c-Fos

引言 系统性红斑狼疮（system lupus erythematosus, SLE）是一种自身免疫性疾病，通过产生自体抗体（autoantibody）、激活自体反应性T细胞（autoreactive T cells）等方式推动疾病进展 【1】。特定的主要组织相容性复合体II类（MHC-II）等位基因类型是SLE重要的危险因素之一，新合成的MHC-II在分子伴侣恒定链（invariant chain, Ii）的辅助下被转运至溶酶体（lysosomal），与抗原结合后参与自身抗原肽递呈，同时，Ii也能够阻止内质网（endoplasmic reticulum, ER）内未完全折叠蛋白（unfolded protein）提前结合MHC-II。在缺失Ii的情况下，正常的MHC-II抗原呈递功能被损伤，这些在ER未完全加工的蛋白通过暴露类似肽区域提前和MHC-II结合，直接表达于细胞膜表面进行抗原呈递。尽管这些错误蛋白也是自身抗原（self-antigens），但是由于缺少部分元件，和自身抗原的抗原性（antigenicity）相差甚大，被称作新自身抗原（neoself-antigens）【2,3】。目前，这些新自身抗原在SLE内详细的发病机制还并不清楚。 近日，来自Osaka University的Hisashi Arase团队在Cell上发表了题为Neoself-antigens are the primary target for autoreactive T cells in human lupus的文章。团队以敲除小鼠和人类样本为模型，通过测序等多种研究手段分析发现，成年小鼠内敲除恒定链Ii后，新自体抗原被呈递，这些新抗原被识别为“非我”信号，激活新自体反应性T细胞（neoself-reative）并大量克隆性扩增，进而引起类似狼疮疾病的发生，该发现也在SLE病人血液中被验证。此外，这个机制也为Epstein-Barr virus（EBV）感染后狼疮发生率高的现象提供了证据支持。 成年鼠Ii敲除模型模拟狼疮疾病发生 为了搞清楚Ii缺失情况下新自体抗原的功能，研究人员建立tomaxifen-induced （Ii-iKO）成年小鼠Ii基因敲除模型，tomaxifen诱导后，脾脏内B细胞和树突状细胞（DC）细胞内Ii表达水平显著下调。相较于WT小鼠，敲除小鼠体内进一步的改变包括：细胞表面MHC-II表达下调；脾脏肿大、脾内细胞数量增多；总体淋巴细胞包括CD4+ T细胞比例保持不变，但其中effector/memory CD4+ T细胞，尤其是follicular helper CD4+ T （TFH）占比和数量都有所升高；生发中心（germinal center，GC）B细胞、memory B细胞和浆细胞（plasma cell）比例和绝对数量显著增多，Naïve B细胞比例降低；anti-nuclear antibodies（ANAs）、anti-dsDNA/ssDNA immunoglobulin G（IgG）、anti-U1-ribonucleoprotein (RNP)/Sm IgG和anti-histone IgG显著升高；生存率显著降低。这些发现说明Ii表达降低后B细胞和T细胞功能异常，且这些变化和人类SLE体内表现一致。 Ii表达降低后B细胞和T细胞改变 将Ii-iKO和WT小鼠内脾脏细胞进行单细胞测序分析后发现，Ii表达降低后B细胞比例降低，浆母细胞/浆细胞（plasmalasts/PC, PBs/PCs）比例升高，B细胞内狼疮相关基因Fgr1, Fos, Jun, Nfkbia, Stat1和Cd69表达显著上调。通过对PBs/PCs细胞进行单细胞BCR测序后发现，IgG BCRs和免疫球蛋白重链可变区（immunoglobulin heavy chain variable region, IGHV）大量克隆扩增，说明Ii表达降低引起自体反应性B细胞（autoreactive B cell）激活，产生自体抗体。 自体抗体的产生通常与要自体反应性T细胞的参与，因此，研究人员进一步探索自体反应性T细胞是如何参与这个过程的。首先，将WT内CD4+ T细胞取出后和Ii-iKO小鼠、WT小鼠的脾细胞共培养发现，Ii敲除的脾细胞能够显著提高IL2的产生，说明CD4+ T细胞能够识别Ii-iKO MHC-II提供的新自体抗原，对TCR分析后发现，大量克隆扩增的细胞主要是TFH， 说明自体反应性T细胞发展成TFH后参与B细胞激活和自体抗体产生。