Technical University of Denmark

在人类与病原体长达数百万年的进化博弈中，我们始终面临着一场极不对称的**"红皇后假说"式军备竞赛。从1918年席卷全球并夺走逾5000万生命的大流感，到本世纪的SARS-CoV-2大流行，病原体始终在利用其极其惊人的突变率，以"月"甚至"天"为单位进行着抗原漂移（Antigenic Drift）与抗原转变（Antigenic Shift）**。 传统的疫苗研发、抗体筛选以及药物合成机制，严重依赖于动物免疫系统、天然分子库筛选以及漫长的临床试错，其响应速度通常以**"年"甚至"十年"**为单位计算。 然而，随着生成式人工智能（Generative AI）、图神经网络（GNN）与计算结构生物学的深度融合，这场军备竞赛的天平正在发生历史性的倾斜。当病毒和多重耐药超级细菌以"月"为单位产生免疫逃逸突变时，深度学习模型正以**"秒"为单位从零开始（De novo**）设计全新的蛋白质武器。 代表性突破包括： David Baker 实验室（2024年诺贝尔化学奖得主）在2025年连续发表于《Nature》的通用流感抗体与蛇毒中和蛋白 UT Austin Jason McLellan 实验室利用进化级AI将疫苗抗原稳定化设计命中率实现阶跃式提升 莫纳什大学（Monash University）开发出能精准"饿死"超级细菌的定制化蛋白质 一种全新的范式——**"可编程免疫（Programmable Immunity）"**——已经全面降临。一、突破"序列空间"的算力深渊：AI在mRNA疫苗抗原设计中的语言学重构1. 2.4 × 10^632 次方的排列组合密码 由于遗传密码的同义性（序列简并性，Codon Degeneracy），一个特定的蛋白质大分子可以由无数种不同的mRNA序列编码。以SARS-CoV-2的刺突蛋白（Spike protein，包含1273个氨基酸）为例，理论上可能编码该蛋白的mRNA序列变体数量高达 2.4 × 10^632 种——远超可观测宇宙中的原子总数。 传统设计依赖启发式规则： 盲目追求高 GC 含量（GC-rich） 使用密码子适应指数（CAI）、相对同义密码子使用度（RSCU）、tRNA 适应指数（tAI） 然而，这种单纯的密码子优化（Codon Optimization）往往忽略了 mRNA 全局的二级结构稳定性（Secondary Structure Stability），导致： mRNA 极易被核酸酶降解，半衰期大幅缩短 削弱抗原翻译效率和表达量 触发不必要的先天免疫反应2. LinearDesign 与 Optiseed：计算语言学与动态规划的降维打击 LinearDesign 的底层洞察在于：寻找最佳mRNA序列的过程，在数学结构上完全等价于计算语言学（Computational Linguistics）中的"网格解析（Lattice Parsing）"问题。 技术架构： 确定性有限自动机（DFA）表示法 用于二级结构预测的动态规划算法 波束搜索（Beam Search）机制 性能表现： 指标 数据 SARS-CoV-2 Spike 蛋白设计耗时11分钟 （近似模式最快 78 秒） AI 优化序列诱导中和抗体滴度提升 比传统基准提升最高 128 倍 最新一代的 Optiseed 平台进一步引入可定制评分函数和非翻译区（UTR）端到端集成设计，在针对膀胱癌和黑色素瘤的新抗原（Neoantigen）序列优化中表现超越 LinearDesign。 战略意义： 未来 mRNA 疫苗可能大幅降低对昂贵的假尿苷（Pseudouridine）化学修饰的依赖，极大降低生产成本并减少因核糖体移码带来的副作用。序列优化技术对比 技术流派 核心算法逻辑 搜索空间与耗时 免疫原性与稳定性传统启发式密码子优化 （如 OptimumGene™） 单一目标：CAI + GC 含量，贪婪替换策略 搜索空间极小，仅覆盖局部极值 表达量中等，体内半衰期受限，易被核酸酶降解计算语言学模型 （LinearDesign） 联合优化：DFA + 网格解析，同时优化 MFE 与 CAI 近似穷尽 2.4×10^632 种组合；Spike 蛋白设计仅需 11 分钟 表达量极高，未修饰抗体滴度比基准提升最高 128 倍模块化扩展平台 （Optiseed） 端到端：集成 UTR、Poly(A) 尾部与定制评分函数 高度灵活；针对复杂新抗原肽批处理极快 在 80% 以上治疗性蛋白中表现优异，尤适于个性化癌症疫苗二、锁定"变形金刚"：MutCompute 与 Stability Oracle 重塑疫苗抗原稳定化法则1. 融合前状态（Prefusion）的构象捕获难题 许多致病病毒（RSV、hMPV、冠状病毒等）的表面包膜糖蛋白具有高度动态不稳定性，在感染宿主前处于紧凑的**"融合前（Prefusion）"状态，与细胞膜受体结合后会迅速、不可逆地弹簧般折叠成"融合后（Postfusion）"状态**。 关键免疫学事实： 能引发最强、最广泛保护性中和抗体反应的关键抗原表位（Epitopes），绝大多数仅存在于极不稳定的融合前构象上。 Jason McLellan 此前通过引入双脯氨酸突变，成功设计了 COVID-19 和 RSV 疫苗抗原。但传统方法局限明显：❝ "我们通常需要花大量时间在屏幕上手动盯着分子结构看……过去可能需要尝试 100 种突变组合，才能找到 20 种有效的稳定化突变（约 20% 的命中率）。" —— McLellan 教授2. Hit Rate 的跃升：图注意力机制与深层进化逻辑的碰撞 McLellan 实验室整合了先进AI计算框架——MutComputeX、Mutate Everything 以及 Stability Oracle。 Stability Oracle 技术架构： 图变换器（Graph-Transformer）框架，精准识别能带来热力学稳定效应的突变（ΔΔG < 0） 摒弃传统体素化表示（Voxelized representations） 将单个原子及其偏电荷、溶剂可及表面积（SASA）视为网络输入节点（Tokens） 结合距离感知注意力偏置机制（Attention-bias mechanism） 核心算法"EvoRank"的哲学逻辑： 通过对齐跨越海星、橡树到人类的海量蛋白质序列，AI 学会了区分哪些氨基酸在特定三维微环境中是被自然法则所**"允许"或"偏好"的。结合热力学排列（Thermodynamic Permutations, TP）**技术，实现在单次前向传播中极其廉价且精准地对所有可能突变进行评分。 成果：❝ "有了机器学习，我们可能只需要合成并测试 40 个候选者（命中率跃升至约 50%），为开发进程节省了数年时间和巨额资金。" 该技术已广泛应用于 La Jolla 免疫学研究所主导的数百万美元级**"美国之盾（America's SHIELD）"国家级项目，目标是开发针对EB 病毒和巨细胞病毒（CMV）**等潜伏性疱疹病毒的广谱疫苗。三、从天然抗体到 De Novo 生成：Baker 实验室与"通用流感防御网"的诞生1. 通用流感疫苗与 HA2 保守区的靶向困境 流感病毒 HA 蛋白头部的 HA1 亚基具有极高的突变和抗原漂移率。全球疾控网络必须每年通过预测来更新疫苗毒株——一旦预测错位，当季疫苗有效性可能灾难性暴跌至 **19%**。 终极策略： 靶向病毒在进化中无法随意变异的**"保守区（Conserved Regions）"——位于 HA 蛋白干部的 HA2 亚基（尤其是 N 端的融合肽段**），在几乎所有甲型（IAV）和乙型（IBV）流感病毒中保持极高一致性。 免疫呈递难题： 该区域在天然三维构象中被庞大且高度糖基化的 HA1 头部严密遮挡（极强的空间位阻），导致其免疫原性极低。 解决方案： Neil King 教授利用 AI 计算蛋白质设计，开发了自组装纳米颗粒（Nanoparticles）疫苗，将保守抗原片段以具有高度对称性的**"重复阵列（Repetitive Array）"**形式展示在纳米颗粒表面。临床前实验中，该纳米疫苗诱导的中和抗体水平达到传统疫苗的 3 倍以上。2. 原子级精度的从头抗体设计（RFdiffusion） 2025年11月，《Nature》封面级论文《Atomically accurate de novo design of antibodies with RFdiffusion》发表。Baker 团队首次展示了无需任何动物免疫、完全在计算机中从头设计功能性全长抗体及单域抗体（VHHs）的能力。 技术原理： 使用经过深度微调的 RFdiffusion 模型（类似 DALL-E 的生成式扩散模型，约束在 RoseTTAFold2 框架下） 输入特定流感病毒 HA 干区表位坐标 在保留抗体核心框架（Framework）不变的前提下，直接从随机噪声中设计出具有完美互补构象的抗体互补决定区（CDRs）的原子排列与序列3. VHH_flu_01：跨越物种屏障的完美结合 关键数据： SPR 测试：对流感 HA 干区初始结合亲和力达 78 nM 冷冻电镜（Cryo-EM）解析分辨率：3.0 Å 实验结构与计算模型达到近乎**"原子级（Atomically accurate）"**的完美重合 在动物模型中成功抵御不同谱系的甲型和乙型流感病毒致死性攻击 行业意义： 抗体先导物研发周期从数月甚至数年压缩至数周，规模高达 2000 亿美元的全球抗体药物行业即将迎来洗牌。抗体发现途径对比 途径 核心机制与开发周期 针对隐蔽保守表位的成功率 分子结构可控性传统动物免疫与杂交瘤技术 注射抗原，依赖天然B细胞反应，筛选数月后再人源化极低 。隐蔽表位（如HA干区）因免疫优势低，极难激发有效抗体低 。完全不可预测，"盲盒"式发现噬菌体/酵母文库展示技术 建立随机突变库，进行多轮体外淘选（Panning）较低 。极度依赖天然抗体库多样性，亲和力成熟耗时中等 。可在CDR区定向进化，但无法脱离现有骨架RFdiffusion 生成式AI从头设计 输入靶点结构坐标，扩散模型从随机噪声直接生成原子级精确CDR环，数小时完成极高 。可无视空间位阻与免疫耐受，直接针对任意预定义靶点坐标设计极高 。"原子级精确（Atomically accurate）"，实验结构与预测模型完美吻合四、降维拦截超级细菌：莫纳什大学用 AI 切断病原体生命线1. 靶向血红素劫持（Heme Piracy）：切断细菌的最后补给线 铁元素是绝大多数病原细菌在宿主体内生存、代谢和繁殖所绝对必需的辅助因子。多重耐药致病大肠杆菌进化出了**"分子劫持系统"**： 利用外膜上的TonB 依赖性转运蛋白（TBDTs），特别是 ChuA（也称 ShuA）转运蛋白，直接与人体血红蛋白（Hemoglobin）结合，强行提取血红素（Heme）。ChuA 依赖其特化的细胞外环结构及两个关键组氨酸残基（His-86 和 His-420），在极短的瞬态接触中迅速剥离宿主血红素。 战略价值： 阻断这一结合过程 = 在微观战场上切断超级细菌的生命后勤补给线，迫使其"饿死"。 然而，利用传统小分子化合物精准阻断这种大面积且高度复杂的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）界面，在药物化学上被公认为极其困难。2. 数十秒生成的超级细菌"杀手"与 AMP-Diffusion 莫纳什大学团队（Rhys Grinter 博士、Gavin Knott 副教授）运用生成式深度学习，设计了一种**"自然界不存在的新型抗菌蛋白质"——能像形状极度复杂的"异形锁匙"**一样，高度特异性地结合在 ChuA 转运蛋白的外部血红素摄取位点上。 实验室测试结果： 在仅有血红蛋白作为唯一铁源的受限环境中，只需低纳摩尔级别极低浓度的这种 AI 蛋白，致病大肠杆菌的生长曲线就瞬间被完全抹平。 同期，宾夕法尼亚大学工程学院开发的**"AMP-Diffusion"**模型： 基于深度学习扩散架构，从海量微生物和动物毒液蛋白数据库学习分布规律 瞬间生成超过 50,000 个自然界未曾尝试过的多肽序列 通过 APEX 1.1 系统筛选后，在小鼠皮肤感染模型中，AI 生成的抗菌肽展现出与左氧氟沙星和多粘菌素B同等强大的杀菌效力，且未检测到任何毒副作用❝ 传统抗生素研发耗时数十年；AI 平台产生数以万计有效候选抗菌分子只需几秒钟。五、终结百年马血清疗法：AI 设计的极微蛋白中和致命蛇毒 全球每年超过 200 万人被毒蛇咬伤，导致超过 10 万至 13 万人死亡，另有 30 万人面临截肢等永久性残疾。1. 传统抗蛇毒血清的世纪局限 过去整整一百多年里，抗毒血清标准生产流程几乎未有实质迭代：将蛇毒注射入马等大型动物体内，免疫等待数月后提取多克隆抗体。 三大致命系统性缺陷： 物种特异性过强、中和范围狭窄：针对特定眼镜蛇的抗毒素，对蝰蛇或响尾蛇往往毫无作用 免疫原性极低导致效力低下：许多最致命毒素分子量极小，难以激发强烈免疫反应，有效抗体浓度往往不足 10% 严重副作用与严苛冷链依赖：大量马源抗体蛋白易引发过敏性休克和血清病；液态制品需要严格冷链，在撒哈拉以南非洲和东南亚偏远地区几乎是无法完成的挑战2. Nature 2025：硅基计算出的广谱"万能解毒剂" Baker 实验室 Susana Vázquez Torres 团队联合丹麦技术大学，在2025年1月的《Nature》上发表颠覆性成果。 靶向策略： 锁定眼镜蛇、曼巴蛇等各类剧毒蛇类共有的最致命武器——三指毒素（Three-finger toxins, 3FTx）。 这类毒素通过紧密结合人体烟碱型乙酰胆碱受体（nAChR），阻断神经信号传递，导致患者迅速发生呼吸衰竭、全身瘫痪甚至脑死亡。 AI 设计管线： 整合 AlphaFold2 + RFdiffusion + ProteinMPNN，针对 3FTx 亚家族中高度保守的核心结构域（毒素结合受体所必须的**"不变空间几何构型"）进行反向逆向工程计算，输出成千上万种能与之像齿轮般紧密咬合的"迷你结合蛋白（Minibinders）"**。3. 超高亲和力与挑战极限的热稳定性 关键数据： 指标 数据 LNG 对长链 α-眼镜蛇毒素结合亲和力1.9 nM 暴露于数倍致死剂量毒素后小鼠生存率80%–100% LNG 熔解温度超过 95°C 颠覆产业逻辑的优势： 彻底去动物化与廉价发酵生产：通过重组DNA技术，在大肠杆菌等微生物发酵罐中实现大规模生产，有望实现救命药物在发展中国家真正**"民主化"** 卓越热稳定性与深层穿透力：可制成便携的冻干粉，在高温气候下长期常温保存，彻底摆脱冷链依赖；体积不到常规抗体的十分之一，能更快速穿透人体深层组织间隙六、算力注入小分子：盖茨基金会的抗感染药物数字矩阵与全球健康防线1. 全球健康药物研发中心（GHDDI）与 GDI-4405 的突围 比尔及梅琳达·盖茨基金会正在全球范围内斥巨资布局由顶尖AI技术驱动的**"数字化学（Digital Chemistry）"矩阵**。 在中国，盖茨基金会联合北京市政府和清华大学成立的 GHDDI（全球健康药物研发中心），将目光锁定在 SARS-CoV-2 生命周期中极难发生突变的保守靶点——主蛋白酶（3CL protease）。 GDI-4405 关键成果： 高效抑制多种 SARS-CoV-2 变异株（包括 Delta 和 Omicron）复制 多项指标上显著优于辉瑞 Paxlovid 核心活性成分奈玛特韦（Nirmatrelvir） 出色的安全性和极高的体内生物利用度 已顺利授权进入临床试验和商业化开发阶段 GHDDI 还利用对全球最大已知临床安全化合物库 ReFRAME（超过 12,000 种化合物）的 AI 高通量交叉筛选能力，快速压缩靶点确认到先导化合物优化的时间周期。