University of Crete

Scientists have uncovered a surprising new hero in the fight against one of the world’s deadliest fungal infections: albumin, the most abundant protein in human blood. In a major international study, researchers found that people who develop mucormycosis — a fast-moving and often fatal “black fungus” infection — have strikingly low levels of albumin, and that this deficiency strongly predicts death.An international team of scientists has discovered that albumin, the most abundant protein circulating in human blood, plays a powerful and previously unrecognized role in protecting the body from mucormycosis, a rare but frequently deadly fungal infection. The findings were published in Nature. The research was led by George Chamilos, MD, and his team at the University of Crete and the Institute of Molecular Biology and Biotechnology, with key contributions from a group at The Lundquist Institute for Biomedical Innovation led by Professor Ashraf Ibrahim, PhD. Mucormycosis, often referred to as "black fungus," is caused by Mucorales fungi and can spread rapidly through the body. The infection is fatal in up to half of cases, and in some patients, a diagnosis carries an almost certain risk of death. Cases surged in India during the COVID-19 pandemic, particularly among people with diabetes, compromised immune systems, or malnutrition. Low Albumin Levels Linked to Higher Death Risk The researchers found that patients diagnosed with mucormycosis had significantly lower albumin levels compared with patients battling other fungal infections. Low albumin levels -- known as hypoalbuminemia -- emerged as the strongest predictor of severe outcomes, including death, across diverse patient groups on multiple continents. "This is a remarkable finding and has the potential to change the way clinicians care for mucormycosis," said Dr. Ibrahim, a senior author of the study. The results point to hypoalbuminemia as a biomarker that could help doctors identify people at high risk of developing this aggressive infection. According to the findings, providing patients with albumin enriched with free fatty acids may help prevent the infection from taking hold, an important strategy given how quickly mucormycosis progresses. How Albumin Blocks Fungal Invasion "The study also tells us how albumin works on nullifying critical virulence factors including toxins and other fungal proteins involved in causing tissue damage and in aggressively invading human organs," explained Dr. Ibrahim. The research also opens the possibility of combining albumin treatment with immunotherapies designed to target Mucorales virulence