接下来，为了验证这些扩增TFH的抗原特异性，研究人员将检测到的TCRs整合在GFP标记表达鼠源CD4的T细胞内，当由MHC-II呈递的特定抗原被TCR识别后，下游GFP标签就会被激活，结果显示，Ii-iKO内脾细胞能够激活12/56个Ii-iKO特定TCR的GFP-T细胞，而WT内脾细胞针对WT特定TCR则没有显著激活，说明Ii的讲题能能够诱导新自体抗原-MHC-II呈递，引起下游T细胞克隆扩增。最后，研究人员将新自体抗原激活的特异性T细胞输回Ii-iKO动物体内发现，anti-ssDNA IgG在2周后显著升高，说明这些特异性扩增的T细胞确实参与了SLE疾病进展。 此外，小鼠内的研究发现在SLE病人的血样中也得到了验证。 EBV激活后降低Ii表达水平 EBV通常能够作用于表达MHC-II的memory B细胞，并是SLE发病机制中的重要因素之一 【4】。研究人员在细胞内感染EBV或过表达EBV激活因子BZLF1后发现，Ii的表达显著逐渐降低，并检测到大量蛋白被MHC-II呈递，进一步激活新自体反应性T细胞，促进SLE的发生。 总的来说，本研究阐明了在恒定链Ii水平降低的情况下如EBV感染，新自体抗原在MHC-II的呈递下，通过激活新自体反应性T细胞，打破自身耐受平衡，促进自身免疫疾病的发生，为自身免疫疾病提供了新的理论基础和治疗思路。 模式图（Credit: Cell） 参考文献 1. Yang, W., Shen, N., Ye, D.Q., Liu, Q., Zhang, Y., Qian, X.X., Hirankarn, N., Ying, D., Pan, H.F., Mok, C.C., et al. (2010). PLoS Genet. 6, e1000841. 2. Cresswell, P. (1996). Cell 84, 505–507. 3. Jiang, Y., Arase, N., Kohyama, M., Hirayasu, K., Suenaga, T., Jin, H., Mat sumoto, M., Shida, K., Lanier, L.L., Saito, T., and Arase, H. (2013). Int. Immunol. 25, 235–246. 4. Gross, A.J., Hochberg, D., Rand, W.M., and Thorley-Lawson, D.A. (2005). J. Immunol. 174, 6599–6607. https://doi.org/10.1016/j.cell.2024.08.025 责编|探索君 排版|探索君 文章来源|“BioArt” End 往期精选 围观 一文读透细胞死亡(Cell Death) | 24年Cell重磅综述（长文收藏版） 热文 Cell | 是什么决定了细胞的大小？ 热文 Nature | 2024年值得关注的七项技术 热文 Nature | 自身免疫性疾病能被治愈吗？科学家们终于看到了希望 热文 CRISPR技术进化史 | 24年Cell综述

来源：药渡 撰文：balabala     编辑：维他命 靶向蛋白降解技术利用真核细胞内固有的两大蛋白降解系统——泛素-蛋白酶体系统（UPS）和溶酶体途径，实现了多种疾病相关蛋白的靶向降解，正引领着下一代小分子药物的发展方向。近年来，研究人员围绕上述问题积极探索，开发了多维度的靶向蛋白降解技术。本文将盘点从2023年至今的靶向蛋白降解的新型策略，以供读者参考。 1 基于纳米平台的 靶向蛋白降解 迄今为止，许多基于邻近效应的双功能分子已经被开发用于靶向调控生物大分子中，如靶向蛋白质泛素化/磷酸化、靶向RNA降解等等。它们在分别接近两个目标分子后将其拉近，从而形成复合物而发挥下游功能。但这些双功能分子往往是一价的，需要经过复杂耗时的筛选和优化。 SM-PROTAC纳米平台 2023年3月，北京大学深圳研究生院李子刚/尹丰团队开发了一种基于“分裂-混合”的纳米平台，并将其命名为split-and-mixPROTAC(SM-PROTAC)（图1），他们将能够自组装的核心单体分别与PROTAC中的两个组件（靶蛋白招募模块和E3连接酶招募模块）融合，以不同的比例将二者结合，再通过一些表征方法筛选二者的最佳比例，同时该纳米平台的多价性质也保证了目的蛋白的降解效果。