ICAM-1

兰卫科普单细胞转录组数据分析之RNA速率分析在多细胞生物的生命过程中，细胞会根据外界刺激或内部信号的变化，调整自身的功能状态，进行分化、增殖或迁移等生物学过程。例如，免疫细胞在接收到信号后会迅速激活，并执行相应的免疫功能。激活后的免疫细胞进入“应答”状态，分泌细胞因子、增殖、吞噬病原体、清除受感染细胞，并启动其他免疫反应。同时，免疫细胞的表面标记物和基因表达谱也会发生显著变化，反映出其状态转变。然而，这些瞬态细胞群的研究具有挑战性。为了解决这一难题，今天我们介绍一种能够捕捉细胞转录动态、重建转录速率变化轨迹的方法——RNA速率分析（RNA velocity analysis）。RNA速率分析的原理与方法：单细胞RNA velocity analysis是一种用于研究细胞转录动态及基因表达变化趋势的计算方法。与基于细胞间状态差异重建发育轨迹的拟时序分析（pseudotime analysis）不同，RNA速率分析从单细胞测序数据中提取未剪接mRNA（unspliced mRNA）与已剪接mRNA（spliced mRNA）的比例信息，从而量化基因表达的瞬时变化速率，进而推断细胞未来的状态转变方向。该方法为解析细胞命运决策、状态转变及其潜在调控机制提供了一个更为动态且定量的研究视角，弥补了拟时序分析在时间方向推断上的局限性。目前，主流的RNA速率分析工具包括Velocyto、scVelo和DeepVelo等，它们利用不同的计算模型推断细胞命运轨迹，并揭示调控机制。RNA速率分析应用领域：RNA速率分析不仅能揭示细胞的分化潜能，还在多个生物学领域中具有广泛应用。它能够追踪免疫细胞激活后的动态变化，帮助理解细胞如何响应病原和癌症免疫逃逸；在肿瘤研究中，揭示肿瘤细胞与微环境细胞的动态重塑，为早期诊断和靶向治疗提供新思路；在发育生物学与干细胞研究中，推测干细胞分化轨迹，优化干细胞培养和再生医学；在神经科学领域，揭示神经元和胶质细胞的动态转变，有助于新治疗靶点的发现等等。RNA速率分析应用案例：1、揭示细胞分化潜能肿瘤邻近组织与肿瘤组织中浸润细胞类型的差异，揭示了肿瘤微环境在结直肠癌（CRC）进展中的动态重塑过程及其关键作用。长期以来，成纤维细胞被认为是调控肿瘤发生与发展的核心基质细胞类型之一，然而其具体的亚群身份与功能机制仍未完全阐明。2022年发表在Nature Communications的一项研究（Single-cell and spatial analysis reveal interaction of FAP+ fibroblasts and SPP1+ macrophages in colorectal cancer）中，研究人员发现FAP+成纤维细胞在CRC组织中显著富集，并与患者的不良预后相关。该研究结合RNA速率分析方法，推断了FAP⁺成纤维细胞的潜在分化轨迹，并预测其可能起源于FGFR2⁺成纤维细胞或ICAM1⁺端粒样细胞。这一发现不仅揭示了成纤维细胞在肿瘤微环境中的高度可塑性，也为靶向干预提供了新的理论依据和潜在策略。2、发掘关键基因与调控网络在拟时序分析中，研究人员通过比较不同时间点或发育阶段的基因表达模式，能够识别出在细胞命运决定过程中发挥关键作用的调控基因或基因簇。进一步结合转录因子调控网络的构建，有助于深入解析细胞发育与分化的分子机制。2022年发表在Science Advances的研究（DeepVelo: Single-cell transcriptomic deep velocity field learning with neural ordinary differential equations）系统评估了DeepVelo算法在多种组织类型、发育时间尺度及测序平台下对scRNA-seq数据的解析能力。该研究聚焦于小鼠齿状回（Dentate Gyrus）的发育过程，利用DeepVelo模拟细胞状态迁移轨迹，并引入“细胞关键性指数”（Cell Criticality Index）来评估关键转变阶段的细胞状态。结果发现，该指数与关键调控基因IGFBPL1和GRM5的表达高度相关，提示它们在调控细胞命运选择中发挥核心作用。进一步的体外功能验证实验确认了发育驱动因子Runx1t1和Prox1对颗粒细胞与锥体神经元谱系分化路径的调控效应。该研究表明，RNA速率分析不仅能够揭示细胞发育轨迹，还能识别关键驱动基因，从而揭示发育过程中的潜在调控机制。3、空间转录组学中致癌的动力学RNA速率分析的应用不局限于单细胞水平，还可结合空间转录组学（spatial transcriptomics），用于解析肿瘤微环境的动态变化。2024年发表在Nature Communications的研究（Multivariate stochastic modeling for transcriptional dynamics with cell-specific latent time using SDEvelo）应用RNA速率分析深入探讨了肝细胞癌（HCC）的空间转录组数据。研究团队利用来自同一患者的四个组织切片（包括两个肿瘤切片和两个癌旁组织切片），发现基质区域向肿瘤/正常上皮区域的过渡趋势，揭示了HCC组织的空间动态特征。