥发性醛类,增强蚊虫趋性并放大登革病毒(DENV)传播。③
蚊虫趋性
:营养不良小鼠和人类志愿者更受多种病媒蚊虫吸引,该效应与宿主气味相关,不由体温或CO2差异解释。④
关键挥发物
:壬醛、辛醛和庚醛在营养不良宿主皮肤中升高,释放量为健康组2至5倍,是强效蚊虫引诱剂。⑤
微生物溯源
:葡萄球菌属与链球菌属在营养不良皮肤上扩增,清除皮肤菌群后,蚊虫趋性差异消失。⑥
皮脂腺机制
:营养不良导致皮脂腺萎缩和游离抗菌脂肪酸减少,解除对产醛菌生长的抑制。⑦
传播效应
:营养不良宿主感染DENV后病毒载量更高,营养不良个体比例升高可加速蚊—宿主—蚊传播循环,提示营养干预或皮肤微生态调节有防控潜力。
【原文信息】
Undernutrition enhances host attractiveness to mosquitoes and transmission of mosquito-borne diseases
2026-09-16 , doi: 10.1038/s41422-026-01291-z
Gastroenterology:代替菌群移植,单株普氏栖粪杆菌有效预防艰难梭菌复发
Gastroenterology——[29.7]
①
背景与设计
:针对复发性艰难梭菌感染缺乏成分明确的微生物疗法的问题,利用小鼠模型及6例患者的单臂Ⅰ期试验,评估了普氏栖粪杆菌EXL01单菌株干预的预防潜力。②
核心发现与意义
:口服EXL01伴随代谢功能快速恢复及83.3%的无复发率,提示靶向生态功能的单菌株干预可替代复杂菌群移植。③
临床前效应
:在抗生素扰动小鼠模型中,预防性给予EXL01显著降低了艰难梭菌负荷并减轻了体重下降与肠道炎症。④
临床安全性与疗效
:患者经万古霉素预处理后口服EXL01未见严重不良事件,5例至第8周未复发,疗效与匹配的粪菌移植队列相近。⑤
胆汁酸代谢
:EXL01定植与初级胆汁酸显著减少及次级胆汁酸显著增加相关,且在体外可直接脱结合甘氨酸结合型胆汁酸。⑥
短链脂肪酸代谢
:EXL01的检出与粪便丁酸和戊酸浓度及丁酸合成基因丰度的显著升高相关。⑦
功能恢复特征
:尽管治疗后菌群多样性显著低于粪菌移植队列,但胆汁酸及丁酸代谢基因丰度已恢复至相近水平。
【原文信息】
Faecalibacterium prausnitzii EXL01 Strain for the prevention of multiple-recurrent Clostridioides difficile Infection
2026-09-17 , doi: 10.1053/j.gastro.2026.09.002
Nature子刊:雄激素剥夺致肠漏,共生真菌竟成前列腺癌帮凶
Nature Cancer——[28]
①
临床关联与动物建模
:CRPC患者粪便血液及肿瘤中检出光滑念珠菌(N. glabratus)且与总生存期缩短相关,口服该真菌驱动去势小鼠前列腺肿瘤进展。②
核心发现与意义
:雄激素剥夺治疗诱发肠漏促使共生真菌易位至肿瘤微环境并重塑免疫抑制网络,为克服前列腺癌内分泌抵抗提供了肠道干预新策略。③
免疫微环境重编程
:光滑念珠菌特异性增加肿瘤内PMN-MDSC浸润及其免疫抑制功能,该效应依赖Dectin-2而非Dectin-1且可被抗Ly6G抗体逆转。④
分子通路解析
:光滑念珠菌经Dectin-2-SYK轴上调PMN-MDSC中Inhba表达与激活素A分泌,后者激活肿瘤细胞SMAD通路并促进AR靶基因表达。⑤
干预验证
:口服靶向炎症的肠道水凝胶修复肠屏障可阻断光滑念珠菌肿瘤定植并抑制肿瘤生长,而直接瘤内注射该真菌可模拟口服的促癌效应。
【原文信息】
Commensal Nakaseomyces glabratus migrates into prostate tumors to accelerate cancer progression
2026-09-09 , doi: 10.1038/s43018-026-01229-9
Nature子刊:肠菌代谢物ImP如何驱动原发性硬化性胆管炎?
