Meningoencephalitis

IND2025主会场授课已被预定，大会第一天下午茶歇前授课时间段预定开始，咨询热线：177 0186 0390。点击图片，查看IND2024会后报告 文章来源：分子诊断实验室 儿童呼吸道感染病原包括病毒、细菌、真菌等。《儿童呼吸道感染病原体核酸检测专家共识》作为全球首个以儿童为主、涵盖全面的呼吸道感染病原学诊断应用标准，对这些病原体作了详细全面的介绍。 常见呼吸道病毒 病毒是儿童呼吸道感染的主要病原体，儿童呼吸道感染病毒种类至少涉及7个病毒科共200多个型别的病毒。 1.1 人呼吸道合胞病毒(human respiratory syncytial virus，HRSV) HRSV是全球引起5岁以下儿童急性下呼吸道感染(acute lower respiratory tract infection，ALRTI)最重要的病毒病原体，占所有儿童ALRTI的22%。据估计，全球每年大约有270万~380万5岁以下儿童因HRSV感染住院，引起约4.8万~7.5万人死亡。 HRSV属于肺炎病毒科，正肺病毒属，为非节段性单股负链RNA病毒。目前，ON1和BA9基因型为我国及全球很多国家的优势流行基因型。 HRSV感染呈全球广泛流行，其流行受地理位置、温度和湿度等因素影响。在北半球国家和地区，HRSV的流行存在明显的流行季，主要集中于11月至次年2月的冬季和早春季节；在热带和亚热带，HRSV在潮湿的雨季感染率出现明显增高。我国北方地区HRSV流行季开始于第41周(10月中旬)，结束于次年第20周(5月中旬)，持续33周。 HRSV感染在不同年龄人群临床表现差异很大，毛细支气管炎和肺炎是婴幼儿HRSV感染的重要疾病，严重者可发生呼吸衰竭，甚至死亡，年长儿HRSV感染可表现为症状轻微的上呼吸道感染或中耳炎。 1.2 人流感病毒(human influenza virus，HIFV) HIFV是急性呼吸道感染的重要病原，全人群人普遍易感，儿童和老年人感染后危害最为严重，每年可引起季节性流行，亦可引起暴发疫情。 HIFV可分为甲、乙、丙，共3型。甲型流感病毒依据其血凝素(hemagglutinin，HN)和神经氨酸酶(neuraminidase，NA)的亚型组合可进一步分为多种亚型，目前HN有18个亚型(H1~H18)，NA有11个亚型(N1~N11)。乙型流感病毒根据HA的抗原性可分为Victoria和Yamagata两个种系。引起季节性流行的HIFV主要有甲型H1N1、H3N2亚型和乙型的Victoria和Yamagata系4个亚型HIFV。 HIFV在全球呈广泛流行，但不同地区的HIFV型别和流行规模有所不同。我国甲型HIFV在北方省份以冬季为流行高峰，南方省份每年4-6月份出现流行高峰，而中部省份则呈现每年1-2月和6-8月双流行峰。 HIFV感染后引起的临床表现轻重不一，包括无症状感染、上下呼吸道感染，重症病例可以迅速进展为肺炎，亦可并发心肌炎、脑膜炎或脑炎，甚至危及生命。 1.3 人副流感病毒(human parainfluenza virus，HPIVs) HPIVs主要导致儿童和青少年呼吸道感染性疾病，是仅次于HRSV的第二大引起儿童呼吸道感染住院的病原体。 HPIVs属于副黏病毒科(Paramyxoviridae)，有4个血清型(HPIV1、2、3和4)，HPIV1和HPIV3属于呼吸道病毒属(Respirovirus genus)，HPIV2和HPIV4属于腮腺炎病毒属(Rubulavirus genus)。通常HPIVs的流行是散发的，无明显的季节性。 HPIVs感染可引起鼻炎、咽炎、喉炎、气管支气管炎、细支气管炎和肺炎等，也可引发鼻窦炎和中耳炎。 1.4 人鼻病毒(human rhinovirus，HRV) HRV长期以来被认为是"普通感冒"的主要病原体，主要引起上呼吸道感染。据统计，每年有30%~50%的呼吸道感染疾病与HRV感染有关。儿童是HRV的易感人群，据报道，有60%~80%在急诊科就诊的哮喘发作患儿伴有HRV感染，在3岁以下被诊断为毛细支气管炎的住院儿童病例中，有大约50%的婴儿感染或合并感染HRV，而几乎所有婴儿在出生1年后均会经历至少1次的HRV感染。 HRV属小核糖核酸RNA病毒科，肠道病毒属。截至目前已经发现了A、B、C 3个种共169个型别。HRV在全球范围内流行，一年四季均可发病。 HRV感染后主要表现为普通感冒症状，可引起喘息和哮喘急性加重。引起婴幼儿的支气管炎和毛细支气管炎。 1.5 人腺病毒(human adenovirus，HAdV) HAdV可分为7个种(A~G)和至少104个基因型，其中与呼吸道感染相关的HAdV主要型别为B种(HAdV-3，7，11，14，16，21，50，55)，C种(HAdV-1，2，5，6)和E种(HAdV-4)。