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【按】 网络药理学自诞生以来，便以“系统论”“整体论”为标签，被视为中医药现代化的重要突破路径。然而，深入剖析其核心逻辑与发展脉络可知，网络药理学并非真正意义上的系统论，而是建立在西医还原论基础上的“高级还原论”。其以“成分-靶点-通路”为核心的研究范式，本质上仍未脱离将复杂生命现象拆解为微观分子相互作用的还原论框架，且存在主观性强、数据库不全且老旧等固有弊端。 更为关键的是，网络药理学秉持“废医存药”的核心特征，割裂了中医药理论与实践的内在联系，完全脱离了中医特色系统论的核心要义。凡是脱离中医原创思维的系统论，均属伪中医系统论范畴。 屠呦呦团队研发青蒿素的过程，正是“废医存药”的典型植物药西医方法论应用，与中医药理论体系无本质关联，进一步佐证了脱离中医系统论的研究并非中医药现代化的正途。本文全面剖析其核心逻辑与特点，揭示其高级还原论的伪系统论本质，对比其与中医真系统论的本质差异，指出其固有弊端，并以青蒿素案例进行佐证，旨在厘清中医药现代化研究中存在的认知误区，为中医药传承创新提供正确的理论导向。 【正文】 21世纪以来，“系统生物学”“网络药理学”“多组学整合”等术语席卷中医药研究领域。研究者们热衷于构建“中药成分-靶点-通路-疾病”网络图谱，宣称此举“揭示了中药复方的科学内涵”，“验证了中医整体观的现代价值”。国家自然科学基金、各类重点研发计划亦大量资助此类项目，使其俨然成为中药现代化的“主流范式”。 然而，在这股热潮之下，一个根本性问题被长期忽视：网络药理学所采用的“系统论”，是否真的等同于中医的系统论？ 表面看，“多靶点”“网络调控”似乎呼应了中医“整体调节”“脏腑相关”的思想；但深入其方法论内核，便会发现：其底层逻辑仍是典型的生物医学还原论，只不过从“单靶点”升级为“多靶点集合”，从“线性因果”扩展为“有向图网络”。这种“网络化”的还原论，因其形式复杂、数据密集，常被误认为是“整体论”，实则是一种更精致、更具迷惑性的高级还原论。 网络药理学所标榜的“系统论”“整体论”，实则是对中医系统论的误读与套用。中医系统论是建立在“天人合一”“阴阳五行”“藏象经络”等原创思维基础上的独特理论体系，以人的生命复杂性为研究对象，强调整体决定部分、部分是整体的表现，注重机体的动态平衡与自组织调节。 而网络药理学本质上仍未脱离西医还原论的桎梏，其将中药视为化学成分的集合体，将疾病简化为分子网络的紊乱，通过拆解中药成分、寻找分子靶点、构建作用通路的方式阐释药效机制，是一种更为精细、复杂的还原论，即“高级还原论”。 网络药理学的前身是20世纪主导药物研发的“单靶点、高亲和力”范式。该范式基于“锁钥模型”，认为疾病由单一关键分子异常引起，药物只需精准抑制该靶点即可治愈疾病。此逻辑在抗生素、抗高血压药等领域取得成功，但在复杂慢性病（如癌症、糖尿病、神经退行性疾病）面前屡屡受挫——因为这些疾病本质上是系统失稳，而非单一靶点故障。 于是，2007年，英国学者Hopkins提出“网络药理学”概念，主张：“药物作用于生物网络，而非单一靶点；理解药物效应需分析其在网络中的扰动传播。”这一思想迅速被引入中药研究，因其表面契合中药“多成分、多靶点”的经验描述。然而，网络药理学并未真正超越还原论。它只是将还原单位从“单个分子”扩大为“分子集合”，将因果链从“A→B”扩展为“A→B→C→…→疾病表型”。其核心假设仍是： 生物系统可分解为离散组件（基因、蛋白、代谢物）； 组件间关系可被精确映射为有向边（激活/抑制）； 疾病可定义为网络中的特定拓扑异常（如枢纽节点失调）； 药物效应等于其对网络状态的扰动向量。 这些假设本质上仍是机械唯物论与决定论的延续。它承认系统复杂性，但坚信复杂性可通过足够精细的分解与重组来理解——这正是还原论的核心信条。因此，网络药理学是还原论在大数据时代的自我升级，而非范式革命。它用“网络”这一数学工具包装了旧有的因果逻辑，使其看起来更“整体”，实则更“碎片”。 当前，中医药现代化研究领域存在一种认知误区，认为只要引入“网络”“系统”等概念，便可实现对中医整体观的现代诠释。这种误区导致大量网络药理学研究陷入“废医存药”的困境，割裂了中药与中医理论、辨证论治、方剂配伍等核心要素的内在联系，使中医药研究沦为对植物化学成分的西医式筛选与验证。屠呦呦团队研发青蒿素的过程，虽从中医典籍中获得灵感，但最终采用的是植物化学提取、体外活性筛选、临床试验验证的西医研究路径，与中医药的辨证论治、方剂配伍等核心理论无涉，却被错误地视为中医药现代化的典范，进一步加剧了这种认知混乱。 真正的中医系统论，是以“证”为核心、以“气”为媒介、以“动态平衡”为目标的非线性、涌现性、语境依赖的生命调控模型；而网络药理学所构建的，不过是静态的、去语境化的、以疾病为中心的分子关系图谱，二者在认识论与本体论上存在不可调和的鸿沟。基于此，本文旨在系统解构网络药理学的伪系统论的方法论本质，揭示其与中医真系统论的根本分歧，并批判其在实践中导致的“废医存药”倾向。 并深入剖析网络药理学的核心逻辑，揭示其高级还原论的本质，对比其与中医系统论的本质差异，系统梳理其主观性强、数据库缺陷等固有弊端，以青蒿素案例为切入点厘清中医药与植物药西医研究的界限，最终阐明：网络药理学的系统论是脱离中医原创思维的伪系统论，无法承担中医药现代化的历史使命，中医药传承创新必须立足自身系统论特色，构建符合自身理论体系的研究范式。 