Nature Metabolism——[27.5]
①
研究背景与设计
:针对原发性硬化性胆管炎(PSC)肠肝轴互作机制不明的问题,整合多中心患者队列、人源胆管类器官及基因敲除小鼠模型,探究肠道菌群代谢物咪唑丙酸(ImP)的病理驱动效应。②
核心发现与意义
:肠道菌群来源的ImP在PSC患者中显著富集并预测不良预后,其通过激活p38γ/δ-mTORC1信号轴驱动胆管损伤与纤维化,为靶向微生物代谢物治疗胆管疾病提供了新策略。③
临床队列关联
:多中心队列分析显示,PSC患者循环ImP水平显著高于健康对照及其他肝病患者,且高浓度ImP与疾病严重程度评分正相关、与无移植生存期负相关。④
体外细胞表型
:ImP暴露直接破坏人源PSC胆管类器官的球形结构,并显著诱导肿瘤坏死因子、白介素-6及纤维连接蛋白等促炎促纤维化因子的分泌。⑤
体内致病机制
:慢性ImP给药导致野生型小鼠出现门脉炎症与胆管反应,该表型伴随胆管细胞p-mTOR表达增加,且在p38γ/δ双敲除小鼠中被完全阻断。⑥
菌群因果验证
:在无菌小鼠中定植表达UrdA酶的Shewanella oneidensis并补充底物尿刊酸,显著推高外周血ImP浓度并驱动胆管炎症与纤维化进展。
【原文信息】
Gut microbiota-derived imidazole propionate promotes primary sclerosing cholangitis via p38 signalling
2026-09-04 , doi: 10.1038/s42255-026-01600-1
Nature子刊:肠道菌群发育停滞与1型糖尿病风险升高相关
Nature Metabolism——[27.5]
①
研究背景与设计
:早期菌群发育、宿主遗传与1型糖尿病(T1D)风险的关系尚不明确,整合887名高遗传风险儿童的12151份纵向宏基因组及宿主基因型数据开展分析。②
核心发现与意义
:菌群成熟轨迹与T1D风险相关,部分关联受免疫相关遗传背景修饰,为理解菌群发育与遗传易感性的交互作用提供线索。③
菌群模式分型
:轨迹聚类识别早期成熟型、晚期成熟型和早期停滞型,伴随双歧杆菌属和瘤胃球菌属等丰度的非线性变化。④
功能特征差异
:早期成熟型在早期富集半乳糖降解及芳香族氨基酸、B族维生素合成通路,早期停滞型持续富集支链氨基酸合成通路。⑤
疾病风险关联
:与早期成熟型相比,早期停滞型与T1D风险升高显著相关。⑥
遗传修饰效应
:晚期成熟型与T1D风险的关联方向随遗传主成分3变化,该主成分涉及抗微生物及抗病毒免疫相关变异。⑦
遗传与菌种发育
:宿主遗传背景与整体菌群结构的关联较弱,但与活泼瘤胃球菌等特定菌种的定植及发育轨迹显著相关。
【原文信息】
Gut microbiome maturation in early childhood interacts with host genetics to predict type 1 diabetes risk
2026-09-21 , doi: 10.1038/s42255-026-01614-9
北大韩敬东/陈嘉伟等Nature子刊:AI锁定口腔中的"长寿菌",开启全身抗衰新靶点
Nature Aging——[25]
①
研究背景与设计
:针对口腔微生物组在系统性衰老中的作用不明问题,整合自然衰老队列的舌苔宏基因组与血浆代谢组并利用多模态人工智能模型进行衰老建模及虚拟扰动筛选。②
核心发现与意义
:Neisseria flavescens被鉴定为富集于慢老化人群的核心口腔共生菌,其跨物种的延缓衰老效应提示口腔菌群是可干预的全身性衰老调控轴。③
人群关联特征
:宏基因组分析显示该菌丰度与校正年龄差显著负相关,且慢老化人群的口腔菌群以该菌为绝对优势种并呈现更稳定的共现网络结构。④
代谢机制验证
:虚拟扰动预测及分离菌株的多组学分析证实该菌显著高表达色氨酸与维生素B6合成通路并驱动吲哚-3-乙酸等有益代谢物的大量产生。⑤
线虫功能验证
:活菌喂养秀丽隐杆线虫显著延长平均寿命达39.35%并改善老年期运动能力与肠道屏障完整性,该屏障保护作用部分依赖于受体ahr-1。⑥
小鼠干预效果