HAdV-3和HAdV-7型是引起我国儿童呼吸道HAdV感染最常见的血清型，HAdV-55是引起成人HAdV社区型肺炎最常见的型别。 HAdV感染一年四季均可发生，在我国北方以冬春季节多见，南方以春夏季节常见。HAdV传染性较强，常可引起暴发流行。 HAdV感染可表现为上下呼吸道感染。HAdV是儿童重症肺炎的重要病原体，导致危重患者出现休克、呼吸衰竭、弥散性血管内凝血等，甚至导致死亡。 1.6 人偏肺病毒(human metapneumovirus，HMPV) HMPV是导致儿童呼吸道感染的重要病毒病原之一。在急性呼吸道感染住院患者中，HMPV感染约为6.24%。 2017年国际病毒分类委员会将HMPV种属划分为肺病毒科(Pneumoviridae)，偏肺病毒属。根据HMPV F、G蛋白基因序列的差异，将HMPV分为A1、A2a、A2b、A2c、B1和B2共6个基因型。 HMPV在热带地区全年活跃，在温带气候地区，HMPV季节性流行发生在冬季和春季，在3月和4月达到顶峰，其流行高峰与HRSV重叠或稍晚于后者。 HMPV感染患者临床症状与HRSV感染相似，严重者可发展为细支气管炎和肺炎。有研究表明儿童HMPV感染可能与中枢神经系统疾病相关，如癫痫、脑炎等。 1.7人冠状病毒(human coronavirus，HCoV) HCoV是人类上呼吸道感染常见病原体。普通感冒中有15%~30%是由HCoV引起的。HCoV属于套式病毒目(Nidovirales)，冠状病毒科(Coronaviridae)，冠状病毒属(Coronavirus)，分为4个属：α-HCoV、β-HCoV、γ-HCoV和δ-HCoV。HCoV可分为普通人冠状病毒(HCoV-NL63、HCoV-HUK1、HCoV-OC43、HCoV-N229E)及高致病性冠状病毒[严重急性呼吸综合征(severe acute respiratory syndrome，SARS)-CoV、中东呼吸综合征(Middle East respiratory syndrome，MERS)-CoV和严重急性呼吸综合征冠状病毒2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus 2，SARS-CoV-2)等]。 1.7.1普通HCoV 引起儿童呼吸道感染的常见普通HCoV有4种，分别为α属的HCoV-229E、HCoV-NL63，β属的HCoV-OC43、HCoV-HKU1。 HCoV感染呈全年流行。不同型别的HCoV在不同地区流行特点具有差异性，流行高峰随地理区域有所不同，有一定的季节差异。北京地区HCoV-OC43感染多发于春季(4月和5月)，HCoV-229E的流行高峰是在2月。在上海地区HCoV-OC43感染多发于夏秋季，HCoV-NL63感染多发生于秋冬季节。在中国香港地区HCoV-OC43感染主要发生在秋冬季，HCoV-HKU1在冬季检出更多，HCoV-229E多发生于冬春季节，HCoV-NL63感染多发生于夏秋季节。 这4种HCoV通常引起上呼吸道感染，多为自限性，但在婴幼儿、老年人或免疫缺陷患者也可引起严重的下呼吸道感染，表现为喘息、气促等。 1.7.2高致病性冠状病毒 SARS是由SARS-CoV感染引起的一种严重的致死性传染病，于2002年11月，在我国广东省首次报道。随后，SARS病例数在我国大幅增加，并在全球蔓延，超过30个国家和地区相继出现病例。2003年7月，世界卫生组织(World Health Organization，WHO)宣布其流行结束。全球SARS病例数达到8 437例，死亡813例，病死率约为10%。SARS-CoV感染起病迅速，常见的早期症状包括发热、畏寒、咳嗽、身体不适、肌肉疼痛和头痛等，可发展为进行性呼吸困难和低氧血症，严重者可造成急性呼吸窘迫综合征(ARDS)，患者常因肺部损伤导致呼吸衰竭而死亡。与成人相比，儿童发病率低，且多为散发，患儿一般与SARS成人有密切接触史，未见在学校、托幼机构内流行；临床表现较轻，预后较好，一般没有远期严重并发症，未见死亡病例报道。 MERS是由MERS-CoV引起的一种严重的致死性传染病，于2012年9月在沙特阿拉伯王国首次报道。截至2020年，全球约27个国家报道过该疾病，其中沙特阿拉伯、阿拉伯联合酋长国和韩国疫情最为严重。截至2019年11月30日，全球总计2 494例实验室确诊病例和858例死亡病例。我国于2015年5月29日确诊了首例由韩国输入的病例。MERS-CoV的潜伏期为2~14 d，平均5~7 d，起病急，病情进展迅速；早期主要表现为发热、畏寒、乏力、头痛、肌痛等，随后出现咳嗽、胸痛、呼吸困难，部分病例还可出现呕吐、腹痛、腹泻等症状；重症病例多在7 d内进展为重症肺炎，可发生ARDS、急性肾衰竭，甚至多脏器功能衰竭等危及生命。MERS致死率较高，死亡率约为37%。老年人、免疫力较差或有基础疾病的患者病情较重，病程进展较快，预后较差。