Bacterial RNAP

前言 AIDD Pro 根据国内外各大网站以及人工智能药物设计主流新闻网站及公众号，从 AIDD会议、AIDD招聘，重大科研进展、行业动态、最新报告发布等角度，分析挖掘了每周人工智能辅助药物设计领域所发生的、对领域技术发展产生重大推动作用的事件，旨在帮助 AIDD领域研究人员和业内人士及时追踪最新科研动态、洞察前沿热点。如果您觉得符合以上要求的内容我们有遗漏或者更好建议，欢迎后台留言。 科研进展2025年2月28日【靶向共价配体】ACS Med. Chem. Lett. | Morita-Baylis-Hillman加合物化学作为设计赖氨酸靶向共价配体的工具2025年2月27日【机器学习】Biochemistry | 靶向细菌RNA聚合酶：利用模拟和机器学习设计耐药病原体抑制剂2025年2月27日【SARS-CoV-2】ACS Infect. Dis. | 利用四苯基乙烯衍生物靶向SARS-CoV-2 RNA基因组中的2 -四联体RNA g -四联体进行抗病毒治疗2025年2月26日【药物发现】J. Chem. Inf. Model. | 大模型时代：骨质疏松药物发现中的深度学习2025年2月26日【深度学习】ACS Omega | DeepEpiIL13：基于预训练语言模型和多窗口卷积神经网络的快速准确预测诱导白细胞介素-13表位的深度学习方法2025年2月26日【蛋白质配体】J. Am. Chem. Soc. | 纳米粒子化学文库编码显示作为发现蛋白质配体的通用选择工具 具体信息，请滑动下方文字 1.【靶向共价配体】 靶向共价抑制剂（tci）的使用是创新药物开发的一种扩展策略。它由两个基本步骤驱动：(1)分子对目标位点的识别；(2)其活性基团建立共价相互作用。新型tci的发展取决于新型弹头的发展。在这里，我们建议使用Morita-Baylis-Hillman加合物（MBHAs）来共价结合战略性地放置在亲脂口袋中的Lys。选择一个人细胞维甲酸结合蛋白II突变体（M2）作为19个mbha文库的试验台。通过分子对接研究非共价相互作用步骤，而在实验中，整个文库与M2孵育并结晶以确认与目标赖氨酸的共价结合。通过共价对接分析，结果支持了我们的假设，即mbha是设计赖氨酸- tci的活性支架。 链接网址：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acsmedchemlett.4c00479 DOI：https://doi.org/10.1021/acsmedchemlett.4c00479 2.【机器学习】 抗菌素耐药性的增加对治疗细菌感染提出了重大挑战，强调了创新药物发现方法和新型抑制剂的必要性。细菌RNA聚合酶（RNAP）由于其在转录中的重要作用而成为抗生素开发的重要靶点。RNAP是一种分子马达，其功能在很大程度上依赖于多种构象状态之间的动态转换。虽然生化和结构实验方法提供了对静态rnap -药物相互作用的重要见解，但它们在分子水平上捕捉动力学方面存在不足。通过将实验数据与先进的计算技术（如马尔可夫状态模型（mms）、广义主方程（GME）模型和其他由分子动力学（MD）模拟构建的机器学习模型）相结合，研究人员可以阐明为抗生素化合物短暂打开的新型隐口袋，并获得对rnap -药物相互作用的更细致和全面的理解。这种综合方法不仅加深了我们的基础知识，而且使更有针对性和有效的抗生素设计策略成为可能。在这个观点中，我们强调了实验和计算方法之间的协同作用如何有潜力为创新药物设计和联合治疗开辟新的途径，这可能有助于扭转正在进行的对抗抗生素耐药细菌的战斗。 链接网址：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.biochem.4c00751 DOI：https://doi.org/10.1021/acs.biochem.4c00751 3.【SARS-CoV-2】 靶向对SARS-CoV-2复制至关重要的特定RNA构象是一种可行的抗病毒方法。SARS-CoV-2基因组含有GG重复序列，能够形成不稳定的双四联体g -四联体（GQ）结构，这些结构以多种构象的形式存在，包括发夹（Hp）、分子内和分子间GQ。RGQ-1源于核衣壳基因的ORF， CD分析证实其构象具有动态平衡，包括分子内发夹和g -四重体（Hp-GQ）结构。本研究开发了四苯基乙烯（TPE）衍生物，以RGQ-1的Hp-GQ构象平衡为目标。EMSA，荧光光谱和ITC分析证实了两种TPE衍生物，TPE- mepy和TPE-烯丙基Py与RGQ-1结合。CD热熔实验表明，在TPE-MePy和TPE-Allyl Py存在下，RGQ-1分别在8.56℃和12.54℃下稳定。此外，荧光素酶测定表明，TPE衍生物分别抑制了2.2倍和3.6倍的荧光素酶活性，使HpGQ平衡向GQ构象转移，这是CD光谱所显示的。用TPE衍生物治疗sars - cov -2感染的A549细胞可降低病毒RNA、尖刺和核衣壳蛋白的水平。为了探索它们的抗病毒机制，对感染前和感染后的治疗进行了测试，发现TPE衍生物特异性地抑制了病毒进入后的复制阶段，而不影响病毒进入。