:在20月龄小鼠模型中补充热灭活的该菌显著降低血清甘油三酯水平并部分逆转肝脏转录组及肠道菌群的衰老特征。
【原文信息】
Multi-modality profiling identifies Neisseria flavescens as a central geroprotective oral commensal in humans
2026-09-24 , doi: 10.1038/s43587-026-01220-0
北大汪锴团队GUT:肠道天然菌株化身"微型药厂",持续缓释治疗分子
Gut——[24.6]
①
底盘筛选与优化
:针对工程菌肠道定植率低的问题,从野生小鼠肠道筛选出可单次口服终身定植的天然大肠杆菌MEc30,并敲除潜在毒力基因clb和irp以消除基因毒性与铁攫取风险。②
核心发现与意义
:安全且持久定植的MEc30底盘驱动了烟酸或IL-10在肠道的持续递送,为慢性代谢与炎症性肠病提供了长效活菌干预新策略。③
烟酸递送机制
:工程菌MEc30-NA在肠道持续产烟酸,显著激活上皮GPR109a信号通路并上调屏障分子,从而改善高脂饮食小鼠的葡萄糖耐量与脂代谢并抑制系统性炎症。④
代谢干预优势
:与直接口服烟酸相比,MEc30-NA介导的持续递送避免了血药峰浓度及组胺和前列腺素D2的显著升高,降低了潮红等不良反应风险。⑤
炎症干预效应
:工程菌MEc30-mIL-10持续分泌功能性IL-10,显著抑制结肠M1巨噬细胞浸润并促进M2极化,修复肠道屏障并缓解了Il10-/-小鼠的自发性结肠炎。
【原文信息】
A durably colonising engineered native symbiont enables sustained intestinal delivery for metabolic dysfunction and colitis
2026-09-18 , doi: 10.1136/gutjnl-2026-339637
GUT:机器学习融合菌群数据,升级肝硬化预后模型
Gut——[24.6]
①
研究背景与设计
:针对肝硬化患者短期住院预测效能不足的问题,利用七国679例门诊患者队列,通过粪便宏基因组测序及机器学习模型评估了肠道菌群特征的预后价值。②
核心发现与意义
:肝硬化患者90天内非计划住院伴随跨地域一致的肠道微生物生态崩溃,宏基因组特征为临床变量提供了独立的附加预后信息。③
菌群结构改变
:测序数据显示,住院患者肠道菌群α多样性显著降低,且独立于疾病严重程度伴随屎肠球菌等条件致病菌富集及两歧双歧杆菌等SCFA产生耗竭。④
功能通路重编程
:宏基因组功能分析提示,住院风险伴随复杂碳水化合物降解等有益代谢通路显著耗竭,并转向应激适应及生物合成代谢。⑤
耐药基因图谱
:抗菌药物耐药基因特征分析显示,特定共生菌及致病菌的丰度变化伴随硝基呋喃类等特定耐药机制的结构性重塑。⑥
预测模型效能
:整合临床变量与44种细菌特征的联合模型实现了最优的住院风险预测效能(AUC 0.84),显著优于单一临床(AUC 0.79)或微生物模型(AUC 0.74)。
【原文信息】
Hospitalisation in cirrhosis is linked to distinct gut microbiome structural and functional profiles: a multinational metagenomic study
2026-09-21 , doi: 10.1136/gutjnl-2026-339378
北京大学302临床医学院陆荫英/钱振伟等GUT:追踪肠道菌群动态变化,破解免疫治疗疗效预测难题
Gut——[24.6]
①
背景与研究设计
:针对免疫检查点抑制剂疗效预测标志物泛化性差的问题,对315例晚期原发性肝癌患者开展前瞻性纵向宏基因组测序,采集基线及治疗期的777份粪便样本。②
核心发现与意义
:免疫治疗伴随肠道菌群结构化生态重塑,基于治疗中后期窗口发现的特征菌群构建的基线预测模型泛化性最优,支持纵向发现结合基线部署的标志物开发范式。③
菌群动态重塑