2. Chemify：用"数字化学"将代码转化为结核病和疟疾的克星 由 Lee Cronin 教授创立的 Chemify，彻底打破了数字与物理世界的僵局。 核心平台技术"Chemputation"： 定制化学编程语言 极其先进的自动化工业机器人系统 全球最大的经验证化学反应大数据库 在 1200 万英镑打造的**"化学农场（Chemifarm）"里，研究人员只需输入 AI 生成的抗结核病或抗疟疾潜在药物分子代码，AI 驱动的自动化反应器群便能自主规划反应路径**，将基础化学原料源源不断地合成为高纯度真实化合物。 通过盖茨基金会总计 320 万美元的资金支持，这种**"设计-制造-测试"完全闭环工作流消除了从概念空间到实体化合物之间的物理鸿沟，确保发现的高质量化合物能够真正"被制造出来（Makeable）"**。七、结语：可编程免疫时代的黎明、伦理挑战与重构的演化天平历史性纪元跨越 从百度研究院针对新冠mRNA疫苗密码子的语言学算力重构（LinearDesign），到 McLellan 实验室利用深层进化时间轴对呼吸道病毒抗原的精准空间锚定（Stability Oracle），从莫纳什大学阻断致死性多重耐药大肠杆菌血红素供给的异形锁匙，再到 Baker 实验室用原子级精度的硅基迷你蛋白中和剧毒蛇毒—— 人类对抗未知传染病和致命毒素的底层战略方法论，正在经历从被动**"发现（Discovery）"向主动"工程设计（De Novo Design）"**的根本性纪元跨越。❝ 在过去数个世纪，我们是被动的**"矿工"与"盲筛者"**：将病毒或天然毒素注射入大型动物体内，祈祷其复杂免疫系统能"盲盒式"地产出有用抗体；或耗费数十年光阴，在极其有限的自然界分子文库中碰运气。 高度融合的深度计算框架（AlphaFold3、RFdiffusion、ESM、MutCompute）赋予了人类前所未有的**"上帝视角"：直接提取病原体或毒素的基因代码序列，精确推演其三维折叠结构中最脆弱、最难以变异的致命缝隙，并在几分钟内利用扩散模型从无到有地瞬间生成**能够完美咬合该缝隙的全新定制蛋白质结构。现实局限与伦理挑战 免疫原性（Immunogenicity）风险：非天然设计的人工蛋白注入人体，可能因结构过于新颖而引发强烈的抗药抗体反应（ADAs） 活体微环境的功能偏差：高精度静态算力预测在极其复杂的体内动态循环中仍可能出现巨大偏差，器官芯片和类器官模型现阶段仍无法完全取代动物模型 黑箱效应（Black-box effect）：训练数据中固有的种族或病理学偏差（Data Bias），可能导致AI预测出带有结构性缺陷的分子 数字鸿沟：在传染病肆虐且医疗资源最为匮乏的中低收入国家（LMICs），极度缺乏支持庞大数字计算的基础设施，这些尖端技术短期内可能进一步加剧全球健康领域的不平等结语 但这所有的局限性、伦理挑战与工程阻碍，都无法掩盖一个划时代的生物学事实：❝ 在这场延续了数十亿年、曾经完全由自然盲目主导的宿主与致病原的军备竞赛中，当病毒和超级细菌变异的速度被死死锁定在**"自然物理法则"的进化上限时，人类响应与制造抗感染生物武器的速度，却由于不可阻挡的硅基算力的大规模加持**，彻底挣脱了碳基生命的反应枷锁。 借助AI的毫秒级多维演算与数字化学的实体化打印，我们正在历史上第一次，真正夺回自身生命防线的绝对定义权。 在这个正在加速到来的**"可编程免疫"时代，那些未知的全球传染病大流行威胁与致命病原体，将不再是悬在人类文明头顶那把不可战胜的达摩克利斯之剑，而仅仅是全球计算集群中，一段等待被极速解析、被精准中和、并最终被彻底擦除**的普通代码。

自身免疫病 1. Mitochondrial transplantation ameliorates rheumatoid arthritis by targeting abnormal CGAS-STING1 signaling activation, autophagosome accumulation, and necroptosis. 线粒体移植通过调节cGAS-STING通路缓解类风湿关节炎。滑膜成纤维细胞（FLSs）的线粒体损伤是RA进展的关键因素，但其致病机制尚不完全明确。研究发现，向受损FLSs移植新鲜线粒体可恢复溶酶体功能，抑制异常的STING1信号激活及细胞坏死。动物实验证实该疗法能有效减轻关节炎症状，为RA治疗提供了基于细胞器移植的新策略。 类风湿关节炎 (RA) | cGAS-STING1通路, 线粒体功能障碍, 细胞坏死 | 线粒体移植, 胶原诱导关节炎模型 Lee A Ram · … · Cho Mi-La · · 2026/02/11 该研究由转化免疫医学韩国天主教大学Mi-La Cho团队完成 Autophagy 原文链接：https://doi.org/10.1080/15548627.2026.2619283 2. Gut DNA virome enterotype dictates inflammation heterogeneity through tuning the phage-bacteria-sphingosine-intestine axis in Crohn's disease. 肠道病毒组肠型通过噬菌体-细菌-鞘氨醇轴调节克罗恩病炎症。肠道病毒组在维持稳态中的作用及其对克罗恩病（CD）异质性的影响尚不清晰。研究鉴定了两种粘膜DNA病毒组肠型，发现E2型通过特定噬菌体感染细菌增加鞘氨醇产量，进而加剧肠道炎症。该发现揭示了病毒组通过跨界互作驱动疾病结局的分子机制。 克罗恩病, 肠道炎症 | 噬菌体-细菌互作, 鞘氨醇代谢 | 病毒组测序, 肠型分析 Wen Weijie · … · Zuo Tao · · 2026/02/09 该研究由胃肠病学中山大学附属第六医院Zuo Tao团队完成 Cell host & microbe 原文链接：https://doi.org/10.1016/j.chom.2026.01.016 3. Autoimmunity in the era of immune checkpoint inhibitors: the evolving epidemiology of autoimmune diseases and the possible impact of COVID-19. 免疫检查点抑制剂时代的自身免疫病演变。ICI显著改善了癌症预后，但也引发了具有自身免疫特征的免疫相关不良反应（irAEs）。综述系统回顾了irAEs的流行病学及其与经典自身免疫病的联系，并探讨了新冠病毒的潜在影响。该文章为理解现代肿瘤免疫治疗中的自身免疫风险提供了全面视角。 免疫相关不良反应 | 免疫检查点抑制, 自身免疫 | 流行病学综述 Mahroum Naim · … · Ouban Abderrahman · · 2026/02/08 该研究由医学阿尔法萨尔大学Abderrahman Ouban团队完成 Autoimmunity reviews 原文链接：https://doi.org/10.1016/j.autrev.2026.104002 4. Regulatory mechanisms and targeted therapeutic strategies of glycolytic metabolism in rheumatoid arthritis. 类风湿关节炎中糖酵解代谢的调控机制与靶向策略。糖酵解代谢在RA发病中起关键作用，是潜在的治疗靶点。综述阐述了RA滑膜组织中糖酵解酶的异常激活及其对免疫细胞功能的调控。该研究为开发针对代谢重编程的RA新型疗法提供了理论依据。 类风湿关节炎 | 糖酵解代谢, 乳酸信号 | 代谢靶向治疗 Wang Miao · … · Li Xiao-Feng · · 2026/02/08 该研究由炎症与免疫介导疾病安徽医科大学李晓峰团队完成 Autoimmunity reviews 原文链接：https://doi.org/10.1016/j.autrev.2026.104004 5. Ulcerative colitis: signaling pathways, therapeutic targets and interventional strategies. 溃疡性结肠炎的信号通路、治疗靶点及干预策略综述。溃疡性结肠炎（UC）是常见的慢性肠道炎症，长期反复发作具有恶变风险，且目前缺乏完全靶向的药物。综述系统总结了自噬、内质网应激、铁死亡及Th/Treg平衡在UC发展中的作用，并梳理了NF-κB、JAK/STAT等关键信号通路。文章还归纳了从生物制剂到粪菌移植的现有疗法，为实现精准化和多靶点治疗提供了理论依据。 溃疡性结肠炎 (UC) | NF-κB通路, 铁死亡 | 生物制剂, 粪菌移植 Jia Jinhao · … · Li Defang · · 2026/02/11 该研究由中药药理学滨州医学院李德芳团队完成 Signal transduction and targeted therapy 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41392-025-02345-1 6. 2'-O-Methyl-guanosine RNA fragments antagonize TLR7 and TLR8 to limit autoimmunity. 2'-O-甲基鸟苷RNA片段通过拮抗TLR7/8限制自身免疫。宿主RNA如何避免错误激活天然免疫受体TLR7和TLR8是一个长期悬而未决的问题。研究发现核糖体来源的2'-OMe修饰片段是天然的TLR7/8拮抗剂，其结合位点突变会导致自身免疫疾病。该工作将2'-OMe鸟苷定义为免疫检查点，为理解和治疗自身免疫提供了新视角。 自身免疫, RNA感知 | TLR7/TLR8, 2'-O-甲基修饰 | 结构生物学, 突变分析 Alharbi Arwaf S · … · Gantier Michael P · Nature immunology · 2026/02/10 ⭐ 该研究由天然免疫学哈德逊医学研究所Michael P Gantier团队完成 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41590-026-02429-2 疫苗与免疫预防 1. Virus glycoprotein nanodisc platform for vaccine analytics. 病毒糖蛋白纳米盘平台助力疫苗分析与设计。包膜病毒的跨膜糖蛋白是疫苗设计的核心抗原，但在体外进行生物物理表征极具挑战。研究开发了一个将跨膜糖蛋白组装入脂质纳米盘的平台，并成功应用于HIV和埃博拉病毒抗原的研究。通过冷冻电镜解析了纳米盘抗原与中和抗体的复合物结构，为基于结构的下一代疫苗开发提供了强有力的分析工具。 HIV, 埃博拉病毒 | 跨膜糖蛋白, 中和抗体 | 脂质纳米盘, 冷冻电镜 (cryo-EM) Rantalainen Kimmo · … · Schief William R · · 2026/02/10 该研究由免疫学斯克里普斯研究所William R Schief团队完成 Nature communications 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-68985-1 细菌感染 1. Tracing the recent evolution of Group A Streptococcus M1 serotype. 基因组驱动M1型A族链球菌全球演化与爆发。21世纪以来，猩红热及侵袭性GAS感染在全球激增，主要由高毒力M1UK谱系驱动。该谱系通过积累单核苷酸多态性并增强SpeA超抗原表达，已成为欧洲及大洋洲的主导菌株。综述探讨了M1UK的基因组驱动因素及其多样化趋势，强调了持续监测对应对这一全球公共卫生威胁的必要性。 A族链球菌 (GAS) 感染, 猩红热 | SpeA超抗原, 基因组演化 | 基因组流行病学, 谱系追踪 Bertolla Olivia M · … · Brouwer Stephan · · 2026/02/05 该研究由传染病学昆士兰大学Stephan Brouwer团队完成 Emerging microbes & infections 原文链接：https://doi.org/10.1080/22221751.2026.2623691 2. Cell-type-independent infection dynamics of clinical Pseudomonas aeruginosa isolates in human airway epithelial models. 临床铜绿假单胞菌在气道模型中的感染动力学具有细胞类型独立性。囊性纤维化（CF）患者的慢性感染极难根除。研究利用多种人类气道上皮模型发现，感染结果主要取决于细菌的毒力和定位，而非宿主细胞类型或CFTR功能。双核糖核酸测序揭示宿主炎症反应高度保守，但细菌在CF环境下的转录重编程驱动了其持久性。这为理解CF气道中细菌的适应性进化提供了新见解。 囊性纤维化 (CF), 铜绿假单胞菌持久性 | 宿主-病原体互作, 转录重编程 | 气液界面 (ALI) 培养, 双RNA测序 (Dual RNA-seq) Colque Claudia Antonella · … · Johansen Helle Krogh · · 2026/02/09 该研究由临床微生物学丹麦技术大学Helle Krogh Johansen团队完成 Cell reports 原文链接：https://doi.org/10.1016/j.celrep.2026.116951 3. Correction: Identification of the Pseudomonas aeruginosa AgtR-CspC-RsaL pathway that controls Las quorum sensing in response to metabolic perturbation and Staphylococcus aureus. 勘误：关于铜绿假单胞菌信号通路研究的更正。该条目为对先前发表论文的勘误说明。更正内容涉及原论文中关于代谢扰动下Las群体感应控制路径的特定描述。此更正旨在确保学术记录的准确性，不涉及新的核心研究结论。 铜绿假单胞菌感染 | 群体感应, 代谢扰动 | 勘误说明 PLoS pathogens · 2026/02/10 原文链接：https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1013944 4. Amikacin-eravacycline combination mediates the synergistic elimination of carbapenem-resistant pathogens via in vitro and in vivo metabolic reprogramming. 阿米卡星联用依拉环素通过代谢重塑消除耐药菌。碳青霉烯耐药病原体（CRO）的威胁日益严重，亟需开发新型联合用药策略。研究证明阿米卡星与依拉环素联用能增强细菌氧化磷酸化，通过诱导氧化应激有效清除多种CRO。该研究提出了抗生素与特定代谢物联用的控菌新策略，并在小鼠模型中验证了疗效。 