factors, which investigators at The Lundquist Institute are currently developing. Laboratory experiments showed that albumin specifically suppresses the growth of Mucorales fungi without interfering with other microbes. When albumin was removed from healthy human blood samples, the fungus multiplied freely. Mice that lacked albumin were highly vulnerable to infection, while restoring albumin levels offered significant protection. Fatty Acids Play a Key Role Additional testing revealed that albumin's antifungal activity depends on fatty acids attached to the protein. These fatty acids interfere with fungal metabolism and block the production of proteins needed for tissue invasion and disease progression. Blood samples from patients with mucormycosis showed higher levels of fatty acid oxidation, which may help explain why they were more susceptible to infection. Together, the findings reveal a previously unknown natural defense mechanism within the human body. They also suggest that albumin-based therapies could provide a much-needed new approach to preventing or treating mucormycosis, a disease that currently has limited effective treatment options.

单细胞组学 1. A MIF-p38-GSDMD inflammatory loop in keratinocytes underlies UVB-induced cutaneous lupus. MIF-p38-GSDMD炎症环路介导紫外线诱导的皮肤红斑狼疮。紫外线B是皮肤红斑狼疮的公认诱因，但其分子机制在很大程度上仍未明确。研究发现UVB通过核糖毒性应激激活p38通路，诱导GSDMD依赖的焦亡并释放MIF，形成自我维持的放大环路。该研究揭示了皮肤红斑狼疮发病的新机制，并为临床治疗提供了潜在的药理学靶点。 皮肤红斑狼疮 | MIF, GSDMD焦亡, p38通路 | 单细胞转录组测序 Guo Chipeng · … · Zhou Yiming · · 2026/02/02 该研究由皮肤病学中山大学孙逸仙纪念医院周一鸣团队完成 Cell death & disease 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41419-026-08443-4 2. Single cell atlas decodes the molecular dynamics of scar repair after human rotator cuff tear. 单细胞图谱解码人类肩袖损伤后的瘢痕修复分子动力学。肩袖损伤后的不可逆纤维化瘢痕严重影响愈合，但其背后的细胞和分子机制仍不清楚。通过单细胞测序鉴定出促纤维化腱干细胞及巨噬细胞亚群，并发现TGF-β和骨桥蛋白信号是基质沉积的关键驱动力。该研究剖析了肩袖损伤的动态瘢痕微环境，为预防病理性瘢痕形成提供了潜在靶点。 肩袖损伤, 纤维化 | TGF-β, 腱干细胞 | 单细胞RNA测序 Qin Yiming · … · Lu Hongbin · · 2026/02/05 该研究由运动医学中南大学湘雅医院陆洪斌团队完成 Bone research 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41413-025-00501-5 3. A single-dose of PDGFB circular RNA enables sustained growth factor expression to accelerate diabetic wound healing. 单剂量环状RNA促进糖尿病伤口愈合。糖尿病足溃疡缺乏有效疗法，且传统生长因子药物在伤口处易降解、稳定性差。本研究开发了封装PDGFB环状RNA的脂质纳米颗粒，实现了生长因子的持久表达，并通过促进血管新生和成纤维细胞增殖加速伤口愈合。该平台为再生医学中的蛋白质持续递送提供了一种高效、长效的新方案。 糖尿病足溃疡 | PDGFB表达, 血管新生 | 环状RNA, 脂质纳米颗粒(LNP) Shen Yi-Qi · … · Deng Cheng-Cheng · · 2026/02/07 该研究由皮肤病学南方医科大学Deng Cheng-Cheng团队完成 Journal of nanobiotechnology 原文链接：https://doi.org/10.1186/s12951-026-04106-w 空间组学 1. Integrating single-nucleus barcoding with spatial transcriptomics via Stamp-seq to reveal immunotherapy response-enhancing functional modules in NSCLC. Stamp-seq技术揭示非小细胞肺癌中增强免疫反应的功能模块。