:响应者基线肠道菌群α多样性显著更高,且治疗期间两组均伴随网络连接性下降与模块性上升的生态学重塑。④
跨队列模型验证
:利用治疗约6个月窗口期筛选出的16种差异菌构建基线预测模型,在9个外部独立队列中展现出最优的跨癌种预测效能。⑤
临床预后分层
:基于该模型衍生的肠道菌群免疫治疗结局评分独立且显著关联总生存期与无进展生存期(风险比0.49和0.44),并在多个外部队列中有效分层生存结局。⑥
体外免疫调节
:体外实验证实响应者富集的布氏瘤胃球菌条件培养基显著增强树突状细胞及CD8+ T细胞活化,而殊异韦荣菌则起抑制作用。
【原文信息】
Longitudinal gut microbiome dynamics during immunotherapy identify microbial features of clinical benefit in advanced primary liver cancer
2026-09-16 , doi: 10.1136/gutjnl-2026-339115
浙大汪海峰/唐文杰等Cell子刊:果胶让肠菌"换装"指挥免疫抵御肠炎
Cell Host and Microbe——[23.2]
①
研究背景与设计
:针对膳食纤维如何驱动菌株特异性IgA应答的机制空白,利用无菌及特定无病原体小鼠定植单形拟杆菌野生型与ΔrcsC突变株,整合脂质组学及空间成像解析通路。②
核心发现与意义
:膳食果胶驱动单形拟杆菌表面重塑生成鞘糖脂,经中性粒细胞识别激活信号轴,诱导IgA包被并强化菌体黏膜定植,形成饮食可编程的互惠保护环路。③
细菌表面重塑
:果胶特异性激活rcsC调控程序,导致单形拟杆菌表面显著富集鞘糖脂HexCer(34:0),该变化独立于其果胶代谢能力。④
免疫识别与信号
:中性粒细胞表面的C型凝集素受体CLEC4E直接结合HexCer,触发SYK磷酸化及增殖诱导配体(APRIL)分泌,驱动B细胞IgA类别转换。⑤
功能与保护效应
:IgA包被显著增强单形拟杆菌黏膜关联及上皮黏附,受体或抗体缺失均显著阻断果胶介导的DSS结肠炎抵抗作用。
【原文信息】
Dietary pectin remodels commensal bacterial surfaces to promote IgA-mediated protection from intestinal inflammation
2026-09-17 , doi: 10.1016/j.chom.2026.08.017
北医三院庞艳莉团队Cell子刊:肠菌代谢物"对话"脂肪组织,降低神经酰胺改善PCOS
Cell Host and Microbe——[23.2]
①
研究背景与设计
:针对多囊卵巢综合征(PCOS)中肠道菌群调控脂肪组织机制不明的问题,整合患者队列、小鼠模型及多组学分析鉴定关键菌株及其代谢物。②
核心发现与意义
:产气柯林斯菌通过分泌吲哚-3-乙酰胺(IAM)靶向脂肪组织,激活HIF-2α-Acer2轴驱动神经酰胺降解,系统改善生殖与代谢表型。③
菌群-代谢关联
:产气柯林斯菌丰度及IAM在PCOS患者粪便中显著降低,且与睾酮、雄烯二酮及抗缪勒管激素呈负相关。④
靶向递送机制
:IAM经转运体SLC6A2特异性富集于脂肪组织,且SLC6A2与其直接结合并介导其摄取。⑤
信号通路解析
:IAM激活脂肪组织HIF-2α信号,促进HIF-2α-ARNT二聚化,上调碱性神经酰胺酶Acer2表达,从而降解并降低神经酰胺水平。⑥
因果验证
:脂肪组织特异性Hif2a敲除完全阻断产气柯林斯菌及IAM对疾病的改善作用,外源神经酰胺可逆转IAM疗效。⑦
转化应用
:基于鉴定的IAM合成酶构建工程菌,其稳定产IAM,在小鼠中重现治疗效应。
【原文信息】
Microbial indole-3-acetamide alleviates polycystic ovary syndrome through HIF-2α-ceramide signaling
2026-09-09 , doi: 10.1016/j.chom.2026.08.015
港中大黄子隽/焦颖等Cell子刊:肠癌基因突变如何"招募"细菌帮凶促癌?