一、网络药理学的DNA：还原论框架下的“系统论”演绎 网络药理学的操作流程：一场“废医存药”的标准化仪式 当前中药网络药理学研究已形成高度程式化的操作流程，通常包括以下步骤： 成分筛选：从TCMSP、TCMID等数据库提取某中药的“活性成分”（通常以OB≥30%、DL≥0.18为阈值）； 靶点预测：用SwissTargetPrediction、SEA等工具预测成分潜在靶点； 疾病靶点获取：从GeneCards、OMIM等数据库收集疾病相关基因； 网络构建：取交集靶点，用Cytoscape构建“成分-靶点-通路”网络； 通路富集：用DAVID、Metascape进行GO/KEGG分析，找出“显著富集通路”； 最后不知所云的结论宣称“该方通过调控XX通路治疗XX病，体现了中医整体观”。这一流程看似客观、科学，实则隐含多重主观性与方法论缺陷： 首先是数据库的局限性与陈旧性： 成分数据库不全：TCMSP等库主要收录小分子化合物，忽略多糖、蛋白、微量元素等重要药效物质；且对炮制、配伍后的成分变化几乎无覆盖。 靶点预测误差大：现有算法基于化学相似性或机器学习，假阳性率极高。例如，一个黄酮类化合物可能被预测结合数百个无关靶点。 疾病靶点定义西医化：GeneCards中的“胃癌靶点”完全基于西医病理分类，与中医“胃脘痛”“痞满”等证候无对应关系。 通路数据库静态化：KEGG通路是固定模板，无法反映个体差异、动态调控或中医特有的“气机”流动。 更严重的是，这些数据库本身即承载着西医还原论的世界观——将生命简化为基因列表，将疾病简化为突变集合。用此框架解读中药，无异于用牛顿力学解释量子现象。 其次是“活性成分”筛选标准的武断性。以口服生物利用度（OB）和类药性（DL）作为筛选标准，本身就是西药研发逻辑的移植。中药许多有效成分（如番泻苷、人参皂苷）本身OB极低，需经肠道菌群转化才生效；而一些高OB成分可能无效甚至有毒。此标准强行将中药纳入“小分子药物”范式，忽略其前药性、协同性、整体性。 再次是“证候”被彻底抹除。整个流程中，中医最核心的“病机”概念完全缺席。研究者直接将“小柴胡汤”对应“肝炎”，将“六味地黄丸”对应“糖尿病肾病”，无视中医“同病异治、异病同治”的基本原则。小柴胡汤可治感冒、疟疾、抑郁症，关键在于“少阳证”；若无证候辨识，仅凭疾病名称匹配，必然导致机制误读。 这正是“废医存药”的典型操作：保留药材名称，剥离理论灵魂，将其降格为化学物质来源。中药复方不再是“君臣佐使”的有机整体，而沦为“成分混合物”；中医不再是独立医学体系，而成为“天然药物筛选平台”。 网络药理学的核心逻辑可概括为“拆解-关联-重构”三个步骤，本质上是还原论在分子网络层面的深化应用。 第一步是“拆解”，即对中药进行化学成分的拆解。网络药理学将中药视为化学成分的集合体，通过现代分离技术或数据库检索，提取中药中的潜在活性成分（如黄酮类、甾醇类、生物碱类等）。这一过程完全割裂了中药与中医理论的关联，忽视了中药的性味归经、炮制加工、配伍规律等核心要素，将中药简化为一堆化学成分的混合物，是典型的“废医存药”思维体现。例如，在对甘草的网络药理学研究中，研究者往往会提取出数十种甚至上百种化学成分，但却忽视了甘草作为“使药”在方剂中的调和作用，以及其“甘温”性味与机体“气血”状态的关联。 第二步是“关联”，即建立化学成分与疾病靶点的关联。通过数据库检索、分子对接等技术，预测提取出的中药成分可能作用的分子靶点，再将这些靶点与疾病相关的靶点进行匹配，筛选出中药成分与疾病的共同靶点。这一过程的核心是寻找中药成分的“作用靶点”，本质上与西医的靶向药物研发逻辑一致，均认为药物的疗效源于对特定分子靶点的调控。例如，在对中药复方治疗胃癌的网络药理学研究中，研究者通常会筛选出AKT1、IL6等与胃癌发生发展相关的核心靶点，并认为中药复方通过调控这些靶点发挥治疗作用。 第三步是“重构”，即构建中药成分-靶点-疾病的网络模型。通过生物信息学分析工具，构建成分-靶点网络、靶点-通路网络等，进而分析网络中的核心节点（关键成分、关键靶点），阐释中药成分通过调控多个靶点、多条通路发挥协同治疗作用的机制。这一过程看似强调“网络”与“协同”，但本质上仍是对微观分子相互作用的梳理，将复杂的生命现象与疾病治疗过程简化为分子网络的调控过程，无法解释中药在机体整体层面的调节作用，更无法契合中医“辨证论治”的核心要义。 二、网络药理学与中医系统论的本质差异：伪系统论与真系统论的分野 中医真系统论的核心要义：元整体观与动态平衡观 中医系统论是20世纪80年代由中医学与系统科学交叉研究形成的理论体系，其研究对象是人的生命及其健康与疾病的复杂特性和规律，即“人的复杂性”。中医系统论的核心要义可概括为元整体观、动态平衡观、自组织调节观三大核心特征，与西医的还原论系统观存在本质差异。 元整体观是中医系统论的核心基础。中医认为，人体是一个不可分解的元整体，而非由部分简单叠加而成的合整体。整体决定部分，部分是整体的表现，任何部分的健康与疾病都不能孤立看待，而应视为整体状态的反映。例如，中医的“藏象学说”认为，人体是以五脏为中心，以六腑相配合，以气血精津液为物质基础，通过经络将五脏六腑、形体官窍相联系形成的五个功能系统，这五个系统相互关联、相互影响，共同构成人体的整体功能体系。