儿童发病率低，且大多数为无症状感染，死亡率较低，预后较好。 SARS-CoV-2是引起新型冠状病毒肺炎(coronavirus disease 2019，COVID-19)的病毒病原体。自2020年3月11日，WHO宣布COVID-19大流行，至今已1.5年的时间。目前，全球正处于第3次高峰的高位平台期。截至2021年11月29日，全球累计报告确诊病例超过2.5亿，死亡病例515万多例，病死率约为2.1%。 SARS-CoV-2属于冠状病毒科，β冠状病毒属。依据SARS-CoV-2的流行程度，WHO于2021年2月25日提出了关切变异株(variant of concern，VOC)和关注变异株(variant of interest，VOI)的定义。目前，WHO界定的VOC为4种，分别为Alpha(B.1.1.7及其亚分支)、Beta(B.1.351及其亚分支)、Gamma(P.1及其亚分支)和Delta(B.1.617.2及其亚分支)变异株；VOI为5种，分别为Eta(B.1.525)、Iota(B.1.526)、Kappa(B.1.617.1)、Lambda(C.37和C.37.1)和Mu(B.1.621和B.1.621.1)变异株。目前，Delta变异株为全球优势流行毒株。 SARS-CoV-2主要传播途径为呼吸道飞沫和密切接触传播，接触病毒污染的物品也可造成感染，在相对封闭的环境中暴露于高浓度气溶胶情况下存在经气溶胶传播可能。病毒在宿主外不能繁殖，但可在短期内存活，存活时间主要与湿度、温度和材质有关。在相同的材质下，低温干燥的环境有利于病毒的存活。因此，污染了SARS-CoV-2的冷链产品可通过国际贸易远距离跨国、跨地区和跨大洋传播。 SARS-CoV-2感染的临床表现差异很大，从无症状到死亡。确诊病例临床可分为轻型、普通型、重型、危重型。轻型患者症状很轻微，无肺炎表现；普通型有发热和呼吸道症状，影像有肺炎证据；重症患者气促、缺氧、肺部影像学进展迅速；危重型会出现呼吸衰竭、休克或合并其他脏器衰竭。 1.8人博卡病毒(human bocavirus，HBoV) HBoV属于细小病毒科，细小病毒亚科，博卡病毒属。目前为止发现4个基因型HBoV(HBoV1~4)。 HBoV所引起的呼吸道感染疾病四季均可发生，季节性不明显。 HBoV呼吸道感染所致临床表现与呼吸道其他病毒相比无特异性，轻者可无症状，或发热、流涕、咳嗽等，重者可致喘息、呼吸困难等，甚至死亡。 1.9人肠道病毒(human enterovirus，HEV) HEV在急性呼吸道感染中阳性检出率为4.7%~16.2%，EV-D68是公共卫生关注的一种肠道病毒病原体。 HEV属小核糖核酸RNA病毒科，肠道病毒属。基因组结构为单股正链RNA，可分为HEV-A(n＝25)，HEV-B(n＝63)、HEV-C(n＝23)和HEV-D(n＝5)4组。 HEV全年散发，各月份均有检出。但在急性呼吸道感染中，HEV在我国流行具有明显的季节性，高峰期主要集中在4-7月，年龄分布主要在5岁以下。 HEV大多数血清型对人类可致病，既可表现为无症状或上下呼吸道感染，也可引起包括急性出血性结膜炎、病毒性脑炎、急性迟缓性麻痹、病毒性心肌炎等严重疾病。 常见细菌      引起儿童呼吸道感染的常见细菌有A族链球菌、肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌、流感嗜血杆菌、百日咳鲍特菌、大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、结核分枝杆菌、铜绿假单胞菌等。这些常见细菌性呼吸道感染季节性并不明显，可能多见于季节变换的时期。 2.1 A族链球菌 具有β溶血性特点，也称为A组β溶血性链球菌，是致病力最强的链球菌。其主要致病因子包括链球菌M蛋白、溶血素和胞外酶等。在呼吸系统主要引起上呼吸道感染，包括咽扁桃体炎、化脓性中耳炎、鼻窦炎等，较少引起肺炎和胸膜炎。该菌可致链球菌感染后肾小球肾炎和急性风湿热。 2.2 肺炎链球菌 定植在人上呼吸道，可通过飞沫传播，其侵袭力主要为荚膜，溶血毒素(haemolysin，HL)和NA也是其主要致病因子，多引起呼吸道疾病；根据肺炎链球菌表面荚膜多糖抗原的差异，可分为不同血清型，目前已知有100种血清型，目前引起我国儿童感染的主要有19F、19A、23F、14、6A和6B型等；可以引起上下呼吸道感染，是儿童社区获得性肺炎最常见的细菌性病原。WHO建议将肺炎链球菌疫苗纳入婴儿常规免疫计划，对所有<2岁的儿童进行肺炎链球菌疫苗接种，以预防由该菌引起的多种感染。 2.3 流感嗜血杆菌 是一种多形性革兰阴性杆菌，常定植于人上呼吸道，有3种主要抗原成分，型特异性荚膜多糖抗原(M抗原)、型特异性菌体抗原(S抗原)和种特异性菌体抗原(R抗原)，分为可分型(有荚膜)和不可分型(无荚膜)两类菌株，有荚膜流感嗜血杆菌分为a、b、c、d、e、f 6个血清型，其中b血清型致病力最强，f型次之。