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一文读懂 《红斑狼疮及相关综合症》
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一、系统性红斑狼疮的遗传学研究
遗传学在系统性红斑狼疮(SLE)的易感性和该病在人群及临床表型异质性中起着至关重要的作用。对SLE患者的一级亲属和配偶的研究表明,SLE具有多基因遗传特征,估计其遗传率为44%[1]60%[2]。Deapen等[3]的一项双胞胎研究发现,同卵双胞胎的一致率为24%,而异卵双胞胎的一致率仅为2%。这些研究支持了SLE具有显著的遗传效应。阐明遗传因素在SLE发病机制中的作用,有助于我们深入了解疾病的发病机制,发现新的治疗靶点,并推动个性化疾病管理的发展。
(一)早期系统性红斑狼疮遗传学研究
20世纪70年代,研究报道了补体缺乏与SLE之间的相关性[4],随后又发现了SLE与HLA-I类基因变异存在关联性[5]◎早期的遗传关联研究依赖于微卫星标记的基因分型、限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)和聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)后的Sanger测序等技术。这些研究往往依靠候选基因,样本量小,研究质量参差不齐。尽管存在局限,在全基因组关联研究(genome-wide association studies,GWAS)时代之前,仍有部分关键易感基因被成功鉴定,并经受住了时间的考验。这些基因位点包括FCGR2A[6]、IRF5[7,8]、TYK2[8,9]、PTPN22[10-13]。
(二)GWAS
GWAS通过无假设、全基因组范围的基因分型,对数千到数万例病例和匹配对照中检测数十万个单核苷酸多态性,彻底革新了SLE的遗传学研究格局。STAT4[14]、ITGAM、PXK、TNFAIP3、BLK是最早被确定与该疾病密切相关的基因座[15 18]
对非欧洲人群的研究拓宽了SLE相关遗传变异的范围,并为跨祖先比较研究提供了可能[19-22]。得益于聚焦免疫相关区域的基因芯片设计,研究者以较低成本在大规模样本中开展基因分型,从而在亚洲[23]、欧洲、非洲和拉丁美洲印第安人等祖先中获得了重要发现[24]。这些研究整合早期研究数据和新增样本的基因分型进行Meta分析,推动已识别的关联位点数量迅速增加[25,26]。我们预计这一趋势将在未来数年持续。由于内容篇幅限制,此处不再一一列举,读者可参考其他优秀综述[27 30]和GWAS数据库(https://www.ebi.ac.uk/gwas/)获取最新的SLE遗传学进展。目前已发现超过150个SLE风险基因/位点,其中部分基因清晰聚焦于特定的分子通路中,有助于解释该疾病的发病机制及其临床异质性,并为临床试验设计和疾病管理中的患者分层提供了方向。本文将重点关注这些分子通路及相关的SLE风险基因,并着重阐述遗传学发现的功能意义。
二、系统性红斑狼疮易感基因在细胞死亡和自身抗原清除中的作用
参与细胞凋亡、自噬和细胞碎片清除的基因长期以来被认为与系统性红斑狼疮有关。任何可能导致细胞大量且持续死亡或碎片清除的缺陷,都可能引起自身抗原的泄漏,尤其是游离DNA和核蛋白,从而导致新表位呈递给B细胞[31]。核内自身抗原的积累会导致浆细胞样树突状细胞成熟,这些细胞产生大量IFN-I,并诱导自身反应性B细胞活化。
(一)补体和核酸酶
C1q和DNase I(由DNASE1编码)协同降解染色质,并且只有在C1q存在的情况下才能有效清除[32]。完全缺失任何一个经典补体途径的基因(C1Q、C1R/S、C2、C4A和C4B)、DNASE1中的无义突变都会导致类似SLE的表型[33,34]。已证实突变可以降低TREX1外切核酸能力,从而引发自身免疫反应[35]