某一脏腑的病变，可能并非该脏腑本身的孤立问题，而是整体功能失衡的表现，如“肝火旺”可能会影响到肺（木火刑金）、胃（肝胃不和）等多个脏腑的功能。这种元整体观强调，不能通过拆解脏腑、分析微观成分来理解人体的生命活动，而应从整体层面把握机体的功能状态。 动态平衡观是中医系统论的核心内涵。中医认为，人体的健康状态是机体内部阴阳平衡、气血调和，以及人体与外界环境（天）动态适应的结果；疾病的本质是这种动态平衡被打破的状态；治疗的核心在于“扶正祛邪”，恢复机体的动态平衡。这种平衡并非静态的、绝对的，而是动态的、相对的，受到季节变化、饮食起居、情志波动等多种因素的影响。例如，中医的“六经辨证”体系将疾病进程解构为“传经”“合病”“并病”等时空交错的病理状态，强调疾病是一个动态发展的过程，治疗方案需根据疾病的动态变化进行调整。这种动态平衡观与网络药理学将疾病视为静态分子网络紊乱的认知存在本质差异。 自组织调节观是中医系统论的核心机制。中医认为，人体是世界上最高级的自组织系统，健康与疾病实际上是自组织机制和过程的正常与否，“健亦健在自组织，病亦病在自组织，愈亦愈在自组织”。机体具有自主调理、自我修复的能力，疾病防治的关键是依靠、调动、发挥机体的自组织机制。中医的治疗手段，如中药配伍、针灸、推拿等，本质上都是通过刺激机体的自组织机制，而非直接对抗病因或病变组织，来实现疾病的转归。例如，中药复方的“君臣佐使”配伍原则，通过君药定主证、臣药强主效、佐药司兼治、使药行引经的立体化配伍模式，调节机体的整体功能，调动机体的自组织能力，实现阴阳平衡的恢复。 网络药理学的系统论幻象：基于还原论的“伪系统论” 网络药理学虽以“系统论”“整体论”为标签，但其本质是基于还原论的“伪系统论”，与中医真系统论存在四大本质差异，无法真正契合中医药的理论与实践。 第一，整体观的本质差异：组合整体vs元整体。网络药理学所强调的“整体”，是将多个分子靶点、多条通路组合而成的“组合整体”，其本质仍是由部分叠加而成的合整体。它认为通过解析所有部分（分子、靶点、通路）的相互作用，便可理解整体的功能（药物疗效）。这种整体观仍未脱离还原论的“部分决定整体”逻辑，与中医的元整体观完全相反。例如，网络药理学认为中药的疗效是其多种成分分别作用于多个靶点、多条通路，通过协同作用产生的综合效果；而中医则认为中药的疗效是其作为一个整体，通过调节机体的整体功能状态产生的，无法通过拆解其化学成分来理解。 第二，疾病认知的本质差异：分子网络紊乱vs整体平衡失衡。网络药理学将疾病的本质视为分子网络的紊乱，认为疾病是由于特定分子靶点、通路的异常导致的；而中医将疾病的本质视为机体整体平衡的失衡，认为疾病是阴阳、气血、脏腑功能失调的结果。这种认知差异导致两者的研究导向完全不同：网络药理学的研究导向是寻找调控异常分子网络的药物成分；而中医的研究导向是寻找恢复机体整体平衡的治疗方案。例如，对于高血压，网络药理学可能会寻找能够调控血管紧张素转化酶、β受体等靶点的中药成分；而中医则会根据患者的“证型”（如肝阳上亢、痰湿内阻、气虚血瘀等），制定个性化的治疗方案，通过调节机体的整体功能来降低血压。 第三，治疗逻辑的本质差异：靶点调控vs自组织调节。网络药理学的治疗逻辑是“靶向调控”，即通过药物成分直接调控异常的分子靶点、通路，以纠正分子网络的紊乱；而中医的治疗逻辑是“自组织调节”，即通过药物、针灸等手段，调动机体自身的自组织能力，实现整体平衡的恢复。前者是“对抗性治疗”，后者是“调节性治疗”；前者依赖药物成分对靶点的直接作用，后者依赖机体自身的修复能力。例如，网络药理学认为附子的强心作用是其成分乌头碱作用于心肌细胞的相关靶点产生的；而中医则认为附子的强心作用是其“辛温大热”的性味，通过温补肾阳、振奋心阳，调动机体的阳气，恢复心脏的正常功能产生的。 第四，研究范式的本质差异：拆解分析vs整体体悟。网络药理学的研究范式是“拆解-分析-重构”，即通过拆解中药成分、分析分子靶点、重构作用网络来阐释药效机制；而中医的研究范式是“整体体悟-辨证论治-方剂配伍”，即通过望闻问切等手段体悟患者的整体状态，根据证型制定治疗方案，通过方剂的整体配伍调节机体功能。前者是一种“自上而下”的还原论研究范式，后者是一种“自下而上”的整体论研究范式。例如，网络药理学研究桂枝汤时，会拆解其桂枝、芍药、甘草、生姜、大枣等成分，分析其各自的作用靶点，构建成分-靶点-通路网络；而中医研究桂枝汤时，会关注其“解肌发表、调和营卫”的整体功效，根据患者的“太阳中风证”等证型，判断是否适用该方，以及如何根据患者的具体情况进行加减配伍。 伪中医系统论的判定标准：脱离中医原创思维的系统论均为伪系统论 中医真系统论的核心是中医的原创思维，包括“天人合一”“阴阳五行”“藏象经络”“辨证论治”等核心理论。凡是脱离这些原创思维的系统论，无论其如何标榜“系统”“整体”，均属伪中医系统论范畴。网络药理学正是典型的伪中医系统论，其核心原因在于： 首先，网络药理学脱离了中医的辨证论治核心。辨证论治是中医的核心诊疗原则，是中医系统论在临床实践中的具体体现。中医的“证”是对患者整体状态的综合概括，是疾病本质的反映，同一疾病可能表现为不同的证型，不同疾病可能表现为相同的证型，治疗方案需根据证型制定，即“辨证施治”。而网络药理学完全忽视了中医的证型概念，将疾病视为统一的分子网络紊乱，将中药视为通用的化学成分集合，无法体现中医的个性化诊疗特色。