空间转录组技术在细胞边界推断和成本方面存在局限，阻碍了对复杂组织空间组织的理解。开发了Stamp-seq技术实现单细胞分辨率的空间映射，并发现IGHG1+浆细胞生态位是化免联合治疗的关键预后标志物。该研究展示了高分辨率空间亚型分析的威力，为肺癌精准免疫治疗提供了新工具。 非小细胞肺癌 | IGHG1+浆细胞, 肿瘤微环境 | Stamp-seq, 空间转录组学 Pan Yitong · … · Tian Chenxi · · 2026/02/05 该研究由生物信息学国家生物信息中心田陈熙团队完成 Cell discovery 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41421-025-00861-6 2. Mass spectrometry-based human spatial omics: fundamentals, innovations, and applications. 基于质谱的空间组学在人类疾病研究中的应用与挑战。质谱空间组学能原位可视化生物分子组织，但其技术演进与多模态整合仍需系统总结。综述回顾了质谱成像、深度学习分析及在肿瘤微环境和神经退行性疾病中的前沿应用。该研究强调了标准化与临床验证的重要性，确立了质谱空间组学作为精准医疗基石的地位。 空间分子组织 | 肿瘤微环境, 神经退行性变 | 质谱成像, 深度学习 Yang Ching-Chia · … · Juan Hsueh-Fen · · 2026/02/06 该研究由生命科学台湾大学阮雪芬团队完成 Journal of biomedical science 原文链接：https://doi.org/10.1186/s12929-026-01219-0 基因组或者转录组学 1. The Molecular and Functional Landscape of Resistance to FOLFIRI Chemotherapy in Metastatic Colorectal Cancer. RAD51表达水平决定结直肠癌化疗敏感性。FOLFIRI方案是转移性结直肠癌的标准疗法，但仅半数患者获益，耐药机制尚不明确。研究发现耐药模型中RAD51低表达导致功能性同源重组缺陷，而抑制ATM可增强敏感性。该研究揭示了非遗传性BRCAness特征，为结直肠癌精准治疗提供了新的生物标志物。 转移性结直肠癌 | RAD51, 同源重组缺陷, BRCAness | PDX模型, 类器官 Avolio Marco · … · Trusolino Livio · · 2026/02/06 该研究由肿瘤学意大利坎迪奥洛癌症研究所Livio Trusolino团队完成 Cancer discovery 原文链接：https://doi.org/10.1158/2159-8290.CD-24-0556 2. Negative Selection Maintains Grossly Altered but Broadly Stable Karyotypes in Metastatic Colorectal Cancer. 负向选择维持转移性结直肠癌核型的长期稳定。非整倍体在癌症中普遍存在，但其在肿瘤进化过程中的选择动力学尚不明确。通过对167名患者的纵向基因组分析，发现结直肠癌进展需经历瓶颈期，随后核型演化受负向选择约束。该研究揭示了癌症基因组进化的受限性，为理解肿瘤进展和转移提供了数学模型支持。 肿瘤进化, 非整倍体 | 负向选择, 染色体拷贝数变异 | 纵向基因组分析, 数学建模 Cross William C H · … · Graham Trevor A · · 2026/02/06 该研究由肿瘤学伦敦玛丽女王大学Trevor A Graham团队完成 Cancer discovery 原文链接：https://doi.org/10.1158/2159-8290.CD-24-0813 3. MiRNAs shape mouse age-independent tissue adaptation to spaceflight via ECM and developmental pathways. MiRNA调控小鼠对太空飞行的跨组织适应性。随着深空探测加速，理解太空飞行对哺乳动物全机体分子水平的影响变得至关重要。通过分析13个器官的小鼠小RNA样本，发现MIR-17/92等家族驱动了系统性组织重塑，且受年龄影响较小。该研究揭示了太空飞行如何调节基因表达，为人类进行星际航行提供了重要的生物学参考。 太空飞行适应性 | miRNA, 组织重塑 | 小RNA测序, 跨器官分析 Grandke Friederike · … · Keller Andreas · · 2026/02/05 该研究由生物信息学萨尔大学Andreas Keller团队完成 Nature communications 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-68737-1 4. Berberine reverses impaired adipose angiogenesis to promote beige adipogenesis by HIF-1α/PRDM16 signaling. 小檗碱通过HIF-1α/PRDM16信号改善脂肪血管生成并促进米色脂肪生成。肥胖导致的脂肪组织缺氧会破坏血管生成并抑制产热，但其间的具体功能联系尚不清楚。研究发现小檗碱通过上调GPx3降低氧化应激，进而使HIF-1α水平正常化并激活PRDM16，恢复血管生成与产热。该研究阐明了小檗碱对抗肥胖相关脂肪功能障碍的多靶点机制，具有临床应用价值。 