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本文导读
分子检测是精准肿瘤学的标配,但贵、毁组织、还慢。Paige 团队在 arXiv 2408.09554v4 上给出了一条新路径:在 MSK-IMPACT 489 基因面板配对的 75,383 张 H&E 全切片(60,529 位患者、71 种癌症)队列上训练并测试统一模型 OmniScreen(Virchow2 图块嵌入 + 注意力聚合),一次预测 1,637 个生物标志物——包括那些低流行度到"单独建模根本不现实"的靶点。它不仅能筛可成药靶点与基因组不稳定表型,还在"假阳性"里挖出了共享信号通路的形态学后果。
核心看点
① 一次训练,全癌种覆盖:Virchow2 图块嵌入 + 注意力聚合器,1,637 个标志物(489 个基因 + 通路/基因组不稳定表型)统一预测,不做"一个标志物一个模型";
② 成绩单:739 个标志物过基线(AUC>0.5、346 个基因、43 种癌症),93 个"顶流"(患病率>5%、AUC>0.85)平均 AUC 0.90;其中 29 个在 TCGA 独立队列复现,AUC 0.88 与 MSK 无显著差异;
③ 能直接用:BRAF V600E、FGFR3、ERBB2 扩增、EGFR/KRAS/MET/RET 热点,以及 MSI-H/dMMR(结直肠 AUC 0.97)、TMB-H、染色体不稳定;RET 融合与 ERBB2 扩增阴性预测值 100%,可当"排除型"标志物;
④ "假阳性"其实不假:EGFR 高置信预测的 299 例"假阳性"里,157 例携带同通路的 KRAS/MET/ALK-RET-ROS1 改变——模型看见的是通路激活的表型终点,而不是某一个基因。
一
分子检测的"三座大山",与 H&E 里的机会
单基因与多基因检测已经彻底改写了癌症的个体化治疗:AR 变异预测转移性去势抵抗性前列腺癌对内分泌治疗还是化疗耐药,BRCA1/2 胚系突变指导 PARP 抑制剂在高危早期 HER2 阴性乳腺癌中的使用,而 Oncotype DX、MammaPrint、Decipher 这类商业检测则提供了有价值的预后信息。但它们共同的短板同样刺眼——昂贵、耗时、且要消耗大量组织,在肿瘤材料本来就稀缺的病例里尤其施展不开。液体活检看似微创,却又撞上取材量低、细胞采集与保存流程不一致、以及非肿瘤突变克隆带来的敏感度与特异度下降。
常规 H&E 染色的全切片图像(WSI)可能是绕开这些限制的另一条路。切片人人都有、染色是病理科的日常、而且不额外消耗组织——如果能从形态里读出分子改变,筛查就能又快又省又保组织。更实际的用法是"分流":先用数字标志物把病例排个序,把不太可能有可操作结果的排除掉,把高优先级的送去确定性分子检测,在成本和周转时间上同时收益。数字标志物还能服务药物研发——加速新靶点发现、优化患者分层、提高临床试验的成功率,长远看甚至可以作为伴随诊断嵌入精准肿瘤学的工作流。
近几年确实有一批工作证明了这条路走得通:机器学习可以从常规 H&E 里找到与基因组异常相关的形态特征,直接预测可操作的基因改变。但绝大多数研究还停在"一个标志物 × 一种组织/癌种",受限于训练数据规模,也看不见跨癌种共享的形态模式。为每个标志物单独开一个模型,既吃资源又低效。真正的瓶颈在于:同时覆盖多标志物、多癌种所需的"带完整分子注释的 WSI"太难获得。TCGA 是多标志物研究的常用数据集,但主要面向研究用途,组织处理与分子检测的来源也更杂。
二
OmniScreen:一套模型,同时预测 1,637 个生物标志物
作者的解法是把"每个标志物一个模型"换成一个统一模型,把所有标志物一次预测完。数据来自两个来源:Memorial Sloan Kettering(MSK)的 MSK-IMPACT——FDA 批准的 489 基因靶向测序面板,配对同一 FFPE 蜡块的 H&E 切片,单中心控制了组织处理、图像采集与分子检测全流程;以及 TCGA PanCancer Atlas,用来保证对其他组织处理、染色与分子检测方法的泛化性。整个队列共 75,383 张 WSI、60,529 位患者,覆盖 71 种癌症(另有"未知"类别)。
