前言
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科研进展2025年8月29日【蛋白质-配体】J. Chem. Inf. Model. | 蛋白质-配体硫键的表征:来自数据库调查和量子力学计算的见解2025年8月29日【图学习】J. Chem. Theory Comput. | 基于图学习的 RNA-蛋白质复合物结构评分2025年8月28日【靶向蛋白】J. Med. Chem. | 靶向蛋白降解的表型筛选:策略、挑战与新兴机遇2025年8月28日【深度学习】J. Chem. Inf. Model. | MultiSAAl:基于多尺度深度学习的序列信息引导的抗体 - 抗原相互作用预测2025年8月27日【药物发现】J. Chem. Inf. Model. | 计算药物发现中分子模拟机器学习势能的基本稳定性测试2025年8月27日【SARS-CoV-2】ACS Omega | 含有P1′位点5-取代苯并噻唑-2-羰基基团的SARS-CoV-2主要蛋白酶抑制剂及其衍生物
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1.【蛋白质-配体】
硫原键(ChBs)是生物系统和药物分子中必不可少的非共价相互作用,在稳定蛋白质结构和决定药物结合构象方面起着关键作用。虽然先前对生物系统中ChBs的研究主要集中在残基之间和药物分子内部的相互作用,但对蛋白质和配体之间ChBs特征的系统研究仍然有限。本研究利用全面的数据库分析和精确的量子力学(QM)计算,系统地探索了蛋白质和含硫配体之间的ChBs。这些发现揭示了硫在整个药物开发过程中的持续流行,强调了考虑硫在基于片段的药物设计中的作用的重要性。蛋白质数据库(PDB)的一项调查确定了蛋白质配体复合物中ChBs在距离、角度和主链/侧链相互作用方面的特定偏好,为基于结构的药物设计提供了有价值的见解。此外,QM计算表明,蛋白质配体ChBs具有静电互补、分散和分子间/分子内电荷转移的特征。这项系统的研究大大提高了我们对生物系统中蛋白质配体ChBs的理解。
链接网址:https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.5c01492
DOI:https://doi.org/10.1021/acs.jcim.5c01492
2.【图学习】
开发合适的评分函数对于预测RNA-蛋白复合物结构至关重要。传统的基于统计电位的评分函数在处理构象灵活性方面存在缺陷。最近卷积神经网络(CNN)在这一领域的应用显示出解决这一问题的潜力。然而,与CNN相比,图深度学习在与生物分子相关的结构和功能预测任务中普遍表现出更好的性能。在此,我们提出了EGARPS+,这是一种应用图学习理论来评估RNA-蛋白质复合物结构的新尝试。该算法由分子间模块和分子内模块组成,分别建立在等变图神经网络上,并设计了特定的注意机制。此外,我们采用了以前未探索过的序列、结构和相互作用特征来完整地表示界面区域。我们的算法在绑定和非绑定数据集上始终优于基于CNN的方法和传统的统计潜力。该模型擅长处理构象变化较大、界面尺寸较小、结构相似性较低的配合物。EGARPS+还可以提高RoseTTAFoldNA和AlphaFold3对从头RNA-蛋白复合物的预测。最后,可解释性分析强调了RNA-蛋白相互作用中保守基序和氢键的重要性。
链接网址:https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.5c00831
DOI:https://doi.org/10.1021/acs.jctc.5c00831
3.【靶向蛋白】
在靶向蛋白质降解领域,表型筛选正在重新兴起,作为靶向方法的有力补充,靶向方法通常受到详细结构和配体结合信息要求的限制。相反,表型蛋白降解物发现(PPDD)遵循“生物学优先”的理念,根据细胞反应识别活性降解物。从这个角度来看,我们严格检查PPDD工作流程的核心组成部分,包括检测选择,文库构建和靶标/E3连接酶反卷积,强调这种方法如何获得新的降解和生物学见解。我们还分析了关键挑战,如识别降解驱动的表型和阐明机制,并强调CRISPR筛选、多组学、自动化和基于机器学习的分析等新兴技术如何重塑PPDD的格局。这一观点强调了表型筛选的独特潜力,通过提供新的化学和生物学起点来解决传统上棘手的蛋白质,从而扩大可降解蛋白质组。
