MED12

恶性叶状肿瘤（MPT）是一种罕见的纤维上皮性乳腺癌，目前尚无有效的全身治疗方法。转移性进展预示着预后不佳。研究者试图通过基因组分析和免疫治疗生物标志物分析来描述MPTs的基因组图谱。所有病例均使用下一代测序（NGS）检测法对324个基因进行基因组分析。评估了肿瘤类型不可知的免疫治疗生物标志物，包括微卫星不稳定性、肿瘤突变负荷（TMB）和程序性死亡配体1（PD-L1）表达。使用Fisher精确检验和方差分析来检验组间差异和适当的连续变量。 在已确定的135例MPT病例中，94例（69.6%）为局部/局部复发，41例（30.4%）为转移性。中位年龄为54岁（范围：14-86岁）。中位TMB为2.5 mut/Mb，3例为TMB高。通过Dako 22C3检测，21.4%为PD-L1+（CPS ≥1）。最常见的变异基因包括TERT启动子 (69.7%) 、CDKN2A (45.9%)、TP53 (37.8%)、NF1 (35.6%)、CDKN2B (33.3%)、MED12 (28.9%)、MTAP (27.7%)、KMT2D (22.2%)、PIK3CA (20.0%)、PTEN (18.5%) 和RB1 (18.5%)。研究发现一些肿瘤携带美国FDA批准用于其他肿瘤类型的适应症相关的基因变异，包括NF1、PIK3CA、EGFR外显子19/20插入和BRAF V600E突变。 在迄今为止最大规模的MPT基因组评估中，确定了多种临床上可干预的突变和预测免疫治疗反应的生物标志物。其中许多基因变异的相关适应症已被美国FDA批准用于其他肿瘤类型，提供了潜在的靶向治疗选择。另外，这些发现表明，研究免疫治疗策略可能对MPT女性患者有益，尤其是转移性MPT女性患者。转移性MPT的常规测序可能会提供更多信息来指导治疗决策和临床试验入组。 01.研究背景 叶状肿瘤（PTs）是一种罕见的纤维上皮性乳腺肿瘤，其特征是上皮和基质组织学成分，世界卫生组织将其细分为3类：（1）良性、（2）交界性、（3）恶性。良性PT在临床上表现为惰性，而恶性叶状肿瘤（MPT）具有侵袭性生物学行为，对年轻女性（中位年龄为45岁）的影响尤为严重，并且局部复发（LR）率和转移潜能特别高。在大型系列研究中，良性LR率为8.0%-10.9%，交界性LR率为13.0%-14.4%，MPT为18.0%-20.6%。这些LR率明显高于典型的乳腺癌、侵袭性腺癌，这是因为乳腺腺癌有多种高效的全身治疗选择，这些选择通常用于辅助、非转移性治疗。良性和交界性PT很少发生远处转移（分别为0.1%和1.6%）；然而，在MPT中，远处转移经常发生，发生率为16.7%-22%。 尽管已知LR和转移率很高，但治疗几乎完全依靠手术，因为目前没有已知的有效化疗或靶向全身治疗方案。经常发生（20%）的转移性进展预示着预后不佳；中位生存期仅为7-15个月。目前，MPT的国家指南没有任何全身治疗建议，非转移性环境中也不提供全身治疗。转移性MPT的治疗遵循软组织肉瘤（STS）的原则，不建议在非转移性环境中进行生物标志物检测，从而无法预测或预防远处复发。STS指南通常仅对可能符合临床试验条件或全身治疗难治性的患者进行基于个体的下一代测序。值得注意的是，构成国家指南基础的STS试验通常不包括MPT作为肉瘤亚型。 为了确定MPT的治疗靶点，有限系列研究发现RTK/RAS/RAF（NF1、EGFR、BRAF、NRAS）和PI3K/AKT/mTOR（PIK3CA、PTEN、STK11）通路中存在可能具有治疗潜力的突变；尽管美国FDA批准了可用于其他肿瘤类型的疗法，但这些疗法从未在MPT中进行过测试。此外，肿瘤学家很少对MPT进行测序，直到在一线化疗中转移性疾病进展之后，原因是（1） 缺乏有关靶向治疗疗效的数据，（2）保险授权存在不确定性，可能对患者造成直接经济损失，（3）缺乏支持指南。 在迄今为止最大规模的MPT基因组分析工作中，研究者试图通过美国人群的基因组谱和免疫治疗生物标志物分析来描述MPT的基因组谱。 02.研究结果 MPT患者的人口统计： 研究确定了135例连续MPT病例；94例（69.6%）被认为是局部/局部复发性（L/LR），41例（30.4%）被确定为转移性。推测的局部部位包括：51.1%乳腺（N = 69），其次是胸壁（10）、软组织（9）、皮肤（3）或淋巴结（3），而转移部位为73%肺（N = 30），其次是骨（4）、肝脏（2）、腹膜（1）、胸膜（1）、其他腹腔内部位（3）。所有患者均为女性，中位年龄为54岁（范围：14-86岁）。主要的祖先信息标记表明该人群中60.8%（N = 82）为欧洲血统（EUR），13.6%（N = 18）为美洲混血儿 (AMR，北美或南美本地人)，11.2%（N = 15）为非洲人（AFR），9.6%（N = 13）为东亚人（EAS），以及4.8%（N = 6）为南亚人（SAS）。 