真值标签共 1,637 个,包括致癌点突变、拷贝数扩增/缺失、融合事件,以及"一组共享信号通路基因中任一发生改变"的通路级标签——DNA 损伤反应(DDR)、RTK/MEK/ERK 通路(受体酪氨酸激酶–MEK/ERK)、同源重组缺陷(HRD)、mTOR 与 TGF-β 五条通路。此外还纳入了基因组不稳定表型:TMB-H(≥10 mut/Mb)、MSI-H/dMMR、Lynch 综合征,以及染色体不稳定(CIN,涵盖四倍体、全基因组加倍、LOH≥50%、FGA≥30%、基因组不稳定指数≥20%)。任务被形式化为多标签二分类:每个标签表示"某个基因的某类改变,或某条通路任一成员发生改变"是否存在。
图像侧的流程很标准:切片切成 224×224 像素图块,用全卷积网络(FCN)做前景组织过滤,每个前景图块经病理基础模型 Virchow2 编码为 1,280 维嵌入;一张切片因此表示为 N×1,280 的张量(N 为前景图块数),再送入带注意力机制的前馈网络聚合出切片级预测。样本级预测取该样本所有切片预测的最大值。训练/调参/测试按 4:1:1 划分,TCGA 的 80% 并入训练、20% 留作独立验证。
一个关键的设计细节是工作点的选择:在调参集上,对每个"标签 × 癌种"组合单独优化到 90% 敏感度,作为该组合的判定阈值。也就是说,模型输出的是概率,真正落地成"阳性/阴性"时是按癌种分别定标的——这既贴合临床筛查"宁可多转诊、不可漏诊"的偏好,也让不同癌种之间的性能可比。
图 1 | 论文 Fig. 1(从 H&E 全切片识别泛癌数字生物标志物)。A:OmniScreen 工作流——各组织学类型的 H&E 全切片经 Virchow2 生成图块嵌入,与基因组真值一起训练聚合器网络;预测的用途包括遗传改变预测、基因型-表型相关、治疗靶点预测、通路与染色体不稳定表型检测。B:数据集中各癌种的样本数,按训练/调参/测试划分;另有 4% 样本属于未展示的罕见癌种(Other)、3% 无癌种标注(Unknown),分布按数据队列与肿瘤部位分层。
表 1 | 论文 Table 1(开发与验证数据集的样本数与切片数)。MSK:训练 39,082 样本 / 43,022 张 WSI,调参 9,677 / 10,710,测试 9,862 / 10,645;TCGA:训练 7,119 / 8,725,验证 1,868 / 2,281。两侧合计 67,608 个样本、75,383 张 WSI;训练队列本身为 51,747 张 WSI / 41,468 位患者。
三
筛查成绩单:739 个过基线,93 个"顶流",TCGA 独立复现
先把门槛放低:只要 AUC>0.5(优于随机),就有 739 个遗传改变生物标志物达标,覆盖 346 个基因、43 种癌症。不同癌种之间的准确度差异明显——这也是预期之中的,毕竟样本量、突变流行度、表型外显强度都不一样。在 MSK 最常见的 15 种癌症、8,178 个样本(5,260 例原发 + 2,918 例转移)上套用"高表现"筛选标准后,得到 427 个标志物,平均 AUC 0.84(平均敏感度 0.92、平均特异度 0.55),其中 235 个基因 至少在一种癌症里表现良好。
经典癌基因与抑癌基因的表现尤其扎实:TP53、CDKN2B、TERT、CDKN2A、RB1、MYC、PTEN 都在强预测之列。按癌种看,结直肠癌覆盖最广——原发灶 80 个基因 AUC>0.75,转移灶 29 个;子宫内膜癌次之,原发 50 个、转移 28 个。原发灶整体好于转移灶(平均 AUC 0.86,范围 0.76–0.96,vs 0.82,范围 0.77–0.95),与训练队列中原发样本占比更高(65% vs 35%)一致。
再筛一层,进入"顶流":患病率>5% 且 AUC>0.85 的 93 个遗传改变、55 个基因,平均 AUC 0.90(范围 0.85–0.99),平均敏感度 0.93、平均特异度 0.66。其中 29 个在 TCGA 评估队列(N=1,868)里样本充足,被拿来做独立验证——TCGA 平均 AUC 0.88(95% CI 0.87–0.90),MSK 队列为 0.90(0.89–0.91),两者无显著差异(P=0.41)。跨机构、跨组织处理与染色流程的复现,说明模型学到的不是某家医院的批次伪影。