之后，研究人员通过对一系列靶点的成功降解，证明了SM-PROTAC可以通过连接目标蛋白配体和E3连接酶配体实现快速的靶标蛋白降解以及配方优化。 同时，该平台还具有极强的应用潜力，可以扩展到任何生物分子，包括DNA、RNA、蛋白质和其他生物分子的功能调控，如磷酸化/去磷酸化、泛素化、靶向降解、表观遗传学等。 图1. 基于“分裂和混合”的SM-PROTAC模型示意图[1] LipoSM-PROTAC纳米自调节平台 但是基于肽的SM-PROTAC的低药效，限制了其在生物医学领域的进一步发展。因此，迫切需要开发一种更有效的用于生物医学应用的PROTAC纳米平台。 由于脂质体具有易于配制、自动组装和高负载运输的特性。研究人员将SM-PROTAC与脂质体结合，从而提出了一种基于脂质体的分合（Split-and-Mix）纳米自调节平台(LipoSM-PROTAC)（图2C），并对其进行了生物学表征和验证。研究发现，LipoSM-PROTAC系统具有叶酸选择性降解靶标蛋白的功能。且研究人员以雌激素受体蛋白（ERɑ）为模型，通过体外实验验证发现该体系具有显著降解ERɑ蛋白的效果。 与基于肽的SM-PROTAC相比，LipoSM-PROTAC系统可以以更低的浓度达到治疗效果，并为临床转化提供了机会。总体而言，基于LipoSM的平台显示出更高的药物功效，这为PROTAC和其他生物分子调控提供了潜在的应用前景。 图2. 基于脂质体的分合(Split-and-Mix)纳米自调节平台(LipoSM-PROTAC)模型示意图[2] 2 针对特定细胞器内蛋白的 靶向蛋白降解 目前，真核细胞中所有的靶向蛋白质稳定（TPD）都依赖于泛素蛋白酶体或溶酶体系统，因此对缺乏蛋白酶体和溶酶体的膜细胞器中的靶蛋白（如线粒体）无能为力。 杭州医学研究所的方晓红团队设计并开发了一种线粒体蛋白酶靶向嵌合体（MtPTAC），用于实现线粒体基质中蛋白的靶向降解（图3）。MtPTAC是一种双功能小分子，一端与线粒体酪蛋白水解蛋白酶P（ClpP）结合，另一端与靶蛋白结合，MtPTAC激活了ClpP的水解酶活性，同时使目标蛋白与ClpP靠近，进而水解掉靶蛋白。 研究人员以线粒体RNA聚合酶（POLRMT）为靶蛋白，在体内和体外均展示了MtPTAC强大的蛋白水解能力和抗肿瘤应用前景。这是第一个模块化设计的能够特异性水解线粒体内靶蛋白的TPD。 图3. 线粒体蛋白酶靶向嵌合体(MtPTAC)模型示意图[3] 3 可逆的蛋白靶向降解嵌合体 对于传统的PROTAC分子而言，其使用的过程中往往会表现出钩状效应，即当PROTAC分子的浓度达到某一特定值后，进一步增加其浓度反而会降低靶蛋白的降解效率，而这一效应也在一定程度上限制了PROTAC分子在活体和临床研究中的应用。 基于这一背景，佛罗里达大学的Thomas Kodadek教授和来自康奈尔大学的Francis Barany教授团队提出了一种自组装蛋白降解靶向嵌合体（SAPTAC）的设计策略（图4），将PROTAC分子拆分为与靶蛋白和E3泛素连接酶结合的两部分（用于实现可逆耦合的“X和Y”），如果在平衡状态下，存在大量未连接的目标蛋白和E3连接酶配体，这些低分子量分子可以比稳定连接的PROTAC更有效地渗透细胞/组织。在渗透细胞后，目标蛋白和E3连接酶之间将形成共价可逆结构，引向关键的三元复合物，触发目标蛋白的多泛素化和随后的蛋白酶体介导的破坏，从而实现消除钩状效应。 图4. 自组装蛋白降解靶向嵌合体(SAPTAC)模型示意图[4] 4 基于非传统降解途径的 靶向蛋白质降解 在哺乳动物受到多种刺激后，可激活早期基因（IEG），IEG介导生长因子、神经元和免疫刺激的转录反应，编码Fos、EGR和NR4A家族的转录因子，促进迟发反应基因（LRG）的转表达，介导细胞对刺激作出响应。而LRG具有细胞反应特异性，在对首次刺激的适应性反应中至关重要，IEG mRNA在首次刺激后的几分钟内积累，一旦翻译，它们的蛋白质会迅速降解，从而出现蛋白质瞬时爆发式表达，促使细胞对各种刺激产生适当的反应。 尽管IEG的转录机制得到了很好的研究，但IEG蛋白的降解机制仍然是个谜。