近年来,靶向蛋白质降解剂(TPD)逐渐走进人们的视野,以PROTAC、分子胶为代表的靶向蛋白降解技术已发展为小分子药物的重要模式。
从2019年首个PROTAC分子(ARV-110)进入临床开始,层出不穷的蛋白降解剂相继进入临床研究阶段。受益于独特的作用机制,蛋白降解剂不仅能靶向以往难成药的靶点,还为耐药患者提供了可选治疗方案。
图1. 蛋白降解剂发展时间线[1]
根据医药魔方NextPharma®数据库,蛋白降解剂早期研发主要围绕AR、ER、BTK等靶点。如今,蛋白降解领域迎来了新的发展阶段,研究人员正将目光投向更多新颖的靶标领域。
越来越多的蛋白降解剂管线显示,传统上难以成药的靶标(如IKZF1/3、GSPT1、VAV1、WIZ、BCL6等)正变得越来越容易实现(表1)。这一转变标志着靶向蛋白质降解技术的应用范围正在不断扩大,为药物研发带来了新的机遇和挑战。
表1. 靶向蛋白降解领域的靶点[2]
分子胶的新发现
科学家通过对来那度胺(FDA批准的多发性骨髓瘤药物)及其相关免疫调节药物(IMiDs)的作用机制进行深入研究,发现了这些药物能够结合并重塑E3泛素连接酶CRBN,进而促进转录因子IKZF1和IKZF3(IKAROS家族锌指转录因子1/3)的泛素化。研究人员进一步认识到,其他分子胶可能也具备重塑CRBN的潜力,从而能够靶向更多蛋白质。
尽管如此,早期进入临床的项目仍然集中在来那度胺所降解的靶点上。例如,Celgene(2019年被BMS收购)基于来那度胺类似物发现了CC-92480(又名mezigdomide),并对其进行优化,以降解IKZF1和IKZF3。目前,该药物正处于多发性骨髓瘤的III期临床开发阶段。此外,激酶CK1α作为来那度胺的另一个降解靶点,也成为了早期开发的重点。
GSPT1(G1 to S phase transition 1)是一种翻译终止因子,通过与eRF1结合识别终止密码子,迫使蛋白质在翻译后与核糖体分离。GSPT1的下调可导致多种肿瘤细胞中关键蛋白的异常表达,抑制肿瘤细胞增殖或诱导其凋亡。BMS在2016年首次将GSPT1降解剂CC-90009推进到临床阶段,但后来由于未公开的原因终止了该项目。
GSPT1的降解可能会关闭整体蛋白质翻译,并可能引发许多不良事件。为了提高GSPT1降解的有效性和耐受性,BMS转向了抗体-分子胶偶联物策略。BMS-986497分子将GSPT1降解分子胶和CD33靶向抗体结合,这样能更有效地将降解剂递送到癌细胞。
今年7月,诺华在Science杂志发表论文,他们发现了一种基于CRBN的、能够靶向转录因子WIZ的分子胶降解剂。该分子胶可以提高小鼠和灵长类动物体内的胎儿血红蛋白(fetal hemoglobin,HbF)水平。这一发现表明,分子胶有望为开发治疗镰状细胞病(SCD)的新药铺平道路。
新靶点,新征程
Monte Rosa是开发靶向GSPT1分子胶的先驱之一,他们研发的MRT-2359临床表现出色,在MYC驱动的实体瘤患者中具有良好的治疗指数和可耐受的安全性。随着其降解平台的建立,Monte Rosa发现了更多的靶点,VAV1就是其中之一。Monte Rosa首席执行官Markus Warmuth表示:“我确信,在过去10-20年里,大型制药公司的每个免疫学团队都曾关注过VAV1这一靶点。”
VAV1是一种鸟嘌呤核苷酸交换因子(GEF),与B细胞和T细胞的信号传导密切相关。Monte Rosa研发的VAV1降解剂MRT-6160在自身免疫性疾病动物模型中显示出临床前疗效,效果与标准治疗(JAK抑制剂和S1P调节剂)相当。目前,这种降解剂已进入临床I期试验,并将在自身免疫性疾病中进一步的试验。
此外,转录因子IKZF1和IKZF3是经典的CRBN的新底物。研究人员指出,数百种转录因子含有G-loop的C2H2锌指结构(包括IKZF2和WIZ),这为分子胶降解剂提供了更多潜在靶点。然而,像GSPT1和CK1α这样的非转录因子蛋白中的CRBN新底物,也携带G-loop降解结构域,使它们也处于IMiDs的作用范围内。
