TCF7L2

THURSDAY, Sept. 5, 2024 -- World Trade Center (WTC) exposure is associated with increased DNA methylation, which may contribute to breast cancer , according to a study published in the June issue of Environmental Epidemiology . Stephanie Tuminello, Ph.D., M.P.H., from the NYU Grossman School of Medicine in New York City, and colleagues examined the DNA methylation profiles of WTC-exposed community members who remained cancer -free versus those who developed breast cancer. The study included 64 WTC-exposed women (32 cancer-free, 32 with breast cancer) and 32 WTC-unexposed women from the NYU Women's Health Study (16 cancer-free and 16 with prediagnostic breast cancer). The researchers found that compared with unexposed participants, WTC-exposed women more often had hypermethylated cytosine-phosphate-guanine probe sites (14.3 versus 4.5 percent). In WTC-exposed groups (breast cancer patients and cancer-free individuals), cancer-related pathways were overrepresented. Forty-seven epigenetically dysregulated genes were identified among WTC-exposed breast cancers compared with the unexposed breast cancer patients. A network was formed from these genes, including Wnt/β-catenin signaling genes WNT4 and TCF7L2 ; dysregulation of these genes contributed to cancer immune evasion. "WTC exposure is associated with global and site-specific DNA methylation changes. This was observed among cancer-free WTC-exposed survivors as well as those with breast cancer," the authors write. "Several cancer-related genes and pathways appear to be impacted, and, specifically, WTC exposure may compromise the ability of the immune system to identify and eliminate cancer cells contributing to cancer immune evasion." Abstract/Full Text Whatever your topic of interest, subscribe to our newsletters to get the best of Drugs.com in your inbox.

8月7日，中国科学院杭州医学研究所组学与智慧医疗中心联合瑞典乌普萨拉大学（Uppsala University）、华大生命科学研究院、华大基因等在《自然》（Nature）上，以Article形式发表了题为Prognostic genome and transcriptome signatures in colorectal cancers的研究论文。研究公布了全球首个大规模结直肠癌多组学的研究结果，并结合临床信息系统总结了与临床结果和疾病进展密切相关的分子特征。 全球范围内结直肠癌每年新增病例约190万例，发病率居所有癌症第三位，大约20%的患者在确诊时已发生转移，其死亡率更是高居各类癌症第二位，是严重威胁人类生命健康的重大疾病之一。 为了加深对结直肠癌发病机制的理解，识别驱动事件并确定其预后特征，科研团队针对瑞典U-CAN队列（Uppsala/Umeå Comprehensive Cancer Consortium）中结直肠癌样本进行了测序分析。基于华大智造DNBSEQ测序平台，研究团队对1063名结直肠癌患者的样本进行了全基因组和转录组测序，包括782例结肠癌和281例直肠癌，21%（223例）是微卫星不稳定（microsatellite instability, MSI）肿瘤，总共生成近412T数据，其中94%的病人有完整的5年临床随访记录，形成目前全球最大的结直肠癌多组学研究。