SparX Therapeutics, Inc.

中国的科研软件正在走向全世界，鹰谷研发的化学结构编辑器InDraw，所绘制的化学结构式和反应式，已经被包括美国化学会、Elsevier等多家国际顶级出版社接收使用。 小鹰已挖掘到，在全球发表的近百篇国际SCI科技论文期刊中，InDraw被广泛使用。举例如下： 1. 在Journal of Medicinal Chemistry上发表的论文 Design, Synthesis, and Bioactivity Evaluation of Dual-Target Inhibitors of Tubulin and Src Kinase Guided by Crystal Structure （在晶体结构指导下的微管蛋白和Src 激酶双靶点抑制剂的设计、合成及生物活性评估）. Lun Wang and et al. Journal of Medicinal Chemistry 2021, 64, 12, 8127-8141. 领域：药物化学。 Journal of Medicinal Chemistry是国际顶级药物化学期刊，影响因子8.0。 本文所有化合物2D结构由InDraw绘制。 图1.1：在文献关键图片中；化合物结构、局部区分标志（红色、虚线圈等）由InDraw绘制。 图1.2：文献方法部分；紫色矩形和黄色高亮InDraw处为使用场景描述——化合物绘制使用InDraw软件。 图1.3：InDraw绘制的化学结构和局部区分标志（红色、绿色、弧线）。 2. 在Computational and Structural Biotechnology Journal上发表的论文 ccTCM: A quantitative component and compound platform for promoting the research of traditional Chinese medicine （ccTCM:促进传统中药研究的定量成分和化合物平台）. Dongqing Yang and et al. Computational and Structural Biotechnology Journal,Volume 21,2023,Pages 5807-5817. 领域：中药、数据库、人工智能。 Computational and Structural Biotechnology，影响因子6.0，是国际AI制药权威期刊。 图2: 代表性中药（芦丁）的活性成分记录。左侧结构图由InDraw绘制，右侧分子式、分子量由InDraw计算。 3. 在Journal of Advanced Research上发表的论文 The link between deacetylation and hepatotoxicity induced by exposure to hexavalent chromium（去乙酰化与六价铬暴露引起的肝毒性之间的联系）. Qingyue Yang and et al. Journal of Advanced Research. 2021 Apr 8:35:129-140. 领域：生物学、毒理学。 Journal of Advanced Research是一份综合性研究期刊，影响因子11.4。 图3.1：文献方法部分；紫色矩形和黄色高亮InDraw处为使用场景描述——RES（Resveratrol，白藜芦醇）的3D结构下载于InDraw化合物数据库。 图3.2：RES（Resveratrol，白藜芦醇）的结构来自InDraw化合物数据库。 4. 在QSAR in Safety Evaluation and Risk Assessment上发表的论文 admetSAR—A valuable tool for assisting safety evaluation（admetSAR—辅助安全评估的宝贵工具）. Yaxin Gu and et al. QSAR in Safety Evaluation and Risk Assessment 2023, Pages 187-201. 领域：新药研发。 图4.1：admetSAR 2.0分析平台的架构和工作流。平台整合有InDraw编辑器及SMILES转换插件。 图4.2：文献方法部分；紫色矩形和黄色高亮InDraw处为使用场景描述——平台整合有InDraw编辑器及SMILES转换插件。 图4.3：InDraw编辑器在admetSAR 2.0的代表界面。 图4.4：admetSAR 2.0平台子模块ADMETopt可以帮助优化候选化合物的ADMET性质。4个代表性工作界面；其中也整合有InDraw编辑器组件。 5. 在Inorg. Chem. Front上发表的论文 Dual-targeting of the aromatase binding domain of heme and androstenedione by Pt(iv) prodrugs: a new treatment for postmenopausal breast cancer（铂IV前药对血红素和雄烯二酮芳香化酶结合域的双靶向作用：绝经后乳腺癌的新疗法）. Xiao-Meng Liu and et al.Inorg. Chem. Front., 2022,9, 3470-3483 领域：抗肿瘤药物。 图5.1：Aminoplatin-3分子的作用机制；其中化学结构、细胞膜、信号通路/流程、文字及背景色块修饰使用了InDraw软件。 