SOX9

文章解读+创新点拓展，为您带来科研新体验～ 导读 一项发表在Cell Research的前沿研究Single-cell RNA sequencing reveals the developmental program underlying proximal–distal patterning of the human lung at the embryonic stage，通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）与空间转录组技术的强强联合，为人类肺脏早期发育提供了前所未有的精细视图。本文将为您揭示这项技术如何帮助科学家们洞察肺部近端-远端模式形成的关键机制，并探讨其对临床实践的重大意义。 研究背景 肺脏发育是一个复杂的过程，涉及多种细胞类型的分化与互动。传统研究手段虽能提供部分信息，但在捕捉细胞层面动态变化方面显得力不从心。单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的问世改变了这一局面，它使研究人员得以前所未有的精度观察细胞内部活动，尤其是那些在早期发育阶段发生的变化。 此外，空间转录组技术进一步增强了研究能力，它能够在保持细胞空间位置的同时分析其基因表达情况，这对于理解器官发育过程中细胞间的相互作用至关重要。 值得注意的是，此前对于早期发育阶段的数据相对匮乏，而本研究选取了从第4周到第8周的胚胎期乃至早期假腺期的人类样本进行单细胞测序分析。相比之下，已有较多研究关注于更晚发育阶段的单细胞测序。因此，本研究填补了这一领域的空白，提供了早期胚胎肺发育的重要数据支撑。 研究设计与结果 研究者使用了单细胞RNA测序技术对4-8周的人类胚胎肺组织进行分析，构建了一个包含超过16万个细胞的转录组图谱。通过这个图谱，研究者们不仅识别出了近端与远端上皮细胞之间明显的基因表达差异，而且还发现了多个调控近端-远端模式形成的转录因子，如THRB、EGR3、ETV1以及SOX6。 更重要的是，通过对早期胚胎基质细胞群的细致剖析，揭示了一个BDNF+的基质细胞群体，它们在近端-远端模式形成中扮演着重要角色，并具有空间特异性。 接着采用了空间转录组技术，对6周的肺组织切片进行了空间转录组学分析。将分子特征映射到了解剖尺度上，对细胞类型及其分子标志物在近端与远端上皮中的分布情况进行展示。 图1：主要的肺细胞类型出现在人类胚胎肺发育的开始 研究者选取了人类胚胎肺（4-8周）进行采样，涵盖了胚胎和早期假腺体阶段。通过单细胞转录组测序分析，鉴定了六种人类胚胎肺细胞类型：间质细胞、上皮祖细胞、神经嵴祖细胞、内皮祖细胞、原红细胞和巨噬细胞（图1b-d）。研究发现，在第4周时，所有六种细胞类型均已出现，表明肺器官发生始于复杂的细胞相互作用（图1e）。 图2：TFs调节早期上皮细胞的近端-远端模式 进一步分析发现，在4-8周，大多数近端（如基底细胞和纤毛细胞）和远端（如肺泡I型和II型细胞（AT1和AT2）祖细胞已经出现（图2a）。近端/远端祖细胞的异质性促使我们研究了转录因子的作用，这些转录因子是发育过程中细胞命运决定的主要驱动因素。研究表明，KLF5/SOX2调控近端细胞命运，而ETV5/SOX9则调控远端细胞命运（图2c）。 自第4周起，便观察到明显的近端-远端表达模式，直到第6周后SOX2hi/ETV5lo上皮细胞中远端因子显著下调，而SOX2和SOX9在这两个细胞群体中一直共表达（图2e-f），这表明近端特异性大约在第6周开始形成。由此得出结论，肺上皮细胞的近端-远端模式自第4周起就开始形成，并由不同的转录因子组合引导。 图3：多种基质细胞类型表现出近端-远端空间异质性 除了内在的转录因子，由中胚层衍生的间充质细胞所形成的微环境对于肺上皮形态发生至关重要。为了进一步了解间质细胞的空间特性，特别是它们与上皮层的距离，研究者利用空间转录组测序技术，将分子特征映射到解剖尺度上（图3d）。通过该技术，研究者观察到在近端和远端上皮中分布的不同上皮亚型，包括SOX2hi/ETV5lo和SOX9hi/ETV5hi及其分子标记物（图3e-f）。 通过计算间质亚型与近端/远端上皮之间的空间距离（图3g），研究者发现CRABP1+基质细胞密集地包围着气管管腔，而COL9A2+上皮细胞则位于左、右支气管附近。相反，BDNF+上皮细胞主要分布在边界区域，暗示其在建立远端上皮微环境中的关键作用。气道 平滑肌细胞（ASMC）围绕上皮分布，而血管平滑肌细胞（VSMC）则分散，没有典型的模式。