为了表征IEG蛋白的降解机制，Michael E. Greenberg和Stephen J. Elledge团队通过全局蛋白质稳定性分析（GPS）系统来测定IEG蛋白质的稳定性，并进行全基因组CRISPR-Cas9筛选，以寻找那些调节IEG蛋白稳定性的基因（图2）。 他们发现，midnolin蛋白是哺乳动物中一种未被充分表征的蛋白质，它的过表达促进c-Fos、FosB、EGR1和NR4A1等多种IEG蛋白的蛋白酶体降解，抑制蛋白酶体的活性而不是抑制泛素化酶的活性可抑制IEG蛋白降解，表明IEG蛋白降解依赖于midnolin和蛋白酶体，而不是泛素化降解途径。midnolin-蛋白酶体途径可能代表了蛋白酶体绕过经典泛素化途径，以实现核蛋白选择性降解的一般机制。 图5. midnolin-蛋白酶体途径独立于泛素化降解许多核蛋白[5] O-糖基化是真核生物中最普遍的糖基化形式。在多种类型的O-糖基化蛋白中，最突出的是黏蛋白（mucins），它主要由上皮细胞分泌，在一系列类型的肿瘤细胞中表达，并通过调节蛋白稳定性诱导各种致癌信号分子促进肿瘤进展。 黏蛋白酶StcE是一种选择性切割黏蛋白的蛋白酶。StcE可以选择性地从生物样品中去除黏液结构域糖蛋白，并将其切割成片段，便于分析。StcE对黏蛋白表现出基于肽和聚糖的选择性。斯坦福大学的Carolyn R. Bertozzi教授团队通过纳米抗体将StcE酶靶向到癌细胞表面，并通过酶工程化改造降低StcE酶的酶活性，从而仅在癌细胞表面富集的情况下完成降解过程，避免误伤健康细胞的黏蛋白，具有肿瘤治疗的前景（图6）。 图6. ColabFold (Methods)62预测的纳米体-黏液酶偶联物的结构[6] 5 通过分子内二价胶 进行靶向降解 IBG1是专利报道的一个类PROTAC的降解剂，其是由BET抑制剂JQ1和DCAF15的芳基磺酰胺配体E7820连接而成，能够在多个细胞系中诱导BRD4的高效降解。实验结果表明，IBG1诱导的BRD4降解依赖于蛋白酶体途径，但与DCAF15无关。 英国邓迪大学的Ciulli团队与奥地利科学院CeMM分子医学研究中心的Winter团队通过研究IBG1分子对BRD4的靶向降解机制，揭示了IBG1是一种分子内二价胶水，并发现了一种新型的靶蛋白降解模式，即小分子同时顺式（cis）结合靶蛋白的两个相邻结构域，靶蛋白构象的变化使其粘连到E3连接酶上，与一般的PROTAC等反式（trans）蛋白-连接酶结合有着本质的区别。 这种两个结构域的分子内二聚化修饰蛋白质表面并调节蛋白-蛋白相互作用的方法，是一种高效靶向蛋白质降解的新策略（图7），为药理学的发展提供了新的设计方向。 图7. 传统的一价胶和二价PROTACs与分子内二价胶分子识别模式的示意图模型[7] 参考文献： 1.Targeted Biomolecule Regulation Platform: A Split-and-Mix PROTAC Approach 2.Selective Protein of Interest Degradation through the Split-and-Mix Liposome Proteolysis Targeting Chimera Approach 3.Mitochondrial Protease Targeting Chimeras for Mitochondrial Matrix Protein Degradation 4.Reversible Assembly of Proteolysis Targeting Chimeras 5.The midnolin-proteasome pathway catches proteins for ubiquitination-independent degradation 6.Design of a mucin-selective protease for targeted degradation of cancer-associated mucins 7.Targeted protein degradation via intramolecular bivalent glues 声明：发表/转载本文仅仅是出于传播信息的需要，并不意味着代表本公众号观点或证实其内容的真实性。据此内容作出的任何判断，后果自负。若有侵权，告知必删！ 长按关注本公众号  粉丝群/投稿/授权/广告等 请联系公众号助手 觉得本文好看，请点这里↓