图 2 | 论文 Fig. 2(泛癌生物标志物预测性能)。A:MSK 测试集中 739 个 AUC>0.5 的遗传改变生物标志物全景热图,涵盖 43 种癌症、346 个基因;纳入的标签须有 2 个以上阳性样本且阳性比例>2%,颜色为 AUC。B:常见组织学类型原发(P)与转移(M)癌中 AUC>0.5 的基因生物标志物热图;蓝框标出顶流基因(N=47),其对应遗传改变标志物(N=80)满足 AUC>0.85、敏感度>0.8、特异度>0.3。C:MSK 测试集肿瘤面积分布(按部位划分)。D:随 WSI 内肿瘤面积增加,AUC 与假阴性率(FNR)的变化。E:随训练集比例增加,AUC 的变化。F:进入训练规模分析的高表现标志物的患病率分布。
四
临床直接可用:可成药靶点与基因组不稳定表型
筛查的价值最终要落到"能指导什么"。作者从 My Cancer Genome 与 OncoKB 里挑出 54 个带可操作热点突变的治疗相关基因,检验 OmniScreen 能不能识别临床上常规用于选药与疗效预测的靶点。答案是能:BRAF V600E 在甲状腺癌原发/转移灶上 AUC 0.93 / 0.89,结直肠癌 0.91、胶质瘤 0.88、黑色素瘤 0.76;还能在 NSCLC 里捞出罕见携带者(11/903,1.2%,AUC 0.77)。FGFR3 热点突变(R248C、S249C、G370C、Y373C,对应厄达替尼等药物)在膀胱癌原发 0.93、转移 0.82。ERBB2 扩增(对应曲妥珠单抗)在原发乳腺癌与转移胃癌中 AUC 0.81。
非小细胞肺癌的酪氨酸激酶抑制剂靶点同样齐整:EGFR(p.L858R、p.T790M、19 外显子缺失、20 外显子插入)AUC 0.87,KRAS p.G12C 0.83,MET 14 外显子缺失/剪接突变 0.79,罕见的 RET 融合(12/903,1.3%)0.77。值得单独说的是阴性预测值(NPV):转移性 NSCLC 的 ERBB2 扩增预测 NPV 达 100%,RET 融合同样 100%——也就是说模型可以可靠地"排除"不太可能携带这些改变的患者,把昂贵的确认性检测留给该查的人。这类"排除型"数字标志物,正是分流场景里最实用的形态。
基因组不稳定表型是另一块刚需,因为它直接对应免疫治疗的获益人群。TMB-H 在九种癌症里平均 AUC 0.88,原发结直肠癌与子宫内膜癌 0.90、转移性食管胃癌 0.87;连软组织肉瘤里 8/346(2.3%)的罕见 TMB-H 病例也被识别出来(AUC 0.89)。MSI-H/dMMR 的表现更亮眼:结直肠癌 0.97、膀胱癌 0.97、食管胃癌 0.96、子宫内膜癌 0.87——模型捕捉的正是病理医师熟悉的那些特征:低分化、髓样生长、"推挤状"边界、肿瘤浸润淋巴细胞、黏液分化。Lynch 综合征在原发结直肠癌中 AUC 0.85。CIN(大规模染色体改变)在原发乳腺癌与卵巢癌中平均 AUC 0.84。
五
什么决定"预测得准不准":面积、样本量、表型强度
一个朴素的猜想是"切片里肿瘤越多,预测越准"。作者用调参集上肿瘤面积的分位数设阈值做检验,结论比猜想复杂。剔除肿瘤面积极小的切片(≤10.05 mm²,约第 35 百分位)后,高表现标志物的平均 AUC 略有提升;但把门槛抬到 ≤27.31 mm²(第 50 百分位)继续剔除,趋势就反过来了——AUC 下降,假阴性率上升。病理医师复核还发现,肿瘤面积>139.68 mm²(第 80 百分位)的假阴性切片里,罕见癌种反而更集中。也就是说,"肿瘤多"不是万能药,甚至可能是训练集偏倚的来源。
训练样本量的影响则更线性。用 20%/40%/60%/80% 的训练子集重训,AUC 随数据量稳步上升。改善最大的是原本数据稀缺的标签:转移性前列腺癌的 AKT1 从 0.43 升到 0.77,原发肾细胞癌的 TSC2 从 0.52 升到 0.98,原发子宫内膜癌的 CTNNB1 从 0.77 升到 0.87。也有从头到尾都很稳的:GNA11(原发黑色素瘤)、TP53(原发卵巢癌)、WT1 融合(原发软组织肉瘤)、MEN1(原发胰腺癌)、RB1(转移性前列腺癌),AUC 变化都在 3% 以内。有意思的是,这两组标签的患病率分布没有差别——决定"喂更多数据有没有用"的不是流行度,而是别的东西。