1.NCF1和NCF2 中性粒细胞胞质因子1和2分别由NCF1和NCF2编码,它们是多蛋白NOX2的亚基。该氧化酶产生的大量活性氧自由基(reactive oxygen species,ROS)对于中性粒细胞吞噬功能至关重要。NCF1(rs201802880,Arg90His)和NCF2(rs17849502,His389Gln)这两个变异可能是SLE相关变异中影响最大的。NCF1(Arg90His)变异的发现是一个基于GWAS研究结果来确定功能性变异的例子。NCF1位于7q11.23区域,该区域存在片段重复,给遗传学研究带来了困难。基于种族间差异连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD)的精细定位、对风险单倍型进行测序,对确定功能性致病变异是必要的[36]。
2.ITGAM和SLC29A3 ITGAM编码CD11b,其在补体包被颗粒和免疫复合物的吞噬,以及白细胞凋亡、黏附和迁移的调节中发挥作用。尽管该基因在亚洲人群中的风险变异等位基因频率较低,但与欧洲人[15,16]和亚洲人[37]的SLE均有关。SLE风险变异损害了吞噬功能,导致免疫复合物清除异常[38]。同样,SLC29A3编码一种溶酶体核转运蛋白,其在巨噬细胞清除凋亡细胞中起关键作用[39]。2022年的一项研究发现,SLC29A3中的一个内含子变异rs780669与亚洲人的SLE相关,但在欧洲人中不相关[40]
(二)参与细胞死亡和清除的其他基因
ATG5编码了经典自噬和LC3相关吞噬作用(LC3-associated phagocytosis,LAP)所必需的一种成分。ATG5第一个内含子中的rs573775与SLE有关[15]。rs11235604是ATG16L2中的一个错义突变,ATG16L2也是一个参与自噬的基因,在东亚人中发现与SLE相关[41,42],但在欧洲是单一同态性的[25]。其他参与细胞死亡和细胞碎片清除的SLE易感基因包括HIP1[19]、CDKN1B、DRAM1[43]和CLEC16A[18]。
三、FcY受体
人类1q23.3区域包含五个低亲和力FCGR基因,即FCGR2A、FCGR2B、FCGR2C、FCGR3A和FC-GR3B,编码FCGR I和FCGR受体家族。FcY受体参与多种免疫功能,包括吞噬IgG包被的免疫复合物、抗原呈递细胞(如pDC)的活化与分化,以及T细胞的活化和浆细胞的存活[44]。其中,FCGR2A是最广泛表达的激活型FCGR,在TLR7和TLR9的活化中起关键作用(图5-1)。rs1801274是FCGR2A的一个错义突变(His167Arg),与SLE[15]及其他几种自身免疫疾病有关。有趣的是,该变异还被发现与多种B细胞上BAFFR表达、单核细胞上CD11b和CD40表达有关[45]。FCGR2B是唯一的抑制性Fc受体,它可以提高BCR信号转导的激活阈值[44]。功能障碍改为功能失调,抵抗疟疾改完预防疟疾[46]FCGR3B的拷贝变异可能影响IC的清除,也与SLE相关[47]
四、系统性红斑狼疮易感基因在TLR和IFN-I信号转导中的作用
由自身抗体靶向核酸或核酸结合蛋白形成的免疫复合物显著增加IFN-I的产生。这涉及刺激TLR3和TLR7,从而激活IRF3、IRF5、IRF7。IRF的激活及其核内转移诱导IFN-u、IFN-β及其他炎性细胞因子的表达(图5 1)。大量IFN-a诱导共刺激分子(如CD80)的上调,导致自反应性CD4+T细胞的扩增,从而增强自身反应性B细胞的增殖和存活[48]SLE患者外周血细胞中ISG过表达的现象被称为IFN特征[49-51]。这一过程涉及JAK/STAT通路,其中许多基因与SLE相关(图5 2)。FDA已批准使用IFN-I阻断单克隆抗体阿尼鲁单抗用于治疗SLE[52],强调了IFN-I在SLE发病机制中的作用。
(—)TLR7
TLR7的3'UTR中的一个功能性SNP(rs3853839)在四大主要种群中与SLE有关[53,54]。其风险等位基因使miRNA-3148结合减少,导致TLR7转录本降解减少和TLR7水平升高[54]。TLR7功能获得性突变被证明可引起早发且严重的狼疮,可能是通过延长活化的自身反应性B细胞和ABC的存活时间,这两种细胞都参与自身免疫[55]
(二)IRF5和IRF3
多个独立研究似乎参与到IRF5的关联研究中[7,56,57]。抑制IRF5被证明可缓解狼疮表型并提高狼疮小鼠的存活率[58,59]。2020年,IRF3的rs7251被报道与SLE[60]和自身免疫性甲状腺疾病相关[61]。