目前全球范围内致病型别以无荚膜型最为常见，是急性中耳炎、急性上颌窦炎、迁延性细菌性支气管炎、肺炎的重要病因。疫苗可以预防b型流感嗜血杆菌疾病。 2.4 金黄色葡萄球菌 金黄色葡萄球菌在显微镜下排列成葡萄串状，无芽孢、鞭毛，大多数无荚膜，常见于皮肤表面和上呼吸道黏膜，约30%的人可在鼻腔，特别是鼻前庭后部携带该细菌；产生并分泌外毒素休克综合征毒素1(toxic shock syndrome toxin-1，TSST-1)和肠毒素，特别是杀白细胞素(panton-valentine leukocidin，PVL)，是一种具有强效细胞溶解及炎症活性的打孔毒素，另外HL、表皮剥脱素和耐热核酸酶也是金黄色葡萄球菌的毒力因子。金黄色葡萄球菌致病特点之一是引起化脓，造成组织坏死和脓肿。除了可以引起上呼吸道感染外，还可以导致支气管炎、肺炎、肺脓肿、肺大疱、胸膜炎等。由于广泛使用抗生素，耐药性(mecA)的传播越来越受到医疗机构的重视。 2.5 百日咳鲍特菌 是百日咳的病原体，人类是其唯一宿主，通过呼吸道飞沫传播，传染性强，易感人群主要集中在1岁以下婴儿，其致病物质包括荚膜、菌毛、内毒素和多种生物活性物质。百日咳毒素是主要的致病毒素。细菌附着在上呼吸道的纤毛上，释放毒素，从而损害纤毛并导致气道肿胀。尽管全球范围常年维持较高的疫苗接种率，近一二十年来多个国家地区出现了明显的百日咳再现。百日咳鲍特菌导致肺炎的比例为25%~88%，部分合并肺不张，极少见侵袭致胸膜炎。 2.6 大肠埃希菌 为革兰阴性杆菌，是一大群多样的细菌，大多数位于肠道内的大肠埃希菌为非致病性菌株，部分大肠埃希菌群含有毒力因子，可发生胃肠道外传播及致病；目前基于主要表面抗原可分为约190个血清群，某些种类的大肠埃希菌会导致腹泻，部分种类可致尿路感染，在呼吸系统常致新生儿和小婴儿肺炎，可伴有脓胸，较少致肺脓肿，多在医院环境下发生。 2.7 肺炎克雷伯菌 是肠杆菌科克雷伯杆菌属的一种细菌，属于人类口腔和肠道正常菌群，在致病性克雷伯杆菌中，肺炎克雷伯杆菌感染最为多见，是社区和医院获得性肺炎的重要细菌性病原，尤其是碳青霉烯耐药和高毒力肺炎克雷伯菌，肺部可形成空洞、单个或多个脓腔，与其他细菌比较，并发菌血症机会多。临床实验室分离的肺炎克雷伯菌主要分为3个亚种，分别为肺炎克雷伯菌肺炎亚种、肺炎克雷伯菌硬鼻亚种和肺炎克雷伯菌臭鼻亚种。 2.8 结核分枝杆菌 结核病是由一群关系密切的分枝杆菌引起的，统称为结核分枝杆菌复合群，包含至少13个成员，最常见的为人型、牛型、非洲型及鼠型，对人致病主要为人型，其次为牛型，在呼吸道主要导致原发性肺结核、血型播散性肺结核、支气管内膜结核及胸膜炎等。耐多药结核分枝杆菌是由至少对异烟肼和利福平这两种最有效的结核病药物有抗药性的病菌引起，成为危害人类健康的重要病原。 2.9 铜绿假单胞菌 是一种非发酵革兰阴性杆菌，在自然界分布广泛，各种水、空气、正常人的皮肤、呼吸道和肠道等均有本菌存在。为条件致病菌，是医院内感染的主要病原菌之一。主要的致病因子包括绿脓菌素、脂多糖、弹性蛋白酶和外毒素A，外毒素A是最主要的致病因子，经常引起术后伤口感染，也可引起褥疮、脓肿、化脓性中耳炎等；亦是呼吸机相关性肺炎的常见原因。 非典型病原 儿童呼吸道感染的非典型病原体主要包括肺炎支原体(Mycoplasma pneumoniae，MP)、肺炎衣原体(Chlamydia pneumonia，CP)、沙眼衣原体(Chlamydia trachomatis)及嗜肺军团菌(Legionella pneumophila，LP)。 3.1 支原体 是一类无细胞壁、多形性、可通过滤菌器的原核细胞型微生物。是目前所知的能在无生命培养基中繁殖的最小的微生物。其属于柔膜体纲支原体目下的支原体属。其中MP是呼吸道感染的常见病原体之一。全球感染率达9.6%~66.7%，且有逐年增高的趋势。全年发病，冬季更多见，每3~7年发生一次大流行。MP感染以学龄儿童多见，潜伏期为2~3周，突出表现为阵发性刺激性咳嗽，以夜间为重，咳少量黏痰或黏液脓性痰，有时痰中带血，也可有呼吸困难、胸痛。发热可持续2~3周，体温正常后仍可遗有咳嗽。严重MP感染可出现肺内肺外并发症的重症肺炎。 3.2 衣原体 是一群体积较小，能通过细菌滤器，细胞内专性寄生，并有独特发育周期的原核细胞型微生物，属于衣原体目衣原体科衣原体属。根据衣原体的抗原构造和DNA同源性的特点，将衣原体属分为4个种，包括沙眼衣原体、CP、鹦鹉热衣原体和家畜衣原体。能引起人类致病的主要是前3种。其中沙眼衣原体可分3个生物亚种，可引起结膜炎和婴幼儿肺炎。CP只有1个血清型，即TWAR组，CP传播方式主要是人与人之间经飞沫或呼吸道分泌物传播，常可呈地方性、散发性流行。