肥胖, 脂肪组织功能障碍 | 小檗碱, HIF-1α/PRDM16信号, GPx3 | 转录组测序, 免疫荧光 Cheng Chien-Shan · … · Zheng Lan · · 2026/02/06 该研究由中医学上海交通大学医学院附属瑞金医院郑岚团队完成 Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology 原文链接：https://doi.org/10.1016/j.phymed.2026.157902 5. Cancer cell-intrinsic inflammasome protein ASC links innate immunity with mitochondrial metabolism in driving pancreatic cancer. 炎性体蛋白ASC连接先天免疫与胰腺癌代谢。胰腺导管腺癌的发生涉及遗传突变与失调的先天免疫，但关键治疗靶点仍不明确。研究发现上皮来源的ASC通过调节线粒体呼吸和代谢重编程促进肿瘤发生。该发现为将ASC作为胰腺癌治疗靶点提供了理论依据。 胰腺导管腺癌 | ASC炎性体, 线粒体代谢 | 全转录组测序, 纳米抗体 Chey Yu C J · … · Jenkins Brendan J · · 2026/02/07 该研究由免疫基因组学阿德莱德大学Brendan J Jenkins团队完成 Nature communications 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-69398-w 6. Convergent extreme reductive evolution in ancient planthopper symbioses. 蜡蝉共生菌基因组发生极端还原演化。半翅目昆虫的内共生菌以基因组高度简化著称，但其演化极限尚不清楚。研究发现两种内共生菌在演化中丢失大量基因，形成了仅约50kb的已知最小非细胞器细菌基因组。这进一步模糊了细菌与细胞器的界限，揭示了极端的宿主依赖性。 基因组演化 | 内共生, 基因丢失 | 基因组测序 Michalik Anna · … · Łukasik Piotr · · 2026/02/07 该研究由环境科学雅盖隆大学Piotr Łukasik团队完成 Nature communications 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-69238-x 7. Dual pancreatic carcinomas: clonally related or independent primaries? 基因组分析揭示双发性胰腺癌的克隆起源。双发性胰腺癌是罕见现象，其属于克隆相关还是独立原发癌一直存在争议。研究通过对配对病灶的测序发现，大多数双发PDAC具有克隆相关性，但也存在独立发生的病例。该发现强调了对这类患者进行个性化管理和精准诊断的重要性。 胰腺导管腺癌 | 克隆演化, 肿瘤异质性 | 二代测序 (NGS) Schoenfeld Joshua D · … · O'Reilly Eileen M · · 2026/02/08 该研究由肿瘤学纪念斯隆-凯特琳癌症中心Eileen M O'Reilly团队完成 NPJ precision oncology 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41698-026-01313-4 8. Genetic impacts on within-pair DNA methylation variance in monozygotic twins capture gene-environment interactions and cell-type effects. 同卵双胞胎研究揭示基因与环境相互作用。识别与表型变异相关的遗传位点（vQTLs）对于理解基因-环境相互作用至关重要。通过分析同卵双胞胎的血液DNA甲基化变异，研究发现了多个受环境和细胞类型影响的vmeQTLs，并验证了其在免疫疾病中的作用。该研究为探索复杂性状的遗传机制和环境影响提供了新的视角。 免疫疾病易感性 | DNA甲基化变异, 基因-环境相互作用 | 同卵双胞胎研究, vmeQTL分析 Zhang Xiaopu · … · Bell Jordana T · · 2026/02/07 该研究由遗传流行病学伦敦国王学院Bell Jordana T团队完成 Genome biology 原文链接：https://doi.org/10.1186/s13059-026-03947-w 9. Genetic affinities between the ancient Greek colony of Amvrakia and its metropolis. 古希腊殖民地阿姆夫拉基亚的遗传起源研究。希腊殖民扩张是复杂的历史现象，其殖民地与母邦之间的遗传联系及人口构成尚待明确。通过对古DNA的群体基因组学分析，研究证实该殖民地初期遗传池主要源于科林斯母邦的移民，而非当地土著。该研究揭示了科林斯殖民过程中遗传与文化的同步传播模式。 人口遗传史 | 遗传连续性, 基因流 | 古DNA测序, 群体基因组学 Psonis Nikolaos · … · Pavlidis Pavlos · · 2026/02/07 该研究由群体遗传学克里特大学Pavlidis Pavlos团队完成 Genome biology 原文链接：https://doi.org/10.1186/s13059-026-03968-5 蛋白质组学 1. Urinary clusterin as a biomarker of human kidney disease progression and response to the endothelin receptor antagonist atrasentan: An exploratory analysis from the SONAR trial. 尿液簇集蛋白作为肾病进展及药物反应的生物标志物。内皮素受体拮抗剂阿曲生坦可改善糖尿病肾病预后，但个体反应差异显著。通过蛋白质组学分析，研究确定尿液簇集蛋白（uCLU）为预测肾脏结局及药物反应的关键标志物。该发现支持uCLU作为药效学标志物，有助于实现肾脏疾病的精准治疗。 