碳青霉烯耐药, 细菌感染 | 氧化磷酸化, 氧化应激 | 联合用药, 代谢组学 Yang Xiaoli · … · Tang Xikang · · 2026/02/10 该研究由儿科学中山大学孙逸仙纪念医院Tang Xikang团队完成 PLoS pathogens 原文链接：https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1013938 5. Pre-existing β-lactamase gene diversity is associated with lower risk of ESBL-producing Enterobacterales colonization in patients exposed to ceftriaxone. 预存β-内酰胺酶基因多样性降低ESBL肠杆菌定植风险。抗生素暴露会增加耐药菌定植风险，但肠道耐药组的保护作用尚不清晰。宏基因组研究发现，基线时具有更高β-内酰胺酶基因多样性的患者在头孢曲松治疗后更不易被ESBL-E定植。该发现揭示了功能耐药组多样性在抗生素定植抗性中的关键作用。 耐药菌定植抗性 | β-内酰胺酶多样性, 肠道耐药组 | 宏基因组测序 Le Bastard Quentin · … · Ruppé Etienne · · 2026/02/10 该研究由感染、抗微生物、建模与流行病学INSERM Etienne Ruppé团队完成 Gut microbes 原文链接：https://doi.org/10.1080/19490976.2026.2627692 6. Ecological partitioning enables phage-antibiotic cooperation in a human Pseudomonas infection. 生态分区助力人类假单胞菌感染中噬菌体与抗生素的协同作用。噬菌体与抗生素联用是治疗耐药感染的新趋势，但其体内相互作用机制尚不明确。研究通过对一名囊性纤维化患者的纵向多组学分析发现，细菌亚群对药物和噬菌体表现出非重叠的选择压力。噬菌体活性受体液免疫限制而呈现时间约束性，这种“化学-生物疗法”通过生态和免疫互补而非直接药理协同发挥作用。 多重耐药铜绿假单胞菌, 囊性纤维化 | 噬菌体-抗生素协同, 免疫逃逸 | 噬菌体疗法, 多组学分析 Luong Tiffany · … · Roach Dwayne R · Nature communications · 2026/02/11 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-69247-w 7. Granulomas microenvironment-guided sono-immunotherapy to treat and prevent recurrence of tuberculosis. 微环境引导的声免疫疗法助力结核病治疗与防复发。结核病因治疗复杂且易复发，其肉芽肿免疫微环境的抑制作用是主因。研究开发了甘露糖修饰的纳米免疫刺激剂，在超声下产生ROS杀菌并诱导原位抗原释放。该策略成功激活了持久的免疫记忆，为高致病性感染的定制化治疗提供了新方向。 结核病 | 免疫微环境, TLR7激动剂 | 声免疫疗法, 纳米免疫刺激剂 Wang Wei · … · Zhou Dongfang · · 2026/02/10 该研究由药学南方医科大学Zhou Dongfang团队完成 Nature communications 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-69420-1 病毒感染 1. Dengue and aging: challenges and opportunities in prevention and care. A narrative review. 全球老龄化背景下登革热防治面临严峻挑战。随着登革热发病率上升，65岁以上老年患者的重症风险、住院时长及病死率显著增加。老年人免疫功能下降及多病共存导致非典型症状频发，增加了诊断难度，且目前缺乏特异性抗病毒药物。该综述强调了制定针对老年群体的临床指南、加强疫苗有效性研究及优化年龄特异性管理的重要性。 登革热, 老龄化 | 免疫衰老, 细胞因子失调 | 叙述性综述, 临床管理指南 Beccacece Alessia · … · Nicastri Emanuele · · 2026/02/05 该研究由传染病学意大利国家传染病研究所Emanuele Nicastri团队完成 Emerging microbes & infections 原文链接：https://doi.org/10.1080/22221751.2026.2622217 2. Induction of DNA-mediated immune responses by bacterial extracellular vesicles results in control of murine norovirus infection. 细菌胞外囊泡通过DNA免疫通路抑制诺如病毒感染。共生细菌在调节肠道病毒复制中起重要作用，但其具体分子机制仍待阐明。研究发现，革兰氏阴性菌产生的胞外囊泡（EVs）携带DNA，能激活宿主细胞内的STING和TLR9信号通路。这一过程诱导了I型干扰素的产生，从而有效抑制小鼠诺如病毒的复制，揭示了宿主-微生物群互动的新机制。 诺如病毒感染, 宿主-微生物群互动 | STING通路, TLR9, I型干扰素 | 胞外囊泡分析, 基因表达谱分析 Zhao Guanqi · … · Jones Melissa K · · 2026/02/05 该研究由微生物学佛罗里达大学Melissa K. Jones团队完成 Gut microbes 原文链接：https://doi.org/10.1080/19490976.2026.2624171 3. A SARS-CoV-2 variant-induced NTD-targeting antibody enhances viral infection via a distinctive binding mode. 变异株诱导的NTD抗体通过独特模式增强病毒感染。SARS-CoV-2变异株是否诱导感染增强抗体（NIEAs）是疫苗设计中的关键安全问题。研究从Delta感染者中鉴定出一种独特的NIEA，其通过Fc非依赖的二价结合机制增强感染。该发现揭示了NIEA识别病毒表位的结构范式，为未来疫苗设计提供了重要见解。 新冠病毒感染, 免疫逃逸 | 感染增强抗体, NTD表位 | 结构生物学, 抗体筛选 Li Wenting · … · Ju Bin · · 2026/02/10 该研究由传染病国家临床医学研究中心深圳市第三人民医院Ju Bin团队完成 PLoS pathogens 原文链接：https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1013828 4. Influenza hijacks myeloid cells to inflict type-I interferon-fueled damage in the heart. 流感病毒通过髓系细胞诱发I型干扰素介导的心脏损伤。流感感染常伴随心血管风险，但其跨器官致病机制尚不明确。研究发现病毒通过感染循环pro-DC3细胞进入心脏，触发心肌细胞产生有害的I型干扰素。该成果揭示了流感相关心脏损伤的免疫轴，为降低病毒感染后的心血管风险提供了靶点。 流感相关心脏损伤 | I型干扰素, pro-DC3细胞 | 基因敲除小鼠, 免疫荧光 Downey Jeffrey · … · Swirski Filip K · Immunity · 2026/02/09 ⭐ 该研究由心血管研究西奈山伊坎医学院Filip K Swirski团队完成 原文链接：https://doi.org/10.1016/j.immuni.2025.12.011 5. Degraders of the dengue virus capsid protein exhibit differentiated pharmacology relative to capsid inhibitors. 登革病毒衣壳蛋白降解剂展现出优于传统抑制剂的药理特性。病毒蛋白通常具有多功能性，但传统抗病毒药物多为单一功能抑制剂。研究利用衣壳抑制剂ST148作为配体开发了降解剂RPG-01-132，通过CRL4-CRBN途径诱导衣壳蛋白降解。该降解剂不仅能克服耐药突变，还能同时阻断病毒组装和干扰素拮抗功能，证明了靶向蛋白降解在抗病毒药物开发中的独特优势。 登革病毒 (DENV) | 衣壳蛋白降解, 干扰素拮抗 | 靶向蛋白降解 (TPD), PROTAC Chakravarty Antara · … · Yang Priscilla L · · 2026/02/10 该研究由微生物学斯坦福大学Priscilla L Yang团队完成 Nature communications 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-69263-w 6. Rational design and in vivo validation of capsid inhibitors for enterovirus D68. 肠道病毒D68衣壳抑制剂的理性设计与验证。EV-D68可引起儿童急性弛缓性脊髓炎，目前尚无有效疫苗或抗病毒药物。研究通过结构生物学设计出高效衣壳抑制剂，并在小鼠模型中证实其能显著降低病毒载量并防止瘫痪。这些化合物为治疗EV-D68感染提供了极具前景的先导药物。 肠道病毒D68感染 | VP1衣壳蛋白, 疏水峡谷 | 冷冻电镜, 结构药物设计 Li Kan · … · Wang Jun · · 2026/02/10 该研究由药物化学罗格斯大学Wang Jun团队完成 Nature communications 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-69351-x 7. An allosteric inhibitor of the Zika virus NS2B-NS3 protease with oral efficacy in mouse models. 具有口服疗效的寨卡病毒NS2B-NS3蛋白酶变构抑制剂。寨卡病毒威胁全球健康，但目前尚无获批药物。研究通过高通量筛选发现一类结合新型变构口袋的抑制剂，可将酶锁定在失活构象。其中先导化合物在小鼠模型中展现出优异的口服疗效，具有作为预防性药物的潜力。 寨卡病毒感染 | NS3蛋白酶, 变构抑制 | 高通量筛选, 药物化学优化 Ontoria Jesus M · … · Paonessa Giacomo · · 2026/02/10 该研究由抗病毒药物研发IRBM公司Paonessa Giacomo团队完成 Nature communications 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-68943-x 8. Opposite effects of chronic HIV infection and antiretroviral medication on organismal and organ-specific biological aging. 慢性HIV感染与抗病毒药物对生物学年龄的相反影响。艾滋病病毒感染者面临更高的非艾滋相关合并症风险。研究利用蛋白质组学时钟评估发现，HIV感染显著加速全身及器官衰老，而特定抗病毒药物可减轻这一现象。该数据揭示了感染、药物与衰老间的因果联系，为改善感染者健康寿命提供了靶点。 HIV感染与衰老 | 生物学年龄加速 | 蛋白质组学时钟, 孟德尔随机化 Zhang Yubo · … · Netea Mihai G · · 2026/02/10 该研究由内科学与传染病学拉德堡德大学Netea Mihai G团队完成 Nature communications 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-69412-1 9. MHC class II functions as a host-specific entry receptor for representative human and swine H3N2 influenza A viruses. MHC II类分子作为H3N2流感病毒的宿主特异性受体。流感病毒通常利用唾液酸进入细胞，但某些亚型可利用MHCII，挑战了传统认知。研究发现H3N2病毒能以宿主特异性方式利用MHCII作为替代受体，且病毒对猪的适应增强了其与猪MHCII的亲和力。这一发现对理解流感病毒的跨物种传播与致病机制具有重要意义。 H3N2流感病毒 | MHC II, 病毒受体 | 病毒感染实验, 受体亲和力分析 Cardenas Matias · … · Rajao Daniela S · · 2026/02/10 该研究由兽医学与公共卫生佐治亚大学Rajao Daniela S团队完成 Nature communications 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-69267-6 10. Structural basis for bat receptor recognition by SARS-CoV-2 and bat SARS2-like coronaviruses. SARS-CoV-2及其相关蝙蝠冠状病毒识别受体的结构基础获揭示。新冠病毒如何高效结合人类受体及其进化起源一直是科学界的关注焦点。研究对比了SARS-CoV-2与蝙蝠病毒BANAL-52的RBD，发现关键氨基酸差异决定了其对不同物种ACE2的亲和力。这些结果阐明了冠状病毒跨物种传播的结构原则，为理解病毒进化提供了重要依据。 冠状病毒跨物种传播, COVID-19起源 | RBD-ACE2相互作用, 受体识别 | 结构分析, 生物化学实验 Hsueh Fu-Chun · … · Li Fang · · 2026/02/10 该研究由药理学明尼苏达大学李放团队完成 Communications biology 原文链接：https://doi.org/10.1038/s42003-026-09682-z 真菌与寄生虫感染 1. Correction: Rapid gain and loss of a chromosome drives key morphology and virulence phenotypes in the fungal pathogen Histoplasma. 勘误：关于组织胞浆菌染色体驱动表型研究的更正。该条目为对先前发表论文的勘误说明。更正内容涉及原论文中关于真菌病原体染色体增减驱动毒力表型的相关数据。此更正旨在确保学术记录的准确性，维护研究结果的严谨性。 组织胞浆菌病 | 染色体变异, 毒力表型 | 勘误说明 PLoS biology · 2026/02/10 原文链接：https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3003651 2. Quantitative proteomics of infected macrophages reveals novel Leishmania virulence factors. 