CP引起的呼吸道感染约70%是无症状的或仅具有轻度症状，约30%为社区获得性肺炎。 3.3 军团菌 系需氧革兰阴性杆菌，广泛存在于湖泊和河流等天然水源及土壤中，也可在冷热水管道等人造水系统中繁殖。目前已知军团菌属有58个种和3个亚种，70个血清型，能引起人类疾病的约有30种，其中与人类疾病关系最密切的是LP，已确认有15个血清型，其中l型和6型最为常见，在欧美国家感染病例中，1型占80%。LP在自然界存活时间长，常在宿主免疫能力下降时依靠胞内寄生功能产生致病性，全年均可发病，夏秋季多，各年龄段均可以发病，成人发病高于儿童，男多于女。LP能引起社区获得性肺炎，特别是重症肺炎，还可引起医院内感染和旅游性肺炎，其潜伏期大约为2~14 d。可能出现前驱疾病，症状包括头痛、肌痛、虚弱和厌食。除了一些免疫功能低下的患者外，通常会出现发热，并且通常伴有相对的心动过缓。肺炎患者出现胃肠道和神经系统表现应提示军团病。胃肠道症状可能很突出，包括腹泻、恶心、呕吐和腹痛。约50%的患者咳嗽时会产生脓痰，并可能出现胸膜炎性胸痛。头痛可能很突出，并伴有意识模糊、癫痫发作和局灶性神经系统表现。 非典型病原 真菌是一种具有真核、能产孢、无叶绿体的真核生物。目前儿童呼吸道真菌感染的常见种类为假丝酵母菌属(Candida)、荚膜组织胞浆菌(Histoplasma capsulatum)、皮炎芽生菌(Blastomyces dermatitidis)、球孢子菌属(Coccidioides)、曲霉菌(Aspergillus)和新型隐球菌(Cryptococcus neoformans)等。真菌侵袭性感染常见于免疫功能受损时，尤其是各种免疫功能缺陷病、中性粒细胞减少、接受长期免疫抑制治疗及人类免疫缺陷病毒(HIV)感染的儿童；某些特殊情况下，如糖尿病酮症酸中毒患者的血清可刺激毛霉菌的生长。呼吸道真菌感染无明显季节特点。 由于全球气候变化和人类活动范围的扩大，真菌感染的流行病学也在发生变化。组织胞浆菌病和球孢子菌病在北美比较多见，芽生菌病和孢子丝菌病在北美和世界其他地区引起散发性病例，东南亚地区马尔尼菲青霉菌(Penicillium marneffei)病在免疫缺陷(如获得性免疫缺陷综合征)患儿中比较常见，而在南美洲，副球孢子菌经常引起皮肤和骨关节的感染。 4.1 假丝酵母菌感染 假丝酵母菌属菌体呈圆形或卵圆形，直径3~6 μm，革兰阳性，着色不均匀。可形成芽生孢子和假菌丝，经培养假菌丝中间或顶端可形成厚膜孢子。具有侵袭性的菌株在体内易形成假菌丝。 多种假丝酵母菌都能引起临床症状，但儿童以白色假丝酵母菌(Candida albicans)感染最常见。临床表现不一，可表现为局部黏膜感染，也可表现为广泛性播散，累及多系统器官。口咽假丝酵母菌病(鹅口疮)常见于小婴儿，也可见于使用抗菌药物、吸入性糖皮质激素(治疗哮喘或鼻炎)、化疗或放疗的年龄较大儿童以及有细胞免疫缺陷的儿童。侵袭性假丝酵母菌病尚与气管插管、中心静脉置管等有关。 4.2 荚膜组织胞浆菌感染 荚膜组织胞浆菌在自然界广泛分布，在被鸟类或蝙蝠粪便污染的土壤中最容易增殖。35 ℃培养时，可见直径3~5 μm，大小均匀的梨形孢子，人体感染荚膜组织胞浆菌后，一般可在巨噬细胞内或其周围发现其孢子，直径约2~4 μm，卵圆形，大小均一。 大多数病例是在较大量的暴露后数周发病，临床表现较轻，除发热外，体格检查通常无明显异常，但也可能发现啰音或实变证据。某些急性组织胞浆菌病患者可表现出流感样症状，伴呼吸道症状和影像学异常。症状通常在数周内缓解，但疲劳和乏力可能持续数月，尤其是病情更严重者。X线影像学通常显示局灶性浸润及纵隔或肺门淋巴结大。组织胞浆菌病经常被误诊为社区获得性肺炎，只有在经验性抗菌药物治疗无效后才会考虑该诊断。 4.3 隐球菌属感染 隐球菌在世界范围内广泛分布，其中新型隐球菌感染最为多见，其为圆形或卵圆形，单芽，厚壁，有宽阔、折光性的胶质样荚膜。隐球菌大小相差很大，一般直径多为4~7 μm，有些直径可达20 μm。周围荚膜由黏多糖组成，厚约3~5 μm。 隐球菌已成为一个重要的真菌感染病原体，可见于免疫功能正常的儿童。中枢神经系统和肺部是两个最常受累的器官，可表现为致命性脑膜脑炎和/或肺炎。咳嗽、呼吸困难和胸痛是最常见的肺部感染症状，但胸部影像学显示肺部结节或隐球菌性肉芽肿的儿童也可能无呼吸道症状。除了累及中枢神经系统和肺部，隐球菌还可累及皮肤、软组织、骨、关节、骨髓和淋巴结等，腹腔内隐球菌病少见。 4.4 曲霉菌感染 曲霉菌是一种典型的丝状菌，主要以枯死的植物、动物的排泄物及动物尸体为营养源。曲霉菌丝有隔膜，直径3~6 μm，分支呈锐角45°，菌丝两侧平行。 曲霉菌感染多见于宿主免疫抑制情况下。侵袭性曲霉菌病最常累及肺部。患儿表现出多种症状和体征，包括发热、胸痛、呼吸急促、咳嗽和/或咯血。中性粒细胞减少的肺曲霉菌病患儿存在典型三联征：发热、胸痛和咯血。