糖尿病肾病, 慢性肾病 | 簇集蛋白, 内皮素信号 | 蛋白质组学, 临床试验分析 Ju Wenjun · … · Heerspink Hiddo J L · · 2026/02/07 该研究由临床药理学格罗宁根大学Heerspink Hiddo J L团队完成 Nature communications 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-68973-5 2. Radical footprinting in mammalian whole blood. 哺乳动物全血中的自由基足迹技术。羟基自由基蛋白质足迹法是探测蛋白质结构的有力工具，但此前尚未应用于活体哺乳动物组织。本研究成功在小鼠全血中实现了蛋白质标记，并揭示了2型糖尿病相关的蛋白质构象变化。该成果证明了全血自由基足迹法的可行性，为临床样本的结构蛋白质组学研究提供了新机遇。 2型糖尿病, 蛋白质构象变化 | 氧化修饰, 蛋白质相互作用 | 自由基蛋白质足迹法, 质谱分析 Zhao Mingming · … · Sharp Joshua S · · 2026/02/07 该研究由生物分子科学密西西比大学Sharp Joshua S团队完成 Nature communications 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-68982-4 3. AI-driven biomarker learning for the early diagnosis of neurodegenerative diseases: ABLEDx. AI驱动的泪液胞外囊泡分析助力神经退行性疾病早诊。泪液胞外囊泡富含神经健康相关信息，是极具潜力的非侵入性生物标志物来源。研究开发了ABLEDx平台，利用生成式AI增强泪液EVs的蛋白质组学分析，成功识别出多种疾病关联蛋白。该策略为神经系统疾病的早期实时监测开辟了新途径。 神经退行性疾病, 早期诊断 | 泪液胞外囊泡 (EVs) | 蛋白质组学, 变分自编码器 (cVAE) Zhu Qingfu · … · Liu Fei · · 2026/02/07 该研究由医学哈佛医学院Fei Liu团队完成 Journal of nanobiotechnology 原文链接：https://doi.org/10.1186/s12951-026-04072-3 代谢组学 1. Compartmentalized branched-chain amino acid metabolism orchestrates colorectal cancer dissemination via an UMP-vimentin axis. 区室化支链氨基酸代谢通过UMP-波形蛋白轴协调结直肠癌扩散。代谢区室化在癌症转移中的作用尚不明确，尤其是支链氨基酸（BCAA）代谢的定位影响。研究发现胞质BCAT1促进EMT和转移，而线粒体BCAT2作用相反；胞质代谢产生的UMP可稳定波形蛋白防止降解。该研究强调了BCAA代谢区室化的转化意义，为结直肠癌转移提供了新的预后指标和治疗靶点。 结直肠癌转移, 上皮-间质转化(EMT) | BCAT1/BCAT2, UMP, 波形蛋白 | 代谢流分析, 膳食BCAA限制 Ji Fenfen · … · Wong Chi Chun · Cell metabolism · 2026/02/06 ⭐ 该研究由消化疾病香港中文大学黄智俊团队完成 原文链接：https://doi.org/10.1016/j.cmet.2026.01.007 2. Metabolomics applications in lactic acid bacteria: Identification, classification, and functional analysis. 代谢组学在乳酸菌鉴定与功能分析中的应用。乳酸菌的代谢谱受环境影响显著，基因组与代谢表型之间关联有限。本文综述了代谢组学平台如何提升菌株鉴定、表型分析及功能代谢物发现，并探讨了多组学整合的优势。代谢组学的应用正在转化乳酸菌研究，为发酵食品系统的定向应用和机制阐明提供支撑。 乳酸菌代谢, 发酵食品 | 代谢表型, 功能代谢物 | 代谢组学, 多组学整合 Zhao Lixia · Liu Wenjun · Biotechnology advances · 2026/02/05 ⭐ 该研究由乳品生物技术内蒙古农业大学Liu Wenjun团队完成 原文链接：https://doi.org/10.1016/j.biotechadv.2026.108838 多组学 1. Epigenetic and Transcriptional Programs Define Osteosarcoma Subtypes and Establish Targetable Vulnerabilities. 表观遗传程序定义骨肉瘤亚型及治疗靶点。骨肉瘤基因组复杂且重排广泛，阻碍了基于分子机制的疗法开发。通过染色质可及性分析鉴定出早晚期成骨细胞衍生状态，并发现这些状态在单肿瘤中共存且影响药敏。该研究强调了定义表观遗传亚型在复杂癌症治疗中的价值，为联合治疗提供了新策略。 骨肉瘤 | 染色质可及性, 转录因子环路 | 单细胞多组学, PDX模型 López-Fuentes Eunice · … · Sweet-Cordero E Alejandro · · 2026/02/06 该研究由肿瘤学加州大学旧金山分校E Alejandro Sweet-Cordero团队完成 Cancer discovery 原文链接：https://doi.org/10.1158/2159-8290.CD-25-0237 2. Multiomic analysis of colorectal adenocarcinoma reveals a new subtype of myofibroblastic cancer-associated fibroblasts that express high levels of B7-H3 and have poor-prognosis value. 高表达B7-H3的新型肌纤维母细胞亚型预示结直肠癌预后不良。结直肠癌死亡率高且缺乏高效个性化疗法，B7-H3虽是潜在靶点但其细胞特异性表达尚不明确。