此研究系统绘制了与结直肠癌相关的基因组变异事件全景，联合基因表达分型揭示了与预后密切相关的分子特征。 根据全基因组的肿瘤突变负荷高低，患者被分为超突变型（23%, Hypermutated, HM）和非超突变型（77%, Non-Hypermutated, nHM）。由于MSI肿瘤通常因为DNA错配修复基因缺陷而表现出超突变特征，此队列中超90%的HM肿瘤为MSI。具有HM特征的微卫星稳定（microsatellite stability, MSS）肿瘤则携带POLE或其他DNA修复通路相关基因突变。APC, TP53和KRAS等驱动基因在MSS肿瘤突变频率更高，而PIK3CA及BRAF等的突变则在MSI肿瘤中更为富集。基于该队列的基因组突变共鉴定到96个显著突变基因，其中24个为潜在的新驱动基因，其中WNT, EGFR和TGF-β通路相关的驱动基因与结直肠癌生存显著相关。 图1. 结直肠癌驱动基因的全景描绘 图2. 新发现的结直肠癌突变特征 图3. 基于驱动基因及结构变异的时序分析 图4. 结直肠癌相关通路中的基因突变和基因表达水平的综合分析 图5. CRPS分型系统中各个亚型的分子特征及预后表现 图6. 基于深度学习的CRPS分型工具 研究团队从突变特征谱（Mutational Signature）分析鉴定出47个已知的和9个新发现的结直肠癌突变特征（SBS-CRC1，SBS-CRC2，DBS-CRC1，DBS-CRC2，DBS-CRC3，DBS-CRC4，DBS-CRC5，ID-CRC1，ID-CRC2），其中SBS28和DBS-CRC5与POLE突变的MSS肿瘤显著相关，SBS-CRC1、DBS-CRC3和ID-CRC1是DNA错配修复通路缺失的突变特征，而SBS44阳性的HM样本具有更长的生存期。新的突变特征将有可能成为结直肠癌早期诊断和预后评估的生物标志物，为结直肠癌的预防和治疗提供新的思路。 通过时序分析研究团队推导出9个与癌症发生早期事件相关的驱动突变基因（APC, TP53, KRAS, BRAF, ZFP36L2, TCF7L2, FBXW7, BCL9L和SOX9），而TRPS1, GNAS和CEP170这3个基因的突变则倾向于在癌症发生的后期阶段出现，这些发现为结直肠癌的早期检测和靶向治疗的开发提供了临床研究策略，并揭示了与肿瘤后期侵袭和转移相关的重要分子变化。此外，利用高深度全基因组测序的优势，本研究在线粒体基因组和非编码区域中也发现了与疾病相关的突变，并对与疾病进展显著相关的突变进行了系统性的总结，这些突破性的发现将进一步推动对结直肠癌发病机制的理解。 研究团队利用同一肿瘤样本的基因组和转录组数据对突变基因和基因表达水平进行了整合分析，验证了RTK-RAS, PI3K, P53和TGF-β通路相关基因EGFR, KRAS, PIK3CA, CDKN2A, TGFBR1和ACVR2A的突变与基因表达增加有关，而无论是否为MSI肿瘤，其抑癌基因APC, PTEN和TP53上的突变均导致基因表达降低。 研究团队进一步基于肿瘤基因表达差异谱解析出5个具有不同分子特征的预后亚型（Colorectal Cancer Prognostic Subtypes, CRPS），相较于结直肠癌经典的共识分子分型CMS（Consensus Molecular Subtypes, CMS），利用独立队列转录组数据构建的CRPS能更加准确地预测预后，并在不同结直肠癌队列中得到验证。值得注意的是，在经典的CMS分型中，CMS4间质型肿瘤具有基质细胞浸润较高、TGF-β通路激活等特征，且被普遍认为是预后较差的肿瘤，但在该研究新构建的CRPS分型系统中，部分CMS4型肿瘤实际上被判定为预后较好的CRPS2型，而CRPS2型肿瘤具有上皮细胞特征，且在基因组20q11区域具有较多的扩增，这些结果提示整合基因组和转录组数据的分子分型，能得到更精细准确的患者预后分层，对优化临床肿瘤分型，指导结直肠癌精准治疗具有重要意义。 研究团队基于深度学习算法ResNet50开发的CRPS分型工具已在Github开源，为结直肠癌后续的研究和治疗提供更加精准的分子分型，为预后评估和深入理解疾病机制提供了重要信息和方法。 论文链接： https://www.nature.com/articles/s41586-024-07769-3 原文链接： https://www.cas.cn/syky/202408/t20240815_5028858.shtml?from=singlemessage   本文仅用于学术分享，转载请注明出处。若有侵权，请联系微信：bioonSir 删除或修改！

引言 结直肠癌对于很多人来说并不陌生，它就像一个沉默的杀手，威胁着越来越多人的健康。全球每年新增病例约190万，发病率居所有癌症第三位，更可怕的是，约20%的患者在确诊时已发生转移，死亡率高居各类癌症第二位！ 面对如此严峻的形势，科学家们从未停止探索。近日，瑞典乌普萨拉大学联合华大生命科学研究院、华大基因智惠医学研究院对1063例结直肠癌样本进行了全基因组及转录组测序分析，发现了一系列与癌症不同阶段相关的基因，并识别了结直肠癌关键预后因子，为结直肠癌的预防、治疗及预后都提供了数据基础，相关研究于8月7日发表于全球顶级学术期刊《自然》（Nature）“Prognostic genome and transcriptome signatures in colorectal cancers”。值得一提的是，这也是目前全球最大的结直肠癌多组学研究。 