单分子荧光原位杂交（smiFISH）技术验证了COL9A2+细胞和ASMC的定位（图3h）。 值得注意的是，LIMS2被鉴定为新的ASMC标志物。这些结果揭示了间质亚型在空间上的特异性分布及其在胚胎肺器官发生过程中作为上皮形态发生微环境提供者的多样性作用。 图4：SC_BDNF+基质细胞为早期肺上皮细胞的发育提供信号 进一步的研究发现，BDNF+基质细胞亚型是上皮受体相关的间质来源配体（图4a）。这类细胞在胚胎第4周出现，并随肺发育逐渐减少（图4b）。BDNF+细胞的标志基因BDNF和FGF10在器官形成期间下调（图4c），显示出其在早期发育中的特殊作用。配体-受体分析表明，BDNF+间质亚型主要表达BDNF、FGF9/10、WNT2/2B等配体，这些配体的受体主要由上皮细胞表达，提示BDNF+间质细胞与上皮细胞之间存在特异性通信（图4d）。 smiFISH验证了这一结果（图4e）。此外，向肺上皮祖细胞类器官中添加BDNF可以改善其存活、生长和分支（图4g-h）。这些结果表明，SC_BDNF+间质细胞作为一种胚胎特异性亚型，在早期肺发育中对上皮分支形态发生具有重要作用。 图5：ASMC和VSMC的发展轨迹推断 为了进一步推断了ASMC和VSMC的分化调控程序，作者对SMC细胞进行了拟时序分析（图5a-b），在4周时就发现SMC向ASMC或VSMC分化的偏向性，早于之前研究解剖学的观察（6周时）。间充质细胞中的核心转录因子如MEIS2、SHOX2、TWIST1在SMC发育过程中逐渐下调，而SMC标记物ACTA2和TAGLN在两类SMC中均逐步上调，ASMC和VSMC各自的标记物MYH11和MEF2C也随着发育时序在各自亚型中上调（图5c）。 进一步研究还发现了一系列具有有高调控子活性和特定的转录模式的调控SMC向VSMC和ASMC分化的新型转录因子，如EBF1对VSMC，FOXF1对ASMC（图5d），并通过smiFISH验证了这一结果（图5e）。 此外，ASMC特异性表达IGF1、CXCL14、SSC5D和ENPP作为与上皮受体相互作用的配体（图5f）。这些发现揭示了ASMC在肺发育中的关键作用，表明表达这些配体的SMCs可以建立支持上皮发育的微环境，有助于改进体外肺器官模型的生成。 拓展延伸 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组技术在其他许多科研领域也有广泛的应用前景。下面我们将探讨这两种技术如何在不同的生物学研究中产生深远影响。 ●癌症研究 单细胞RNA测序技术能够帮助科学家们识别肿瘤微环境中的细胞异质性，这对于理解癌症的发生发展机制至关重要。通过分析肿瘤细胞及其周围非肿瘤细胞（如免疫细胞、成纤维细胞等）的基因表达谱，研究人员可以发现肿瘤细胞如何逃避免疫监视，以及它们是如何与周围的微环境相互作用以促进肿瘤生长。此外，空间转录组技术还能提供这些细胞在肿瘤组织中的精确位置信息，进一步揭示细胞间复杂的相互作用，从而为制定更有效的个性化治疗方案提供理论依据。 ●免疫学应用 免疫系统是一个复杂的网络，包含了多种多样的细胞类型。单细胞RNA测序技术使得研究人员能够详细分析免疫细胞的多样性，了解不同免疫细胞亚群的功能特性。例如，在病毒感染或自身免疫性疾病中，通过比较健康个体与患病个体的免疫细胞组成差异，可以发现新的免疫反应机制。空间转录组技术则有助于理解免疫细胞在感染部位的分布情况，这对于研究免疫应答的局部化效应具有重要意义。 ●神经科学应用 大脑是人体中最复杂的器官之一，其功能依赖于高度异质化的神经元和其他支持细胞的协调工作。单细胞RNA测序技术使神经科学家能够对不同类型的神经元进行分类，并研究它们之间的功能差异。特别是在发育神经生物学领域，这些技术帮助揭示了神经元如何从前体细胞分化而来，以及它们如何形成复杂的神经网络。空间转录组技术则允许研究者在保留细胞空间位置的情况下分析基因表达模式，这对于理解大脑发育过程中细胞排列规律及功能区划分具有不可替代的价值。 ●发育生物学应用 除了肺发育之外，单细胞RNA测序和空间转录组技术也被广泛应用于其他器官系统的发育研究中。例如，在心脏发育研究中，这些技术有助于鉴定参与心肌细胞分化和心脏形态发生的转录因子；在肝脏发育研究中，则可以用来追踪肝细胞的起源和成熟过程。通过整合这些数据，研究人员能够构建出更加完整的器官发育图谱，为理解各种发育缺陷提供新的线索。 ●再生医学应用 再生医学致力于通过细胞疗法或组织工程手段修复受损组织和器官。