此外，该研究识别出多个与肿瘤进展相关的关键驱动基因，其中APO家族基因在癌旁组织中呈现显著动态变化，提示其在肝癌发生过程中可能起到关键作用。这项研究表明，RNA速率分析结合空间转录组学，能够揭示肿瘤微环境的时空动态，为癌症进展机制提供新的视角。总结：RNA速率分析为探索细胞状态转换与基因动态变化提供了有力手段，有助于在多种生物学背景下解析细胞命运轨迹及其调控机制。从肿瘤微环境的重塑到发育过程中的关键基因筛选，再到空间转录组学中的肿瘤动力学，RNA速率分析已成为单细胞数据解析的重要手段。随着计算方法的不断发展，如DeepVelo和SDEvelo等先进模型的引入，该技术在精准医学、发育生物学及癌症研究等领域的应用前景将更加广阔。未来，结合多组学数据（如表观遗传、蛋白组和代谢组），RNA速率分析有望进一步提升对细胞状态转换及疾病发生机制的理解，并推动相关领域的发展。本文由 医学事务中心 徐坤 提供

NATICK, Mass., April 28, 2025 /PRNewswire/ -- AffyImmune Therapeutics, Inc., a clinical-stage biopharmaceutical company, today announced an abstract detailing its affinity-tuned CAR T therapy AIC100 will be presented at the American Association for Cancer Research (AACR) Annual Meeting, held April 25-30, 2025 at McCormick Place Convention Center in Chicago, IL. "We look forward to presenting our updated Phase 1 data at AACR, and to provide interim safety and efficacy results from our Phase 1 Dose Escalation trial evaluating AIC100 CAR T therapy in patients with advanced thyroid cancers," said Daniel Janse, CEO, AffyImmune. "These results mark progress, as we plan the next steps for our affinity-tuned CAR T therapies for patients with unmet medical need." Presentation Details: Title: ICAM-1 directed chimeric antigen receptor (CAR) T cells (AIC100) in patients with Advanced Thyroid cancers: Clinical and translational data from the phase 1 dose escalation study Presenter: Dr. Samer Ali Srour, University of Texas MD Anderson Cancer Center, Houston, TX Session Type: Oral Presentation – Clinical Trials Plenary Session Abstract Number: CT206 Date and Time: April 29, 2025 10:15AM – 12:15PM CST Location: McCormick Place Convention Center in Chicago, Illinois About AffyImmune Therapeutics AffyImmune is a clinical-stage biopharmaceutical company committed to developing novel, first-in-class, affinity-tuned CAR T cell therapies to transform the lives of patients with cancer. The Company's proprietary technology utilizing ICAM-1/LFA-1 interaction can potentially address all critical CAR T challenges such as toxicity, antigen loss, T-cell trafficking and exhaustion, while also allowing in vivo tracking of the CAR T cells. Its lead candidate, AIC100, is an