图5.2：Aminoplatin等分子的合成策略（反应式），由InDraw绘制。 图5.3：InDraw绘制的结构式可以直接复制在核磁共振（NMR）分析软件中使用。 6. 在Science of the Total Environment上发表的论文 Enhancement of the degradation capacity of IsPETase for PET plastic degradation by protein engineering（通过蛋白质工程提高 IsPETase酶对聚对苯二甲酸乙二醇酯（PET）塑料的降解能力）. Yidi Liu and et al. Science of the Total Environment 834 (2022) 154947 领域：高分子/环保/酶和蛋白质工程 Science of the Total Environment是环境科学领域的顶尖期刊之一，影响因子8.2。 图6.1：可降解塑料新材料及蛋白质工程的核心概念图。InDraw被用于化学结构绘制。 图6.2：文献方法部分；紫色矩形和黄色高亮InDraw处为使用场景描述，其中3D结构绘制使用了InDraw附带的D3Pharma组件。 7. 在Food Chemistry上发表的论文 Synthesis, taste characteristics and taste mechanism of N-lactoyl leucine from soy sauce using sensory analysis and UPLC-MS/MS （利用感官分析和超高效液相色谱-质谱联用技术研究酱油中n -乳酰亮氨酸的合成、口感特征及口感机理）. Junwei Feng and et al. Food Chemistry. Volume 454, 1 October 2024, 139670 领域：食品。 Food Chemistry是食品领域的顶级期刊之一，影响因子8.5。 图7.1：文献方法部分；紫色矩形和黄色高亮InDraw处为使用场景描述——InDraw绘制了复杂的离子碎片（质谱有关）。 图7.2：InDraw绘制的质谱有关离子碎片示意图；电荷、楔形键、虚线等均可以按需要绘制，并且能以颜色区分。 8. 在Journal of Ethnopharmacology上发表的论文 Evaluation of analgesic and anti-inflammatory actions of indolealkylamines from toad venom in mice using lipidomics and molecular docking（用脂质组学和分子对接评价蟾蜍毒液中吲哚烷基胺对小鼠的镇痛和抗炎作用） Journal of Ethnopharmacology Dihui Xu and et al. 领域：生物学、药理学。 图8. Bufotenidine等结构由InDraw绘制。 总结： 在药化、药理、高分子、食品等领域，InDraw在企业界和学术界被广泛使用，支持绘制数千个结构式而不卡顿，可以进行结构式美化、理化性质计算，与微软或金山的Word/Excel/PPT通过Ctrl C/Ctrl V完美兼容，复制粘贴到Word/Excel/PPT后，生成高清的矢量图，并可双击进行重新编辑。还具备多种出版样式的选择，如ACS 1996、Adv. Synth. Catal. Document、I Draw Styles、J. Chin. Chem. Soc. Document、J. Het. Chem、J. Mol. Mod等。正因如此，InDraw结构式编辑器满足国际主流期刊的发表要求，不断被广大国内外科学家用于发表论文和专利。 InDraw的绝大部分功能均免费，满足几乎所有的化学相关研发办公和计算需求；企业版收费功能主要有：离线使用、InDraw for Exel（在Excel中：批量生成结构图、结构式搜索、打开和导出SDF文件、批量计算cLogP等）等功能，已被华为、艾力斯等公司采购使用，实现完全的国产替代。 关于鹰谷 让研发有数据、有智慧、有未来 上海鹰谷信息科技有限公司（Integle）成立于2013年，致力于为企业建立自己的研发数据库。以电子实验记录本为中心，提供电子实验记录本InELN、试剂与生物样本库存管理InWMS、科研采购管理InPMS、化合物与生物分子注册管理InCMS等数字化实验室软件，由科学家打造，拥有生物序列编辑器InSequence、结构式编辑器InDraw等工具类软件，经过10多年的迭代开发，掌握IUPAC中英文命名、化学结构高精度AI图像识别、质粒设计、引物设计等专业技术，实现国产替代，解决很多行业“卡脖子”问题。服务团队大多数为来自世界五百强、北京大学、复旦大学、上海交通大学、浙江大学等化学、生物领域的科学家和工程师，做到真正理解客户需求，为客户的业务场景提供更专业的解决方案，具备30分钟快速反馈的响应机制，让客户更安心。 目前已经服务了500 多家生物医药客户，其中包括80多家上市公司，率先出口美国，如华为、扬子江、倍特、马应龙、和记黄埔、艾力斯、人福医药、迈瑞医疗、晶泰、英矽智能、天境生物、益方生物、美国ADARx Pharmaceuticals、美国Staidson Biopharma、美国SparX Therapeutics、中科院上海神经科学研究所等企业或高校研究所。 