定量蛋白质组学揭示利什曼原虫新型毒力因子。理解利什曼原虫如何逃避宿主防御对改善该病的诊断和治疗至关重要。研究通过高分辨率蛋白组学分析了三种利什曼原虫在感染过程中的动态表达谱，鉴定了多个新型毒力因子。该数据集为研究寄生虫发育阶段分化和感染机制提供了重要资源，助力药物开发。 利什曼病, 宿主逃逸 | 毒力因子, 阶段分化 | 定量蛋白质组学, 聚类分析 Hagedorn Nicolas · … · Janzen Christian J · · 2026/02/10 该研究由细胞与发育生物学维尔茨堡大学Janzen Christian J团队完成 PLoS pathogens 原文链接：https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1013934 3. Variation in pathogen load and the pathogen load-infectiousness relationship broaden avian malaria's distribution. 病原体载量变异及其传染性关系扩大了禽疟疾的分布。宿主传染性如何塑造病原体传播仍需量化研究。通过实验感染和模型估算，研究揭示了病原体载量与传染性之间的渐进关系以及宿主种内的巨大差异。该成果解释了禽疟疾如何在不同鸟类群落中广泛传播，为理解多宿主病原体生态学提供了新见解。 禽疟疾传播 | 病原体载量, 宿主传染性 | 实验感染, 流行病学建模 Seidl Christa M · … · Kilpatrick A Marm · · 2026/02/10 该研究由生态学与进化生物学加州大学圣克鲁兹分校A Marm Kilpatrick团队完成 Nature communications 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-68927-x 4. Salinity stress response of black yeasts isolated from deep-sea sediments of the Gulf of Mexico. 深海黑酵母通过形态转变与代谢重塑应对盐度压力。深海真菌面临极端环境，但其适应高盐胁迫的生长与代谢机制仍知之甚少。研究发现三种黑酵母在不同盐度下表现出独特的形态适应，并伴随脂肪酸和氨基酸的代谢谱改变。这些发现深化了对极端环境下真菌适应机制的理解，为应激保护研究奠定了基础。 盐度胁迫, 极端环境适应 | 膜重塑, 渗透压调节 | 代谢组学, 形态学分析 Camacho-López Maria Dolores · … · Riquelme Meritxell · · 2026/02/10 该研究由微生物学墨西哥恩塞纳达科学研究与高等教育中心Meritxell Riquelme团队完成 Communications biology 原文链接：https://doi.org/10.1038/s42003-026-09673-0 5. Identification of Compound 15 (MMV1581361) as a PfATP4 Inhibitor with Transmission-Blocking Activity and In Vivo Efficacy in a SCID Mouse Model of Malaria. 新型PfATP4抑制剂MMV1581361展现抗疟疾潜力。耐药性疟原虫的出现亟需开发具有新作用机制的抗疟药物。研究通过表型筛选和结构优化鉴定出化合物15，其能干扰疟原虫钠离子稳态，并在小鼠模型中表现出显著的传播阻断活性。尽管因耐药风险暂缓开发，该研究仍为PfATP4靶点药物设计提供了重要参考。 疟疾 | PfATP4抑制剂 | 药物筛选 Onyame Henry A · … · Amewu Richard K · · 2026/02/11 该研究由药物创新领域加纳大学Amewu团队完成 Journal of medicinal chemistry 原文链接：https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.5c01954 其他免疫与传染病 1. SIRT2 versus Lck. SIRT2抑制增强Lck活性以提升T细胞信号。调节T细胞受体（TCR）信号强度对免疫反应至关重要。研究发现通过抑制去乙酰化酶SIRT2，可以增加激酶Lck的活性，从而增强T细胞的信号传导。这一发现为通过代谢酶调节免疫细胞功能提供了新的分子机制，具有潜在的免疫治疗价值。 T细胞激活, 免疫调节 | SIRT2去乙酰化酶, Lck激酶 | 信号传导分析 Foley John F · Science signaling · 2026/02/10 原文链接：https://doi.org/10.1126/scisignal.aeg1336 2. Meta-analysis of the uncultured gut microbiome across 11,115 global metagenomes reveals a candidate signature of health. 全球宏基因组分析揭示未培养肠道微生物的健康特征。肠道中超过60%的物种尚未被培养，其临床相关性尚不明确。研究通过分析全球万余份宏基因组样本，鉴定了317个与临床状态相关的物种，发现未培养细菌在健康人群中富集。其中CAG-170属被确定为最强的健康相关谱系，为理解肠道稳态提供了新视角。 肠道微生物组, 肠道稳态 | 未培养细菌, 维生素B12合成 | 宏基因组分析, 元分析 da Silva Ana C · … · Almeida Alexandre · · 2026/02/09 该研究由兽医学剑桥大学Almeida Alexandre团队完成 Cell host & microbe 原文链接：https://doi.org/10.1016/j.chom.2026.01.013 3. Latent transition analysis for longitudinal studies of post-acute infection syndromes. 潜类别转变分析助力急性感染后综合征的纵向研究。急性感染后综合征（PAIS）症状复杂且缺乏精确定义，给临床研究和表型识别带来困难。研究提出了一种基于潜类别转变分析（LTA）的通用框架，用于识别疾病表型并分析患者在不同状态间的转变。通过对长新冠数据集的应用，该模型成功识别了受年龄和性别影响的独特表型轨迹，为个性化监测和药物开发提供了支持。 长新冠 (PCC), 急性感染后综合征 | 疾病表型演变 | 潜类别转变分析 (LTA), 纵向数据建模 Gusinow Roy · … · Hasenauer Jan · Nature communications · 2026/02/10 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-68650-7 4. A synthetic system for RNA-responsive pyroptosis based on type III-E CRISPR nuclease-protease. 基于III-E型CRISPR系统的RNA响应型细胞焦亡合成系统。人工操纵细胞焦亡在疾病治疗中具有巨大潜力，但天然信号通路的复杂性限制了其应用。研究开发了名为DAMAGE的创新系统，将Cas蛋白与Gasdermins整合，使其能特异性识别目标RNA并触发焦亡。该系统能精准清除病毒感染、癌变或衰老细胞，为RNA异质性疾病的mRNA-LNP疗法提供了全新的治疗策略。 病毒感染, 肿瘤, 细胞衰老 | 细胞焦亡, Gasdermins | CRISPR-Cas系统, mRNA-LNP疗法 He Mingbin · … · Chen Mingzhou · · 2026/02/10 该研究由病毒学武汉大学陈明周团队完成 Nature communications 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-69179-5 5. IL-4-STAT6 signaling delays protective CD8+ T cell bystander activation by antagonizing IL-18 sensing. IL-4-STAT6信号通路抑制CD8+ T细胞的旁路激活。记忆性CD8+ T细胞可被细胞因子激活为类先天杀伤细胞，但其调节机制尚不明确。研究发现基础IL-4信号通过STAT6途径拮抗IL-18感知，从而限制旁路激活介导的病原体控制。该研究揭示了细胞因子环境如何精细调控旁路免疫反应，对感染免疫具有重要意义。 旁路激活, 感染免疫 | IL-4-STAT6信号, IL-18受体 | T细胞功能分析, 感染模型 Maurice Nicholas J · … · Jameson Stephen C · Nature immunology · 2026/02/10 ⭐ 该研究由免疫学明尼苏达大学Stephen C Jameson团队完成 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41590-026-02430-9 6. A Scalable Framework for Comprehensive Typing of Polymorphic Immune Genes from Long-Read Data. SpecImmune：长读长测序数据下的多态性免疫基因分型框架。HLA、KIR等高度多态性免疫基因的精准分型对精准医学至关重要，但现有工具准确度有限。研究开发了基于图谱单倍型重建算法的SpecImmune框架，实现了HLA、IG/TCR及CYP家族的高精度同步分型。该工具揭示了免疫基因的协同进化规律，为免疫学研究和临床精准用药提供了强大支撑。 免疫基因多态性 | HLA分型 | 长读长测序 Wang Shuai · … · Li Shuai Cheng · · 2026/02/11 该研究由生物信息学领域香港城市大学李帅成团队完成 Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) 原文链接：https://doi.org/10.1002/advs.202521531 声明：本文使用了AI进行翻译和总结

单细胞组学 1. Cellular and transcriptional trajectories of neural fate specification in sea anemone uncover two modes of adult neurogenesis. 海葵成体神经发生机制获揭示。动物神经发生多限于早期，刺胞动物终身神经发生的细胞谱系与转录程序尚不明确。研究结合报告基因追踪与单细胞转录组，发现海葵成体神经发生的直接分化与逐步成熟两种模式。该成果为理解神经细胞成体规范及演化多样性提供了基础框架。 成体神经发生 | SoxC, 细胞谱系规范 | 单细胞转录组测序, 谱系追踪 Plessier Flora · Marlow Heather · · 2026/02/10 该研究由生物演化与解剖学芝加哥大学Marlow Heather团队完成 Nature communications 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-68802-9 2. Single-cell atlas of AML reveals age-related gene regulatory networks in t(8;21) AML. 单细胞图谱揭示t(8;21)急性髓系白血病的年龄相关基因调控网络。AML具有高度的细胞和遗传异质性，但由于样本量限制，特定亚群的年龄相关分子差异尚不明确。通过整合159名患者的单细胞转录组数据，研究构建了最大的AML单细胞图谱，并发现BCLAF1是t(8;21) AML的关键预后指标。该资源为深入研究AML分子机制提供了强大平台，并揭示了产前与产后起源疾病的生物学差异。 急性髓系白血病 | 基因调控网络 | 单细胞转录组测序 Whittle Jessica · … · Iqbal Mudassar · · 2026/02/11 该研究由生物信息学领域曼彻斯特大学Iqbal团队完成 eLife 原文链接：https://doi.org/10.7554/eLife.104978 空间组学 1. Spatiotemporal histogenesis of the developing human cerebellum reveals dynamic layering of Bergmann glia. 人类小脑发育时空图谱揭示Bergmann胶质细胞动态分层。Bergmann胶质细胞（BG）对小脑发育至关重要，但其在人类中的发育轨迹尚不明确。研究结合空间转录组学和单核测序，发现BG早在胚胎11周即出现，并形成人类特有的三层组织结构。研究还识别了BG的两种不同时间来源的亚群，为理解小脑功能及神经发育障碍的易感性提供了分子框架。 小脑发育, 神经发育障碍 | Bergmann胶质细胞, 细胞谱系追踪 | 空间转录组学, 单核RNA测序 (snRNA-seq) He Guanyi · … · Haldipur Parthiv · · 2026/02/10 该研究由神经科学西雅图儿童研究所Parthiv Haldipur团队完成 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 原文链接：https://doi.org/10.1073/pnas.2525673123 2. TNF-⍺-mediated myeloid-instructed CD14+CD4+ T cells are associated with poor survival in lung adenocarcinoma. TNF-α介导的髓系诱导T细胞导致肺癌预后不良。髓系细胞驱动的免疫抑制是肿瘤治疗的难点，其具体机制仍待挖掘。空间多组学分析发现，TNF-α通过胞啃作用促进CD14+CD4+ T细胞形成并抑制抗肿瘤免疫。该研究揭示了肺腺癌中异常的髓系-T细胞相互作用，为免疫治疗提供了新靶点。 肺腺癌 | TNF-α信号通路, 胞啃作用 | 空间多组学, 空间转录组学 Marceaux Claire · … · Asselin-Labat Marie-Liesse · · 2026/02/09 该研究由个性化肿瘤学沃尔特和伊丽莎·霍尔医学研究所Marie-Liesse Asselin-Labat团队完成 Cell reports. Medicine 原文链接：https://doi.org/10.1016/j.xcrm.2026.102593 3. Seq-Scope-eXpanded: spatial omics beyond optical resolution. Seq-Scope-X实现超越光学分辨率的空间组学分析。测序空间转录组学在分辨率上常逊于成像技术。研究通过结合组织扩张技术开发了Seq-Scope-X，将空间特征密度提升了一个数量级，可分辨单细胞内的核质分布。