胸部影像学检查常见肺结节和/或浸润影。烟曲霉亦可引起变应性支气管肺曲霉病(allergic bronchopulmonary aspergillosis，ABPA)，急性期主要为咳嗽、喘息、咯痰、咯血及发热。可咯出棕色痰栓。曲霉尚可以引起中枢神经系统感染。 4.5 毛霉菌(Mucor)感染 毛霉菌在土壤、粪便、禾草及空气等环境中存在。菌丝粗大不规则，无隔、多核、分枝状，直径约5~60 μm，不产生定形菌落。 毛霉菌感染在儿童中发病率逐渐升高，与免疫受损或其他免疫抑制患儿生存率的提高有关。毛霉菌病的特征为菌丝侵犯血管系统导致宿主组织梗死和坏死。糖尿病酮症患儿容易发生鼻脑型毛霉菌病或肺毛霉菌病，这是一种罕见但通常致死的真菌感染。鼻脑型毛霉菌病表现为急性鼻窦炎，伴发热、鼻充血、脓性鼻分泌物、头痛和鼻窦区疼痛。所有鼻窦均受累，并蔓延至邻近结构。肺毛霉菌病主要表现为发热伴咯血，亦有肺梗死及血栓形成。 4.6 马尔尼菲蓝状菌感染 马尔尼菲蓝状菌，原名马尔尼菲青霉菌，是双相型真菌，在30 ℃时呈现为菌丝形态，而在37 ℃时则为酵母形态。在细胞内菌体呈卵圆形、椭圆形，其大小形状一致，直径约2 μm。而游离于组织细胞外的菌则具有多形性，大小形差异大，直径为1~8 μm。 马尔尼菲蓝状菌可引起全身性真菌感染，主要来自东南亚和中国南方，在免疫功能低下者中会发生蓝状菌病。马尔尼菲蓝状菌的传播方式仍不明确。症状和体征不一，轻则为单纯性皮肤病变，重则发生呼吸衰竭和循环衰竭，儿童和成人的表现相似。呼吸系统受累患儿可出现咳嗽、发热、呼吸困难和胸痛，胸片可显示弥漫性网状结节浸润、局限性或弥漫性肺泡浸润。 END 免责声明：本文仅作知识交流与分享及科普目的，不涉及商业宣传，不作为相关医疗指导或用药建议。文章如有侵权请联系删除。 TDS2025检测自动化建设与应用论坛主会场，大会第一天下午茶歇前授课时间段预定开始，咨询热线：177 0186 0390。点击图片，查看TDS2024会后报告

IND2025主会场授课已被预定，大会第一天下午茶歇前授课时间段预定开始，咨询热线：177 0186 0390。点击图片，查看IND2024会后报告 这篇的作者是“茉莉飘香” 很多朋友都知道，她是推动tNGS繁荣的“功臣”之一 这次的tNGS专家共识，她怎么看？ 以下是正文 我们所有的争论，是为了“分高下”吗？ ——前言 10月18日下午，京港感染论坛会议现场。 我们迎来了第一个真正意义上的、由检验专家执笔、临床专家深度参与的“靶向高通量测序在感染性疾病中的应用与实践”专家共识。 作为见证了tNGS从诞生到繁荣再到如今乱战的深度参与者，我的内心百感交集。 共识中的不少建议和观点，既让我想起了个人过去三年在该领域的实践经验，也给到了我一些新的启发。 在这里斗胆做个解读，旨在抛砖引玉，和大家一起推动tNGS的合理临床应用。 如何定位tNGS？ 多重扩增 or 探针捕获？ mNGS何去何从？ 01 如何定位tNGS？ 和mNGS产品的“全面覆盖”不同，tNGS从诞生之初，就定位“小而美”。 这个“小”有两层意思： 第一层是“少”，通过更少的检测靶标来降低成本，减轻支付的经济负担。 第二层是“精”，针对不同感染系统或部位的病原流行病学规律，确定打靶病原范围。 而第二层是我认为tNGS能够独立成为一个品类的关键。 有些朋友说mNGS和tNGS的差异是在“无需预测” vs “相对预测”，这当然是对的。 但我更倾向于这二者只是把“预测”的时间点进行了调整： mNGS将“预测”留到了解读环节，检测是全面的，但解读是有选择的。 tNGS则是将“预测”前置到了设计环节，通过对某个系统感染的常见和相对罕见病原的预测，利用“引物或探针”打靶提升NGS病原检测的特异性和敏感性，避免了在该系统定植微生物或不导致该系统感染的微生物的干扰。 所以，我们一开始做tNGS产品定位时，称其为“更接近临床微生物感染真相”的高通量测序产品。 这样的产品其实挺考验设计者对不同微生物生物特性的理解，以及对人体各系统感染不同特点的认知和理解。 我举一个印象很深刻的例子： 既往在mNGS的临床实践中，我们常在肺炎患者的BALF或者痰液样本里检出肠球菌。但实际上，迄今为止我们在文献中尚未有任何符合科赫法则的证据证明肠球菌肺炎。 在设计tNGS呼吸道panel的病原范围时，我和研发就是否纳入肠球菌曾激烈争论。 我的观点多少带着医生背景的“偏执”： 抗生素耐药和不合理使用迄今仍是全球公共卫生的困局和负担，因此作为一个试图“更接近特定部位感染病原真相”的产品，我们要解决的是相对常见的、覆盖绝大多数感染病原诊断。 在这个前提下，如果在呼吸道panel中纳入肠球菌，会不会造成临床误解，甚至增加临床针对耐药G+抗生素不合理使用呢？ 同理，在适用咽拭子样本的上呼吸道的panel中，纳入结核分枝杆菌复合群是否必要？ 如果咽拭子样本检出结核，是否真阳性？ 