多组学分析鉴定出特定成纤维细胞亚型高表达B7-H3，且该亚型在癌前炎症阶段即已出现。该研究建议抗B7-H3免疫疗法应优先针对微环境细胞，为ADC药物研发提供了重要参考。 结直肠癌 | B7-H3, 癌相关成纤维细胞 | 空间转录组学, 单细胞测序 Picard Maelle · … · Mamessier Emilie · · 2026/02/02 该研究由肿瘤学法国马赛大学Emilie Mamessier团队完成 Journal for immunotherapy of cancer 原文链接：https://doi.org/10.1136/jitc-2025-013356 3. Heterochronic transcription factor expression drives cone-dominant retina development in 13-lined ground squirrels. 异时性转录因子表达驱动十三线黄鼠视网膜视锥细胞发育。黄鼠具有视锥细胞占主导的视网膜，其适应昼行性视觉的分子机制尚不清楚。研究通过单细胞RNA测序和ATAC-seq发现，黄鼠视锥细胞由早晚期祖细胞共同产生，受Zic3和Mef2c等因子异时表达驱动。该研究揭示了感光细胞发育的演化适应机制，为视力障碍的视锥细胞再生提供了思路。 视网膜发育, 昼行性视觉 | Zic3, Mef2c, 异时性表达 | 单细胞RNA测序, scATAC-seq Weir Kurt · … · Blackshaw Seth · · 2026/02/06 该研究由神经科学约翰霍普金斯大学Seth Blackshaw团队完成 eLife 原文链接：https://doi.org/10.7554/eLife.108485 4. Nitrogen starvation induces arbuscular mycorrhizal fungi to optimize resource allocation in sugarcane roots via suppression of basal metabolism. 丛枝菌根真菌优化氮胁迫下甘蔗的资源分配。养分供应与菌根共生之间的交互作用极其复杂。研究通过多组学分析发现，在缺氮条件下AMF通过抑制基础代谢和激活类黄酮合成来促进甘蔗生长。该研究阐明了AMF介导的养分获取策略，为可持续作物管理提供了理论依据。 氮胁迫, 作物产量 | 代谢重编程, 类黄酮生物合成 | 转录组学, 蛋白质组学, 代谢组学 Liu Qiang · … · Yuan Zhaonian · · 2026/02/07 该研究由甘蔗研究福建农林大学袁照年团队完成 NPJ biofilms and microbiomes 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41522-026-00927-7 生物信息软件 1. Comparative evaluation of large language models for biotechnology review writing. 大语言模型在生物技术综述写作中展现潜力但存在局限。LLMs正改变科学综述的构思方式，但其在生物制造等专业领域的生成质量需系统评估。研究对比了GPT-5、Gemini等模型，发现其虽擅长总结文献，但在批判性分析、定量推理及引用准确性方面仍有欠缺。该研究强调了人工校验与跨学科综合的重要性，为科研人员合理利用AI工具提供了指导。 科学写作 | 大语言模型评估 | 提示词工程, 统计分析 Muddana Charandatta · … · Tang Yinjie J · Biotechnology advances · 2026/02/03 ⭐ 该研究由生物工程华盛顿大学圣路易斯分校Yinjie J Tang团队完成 原文链接：https://doi.org/10.1016/j.biotechadv.2026.108814 2. In silico transcriptome-based drug screening identifies celastrol as a multi-species therapeutic agent against aging-related sarcopenia and mitochondrial dysfunction. 计算机转录组筛选鉴定出雷公藤红素可治疗衰老相关肌少症。肌少症缺乏有效药物，运动虽能改善线粒体功能，但高龄患者往往因身体虚弱难以实施。通过跨物种转录组分析，发现雷公藤红素能模拟运动诱导的基因特征，增强线粒体生物能并延长线虫寿命。该研究为抗衰老肌肉衰减提供了可转化的药物策略，展示了雷公藤红素作为运动模拟剂的潜力。 肌少症, 衰老 | PGC-1α, 线粒体功能 | 计算机药物筛选, 转录组分析 Wu Bangfu · … · Tang Yuhan · · 2026/02/03 该研究由营养学华中科技大学唐于瀚团队完成 Journal of advanced research 原文链接：https://doi.org/10.1016/j.jare.2026.01.079 3. WSISum: WSI summarization via dual-level semantic reconstruction. 基于双层语义重构的全切片图像自动摘要框架WSISum。全切片图像（WSI）数据量巨大且存在冗余，导致计算、存储和传输成本极高。WSISum框架整合了基于聚类的低层块语义重构和基于知识蒸馏的高层切片语义重构，提取紧凑的图像子集。该方法在癌症分型等任务中表现优异，显著降低了计算开销，具有广泛应用前景。 癌症分型, 转移亚型预测 | 语义重构, 知识蒸馏 | 全切片图像(WSI), 深度学习 Wang Baizhi · … · Zhou S Kevin · · 2026/02/02 该研究由生物医学工程中国科学技术大学周少华团队完成 Medical image analysis 原文链接：https://doi.org/10.1016/j.media.2026.103970 4. Cross ionization mode chemical similarity prediction between tandem mass spectra in metabolomics. 