单细胞RNA测序技术能够帮助鉴定具有再生潜能的干细胞群体，并揭示它们在特定生理或病理条件下的行为变化。空间转录组技术则有助于确定这些细胞在体内的确切位置，这对于指导细胞移植和组织重建具有实际意义。 临床应用与展望 从临床角度看，单细胞RNA测序与空间转录组技术通过精确定位基因表达变化，促进了肺疾病如先天性肺发育不良和慢性阻塞性肺病的深入理解，有望催生更精准的诊断与治疗方案。这两项技术不仅推进了基础科学研究，也为临床医学带来了革新机遇，预期未来将有更多基于这些技术的新疗法出现，改善患者的生活质量。 注：本文旨在介绍医学研究进展，不做治疗方案推荐。如有需要，请咨询专业临床医生。 参考文献： Cao S, Feng H, Yi H, Pan M, Lin L, Zhang YS, Feng Z, Liang W, Cai B, Li Q, Xiong Z, Shen Q, Ke M, Zhao X, Chen H, He Q, Min M, Cai Q, Liu H, Wang J, Pei D, Chen J, Ma Y. Single-cell RNA sequencing reveals the developmental program underlying proximal-distal patterning of the human lung at the embryonic stage. Cell Res. 2023 Jun;33(6):421-433. 点击下方「阅读原文」，前往梅斯官网查询更多实验技术服务支持~

引言 机体组织内存在干细胞以实现组织稳态和损伤修复。在成年人中，组织内每天因磨损而损失的500-700亿个细胞通过谱系限制的驻留性干细胞得到补充【1】。正常情况下，驻留性干细胞定居在组织独特的生态位中，通过复杂的微环境维持自我更新和向特定细胞的定向分化。研究发现，组织结构损伤会破坏这种干细胞的局部微环境，导致稳态失衡。在这个过程中，干细胞会发生一种名为谱系可塑性（lineage plasticity）的改变，并向组织损伤部位迁移，增殖分化为其他谱系细胞【2】。谱系可塑性是一种典型的损伤诱导应激反应，赋予干细胞命运选择的灵活性，其特征是同时表达新谱系和旧谱系细胞的经典转录因子【2】。损伤组织修复完毕后，干细胞会退出可塑性状态，重新定居于生态位中重塑稳态。这种退出过程一旦发生紊乱会导致慢性损伤状态或癌变（Science | 前列腺癌谱系可塑性依赖于JAK/STAT炎症信号通路）。然而，谱系可塑性状态如何退出目前仍然不清楚。 干细胞谱系可塑性研究多在皮肤损伤、移植和肿瘤等领域。作为一个较为理想模型，皮肤内存在两种成体干细胞，位于毛囊突起的毛囊干细胞（hair follicle stem cells，HFSCs）和表皮基底层的表皮干细胞（epidermal stem cells，EpSCs）【3, 4】。在不同损伤深度下，不同程度的HFSCs和EpSCs会迁移出生态位，进入谱系可塑性状态，修复损伤组织。皮肤干细胞谱系可塑性的典型特征是同时表达HFSCs的转录因子Sox9和EpSCs的转录因子Klf5【3】。有意思的是，离体分离的HFSCs在富血清和营养因子培养下，会模拟类似的谱系可塑性状态，表现为Sox9和Klf5的共表达，以及广泛的谱系可塑性相关染色质重塑【5】。这种现象背后的影响因素和机制仍不清楚。 近来，美国洛克菲勒大学霍华德休斯医学研究所的Elaine Fuchs研究团队在Science杂志在线发表题为Vitamin A resolves lineage plasticity to orchestrate stem cell lineage choices的研究文章。该研究以小鼠皮肤损伤为模型，发现未退出谱系可塑性的皮肤干细胞不能有效促进毛发再生和皮肤修复，并首次鉴定维生素A作为毛囊干细胞生态位的关键活性物质调节毛囊干细胞的谱系选择。 团队首先构建Klf5-EGFP-NLS的HFSCs细胞，该细胞在富血清条件下表达Klf5，血清撤掉后Klf5表达降低。通过此细胞体外模型，作者筛选3种小分子可以显著降低Klf5水平，包括ERK抑制剂（ERKi）、蛋白酶C抑制剂（PKCi）和全反式维甲酸（atRA）。鉴于ERKi在正常毛发周期中的作用，作者关注PKCi和atRA。虽然atRA在降低Klf5水平上不如PKCi，但其能显著促进Sox9表达，两者同时处理更能促进谱系可塑性状态退出并支持HFSCs身份。scRNA-seq在单细胞转录组上进一步支持上述发现。