同样，如果咽拭子样本检出念珠菌是否有临床意义呢？我们每个人的口咽部都存在念珠菌定植啊！ 所以，我一直在各种场合建议tNGS不应该是“小宏基因”，tNGS不应该“一个panel适用全样本类型”的原因也在于此。 很高兴看到，今天发布的tNGS检验专家共识也是认同该观点的。 02 探针捕获是mNGS 2.0吗？ 首先恳请友商不要揍我，这纯属科学技术探讨哈！ 这次发布的专家共识将探针捕获NGS定义为tNGS中的一种。 同时也充分肯定了探针捕获NGS较多重PCR引物扩增子NGS具有更好的兼容性，覆盖基因组范围更大、更广谱。 这也是为何在探针捕获NGS诞生之初有被定义为“mNGS2.0”的很重要原因。 如果是百万级别探针捕获，且病原设计充分考虑到种、属、保守序列以及SNP覆盖，甚至有些基因组小的RNA病毒全基因组覆盖，加上磁珠的非特异性捕获，的确也是可以说其覆盖范围可以等同mNGS的。 但就像我前面说到的，tNGS区别于mNGS的核心是把“预测”前置到设计环节。 即使是百万探针，其性能也不是均一的。 其捕获性能较好的，或者说发挥了捕获正向富集作用的，仍然是探针打靶重点覆盖的、既往mNGS数据积累的、在临床样本检出过的那几千种微生物。 这，已经是一种预测。 因此，从这个角度而言，定义为tNGS也是合理的。 03 多重扩增 or 探针捕获？ 这个问题的答案在不同临床场景下是不一样的。 过去3年，多重PCR引物扩增子tNGS是率先起步的，因此其发展也更为成熟。 以应用最广的上呼吸道和下呼吸道panel为例，诞生至今可以说经历过无数次临床感染和微生物专家鞭打和教育。 所以，扩增子tNGS不管是病原范围、引物设计还是生信分析都相对成熟。 目前常见的呼吸道tNGS的标配就是可同时检测RNA病毒和DNA病毒，并且panel覆盖上既包括了导致呼吸道感染的常见病原，也纳入了免疫缺陷患者呼吸道感染可见的真菌、NTM和部分胞内病原。 在我看来，98%的临床呼吸道感染的病原诊断使用多重扩增tNGS已经可以满足临床需要。 在呼吸道之外，中枢神经系统、生殖系统、消化道系统感染以及真菌感染也有相应的扩增子tNGS产品，但因为临床应用的量还较少，期待更多研究验证其性能。 而探针捕获tNGS实则在mNGS基础上增加了磁珠捕获，因此其在特定场景中优势相当明显： 比如对cfDNA打靶较扩增子tNGS更友好。 再加上病原覆盖范围更广，所以在解决中枢神经系统和血流感染的场景中，探针捕获tNGS是能解决这两个场景目前病原诊断痛点的产品。 有小样本研究发现，在初步诊断脓毒症的患者外周血样本中，探针捕获tNGS仅1M数据量，其病原检出的敏感性就远远超过了100M数据量的mNGS。 临床上社区获得性脑膜脑炎、不明原因发热、感染性心内膜炎、脓毒血症等都是探针捕获tNGS更合适的应用场景。 “橘生淮南则为橘,生于淮北则为枳” 再好的产品，也得放在正确的临床场景中才能起到“正向”的助益。 这一点不管对于扩增子tNGS还是探针捕获tNGS，都是一样的。 04 mNGS会被tNGS替代吗？ 虽然我参与了tNGS对mNGS的“围剿”，但我内心的看法从未改变： “这种替代一定会在部分临床场景中发生，但绝不是全部” 先举一个“替代”的例子： 在结核分枝杆菌鉴定和耐药基因检测领域多重扩增tNGS是真的完胜mNGS的。 有研究证实其检测TB的敏感性等同于甚至优于Xpert。这可能是因为其引物设计较Xpert覆盖了更全面的基因和SNP范围。 WHO是有明确文件倡导结核耐药基因检测，来指导耐药结核治疗的（这和细菌领域耐药基因型不能完全等同表型极大不同），也推荐了tNGS用于该场景的检测。 究其原因，是mNGS在这个场景中检测结核耐药基因是相对困难的。 一方面因测序深度不足导致无法检出，另一方面可能因为样本中病原载量较低导致测不到。 扩增子tNGS可正向富集病原核酸，且通过引物设计，可极大弥补测序深度不足导致的耐药基因漏检。 尤其结核耐药突变往往是点突变，mNGS要想检出非常困难，而tNGS恰好可以解决这个痛点。 tNGS甚至可以报告突变频率，更精准的帮助临床判断该耐药突变的实际影响。 但是，这样的故事并不是所有临床场景的“模板”。 mNGS的“广覆盖，无差别”对罕见病原尤其是“X病原”的发现，仍有其不可替代的地位。 抛开这些“独占场景”，随着测序成本的降低，在一些“性能相当”的场景下，mNGS也还是可以继续和tNGS一较高下的。 05 多重PCR的POCT会如何？ “tNGS会被多重PCR的POCT产品取代吗？” 这个是我最近被反复问到的问题。 （十八块腹肌的胖鸽乱入：我也问了，嘻嘻） 在我看来这依然不是一个有“统一答案”的问题： tNGS和多重PCR的POCT都是临床需要的优秀分子诊断产品，他们在互相竞争也互相补位。 多重PCR的POCT操作简便、TAT短、特异性和敏感性俱佳，非常合适门诊和对TAT有较高要求的临检场景。 