(三)IRF7
IRF7及其周围区域的变异与SLE有关[15,18,21,62]。在IRF7中的错义突变rs1131665(Gln412Arg,其中412Gln是风险等位基因)导致了更强的IFN刺激反应[62]。rs12805435与包括rs1131665在内的SLE相关变异高度连锁不平衡,在LPS、IFN-β和流感病毒刺激下,rs12805435被证明是IRF7的eQTL,但在静息状态下则不是。在流感病毒刺激下,rs12805435作为反式eQTL与组IFN-u基因的表达相关[63]。这些发现表明,许多遗传变异可能在特定的细胞和分子背景下发挥作用,给确定其功能特性带来了挑战。
图5-1 TLR/IRF信号转导
含有核酸的免疫复合物通过pDC表面表达的FCGR2A受体被内化,在此过程中激活TLR7/9 c TASL和SLC15A4参与IRF5的募集和激活。多个易感基因,包括IRAK1、TRAF3、BANK1和PTPN22,是IRF7激活过程中的参与者或调节因子。IFIH1编码病毒RNA传感器,参与NF-KB通路的激活和IRF3的激活。STIM1将STING锚定在内质网上,限制STING信号转导。TRAF3和IKBKE也参与调节IRF3的激活。p65由RELA编码,与p50形成异二聚体。TLR7/9/3的激活诱导IRF5、IRF7、IRF3和NF-KB复合物活化及向细胞核内迁移,在那里它们诱导IFN-u、IFN-β及其他炎症细胞因子的表达。IRF5和IRF7、IRF3和IFNA17本身也是SLE的易感基因。与SLE相关的基因用红色标记,与SLE关系未知的分子用黑色标记或不标记。细箭表示激活,粗箭表示抑制或阻止
(四)IFN-
9p21.3是一个包含许多IFN-I基因的区域。有趣的是,位于IFNA17附近的rs4978037和rs7858766在东亚人和欧洲人中均被发现与SLE有关[25,26]。这表明除了诱导IFN-I表达的基因外,IFN-I基因附近的顺式反应元件也与该疾病相关。
(五)miR-146a和USP18
TLR/IFN-I信号通路的负调控因子失调也可能在SLE中发挥重要作用。在SLE患者中观察到成熟miR-146a水平降低,并且与疾病活动度相关[64]。位于miR-146a启动子区域的SLE相关SNP,其风险等位基因与miR-146a表达减少有关,可能是通过减弱与ETS1结合所致[65]。rs4819670位于USP18的内含子中,在东亚人群中与SLE相关[26]。USP18编码一种蛋白质,该蛋白通过与JAK1竞争结合IFNAR2来作为IFN途径的主要负调控因子(图5-2)。已知USP18的突变会导致人类IFN I异常诱导[66]。
(六)TASL和SLC15A4
CXorf 21是一个逃逸X染色体失活并响应IFN信号的基因,其表达在两性之间存在差异[67]。它与欧洲人[56]和亚洲人[68]的SLE有关。编码的蛋白质现称为溶酶体上的TLR适配器与SLC15A4相互作用(TLR adaptor interacting with SLC15A4 on the ly-sosome,TASL),与内体转运蛋白SLC15A4相互作用。TASL介导IRF5的募集和活化,并作为TLR7、TLR8和TLR9信号转导的先天免疫适配器[69]。SLC15A4本身与疾病相关[19,21,41,43](图5-1)。
图5-2 系统性红斑狼疮(SLE)中的IFN信号转导
SLE患者外周血细胞中大量ISG的高表达是该疾病的一个标志,被称为IFN特征。参与这一过程的有JAK2、TYK2和IFNLR1,这些基因与SLE有关。主要的负调控因子USP18也是SLE的易感基因。IFNA17附近的变异也与该疾病相关,其可能通过对IFN-I基因表达诱导的差异反应参与其中。相关基因用红色标记,与SLE关系未知的分子用黑色标记或不标记
(七)IFIH1
IFIH1编码MDA5,该蛋白能识别dsRNA。IFIH1的变异与多种群的SLE有关[18,21,24,70]。表达rs1990760(Ala946Thr)风险等位基因(编码Thr946)的人类PBMC表现更高的基础和配体刺激的IFN-I生成水平。表达这一风险变异的小鼠在致死病毒感染中存活,并在自身免疫动物模型中表现出更高的外显率,这与一些自身免疫变异体在增强抗感染功能的同时赋予自身免疫风险适度增加的进化特征相符[71]