MPT队列中的基因组变异和免疫生物标志物频率： 研究者在135例MPT测序病例中共鉴定出90个基因的646个基因变异。转移性疾病女性患者的中位年龄明显大于L/LR疾病女性患者（49.5岁 vs. 60岁，P < 0.0001）。样本的中位TMB为2.5 mut/Mb（范围：0-12 mut/Mb），L/LR和转移性病例之间的中位TMB相似（P = 0.32）。仅3例（1.45%）为TMB高。整个队列中评估的样本中有36.8%（N = 19）通过Ventana SP142测定呈PD-L1阳性（IC ≥1%），21.4%（N = 14）通过 Dako 22C3 测定呈PD-L1阳性（TPS ≥1）。所有可评估病例（N = 132）均为微卫星稳定（表1）。在确定的L/LR（乳腺标本）和转移性标本之间，中位TMB、TMB-H或PD-L1阳性没有差异。 表1 该队列中最常见的变异基因，包括突变频率≥5％的所有基因是TERT启动子（69.7％），CDKN2A（45.9％），TP53（37.8％），NF1（35.6％），CDKN2B（33.3％），MED12（28.9％），MTAP（27.7％），KMT2D（22.2％），PIK3CA（20.0％），PTEN（18.5％），RB1（18.5％），EGFR（17.0％），SETD2（8.9％），NRAS（8.1％），BRAF（7.4％），BCOR（5.2％）; 与乳腺癌队列的频率明显不同（图1和2，表2）。当评估确定性L/LR（标本部位指定为“乳腺”） vs 转移性标本的突变频率时，转移性肿瘤中NRAS（4.4% vs 18.2%，P = .022）和TERT（63.2% vs 83.8%，P = .037）的突变频率明显更高。 图1 图2 表2 影响细胞周期调控的基因变异（例如CDKN2A/B和TP53）彼此之间相互排斥（P < .001）。CDKN2A/B变异经常与MTAP同时发生（P < .001），NRAS与SETD2也经常同时发生（P < .001）。在任何MPT样本中均未检测到ALK、RET、ROS1或NTRK融合，但在一例中发现了FGFR3融合（FGFR3-TACC3融合）。 MPT队列中潜在可治疗变异的发生率： 研究发现了一些携带FDA批准用于其他肿瘤类型的适应症相关基因变异的肿瘤，包括致病性PIK3CA、EGFR外显子19/20插入、KRAS G12C（N = 1）、FGFR融合（N = 1）、BRAF V600E突变（N = 4）和BRCA2（N = 1）（表3）。热点PIK3CA突变发现于螺旋结构域中的E542和E545（外显子9，N = 7）以及激酶结构域中的H1047（外显子20，N = 13）。在PIK3CA中观察到的其他变异包括：C420R (N = 2)、E110del (N = 1)、H450_I459del (N = 1)、L453_I459del (N = 1) 和Q546L (N = 1)。除了4例病例中观察到的外显子19/20插入外，2例样本中还观察到V774M变异，并且在1例病例中还发现了以下EGFR短变异体：G63R、I740V、R324L、A289V、Q432K、S229C、E114K、L63R、G719A和H773R。具有BRCA2变异的患者在S2509残基处发生移码（S2509fs*15变异）。 表3 03.讨 论 在过去十年中，人们一直在研究良性、交界性和恶性叶状肿瘤的广泛基因组图谱，试图区分诊断和致病性。2015年，一项早期里程碑式研究对22个PT（4个MPT）和100个纤维腺瘤（FA）进行了全外显子组测序，并进行了额外的靶向深度测序以验证发生率，其中包括79个PT。该项研究发现，在两种纤维上皮肿瘤（PT和FA）中，MED12和RARA突变都很常见（60%-80%），强调了这些突变在纤维上皮肿瘤发生中的重要性。此外，PT还表现出FLNA、KMT2D和SETD2突变，表明它们在驱动PT发展和潜在肿瘤转化中发挥作用。值得注意的是，高级别PT（交界性和恶性PT）含有与癌症相关的额外基因突变，包括EGFR、ERBB4、NF1、PIK3CA、RB1和TP53。 2015年的这些初步发现已在随后的大量小型机构系列研究中得到验证。越来越多的研究证实了PT中的类似基因突变，包括TERT、TP53、RB1、ERBB4、IGF1R、BRCA2、BCOR、MAP3K1、ZNF703和TSC1，以及RTK/RAS/RAF通路（NF1、NRAS、BRAF、EGFR、FGFR1、FGFR3、AXL、KIT、PDGFRA）和PI3K/AKT/mTOR通路（PIK3CA、PTEN、STK11、AKT1、TSC2）中的基因。虽然其中一些基因变异在交界性/恶性PT（EGFR、ERBB4、NF1、PIK3CA、RB1、TERT、TP53 ）中更常见，但其他一些基因变异几乎只在MPT（NF1、RB1、TP53）中发现。