总之，这些数据表明atRA和PKCi在脱离谱系可塑性状态而维持HFSCs身份的作用。 随后，作者在HFSCs中转染视黄酸反应原件（retinoic acid response element，RARE）-RFP腺病毒，可以在视黄酸（retinoic acid，RA）存在下与视黄酸受体（retinoic acid receptor，RAR）-维甲酸X受体（retinoid X receptor，RXR）结合促进RFP表达而监测视黄酸代谢活性。atRA、视黄醇或维生素A都可以激活上述细胞的RFP表达，表明HFSCs可以代谢视黄醇为 atRA以及具有atRA受体。在体内RARE-RFP腺病毒转染后同样监测到皮肤损伤时RFP活性降低而谱系可塑性状态诱导；损伤2周后RFP活性恢复而SOX9+KLF5+细胞数量降低，表明atRA与谱系可塑性在损伤修复中的负相关。使用Sox9CreER;Rxra-fl/fl小鼠在HFSCs中敲除RXRa时，小鼠皮肤在没有损伤时HFSCs也表现出谱系可塑性表型，充分说明atRA信号抑制谱系可塑性以及维持HFSCs身份。随后，团队分离WT和RXR敲除小鼠的HFSCs并给予谱系可塑性诱导（FBS）和谱系可塑性消除（atRA+PKCi）后行ATAC-seq分析，结果的确说明atRA在染色质水平上消除谱系可塑性状态并促进HFSCs身份。 尽管atRA对于谱系可塑性状态的退出是至关重要的，但其并足以完全复制HFSCs体内特征。团队进一步研究atRA如何与已知的调控HFSCs的信号通路发挥功能。BMPs由HFSCs生态位的内突出层产生并维持HFSCs静息状态。虽然atRA允许HFSCs增殖，但低剂量atRA（10 nM）+BMPs却引发细胞周期退出并表现出静息特征，表明atRA建立必要的染色质基础并与BMPs协同促进静息并维持干性。相反，在新的生发周期中，HFSCs在BMP抑制剂和WNT激活调控下从静息态转变为激活态。激活的HFSCs产生SOX9+TCF3/4+和LEF1+TCF1+两种干细胞群体。有意思的是，R-spondins（WNT激动剂）与atRA结合也能促进HFSCs由静息向激活转换，但所需atRA最优浓度要比维持静息的atRA最优浓度高10倍，提示atRA的相对浓度决定HFSCs维持静息（低水平）或激活（高水平）状态。随后，作者使用atRA介导的表皮抑制和谱系可塑性退出特性建立培养平台研究不同信号对HFSC的分化影响。结果显示HFSCs的谱系可塑性退出状态是接受毛囊微环境多种信号协调发育分化的先决条件。 最后，作者使用Sox9CreER;Rxra-fl/fl小鼠以及皮肤Cyp26b1（atRA降解酶）转染实验均证实在皮肤损伤时，atRA代谢缺陷的HFSCs更容易进入损伤皮肤上皮；然而，此时毛发的生长却受限，表明皮肤损伤后恢复atRA活性对于谱系可塑性退出以及毛发生长是必要的。与此同时，为了进一步贴近临床，作者也在维生素A饮食缺陷的小鼠中发现皮肤损伤时更多HFSCs进入谱系可塑性，但此过程可以被皮肤atRA涂抹补充抑制。尽管皮肤损伤时atRA代谢缺陷促进HFSCs向上皮募集并向表皮转化参与修复，但矛盾的是，实际皮肤屏障的恢复却仍旧延迟，表明皮肤可塑性退出同时也是皮肤修复的基础。 综上所述，这项研究不仅指出干细胞谱系可塑性的退出是组织稳态维持的重要因素，也证实维生素A代谢作为干细胞谱系选择的关键作用，对毛发生长、损伤修复和肿瘤等有治疗意义。 模式图（Credit: Science） 参考文献 1. Yejing, Ge., Elaine, Fuchs.(2018). Stretching the limits: from homeostasis to stem cell plasticity in wound healing and cancer. Nat Rev Genet, 19(5), 0. doi:10.1038/nrg.2018.9 2. Yejing, Ge., Nicholas C, Gomez., Rene C, Adam., Maria, Nikolova., Hanseul, Yang., Akanksha, Verma., Catherine Pei-Ju, Lu., Lisa, Polak., Shaopeng, Yuan., Olivier, Elemento., Elaine, Fuchs.