(八)STIM1
rs3750996位于STIM1的3'UTR区,与亚洲人的SLE有关[26]。STIM1是一种内质网钙传感器,它锚定并保留内质网上的STING,进而限制STING信号转导[72](图5 1)。STIM1还通过IL-10的生成来调控B细胞调节功能[73]
(九)IFN-I(IFN-Y)和IFN-II信号
最近发现IFNLR1(rs113333331)上游1bp的缺失与SLE相关,该变异与IFNLR1表达增加有关[40](图5-2)。此外,IFN-I(IFN-Y)在SLE中也起重要作用,由IFN-I和IFN Y激活的下游基因往往难以区分。每类IFN均可通过不同的信号机制促进自身反应性B细胞的生成和自身抗体的产生[74]。其他参与TLR/IFN-I通路的位点包括IRAK1[75]、IRF8[21,56]等(图5 1)。
五、NF-B信号
(—)TNFAIP3和TNIP1
据2008年报道,编码A20的基因TNFAIP3与SLE相关[17,76]。A20是NF-KB信号转导的主要反馈抑制因子。TNIP1的相关性最初由Gateva团队报道[18],并被其他研究团队重复验证。TNIP是A20的功能伙伴,也是炎症信号转导的关键抑制因子[77](图5 1)。
(二)UBE2L3
2011年多个研究团队报道UBE2L3与SLE的关联性[78-80]。rs140490风险等位基因增加了B细胞和单核细胞中UBE2L3的表达,增强了NF-KB的活化。SLE患者中的UBE2L3表达高于对照组,并且与SLE患者浆母细胞和浆细胞分化增加有关[81]UBE2L3可能通过增强CDKN1B的降解来促进细胞增殖[82]。CDKN1B本身也与该疾病相关[43]。
(三)RELA
在一项关于美洲印第安人的研究中,报道了RELA原癌基因,NF-KB亚基(RELA)与SLE相关,但未达到全基因组显著性(rs931127)[83]。Wang等报道东亚人和欧洲人中rs2009453的关联性,但欧洲人群中的效应性相对较小[25]。这两个SNP在不同种群中几乎完全连锁,从而支持了该位点的关联性。尽管RELA在功能上最为相关,但这是一个基因丰富的区域,致病基因及其关联机制仍需进一步阐明。
(四)IKBKB和IKBKE
尽管在东亚人群中报道了IKBKB中的错义突变(rs2272736)和疾病相关[26],但这关联的有效性仍需进一步验证。位于IKBKE启动子区域的rs2297550与中国人群和欧裔人群的SLE均有关联[21]。Yin及其团队报道了位于IKBKE上游的rs4844538与东亚人SLE相关[26]。这两个SNP之间存在中等程度的连锁不平衡。IKBKE和IKBKB都是NF-KB通路的关键调节因子(图5-1)。
六、系统性红斑狼疮遗传变异在B细胞信号中的作用
自身抗体的产生是SLE的一个重要标志,而自身反应性B细胞是该疾病的核心[84]。近年来,针对B细胞的生物制剂已成为新型SLE治疗研发重点。贝利尤单抗是一种靶向BAFF的单克隆抗体,是半个世纪以来首个获得FDA批准用于SLE治疗的药物。在Owen及其团队的研究中,通路分析表明,在非裔美国人中,疾病进展一定程度上由异常的B细胞活动驱动[85]。通过比较种群对相关位点的影响,Wang等认为东亚人与欧洲人相比,B细胞功能可能更受遗传影响[25]
(—)LYN
LYN原癌基因,Src家族酪氨酸激酶(LYN)是BCR信号转导中的关键分子。LYN中的两个内含子变异(rs7829816,rs2667978)达到全基因组显著性[15],这得到了rs2953898的关联支持,在欧洲人群中rs2953898与rs2667978具有高度连锁不平衡[24]。
(二)TNFSF13B
BAFF由TNFSF13B编码,通过其三个受体(BAFFR、TACI和BCMA)在B细胞存活中发挥关键作用。BAFF过表达导致自发性生发中心形成、边缘区B细胞增多、自身反应性B细胞的正向选择[86]。Steri等发现TNFSF13B的3'UTR存在一个与SLE相关的功能性插入缺失变异[87]。对撒丁岛人群的研究发现,该风险等位基因还与可溶性BAFF、B淋巴细胞和免疫球蛋白水平升高有关。尽管这一变异在撒丁岛人群较为常见(频率为26.5%),但在欧洲大陆北部逐渐减少[87],并且在东亚人群中完全不存在[88]