恶性叶状肿瘤（MPT）是一种罕见的纤维上皮性乳腺癌，目前尚无有效的全身治疗方法。转移性进展预示着预后不佳。研究者试图通过基因组分析和免疫治疗生物标志物分析来描述MPTs的基因组图谱。所有病例均使用下一代测序（NGS）检测法对324个基因进行基因组分析。评估了肿瘤类型不可知的免疫治疗生物标志物，包括微卫星不稳定性、肿瘤突变负荷（TMB）和程序性死亡配体1（PD-L1）表达。使用Fisher精确检验和方差分析来检验组间差异和适当的连续变量。 在已确定的135例MPT病例中，94例（69.6%）为局部/局部复发，41例（30.4%）为转移性。中位年龄为54岁（范围：14-86岁）。中位TMB为2.5 mut/Mb，3例为TMB高。通过Dako 22C3检测，21.4%为PD-L1+（CPS ≥1）。最常见的变异基因包括TERT启动子 (69.7%) 、CDKN2A (45.9%)、TP53 (37.8%)、NF1 (35.6%)、CDKN2B (33.3%)、MED12 (28.9%)、MTAP (27.7%)、KMT2D (22.2%)、PIK3CA (20.0%)、PTEN (18.5%) 和RB1 (18.5%)。研究发现一些肿瘤携带美国FDA批准用于其他肿瘤类型的适应症相关的基因变异，包括NF1、PIK3CA、EGFR外显子19/20插入和BRAF V600E突变。 在迄今为止最大规模的MPT基因组评估中，确定了多种临床上可干预的突变和预测免疫治疗反应的生物标志物。其中许多基因变异的相关适应症已被美国FDA批准用于其他肿瘤类型，提供了潜在的靶向治疗选择。另外，这些发现表明，研究免疫治疗策略可能对MPT女性患者有益，尤其是转移性MPT女性患者。转移性MPT的常规测序可能会提供更多信息来指导治疗决策和临床试验入组。 01.研究背景 叶状肿瘤（PTs）是一种罕见的纤维上皮性乳腺肿瘤，其特征是上皮和基质组织学成分，世界卫生组织将其细分为3类：（1）良性、（2）交界性、（3）恶性。良性PT在临床上表现为惰性，而恶性叶状肿瘤（MPT）具有侵袭性生物学行为，对年轻女性（中位年龄为45岁）的影响尤为严重，并且局部复发（LR）率和转移潜能特别高。在大型系列研究中，良性LR率为8.0%-10.9%，交界性LR率为13.0%-14.4%，MPT为18.0%-20.6%。这些LR率明显高于典型的乳腺癌、侵袭性腺癌，这是因为乳腺腺癌有多种高效的全身治疗选择，这些选择通常用于辅助、非转移性治疗。良性和交界性PT很少发生远处转移（分别为0.1%和1.6%）；然而，在MPT中，远处转移经常发生，发生率为16.7%-22%。 尽管已知LR和转移率很高，但治疗几乎完全依靠手术，因为目前没有已知的有效化疗或靶向全身治疗方案。经常发生（20%）的转移性进展预示着预后不佳；中位生存期仅为7-15个月。目前，MPT的国家指南没有任何全身治疗建议，非转移性环境中也不提供全身治疗。转移性MPT的治疗遵循软组织肉瘤（STS）的原则，不建议在非转移性环境中进行生物标志物检测，从而无法预测或预防远处复发。STS指南通常仅对可能符合临床试验条件或全身治疗难治性的患者进行基于个体的下一代测序。值得注意的是，构成国家指南基础的STS试验通常不包括MPT作为肉瘤亚型。 为了确定MPT的治疗靶点，有限系列研究发现RTK/RAS/RAF（NF1、EGFR、BRAF、NRAS）和PI3K/AKT/mTOR（PIK3CA、PTEN、STK11）通路中存在可能具有治疗潜力的突变；尽管美国FDA批准了可用于其他肿瘤类型的疗法，但这些疗法从未在MPT中进行过测试。此外，肿瘤学家很少对MPT进行测序，直到在一线化疗中转移性疾病进展之后，原因是（1） 缺乏有关靶向治疗疗效的数据，（2）保险授权存在不确定性，可能对患者造成直接经济损失，（3）缺乏支持指南。 在迄今为止最大规模的MPT基因组分析工作中，研究者试图通过美国人群的基因组谱和免疫治疗生物标志物分析来描述MPT的基因组谱。 02.研究结果 MPT患者的人口统计： 研究确定了135例连续MPT病例；94例（69.6%）被认为是局部/局部复发性（L/LR），41例（30.4%）被确定为转移性。