例如，对于肺癌患者，中医会根据其证型分为气虚血瘀型、阴虚内热型、痰湿阻肺型等不同类型，采用不同的治疗方剂；而网络药理学研究中药治疗肺癌时，往往会将所有肺癌患者视为一个整体，寻找能够调控肺癌相关分子靶点的中药成分，无法体现辨证论治的核心要义。 其次，网络药理学脱离了中医的方剂配伍理论。中医方剂按照性味归经的配伍遵循“君臣佐使”的原则，通过药物之间的协同、拮抗作用，实现整体功效的优化，以适应机体的整体状态。方剂的疗效并非单味药物疗效的简单叠加，而是方剂作为一个性味归经整体的综合效果。而网络药理学将方剂拆解为单味药物，再将单味药物拆解为化学成分，分析各成分的单独作用，无法理解方剂配伍的整体意义。例如，麻黄汤由麻黄、桂枝、杏仁、甘草组成，其中麻黄为君药，发汗解表、宣肺平喘；桂枝为臣药，助麻黄发汗解表；杏仁为佐药，降利肺气；甘草为使药，调和诸药。网络药理学研究麻黄汤时，会分别分析麻黄中的麻黄碱、桂枝中的桂皮醛、杏仁中的苦杏仁苷等成分的作用靶点，无法理解“君臣佐使”配伍所产生的整体功效。 最后，网络药理学脱离了中医的性味归经理论。中药的性味归经是中医对药物作用特性的核心认知，是药物与机体相互作用的重要依据。药物的性味（如寒、热、温、凉）决定了其调节机体阴阳平衡的方向，归经（如归肺经、肝经、胃经）决定了其作用的脏腑部位。而网络药理学完全忽视了中药的性味归经，仅关注药物的化学成分与分子靶点的相互作用，无法解释中药的作用特异性。例如，黄连“苦寒”，归心、肝、胃、大肠经，具有清热燥湿、泻火解毒的功效，其疗效与机体的“热证”“湿证”状态密切相关；而网络药理学研究黄连时，仅关注其成分小檗碱的作用靶点，无法理解其“苦寒”性味与“清热”功效之间的内在联系。 网络药理学的哲学本质：高级还原论的三大特征 尽管冠以“网络”之名，网络药理学在哲学层面仍表现出还原论的三大核心特征： 本体论上的原子主义。它预设生物系统由离散、独立的实体（基因、蛋白）构成，这些实体的属性先于其关系而存在。网络中的“节点”被视为基本单元，“边”只是附加的连接信息。这与中医“气一元论”截然相反——中医认为生命是连续的气流，脏腑功能是气机升降出入的表现，不存在孤立的“器官实体”。 认识论上的可分解性。它相信复杂系统可通过分解-分析-重组来理解。先拆解为成分与靶点，再组装成网络，最终推导出整体效应。但中医强调整体具有涌现性（emergence）——“心主神明”不是心肌细胞功能的加总，“肝主疏泄”不是肝细胞代谢的简单叠加。复方药效亦非成分效应的线性叠加，而是配伍产生的新质（如甘草解附子毒）。 方法论上的去语境化。它将药物-靶点相互作用视为普适、静态的关系，忽略个体体质、环境、时间等语境因素。同一成分在不同证候下可能有截然不同的效应（如大黄在实热证泻下，在虚寒证则伤正）。而网络药理学构建的“通用网络”，无法体现这种动态适应性。 因此，网络药理学的“系统”只是结构上的网络，而非功能上的整体。它用复杂的图表掩盖了思维的简单化——仍将生命视为可编程的机器，而非自组织的生命过程。 三、网络药理学的固有弊端：高级还原论的内在缺陷 主观性强：研究过程中的多重主观偏倚 网络药理学的研究过程涉及多个环节的主观选择，导致其研究结果的可靠性与客观性受到严重影响，这是其高级还原论本质的重要体现。 首先，活性成分筛选的主观性。网络药理学通常通过数据库（如TCMSP、Swiss Target Prediction等）筛选中药的潜在活性成分，筛选标准多为口服生物利用度（OB）≥30%、类药性（DL）≥0.18等经验性阈值。然而，这些筛选标准存在明显的主观性与不合理性：一方面，许多被中医临床证实有效的中药成分会被这些标准排除，如厚朴的核心药效成分厚朴酚与和厚朴酚，按照TCMSP的推荐阈值无法被筛选出来；另一方面，筛选标准对黄酮类、甾醇类成分存在明显偏好，导致不同中药、不同疾病的网络药理学研究中，关键成分往往集中于槲皮素、山柰酚、谷甾醇等少数几种成分，出现“包治百病”的荒谬结果。此外，研究者对筛选阈值的调整也具有主观性，不同的阈值选择会导致筛选出的活性成分差异巨大，进而影响后续的研究结果。 其次，靶点预测与匹配的主观性。网络药理学通过分子对接、数据库检索等方法预测中药成分的作用靶点，再将其与疾病靶点进行匹配。然而，靶点预测的算法本身存在局限性，不同算法的预测结果差异较大，研究者对算法的选择具有主观性；同时，疾病靶点的选择也具有主观性，不同研究者对疾病核心靶点的认知不同，会导致靶点匹配结果的差异。例如，对于胃癌的研究，有的研究者将AKT1、IL6作为核心靶点，有的研究者则将TP53、VEGFA作为核心靶点，不同的靶点选择会导致对中药作用机制的不同阐释。此外，许多预测的靶点缺乏实验验证，其与疾病、药物成分的真实关联尚未得到证实，进一步加剧了研究结果的主观性。 最后，网络构建与分析的主观性。网络药理学通过构建成分-靶点、靶点-通路等网络模型，分析网络中的核心节点、关键通路来阐释药效机制。然而，网络模型的构建涉及节点选择、边的定义等多个主观环节，不同的构建策略会导致网络结构的差异；同时，核心节点、关键通路的分析方法（如度中心性、介数中心性、富集分析等）也具有多样性，不同方法的分析结果可能存在冲突，研究者对分析方法的选择具有主观性。例如，有的研究者通过度中心性分析认为某成分是核心成分，而通过介数中心性分析则可能认为另一成分是核心成分，导致研究结论的不确定性。 