ICAM-1-directed CAR T therapy being developed for patients with advanced thyroid cancer. AffyImmune is developing a focused pipeline of therapeutics targeting ICAM-1 in oncologic indications with high unmet medical need. AffyImmune is based in Natick, MA. For more information, visit . Contacts Media Daniel Janse AffyImmune Therapeutics [email protected] (508) 960-1526 SOURCE AffyImmune Therapeutics WANT YOUR COMPANY'S NEWS FEATURED ON PRNEWSWIRE.COM? 440k+ Newsrooms & Influencers 9k+ Digital Media Outlets 270k+ Journalists Opted In GET STARTED

2025年美国癌症研究协会（AACR）年会已经在美国芝加哥开幕。AACR是规模最大的癌症研究会议之一，多家医药公司将在大会上汇报疗法的最新临床试验结果。AACR年会的临床试验全体大会报告（Clinical Trials Plenary Session）一直备受关注，其中包括业界专家认为可能改变癌症治疗实践的研究和新兴药物的早期临床试验结果。今日，AACR公布了临床试验全体大会报告中的部分摘要，本文将与读者分享其中的最新进展。不限癌种，奥拉帕利/帕博利珠单抗组合展现广阔抗癌潜力本次大会上，研究人员将报告PARP抑制剂奥拉帕利（olaparib）与PD-1抑制剂帕博利珠单抗联用，治疗携带同源重组修复突变（HRRm）或同源重组缺陷（HRD）癌症的不限癌种2期临床试验的最新结果。在这项研究中，患者分为3个队列，携带BRCA突变（BRCAm），携带非BRCA的HRRm，以及非HRRm HRD患者。摘要数据显示，在中位随访时间为10.4个月至13.4个月时，BRCAm组的客观缓解率（ORR）为27%，非BRCA HRRm组的ORR为12%，非HRRm HRD组为12%。在PARP抑制剂获批适应症之外，确认获得缓解的适应症包括晚期乳腺癌、卵巢癌、胰腺癌、泌尿上皮癌、肾癌、胆道癌、宫颈癌、食管鳞癌、结直肠癌、胃食管结合部腺癌、十二指肠癌、小肠癌、甲状腺癌、唾液腺癌、头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）、非小细胞肺癌（NSCLC）、小细胞肺癌（SCLC）、平滑肌肉瘤及其他肉瘤。HRRm前列腺癌亦有多例缓解。具体试验数据请见下表。▲不限癌种2期临床试验KEYLYNK-007的主要疗效数据（图片来源：参考资料[9]）罗氏潜在“first-in-class”WRN抑制剂首个临床试验结果公布在精准治疗方面，研究人员将公布罗氏（Roche）的潜在“first-in-class”共价WRN抑制剂RO7589831的首个人体临床试验结果。WRN是新兴的“合成致死”靶点，可用于精准治疗微卫星不稳定性（MSI）/错配修复缺陷（dMMR）的实体瘤。摘要数据显示，截至2024年11月25日，共44例患者入组6个剂量队列。这些患者中位既往治疗线数为3，89%接受过免疫检查点抑制剂（ICI）治疗。在安全性方面，尚未报告剂量限制性毒性（DLT），也未达到最大耐受剂量（MTD）。在32例可评估疗效的MSI患者中，4例患者获得部分缓解（包括2例确认部分缓解），缓解持续时间最长达9.5个月以上。疾病控制率（DCR）为68.8%。研究人员表示，RO7589831总体安全耐受性良好，在包括ICI治疗患者在内的晚期MSI癌症患者中展现出可喜的DCR和持久的临床缓解，为有效靶向WRN提供了首个早期临床概念验证。疾病控制率100%，ROS1抑制剂早期临床结果积极研究人员将报告嘉越医药开发的ROS1抑制剂JYP0322的1期临床试验结果。JYP0322是一种高效、可穿越血脑屏障且具有高度选择性的ROS1抑制剂，对ROS1 G2032R耐药突变具有亚纳摩尔级效力。它旨在同时应对ROS1耐药突变和肿瘤脑转移等关键临床挑战，并避免神经毒性。摘要结果显示，截至2024年12月10日，共73例NSCLC患者入组，未观察到剂量限制性毒性事件。在58例可评估疗效的患者中，酪氨酸激酶抑制剂（TKI）初治组ORR为85.7%（12/14），DCR为100%；既往接受≥2线全身治疗且≥1次ROS1 TKI治疗组ORR为54.5%（12/22），DCR为81.8%。在ROS1 G2032R突变患者中，ORR为71.4%（5/7），DCR为100%。基线可测量脑转移患者（n=6）中，颅内ORR为33.3%（2/6），颅内DCR为83.3%。详细数据请见下表。