推测的局部部位包括：51.1%乳腺（N = 69），其次是胸壁（10）、软组织（9）、皮肤（3）或淋巴结（3），而转移部位为73%肺（N = 30），其次是骨（4）、肝脏（2）、腹膜（1）、胸膜（1）、其他腹腔内部位（3）。所有患者均为女性，中位年龄为54岁（范围：14-86岁）。主要的祖先信息标记表明该人群中60.8%（N = 82）为欧洲血统（EUR），13.6%（N = 18）为美洲混血儿 (AMR，北美或南美本地人)，11.2%（N = 15）为非洲人（AFR），9.6%（N = 13）为东亚人（EAS），以及4.8%（N = 6）为南亚人（SAS）。 MPT队列中的基因组变异和免疫生物标志物频率： 研究者在135例MPT测序病例中共鉴定出90个基因的646个基因变异。转移性疾病女性患者的中位年龄明显大于L/LR疾病女性患者（49.5岁 vs. 60岁，P < 0.0001）。样本的中位TMB为2.5 mut/Mb（范围：0-12 mut/Mb），L/LR和转移性病例之间的中位TMB相似（P = 0.32）。仅3例（1.45%）为TMB高。整个队列中评估的样本中有36.8%（N = 19）通过Ventana SP142测定呈PD-L1阳性（IC ≥1%），21.4%（N = 14）通过 Dako 22C3 测定呈PD-L1阳性（TPS ≥1）。所有可评估病例（N = 132）均为微卫星稳定（表1）。在确定的L/LR（乳腺标本）和转移性标本之间，中位TMB、TMB-H或PD-L1阳性没有差异。 表1 该队列中最常见的变异基因，包括突变频率≥5％的所有基因是TERT启动子（69.7％），CDKN2A（45.9％），TP53（37.8％），NF1（35.6％），CDKN2B（33.3％），MED12（28.9％），MTAP（27.7％），KMT2D（22.2％），PIK3CA（20.0％），PTEN（18.5％），RB1（18.5％），EGFR（17.0％），SETD2（8.9％），NRAS（8.1％），BRAF（7.4％），BCOR（5.2％）; 与乳腺癌队列的频率明显不同（图1和2，表2）。当评估确定性L/LR（标本部位指定为“乳腺”） vs 转移性标本的突变频率时，转移性肿瘤中NRAS（4.4% vs 18.2%，P = .022）和TERT（63.2% vs 83.8%，P = .037）的突变频率明显更高。 图1 图2 表2 影响细胞周期调控的基因变异（例如CDKN2A/B和TP53）彼此之间相互排斥（P < .001）。CDKN2A/B变异经常与MTAP同时发生（P < .001），NRAS与SETD2也经常同时发生（P < .001）。在任何MPT样本中均未检测到ALK、RET、ROS1或NTRK融合，但在一例中发现了FGFR3融合（FGFR3-TACC3融合）。 MPT队列中潜在可治疗变异的发生率： 研究发现了一些携带FDA批准用于其他肿瘤类型的适应症相关基因变异的肿瘤，包括致病性PIK3CA、EGFR外显子19/20插入、KRAS G12C（N = 1）、FGFR融合（N = 1）、BRAF V600E突变（N = 4）和BRCA2（N = 1）（表3）。热点PIK3CA突变发现于螺旋结构域中的E542和E545（外显子9，N = 7）以及激酶结构域中的H1047（外显子20，N = 13）。在PIK3CA中观察到的其他变异包括：C420R (N = 2)、E110del (N = 1)、H450_I459del (N = 1)、L453_I459del (N = 1) 和Q546L (N = 1)。除了4例病例中观察到的外显子19/20插入外，2例样本中还观察到V774M变异，并且在1例病例中还发现了以下EGFR短变异体：G63R、I740V、R324L、A289V、Q432K、S229C、E114K、L63R、G719A和H773R。具有BRCA2变异的患者在S2509残基处发生移码（S2509fs*15变异）。 表3 03.讨 论 在过去十年中，人们一直在研究良性、交界性和恶性叶状肿瘤的广泛基因组图谱，试图区分诊断和致病性。2015年，一项早期里程碑式研究对22个PT（4个MPT）和100个纤维腺瘤（FA）进行了全外显子组测序，并进行了额外的靶向深度测序以验证发生率，其中包括79个PT。