这些发现突出了TPE衍生物在抑制SARS-CoV-2复制关键基因表达方面的治疗潜力。 链接网址：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acsinfecdis.5c00058 DOI：https://doi.org/10.1021/acsinfecdis.5c00058 4.【药物发现】 骨质疏松症是骨组织的系统性微结构退化，常伴有骨折、疼痛等并发症，导致患者生活质量下降。随着骨质疏松症发病率的增加，相关药物的研发越来越受到重视，但由于研发周期长、成本高，往往面临挑战。深度学习具有强大的数据处理能力，在药物发现领域显示出显著的优势。随着技术的发展，它越来越多地应用于药物发现的各个阶段。特别是近年来发展迅速的大型模型，由于其参数大、处理复杂任务的能力，为理解疾病机制和促进药物发现提供了新的方法。本文介绍了深度学习领域的传统模型和大型模型，系统总结了它们在药物发现各个阶段的应用，并分析了它们在骨质疏松症药物发现中的应用前景。最后，深入讨论了大型模型的优点和局限性，以期对未来的药物发现有所帮助。 链接网址：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.4c02264 DOI：https://doi.org/10.1021/acs.jcim.4c02264 5.【深度学习】 准确预测白细胞介素-13 （IL-13）诱导表位对于推进针对过敏性炎症、与严重COVID-19相关的细胞因子风暴和相关疾病的靶向治疗至关重要。然而，目前的表位预测方法在效率和准确性方面往往存在局限性。为了解决这个问题，我们引入了DeepEpilL13，这是一个新的深度学习框架，它独特地将预训练语言模型与多窗口卷积神经网络（cnn）协同起来，从蛋白质序列中快速准确地识别il -13诱导表位。DeepEpilL13利用由预训练语言模型生成的高维嵌入，从蛋白质序列中捕获丰富的上下文信息。然后通过多窗口CNN架构对这些嵌入进行处理，从而能够有效地探索与IL-13诱导相关的局部和全局序列模式。采用基准数据集和独立的SARS-CoV-2（严重急性呼吸综合征冠状病毒2）数据集对提出的DeepEpilL13方法进行了严格的评估。结果表明，与传统方法相比，DeepEpilL13具有优越的性能。在基准数据集上，DeepEpilL13的马修斯相关系数（MCC）为0.52，接收器工作特征曲线下面积（AUC）为0.86。值得注意的是，当对独立的SARS-CoV-2数据集进行评估时，DeepEpilL13表现出显著的稳健性，MCC为0.63，AUC为0.92。这些指标强调了DeepEpilL13增强的预测能力和强大的适用性，特别是在COVID-19研究和相关病毒感染的背景下。该研究将DeepEpilL13作为一个强大而高效的深度学习框架，用于准确的表位预测。通过在性能和稳健性上的显著改进，DeepEpilL13为开发特异性靶向il -13介导疾病的基于表位的疫苗和免疫疗法提供了新的和有希望的途径。使用DeepEpilL13成功快速鉴定il -13诱导表位，为针对一系列疾病（包括过敏性疾病、炎症疾病和COVID-19等严重病毒感染）的新型治疗干预铺平了道路，可能对公共卫生结果产生重大影响。 链接网址：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acsomega.4c10960 DOI：https://doi.org/10.1021/acsomega.4c10960 6.【蛋白质配体】 DNA编码文库（DEL）技术是发现生物靶点有效配体的有力工具，但受到DNA在有机溶剂中的不溶性及其在各种反应条件下的不稳定性的限制，这限制了文库合成的反应范围和结构多样性。在这里，我们提出了一种名为nanoDEL的新策略，将文库分子和DNA标签显示在纳米颗粒表面。由于纳米颗粒在有机溶剂和水溶液中都能很好地分散，因此DEL的合成可以使用完善的有机溶剂为基础的条件来完成，而不需要水的条件。此外，纳米DEL可以实现依赖于水条件的传统DEL方法无法实现的空气敏感反应。值得注意的是，在nanoDEL中，DNA标签的多个拷贝被附着在单个纳米颗粒上以编码单一化合物，显著增强了对DNA损伤条件的耐受性。即使大多数DNA标签被破坏，序列分析仍然是可行的，通过扩增完整的标签。因此，nanoDEL促进了现有有机反应的方便使用，而无需开发dna兼容反应。通过对链霉亲和素的亲和选择验证了nanoDEL作为模型系统的潜力，并成功应用于发现针对蛋白-蛋白相互作用的有效小分子激酶抑制剂和钉接肽抑制剂，其解离常数在纳摩尔范围内。此外，我们证明了一个大的组合文库可以使用合成方案，包括湿敏反应步骤，有效地在纳米颗粒上合成，这在传统的DELs中是不可行的。 