这些基因组变异中的许多，例如BRAF、EGFR、PIK3CA和NF1，都有FDA批准用于其他肿瘤类型的治疗方法。MPT中多种潜在可靶向的基因变异为临床试验设计和进一步研究治疗靶点提供了基础。然而，这些先前基因组研究的一个主要限制是分析的MPT数量有限，只包括5个到最多24个MPT。 在此，研究者介绍了迄今为止最大的MPT基因组分析系列，包括135例连续MPT病例，其中大多数都含有潜在的可靶向变异。研究者首次描述了MPT中实体瘤免疫疗法疗效生物标志物的发生率。预测实体瘤免疫检查点抑制剂（ICI）疗效的肿瘤不可知生物标志物是高TMB和MSI。MPT的中位TMB相对较低，并且均具有微卫星稳定性，这表明单独使用ICI可能不是有效的策略。晚期三阴性乳腺癌（TNBC）中的PD-L1阳性是将ICI添加到一线化疗中的疗效生物标志物。在本研究中，使用关键的III期TNBC免疫疗法疗效研究的标准，近三分之一的肿瘤为PD-L1阳性。需要对PD-L1阳性MPT进行前瞻性研究，以了解这种生物标志物是否相关。 三分之一的病例携带NF1基因变异，这种变异与NF1相关的不能手术的神经纤维瘤患者对MEK抑制剂司美替尼的临床反应有关。RTK/RAS/RAF通路中的其他基因变异，包括NRAS和BRAF，也经常被检出（5%-15%），并且在其他肿瘤类型中有多种FDA批准的治疗方法，如表3所列。20%的肿瘤中发现了激活的PIK3CA突变，这对晚期乳腺腺癌具有重要意义。PIK3CA突变、激素敏感的HER2阴性乳腺腺癌患者在FDA批准的氟维司群中添加PI3K抑制剂阿培利司后，无进展生存期显著改善。对于存在AKT、PIK3CA或PTEN变异的肿瘤，泛AKT抑制剂卡帕塞替尼（capivasertib）与氟维司群联合使用可延长无进展生存期（与单独使用氟维司群相比），已获得FDA批准。几项关于突变选择性PIK3CA抑制剂的篮子实体瘤研究正在进行中，可能与MPT患者有关。一些肿瘤携带EGFR突变，包括外显子19插入和外显子20插入。这些突变与非小细胞肺癌（NSCLC）高度相关，体现了精准医疗在这种肿瘤类型早期取得的成功。同样，7%的肿瘤有BRAF V600E突变，已知该突变可在几种肿瘤类型中作为靶点。 本系列研究中最值得注意的发现可能是TERT启动子基因突变率高，在70%的样本中均有发现。端粒酶逆转录酶（TERT）基因编码端粒酶的关键催化亚基，端粒酶是一种负责延长端粒的逆转录酶，在正常细胞中通常处于非活性状态。在TERT启动子突变的情况下，TERT转录增强，随后端粒酶重新激活并增殖。端粒酶主要在祖细胞和癌细胞中活跃，促进增殖，抵抗细胞凋亡，并已被证明在50多种癌症类型中发生突变，包括黑色素瘤、胶质母细胞瘤、非小细胞肺癌和肝细胞癌。 在PT中已描述了多种TERT突变。迄今为止，最常见的位点突变是−124 C > T，其次是−124 C > A、−146 C > T、和−75 C > T。TERT突变，特别是启动子区的突变，与临床病理因素有关。Piscuoglio等人报道，TERT启动子突变的频率随着级别的增加而增加，这得到了Nasir等人的证实。Piscuoglio等人进一步探讨了突变状态与mRNA和蛋白质表达之间的关系，表明TERT mRNA和基质蛋白表达与TERT启动子热点突变和/或基因扩增呈正相关。这些发现进一步支持基质成分是PT的致病驱动因素。在没有TERT启动子突变的肿瘤中，良性、交界性和恶性PT中分别有80%、67%和75%的端粒酶mRNA检测不到。 此外，TERT突变的存在可用于区分纤维上皮病变（包括FA和PT），单独使用TERT启动子突变或与TERT拷贝数变异结合使用具有高特异性。Nasir等人报道，TERT启动子突变区分FA与PT的敏感性和特异性分别为41%和94%。在另一项类似的研究中，TERT−124 C > T启动子突变和/或扩增状态可将FA与PT区分开来，敏感性为39.5%（95%CI 28.7-51.4），特异性为100.0%（95%CI 95.4-100.0）。 虽然没有直接的TERT抑制剂，但Liu等人在FOS/GABPB/（突变型）TERT级联中发现了一个可能的治疗靶点。FOS是一种显著上调GABPB的转录因子，而GABPB反过来又激活突变型TERT启动子。这随后导致突变型TERT促进癌变。Liu等人将FOS抑制剂 (T-5224) 引入癌细胞系，抑制GABPB的表达，抑制GABPB/突变型TERT级联，降低survivin的控制，激活TRAIL-R2（肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体受体 2），导致癌细胞凋亡。这些发现以及其他有希望的研究（例如针对端粒酶）为未来的潜在治疗策略带来了希望，值得未来的临床研究。 