该项研究发现，在两种纤维上皮肿瘤（PT和FA）中，MED12和RARA突变都很常见（60%-80%），强调了这些突变在纤维上皮肿瘤发生中的重要性。此外，PT还表现出FLNA、KMT2D和SETD2突变，表明它们在驱动PT发展和潜在肿瘤转化中发挥作用。值得注意的是，高级别PT（交界性和恶性PT）含有与癌症相关的额外基因突变，包括EGFR、ERBB4、NF1、PIK3CA、RB1和TP53。 2015年的这些初步发现已在随后的大量小型机构系列研究中得到验证。越来越多的研究证实了PT中的类似基因突变，包括TERT、TP53、RB1、ERBB4、IGF1R、BRCA2、BCOR、MAP3K1、ZNF703和TSC1，以及RTK/RAS/RAF通路（NF1、NRAS、BRAF、EGFR、FGFR1、FGFR3、AXL、KIT、PDGFRA）和PI3K/AKT/mTOR通路（PIK3CA、PTEN、STK11、AKT1、TSC2）中的基因。虽然其中一些基因变异在交界性/恶性PT（EGFR、ERBB4、NF1、PIK3CA、RB1、TERT、TP53 ）中更常见，但其他一些基因变异几乎只在MPT（NF1、RB1、TP53）中发现。这些基因组变异中的许多，例如BRAF、EGFR、PIK3CA和NF1，都有FDA批准用于其他肿瘤类型的治疗方法。MPT中多种潜在可靶向的基因变异为临床试验设计和进一步研究治疗靶点提供了基础。然而，这些先前基因组研究的一个主要限制是分析的MPT数量有限，只包括5个到最多24个MPT。 在此，研究者介绍了迄今为止最大的MPT基因组分析系列，包括135例连续MPT病例，其中大多数都含有潜在的可靶向变异。研究者首次描述了MPT中实体瘤免疫疗法疗效生物标志物的发生率。预测实体瘤免疫检查点抑制剂（ICI）疗效的肿瘤不可知生物标志物是高TMB和MSI。MPT的中位TMB相对较低，并且均具有微卫星稳定性，这表明单独使用ICI可能不是有效的策略。晚期三阴性乳腺癌（TNBC）中的PD-L1阳性是将ICI添加到一线化疗中的疗效生物标志物。在本研究中，使用关键的III期TNBC免疫疗法疗效研究的标准，近三分之一的肿瘤为PD-L1阳性。需要对PD-L1阳性MPT进行前瞻性研究，以了解这种生物标志物是否相关。 三分之一的病例携带NF1基因变异，这种变异与NF1相关的不能手术的神经纤维瘤患者对MEK抑制剂司美替尼的临床反应有关。RTK/RAS/RAF通路中的其他基因变异，包括NRAS和BRAF，也经常被检出（5%-15%），并且在其他肿瘤类型中有多种FDA批准的治疗方法，如表3所列。20%的肿瘤中发现了激活的PIK3CA突变，这对晚期乳腺腺癌具有重要意义。PIK3CA突变、激素敏感的HER2阴性乳腺腺癌患者在FDA批准的氟维司群中添加PI3K抑制剂阿培利司后，无进展生存期显著改善。对于存在AKT、PIK3CA或PTEN变异的肿瘤，泛AKT抑制剂卡帕塞替尼（capivasertib）与氟维司群联合使用可延长无进展生存期（与单独使用氟维司群相比），已获得FDA批准。几项关于突变选择性PIK3CA抑制剂的篮子实体瘤研究正在进行中，可能与MPT患者有关。一些肿瘤携带EGFR突变，包括外显子19插入和外显子20插入。这些突变与非小细胞肺癌（NSCLC）高度相关，体现了精准医疗在这种肿瘤类型早期取得的成功。同样，7%的肿瘤有BRAF V600E突变，已知该突变可在几种肿瘤类型中作为靶点。 本系列研究中最值得注意的发现可能是TERT启动子基因突变率高，在70%的样本中均有发现。端粒酶逆转录酶（TERT）基因编码端粒酶的关键催化亚基，端粒酶是一种负责延长端粒的逆转录酶，在正常细胞中通常处于非活性状态。在TERT启动子突变的情况下，TERT转录增强，随后端粒酶重新激活并增殖。端粒酶主要在祖细胞和癌细胞中活跃，促进增殖，抵抗细胞凋亡，并已被证明在50多种癌症类型中发生突变，包括黑色素瘤、胶质母细胞瘤、非小细胞肺癌和肝细胞癌。 在PT中已描述了多种TERT突变。迄今为止，最常见的位点突变是−124 C > T，其次是−124 C > A、−146 C > T、和−75 C > T。TERT突变，特别是启动子区的突变，与临床病理因素有关。Piscuoglio等人报道，TERT启动子突变的频率随着级别的增加而增加，这得到了Nasir等人的证实。