该平台支持全转录组与蛋白质组分析，为研究细胞架构与疾病机制提供了超高分辨率工具。 亚细胞结构解析 | 核质转录组差异 | 组织扩张, 空间转录组学 Anacleto Angelo · … · Lee Jun Hee · · 2026/02/10 该研究由分子与整合生理学密歇根大学Lee Jun Hee团队完成 Nature communications 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-69346-8 基因组或者转录组学 1. FLT3-ITD measurable residual disease from the QuANTUM-First trial. Quizartinib可诱导FLT3-ITD突变AML患者实现更深缓解。研究针对新诊断的FLT3-ITD突变急性髓系白血病，评估Quizartinib联合化疗后的微小残留病（MRD）动态。通过扩增子测序分析发现，Quizartinib能显著降低MRD水平，且诱导治疗结束时的MRD状态与复发和生存率密切相关。该研究证实了MRD监测在指导FLT3抑制剂精准治疗中的临床价值。 急性髓系白血病 (AML) | FLT3-ITD, 激酶抑制剂 | 二代测序 (NGS), 微小残留病 (MRD) 监测 Levis Mark J · … · Perl Alexander E · · 2026/02/10 该研究由血液肿瘤学宾夕法尼亚大学Alexander E. Perl团队完成 Blood advances 原文链接：https://doi.org/10.1182/bloodadvances.2025016444 2. Tracing the recent evolution of Group A Streptococcus M1 serotype. 基因组驱动M1型A族链球菌全球演化与爆发。21世纪以来，猩红热及侵袭性GAS感染在全球激增，主要由高毒力M1UK谱系驱动。该谱系通过积累单核苷酸多态性并增强SpeA超抗原表达，已成为欧洲及大洋洲的主导菌株。综述探讨了M1UK的基因组驱动因素及其多样化趋势，强调了持续监测对应对这一全球公共卫生威胁的必要性。 A族链球菌 (GAS) 感染, 猩红热 | SpeA超抗原, 基因组演化 | 基因组流行病学, 谱系追踪 Bertolla Olivia M · … · Brouwer Stephan · · 2026/02/05 该研究由传染病学昆士兰大学Stephan Brouwer团队完成 Emerging microbes & infections 原文链接：https://doi.org/10.1080/22221751.2026.2623691 3. Induction of DNA-mediated immune responses by bacterial extracellular vesicles results in control of murine norovirus infection. 细菌胞外囊泡通过DNA免疫通路抑制诺如病毒感染。共生细菌在调节肠道病毒复制中起重要作用，但其具体分子机制仍待阐明。研究发现，革兰氏阴性菌产生的胞外囊泡（EVs）携带DNA，能激活宿主细胞内的STING和TLR9信号通路。这一过程诱导了I型干扰素的产生，从而有效抑制小鼠诺如病毒的复制，揭示了宿主-微生物群互动的新机制。 诺如病毒感染, 宿主-微生物群互动 | STING通路, TLR9, I型干扰素 | 胞外囊泡分析, 基因表达谱分析 Zhao Guanqi · … · Jones Melissa K · · 2026/02/05 该研究由微生物学佛罗里达大学Melissa K. Jones团队完成 Gut microbes 原文链接：https://doi.org/10.1080/19490976.2026.2624171 4. Carriage of rare APOB variants predisposes to severe steatotic liver disease and hepatocellular carcinoma. 罕见APOB变异预示严重脂肪肝及肝癌风险。APOB变异已知与肝脂肪变性有关，但其对疾病进展的影响尚不明确。通过对多个大型队列的分析，发现APOB罕见变异显著增加肝硬化和肝细胞癌的风险，且与较低的血脂水平相关。研究揭示了VLDL和乳糜微粒分泌受阻在肝病进展中的不同贡献，强调了APOB基因分型在肝病风险分层中的价值。 代谢相关脂肪性肝病 (MASLD), 肝细胞癌 | APOB变异, 脂质代谢, VLDL分泌 | 罕见变异关联研究, 跨祖先荟萃分析 Mureddu Matteo · … · Valenti Luca Vc · · 2026/02/10 该研究由病理生理学米兰大学Luca Vc Valenti团队完成 The Journal of clinical investigation 原文链接：https://doi.org/10.1172/JCI201762 5. A systems approach identifies MERTK as a therapeutic vulnerability in ZFTA-RELA-driven ependymomas. 系统方法识别MERTK为ZFTA-RELA驱动室管膜瘤的治疗靶点。室管膜瘤治疗手段有限，尤其是高危的EPN-E1亚型预后极差。研究通过对370例样本的转录组分析及机器学习筛选，发现MERTK是维持肿瘤细胞活力的关键调节因子。抑制MERTK可显著抑制小鼠模型中的肿瘤增殖，揭示了该亚型对MERTK信号通路的强烈依赖，为临床开发靶向疗法提供了依据。 室管膜瘤 (EPN), ZFTA-RELA融合 | MERTK, MEK/ERK通路, PI3K/AKT通路 | 转录组分析, 机器学习 (Kinome Regularization) Chan Marina · … · Gujral Taranjit S · · 2026/02/10 该研究由肿瘤生物学弗雷德·哈钦森癌症中心的Taranjit S. Gujral团队完成 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 原文链接：https://doi.org/10.1073/pnas.2514518123 6. Phylogenomic synteny reveals paleohexaploid-derived genomic blocks across Asteraceae. 系统发育基因组分析揭示菊科植物古六倍体来源的基因块。菊科是最大的开花植物家族，其演化创新与古代全基因组三倍化密切相关。研究通过对23个基因组的共线性分析，识别出48个祖先基因块及157个保留至今的三倍体基因。这些基因富含转录因子和生长素相关基因，参与花序发育等关键形态创新。该框架为理解菊科植物的演化多样性提供了比较基因组学基础。 植物基因组演化, 形态创新 | 古六倍体化, 基因共线性, 基因分馏 | 系统发育基因组学, 共线性分析 Feng Tao · … · Schranz M Eric · · 2026/02/10 该研究由植物科学瓦赫宁根大学M. Eric Schranz团队完成 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 原文链接：https://doi.org/10.1073/pnas.2426851123 7. Cell-type-independent infection dynamics of clinical Pseudomonas aeruginosa isolates in human airway epithelial models. 临床铜绿假单胞菌在气道模型中的感染动力学具有细胞类型独立性。囊性纤维化（CF）患者的慢性感染极难根除。研究利用多种人类气道上皮模型发现，感染结果主要取决于细菌的毒力和定位，而非宿主细胞类型或CFTR功能。双核糖核酸测序揭示宿主炎症反应高度保守，但细菌在CF环境下的转录重编程驱动了其持久性。这为理解CF气道中细菌的适应性进化提供了新见解。 囊性纤维化 (CF), 铜绿假单胞菌持久性 | 宿主-病原体互作, 转录重编程 | 气液界面 (ALI) 培养, 双RNA测序 (Dual RNA-seq) Colque Claudia Antonella · … · Johansen Helle Krogh · · 2026/02/09 该研究由临床微生物学丹麦技术大学Helle Krogh Johansen团队完成 Cell reports 原文链接：https://doi.org/10.1016/j.celrep.2026.116951 8. Meta-analysis of the uncultured gut microbiome across 11,115 global metagenomes reveals a candidate signature of health. 全球宏基因组分析揭示未培养肠道微生物的健康特征。肠道中超过60%的物种尚未被培养，其临床相关性尚不明确。研究通过分析全球万余份宏基因组样本，鉴定了317个与临床状态相关的物种，发现未培养细菌在健康人群中富集。其中CAG-170属被确定为最强的健康相关谱系，为理解肠道稳态提供了新视角。 肠道微生物组, 肠道稳态 | 未培养细菌, 维生素B12合成 | 宏基因组分析, 元分析 da Silva Ana C · … · Almeida Alexandre · · 2026/02/09 该研究由兽医学剑桥大学Almeida Alexandre团队完成 Cell host & microbe 原文链接：https://doi.org/10.1016/j.chom.2026.01.013 9. Gut DNA virome enterotype dictates inflammation heterogeneity through tuning the phage-bacteria-sphingosine-intestine axis in Crohn's disease. 肠道病毒组肠型通过噬菌体-细菌-鞘氨醇轴调节克罗恩病炎症。肠道病毒组在维持稳态中的作用及其对克罗恩病（CD）异质性的影响尚不清晰。研究鉴定了两种粘膜DNA病毒组肠型，发现E2型通过特定噬菌体感染细菌增加鞘氨醇产量，进而加剧肠道炎症。该发现揭示了病毒组通过跨界互作驱动疾病结局的分子机制。 克罗恩病, 肠道炎症 | 噬菌体-细菌互作, 鞘氨醇代谢 | 病毒组测序, 肠型分析 Wen Weijie · … · Zuo Tao · · 2026/02/09 该研究由胃肠病学中山大学附属第六医院Zuo Tao团队完成 Cell host & microbe 原文链接：https://doi.org/10.1016/j.chom.2026.01.016 10. Planetary microbiome structure and generalist-driven gene flow across disparate habitats. 全球微生物组结构与通才驱动的基因流。微生物扩散连接了地球生境，但跨生境的宏观相互作用研究仍较缺乏。研究整合八万余个宏基因组，揭示了宿主和环境条件是塑造微生物组结构的主因，并发现通才物种介导了跨生境的基因流动。该成果为理解人类活动对全球微生物生态的影响提供了新视角。 全球微生物生态 | 基因流, 通才物种 | 宏基因组学, 无监督聚类 Kim Chan Yeong · … · Bork Peer · Cell · 2026/02/09 ⭐ 该研究由分子系统生物学欧洲分子生物学实验室Peer Bork团队完成 原文链接：https://doi.org/10.1016/j.cell.2025.12.051 11. An increase in DNA methylation contributes to anthocyanin biosynthesis in the pericarp as litchi (Litchi chinensis Sonn.) fruit ripens. DNA甲基化增加促进荔枝果皮花青素合成。DNA甲基化在果实发育中的作用日益受到关注，但在荔枝中的机制尚不明确。研究通过全基因组亚硫酸氢盐测序发现，LcDML1介导的甲基化水平升高调节了花青素合成基因的表达。该成果为控制荔枝采后褐变提供了分子改良新视角。 果实发育与成熟 | DNA甲基化, 花青素合成 | 全基因组亚硫酸氢盐测序, VIGS Hou Huiyu · … · Li Taotao · · 2026/02/08 该研究由应用植物学中国科学院华南植物园李涛涛团队完成 Journal of advanced research 原文链接：https://doi.org/10.1016/j.jare.2026.02.004 12. Transposable elements contribute to the evolution of host shift-related genes in cactophilic Drosophila species. 转座因子贡献了嗜仙人掌果蝇宿主转移相关基因的演化。昆虫的宿主转移是物种形成的关键，但转座因子在其中的贡献尚不明确。基因组分析揭示转座因子富集在宿主转移基因的启动子区，并能产生嵌合转录本影响基因表达。该研究强调了转座因子在驱动物种适应性演化和生殖隔离中的重要作用。 宿主转移与演化 | 转座因子, 顺式调控 | 比较基因组学, 转录组分析 Siqueira de Oliveira Daniel · … · Marcia Aparecida Carareto Claudia · · 2026/02/10 该研究由生物科学圣保罗州立大学Claudia Marcia Aparecida Carareto团队完成 Genome research 原文链接：https://doi.org/10.1101/gr.280463.125 13. Pre-existing β-lactamase gene diversity is associated with lower risk of ESBL-producing Enterobacterales colonization in patients exposed to ceftriaxone. 预存β-内酰胺酶基因多样性降低ESBL肠杆菌定植风险。抗生素暴露会增加耐药菌定植风险，但肠道耐药组的保护作用尚不清晰。宏基因组研究发现，基线时具有更高β-内酰胺酶基因多样性的患者在头孢曲松治疗后更不易被ESBL-E定植。该发现揭示了功能耐药组多样性在抗生素定植抗性中的关键作用。 耐药菌定植抗性 | β-内酰胺酶多样性, 肠道耐药组 | 宏基因组测序 Le Bastard Quentin · … · Ruppé Etienne · · 2026/02/10 该研究由感染、抗微生物、建模与流行病学INSERM Etienne Ruppé团队完成 Gut microbes 原文链接：https://doi.org/10.1080/19490976.2026.2627692 14. KidneyGenAfrica multi-cohort Genome-wide association study and polygenic prediction of kidney function in 110,000 Africans. 