虽然这是迄今为止最大的基因组分析病例系列，但本系列有几个明显的局限性。首先，测序时对病例进行集中病理学审查主要是为了确认提交医生提供的诊断。此外，审查是在提供的单个组织样本上进行的，必须假定该样本代表整个病例，但附加信息有限。虽然对叶状肿瘤诊断本身并无太大担忧，但本系列中可能包含一些交界性叶状肿瘤病例。由于这些病例是在常规临床护理下测序的，因此关于患者特定因素、肿瘤特征、治疗干预或患者结果的信息很少。此外，由于该队列中没有配对的原发性/转移性样本，因此描述可能导致疾病进展的变异的能力有限。最后，被列为“乳房”的部位可能正确地指定肿瘤的标本位置，但可能无法反映不存在转移性疾病。由于乳腺原发性肿瘤在技术上更适合取样，因此可能被选中进行测序，但在某些病例中可能存在并发转移部位。 在迄今为止最大规模的L/LR或转移性MPT基因组评估中，发现了多种与各种实体瘤相关的临床可干预突变。肿瘤不可知的免疫治疗生物标志物在MPT中很少见。常规测序MPT可提供更多信息来指导治疗决策和临床试验入组。鉴于MPT的罕见性，多机构注册和纳入基因组指导的实体瘤篮子试验可能是了解MPT中基因变异的可靶向性的最佳途径。 参考文献： Laura H Rosenberger, Richard F Riedel, Emilia J Diego, Amanda L Nash, Juneko E Grilley-Olson, Natalie A Danziger, Ethan S Sokol, Jeffrey S Ross, Sarah L Sammons, Genomic landscape of malignant phyllodes tumors reveals multiple targetable opportunities, The Oncologist, 2024;, oyae218, https://doi.org/10.1093/oncolo/oyae218 封面图来源：123rf 版权声明/免责声明 本文为授权转载文章。 本文仅作信息交流之目的，不提供任何商用、医用、投资用建议。 文中图片、视频、字体、音乐等素材或为药时代购买的授权正版作品，或来自微信公共图片库，或取自公司官网/网络，部分素材根据CC0协议使用，版权归拥有者，药时代尽力注明来源。 如有任何问题，请与我们联系。 衷心感谢! 药时代官方网站:www.drugtimes.cn 联系方式: 电话:13651980212 微信:27674131 邮箱:contact@drugtimes.cn 药品上市被拒，Vanda再次破防！ 20周减重最高达21%！玛仕度肽16mg减重疗效更上一层楼，研究结果亮相EASD！ 2024年拉斯克奖揭晓，陈志坚获基础医学奖 点击查看更多精彩！

*仅供医学专业人士阅读参考 在人类癌症中，肿瘤细胞常常会偷换身份。 以腺癌为例，这类起源于腺体上皮的肿瘤，在病程发展中可能会表现出本属于鳞状上皮细胞的基底细胞特征。这一现象在预后较差的乳腺癌、膀胱癌和胰腺癌中表现得尤为明显，同时还有研究表明，肺腺癌可以通过获得基底细胞特征来规避针对EGFR或KRAS的靶向治疗。 近年来，人们愈发意识到基底细胞状态的转变在腺癌临床治疗中的重要性，这些偷换身份的肿瘤细胞更具侵袭性，增殖和存活能力增强，还能够引发炎症和化疗抗性。但是，驱动这种特殊细胞命运转换的分子机制还有很多未知之处。 美国冷泉港实验室（CSHL）的Christopher R. Vakoc教授团队在最新研究中，找到了胰腺导管腺癌（PDAC）偷换身份的秘密。论文于近日发表在《自然·遗传学》上[1]。 他们揭示，蛋白质MED12是胰腺导管腺癌中调节基底细胞状态的关键，通过与转录因子ΔNp63之间发生相互作用来激活和维持基底细胞的特征。当MED12功能受损或缺失时，肿瘤细胞失去基底细胞的特征，表明MED12是这一病理过程的潜在治疗靶点。 论文首页截图 冷泉港实验室对胰腺癌基底细胞状态的机制探索，可以追溯到25年前。当时冷泉港实验室的Alea Mills教授发现，基因TP63编码的蛋白质p63对于正常基底细胞的形成至关重要[2]。 后来Christopher R. Vakoc教授指出，其实不止是正常基底细胞，p63（ΔN亚型，即ΔNp63）对于胰腺癌中基底样肿瘤细胞的形成也是必需且充分的。为阐明其中的具体机制，Christopher R. Vakoc教授团队开展此次研究。 在胰腺导管腺癌（PDAC）中，基底样肿瘤细胞的特征为表达基因TP63和KRT5。于是，研究者们开发了一种CRISPR筛选方法，在三种胰腺导管腺癌模型中对基底样PDAC细胞进行全基因组筛选，观察哪些基因被干扰后会影响这两个标记物的表达。 筛选得到基因MED12，并结合蛋白质印迹分析、RNA-seq等技术验证表明，MED12是PDAC获得和维持新身份所必需的基因。