(2017). Stem Cell Lineage Infidelity Drives Wound Repair and Cancer. Cell, 169(4), 0. doi:10.1016/j.cell.2017.03.042 3. Cedric, Blanpain., William E, Lowry., Andrea, Geoghegan., Lisa, Polak., Elaine, Fuchs.(2004). Self-renewal, multipotency, and the existence of two cell populations within an epithelial stem cell niche. Cell, 118(5), 0. doi:10.1016/j.cell.2004.08.012 4. Kevin Andrew Uy, Gonzales., Lisa, Polak., Irina, Matos., Matthew T, Tierney., Anita, Gola., Ellen, Wong., Nicole R, Infarinato., Maria, Nikolova., Shijing, Luo., Siqi, Liu., Jesse S S, Novak., Kenneth, Lay., Hilda Amalia, Pasolli., Elaine, Fuchs.(2021). Stem cells expand potency and alter tissue fitness by accumulating diverse epigenetic memories. Science, 374(6571), 0. doi:10.1126/science.abh2444 5. V R, Iyer., M B, Eisen., D T, Ross., G, Schuler., T, Moore., J C, Lee., J M, Trent., L M, Staudt., J Jr, Hudson., M S, Boguski., D, Lashkari., D, Shalon., D, Botstein., P O, Brown.(1999). The transcriptional program in the response of human fibroblasts to serum. Science, 283(5398), 0. doi:10.1126/science.283.5398.83 https://doi.org/10.1126/science.adi7342 责编|探索君 排版|探索君 文章来源|“BioArt” End 往期精选 围观 一文读透细胞死亡(Cell Death) | 24年Cell重磅综述（长文收藏版） 热文 Cell | 是什么决定了细胞的大小？ 热文 Nature | 2024年值得关注的七项技术 热文 Nature | 自身免疫性疾病能被治愈吗？科学家们终于看到了希望 热文 CRISPR技术进化史 | 24年Cell综述

8月7日，中国科学院杭州医学研究所组学与智慧医疗中心联合瑞典乌普萨拉大学（Uppsala University）、华大生命科学研究院、华大基因等在《自然》（Nature）上，以Article形式发表了题为Prognostic genome and transcriptome signatures in colorectal cancers的研究论文。研究公布了全球首个大规模结直肠癌多组学的研究结果，并结合临床信息系统总结了与临床结果和疾病进展密切相关的分子特征。 全球范围内结直肠癌每年新增病例约190万例，发病率居所有癌症第三位，大约20%的患者在确诊时已发生转移，其死亡率更是高居各类癌症第二位，是严重威胁人类生命健康的重大疾病之一。 为了加深对结直肠癌发病机制的理解，识别驱动事件并确定其预后特征，科研团队针对瑞典U-CAN队列（Uppsala/Umeå Comprehensive Cancer Consortium）中结直肠癌样本进行了测序分析。基于华大智造DNBSEQ测序平台，研究团队对1063名结直肠癌患者的样本进行了全基因组和转录组测序，包括782例结肠癌和281例直肠癌，21%（223例）是微卫星不稳定（microsatellite instability, MSI）肿瘤，总共生成近412T数据，其中94%的病人有完整的5年临床随访记录，形成目前全球最大的结直肠癌多组学研究。此研究系统绘制了与结直肠癌相关的基因组变异事件全景，联合基因表达分型揭示了与预后密切相关的分子特征。 