非洲人群肾功能多队列全基因组关联研究及多基因风险评分预测。非洲裔人群受肾病影响严重，但相关遗传研究长期匮乏。研究对11万非洲及非裔人群进行了GWAS元分析，识别出19个与肾小球滤过率相关的独立位点，其中包括多个新发现位点。研究还揭示了APOL1风险变异在非洲大陆与美洲非裔间的频率差异，强调了在多样化非洲人群中开展基因组研究对实现健康公平的重要性。 肾脏疾病, 肾小球滤过率 (eGFR) | APOL1风险变异 | 全基因组关联研究 (GWAS), 多基因风险评分 (PRS) Kamiza Abram B · … · Fatumo Segun · Nature communications · 2026/02/10 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-69367-3 15. A catalogue of early diverged contemporary human genome variation reveals distinct Khoe-San populations. 早期分化的人类基因组变异目录揭示科伊桑人群多样性。了解早期人类遗传多样性对医学研究至关重要。研究通过对150名科伊桑人进行深度全基因组测序，鉴定了约3000万个变异及数百个受正向选择的基因。该目录扩展了对人类祖先等位基因的认知，为非非洲人群背景的生物医学研究提供了重要补充。 人类遗传多样性 | 正向选择, 种群演化 | 全基因组测序, 变异目录 Jaratlerdsiri Weerachai · … · Hayes Vanessa M · · 2026/02/10 该研究由基因组学悉尼大学Hayes Vanessa M团队完成 Nature communications 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-69269-4 16. Sequencing DNA methylation and hydroxymethylation at co-occurring chromatin features. 6-base-CUT&Tag技术揭示染色质特征上的胞嘧啶修饰。同时解析多种DNA修饰及其关联的染色质特征极具挑战。研究开发了6-base-CUT&Tag方法，实现了对目标染色质特征处5mC和5hmC的同步测序。该技术揭示了增强子功能状态相关的特定修饰特征，为理解基因组调控提供了新视角。 表观遗传调控 | 5mC/5hmC, 组蛋白修饰 | 6-base-CUT&Tag, 靶向测序 Araujo Tavares Rafael de Cesaris · … · Balasubramanian Shankar · · 2026/02/10 该研究由表观遗传学与癌症研究剑桥大学Balasubramanian Shankar团队完成 Nature communications 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-69429-6 17. Genetic co-regulation of neopterin and Parkinson's disease. 新蝶呤与帕金森病的遗传协同调节机制。新蝶呤是炎症标志物，但其遗传调控及在病理中的作用尚不明确。研究通过GWAS发现GCH1基因变异与新蝶呤水平及帕金森病风险相关，且致病变异会影响GCH1的剪接与稳定性。该数据提示调节GCH1表达可能成为改善帕金森病多巴胺功能的新途径。 帕金森病 | GCH1, 新蝶呤 | GWAS, 转录组分析 Orrù Valeria · … · Fiorillo Edoardo · · 2026/02/10 该研究由遗传与生物医学研究意大利国家研究委员会Fiorillo Edoardo团队完成 NPJ Parkinson's disease 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41531-026-01279-x 18. The RNA-binding protein Squid regulates embryonic midgut development via Axin alternative splicing in Bombyx mori. RNA结合蛋白Squid通过调节Axin剪接控制家蚕中肠发育。昆虫中肠对营养吸收至关重要，但其胚胎发育的转录后调控机制尚不明确。研究发现Squid缺失会导致家蚕胚胎中肠发育紊乱，机制上其直接调节Axin的选择性剪接以维持β-catenin水平。该研究揭示了调控昆虫器官发育的关键转录后通路，丰富了发育生物学理论。 中肠发育, 营养吸收 | Squid, Axin选择性剪接, Wnt通路 | CRISPR/Cas9, RNA-seq, RIP-seq Tong Chunmei · … · Deng Huimin · · 2026/02/10 该研究由昆虫发育生物学华南师范大学邓惠敏团队完成 Communications biology 原文链接：https://doi.org/10.1038/s42003-026-09692-x 19. Graph-based pangenome reveals structural variation dynamics during cucumber breeding. 基于图形的泛基因组揭示黄瓜育种过程中的结构变异动态。结构变异（SV）是植物基因组多样性的重要组成部分，但在黄瓜育种中的作用尚不明确。研究构建了包含39个高质量基因组的黄瓜泛基因组，发现SV在驯化过程中受到强烈的净化选择。将SV信息引入基因组预测模型显著提升了性状预测准确性，为未来黄瓜育种提供了重要资源。 结构变异(SV), 驯化选择 | 净化选择, 基因组多样性 | 图形泛基因组, 基因组预测 Zhao Xuebo · … · Fei Zhangjun · Nature genetics · 2026/02/10 ⭐ 该研究由植物基因组学康奈尔大学费章君团队完成 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41588-026-02506-0 20. Convergence of aging- and rejuvenation-related epigenetic alterations on PRC2 targets. 衰老与回春相关的表观遗传改变在PRC2靶点上发生汇聚。通过部分重编程实现组织回春的分子机制尚不完全清楚。研究利用全基因组亚硫酸氢盐测序发现，衰老与重编程引起的变化均集中在PRC2靶区域，伴随DNA甲基化和H3K27me3的改变。这些结果表明PRC2活性是调节衰老和介导组织回春的关键表观遗传决定因素。 衰老, 组织回春 | PRC2, DNA甲基化, H3K27me3 | 全基因组亚硫酸氢盐测序(WGBS), 部分重编程 Camacho Oscar · … · Feinberg Andrew P · · 2026/02/10 该研究由表观遗传学约翰霍普金斯大学Andrew P Feinberg团队完成 Molecular systems biology 原文链接：https://doi.org/10.1038/s44320-026-00195-9 21. Many roads lead to a plant cistrome: mapping and interpreting transcription factor binding in plants. 综述植物顺反子组图谱绘制与解析。阐明转录因子功能对于理解植物生长发育及抗逆机制至关重要。本文重点讨论了影响植物顺反子组的生物因素，并系统总结了顺反子组学领域最新的实验映射方法与技术进展。该综述为植物基因表达调控研究提供了重要的方法学指导和未来方向。 基因表达调控 | 转录因子结合位点 | 顺反子组学, ChIP-seq Ammari Moonia · … · Zander Mark · · 2026/02/10 该研究由植物生物学新泽西州立大学Zander Mark团队完成 Genome biology 原文链接：https://doi.org/10.1186/s13059-026-03979-2 22. Relationship between genetically determined telomere length and childhood glioma risk. 遗传预测端粒长度增加儿童胶质瘤风险。尽管端粒长度与成人胶质瘤风险相关，但在儿科人群中的遗传关联尚不明确。通过对大规模元GWAS数据进行孟德尔随机化分析，研究发现较长的遗传预测端粒长度显著增加儿童胶质瘤风险，且具有年龄依赖性。该研究首次提供了端粒动力学与早期胶质瘤发生相关的遗传证据，揭示了儿童肿瘤独特的生物学机制。 儿童胶质瘤 | 端粒长度, POT1/TERT | 孟德尔随机化, 多基因风险评分 Zhou Naying · … · Wiemels Joseph L · · 2026/02/10 该研究由遗传流行病学南加州大学Wiemels Joseph L团队完成 Acta neuropathologica communications 原文链接：https://doi.org/10.1186/s40478-025-02199-2 23. Microbial membrane transporters reveal trace metal niche adaptation in distinct water masses of the Southern Ocean. 南大洋微生物转运体揭示微量金属生态位适应。微量金属是微生物代谢的关键辅因子，但微生物如何通过转运体调节金属稳态以适应不同海域环境尚不清楚。研究利用宏基因组技术分析了南印度洋不同水层中铁、锰、镍、铜转运基因的分布，发现深海特定水团中富集了与金属外排相关的基因。该发现揭示了微生物通过稳态调节适应古老水团的机制，并反映了微量金属在深海生态系统中的选择压力作用。 微生物生态适应 | 金属转运体, 金属稳态 | 宏基因组学, 基因丰度分析 Zhang Rui · … · Obernosterer Ingrid · Microbiome · 2026/02/10 ⭐ 该研究由微生物海洋学法国国家科学研究中心Obernosterer Ingrid团队完成 原文链接：https://doi.org/10.1186/s40168-025-02293-6 24. Tim1 Deficiency Mediates Gestational Hyperglycemia-Related Syncytiotrophoblast Dysfunction and Fetal Growth Restriction. Tim1缺失介导妊娠期高血糖相关的胎盘功能障碍。妊娠期高血糖会导致胎儿生长受限，但合体滋养层细胞功能障碍在其中的具体作用机制尚不明确。研究通过高血糖小鼠模型发现，氧化应激下调了胎盘中的Tim1蛋白，导致滋养层细胞融合缺陷及胎盘效率下降。该发现揭示了Tim1在维持胎盘发育中的关键作用，并为防治妊娠期糖尿病相关的胎儿发育异常提供了新靶点。 妊娠期高血糖, 胎儿生长受限 | Tim1, 滋养层细胞融合 | 基因表达谱, 免疫荧光 She Junsen · … · Huang Hefeng · · 2026/02/11 该研究由生殖医学浙江大学黄荷凤团队完成 Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) 原文链接：https://doi.org/10.1002/advs.202508686 25. Diverse Genetic Etiologies of Unilateral Polymicrogyria. 单侧多小脑回畸形的多元遗传病因研究。单侧多小脑回畸形（uPMG）作为一种皮层发育畸形，其遗传基础是否与双侧畸形不同尚不明确。通过对35名患者的临床和基因分析，研究确定了ASPM、DYNC1H1等致病基因，发现单侧与双侧畸形的遗传原因存在重叠。该研究强调了对uPMG进行生殖系基因检测的重要性，为临床诊断和遗传咨询提供了依据。 多小脑回畸形 | 皮层发育畸形 | 基因检测 Lai Abbe · … · Yang Edward · · 2026/02/11 该研究由放射学与神经遗传学领域波士顿儿童医院Yang Edward团队完成 Annals of neurology 原文链接：https://doi.org/10.1002/ana.78169 26. Heterogeneous associations of polygenic indices of 35 traits with mortality: a register-linked population-based follow-up study. 35种性状的多基因指数与死亡率的异质性关联研究。多基因指数（PGIs）在预测死亡风险及广泛健康指标方面的效用仍缺乏系统评估。基于芬兰人群的大规模随访研究发现，吸烟、自评健康和BMI的PGIs与全死因死亡率关联最强，且在年轻人群中预测效果更佳。该研究揭示了遗传风险对寿命的影响规律，为基于遗传信息的健康风险评估提供了数据支持。 死亡率预测 | 多基因指数 | 队列研究 Lahtinen Hannu · … · Martikainen Pekka · · 2026/02/11 该研究由人口健康领域赫尔辛基大学Martikainen团队完成 eLife 原文链接：https://doi.org/10.7554/eLife.107496 27. Up-regulation of an epithelial miRNA is associated with immune evasion in progressive bronchial premalignant lesions. 上皮miRNA上调介导支气管癌前病变的免疫逃逸。支气管癌前病变（PMLs）如何通过分子机制逃避免疫监视并进展为肺癌尚不完全清楚。研究发现hsa-miR-149-5p在进展期病变中上调，通过抑制NLRC5降低MHC-I表达，从而削弱CD8+ T细胞的细胞毒性。该发现揭示了肺癌早期演变中的免疫调节新机制，为癌前病变的免疫干预提供了潜在靶点。 支气管癌前病变 | miR-149-5p/NLRC5轴 | 空间蛋白质组学 Ning Boting · … · Beane Jennifer E · · 2026/02/11 该研究由计算生物医学领域波士顿大学Beane团队完成 Cancer immunology research 原文链接：https://doi.org/10.1158/2326-6066.CIR-25-0431 蛋白质组学 1. Population-scale analysis reveals inherited C1-inhibitor deficiency is a polyphenotypic thrombotic disorder. C1抑制剂遗传缺陷显著增加血栓风险。该研究旨在明确一般人群中SERPING1基因功能缺失变异与血栓形成的关联。通过对逾63万名参与者的遗传和蛋白组学分析，发现C1INH缺乏者患静脉血栓栓塞、缺血性卒中及外周动脉疾病的风险显著升高。