MED12敲除会抑制基底样PDAC细胞特征相关的基因表达，蛋白质ΔNp63和KRT5表达显著下降。 找到MED12 利用多种方法，研究者们揭示蛋白质MED12与ΔNp63如何联手为PDAC细胞打造这一新的身份。 在真核生物中，几乎所有基因的转录都依赖于中介体复合物、RNA聚合酶II以及多种通用转录因子共同形成的转录前起始复合物。研究者们发现，MED12是作为一个桥梁，将转录因子ΔNp63与转录中介体复合物连接，在ΔNp63的带领下找到并激活基底细胞特征相关的增强子元件，从而赋予PDAC新身份。 与鳞状癌或非基底样PDAC细胞相比，基底样PDAC细胞对于MED12的缺失非常敏感。敲除MED12能够显著抑制基底样PDAC细胞的增殖能力，并引起细胞周期的阻滞和干扰素反应的激活，而对缺乏基底细胞特征的PDAC细胞影响较小。 MED12特异性调节基底样PDAC细胞的生长 Christopher R. Vakoc教授团队的这项研究结果指出，MED12有可能一个有希望的治疗靶点，特别有效于那些ΔNp63高表达且展现基底样特征的PDAC。研究者们表示，如果我们能找到阻止MED12与ΔNp63之间相互作用的方法，或许就能阻止PDAC变身为更令人头疼的基底样细胞[2]。  参考文献： [1]https://www.nature.com/articles/s41588-024-01790-y [2]https://www.cshl.edu/pancreatic-cancers-cellular-amnesia/ 本文作者丨张艾迪

COLD SPRING HARBOR, N.Y., June 17, 2024 /PRNewswire/ -- Things aren't always as they seem. Take pancreatic cancer, for example. In up to one in 10 cases, researchers have documented a peculiar characteristic. Some of the pancreatic cells appear to have lost their identity. It's as if they forget what they are. Former Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL) postdoc Diogo Maia-Silva, now at Massachusetts General Hospital, explains: Continue Reading CSHL Professor Christopher Vakoc and former postdoc Diogo Maia-Silva have shown that an especially devastating form of pancreatic cancer, known as basal-like PDAC (top two rows), is more dependent on the MED12 gene than classical PDAC (bottom two rows). "This is very bizarre. You see pancreatic cancer, which usually somewhat resembles the original organ, losing those features and basically becoming akin to skin or esophagus—these other very unrelated tissues." For years, researchers have wondered exactly how this deadly disease, known as basal-like pancreatic cancer, works. Now, Maia-Silva and colleagues at CSHL have discovered that a protein called MED12 may play a critical role. While the discovery is notable in and of itself, it also builds on decades of CSHL research. Twenty-five years ago, CSHL Professor Alea Mills discovered that a protein called p63 is important for the formation of normal basal cells—small