作者给出的解释落在生物学上:基因型-表型关联强的改变(如黑色素瘤 GNA11、胰腺癌 MEN1、软组织肉瘤 WT1 融合),形态特征本身就鲜明,样本少也能学出来;而表型微弱或互相重叠的改变,即使加大肿瘤面积、增加样本量也未必够到临床可用的水平——有些生物标志物可能天生就"学不出来"。反过来,表型足够强的改变,即使肿瘤面积不大也照样可识别。除此之外,挤压/电灼伪影、组织缺血时间过长这些因素也会影响 H&E 上的表型,评估时不能只看肿瘤大小。
六
模型自己"看见"了组织学亚型
既然形态连基因改变都能预测,那它能不能反过来"诊断"组织学亚型?作者对每个癌种内的顶流标志物做了一件很直接的事:比较该标志物在不同组织学亚型之间的推理概率分布(Kolmogorov–Smirnov 单侧检验,BH 校正)。结果是 52 个亚型特异的标志物预测,涉及 46 个基因(校正 p<0.01 且 AUC>0.85)。
两个经典案例特别能说明问题。CDH1 与乳腺浸润性小叶癌:模型预测 CDH1 致癌突变的可能性,反过来诊断浸润性小叶癌的 AUC 达 0.93(TCGA 队列 0.95)。注意力集中的区域正是小叶癌的经典形态——胞质内腔、单列串珠样浸润的癌细胞。但更见功力的是假阳性处理:CDH1 野生型的乳腺癌里也有"小叶样"的单列/散在细胞浸润模式,模型能把这些正确判为阴性,同时识别出形态不那么典型的真实突变病例。
IDH1 与少突胶质细胞瘤:少突胶质细胞瘤在遗传学上定义为 IDH 突变 + 1p/19q 共缺失。模型预测 IDH1 致癌突变,识别少突胶质细胞瘤的 AUC 为 0.89。注意力热图显示它盯住的是核周胞质透明——福尔马林固定后少突细胞典型的"煎蛋"样外观——以及"每个图块至少一个细胞核"这样的细节。对形态不那么经典的病例,模型同样给出正确预测;真阴性例则多为不具少突形态的其他胶质瘤变异型。
同批识别出的基因型-表型关联还有很多:透明细胞肾细胞癌的 VHL、胰腺神经内分泌肿瘤的 MEN1 与 ATRX、胰腺腺癌的 KRAS、葡萄膜黑色素瘤的 GNAQ/GNA11;软组织肉瘤里平滑肌肉瘤的 RB1 缺失、脂肪肉瘤的 MDM2 扩增、黏液样脂肪肉瘤的 TERT、促纤维增生性小圆细胞肿瘤的 WT1 融合;还能在同一组织学亚型里区分分子亚组(肺鳞癌的 SOX2 扩增与 KMT2D 改变),以及跨亚型共享的形态特征(卵巢透明细胞癌与子宫内膜样卵巢癌共有的 ARID1A 有害突变)。
图 3 | 论文 Fig. 3(与癌症组织学亚型相关的生物标志物)。A:−log₁₀(KS 检验校正 p 值) vs. AUC,以 OmniScreen 预测评分对组织学亚型做评估;灰点 AUC≤0.85,蓝点 AUC>0.85,标注的是与亚型强相关(−log₁₀p>30 且 AUC>0.9)的例子。B:一例少突胶质细胞瘤的 H&E 全切片与注意力热图(模型对 IDH1 突变可能性的预测);高倍图(上排)显示经典"煎蛋"样形态,注意力热图(下排)的高注意力区域(红色)聚焦于核周胞质透明,并注意到每个图块至少一个细胞核。C、D:预测 (C) 乳腺 CDH1 与 (D) 胶质瘤 IDH1 致癌突变时高度关注的 1024×1024 区域,含真阳性(TP)与真阴性(TN)。C:CDH1 突变(TP)呈经典浸润性小叶癌形态(胞质内腔、单列串珠样浸润);CDH1 野生型(TN)也可见部分单列/散在细胞浸润模式。D:IDH1 突变(TP)呈经典少突特征(i 福尔马林固定的核周胞质透明)或不典型特征(ii);IDH1 野生型(TN)为其他胶质瘤变异型。
七
共享通路表型:EGFR"假阳性"其实不假
NSCLC 里有个绕不开的事实:EGFR、BRAF、RAS、MET、ALK、ROS1、RET 这些基因的激活改变,最终汇入同一条分子通路——受体酪氨酸激酶活性上调,下游 MAPK/ERK 与 PI3K/AKT 平行激活。那么问题来了:如果多个基因的改变收敛到同一个下游表型,AI 看到的到底是"哪个基因突了",还是"这条通路通了"?