该发现揭示了C1抑制剂在调节凝血系统中的关键作用，为血栓风险评估提供了新视角。 血栓形成, C1抑制剂缺乏 | SERPING1, 补体系统, 凝血调节 | 群体规模遗传分析, Olink蛋白质组学 Rodriguez Espada Alfonso · … · Bendapudi Pavan K · · 2026/02/10 该研究由心血管疾病Broad Institute的Pavan K. Bendapudi团队完成 Blood advances 原文链接：https://doi.org/10.1182/bloodadvances.2025017220 2. Quantitative proteomics of infected macrophages reveals novel Leishmania virulence factors. 定量蛋白质组学揭示利什曼原虫新型毒力因子。理解利什曼原虫如何逃避宿主防御对改善该病的诊断和治疗至关重要。研究通过高分辨率蛋白组学分析了三种利什曼原虫在感染过程中的动态表达谱，鉴定了多个新型毒力因子。该数据集为研究寄生虫发育阶段分化和感染机制提供了重要资源，助力药物开发。 利什曼病, 宿主逃逸 | 毒力因子, 阶段分化 | 定量蛋白质组学, 聚类分析 Hagedorn Nicolas · … · Janzen Christian J · · 2026/02/10 该研究由细胞与发育生物学维尔茨堡大学Janzen Christian J团队完成 PLoS pathogens 原文链接：https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1013934 3. Dynamic feedback control of oncogenic tyrosine kinase signaling in acute leukemia. 急性白血病中致癌酪氨酸激酶信号的动态反馈控制。CD25在急性白血病中的表达预示预后不良，但其具体功能机制尚不清晰。研究鉴定出CD25及其磷酸化是稳定致癌激酶信号反馈环路的核心，缺失CD25会损害白血病细胞的克隆适应性。CD25抗体偶联药物在模型中显示出卓越疗效，为难治性白血病提供了新方案。 急性白血病, 肿瘤适应性 | CD25磷酸化, 酪氨酸激酶反馈 | 磷酸化蛋白组学, 抗体偶联药物 Lee Jaewoong · … · Müschen Markus · · 2026/02/10 该研究由分子与细胞肿瘤学中心耶鲁大学Müschen Markus团队完成 Science signaling 原文链接：https://doi.org/10.1126/scisignal.adw5054 4. Transfer learning in DeepLC improves LC retention time prediction across substantially different modifications and setups. 迁移学习显著提升DeepLC在不同实验条件下肽段保留时间的预测精度。肽段保留时间预测对蛋白质组学鉴定至关重要，但实验参数的波动常导致模型失效。研究证明通过迁移学习利用预训练模型参数，可以使DeepLC快速适应截然不同的肽段修饰和色谱条件。这种方法克服了传统校准的局限性，为各种蛋白质组学工作流提供了高度鲁棒且准确的预测方案。 蛋白质鉴定 | 肽段保留时间预测 | 迁移学习, 深度学习 Bouwmeester Robbin · … · Martens Lennart · · 2026/02/10 该研究由蛋白质组学根特大学Lennart Martens团队完成 Nature communications 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-68981-5 5. Opposite effects of chronic HIV infection and antiretroviral medication on organismal and organ-specific biological aging. 慢性HIV感染与抗病毒药物对生物学年龄的相反影响。艾滋病病毒感染者面临更高的非艾滋相关合并症风险。研究利用蛋白质组学时钟评估发现，HIV感染显著加速全身及器官衰老，而特定抗病毒药物可减轻这一现象。该数据揭示了感染、药物与衰老间的因果联系，为改善感染者健康寿命提供了靶点。 HIV感染与衰老 | 生物学年龄加速 | 蛋白质组学时钟, 孟德尔随机化 Zhang Yubo · … · Netea Mihai G · · 2026/02/10 该研究由内科学与传染病学拉德堡德大学Netea Mihai G团队完成 Nature communications 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-69412-1 6. Targeting ERLIN1 reveals a coordinated cholesterol-dependent vulnerability in hepatocellular carcinoma. 靶向ERLIN1揭示肝癌中胆固醇代谢的协同脆弱性。胆固醇代谢紊乱驱动肝癌进展，但由于细胞内严密的反馈机制，临床靶向治疗效果有限。研究通过蛋白质组学筛选发现ERLIN1是胆固醇稳态的关键调节因子，缺氧环境下其降解加速，而唑来膦酸可稳定该轴并抑制肿瘤。该研究确定了ERLIN1作为肝癌代谢治疗的潜在靶点，并为临床已批准药物的“老药新用”提供了理论依据。 肝细胞癌 | ERLIN1, 胆固醇代谢稳态 | 蛋白质组学, 唑来膦酸治疗 Zhang Yiming · … · Sun Aihua · · 2026/02/11 该研究由蛋白质组学国家蛋白质科学中心（北京）孙爱华团队完成 Clinical and molecular hepatology 原文链接：https://doi.org/10.3350/cmh.2025.1157 7. PRMT1 mediated asymmetric dimethylation of arginine residue 602 in DDX1 promotes cholangiocarcinoma progression. PRMT1介导的DDX1甲基化促进胆管癌进展。胆管癌预后极差且缺乏特异性分子靶点，限制了早期诊断与有效治疗。研究通过修饰组学发现PRMT1介导DDX1的R602位点发生非对称二甲基化，该修饰通过招募USP10增强DDX1稳定性并促进其入核。该研究揭示了USP10-PRMT1-DDX1轴在胆管癌中的关键作用，为开发针对性抑制剂提供了新靶点。 胆管癌 | PRMT1, DDX1甲基化, USP10 | 蛋白质组学, 修饰组学 Liu Wenzheng · … · Chen Yongjun · · 2026/02/11 该研究由肝胆胰外科华中科技大学同济医院陈勇军团队完成 Clinical and molecular hepatology 原文链接：https://doi.org/10.3350/cmh.2025.1252 代谢组学 1. TTNPB Promotes Human Pluripotent Stem Cell-to-Neural Stem Cell Transition via Modulation of Chromatin Accessibility and the S-(5'-adenosyl)-L-homocysteine/Choline Metabolic Network. TTNPB通过表观与代谢重塑促进神经干细胞转化。高效诱导多能干细胞向神经干细胞转化是再生医学的关键。研究发现RAR激动剂TTNPB联合GSK3β抑制剂能显著增强染色质可及性并重塑胆碱代谢网络，驱动神经命运诱导。该策略成功实现了大鼠抑郁模型的细胞移植治疗，揭示了神经分化的双重调控机制。 神经干细胞分化, 抑郁症 | 染色质可及性, 胆碱代谢网络 | 代谢组学, 细胞移植 Du Ruilin · … · Chen Yanglin · · 2026/02/10 该研究由动物遗传资源内蒙古大学Chen Yanglin团队完成 Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) 原文链接：https://doi.org/10.1002/advs.202515648 2. Amikacin-eravacycline combination mediates the synergistic elimination of carbapenem-resistant pathogens via in vitro and in vivo metabolic reprogramming. 阿米卡星联用依拉环素通过代谢重塑消除耐药菌。碳青霉烯耐药病原体（CRO）的威胁日益严重，亟需开发新型联合用药策略。研究证明阿米卡星与依拉环素联用能增强细菌氧化磷酸化，通过诱导氧化应激有效清除多种CRO。该研究提出了抗生素与特定代谢物联用的控菌新策略，并在小鼠模型中验证了疗效。 碳青霉烯耐药, 细菌感染 | 氧化磷酸化, 氧化应激 | 联合用药, 代谢组学 Yang Xiaoli · … · Tang Xikang · · 2026/02/10 该研究由儿科学中山大学孙逸仙纪念医院Tang Xikang团队完成 PLoS pathogens 原文链接：https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1013938 3. Salinity stress response of black yeasts isolated from deep-sea sediments of the Gulf of Mexico. 深海黑酵母通过形态转变与代谢重塑应对盐度压力。深海真菌面临极端环境，但其适应高盐胁迫的生长与代谢机制仍知之甚少。研究发现三种黑酵母在不同盐度下表现出独特的形态适应，并伴随脂肪酸和氨基酸的代谢谱改变。这些发现深化了对极端环境下真菌适应机制的理解，为应激保护研究奠定了基础。 盐度胁迫, 极端环境适应 | 膜重塑, 渗透压调节 | 代谢组学, 形态学分析 Camacho-López Maria Dolores · … · Riquelme Meritxell · · 2026/02/10 该研究由微生物学墨西哥恩塞纳达科学研究与高等教育中心Meritxell Riquelme团队完成 Communications biology 原文链接：https://doi.org/10.1038/s42003-026-09673-0 多组学 1. Proteogenomic characterization of cervical cancer identifies molecular subtypes predictive of clinical outcomes and subtype-specific targets. 蛋白质基因组学揭示宫颈癌分子亚型及治疗靶点。尽管宫颈癌基因组研究较多，但其全球蛋白质组景观仍不清晰。研究通过对139对样本的多组学分析，确定了上皮间质转化、增殖、免疫反应和上皮分化四个分子亚型。开发出的四蛋白分类器能有效预测免疫治疗反应和临床预后，为宫颈癌的精准医疗和个性化治疗提供了重要数据支持。 宫颈癌 | 分子分型, 激酶活性, HPV融合肽 | 蛋白质组学, 磷酸化蛋白质组学, 全基因组测序 Tian Xun · … · Hu Zheng · · 2026/02/10 该研究由生命科学武汉大学胡政团队完成 The Journal of clinical investigation 原文链接：https://doi.org/10.1172/JCI199497 2. Systems Biology of Aging, Metabolism, and Mitochondria. 系统生物学视角下的衰老与代谢研究。21世纪以来，技术与理论的进步产生了海量的生物系统多层级数据。本文综述了衰老、代谢及线粒体的系统生物学研究，阐述了通过实验与计算结合的策略整合多层生物网络的方法。该研究强调了生命系统的自组织特性，并指出跨学科融合是理解复杂生命现象的关键。 衰老, 代谢 | 线粒体功能, 生物网络动态 | 系统生物学, 多组学整合 Aon Miguel Antonio · Cortassa Sonia · Annual review of biophysics · 2026/02/10 ⭐ 该研究由转化老年医学美国国家老龄化研究所Cortassa Sonia团队完成 原文链接：https://doi.org/10.1146/annurev-biophys-021424-011852 3. Genomic and immune landscape of recurrent and/or metastatic squamous cell carcinoma of the head and neck progressing on anti-PD1 treatment. 头颈部鳞癌抗PD1治疗进展后的基因组与免疫图谱。抗PD1疗法在头颈部鳞癌中响应率有限，其耐药机制尚不明确。研究通过多组学分析发现，耐药患者存在EGFR扩增及MYC通路改变，且继发性耐药表现出更高的免疫耗竭特征。B2M表达被鉴定为预测抗PD1疗效的潜在生物标志物，助力精准免疫治疗。 头颈部鳞癌, 免疫耐药 | 免疫耗竭, MYC通路 | 多组学分析, 生物标志物 van der Elst Athenais · … · Machiels Jean-Pascal H · · 2026/02/10 该研究由肿瘤中心鲁汶天主教大学Machiels Jean-Pascal H团队完成 Cancer immunology research 原文链接：https://doi.org/10.1158/2326-6066.CIR-25-0979 4. Time‑resolved multi-omic analysis of paclitaxel exposure in human iPSC‑derived sensory neurons unveils mechanisms of chemotherapy‑induced peripheral neuropathy. 紫杉醇诱导周围神经病变的分子机制揭示。紫杉醇是治疗实体瘤的标准药物，但常引发严重的周围神经病变（CIPN），严重影响患者生活质量且缺乏预防手段。研究利用iPSC来源的感觉神经元，通过多组学分析发现JUN基因激活及脂质代谢紊乱是导致神经轴突变性和炎症的关键。该发现阐明了感觉丧失和神经痛的病理机制，并为开发针对性治疗药物提供了重要靶点。 化疗诱导的周围神经病变 | JUN, 脂质代谢紊乱 | iPSC衍生神经元, 多组学分析 Schinke Christian · … · Boehmerle Wolfgang · · 2026/02/10 该研究由神经生物学Charité-Universitätsmedizin Berlin的Wolfgang Boehmerle团队完成 Cell death & disease 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41419-026-08445-2 5. Ecological partitioning enables phage-antibiotic cooperation in a human Pseudomonas infection. 