cells in the lower part of the epidermis. Later research from CSHL Professor Christopher Vakoc found that this protein can also cause pancreatic cancer to become basal-like. Exactly how was unclear. Maia-Silva joined Vakoc's lab in 2018, wanting to continue this investigation. Because p63 is notoriously difficult to target with drugs, he wondered which other molecules it might work with to confuse cells. With his colleagues, he developed a method to screen the entire genome of basal-like cancer cells and rank which genes were most important for maintaining their new identity. In all his tests, MED12 rose to the top. This gene contains instructions for making the MED12 protein, one of about 25 in a complex that regulates gene activity. Maia-Silva says: "That was very unexpected because it's part of this broad complex, but [most] other members of the complex didn't show up. Despite being part of this general machinery of the cell, [MED12] has some unique property that makes it more important for basal biology." Further tests showed that MED12 and p63 bind directly to each other. This suggests that each may be required to turn pancreatic cells basal-like. If researchers could one day figure out how to stop this interaction, it's possible they could prevent pancreatic cancer from going basal. However, Maia-Silva is quick to note, this isn't "something that can be easily done." Still, "this is exciting," he adds. "Finding these critical partners is sort of a first step toward blocking the pathway." It's a new beginning but also yet another exciting conclusion in a string of discoveries at CSHL. About Cold Spring Harbor Laboratory Founded in 1890, Cold Spring Harbor Laboratory has shaped contemporary biomedical research and education with programs in cancer, neuroscience, plant biology and quantitative biology. Home to eight Nobel Prize winners, the private, not-for-profit Laboratory employs 1,000 people including 600 scientists, students and technicians. For more information, visit SOURCE Cold Spring Harbor Laboratory