▲JYP0322在1期临床试验中的疗效数据（图片来源：参考资料[6]）一线治疗NSCLC，阿美替尼组合显著延长患者无进展生存期翰森制药将公布第三代选择性EGFR酪氨酸激酶抑制剂阿美替尼（aumolertinib），与化疗联用或作为单药，一线治疗局部晚期或转移性NSCLC患者的3期临床试验AENEAS2的结果。这些患者携带致敏EGFR突变。摘要数据显示，截至2024年6月18日，共624例患者随机分配至组合疗法组（n=310）或单药组（n=314）。中位随访时间为23.4个月时，组合疗法组中位无进展生存期（PFS）为28.9个月，单药组PFS为18.9个月。阿美替尼与化疗联用，与阿美替尼单药相比，将患者疾病进展或死亡风险降低52.9%（HR=0.471，95% CI：0.371–0.598；p<0.0001）。总生存期数据尚未成熟。研究人员表示，这一结果显示阿美替尼与化疗联用作为一线治疗，与单药治疗相比，可给EGFR突变NSCLC患者的PFS带来统计显著和具有临床意义的改善。膀胱癌患者完全缓解率超40%，创新CD40抗体首个临床试验结果公布由纪念斯隆凯特琳癌症中心研究人员领衔的团队将公布创新CD40抗体2141-V11的1期临床试验结果。2141-V11通过增强与FcγRIIB的结合，可诱导有效的肿瘤特异性T细胞反应。在多种临床前膀胱癌模型中，2141-V11可产生持久的抗肿瘤免疫反应且无系统性毒性。在这项研究者发起的1期临床试验中，不适合或拒绝根治性膀胱切除，且对卡介苗（BCG）治疗无应答的非肌层浸润性膀胱癌（NMIBC）患者接受了2141-V11治疗。摘要数据显示，截至2024年12月28日，已完成25例患者招募。膀胱内给药2141-V11耐受良好，至最高70 mg剂量未观察到剂量限制性毒性。25例患者中，10例（41.7%）获得完全缓解（CR）。在19例可评估6个月疗效的患者中，7例（37%）于6月时仍保持CR。潜在“first-in-class”T细胞激活剂最新结果发布 Marengo Therapeutics公司将公布其潜在“first-in-class”T细胞激活剂invikafusp alfa的1/2期临床试验更新结果。Invikafusp alfa是一款双特异性融合蛋白，它不但可以与T细胞受体的Vβ链结合，还可以激活另一条T细胞共刺激信号通路，促进特定效应Vβ T细胞的扩增，从而增强抗肿瘤免疫反应。摘要结果显示，在肿瘤突变负荷高（TMB-H），对PD-1/PD-L1耐药且接受过大量前期治疗的难治性患者中，优化剂量的invikafusp alfa在9名可评估疗效的患者中达到67%的疾病控制率，其中两名患者获得确认部分缓解，一名患者缓解持续时间超过12个月。此外，研究发现CD8阳性、Vβ T细胞的剂量依赖性、选择性扩增，在2期临床推荐剂量下最高扩增600%。扩增的Vβ T细胞表现出记忆表型并表达细胞毒性效应分子。基于初步临床及临床前结果，美国FDA已授予invikafusp alfa治疗TMB-H结直肠癌的快速通道资格。实体瘤CAR-T疗法早期临床结果积极AffyImmune Therapeutics公司将公布其靶向细胞间粘附分子-1（ICAM-1）的CAR-T细胞疗法AIC100，在治疗晚期甲状腺癌的1期临床试验中获得的最新结果。AIC100已经获得FDA授予的再生医学先进疗法（RMAT）认定，用于治疗复发性甲状腺未分化癌（ATC），这是恶性程度高，侵袭性强的甲状腺癌类型。摘要结果显示，截至2024年12月12日，24例患者分别接受了4个剂量水平（DL）AIC100的输注。在DL1-DL3中未观察到剂量限制毒性，DL4中2例患者出现3级肺炎。DL1-DL3共有11例患者于输注后42天可评估疗效。在DL2和DL3的可评估患者中，ORR为22%， DCR为56%。接受DL2和DL3剂量AIC100治疗的ATC患者的DCR为50%，接受DL2和DL3剂量AIC100治疗的甲状腺低分化癌患者的DCR为60%。所有患者体内均观察到AIC100的扩增。参考资料：[1] Clinical Trials Plenary Session. Retrieved April 24, 2025, from https://www.abstractsonline.com/pp8/#!/20273/sessions/@sessiontype=Clinical%20Trials%20Plenary%20Session/1[2] Practice-Changing Data Coming at AACR 2025, Experts Say. Retrieved April 25, 2025, from https://www.oncologynewscentral.com/oncology/practice-changing-data-coming-at-aacr-2025-experts-say[3] Marengo to Share Updated Clinical Results from STARt-001 Phase 1/2 Clinical Trial Featuring Invikafusp Alfa Monotherapy Activity in PD1 Resistant Tumors at