根据全基因组的肿瘤突变负荷高低，患者被分为超突变型（23%, Hypermutated, HM）和非超突变型（77%, Non-Hypermutated, nHM）。由于MSI肿瘤通常因为DNA错配修复基因缺陷而表现出超突变特征，此队列中超90%的HM肿瘤为MSI。具有HM特征的微卫星稳定（microsatellite stability, MSS）肿瘤则携带POLE或其他DNA修复通路相关基因突变。APC, TP53和KRAS等驱动基因在MSS肿瘤突变频率更高，而PIK3CA及BRAF等的突变则在MSI肿瘤中更为富集。基于该队列的基因组突变共鉴定到96个显著突变基因，其中24个为潜在的新驱动基因，其中WNT, EGFR和TGF-β通路相关的驱动基因与结直肠癌生存显著相关。 图1. 结直肠癌驱动基因的全景描绘 图2. 新发现的结直肠癌突变特征 图3. 基于驱动基因及结构变异的时序分析 图4. 结直肠癌相关通路中的基因突变和基因表达水平的综合分析 图5. CRPS分型系统中各个亚型的分子特征及预后表现 图6. 基于深度学习的CRPS分型工具 研究团队从突变特征谱（Mutational Signature）分析鉴定出47个已知的和9个新发现的结直肠癌突变特征（SBS-CRC1，SBS-CRC2，DBS-CRC1，DBS-CRC2，DBS-CRC3，DBS-CRC4，DBS-CRC5，ID-CRC1，ID-CRC2），其中SBS28和DBS-CRC5与POLE突变的MSS肿瘤显著相关，SBS-CRC1、DBS-CRC3和ID-CRC1是DNA错配修复通路缺失的突变特征，而SBS44阳性的HM样本具有更长的生存期。新的突变特征将有可能成为结直肠癌早期诊断和预后评估的生物标志物，为结直肠癌的预防和治疗提供新的思路。 通过时序分析研究团队推导出9个与癌症发生早期事件相关的驱动突变基因（APC, TP53, KRAS, BRAF, ZFP36L2, TCF7L2, FBXW7, BCL9L和SOX9），而TRPS1, GNAS和CEP170这3个基因的突变则倾向于在癌症发生的后期阶段出现，这些发现为结直肠癌的早期检测和靶向治疗的开发提供了临床研究策略，并揭示了与肿瘤后期侵袭和转移相关的重要分子变化。此外，利用高深度全基因组测序的优势，本研究在线粒体基因组和非编码区域中也发现了与疾病相关的突变，并对与疾病进展显著相关的突变进行了系统性的总结，这些突破性的发现将进一步推动对结直肠癌发病机制的理解。 研究团队利用同一肿瘤样本的基因组和转录组数据对突变基因和基因表达水平进行了整合分析，验证了RTK-RAS, PI3K, P53和TGF-β通路相关基因EGFR, KRAS, PIK3CA, CDKN2A, TGFBR1和ACVR2A的突变与基因表达增加有关，而无论是否为MSI肿瘤，其抑癌基因APC, PTEN和TP53上的突变均导致基因表达降低。 研究团队进一步基于肿瘤基因表达差异谱解析出5个具有不同分子特征的预后亚型（Colorectal Cancer Prognostic Subtypes, CRPS），相较于结直肠癌经典的共识分子分型CMS（Consensus Molecular Subtypes, CMS），利用独立队列转录组数据构建的CRPS能更加准确地预测预后，并在不同结直肠癌队列中得到验证。值得注意的是，在经典的CMS分型中，CMS4间质型肿瘤具有基质细胞浸润较高、TGF-β通路激活等特征，且被普遍认为是预后较差的肿瘤，但在该研究新构建的CRPS分型系统中，部分CMS4型肿瘤实际上被判定为预后较好的CRPS2型，而CRPS2型肿瘤具有上皮细胞特征，且在基因组20q11区域具有较多的扩增，这些结果提示整合基因组和转录组数据的分子分型，能得到更精细准确的患者预后分层，对优化临床肿瘤分型，指导结直肠癌精准治疗具有重要意义。 研究团队基于深度学习算法ResNet50开发的CRPS分型工具已在Github开源，为结直肠癌后续的研究和治疗提供更加精准的分子分型，为预后评估和深入理解疾病机制提供了重要信息和方法。 论文链接： https://www.nature.com/articles/s41586-024-07769-3 原文链接： https://www.cas.cn/syky/202408/t20240815_5028858.shtml?from=singlemessage   本文仅用于学术分享，转载请注明出处。若有侵权，请联系微信：bioonSir 删除或修改！