数据库缺陷：不全、老旧与不可靠的三重困境 网络药理学的研究高度依赖公共数据库，如中药成分数据库（TCMSP、TCMID等）、靶点数据库（Drug Bank、Swiss Target Prediction等）、疾病数据库（OMIM、Gene Cards等）。然而，当前这些数据库存在明显的不全、老旧与不可靠问题，成为制约网络药理学研究可靠性的核心瓶颈。 首先，数据库内容不全。中药成分数据库对中药成分的收录存在明显缺口，许多中药的成分尚未被全面收录，尤其是一些地方药材、少数民族药材的成分数据更是匮乏；同时，数据库对中药成分的体内过程数据（如吸收、分布、代谢、排泄）收录不足，无法准确反映中药成分在体内的真实作用状态。靶点数据库对靶点的收录也存在局限性，许多疾病相关的靶点尚未被发现或收录，尤其是一些复杂疾病的核心靶点；同时，靶点与疾病、药物成分的关联数据也不完整，导致靶点预测与匹配的准确性受到影响。例如，TCMSP数据库对川乌的活性成分仅收录3个，对白术仅收录7个，无法反映这些中药的真实成分组成。 其次，为何TCMSP存在如此严重的成分遗漏？筛选标准过于依赖“类药五原则”（Lipinski’s Rule of Five）。TCMSP默认以口服生物利用度（OB≥30%）和药物相似性（DL≥0.18）作为“活性成分”筛选门槛。导致以下成分被系统性排除：多糖（OB≈0%，DL极低）——如黄芪多糖、白术多糖、灵芝多糖；蛋白质/肽类——如天花粉蛋白；鞣质、有机酸聚合物——如五味子lignans虽部分收录，但复杂聚合物缺失；需肠道菌群代谢激活的前药——如番泻苷、人参皂苷Rb1（原型OB低，但代谢物活性高）。这本质上是将中药强行纳入西药小分子药物研发范式，违背中药“多途径、多成分、整体作用”的特点。 数据来源陈旧，更新滞后。TCMSP最初构建于2010年代初，主要整合自TCMID、ChEMBL、Pub Chem等早期数据库；尽管有后续更新，但对近十年新发现的中药成分（尤其通过UPLC-QTOF-MS/MS鉴定的微量成分）覆盖不足；对炮制化学（如附子、何首乌、川乌的炮制转化产物）几乎未系统收录。 忽视中药的“整体性”与“配伍变化”。数据库以“单味药”为单位，不考虑复方配伍后产生的新成分（如甘草与甘遂配伍产生沉淀）；不记录煎煮过程中的水解、氧化、聚合反应（如黄连与干姜共煎可能改变小檗碱稳定性）。 再次，数据库内容老旧。许多数据库的更新频率较低，数据内容陈旧，无法反映最新的研究成果。例如，TCMSP数据库的许多数据停留在2010年之前，而近年来大量的中药成分、靶点相关研究成果未被纳入；Drug Bank数据库对一些新发现的药物靶点、药物-靶点关联数据的更新也不及时。陈旧的数据会导致网络药理学研究基于过时的信息，无法准确反映中药的真实作用机制。例如，近年来发现的一些与肿瘤免疫相关的靶点，在老旧的数据库中未被收录，导致网络药理学研究无法准确阐释中药在肿瘤免疫调节中的作用。 最后，数据库内容不可靠。许多数据库的数据缺乏严格的验证，存在注释错误、数据矛盾等问题；同时，数据的溯源性差，研究者无法考证数据的来源与可靠性。例如，TCMSP数据库的成分-靶点关联数据多来自文献检索与预测，缺乏实验验证，存在大量错误关联；部分中药成分的结构、理化性质数据存在矛盾，导致后续的分子对接、活性预测结果不可靠。此外，不同数据库之间的数据存在明显差异，进一步加剧了数据的不可靠性。例如，同一中药的活性成分在TCMSP与TCMID数据库中的收录数量与种类存在较大差异，导致研究者无法确定准确的研究对象。 核心弊端：废医存药的本质与临床脱节的困境 网络药理学最大的弊端在于其“废医存药”的核心本质，即割裂中医药理论与实践的内在联系，将中药视为单纯的植物化学成分来源，忽视中医的辨证论治、方剂配伍、性味归经等核心理论，导致其研究结果与中医药临床实践严重脱节，无法指导中医药的临床应用与创新发展。 “废医存药”是网络药理学的核心特征。网络药理学将中药从中医药理论体系中剥离出来，仅关注其化学成分，将中医药研究简化为植物化学研究。这种研究思路完全违背了中医药的发展规律，中医药的疗效是中医理论指导下的实践结果，脱离中医理论的中药研究，本质上已不再是中医药研究，而是植物药研究。例如，网络药理学研究丹参时，仅关注其成分丹参酮、丹酚酸的作用靶点，忽视了丹参“苦微寒”的性味、“归心、肝经”的归经，以及其在中医临床中用于“血瘀证”的辨证应用，导致其研究结果无法解释丹参在中医临床中的具体应用场景。 网络药理学的研究结果与临床实践严重脱节。由于忽视了中医的辨证论治与方剂配伍，网络药理学的研究结果往往无法指导临床用药。一方面，网络药理学预测的“有效成分”“核心靶点”在临床实践中可能并不适用，因为临床用药需根据患者的证型选择药物，而非根据成分选择药物；另一方面，网络药理学无法解释中药方剂的加减配伍规律，而方剂加减是中医临床适应患者个体差异的核心手段。例如，网络药理学研究补中益气汤时，可能会认为其核心成分是黄芪中的黄芪甲苷，但在临床实践中，对于气虚较重的患者，医生会增加黄芪的用量，对于兼夹血虚的患者，会加入当归等药物，这些临床决策无法通过网络药理学的研究结果得到解释。 此外，网络药理学的研究结果缺乏实验验证与临床验证。