(三)TACI
插入Steri等的研究结果几乎一致,TNFRSF13B中的SNP rs34562254,编码TACI(Pro251Leu)的错义突变,在中国人群中与SLE相关,但在欧洲人群中则不相关[25]。在TLR信号增强的作用下,TACI通过MyD88激活mTOR,启动边缘区B细胞增殖、IgG类别转换和浆母细胞分化[89]。风险等位基因在亚洲人中频率高于全球其他人群[25]。TNFSF13B和TN-FRSF13B的风险等位基因在近代人类历史中被正向选择[25,87],可能是因为它们增强了抗感染功能,如对抗疟疾。
(四)PTPN22
PTPN22是T细胞和B细胞信号转导的主要负调节因子。PTPN22与SLE的关联已得到广泛研究。在候选基因研究中发现,编码PTPN22错义突变(C1858T,Arg620Trp)的SNP rs2476601与SLE相关[10,11],这一发现后来被欧洲人群的GWAS确认[15]。有趣的是,这一位点在东亚人群中是单一同态性[25],根据HapMap数据,其他非欧洲人群中风险T等位基因较为罕见。老年小鼠表达该基因中的类似突变(Arg619Trp,619Trp作为风险突变)时,效应T细胞以及过渡性、生发中心型B细胞和ABC增加,并产生了自身抗体和全身性自身免疫反应[90],这支持PTPN22在维持B细胞耐受方面起到的作用。
(五)CSK
CSK是PTPN22的功能伙伴,共同负向调节BCR和TCR信号[91]。CSK的一个内含子变异(rs34933034)被发现与SLE相关[92]。Langefeld等报道了rs1378942[24]而Yin等则发现一个同义SNP(rs11553760)[26]。这些SNP之间存在最小的连锁不平衡,表明该位点可能存在多种独立的关联机制。
(六)TRAF3
TRAF3是CD40和BAFF信号通路的关键负调控因子,TRAF3降解是非经典NF-KB通路下游激活的必要条件[93]。因此,TRAF3是B细胞存活和淋巴器官发育的强大抑制因子[93,94]。在亚洲人和欧洲人中发现TRAF3内含子SNP(rs12148050)与SLE相关[25]。PTPN22与CSK和TRAF3相互作用,而PTPN22的Arg620Trp变异体降低了PTPN22与这两种分子的结合亲和力[91]。
(七)CD40和FCRL5
CD40通路是SLE发病机制和自身抗体生成的核心[95](图5 3)CD40(rs4810485,一个内含子变异)被报道与SLE有关[24,96].FCRL5是一种新型IgG受体,可抑制B细胞活化[97]。最近发现FCRL5具有双重信号转导能力,与CD21共结合可将FCRL5从负向转为正向受体[98]rs11264750和rs112806509(高度连锁不平衡)位于FCRL5内含子中,最近在东亚人群中被报道[25,26],而在欧洲人中这些变异较为罕见。
图5-3 BCR信号
CD40和BAFF信号是B细胞发育中的主要共激活途径,通过激活NF-KB和AKT实现。TRAF3是这些途径的负调节因子。BCR信号通过LYN和BTK等传导,并通过激活和转位到细胞核中诱导AP-1、NFAT和NF-KB的基因表达。TNIP、TNFAIP3和UBE2L3是NF-KB活化的调节因子。PTPN22和CSK是BCR信号的负调节因子。BLK和BANK1也是BCR信号的主要参与者。CD45和FCGR2A的激活通常增强BCR信号,而FCRL5和FCGR2B则是抑制性调节因子。作为新的SLE易感基因,TAOK3调节Notch2信号。一些重要的B细胞发育转录因子也是SLE的易感基因,包括BACH2、ETS1、PRDM1和IRF4B细胞信号过程的失调会增强自身反应性B细胞、年龄相关B细胞的活化和存活,以及自身抗体的产生。相关基因用红色标记,与SLE关系未知的分子用黑色标记或未标记
(八)TAOK3