作者用一个漂亮的分析回答了它。把工作点定在 90% 敏感度,模型在测试集 NSCLC 里给出 475 例 EGFR 阳性预测:其中 176 例被 MSK-IMPACT 测序证实为 EGFR 突变型,但另外 299 例被测序判为 EGFR 野生型。按传统标准,这 299 例全是假阳性。可是再一查,其中 157 例携带同通路其他基因的改变——115 例 KRAS 致癌突变、23 例 MET 激活改变、19 例 ALK/RET/ROS1 融合。
形态学复核把故事讲圆了。真阳性的注意力区域以腺癌为主,可见贴壁、腺泡、乳头/微乳头生长模式,伴中到高度核异型——与 EGFR 突变型肺腺癌的已知特征一致。而这些"假阳性"(携带 KRAS、MET 或 ALK/ROS1/RET 改变)的高注意力区域,同样以腺泡、实体型、乳头状生长为主,伴中度以上核多形性与异型,与 EGFR 突变型的形态高度重叠。作者由此判断:模型检测到的是激活癌基因经共享下游信号产生的"净表型效应",而不是去分辨通路里具体哪一个成员被改动。
这不是缺陷,反而是个机会。既然形态最稳健的表达是"通路通了",那就用它来一次筛一个基因面板:先用 H&E 判断"通路激活表型",再把阳性病例送去确认性测序,定位具体基因改变。作者进一步验证了通路级预测本身的能力——RTK/MEK/ERK 通路改变在原发胶质瘤、NSCLC、前列腺癌、乳腺癌中 AUC>0.75;mTOR 通路改变在原发子宫内膜癌、甲状腺癌、肾细胞癌中 AUC>0.75;原发结直肠癌的 HRD、TGF-β 与 DDR 通路平均 AUC 0.80(0.78–0.82)。
图 4 | 论文 Fig. 4(NSCLC EGFR 面板预测)。A:EGFR 致癌突变预测的 ROC 曲线,× 为 90% 敏感度工作点;TP/TN/FP/FN 以 MSK-IMPACT 测序为真值(FP 299、TP 176、FN 11、TN 417)。B:欧拉图,展示 EGFR 假阳性样本中同时为同通路其他基因真阳性的重叠(KRAS N=115、MET N=23、ALK/RET/ROS1 融合 N=19)。C、D:预测 EGFR 致癌突变时高度关注的 1024×1024 区域。C:EGFR 真阳性,可见贴壁(ii)、腺泡(i)、乳头/微乳头生长模式及中-高度核异型。D:EGFR 假阳性(模型给出高 EGFR 突变可能性,测序证实野生型,携带 KRAS、MET 或 ALK/ROS1/RET 改变),以腺泡、乳头、实体型生长为主,伴中度以上核多形性与异型。
八
与单标签模型对决:低流行度才是主场
最后一个问题是绕不开的对照实验:既然传统做法是"一个标志物、一个癌种、一个模型",那统一模型到底赢在哪?作者挑了 20 个临床相关或文献充分的标志物,每个都在其对应癌种的训练子集上单独训练一个模型,再和 OmniScreen 比较。
整体结论是高度相关,但差异的分布很关键。定义 ΔAUC = |AUC_OmniScreen − AUC_单标签| / AUC_单标签,以中位数 2% 为界分成两组:ΔAUC<2% 的标志物患病率高,传统做法已经能追平;ΔAUC>2% 的标志物患病率低,OmniScreen 的平均表现更好(代价是波动略大)。道理不难理解——低流行度标志物的阳性样本本来就少,单独建模时每一份数据都要自己扛;而统一模型可以借力共享的形态表征,把"样本饥渴"的标志物从跨癌种、跨标志物的共享结构里捞出来。这恰好是临床最需要的部分:那些罕见但可成药的靶点。
省下来的不止是模型性能,还有真金白银。作者做了个概念验证:入组 500 例患者,先用 OmniScreen 预筛,阳性者再全部用确定性 NGS 或 PCR 确认。结果是 PCR 检测平均可省 32 万美元(降幅 5–30%),NGS 平均可省 108.6 万美元(降幅 13–39%),低流行度靶点上省得最多。对那些因为成本而难以开展的罕见突变临床研究,AI 辅助分诊可能直接打开一扇门;在常规检验场景里,它也能通过更合理地使用昂贵的确认性检测来压低成本。
图 5 | 论文 Fig. 5(不同模型的生物标志物预测 AUC 对比:癌种内单独训练的单标签模型 vs. OmniScreen)。按 ΔAUC(= |AUC_OmniScreen − AUC_单标签| / AUC_单标签)分为两组:A:ΔAUC<2% 的标志物(N=10);B:ΔAUC>2% 的标志物(N=10)。涉及癌种包括乳腺、膀胱、结直肠、子宫内膜、食管胃、非小细胞肺癌、卵巢、胰腺、前列腺、肾细胞癌、软组织肉瘤、甲状腺。C:单标签模型与 OmniScreen 的 AUC 相关性,两组分别拟合。D:两组标志物的患病率分布对比。