Cell Host and Microbe——[23.2]
①
背景与核心设计
:针对宿主基因突变与肿瘤微环境互作机制不明的问题,整合结直肠癌患者队列及肠特异性KrasG12D小鼠模型绘制了黏膜微生物组图谱。②
核心发现与意义
:产酸拟杆菌作为一种被KRAS突变特异性富集的致病菌,通过其表面蛋白与宿主受体互作驱动结直肠癌进展,为靶向遗传-微生物正反馈环路提供了干预策略。③
菌群富集特征
:在全长16S rRNA测序及荧光原位杂交分析中,产酸拟杆菌于KRAS突变患者肿瘤及小鼠肠黏膜中显著富集,且其高丰度伴随KRAS突变患者的不良预后。④
表型选择性
:在体内外模型中,活菌或巴氏杀菌产酸拟杆菌选择性驱动KRAS突变细胞增殖及小鼠结肠成瘤,而对KRAS野生型对应物无显著影响。⑤
分子互作机制
:在质谱及共沉淀分析中,细菌外膜蛋白SusF直接结合宿主细胞膜蛋白ARHGEF2,通过抑制泛素化降解显著上调膜定位ARHGEF2蛋白水平。⑥
通路激活与干预
:SusF-ARHGEF2轴特异性导致KRAS-MEK-ERK信号通路超活化,而敲除SusF、敲除ARHGEF2或使用抗SusF抗体中和均显著阻断了该菌的促瘤效应。
【原文信息】
Bacteroides acidifaciens enriched by KRAS mutation promotes colorectal tumorigenesis
2026-09-04 , doi: 10.1016/j.chom.2026.08.010
中山六院李孟鸿/谢小珊等Cell子刊:胃癌菌"投毒"染色质重塑因子,驱动免疫逃逸
Cell Host and Microbe——[23.2]
①
研究背景与设计
:针对咽峡炎链球菌(SA)驱动胃癌免疫逃逸机制不明问题,整合临床队列与小鼠模型解析了跨物种表观遗传调控网络。②
核心发现与意义
:SA通过胞外囊泡递送染色质重塑因子劫持宿主转录,上调棕榈酰转移酶以稳定PD-L1,为SA阳性胃癌提供了联合免疫治疗新策略。③
现象发现
:临床样本和小鼠模型分析显示SA在胃癌中富集,其胞外囊泡(saEVs)通过发动蛋白依赖性内吞作用进入胃癌细胞,促肿瘤生长和免疫逃逸。④
免疫逃逸机制
:saEVs进入胃癌细胞后上调宿主细胞的棕榈酰转移酶ZDHHC11,后者通过棕榈酰化PD-L1的Cys272位点阻断泛素化降解,进而抑制CD8+ T细胞毒性。⑤
跨物种转录劫持
:saEVs中的细菌染色质重塑因子saSNF2进入宿主细胞核后,直接结合转录因子TEAD1,并依赖其ATP酶活性参与宿主BAF复合物组装,从而放大TEAD1对ZDHHC11及其他促癌基因的转录激活。⑥
临床预后与联合干预
:saSNF2高表达与患者不良预后相关,在小鼠模型中联合使用ZDHHC11抑制剂与抗PD-1抗体可协同抑制肿瘤生长。
【原文信息】
A microbial chromatin remodeler drives gastric cancer progression and immune evasion by reprogramming the host epigenome
2026-09-07 , doi: 10.1016/j.chom.2026.08.011
Cell子刊:降解马尿酸的尿液菌促肾结石,蔓越莓或可预防
Cell Host and Microbe——[23.2]
①
研究背景与设计
:针对草酸钙结石患者尿路微生物组差异,通过5R 16S rRNA测序、代谢组学及大鼠膀胱内注射模型,鉴定促结石病原菌及其机制。②
核心发现与意义
:解葡萄糖苷棒杆菌及其近缘种(统称为解葡萄糖苷棒杆菌样细菌)通过降解马尿酸及形成生物膜双重机制驱动草酸钙结晶,补充马尿酸或其前体的饮食干预是预防手段。③
病原菌鉴定
:与健康对照相比,草酸钙结石患者尿液中解葡萄糖苷棒杆菌样细菌显著富集,该菌在大鼠模型中促进草酸钙晶体的成核与聚集。④
促晶体聚集机制