据报道,TAOK3(Ser47Asn)的错义SNP(rs428073)与SLE有关[99],这一发现也在亚洲和欧洲人群的GWAS Meta分析中得到了重复验证[40]。TAOK3参与边缘区B细胞的发育[100],通过防止SHP-1介导的LCK过早失活,成为TCR信号转导的正向调节因子[101]RASGRP1的内含子SNP(rs8035957和rs7170151)与亚洲人和欧洲人的疾病有关[25,26]。rs13385731位于RASGRP3的一个内含子中,也与SLE相关[19,25,26]。RasGRP1和RasGRP3对于早期胸腺祖细胞的有效生成是必需的[102],并且通过BCR-Ras信号通路参与B细胞增殖[103]
(九)IL7R
研究观察到SLE与IL7R下游rs6871748相关[25],与多发性硬化症相关变异高度LD,这些变异被证明会影响IL-7RA蛋白可溶性和膜结合亚型的相对量[104]。IL-7R对于淋巴细胞发育和固有淋巴细胞的维持至关重要[105]。IL-7R与前BCR和CXCR4协同作用,协调B细胞祖细胞在骨髓微环境中的正确定位,以及其通过前B细胞检查点的进程[106]。参与BCR信号转导的易感基因还包括BLK[16]和BANK1[107],这两个基因在SLE遗传学中被广泛研究。
七、系统性红斑狼疮遗传变异在T细胞信号转导中的作用
T细胞在SLE发病机制中发挥重要作用,主要通过产生炎症细胞因子、自身反应性记忆T细胞的积累、调节性T细胞的缺陷,进而导致不受控制的免疫应答[108](图5-4)。
(一)HLA-II类基因
HLA区域在GWAS结果中始终与SLE表现出最显著的关联性[15,18,19]。rs3135394[18]和rs9268807[26]位于HLA-DRB9附近,rs9270984位于DRB1附近[43],rs7753017位于DQB2附近,这些变异是该区域报道的众多变异之一。HLA-DRB1(*)03:01DRB1(*)08:01[109]和HLA-DRB1(*)15:01[110,111]是一些与SLE强相关的HLA-类基因等位基因。在Kim等的研究中,DRB1中的三个氨基酸位置似乎解释了该区域的大部分关联[112]。值得注意的是,这一区域具有复杂的LD结构,统计上定义独立效应的能力往往不足。很可能是与HLA-II类基因表达水平相关变异或其他机制也在该区域的关联中起作用[113]◇最近的研究表明,HLA-I类基因的SLE风险等位基因可能参与了通过抗dsDNA抗体对DNA的识别过程[114],从而为这些关联提供了一些机制上的解释。
(二)TNFSF4
OX40L,由TNFSF4编码,通过在B细胞上的表达支持浆细胞发育和滤泡辅助性T细胞的发育。B细胞中OX40L的缺失会阻碍脾脏Tfh细胞的生成,并改善小鼠模型中的自身免疫表型[115]。TNFSF4与SLE的关联性,在家系研究设计和病例对照研究设计中都有报道[116],并在后续的研究中得到了重复验证。
(三)PTPRC(CD45)
位于PT PRC(编码CD 4 5)上游的SNP rs34889541与SLE相关[21,26]。CD45是TCR和BCR介导激活的关键调节因子[117]。CD45的表达水平已被证明在平衡初始B细胞发育和自身反应性方面起着重要作用[118]
(四)CTLA4和CD80
CTLA4下游的SLE相关rs3087243也与CTLA4表达水平相关[25,119]。同样的SNP已被证明与类风湿关节炎和1型糖尿病相关。CTLA4是T细胞免疫应答的重要负调节因子,而CD80(编码CD28和CTLA4的伴侣蛋白,并在抗原呈递细胞中表达)也与SLE相关[43]。
(五)DEF6
位于DEF6鸟嘌呤核苷酸交换因子(DEF6)第一个内含子中的SNP rs10807150被发现与SLE有关[23],也得到了其他研究证实[25,120]。DEF6是Rho GTP酶CDC42和RAC1的特异性鸟嘌呤核苷酸交换因子,参与TCR信号转导。缺乏DEF6的患者表现出CTLA4表面转运调节受损和功能性CTLA4可用性降低[121]。DEF6还可能参与年龄相关B细胞的积累,这是自身免疫疾病中关键细胞类型[122]
(六)DUSP22
rs6927090、rs9503037和位于DUSP22上游的SNP与亚洲人SLE相关[25,26]。DUSP22可通过失活LCK下调TCR信号转导[123]。敲除DUSP22的T细胞表现出细胞增殖和细胞因子产生增强,突变小鼠自发发展出炎症和自身免疫[123]