九
局限与启示
作者对边界的描述相当坦率。第一,训练队列里原发样本多于转移样本,所以原发灶表现普遍更好;把转移灶样本补齐,可能还会挖出更多与转移相关的标志物。第二,不是所有基因改变都有可辨识的形态表型——表型太弱或缺乏分化特征的,即使肿瘤面积很大也未必学得出来,有些可能永远到不了临床可用的水平。第三,当多个基因的激活改变收敛到同一条通路时,单靠形态区分"具体哪个基因"对 AI 也是难题;但这也指明了方向:把"通路激活表型"当作基因面板的初筛。第四,挤压/电灼伪影、组织缺血时间这些未展开的因素同样会影响 H&E 表型,评估标志物性能时需要一并考虑。
但更重要的或许是这件事的形状。OmniScreen 证明的不是"某一个标志物能从 H&E 预测出来",而是一个统一模型可以在 71 种癌症上同时筛查 1,637 个标志物,其中相当一部分是那些低流行度、单独建模根本不现实的目标。它把分子检测从"每例都做全套"改成"先看切片、再决定测什么":省组织、省成本、省周转时间,还能反过来帮病理医师锁定该关注的组织学亚型。
而那 299 例 EGFR"假阳性",可能是全文最有启发性的结果。模型并没有犯错——它只是把注意力放在了形态真正承载的信息上:不是某个基因的名字,而是那条通路被点亮之后组织长成的样子。形态学里写着分子程序,只是写的单位不是基因,而是表型。凡是已经进了切片扫描仪的标本——包括那些为存档而染的旧切片——都值得被重新读一遍。
延伸阅读
本文数据与观点的主要来源:
[1] Wang YK, Tydlitatova L, Kunz JD, et al. Screen Them All: High-Throughput Pan-Cancer Genetic and Phenotypic Biomarker Screening from H&E Whole Slide Images. arXiv:2408.09554v4, 2025. 本文主文献;图 1–图 5、表 1 截取自该文。
[2] Vorontsov E, Bozkurt A, Casson A, et al. A foundation model for clinical-grade computational pathology and rare cancers detection. Nature Medicine, 2024. Virchow 基础模型与聚合器结构(图块嵌入→注意力聚合)。
[3] Zimmermann E, Vorontsov E, Viret J, et al. Virchow 2: Scaling Self-Supervised Mixed Magnification Models in Pathology, 2024. OmniScreen 使用的图块编码器 Virchow2。
[4] Cheng DT, Mitchell TN, Zehir A, et al. MSK-IMPACT: A Hybridization Capture-Based Next-Generation Sequencing Clinical Assay for Solid Tumor Molecular Oncology. J Mol Diagn, 2015. 分子真值来源(489 基因面板)。
[5] Weinstein JN, Collisson EA, Mills GB, et al. The Cancer Genome Atlas Pan-Cancer analysis project. Nature Genetics, 2013. 外部队列来源。
[6] Chakravarty D, Gao J, Phillips S, et al. OncoKB: A Precision Oncology Knowledge Base. JCO Clin Cancer Inform, 2017;Swanton C. My Cancer Genome. Lancet Oncol, 2012. 可操作热点突变与治疗关联的知识库。
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