Piscuoglio等人进一步探讨了突变状态与mRNA和蛋白质表达之间的关系，表明TERT mRNA和基质蛋白表达与TERT启动子热点突变和/或基因扩增呈正相关。这些发现进一步支持基质成分是PT的致病驱动因素。在没有TERT启动子突变的肿瘤中，良性、交界性和恶性PT中分别有80%、67%和75%的端粒酶mRNA检测不到。 此外，TERT突变的存在可用于区分纤维上皮病变（包括FA和PT），单独使用TERT启动子突变或与TERT拷贝数变异结合使用具有高特异性。Nasir等人报道，TERT启动子突变区分FA与PT的敏感性和特异性分别为41%和94%。在另一项类似的研究中，TERT−124 C > T启动子突变和/或扩增状态可将FA与PT区分开来，敏感性为39.5%（95%CI 28.7-51.4），特异性为100.0%（95%CI 95.4-100.0）。 虽然没有直接的TERT抑制剂，但Liu等人在FOS/GABPB/（突变型）TERT级联中发现了一个可能的治疗靶点。FOS是一种显著上调GABPB的转录因子，而GABPB反过来又激活突变型TERT启动子。这随后导致突变型TERT促进癌变。Liu等人将FOS抑制剂 (T-5224) 引入癌细胞系，抑制GABPB的表达，抑制GABPB/突变型TERT级联，降低survivin的控制，激活TRAIL-R2（肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体受体 2），导致癌细胞凋亡。这些发现以及其他有希望的研究（例如针对端粒酶）为未来的潜在治疗策略带来了希望，值得未来的临床研究。 虽然这是迄今为止最大的基因组分析病例系列，但本系列有几个明显的局限性。首先，测序时对病例进行集中病理学审查主要是为了确认提交医生提供的诊断。此外，审查是在提供的单个组织样本上进行的，必须假定该样本代表整个病例，但附加信息有限。虽然对叶状肿瘤诊断本身并无太大担忧，但本系列中可能包含一些交界性叶状肿瘤病例。由于这些病例是在常规临床护理下测序的，因此关于患者特定因素、肿瘤特征、治疗干预或患者结果的信息很少。此外，由于该队列中没有配对的原发性/转移性样本，因此描述可能导致疾病进展的变异的能力有限。最后，被列为“乳房”的部位可能正确地指定肿瘤的标本位置，但可能无法反映不存在转移性疾病。由于乳腺原发性肿瘤在技术上更适合取样，因此可能被选中进行测序，但在某些病例中可能存在并发转移部位。 在迄今为止最大规模的L/LR或转移性MPT基因组评估中，发现了多种与各种实体瘤相关的临床可干预突变。肿瘤不可知的免疫治疗生物标志物在MPT中很少见。常规测序MPT可提供更多信息来指导治疗决策和临床试验入组。鉴于MPT的罕见性，多机构注册和纳入基因组指导的实体瘤篮子试验可能是了解MPT中基因变异的可靶向性的最佳途径。 参考文献： Laura H Rosenberger, Richard F Riedel, Emilia J Diego, Amanda L Nash, Juneko E Grilley-Olson, Natalie A Danziger, Ethan S Sokol, Jeffrey S Ross, Sarah L Sammons, Genomic landscape of malignant phyllodes tumors reveals multiple targetable opportunities, The Oncologist, 2024;, oyae218, https://doi.org/10.1093/oncolo/oyae218 封面图来源：123rf 版权声明/免责声明 本文为授权转载文章。 本文仅作信息交流之目的，不提供任何商用、医用、投资用建议。 文中图片、视频、字体、音乐等素材或为药时代购买的授权正版作品，或来自微信公共图片库，或取自公司官网/网络，部分素材根据CC0协议使用，版权归拥有者，药时代尽力注明来源。 如有任何问题，请与我们联系。 衷心感谢! 药时代官方网站:www.drugtimes.cn 联系方式: 电话:13651980212 微信:27674131 邮箱:contact@drugtimes.cn 药品上市被拒，Vanda再次破防！ 20周减重最高达21%！玛仕度肽16mg减重疗效更上一层楼，研究结果亮相EASD！ 2024年拉斯克奖揭晓，陈志坚获基础医学奖 点击查看更多精彩！