图5-4 T细胞信号转导
HLA-I类易感等位基因可能在抗原呈递过程中导致耐受性丧失和自身抗体产生中发挥作用。TCR激活时,NF-KB、NFAT、AP-1和Myc信号通路被激活,诱导对T细胞生存和发育至关重要的基因表达。PTPN22、CSK和DUSP22是TCR信号的负调节因子,而TAOK3防止LCK过早失活。共激活信号包括CD45、OX40和CD28,而CTLA4是TCR信号的负调节因子。CD69、IRF4和IL2RA的表达,以及IL-2和IFN-Y等细胞因子对于T细胞激活至关重要。相关基因用红色标记,与SLE关系未知的分子用黑色标记或未标记
(七)CXCR5和RGS1
在亚洲不同人群中发现,位于CXCR5上游的三个SNP与SLE有关,并且它们之间没有连锁不平衡:rs4936441[26]、rs10892301[124]和rs6589706[125]。作为趋化因子受体,CXCR5促进Tfh细胞迁移到B细胞滤泡中[126]。自身免疫相关RGS1影响Tfh细胞的频率。RGS1位点与SLE的关联在亚洲人中似乎比在欧洲人中更为显著[24,25]
(八)GRB2和PDCD5
GRB2中的rs930297在亚洲人和欧洲人中均相关[22,25,56]。GRB2参与了Th1和Th17细胞分化,是基底酪氨酸磷酸化的负调节因子[127,128]。rs2540119位于PDCD5的第一个内含子中,2021年Yin等在亚洲人群中报道了这一发现[26]。PDCD5似乎通过与FOXP3相互作用来增强调节性T细胞的发育,FOXP3是Treg细胞的关键转录因子[129]。
(九)WDFY4
WDFY4与SLE的关联在2010年被报道[20],并随后被多项研究验证[41,56]。WDFY被发现是经典树突状细胞(cDC1)的关键分子,负责向CD8+T细胞呈递病毒或肿瘤来源的抗原[130]。WDFY4区域是人类近代史上基因组中正向选择最多的区域之[131]
(十)CD37
rs3760667和rs8108669与SLE相关,并且两者均与CD37接近且LD较高[25,26]。CD37在T细胞增殖中起调节作用[132],是B细胞恶性肿瘤治疗的关键靶点[133]
八、IL-l2和JAK/STAT信号
(—)IL-12A和IL-12RB2
欧洲人[24]和亚洲人[25]中IL-12A下游的SNP与SLE相关。IL-12RB2内含子中多个SNP与不同种群SLE相关[18,24,25,56]。这些变异彼此之间的LD有限,这表明该位点可能存在潜在的独立致病因素和机制,包括调节IL-12RB2的表达[119,134]。这些发现支持了IL-12通路在SLE中的作用。IL-12A和IL-12RB2都参与了多个涉及JAK/STAT激活的信号通路,从而导致IFN和免疫细胞发育关键转录因子的表达[135](图5 5)。
(二)STAT4、JAK2和TYK2
STAT4是最早报道与SLE相关联的位点之 [14,136]。2016年报道了JAK2 5UTR中的rs1887428与SLE相关[21],并在2021年得到证实[26]。TYK2中rs2304256编码的Val362Phe,该位点与SLE的关联最早于2005年报道[8],并在随后对欧洲人群研究中得到证实[24,56]。尽管研究样本量充足,但在亚洲人群中几乎没有证据表明该位点与SLE有关[25]。JAK/STAT信号通路在多种免疫功能中发挥关键作用。
九、系统性红斑狼疮中的转录因子和表观遗传修饰因子
免疫系统发育缺陷和对感染和其他环境因素的反应失调可能是导致SLE发生发展的重要因素,与该疾病相关的大量基因编码转录因子或参与表观遗传修饰的蛋白质,它们可能在SLE发病机制中发挥重要作用。
图5-5 系统性红斑狼疮(SLE)相关基因参与IL-12IL-35和IL-23信号通路
IL-12信号主要诱导IFN Y的表达,并参与Th1细胞发育。IL-12A IL-12RB2、JAK2、TYK2和STAT4均与SLE有关。IL-23信号包括多种炎症细胞因子的表达,并参与Th17细胞的发育。IL-35在SLE中的确切作用需要进一步研究。相关基因用红色标注。与SLE关系未知的分子用黑色标记或未标记
(—)IKZF1