由于其研究过程的主观性与数据库的缺陷，网络药理学预测的作用机制往往无法通过体内外实验得到证实；同时，由于与临床实践脱节，其研究结果也无法通过临床trials得到验证。大量的网络药理学研究停留在“预测-分析”的层面，无法转化为实际的临床应用成果，导致其研究价值大打折扣。有研究表明，约60%的网络药理学预测靶点缺乏体内/体外验证，尤其跨物种（如小鼠到人）的转化瓶颈显著。 网络药理学课题论文的十大弊端 网络药理学（Network Pharmacology）自2010年前后引入中医药研究以来，已成为现代中药机制探索的主流方法之一。然而，大量科研论文在应用该方法时存在高度同质化、逻辑断裂、方法误用与理论脱节等问题。以下结合典型实例，系统归纳其十大共性缺陷： 缺陷一：成分筛选标准武断，忽略中药多途径起效本质。一律采用TCMSP数据库默认阈值（口服生物利用度OB≥30%，类药性DL≥0.18）筛选“活性成分”，将不符合者直接剔除。问题是白术多糖（OB≈0%）具显著免疫调节作用，却被排除；番泻苷A（OB<5%）需经肠道菌群转化为大黄酸蒽酮才起效，原型被误判为“无效”；乌头碱类虽OB高但剧毒，是否“活性”需结合炮制与剂量判断。典型语句：“从TCMSP中筛选出符合OB≥30%且DL≥0.18的成分共12个，作为本方潜在活性物质。”这种西药小分子标准裁剪中药，犯了“方法论霸权”错误。 缺陷二：靶点预测假阳性泛滥，缺乏实验验证。多使用Swiss Target Prediction、SEA等工具预测成分靶点，直接将Top100–300个靶点纳入分析，未经任何过滤或验证。问题是一个黄酮类化合物常被预测结合数百个无关激酶；靶点-成分关联多为计算推测，无亲和力（Kd）、结合模式（ΔH）支持；未区分“直接靶点”与“间接调控”。典型图表：Cytoscape网络图中，一个成分连接50+靶点，视觉震撼但生物学意义存疑。后果是后续通路富集结果建立在“沙上之塔”。用算法幻觉替代科学实证。 缺陷三：疾病靶点定义西医化，彻底抹除“证候”维度。直接将“六味地黄丸”对应“糖尿病肾病”，从小柴胡汤对应“慢性肝炎”，从数据库（Gene Cards）提取“疾病相关基因”。问题是中医“消渴”≠西医“糖尿病”；“少阳证”≠“肝炎”；同一方剂可治多种西医病（如半夏泻心汤治IBS、胃炎、功能性消化不良），关键在“证”；未考虑“异病同治、同病异治”原则。典型逻辑链：中药→成分→靶点→KEGG通路→西医疾病→“验证中医整体观”这是典型的“废医存药”——只取药材，弃其理论灵魂。 缺陷四：通路富集结果泛化、陈旧、脱离复方特性。几乎所有论文最终都富集到PI3K-Akt、MAPK、TNF、NF-κB、IL-17等炎症/凋亡通路。这些通路（套路）是90%以上疾病的“万能通路”，无法体现方剂特异性；未解释为何此方调控该通路，而彼方不调控；忽略中医特有调控维度（如“气机升降”“阴阳平衡”）。典型结论是“本方可能通过调控PI3K-Akt信号通路发挥治疗作用。”用公共通路包装常识，制造‘机制已阐明’的假象。 缺陷五：网络构建形式主义，缺乏动态与剂量信息。构建静态“成分-靶点-通路”网络图，节点大小按度值着色，边无方向/权重。问题是未体现成分浓度差异（如君药vs佐使药）；未考虑时间动态（急性期vs慢性期效应不同）；无反馈、协同、拮抗等真实生物调控逻辑。最后网络只是“关系示意图”，无法用于预测或干预。要知道，复杂图表≠复杂系统理解。 缺陷六：数据库陈旧且来源单一，数据质量失控。90%以上论文仅依赖TCMSP+Gene Cards+KEGG，极少交叉验证。问题是TCMSP对川乌仅收3个成分，对甘草忽略甘草多糖；Gene Cards包含大量低证据等级靶点；KEGG通路为固定模板，无法反映个体差异。典型引用：“所有数据均来自公开数据库，具有可靠性。”将“公开”等同于“可靠”，忽视数据偏倚与盲区。 缺陷七：机制解释强行附会中医理论，生搬硬套。在讨论部分突然引入“君臣佐使”“寒热温凉”“脏腑归经”，但全文无任何数据支撑。网络分析未涉及药性、归经、配伍关系；用现代通路反推“黄连苦寒清心火”，属循环论证；中医理论沦为“装饰性修辞”。典型语句：“黄连为君药，其成分小檗碱靶向NF-κB，体现了‘苦寒直折’之法。”理论与数据两张皮，名为“中西医结合”，实为“西医框架+中医标签”“西医狗肉+中医羊头”。 缺陷八：忽略炮制、配伍与煎煮对成分的影响。直接使用生药成分数据，无视：川乌炮制后乌头碱→苯甲酰乌头碱（毒性↓）；甘草与甘遂配伍产生沉淀（减毒）；半夏经姜矾制后刺激性降低。但机制推导基于“不存在”的化学实体（如用生川乌成分解释制川乌方剂疗效）。都在脱离中药临床使用实际，纸上谈兵。 缺陷九：无剂量-效应关系，违背药理学基本原理。所有成分被视为“同等有效”，无论其在方中含量是1%还是0.001%。问题是微量成分可能无药理贡献；高浓度成分可能主导效应；未考虑“阈下协同”。典型假设：“只要成分存在，即参与调控。”忽视“量效关系”这一药理学基石。 缺陷十：结论夸大，声称“揭示机制”“验证整体观”。标题常用“Integratednetworkpharmacologyandexperimentalvalidationrevealthemechanismof…”结论称“本研究从系统水平阐明了XX方治疗XX病的多靶点协同机制，体现了中医整体观”。现实是多数无真正实验验证（所谓“验证”仅做Western blot看1–2个蛋白）；“整体观”被简化为“多靶点”，实则仍是还原论集合；未回答核心问题：为何必须用此复方？