代谢组学中跨电离模式的串联质谱化学相似性预测。由于碎片模式的差异，跨正负电离模式的代谢物比较一直是代谢组学的难题。本研究开发了MS2DeepScore 2.0机器学习模型，实现了不同电离模式间的高精度化学相似性预测。该工具显著增强了代谢物注释和分子网络构建能力，为非靶向代谢组学数据探索提供了强力支持。 代谢物注释, 化学相似性 | 质谱碎片模式 | 机器学习, 代谢组学分析 de Jonge Niek F · … · Huber Florian · · 2026/02/07 该研究由数字化中心杜塞尔多夫应用科学大学Huber Florian团队完成 Nature communications 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-69083-y 5. Discovery of antimicrobial peptides targeting Acinetobacter baumannii via a pre-trained and fine-tuned few-shot learning-based pipeline. 利用少样本学习流水线发现针对鲍曼不动杆菌的抗菌肽。鲍曼不动杆菌的多重耐药性使其极难治疗，且缺乏有效的靶向抗菌肽。本研究开发了一种集成分类与回归模块的少样本学习流水线，成功从数百亿候选物中筛选出高效抗菌肽。其中EME7(7)在小鼠肺炎模型中表现出优异疗效且毒性极低，为解决数据稀缺下的药物研发提供了范式。 鲍曼不动杆菌感染, 多重耐药 | 抗菌肽(AMP), 膜穿透 | 少样本学习, 药物筛选 Huang Junjie · … · Ji Jian · · 2026/02/07 该研究由高分子科学浙江大学Ji Jian团队完成 Nature communications 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-69306-2 6. Assessing conformation validity and rationality of deep learning-generated 3D molecules. 两阶段评估系统提升AI生成分子的合理性。AI在3D分子生成领域进展迅速，但缺乏兼顾速度与精度的构象评估方法。研究提出结合AI力场有效性测试与深度学习合理性测试的方法，实现了量子力学级别的评估精度。该开源工具将有力推动药物发现中AI模型的优化与应用。 药物分子设计 | 构象合理性 | 深度学习, 量子力学计算 Fan Fan · … · Huang Bo · · 2026/02/07 该研究由计算化学北京石原科技黄博团队完成 Nature communications 原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-69303-5 7. PlasRAG: comprehensive plasmid characterization and retrieval through sequence-text alignment. PlasRAG实现质粒特性的全面表征与检索。质粒在耐药菌传播中起关键作用，但大量未注释质粒亟需高效的分析工具。研究开发了PlasRAG，通过序列-文本对齐模型实现了质粒DNA的精准检索与多维度属性表征。该工具克服了传统方法的局限，为应对临床耐药挑战提供了有力支持。 细菌耐药性 | 质粒表征 | 序列-文本对齐, 多模态检索 Ji Yongxin · … · Sun Yanni · · 2026/02/07 该研究由生物信息学香港城市大学孙燕妮团队完成 Genome biology 原文链接：https://doi.org/10.1186/s13059-026-03966-7 8. A reference-free pipeline for detecting shared transposable elements from pan-genomes to retrace their dynamics in a species. panREPET工具揭示转座因子在物种演化中的动态。转座因子在宿主适应中起重要作用，但缺乏无需参考基因组的泛基因组分析工具。研究开发了panREPET流程，能精准识别群体间共享的TE插入并追溯其演化历史。通过分析短柄草基因组，研究揭示了气候事件与TE爆发之间的潜在联系。 环境适应, 基因组多样性 | 转座因子 (TEs) | 泛基因组分析, 无参考基因组流程 Saidi Somia · … · Quesneville Hadi · · 2026/02/07 该研究由生物信息学法国国家农业食品与环境研究院Hadi Quesneville团队完成 Genome biology 原文链接：https://doi.org/10.1186/s13059-026-03984-5 声明：本文使用了AI进行翻译和总结

WEDNESDAY, Oct. 1, 2025 — Air pollution could be making matters worse for people with sleep apnea , according to a new study. Sleep apnea patients have more episodes of reduced or stopped breathing during their slumber in areas with heavier air pollution, researchers reported Tuesday at an European Respiratory Society meeting in Amsterdam. Further, these sleep apnea episodes increased as air became more polluted, researchers found. “We confirmed