tNGS覆盖病原范围较多重PCR的POCT广，更合适住院患者感染病原诊断。 当然，现在也出现了不少病原范围40-60种，甚至90多种的多重PCR产品，这些产品也可能在将来代替一部分tNGS。 06 写在最后 我想套用尹教授的一段话作为结尾： 我们所有的争论，其目的都不是分出观点高低。 我们的目标是一致的，都是希望在感染性疾病病原诊断、耐药基因检测和流行病学研究领域的应用上找到最合适的路径，为临床提供更加精准高效的感染性疾病管理策略。 感谢各位专家在共识制定过程中的努力。 此文成稿于离开上海的航班上，是我作为行业参与者的有感而发，也是tNGS专家共识的狗尾续貂。 抛砖引玉，希望感染分子诊断能得到更好发展和应用，造福患者。 欢迎大家的拍砖和指正。 ------彩蛋、彩蛋、彩蛋环节------ 茉莉飘香最后说“欢迎大家的拍砖和指正”，那我自然看热闹不嫌事大 所以我邀请了我们的老朋友波哥来“拍砖”了一下。 以下为波哥的话： END 免责声明：本文仅作知识交流与分享及科普目的，不涉及商业宣传，不作为相关医疗指导或用药建议。文章如有侵权请联系删除。 TDS2025检测自动化建设与应用论坛主会场，大会第一天下午茶歇前授课时间段预定开始，咨询热线：177 0186 0390。点击图片，查看TDS2024会后报告

8月防病提醒 常州疾控 近日来，受台风影响，高温与暴雨天气交替出现，加之夏季是肠道传染病和虫媒传染病的高发季节，对广大居民身体健康造成威胁。为度过一个轻松愉快的暑期，请关注这份8月防病提醒哦！ PART.01 手足口病 手足口病是由肠道病毒引起的传染病，引发手足口病的肠道病毒有20多种，常见的有Cox A6、Cox A16、Cox A10和EV71型等。 当前，我市监测数据显示：已进入手足口病高发期。本病多发生于5岁以下儿童，表现为口痛、厌食、低热，手、足、口腔等部位出现小疱疹或小溃疡，多数患儿一周左右自愈，少数患儿可引起心肌炎、肺水肿、无菌性脑膜脑炎等并发症。 如何预防 1. 做好手卫生，饭前便后洗手，不用脏手触摸脸、口、眼睛等部位。 2. 不喝生水、吃生冷食物，对日常接触频繁的生活用品进行清洁或消毒。 3. 家长要密切关注暑期幼托班儿童出勤情况，尽量避免孩子接触患病儿童。 4. 接种EV71疫苗可有效预防由EV71病毒感染引起的手足口病。 PART.02 霍乱 霍乱是由霍乱弧菌病毒污染水和食物而引起传播的肠道传染病，临床上以剧烈呕吐、脱水、肌肉痉挛和尿闭为特点，严重的可引起休克、酸中毒等。夏季是霍乱的高发季节，婚、丧家庭办酒或个人不注意饮食饮水卫生容易引发霍乱疫情。 如何预防 1. 夏季注意饮食饮水卫生，尽量少吃生或半生的水产品、凉拌菜等生冷食物，不吃不洁、不卫生、腐败食品。 2. 怀疑自己患病后及时就医，告知医生饮食、饮水史。 PART.03 细菌性食源性疾病 8月的高温天气适宜细菌迅速增殖，食品的腐败变质速度明显加快，细菌性食源性疾病仍处于发病的高峰期。细菌性食源性疾病的主要病原体有副溶血性弧菌、沙门菌、金黄色葡萄球菌、致病性大肠杆菌等。 如何预防 1. 饭前便后、加工制作食品前要洗手；定期对餐具进行消毒；要注意生熟分开，食物及时妥善低温保存。 2. 在外就餐尽量不吃生冷、半生的海产品和水产品等食物；不吃腐烂的蔬菜、水果。 PART.04 发热伴血小板减少综合征 俗称“蜱虫病”，是一种由发热伴血小板减少综合征病毒感染引起的自然疫源性疾病，主要通过蜱虫叮咬传播，临床表现以发热（多在38℃以上）、白细胞降低和血小板减少为主，部分患者可因肝、肾、心脏等多器官衰竭而死亡。 如何预防 1. 定期清理住家周围的杂草，整齐堆放杂物，经常打扫禽畜圈舍，及时清除垃圾，避免蜱虫孳生。 2. 蜱虫活跃季节，尽量避免在草地、树林等蜱类主要栖息地长时间坐卧、晾晒衣物。户外活动时，应穿浅色长袖衣裤，扎紧裤腿或把裤腿塞进袜子/鞋子里。 3. 如发现体表有蜱虫附着，不要生拉硬拽，及时就医。 PART.05 登革热 登革热是登革病毒经蚊媒传播引起的急性虫媒传染病，人群普遍易感。登革热的典型临床表现主要为发热、疼痛、皮疹等症状，严重者可出现出血、休克甚至死亡。 8月天气炎热、降雨增多、蚊媒孳生活动频繁，为登革热的传播创造了条件；随着暑期家庭出游人员流动增加，境外输入和国内跨地区溢出风险加大，我市发生输入和本土登革热疫情暴发和流行的风险逐渐升高。 如何预防 1. 流行季节注意使用蚊帐、灭蚊剂等产品，做好个人防护、防止蚊虫叮咬。 2. 到登革热流行区旅游或生活，应注意做好防蚊措施，避免在蚊虫活动活跃的地方如树荫、草丛、凉亭等户外阴暗处长时间逗留。 3. 尽量避免前往登革热流行地区旅行，如东南亚、南亚等地区，如确需前往，务必做好防蚊措施。旅行结束后14天内，如出现发热、皮肤潮红、肌肉、骨骼疼痛等症状，应及时前往医院发热门诊就医，并主动向医生说明旅行史及同行人员健康状况。 来源：常州疾控 急传免规科/文