Upcoming AACR 2025 Clinical Plenary Oral Presentation. Retrieved April 25, 2025, from https://www.prnewswire.com/news-releases/marengo-to-share-updated-clinical-results-from-start-001-phase-12-clinical-trial-featuring-invikafusp-alfa-monotherapy-activity-in-pd1-resistant-tumors-at-upcoming-aacr-2025-clinical-plenary-oral-presentation-302437765.html[4] CT206 - ICAM-1 directed chimeric antigen receptor (CAR) T cells (AIC100) in patients with advanced thyroid cancers: Clinical and translational data from the phase 1 dose escalation study. Retrieved April 25, 2025, from https://www.abstractsonline.com/pp8/#!/20273/presentation/10430[5] CT203 - Fc-optimized anti-CD40 agonist antibody 2141-V11 for BCG-unresponsive non-muscle invasive bladder cancer: Updates on phase 1 study clinical outcomes and biological correlatives. Retrieved April 25, 2025, from https://www.abstractsonline.com/pp8/#!/20273/presentation/10427[6] CT052 - A highly selective, brain-penetrant and overcoming G2032R resistance ROS1 inhibitor JYP0322 in NSCLC patients with ROS1 fusion. Retrieved April 25, 2025, from https://www.abstractsonline.com/pp8/#!/20273/presentation/10425[7] CT053 - Aumolertinib with or without chemotherapy as first line treatment in locally advanced or metastatic NSCLC with sensitizing EGFR mutations (AENEAS2). Retrieved April 25, 2025, from https://www.abstractsonline.com/pp8/#!/20273/presentation/10426[8] CT016 - First-in-human (FIH) phase 1 trial of the oral first-in-class covalent Werner helicase (WRN) inhibitor RO7589831 in patients with microsatellite instable (MSI) and/or mismatch repair deficient (dMMR) advanced solid tumors. Retrieved April 25, 2025, from https://www.abstractsonline.com/pp8/#!/20273/presentation/10419[9] CT004 - KEYLYNK-007: Tumor agnostic trial of olaparib plus pembrolizumab in homologous recombination repair mutation- and homologous recombination deficiency- positive advanced cancers. Retrieved April 25, 2025, from https://www.abstractsonline.com/pp8/#!/20273/presentation/10418免责声明：本文仅作信息交流之目的，文中观点不代表药明康德立场，亦不代表药明康德支持或反对文中观点。本文也不是治疗方案推荐。如需获得治疗方案指导，请前往正规医院就诊。版权说明：欢迎个人转发至朋友圈，谢绝媒体或机构未经授权以任何形式转载至其他平台。转载授权请在「药明康德」微信公众号回复“转载”，获取转载须知。分享，点赞，在看，聚焦全球生物医药健康创新