a statistically significant positive association between average long-term exposure to air pollution, specifically fine particles known as PM10, and the severity of obstructive sleep apnea,” researcher Martino Pengo , an associate professor from the University of Milano-Bicocca in Italy, said in a news release. PM10 particles are less than 10 micrometers in diameter, according to the U.S. Environmental Protection Agency. By comparison, a human hair is 50 to 70 micrometers wide. People with sleep apnea snore loudly and their breathing starts and stops during the night, disturbing their sleep. The condition is known to increase risk of high blood pressure, stroke, heart disease and type 2 diabetes, according to the Mayo Clinic . For the study, researchers tracked more than 19,000 patients with sleep apnea from 25 cities in 14 countries. The team compared the patients’ apnea data from sleep studies with records of particle pollution in the air where they live. Results showed that the number of respiratory events — breathing slowing or stopping — per hour of sleep increased by 0.41 for every one-unit increase in PM10 particle pollution. “This effect may seem small for an individual, but across entire populations it can shift many people into higher-severity categories, making it meaningful from a public health perspective,” Pengo said. Researchers also found the link between particle pollution and sleep apnea varied in strength between cities. People in Lisbon, Paris and Athens were more affected by air pollution. “In some cities, the impact was stronger; in others, it was weaker or even absent,” Pengo said. “These regional differences might be due to things like local climate, the type of pollution or even how health care systems detect obstructive sleep apnea.” Sophia Schiza , head of the European Respiratory Society’s expert group on sleep disordered breathing, said that “for people with obstructive sleep apnea, especially those living in cities with high levels of air pollution, this study is important as it suggests pollution could be making their condition worse.” The study strengthens the connection between environmental health and sleep medicine, added Schiza, a professor of pulmonology at the University of Crete in Greece who was not involved in the research. “It reminds us that tackling air pollution isn't just good for the planet, it's also vital for our lungs and our sleep quality too,” she said in a news release. Findings presented at medical meetings should be considered preliminary until published in a peer-reviewed journal. Sources European Respiratory Society, news release, Sept. 30, 2025