IKZF1与SLE的关联在亚洲人和欧洲人中均有报道(rs4917014)[19,25,137]。Westra等的研究显示,rs4917014与IKZF1的表达水平呈强正相关,表现为顺式效应。rs4917014的风险等位基因通过反式效应,与多种ISG的高表达及补体C1QB的低表达有关[119]。IKZF1中的致病性突变可导致B细胞缺陷或类似自身免疫的表型,包括SLE,具体取决于突变的性质[138]
(二)BACH2和PRDM1
rs597325是BACH2中的内含子SNP,与SLE相关[21,26]。BACH2调节浆细胞分化的时间并促进抗体类别转换[139]。由PRDM1编码的BLIMP1是B细胞分化的关键转录因子。浆细胞的发育依赖于PAX5和ETS1的减少,并且同时BLIMP1增加[140]2009年在欧洲人群中报道了PRDM1的关联[18,19]并在其他种族中得到了重复验证[21,24,141]。尽管不是SLE的易感基因,但PAX5的基因组结合位点在与SLE相关的区域高度富集[25]
(三)ETS1
ETS1与SLE的关联首次在亚洲人群中被报道[19,20],并在欧洲人群中得到证实[25,137]。多项研究支持ETS1低表达可能是其与SLE相关联的机制[20,142]。作为免疫的关键转录因子,ETS1在SLE中的作用可能具有多重性[65],尽管Kim等的研究表明,在缺乏ETS1的动物中,Tfh细胞在狼疮样表型的发生中起着关键作用[143]。Tfh细胞为自身反应性B细胞提供重要的生存、分化和成熟信号。
(四)TET3
位于TET3上游的rs6705628与亚洲人的SLE有关,而在欧洲人中该等位基因频率非常低[25,43]。TET3参与DNA甲基化过程,有助于B细胞耐受性和自身免疫发生[144]。其他可能的致病基因涉及转录或表观遗传修饰,包括RERE[25]、LBH[21]、ARID5B[43,56]、CDKN1B[43]、KLF2和DOT1L[120]。需要进一步的功能研究来阐明这些关联在SLE发展中的机制。
十、遗传学发现的应用
目前,我们已经发现了超过150个与SLE相关的风险位点,这些位点都达到了全基因组显著水平,而且这个数字还在迅速增长。我们如何将这些集体知识转化为针对每个SLE患者的临床护理呢?多基因风险评分的估计(polygenic risk score,PRS)(根据SLE的风险等位基因效应大小和数量计算),总结了每个个体遗传因素的综合影响,在临床应用中显示出了一线希望。例如,通过受试者工作特征曲线下面积(area under curve,AUC)评估,Wang等[25]在将PRS应用于祖先匹配队列时,获得了0.76的AUC值,使用疾病分类的最佳阈值,其灵敏度为73.4%,特异度为65.4%。PRS十分位数最高的人群患病风险是十分位数最低人群的30倍[25]。尽管这可能不适用于一般人群的风险预测,但在某些情况下,或许会成为临床决策的考量因素,如在自身免疫疾病家族史人群中确定具有最高遗传风险的个体,或自身抗体阳性的人群中确定此类个体,或在符合诊断标准之前确定其他早期临床表型。
PRS可用于对患者分层,以便进行个体化治疗。Chen等报道称,在欧洲人和东亚人中,PRS与肾病呈正相关,与发病年龄呈负相关[145]。在Reid等的研究中,高PRS四分位数的患者平均发病时间比低PRS四分位数的患者早6年,并且损伤累积和终末期肾病的发生率更高[146]。2021年的一项基于通路的遗传分析显示,TCR或BCR信号通路阳性的患者器官损害更明显[147]。这些结果清楚地表明,PRS可能在疾病的临床管理中发挥作用。
十一、未来方向
目前大多数已建立的SLE风险变异都属于常见变异,这主要归因于现有病例对照研究样本量在统计学上的有限效力。随着下一代测序技术逐步取代基于芯片的基因分型,并在样本量持续扩大的基础上,有助于发现SLE相关的罕见变异和结构变异。更精细的表型分析和亚表型分层,以及基于通路的遗传分析方法,将有助于定义不同临床表现、药物反应和疾病转归背后的遗传机制。对疾病机制更深入的理解,借助更完善的基因组注释、功能特征的阐明,将有助于在未来实现从基因关联到药物研发与临床应用的有效转化。
END
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