TDS2025检测自动化、智慧化实验室建设与应用论坛,合作咨询:李欣欣177 0186 0390。点击图片查看TDS2024会后报告。文章来源:血液世界,作者:张雪静基因编辑技术是一种能够精准识别并编辑基因组中特定序列的技术,以期实现不同的研究或应用目标。在过去二十年中,锌指核酸酶(ZFN)、转录激活因子样效应物核酸酶(TALEN)和CRISPR等基因编辑技术相继问世。但是,ZFN和TALEN设计复杂、生成困难,限制了该技术在基因编辑中的广泛应用。2012年,Emmanuelle Charpentier和Jennifer Doudna团队合作证明了Cas9核酸酶可以由sgRNA引导,在目标序列上诱导双链断裂(DSB) [1]。2013年,系列研究陆续发现,CRISPR-Cas9系统可用于真核生物的基因编辑,引发了基因编辑技术的变革[2–5]。然而,因脱靶效应以及大片段缺失、染色体重排和染色体丢失等不可预测的编辑结果,基于DSB的CRISPR-Cas9系统的应用受到限制。随后,研究人员对CRISPR-Cas系统进行了系列改造和优化,使得该技术在基础研究和临床医学应用领域快速发展。2015年,刘峰课题组在Genomics, Proteomics & Bioinformatics 期刊发表题为“Genome editing and its applications in model organisms”的综述论文,探讨基因编辑技术及其在模式生物中的应用 [6]。随后的十年间,CRISPR技术迅速发展,一系列新型CRISPR系统得到了开发和应用,从最初的基因编辑工具发展为了一个多功能平台,在生命科学相关领域展现出来广泛的应用前景。2025年4月23日,刘峰课题组再次在Genomics, Proteomics & Bioinformatics 期刊发表了题为 “CRISPR Technology and Its Emerging Applications”的综述,对这十年间CRISPR的技术及应用做了系统总结,重点介绍了技术的改进及其在大规模遗传筛选、谱系追踪、遗传诊断和基因治疗等新兴领域的应用。CRISPR-Cas系统通常由两部分组成:切割核酸的Cas蛋白和与Cas蛋白结合的引导RNA (gRNA)。根据效应模块的蛋白质成分、基因座的结构和cas基因的组织结构,CRISPR-Cas系统可分为两大类,并进一步分为六类(I - VI型)[7]。第1类系统(I、III和IV型)由多个Cas蛋白亚基组装成一个复合物。相比之下,第2类系统(II型、V型和VI型)仅依赖于单个较大的Cas蛋白,其内部包含多个功能结构域 [8,9]。因其独特的结构优势,第2类系统在操作上更为简单,编辑效率也更高。目前,CRISPR-Cas系统主要包括Cas9 (II型)、Cas12a(V型)和Cas13(VI型)三种类型,并在此基础上开发了一系列新的技术工具。例如:碱基编辑器(base editor, BE)、先导编辑器(prime editor, PE)、表观基因组编辑(epigenome editing)、CRISPR干扰(CRISPRi)和CRISPR激活(CRISPRa)系统以及转录组编辑(transcriptome editing)等(图 1)。 图1. CRISPR-Cas系统的技术改进除了在动植物模型中进行基因编辑外,CRISPR技术在大规模遗传筛选和谱系追踪等领域也展现出了巨大应用潜力。在遗传筛选中,可以利用gRNA文库对大量基因进行靶向编辑。例如,将gRNA序列克隆到慢病毒载体中,转染到细胞后,慢病毒会将gRNA表达及标记序列随机整合到细胞基因组中。整合后的gRNA序列可以作为遗传条形码,用于筛选后的测序鉴定,以识别与特定功能相关的基因。另外,单细胞CRISPR筛选能够结合单细胞测序技术,剖析复杂细胞混合物中单个细胞的基因表达谱,为基因功能研究提供更精细的手段[10]。在谱系追踪方面,CRISPR技术能够通过生成CRISPR条形码(由CRISPR-Cas9系统产生的插入/缺失突变组成)来标记细胞。结合单细胞测序技术,可以依据CRISPR条形码重建发育谱系树,帮助研究者详细追踪细胞发育历程。这种创新方法提高了谱系追踪的分辨率和准确性,为研究多细胞生物发育提供了新的工具。此外,CRISPR技术在临床医学领域也展现出巨大潜力,尤其是在遗传诊断和基因治疗方面。基于Cas蛋白(如Cas12和Cas13)的CRISPR系统因其高灵敏度和旁切活性,被广泛应用于分子诊断。同时,CRISPR技术可以通过纠正致病突变,为多种遗传性疾病提供治疗方法。其中,Casgevy疗法的获批标志着CRISPR技术在治疗遗传疾病方面的重大突破。此外,CRISPR技术还被用于CAR-T细胞疗法等免疫治疗领域,展现出广阔的应用前景(图 2)。图2. CRISPR-Cas技术在新兴领域的应用总之,CRISPR技术为基因编辑领域带来了重大变革。从传统的基于DSB的编辑系统到改进的碱基编辑器、先导编辑器、表观基因组编辑、CRISPR干扰/激活和转录组编辑等,CRISPR技术不断拓展基因编辑的应用范围,为基因功能研究和疾病治疗提供了更多可能性。然而,CRISPR技术仍面临诸多挑战,例如:脱靶效应、靶向范围限制、细胞毒性以及递送困难等。