当新NGS测序仪厂家纷纷拥抱空间生物学

2024-02-13

环球视野，深度视角广告位招租点击这里下一个出现在这里！各位亲爱的股东，大家早上好中午好晚上好。本文成文于年前，因为种种原因耽搁了，反正过年期间大家也没别的事，凑合着看看吧。就在咱们过年前，大洋彼岸的AGBT（Advances of Genome Biology and Technology）正在美国佛州Orlando如火如荼。大家都知道，佛罗里达不养闲人。所以，去的人都得有活。比如，MGI宣布全新的Standard MPS 2.0测序试剂，将全平台测序质量提高到了Q40。Element Biosciences则宣布最新的Cloudbreak UltraQ商业化试剂，将测序质量推升到了Q50。Ultima则宣布了所谓的ppmSeq技术，SNVQ score达到60以上（并不是单碱基的Q60），并且宣布正式推出UG100商用。好好好，你们这么玩是吧？把Onso放在眼里么...我单方面宣布，NGS测序的Q40时代全面到来。这一切，都值得关注，但是我更关注那个半死不活的Singular Genomics。空间生物学稻草2024年2月4日，美国测序仪新秀Singular Genomics在AGBT大会上发布了全新的设备产品-G4X。该设备能够同时对组织进行RNA原位测序、蛋白多标检测，标志着Singular Genomics进军空间生物学的新里程碑。从G4X的公布图上也可以看出，这款产品与Singular的第一款测序仪G4不能说一模一样，只能说几无区别。事实上也是如此。根据Singular Genomics的公告，G4X就是G4的硬件应用扩展。这也是无奈之举，毕竟一年过去了，G4的装机量才15台。说赔本赚吆喝一点不为过。再看看如日中天的10x Genomics和其拳头空间生物学产品Xenium，任谁也要流下羡慕的口水。也就更容易理解为什么Singular Genomics把空间生物学作为救命的稻草了。当然，这也意味着Singular Genomics此前提到的PX多组学平台退出历史舞台。从技术路线上来看，G4X继承了PX的衣钵，虽然它穿着G4的外衣。那么，咱们稍微认识一下G4X吧，来都来了。让我们直接一点与其他平台不同的是，G4X最为有特点的是Direct-Seq测序技术。我们先回忆下10x Genomics Xenium的技术路线。首先组织切片预处理后，进行探针杂交，洗掉未结合探针后进行滚环复制扩增（RCA，Rolling circle amplification）。第二步，使用特定的携带荧光的探针对滚环复制后的target进行多轮检测。第三步，对多轮检测后的荧光信号进行分析，还原目的基因的信息。而G4X使用的Direct-Seq技术则不同。根据建设兄（戳这里）援引的资料显示，Direct-Seq是通过引入探针进行滚环复制然后直接对生成的滚环簇进行SBS测序完成亚细胞分辨率的RNA检测。这样，能够检测的RNA几乎是无限制的，也能够对可变剪切、lncRNA等直接进行原位测序。厉害啊。不过，目前Direct-Seq还没有推向商用，只能看看罢了。此时，我想起了一位故人。G4X的城乡面积高达40平方厘米，可以一次run运行超过24-128个FFPE样本。与常规空间组学机器的4-16天运行时间相比，G4X能在3天内完成从样本到数据的产出。目前，能够提供300个RNA和10个蛋白的分析试剂。呃，这个目前说的是由Singular Genomics提供服务，还得是在2024Q2。也就是说目前还没有办法给客户提供产品。那么，这么强大的G4X得多少钱呢？49.5万美元，目录价。同样的，G4也进行了降价处理，从35万美元一台降低到29.5万美元一台。可以先买G4，然后2024年年底升级到G4X。非常划算。最后-拯救Singular那么，G4X会是Singular的救命稻草么？可能是，但是可能性并不大。首先，Singular可能面临来自市场，特别是来自10x Genomics的巨大竞争。NanoString已经被“折磨”的半死不活，Vizgen也被纳入了专利战的射程。虽然，我愿意相信Singular Genomics的IP足够硬。但是，10x Genomics的法律诉讼武器不是你IP硬就能够挺住的，还得钱包够硬。而这，正是Singular所缺乏的。第二点，Singular在测序领域尚未站稳脚跟就匆忙转向空间生物学领域，这总是让人充满困惑。测序仪的是不是足够成熟，这是扩展其应用的根基，最怕这根基不稳。第三点，空间生物学领域已经开始慢慢拥挤。除了我们说到的NanoString/Vizgen，国内诸如华大时空/寻因生物/M20纷纷加入战团。要想一举改变颓势，确实还是有点难度啊。希望G4X称为Singular Genomics的白衣骑士吧。END啊对对对对，扫描这货能联系到我近期文章：预期2024测序仪销售额2位数下降！Illumina龙年的红包有点沉重ARK Big Ideas|4.5万亿美元！精准治疗与多组学技术未来已来！帝国暮年？Philips医疗再遭打击濒临破产，Invitae可能也撑不住了NanoString破产？！纵有星辰大海志，难敌专利铁拳砸营收再创纪录！NGS产品线一枝独秀，Twist的2024稳了？相关资料：注1：https://investor.singulargenomics.com/news-releases/news-release-details/singular-genomics-unveils-g4xtm-spatial-sequencer-transforming注2：https://www.businesswire.com/news/home/20240130828872/en/Ultima-Genomics-Announces-End-of-Early-Access-and-Upcoming-Launch-of-UG-100%E2%84%A2