生态分区助力人类假单胞菌感染中噬菌体与抗生素的协同作用。噬菌体与抗生素联用是治疗耐药感染的新趋势，但其体内相互作用机制尚不明确。研究通过对一名囊性纤维化患者的纵向多组学分析发现，细菌亚群对药物和噬菌体表现出非重叠的选择压力。噬菌体活性受体液免疫限制而呈现时间约束性，这种“化学-生物疗法”通过生态和免疫互补而非直接药理协同发挥作用。 多重耐药铜绿假单胞菌, 囊性纤维化 | 噬菌体-抗生素协同, 免疫逃逸 | 噬菌体疗法, 多组学分析 Luong Tiffany · … · Roach Dwayne R · Nature communications · 2026/02/11 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-69247-w 6. Dissecting the genetic architecture of seed-related traits in Brassica napus by integrating multi-omics analysis and VIS-NIR hyperspectral imaging. 多组学整合分析揭示甘蓝型油菜种子性状遗传架构。传统的油菜种子性状表型鉴定方法费时费力且具有破坏性，限制了高产优质品种的选育。研究构建了结合高光谱成像与机器学习的非破坏性分析框架，通过关联分析鉴定出影响含油量和种皮含量的关键基因BnaMYB52和BnaPMT6。该研究为油菜种子代谢物评估提供了创新手段，并为培育高含油量、高营养品质的油菜品种奠定了遗传基础。 种子性状遗传 | 脂肪酸代谢, 类黄酮合成 | 高光谱成像, GWAS, 代谢组学 Tan Zengdong · … · Yao Xuan · · 2026/02/10 该研究由植物基因组学崖州湾国家实验室姚璇团队完成 Genome biology 原文链接：https://doi.org/10.1186/s13059-026-03990-7 7. Aerobic exercise facilitates p300 nuclear translocation via ADRB2-AMPKα signaling, leading to enhanced histone acetylation and mitigation of cognitive decline in APP/PS1 mice. 有氧运动通过ADRB2-AMPKα-p300轴缓解AD认知衰退。运动与认知韧性增强密切相关，但其诱导神经保护的表观遗传重塑分子机制尚不明确。研究通过流行病学分析与APP/PS1小鼠实验发现，有氧运动激活ADRB2-AMPKα信号，促进p300入核并增强组蛋白乙酰化，从而恢复突触可塑性。该研究揭示了运动调节染色质重塑的新路径，为开发阿尔茨海默病运动模拟疗法提供了潜在靶点。 阿尔茨海默病 | ADRB2-AMPKα-p300轴, 组蛋白乙酰化 | 有氧运动干预, 单细胞RNA测序 Chai Gao-Shang · … · Yu Haitao · · 2026/02/10 该研究由神经生物学江南大学于海涛团队完成 Alzheimer's research & therapy 原文链接：https://doi.org/10.1186/s13195-026-01983-z 8. Pre-operative risk assessment of HCC recurrence in liver transplant recipients by non-invasive detection of pre-existing genetic lesions. 液体活检技术预评估肝移植后肝癌复发风险。肝移植是治疗肝癌的重要手段，但术后复发严重影响疗效，亟需无创的术前风险分层模型。研究整合cfDNA拷贝数变异与单细胞/空间转录组数据，开发了ZJU标准，成功追踪到与复发相关的恶性细胞亚群及其促转移微环境。该研究为肝癌患者肝移植决策提供了精准、无创的预测工具，具有显著的临床应用价值。 肝细胞癌复发 | 拷贝数变异, 促转移微环境 | 液体活检, 单细胞转录组, 空间转录组 Yang Suqin · … · Xu Xiao · · 2026/02/11 该研究由肝胆外科浙江大学/南京医科大学徐骁团队完成 Clinical and molecular hepatology 原文链接：https://doi.org/10.3350/cmh.2025.1069 生物信息软件 1. Analysis of coding gene expression from small RNA sequencing. 从小RNA测序数据中直接定量蛋白编码基因表达。缺乏配对的总RNA测序限制了小RNA研究中基因调控网络的构建。研究证明利用sRNA-seq中的转录本片段可可靠定量mRNA表达，且与总RNA-seq结果高度相关。该方法为在仅有小RNA数据的研究中探索微环境相互作用提供了低成本方案。 基因表达定量 | miRNA-mRNA相互作用 | 小RNA测序, 生物信息学算法 Azadova Aygun · … · Marco Antonio · · 2026/02/10 该研究由生命科学埃塞克斯大学Antonio Marco团队完成 Genome research 原文链接：https://doi.org/10.1101/gr.281364.125 2. Latent transition analysis for longitudinal studies of post-acute infection syndromes. 潜类别转变分析助力急性感染后综合征的纵向研究。急性感染后综合征（PAIS）症状复杂且缺乏精确定义，给临床研究和表型识别带来困难。研究提出了一种基于潜类别转变分析（LTA）的通用框架，用于识别疾病表型并分析患者在不同状态间的转变。通过对长新冠数据集的应用，该模型成功识别了受年龄和性别影响的独特表型轨迹，为个性化监测和药物开发提供了支持。 长新冠 (PCC), 急性感染后综合征 | 疾病表型演变 | 潜类别转变分析 (LTA), 纵向数据建模 Gusinow Roy · … · Hasenauer Jan · Nature communications · 2026/02/10 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-68650-7 3. Interpretable and generative deep learning models explicate phase separating intrinsically disordered motifs. 深度学习模型PhaSeMotif揭示蛋白质相分离的内在无序基序。内在无序区域（IDRs）驱动的相分离在细胞组织中起关键作用，但识别其核心序列基序仍具挑战。研究开发了PhaSeMotif框架，利用可解释深度学习精确预测IDRs中的关键相分离基序。实验验证表明，预测基序的突变能显著改变相分离能力，该工具为深入研究生物分子凝聚体的分子机制提供了高效平台。 生物分子凝聚体 | 内在无序区域 (IDRs), 相分离基序 | 深度学习, 生成模型 Yang Hongzhining · … · Li Tingting · · 2026/02/10 该研究由生物信息学北京大学Tingting Li团队完成 Nature communications 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-69252-z 4. TANGO: Analysis and curation of particles in cryo-electron tomography. TANGO框架助力冷冻电子断层扫描中颗粒的空间分析与整理。冷冻电子断层扫描（cryo-ET）能观察原位细胞结构，但缺乏通用的空间分析工具来处理复杂的生物样本。研究引入了TANGO框架，利用点云描述符和扭曲向量编码颗粒的相对位置与方向，实现旋转不变的特征提取。该开源工具支持探索多样的空间模式，显著提升了研究者解码复杂细胞架构及其功能关系的能力。 细胞超微结构 | 颗粒空间排列 | 冷冻电子断层扫描 (cryo-ET), 点云描述符 Schreiber Markus · Turoňová Beata · Nature communications · 2026/02/10 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-69195-5 5. An equivariant pretrained transformer for unified 3D molecular representation learning. 等变预训练Transformer实现统一的3D分子表示学习。在大量无标签3D分子上进行预训练已展示出优越性，但跨领域知识的整合仍是空白。研究引入了全原子基础模型Equivariant Pretrained Transformer，能同时学习原子级交互和蛋白质残基等结构特征。该模型在配体结合亲和力预测中表现优异，并成功筛选出针对新冠病毒主要蛋白酶的潜在抗病毒化合物。 药物筛选, 抗病毒药物 | 分子表示学习, 结合亲和力预测 | 预训练模型, E(3)等变Transformer Jiao Rui · … · Liu Yang · · 2026/02/10 该研究由计算机科学清华大学刘洋团队完成 Nature communications 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-69185-7 6. Identifying 3D signal overlaps in spatial transcriptomics data with ovrlpy. 新工具ovrlpy可识别空间转录组数据中的3D信号重叠。基于影像的空间转录组技术虽能定位转录本，但2D细胞分割常导致垂直方向上的信号混淆。研究开发了ovrlpy计算工具，通过分析转录本的3D空间分布来识别重叠细胞和分割错误。该工具显著提升了空间转录组数据的分析精度，对组织异质性研究具有重要价值。 细胞分割错误, 组织异质性 | 3D空间重叠 | ovrlpy软件, 空间转录组学 Tiesmeyer Sebastian · … · Ishaque Naveed · Nature biotechnology · 2026/02/10 ⭐ 该研究由数字健康柏林夏里特医学院Naveed Ishaque团队完成 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41587-026-03004-8 7. ICE: robust detection of cellular senescence from weak single-cell signatures using imputation-based marker refinement. ICE框架提升单细胞测序中衰老细胞检测精度。由于经典标志物表达弱且缺乏特异性，从单细胞转录组数据中准确识别衰老细胞具有挑战性。研究开发了集成表达归补与标志物精炼的计算框架ICE，显著提高了阿尔茨海默病样本中衰老小胶质细胞等群体的检测能力。该工具为深入分析人类组织和疾病背景下衰老细胞的异质性及时间动态提供了可靠手段。 细胞衰老 | 衰老标志物 | 单细胞RNA测序, 表达归补算法 Xu Peng · … · Kong Yimeng · · 2026/02/10 该研究由生物信息学东南大学孔遗梦团队完成 Genome biology 原文链接：https://doi.org/10.1186/s13059-026-03997-0 8. RamEx: an R package for high-throughput microbial ramanome analyses with accurate quality assessment. RamEx软件包实现高通量微生物拉曼组精准分析。高通量单细胞拉曼光谱数据常受噪声和荧光干扰，缺乏稳健的异常值检测及表型分类算法。研究开发了基于R语言的RamEx工具包，核心ICOD算法可动态检测光谱异常，并集成C++加速与GPU并行化以支持百万级光谱处理。该工具桥接了高通量拉曼表型分析与计算科学，为探索微生物生态、代谢交互及药敏性提供了全面支持。 微生物表型鉴定 | 单细胞拉曼光谱 | 异常值检测算法, 机器学习分类 Zhang Yanmei · … · Sun Luyang · Microbiome · 2026/02/10 ⭐ 该研究由单细胞中心中科院青岛能源所孙鲁阳团队完成 原文链接：https://doi.org/10.1186/s40168-026-02339-3 9. The Heterocycle Isostere Explorer: A Computational Tool for the Discovery of Novel Aromatic Heterocyclic Isosteres. HCIE计算工具助力新型芳香杂环等排体发现。芳香杂环在药物化学中至关重要，但寻找能优化分子性质且保持活性的生物等排体具有挑战性。研究开发了开源Python工具HCIE，利用矢量对齐和3D相似性指标，从50万个虚拟库中筛选并排名候选杂环等排体。该工具为药物化学家提供了实用的早期设计框架，有助于探索未被充分开发的杂环结构并推动合成方法学发展。 药物分子设计 | 生物等排体 | HCIE工具, 3D相似性筛选 Holland Matthew T O · … · Brennan Paul E · · 2026/02/11 该研究由药物化学牛津大学Brennan Paul E团队完成 Journal of medicinal chemistry 原文链接：https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.5c03118 10. A Scalable Framework for Comprehensive Typing of Polymorphic Immune Genes from Long-Read Data. SpecImmune：长读长测序数据下的多态性免疫基因分型框架。HLA、KIR等高度多态性免疫基因的精准分型对精准医学至关重要，但现有工具准确度有限。研究开发了基于图谱单倍型重建算法的SpecImmune框架，实现了HLA、IG/TCR及CYP家族的高精度同步分型。该工具揭示了免疫基因的协同进化规律，为免疫学研究和临床精准用药提供了强大支撑。 免疫基因多态性 | HLA分型 | 长读长测序 Wang Shuai · … · Li Shuai Cheng · · 2026/02/11 该研究由生物信息学领域香港城市大学李帅成团队完成 Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) 原文链接：https://doi.org/10.1002/advs.202521531 声明：本文使用了AI进行翻译和总结