单味药不行吗？制造“科学幻觉”，误导政策与公众认知。擅长用宏大叙事掩盖方法论贫瘠。 网络药理学论文的“标准流水线”及其危害。当前多数网络药理学论文遵循以下模板化流程：选方→TCMSP筛成分→靶点预测→Gene Cards取疾病靶点→取交集→Cytoscape画网→KEGG富集→Western验证1–2蛋白→套用中医理论→宣称“整体机制阐明”，这一流程看似“多学科交叉”，实则方法上是依赖有缺陷的数据库与黑箱算法；逻辑上跳过“证候”核心，强行对接西医疾病；理论上用“多靶点”冒充“整体观”；实践上产出大量低创新性、不可重复的“SCI泡沫论文”。 网络药理学的学术危害是制造了“科学幻觉”与资源错配。当前的网络药理学研究已陷入“内卷化生产”：大量论文重复相同流程，仅更换方剂名称，得出千篇一律的“多靶点调控XX通路”结论。这种研究虽发表于SCI期刊，却存在严重问题： 制造“科学幻觉”。复杂的网络图、高大上的生物信息学术语，给读者造成“机制已阐明”的错觉，实则多为数据挖掘的巧合或已知通路的重新包装。例如，说“黄连解毒汤通过TLR4/NF-κB通路抗炎”，不过是将西医已知的炎症通路套用于中药，未提供任何新知识。 误导研究方向。大量经费与人力投入此类低创新性研究，挤占了真正需要探索的方向——如证候生物学基础、复方配伍规律、中药药性理论的现代阐释。研究者沉迷于数据库挖掘，远离临床与实验验证。 强化中医西化倾向。此类研究不断强化“中药=多靶点西药”的错误认知，使年轻学者误以为中医药现代化就是“用西医方法解释中药”，进一步削弱对中医理论的学习与传承。 四、废医存药的典型：青蒿素的西医方法论本质与中医药无关 青蒿素的研发路径：典型的植物药西医研究方法 屠呦呦团队研发青蒿素的过程，常被错误地视为中医药现代化的典范，但深入剖析其研发路径可知，该过程采用的是典型的植物药西医研究方法，与中医药理论体系无本质关联，进一步佐证了脱离中医系统论的研究并非中医药研究。 青蒿素的研发始于20世纪60年代的“523项目”，其核心目标是寻找治疗疟疾的有效药物。研发过程大致可分为三个阶段：药物筛选、成分提取与活性验证、临床试验，完全遵循西医的药物研发逻辑。 第一阶段是药物筛选。研发团队搜集了808个可能抗疟的中药，采用的是“广撒网”式的筛选策略，与拿着《中国植物志》逐一筛选植物的效率相近，并未基于中医理论进行筛选。中医虽传统上用青蒿治疟疾，但中医所用的青蒿（香蒿）并不含青蒿素，且中医治疗疟疾的方剂（如青蒿鳖甲汤）是通过煎服的方式，而青蒿素受热到60摄氏度便会失去活性，无法发挥抗疟作用。研发团队对这些中药的筛选，本质上是将其视为潜在的抗疟植物资源，而非基于中医理论的辨证用药选择。 第二阶段是成分提取与活性验证。屠呦呦团队从东晋葛洪《肘后备急方》中“青蒿一握，以水二升渍，绞取汁，尽服之”的记载中获得灵感，意识到青蒿的抗疟成分可能不耐高温，因此采用乙醚低温提取的方法，成功提取出青蒿素结晶。这一过程采用的是植物化学的提取分离技术，核心目标是寻找中药中的单一活性成分，与西医的天然药物研发方法完全一致。需要强调的是，葛洪的记载是民间偏方，并未用到阴阳五行、辨证配伍等中医核心理论，与中医药理论体系无涉；且青蒿素几乎不溶于水，用清水浸泡无法获得有效浓度的青蒿素，葛洪的偏方本身是否具有抗疟效果仍存疑问。 第三阶段是临床试验。研发团队对青蒿素进行了体外抗疟活性验证、动物实验，随后开展了临床试验，证实其对各型疟原虫均有快速、强效的杀灭作用，尤其适用于氯喹耐药或多重耐药的重症恶性疟疾患者。这一过程采用的是西医的临床试验方法，以客观的疗效指标（如疟原虫清除率、体温恢复时间等）为评价标准，与中医的辨证论治评价体系（如症状改善、整体状态恢复等）完全不同。 青蒿素与中医药的本质区别：脱离中医系统论的植物药研究 青蒿素的研发过程与中医药存在三大本质区别，进一步证明其是植物药的西医方法论应用，而非中医药现代化的成果。 第一，理论基础不同。青蒿素的研发基于西医的病因病理学理论，认为疟疾的本质是疟原虫感染，治疗的核心是杀灭疟原虫；而中医药治疗疟疾基于中医的辨证论治理论，认为疟疾的本质是机体阴阳平衡被打破，感受“疟邪”所致，治疗的核心是根据证型（如寒疟、热疟、瘴疟等）进行辨证施治，恢复机体的动态平衡。例如，中医治疗热疟常用青蒿鳖甲汤、白虎加桂枝汤等方剂，治疗寒疟常用柴胡桂枝干姜汤等方剂，其疗效并非源于杀灭疟原虫，而是源于调节机体的整体功能。 第二，研究对象不同。青蒿素的研发对象是单一的化学成分（青蒿素），其疗效源于该成分对疟原虫的直接杀灭作用；而中医药的研究对象是中药方剂的整体，其疗效源于方剂作为一个整体对机体的调节作用。青蒿素的研发将中药拆解为单一成分，完全割裂了中药与中医理论的关联，是典型的“废医存药”；而中医药的临床应用强调方剂的整体配伍，无法通过单一成分的作用来理解。 第三，治疗逻辑不同。青蒿素的治疗逻辑是“对抗性治疗”，即通过药物成分直接对抗病因（疟原虫）；而中医药的治疗逻辑是“调节性治疗”，即通过药物调节机体的整体功能，调动机体的自组织能力，实现疾病的转归。青蒿素的治疗效果具有特异性，仅对疟原虫有效；而中医药的治疗效果具有整体性，不仅能改善疟疾的症状，还能调节机体的整体状态，增强机体的抵抗力。 最后，青蒿素的研发成果也未推动中医药理论的发展。