链接网址:https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jmedchem.5c00949
DOI:https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.5c00949
4.【深度学习】
抗体-抗原相互作用预测对治疗发展至关重要,但实验成本仍然很高。依赖于静态快照的基于结构的方法经常错过抗体-抗原结合所必需的动态构象变化,这强调了对精确的基于序列的方法的需求。我们提出MultiSAAI,这是一个序列信息框架,通过明确考虑抗体重链和轻链在抗原结合中的不同作用来模拟抗体-抗原相互作用。MultiSAAI集成了语言模型嵌入、物理化学性质、几何约束和残基可替代性,以表征抗体-抗原在多个尺度上的相互作用,采用多尺度网络架构,同时评估结合界面上的全局残基对兼容性和局部氨基酸适合度。此外,结合位点特异性信息和基于生物学的结合原则,该模型可以更密切地反映相互作用的实际机制。基准结果表明,MultiSAAI在通用抗体-抗原相互作用数据集上的AUROC得分为0.772,在SARS-CoV-2数据集上的AUROC得分为0.947,优于现有的A2binder、AbAgIntPre等方法。最后,大规模的初步抗体筛选进一步验证了MultiSAAI在高通量治疗性抗体发现方面的潜力。
链接网址:https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.5c01511
DOI:https://doi.org/10.1021/acs.jcim.5c01511
5.【药物发现】
基于量子力学数据训练的神经网络电位能够以较高的速度和精度计算分子间的相互作用。然而,并不是所有的神经网络电位都适合分子模拟,因为它们可能表现出不稳定性、非物理行为或缺乏准确性。为了评估神经网络电位的可靠性,在模型训练期间、气相和凝聚相进行了一系列测试。测试过程基于ANI-2x数据集,使用ANI-2x和MACE架构对8个内部神经网络电位进行了测试。这个一致的框架允许对模型体系结构对其性能的影响进行评估。为了比较,我们还对公开可用的神经网络电位进行了稳定性测试:ANI-2x, ANI-1ccx, MACE-OFF23和AIMNet2。结果表明,不同的模型存在不同的缺陷。对14个离能量最小值有较大位移的简单基准分子的正态分析表明,MACE-OFF23-S模型与参考量子力学能量面存在较大偏差。四种基准体系TYK2、CDK2、JNK1和P38的蛋白-配体相互作用能表明,几乎所有模型与实验结合亲和力的相关性都高于chemgass4对接评分(平均R2 > 0.16)。然而,不同机器学习潜力的混合结果表明,在模型训练和为实际应用选择神经网络潜力时必须非常小心。
链接网址:https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.5c01150
DOI:https://doi.org/10.1021/acs.jcim.5c01150
6.【SARS-CoV-2】
由于出现了耐药菌株,仍然需要开发抗SARS-CoV-2药物,而针对SARS-CoV-2的主要蛋白酶(Mpro)是开发抗COVID-19治疗方法的有力途径。迄今为止,我们已经开发了几种Mpro抑制剂,包括化合物3,4,TKB245(6)和TKB248(7),它们具有4-氟苯并噻唑酮部分作为弹头结构。进一步的研究导致了一种更有效的Mpro抑制剂TKB272(8)的开发,它具有5-氟苯并噻唑酮部分。TKB272(8)与TKB245(6)相比,氟原子引入位置的细微差异使其对VeroE6细胞的抗病毒活性提高了约3倍,对HeLahACE2-TMPRSS2细胞的抗病毒活性提高了15倍。在此,我们报道了TKB272的合成和构效关系(SAR)研究(8)。TKB272(8)是一种很有前景的COVID-19治疗候选药物,目前SAR研究的数据对进一步开发Mpro抑制剂有用。
链接网址:https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acsomega.5c05168