链接网址：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.4c13487 DOI：https://doi.org/10.1021/jacs.4c13487 上下滚动查看更多 药企动态2025年3月1日【礼来】礼来达成近13亿美元分子胶合作2025年3月1日【Bavarian Nordic】首款！欧盟批准突破性疫苗2025年2月27日【诺华】诺华BTK抑制剂「瑞米布替尼」率先在华申报上市2025年2月27日【Precigen】Precigen：首款HPV治疗性疫苗上市申请获FDA受理2025年2月26日【阿斯利康】首个！阿斯利康下一代口服SERD一线乳腺癌III期研究成功2025年2月26日【和铂医药】3.95亿美元！和铂医药就一款抗体新药达成授权合作各动态具体信息，请滑动下方文字 1.【礼来】 Magnet Biomedicine今日宣布与礼来（Eli Lilly and Company）达成合作与许可协议，两家公司将在肿瘤学领域共同发现、开发并商业化分子胶疗法。此次合作将通过Magnet的TrueGlue发现平台，识别能够诱导蛋白质接近和协同作用的分子胶，以靶向在多种医疗需求尚未满足疾病中的“难以成药”靶点。 链接网址请戳我 2.【Bavarian Nordic】 Bavarian Nordic今日宣布，欧盟委员会已批准Vimkunya（基孔肯雅热重组疫苗），用于建立主动免疫，以预防12岁及以上人群感染基孔肯雅热病毒（CHIKV）所致的疾病。根据新闻稿，该疫苗是首个在欧洲获批适用于12岁及以上人群的基孔肯雅热疫苗。值得一提的是，Vimkunya在本月获美国FDA批准，且Bavarian Nordic最近还向英国药品和健康产品管理局（MHRA）提交了上市许可申请（MAA），预计该疫苗有望于2025年上半年在英国获得批准。 链接网址请戳我 3.【诺华】 2月27日，CDE官网显示，诺华BTK抑制剂瑞米布替尼片（remibrutinib）率先在华申报上市。根据临床试验进展以及财报信息，推测此次申报的适应症为慢性自发性荨麻疹。 链接网址请戳我 4.【Precigen】 2月27日，Precigen宣布，FDA受理其HPV治疗性疫苗PRGN-2012的上市申请并授予优先审评资格，用于治疗复发性呼吸道乳头状瘤病（RRP）成人患者，PRGN-2012 是一种用于治疗成人复发性呼吸道乳RRP的 AdenoVerse® 基因疗法。FDA 授予 BLA 优先审查权，PDUFA日期为2025年8月27日。 链接网址请戳我 5.【阿斯利康】 2月26日，阿斯利康宣布III期SERENA-6研究积极的中期分析结果，口服选择性雌激素受体降解剂（SERD）camizestrant 联合CDK4/6抑制剂（palbociclib、ribociclib或abemaciclib）在无进展生存期（PFS）的主要终点方面显示出具有统计学意义和临床意义的改善。这意味着，camizestrant成为了首个也是唯一一个证明与已获批的CDK4/6抑制剂联用时具有一线治疗获益的新一代口服SERD和完全ER拮抗剂。 链接网址请戳我 6.【和铂医药】 2月26日，和铂医药宣布，由其孵化的创新型生物技术公司HBM Alpha Therapeutics（以下简称“HBMAT”）宣布与一家业务合作伙伴达成战略合作与许可协议，共同推进针对多种疾病的新型促肾上腺皮质激素释放激素（CRH）靶向疗法。 链接网址请戳我 上下滚动查看更多 会议信息 2025年3月27-28日 上海恺默信息咨询有限公司举办SIT 2025第七届小分子药物创新峰会 2025年6月27-28日 美国华人生物医药科技协会中国分会（CBA-China）主办，苏州云程万川（盛杰）承办2025美国华人生物医药科技协会CBA-China中国年会 各会议具体详情和参会方式，请滑动下方文字 SIT 2025第七届小分子药物创新峰会 主办方：上海恺默信息咨询有限公司 会议时间：2025年3月27-28日 会议地点：上海 会议主旨：聚焦减重药物的突破性研究、多肽药物的最新进展以及不可成药靶点的攻克。将深入探讨小分子药物的创新路径，分享业内最前沿的技术与策略。共同探索小分子药物的无限可能，携手推动药物研发领域的持续进步。 链接网址请戳我 22025美国华人生物医药科技协会CBA-China中国年会 主办方：美国华人生物医药科技协会中国分会 会议时间：2025年6月27-28日 会议地点：苏州 会议主旨：立足国际视野及产业高度，以创新为引领，围绕全球最新监管动态、新技术/AI革新及成果转化、先进治疗技术、药物创新开发、全球药物开发策略、新兴市场出海布局等前沿热门话题，共同探索前沿技术创新与全球医药合作，促进新质生产力培育及未来产业发展，推动全球健康事业新发展。 链接网址请戳我 上下滚动查看更多 版权信息 本文内容均由小编收集于公开的各个网络平台，发布的目的仅为了方便大家一站式了解AIDD行业信息，并未对发布源头进行真实性验证。如您发现相关信息有任何版权侵扰或者信息错误，请及时联系AIDD Pro（请添加微信号sixiali_fox59）进行删改处理。 原创内容未经授权，禁止转载至其他平台。有问题可发邮件至sixiali@stonewise.cn 关注我，更多资讯早知道↓↓↓