未来研究需着重解决这些技术难题,同时关注基因编辑的伦理问题,确保技术的安全性和可靠性。随着新型编辑系统的不断涌现和现有技术的持续改进,CRISPR技术有望在基础研究和临床医学等领域发挥更加关键的作用。刘峰教授为本文的通讯作者,山东大学生命科学学院博士生张雪静为第一作者。该论文得到了国家自然科学基金、国家重点研发计划和中国科学院动物研究所科研攻关计划的项目资助。原文链接:https://academic.oup.com/gpb/advance-article/doi/10.1093/gpbjnl/qzaf034/8118834?login=true参考文献[1] Jinek M, Chylinski K, Fonfara I, Hauer M, Doudna JA, Charpentier E. A programmable dual-RNA–guided DNA endonuclease in adaptive bacterial immunity. Science 2012;337:816–21. https://doi.org/10.1126/science.1225829.[2] Mali P, Yang L, Esvelt KM, Aach J, Guell M, DiCarlo JE, et al. RNA-guided human genome engineering via Cas9. Science 2013;339:823–6. https://doi.org/10.1126/science.1232033.[3] Cong L, Ran FA, Cox D, Lin S, Barretto R, Habib N, et al. Multiplex genome engineering using CRISPR/cas systems. Science 2013;339:819–23. https://doi.org/10.1126/science.1231143.[4] Jinek M, East A, Cheng A, Lin S, Ma E, Doudna J. RNA-programmed genome editing in human cells. eLife 2013;2:e00471. https://doi.org/10.7554/eLife.00471.[5] Cho SW, Kim S, Kim JM, Kim J-S. Targeted genome engineering in human cells with the Cas9 RNA-guided endonuclease. Nat Biotechnol 2013;31:230–2. https://doi.org/10.1038/nbt.2507.[6] Ma D, Liu F. Genome editing and its applications in model organisms. Genomics Proteomics Bioinformatics 2015;13:336–44. https://doi.org/10.1016/j.gpb.2015.12.001.[7] Makarova KS, Haft DH, Barrangou R, Brouns SJJ, Charpentier E, Horvath P, et al. Evolution and classification of the CRISPR–cas systems. Nat Rev Microbiol 2011;9:467–77. https://doi.org/10.1038/nrmicro2577.[8] Makarova KS, Zhang F, Koonin EV. SnapShot: class 2 CRISPR-cas systems. Cell 2017;168:328-328.e1. https://doi.org/10.1016/j.cell.2016.12.038.[9] Shmakov S, Smargon A, Scott D, Cox D, Pyzocha N, Yan W, et al. Diversity and evolution of class 2 CRISPR–cas systems. Nat Rev Microbiol 2017;15:169–82. https://doi.org/10.1038/nrmicro.2016.184.[10] Zhou P, Shi H, Huang H, Sun X, Yuan S, Chapman NM, et al. Single-cell CRISPR screens in vivo map T cell fate regulomes in cancer. Nature 2023;624:154–63. https://doi.org/10.1038/s41586-023-06733-x.END免责声明:本文仅作知识交流与分享及科普目的,不涉及商业宣传,不作为相关医疗指导或用药建议。文章如有侵权请联系删除。TDS2025检测自动化、智慧化实验室建设与应用论坛,合作咨询:李欣欣177 0186 0390。点击图片查看TDS2024会后报告