基因信息+临床数据，双剑合璧破解“癌症密码” 本研究基于华大智造DNBSEQ测序平台，对瑞典知名癌症样本与数据库U-CAN队列中的1063例结直肠癌样本（包括782例结肠癌和281例直肠癌，其中，21%（223例）为微卫星不稳定肿瘤（结直肠癌中的一种特定类型））进行全基因组和转录组测序分析，鉴定得到了96个显著突变基因，其中，有24个为新发现的潜在驱动基因，而与WNT, EGFR和TGF-β通路相关的驱动基因与结直肠癌生存显著相关。 不止如此，研究人员还利用突变时序分析，推导出了9个与癌症发生早期事件相关的驱动突变基因（APC, TP53, KRAS, BRAF, ZFP36L2, TCF7L2, FBXW7, BCL9L和SOX9），和更倾向于在癌症发生的后期阶段出现的突变基因TRPS1, GNAS和CEP170。这些发现为结直肠癌的早期检测和靶向治疗的开发提供了临床研究策略，并揭示了与肿瘤后期侵袭和转移相关的重要分子变化。 本次分析的结直肠癌样本中，94%的病人有完整的5年临床随访记录，这也为研究人员更好地将基因数据与临床数据进行结合，破解“癌症密码”提供了可能。 突破“盲区”，非编码区也暗藏玄机 既往对结直肠癌基因相关的研究主要集中在编码区突变，但其实非编码区也可能会对癌症发生发展造成影响。 本研究中，研究人员通过全基因组和转录组测序分析发现在线粒体基因组和非编码区域中也存在与疾病相关的突变，并对与疾病进展显著相关的突变进行了系统性的总结，这些突破性的发现填补了非编码区在结直肠癌相关研究中的空白，将进一步推动对结直肠癌发病机制的理解。 重构预后分型，推动个性化诊疗 随后，分析团队利用同一肿瘤样本的基因组和转录组数据进行了整合分析，验证了无论是否为微卫星不稳定肿瘤，其抑癌基因APC，PTEN和TP53上的突变均导致基因表达降低，从而更容易患癌。 进一步地，研究团队基于肿瘤基因表达差异，将结直肠癌预后分为了5个预后亚型CRPS，相较于结直肠癌经典的共识分子分型CMS，本研究构建的CRPS能更加准确地预测预后。 例如，在经典的CMS分型中，CMS4（其中一种分型）被普遍认为是预后较差的肿瘤，但在本研究新构建的CRPS分型系统中，部分CMS4型肿瘤实际上被判定为预后较好的CRPS2型，这些结果提示整合基因组和转录组数据的分子分型，能得到更精细准确的患者预后分层，对优化临床肿瘤分型，指导结直肠癌精准治疗具有重要意义。 （Credit: Nature） 文章通讯作者、乌普萨拉大学的Tobias Sjöblom教授表示：“这项研究实现了迄今为止最大规模的结直肠癌基因组和转录组的综合分析，并将分子层面的发现与高质量的临床数据相结合，从而识别关键预后因子，这使这项研究有别于其他绝大多数癌症基因组学的研究。U-CAN大规模的临床患者队列与华大杰出的测序及数据分析能力相结合，对于本项目的成功至关重要，我们期待未来能在这一科学领域与华大持续合作。” 文章共同通讯作者、华大基因智惠医学研究院林从博士表示：“此次通过将华大先进的基因组学技术和数据分析资源应用于大规模结直肠癌人群，不仅发现多种突变事件对预后的显著预测效应，新构建的表达谱精细分型也将在未来指导结直肠癌个体化诊疗中发挥重要作用。期望未来能更加系统深入地解析不同肿瘤的发生发展机制，利用华大前沿技术探索开发更具临床应用价值的标志物，真正实现肿瘤的早诊早治。” 文章共同第一作者、华大基因智惠医学研究院李甫强表示：“大队列的深入研究离不开技术的辅助。得益于国产测序仪高质量的数据生产能力和成本优势，才可能支撑针对疾病队列如此大规模的多组学数据产出。未来，集合规化、标准化、自动化、信息化、智能化、规模化为一体的多组学技术平台，将赋能大规模基因组科研合作项目，助力大人群大数据的研究与应用。” 作为全球领先的生命科学前沿机构，华大一直致力于推动基因科技普惠民生，已在中国多个城市开展消化道肿瘤民生筛查项目，其中哈尔滨市消化系统肿瘤和“四高”检测项目由哈尔滨市政府联合华大共同开展，是哈尔滨市十大民生项目之一，项目第一期通过华大基因的粪便DNA甲基化检测技术，为80万适检人群（45-64周岁哈尔滨市常住居民）评估患结直肠癌和进展期腺瘤的风险，是全球率先开展的“从民生切入的大规模精准公共卫生项目”，依托华大智惠未来实验室13311i的工程化范式，助力“健康中国”目标的更早实现。（https://mp.weixin.qq.com/s/NM84ypGCXDcijf_N71xB3g） 乌普萨拉大学Tobias Sjöblom、Bengt Glimelius教授、华大基因林从博士和吴逵研究员为文章共同通讯作者；乌普萨拉大学Luís Nunes、华大基因李甫强、吴美珍和罗甜为文章共同第一作者。 关于U-CAN队列：Uppsala University联合Umeå University、Stockholm university、Kungliga Tekniska Högskolan (KTH) 等研究团队于2010年启动U-CAN队列建设，截至2023年底，已经采集了27,476名癌症患者的样本、影像及临床数据，该队列对患者进行每年定期随访，近20%的患者随访超过10年，75%以上的患者随访超过5年。（https://www.uu.se/en/research/u-can/about-u-can/u-can-statistics） 参考文献 https://www.nature.com/articles/s41586-024-07769-3 责编|探索君 排版|探索君 转载请注明来源于【生物探索】 End 往期精选 围观 一文读透细胞死亡(Cell Death) | 24年Cell重磅综述（长文收藏版） 热文 Cell | 是什么决定了细胞的大小？ 热文 Nature | 2024年值得关注的七项技术 热文 Nature | 自身免疫性疾病能被治愈吗？科学家们终于看到了希望 热文 CRISPR技术进化史 | 24年Cell 综述