青蒿素及其衍生物已成为治疗疟疾的一线药物，但这一成果并未丰富或完善中医药的理论体系，也未改变中医药治疗疟疾的临床实践。中医药治疗疟疾仍遵循辨证论治的原则，采用方剂配伍的方式，与青蒿素的应用完全是两个独立的体系。结论是，青蒿素的研发不应被错误地视为中医药现代化的典范。 西医体系下的植物药，是指从植物中提取、纯化或标准化的活性成分或组分，经过现代药理学、毒理学及临床试验验证后，作为注册药品在西医框架内使用的药物。这类药物虽源于天然植物，但其研发逻辑、质量控制标准、作用机制阐释完全遵循现代药物研发的还原论范式——即以明确化学结构、单一或有限靶点、随机对照试验为核心，与传统中医药的整体观、辨证论治和复方配伍理论无实质关联。 典型的例子包括从金鸡纳树皮中分离出的奎宁及其衍生物氯喹，用于治疗疟疾和自身免疫性疾病；从柳树皮启发而合成的阿司匹林（乙酰水杨酸），成为解热镇痛和抗血小板的经典药物；从红豆杉中提取的紫杉醇，广泛应用于卵巢癌和乳腺癌化疗；以及从青蒿中提取的青蒿素及其衍生物，被世界卫生组织推荐为抗疟一线药物。 这些药物的成功，本质上是“废医存药”路径的体现：仅取植物中的有效化学物质，剥离其原有的文化、理论和使用语境，纳入西药研发体系。  除了单体化合物，还有一类重要的西医植物药是标准化提取物，如银杏叶制剂EGb 761®（含24%黄酮苷和6%萜内酯），在欧洲被批准用于认知障碍、耳鸣和外周动脉疾病；圣约翰草提取物LI 160用于轻中度抑郁症；锯棕榈提取物Permixon®用于良性前列腺增生。这些产品虽保留多成分组合，但通过严格的化学标准化确保批次一致性，并基于西医诊断使用，其机制研究仍试图锁定“主效成分”或关键通路，而非整体调节。 美国FDA甚至设立了“植物药路径”（Botanical Drug Pathway），已批准如绿茶提取物Veregen®（用于生殖器疣）和南美树胶衍生物Fulyzaq®（用于HIV相关腹泻）等产品，进一步说明西方医药体系可接纳复杂植物提取物，但前提是其安全性、有效性和质量可控性必须符合现代药物标准。  值得注意的是，尽管这些药物源自传统用药经验（如金鸡纳治发热、柳皮止痛、青蒿截疟），但其现代应用已彻底脱离原初的医学理论体系。例如，银杏叶胶囊在全球范围内被视为改善微循环的植物药，而非中医“活血化瘀、敛肺平喘”的载体；麻黄碱虽从中药麻黄中分离，但现代临床已极少使用，且其应用不涉及“发汗解表”的辨证逻辑。因此，将紫杉醇、青蒿素或银杏叶制剂的成功归因于“中医药的伟大”，是一种概念混淆。 它们的成功恰恰证明了：在特定条件下，从传统药物资源中筛选活性分子并按西药模式开发是可行的，但这并不等于中医药理论本身被验证或现代化。真正的中医药现代化，应是在尊重其整体性、动态性和个体化诊疗原则的基础上，发展适配的方法论，而非简单地将中药降格为“天然化合物库”。换言之，西医植物药的研发路径，本质上是现代药学对植物资源的再利用，而非对传统医学体系的继承与发展。 因此，青蒿素的研发是植物药西医研究的成功案例，与中医药无关，而且还将中药研究引入歧途，上海中医药大学和南京中医药大学竟然还设立了什么“屠呦呦班”，金玉其外，败絮其中。 五、不是结论 警惕“网络”修辞下的还原论陷阱。网络药理学并非真正意义上的系统论，而是建立在西医还原论基础上的高级还原论。其以“成分-靶点-通路”为核心的研究范式，本质上仍是将复杂生命现象拆解为微观分子相互作用的还原论逻辑，与中医系统论存在本质差异。中医系统论以元整体观、动态平衡观、自组织调节观为核心，强调整体决定部分、动态平衡、自组织调节，其研究范式是“整体涌现-辨证论治-方剂配伍”；而网络药理学以组合整体观、静态网络紊乱、靶向调控为核心，其研究范式是“拆解-分析-重构”，是脱离中医原创思维的伪系统论。 网络药理学以其形式上的复杂性，成功营造了一种“系统论”的幻象，使研究者误以为自己在践行中医整体观。然而，只要其底层逻辑仍建立在分子靶点中心主义、去语境化分析、废医存药操作之上，它就始终是高级还原论，伪系统论，而非真正的中医系统科学。 网络药理学存在主观性强、数据库不全且老旧、与临床实践脱节等固有弊端，其核心弊端是“废医存药”的本质，割裂了中医药理论与实践的内在联系，无法指导中医药的临床应用与创新发展。屠呦呦团队研发青蒿素的过程，采用的是典型的植物药西医研究方法，与中医药理论体系无本质关联，进一步佐证了脱离中医系统论的研究并非中医药研究。 中医药现代化的核心任务是传承与创新中医药的理论与实践，而非用西医的还原论范式改造中医药。网络药理学无法承担中医药现代化的历史使命，中医药现代化必须立足自身的系统论特色，构建符合自身理论体系的研究范式，避免陷入“废医存药”的误区。 中医的系统论，根植于“天人合一”的宇宙观、“阴阳五行”的关系哲学、“辨机论治”的临床智慧，是一种以生命为主体、以平衡为目标、以动态为特征的整体医学。任何试图用静态网络、离散靶点、普适通路来框定它的努力，都是对这一伟大传统的简化与误读。 我们呼吁：中医药研究应回归理论自信与方法自觉，拒绝将“网络”二字作为还原论的遮羞布。唯有如此，才能避免中医药在“现代化”浪潮中丧失自我，真正为人类健康贡献独特的东方智慧。总之，网络药理学的系统论是还原论框架下的伪系统论，无法契合中医药的理论与实践。中医药现代化必须立足自身的系统论特色，构建符合自身发展规律的研究范式，才能实现真正的传承与创新。