目前,大多数分子胶是偶然发现的。人体内有600多种E3连接酶,但目前的分子胶大多是基于CRBN,所以开发可招募除CRBN外的其他E3连接酶的分子胶,成为理性设计的重要策略。
SEED Therapeutics正在研发一种利用DCAF15连接酶降解剪接因子RBM39(一种调节mRNA前体剪接的蛋白质)的分子胶降解剂,该公司的ST-00937分子能够通过重塑DCAF15来泛素化RBM39,目前处于临床前阶段,预计明年进入临床阶段。除ST-00937外,SEED Therapeutics还有近10款在研药物,它们都不依赖于常用的CRBN和VHL(另一种常用的E3泛素连接酶)。
PROTAC的探索之路
异双功能降解剂(heterobifunctional)是一种“哑铃状”分子,具有独特的结构:一端结合目标蛋白(POI),另一端则与E3泛素连接酶相互作用。首批进入临床的蛋白降解剂主要集中在已有上市药物的靶点。
然而,Kymera Therapeutics采取了不同的策略,专注于开发哪些尚未有上市药物的靶点。Kymera Therapeutics的首个进入临床的PROTAC项目靶向IRAK4,这是一个在调节IL-1受体和Toll样受体(TLR)信号通路方面具有重要的作用的蛋白。由于IRAK4的活性既包括酶活性,也包括作为骨架蛋白的功能,因此蛋白降解剂可能比酶活性抑制剂具有更好的效果。Kymera Therapeutics的潜在first-in-class蛋白降解剂KT-474目前处于IIb期试验中,它是首个进入非肿瘤学适应症领域中,进入临床开发阶段的PROTAC分子。
Kymera Therapeutics的下一个临床候选药物KT-621是一种靶向STAT6的PROTAC分子,能够用于特应性皮炎(AD)、哮喘以及慢性阻塞性肺病等疾病。今年10月,Kymera宣布其KT-621的IND已获FDA批准,预计将在不久后在健康志愿者中开展I期试验。
BCL6是一种转录抑制因子,它通过BCL6的BTB结构域招募辅助抑制因子,调节B淋巴细胞的分化,并在生发中心(GCs)的形成中发挥作用。由于BCL6在转录抑制因子复合体中的不受调控的表达和支架作用,使其成为一个理想的PROTAC靶点。
Arvinas公司研发的ARV-393是一种靶向BCL6蛋白的PROTAC药物,目前正在进行临床I期研究。初步研究显示,ARV-393在体内外均能显著降解BCL6,并在多种肿瘤异种移植模型中表现出良好的肿瘤生长抑制(TGI)效果。BMS-986458是由BMS研发的一种BCL6降解剂,目前也处于临床I期,用于治疗非霍奇金淋巴瘤。
结语
从最初偶然发现的沙利度胺,到如今几百条蛋白降解剂管线;从开发已有上市药物的成熟靶点,到探索新一代靶点;从肿瘤领域,到神经退行性疾病、自身免疫性疾病、炎症性疾病等领域……蛋白降解的应用正被不断拓宽,随着更多新靶点的探索和新药物的开发,蛋白降解技术有望在未来实现更多的突破和创新。
参考资料:
[1]Brandon Dale et al. Advancing targeted protein degradation for
cancer therapy. Nature Reviews Cancer(2021)
https://www.nature.com/articles/s41568-021-00365-x
[2]Asher Mullard. Protein degraders push into novel target space.
Nature Reviews Drug Discovery(2024)
https://www.nature.com/articles/d41573-024-00170-9
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