DOI:https://doi.org/10.1021/acsomega.5c05168
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药企动态2025年8月29日【勃林格殷格翰】全球首个!勃林格殷格翰口服HER2抑制剂在华获批上市2025年8月29日【恒瑞医药】恒瑞医药:国产首个EZH2抑制剂获批上市2025年8月28日【百利天恒】百利天恒EGFR/HER3双抗ADC拟优先审评2025年8月28日【昂利康】7.7亿元!昂利康引进亲合力CD47创新单抗2025年8月27日【罗氏】罗氏「利司扑兰片剂」在华获批上市2025年8月27日【百奥泰】百奥泰「乌司奴单抗」在欧盟获批上市
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1.【勃林格殷格翰】
8月29日,NMPA官网显示,勃林格殷格翰的宗艾替尼片(Zongertinib)的上市申请已获批准,用于治疗存在HER2(ERBB2)激活突变且既往接受过至少一种系统治疗的不可切除的局部晚期或转移性非小细胞肺癌(NSCLC)成人患者。该药物是全球首个且目前唯一获批的口服HER2酪氨酸激酶抑制剂。
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2.【恒瑞医药】2025年8月29日,NMPA官网公布,江苏恒瑞医药自主研发的1类创新药泽美妥司他片(商品名:艾瑞璟,原名SHR2554)获批上市,成为国内首个获批的国产EZH2抑制剂,适用于既往接受过至少1线系统性治疗的复发或难治性外周T细胞淋巴瘤(PTCL)成人患者 。链接网址请戳我3.【百利天恒】8月28日,CDE官网显示,百利天恒的注射用BL-B01D1(伦康依隆妥单抗)拟纳入优先审评,用于既往经PD-1/PD-L1单抗治疗且经至少两线化疗(至少一线含铂)治疗失败的复发性或转移性鼻咽癌患者。链接网址请戳我4.【昂利康】8月28日,浙江昂利康制药股份有限公司(简称“昂利康”)发布公告:公司与亚飞(上海)生物医药科技有限公司、上海亲合力生物医药科技股份有限公司签署《战略合作协议之授权许可协议》,公司将获得靶向CD47的IMD-1005药物分子在中国(包括中华人民共和国大陆地区、香港特别行政区、澳门特别行政区以及中国台湾地区)的研发、生产、商业化独家权益。链接网址请戳我5.【罗氏】8 月 27 日,罗氏制药宣布,中国 NMPA 已正式批准艾满欣(通用名:利司扑兰/Risdiplam)片剂上市,用于治疗 2 岁及以上且体重≥20 公斤的儿童及成人患者的脊髓性肌萎缩症(下简称 SMA)。链接网址请戳我6.【百奥泰】8 月 27 日,百奥泰宣布乌司奴单抗生物类似药 Usymro 已获得获欧盟委员会上市批准,用于治疗成人中重度斑块状银屑病、活动性银屑病关节炎、中重度活动性克罗恩病,以及儿童中重度斑块状银屑病、中重度活动性克罗恩病。链接网址请戳我
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会议信息
2025年9月17-18日 上海恺默信息咨询有限公司举办SIT 2025第七届小分子药物创新峰会2025年9月17-18日 上海恺默信息咨询有限公司举办PMO 2025第二届多肽及代谢&减肥药物峰会
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SIT 2025第七届小分子药物创新峰会
主办方:上海恺默信息咨询有限公司
会议时间:2025年9月17-18日
会议地点:上海
会议主旨:深入探讨小分子药物的创新路径,分享业内最前沿的技术与策略。共同探索小分子药物的无限可能,携手推动药物研发领域的持续进步。
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PMO 2025第二届多肽及代谢&减肥药物峰会
主办方:上海恺默信息咨询有限公司
会议时间:2025年9月17-18日
会议地点:上海
会议主旨:深入探讨GLP-1靶点药物在减重和糖尿病治疗中的最新进展,以及关注多元化代谢药物的研发动态和创新应用。
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