:该菌依赖胞外DNA形成生物膜,促进草酸钙晶体聚集。⑤
促晶体成核机制
:该菌通过表达马尿酸水解酶降解尿液马尿酸(内源性结晶抑制剂)加速晶核形成;敲除马尿酸水解酶基因的突变株在大鼠模型中的致结晶能力显著减弱。⑥
干预策略效果
:抗生素利福平虽能杀菌但无法完全消除结晶且破坏肠道菌群,而补充马尿酸或饲喂富含苯甲酸(在体内转化为马尿酸)的蔓越莓,可抑制该菌驱动的结晶。
【原文信息】
Hippuric acid metabolism by Corynebacteriumglucuronolyticum-like bacteria promotes calcium oxalate crystallization
2026-09-08 , doi: 10.1016/j.chom.2026.08.009
Cell子刊:一种肠菌胞外多糖,精准燃烧内脏脂肪
Cell Host and Microbe——[23.2]
①
背景与设计
:针对肠道菌群调节内脏脂肪机制不明的问题,利用小鼠模型与细菌遗传学解析调控宿主脂肪代谢的共生肠菌效应分子及其与宿主互作的免疫代谢机制。②
总体概述
:人类共生菌Clostridium immunis分泌的磷胆碱修饰胞外多糖(EPS)通过降低IL-22水平,特异性增加内脏脂肪代谢活性,为减少内脏脂肪提供了潜在的微生物代谢干预策略。③
细菌活性鉴定
:口服C. immunis或其纯化EPS显著降低小鼠体重增加量(约13%)、血清甘油三酯(约25%)及内脏脂肪质量(约33%)。④
结构决定活性
:核磁共振与licABC基因突变模型证实,EPS发挥抗代谢疾病活性必须依赖其携带的磷胆碱修饰基团。⑤
宿主免疫机制
:EPS干预显著减少小肠第3群先天淋巴细胞(ILC3)数量并降低内脏脂肪IL-22水平,补充外源IL-22则逆转减脂效应。⑥
代谢效应机制
:IL-22水平降低驱动内脏脂肪中UCP1+细胞招募及产热基因显著上调,特异性增强内脏脂肪能量消耗。⑦
临床相关性
:人类粪便宏基因组显示,负责磷胆碱修饰的licC基因丰度与体重指数及血清甘油三酯水平呈显著负相关。
【原文信息】
A commensal-derived sugar protects against obesity by regulating immunometabolism
2026-09-23 , doi: 10.1016/j.chom.2026.08.018
Nature子刊:肠脑免疫轴新发现,肠道T细胞远程迁移守护硬脑膜
Nature Neuroscience——[20.3]
①
研究背景与设计
:针对肠道免疫刺激能否改变硬脑膜免疫状态的问题,利用多种肠道感染小鼠模型结合单细胞测序及空间成像技术评估了硬脑膜CD4+T细胞的表型与功能。②
核心发现与意义
:肠道感染驱动抗原特异性CD4+T细胞经CXCR6-CXCL16轴迁移至硬脑膜并形成长寿驻留记忆群体,为中枢神经系统抵御血源性肠道病原体提供了适应性防御机制。③
极化表型匹配
:硬脑膜CD4+T细胞极化状态严格伴随肠道刺激类型发生改变,DSS结肠炎或鼠柠檬酸杆菌诱导TH17,鼠伤寒沙门菌诱导TH1,曼氏血吸虫诱导TH2。④
归巢机制
:肠道活化的CD4+T细胞高表达CXCR6,而硬脑膜巨噬细胞是CXCL16的主要来源,阻断CXCL16或缺失Cxcr6显著抑制抗原特异性T细胞向硬脑膜归巢。⑤
功能验证
:肠道致敏后形成的硬脑膜记忆CD4+T细胞在静脉再感染时能快速扩增并分泌细胞因子,显著降低了病原体在中枢神经系统的负荷。
【原文信息】
Intestinal infections establish antigen-specific, long-lived memory CD4+ T cells in the brain and meninges
2026-09-08 , doi: 10.1038/s41593-026-02428-4