鹰谷明星产品——电子实验记录本InELN，支持云端部署或本地私有部署，节省实验记录时间，确保记录完整准确，积累数据，提升管理效率。通过全文搜索、结构式搜索、基因序列比对、数据结构化等，便于合作者间实现网络协同、促进合作，大大提高团队工作效率，避免“一半人重复另一半人的失败”，成就“一半人复制另一半人的成功”，帮助企业50人做出100人的业绩，帮助企业采用新一代的数字化生产力工具和管理工具，在生物药物、小分子药物、医疗器械、新材料、化工、农业、食品等研发上抢占先机。 鹰谷核心工具软件——InDraw结构式编辑器，是国内首个自主研发的全功能化学结构式编辑器，旨在为化学和生物科研人员提供简单、易用的绘制化学结构式、反应式、高分子材料、生物聚合物、生物信号通路、科研素材的绘图工具，支持化学结构中文(全球首家)或英文的IUPAC命名，高精度AI化学结构式图像识别，HELM大分子分级编辑语言（用于绘制多肽、核酸、多糖、高分子材料等），兼容ChemDraw，有网页端、客户端两种版本，已被大量用于发表专利和论文，生成高质量的矢量图。 鹰谷新品工具软件——InSequence序列编辑器，对标SnapGene，由鹰谷纯自主研发，攻克分子生物学核心算法技术，可用于DNA/RNA/蛋白序列编辑，实现序列编辑器科研软件的国产替代，拥有自主知识产权，简单易用，免费下载。兼容GenBank、Addgene文件中的序列信息，支持自动标注与手动修改特征、酶切位点、引物、开放阅读框等信息，实时计算引物长度、Tm值、GC含量，高效设计引物，支持引物碱基的添加、删除与替换，支持自动翻译序列与翻译框架移动，快速分析特定的序列区域，支持收藏和管理多个序列、引物及酶组信息，支持与合作伙伴分享收藏夹内容，保持序列结构、引物、特征等信息的完整性和数据一致性，突破领域空白，持续升级迭代。 鹰谷新品工具软件——InPaper文献结构化系统，基于AI研发的专利/论文数据挖掘工具，旨在帮助化学、生物、材料等科学家们快速分析文献，实现从名称获取结构图，批量导出结构的SMILES/Mol文件，直接复制列表数据，组装构效关系等功能，还能跨多个文献进行全文搜索、结构式搜索，为大家建立一个可搜索的文献数据库。 //推荐阅读 如何使用InDraw画绚丽多彩的结构式 智能批量采集专利和期刊论文中的化学结构、生物活性和SAR数据，InPaper成功上线，限时免费试用！ 鹰谷信息，努力成为国际领先的实验室数智化供应商，让研发有数据、有智慧、有未来 对标SnapGene！再次攻克“卡脖子”技术！国内首款纯自主研发DNA/RNA/蛋白序列编辑器鹰谷InSequence正式发布！ 鹰谷喜报｜鹰谷信息入选2023年“专精特新”企业名单鹰谷InELN：携手国货药妆第一股贝泰妮子公司，助力多肽研发创新重磅！ 首创修复软骨损伤重组蛋白或将成为领域内First-in-Class！Nature Medicine发布！ 祝贺京新药业上线的鹰谷电子实验记录本成功通过第三方专业机构CSV验证 鹰谷InELN：助力宜昌人福药业数据合规建设，集成仪器物联网，实现数据自动汇交分析！ 合规案例 |和誉医药CSF-1R抑制剂Pimicotinib获美国FDA批准 硅谷滴血验癌创业公司实验造假致70亿投资款打水漂 鹰谷电子实验记录本InELN

8月29日，麦肯锡公司人员发布了一篇文章，主要分析了专注于大分子药物发现的AI公司格局，并概述了AI如何应用于大分子药物发现。doi: https://doi.org/10.1038/d41573-023-00139-0此前，在AI辅助药物研发阶段小分子一直走在大分子的前面，但随着技术的发展，AI越来越多的应用于抗体、基因疗法等。同时在肿瘤领域，预计2030年大分子药物将占据市场收入的50%，其中预计80%以上来自抗体药。目前，AI在大分子药发现中的应用包括结构预测、功能预测和新候选药物生成等方面。结构预测如AlphaFold2；功能预测如机器学习模型、计算模型、深度学习方法等。Discovery pipeline for antibody therapeutics, highlighting where traditional in silico methods and AI tools have accelerated progression.经分析，目前从事大分子药物设计的AI制药公司共82家，其中60以上的公司是在过去5年内成立的，这也体现了近几年在技术进步的推动下AI制药的发展。同时，一些成熟的制药公司正在通过收购、投资或合作等方式增强AI辅助大分子药物发现的能力，如基因泰克2021年收购Prescient Design（将机器学习应用于抗体发现）。合作事件也从2016年的10项上升至2021年的51项，如BigHat Biosciences（抗体发现）与安进、AbCellera（抗体发现）与艾伯维、MAbSilico（抗体发现）与OSE Immunotherapeutics之间的合作。就募资情况来看，2021年达到高点，共募资39亿美元，其中有27亿美元为VC投资。而2022年大幅下滑至7亿美元。比较值得注意的是，两家专注于抗体发现的公司AbCellera和Absci在2020年和2021年分别IPO募资5.55亿美元和2亿美元。专注于蛋白药物发现的公司Generate Biomedicines在2021年B轮融资3.7亿美元。从产品线情况来看，这些AI公司管线还处于早期阶段，其中有三项管线已进入II期：Evaxion 正在开发一种基于多肽的个性化癌症免疫疗法，用于治疗转移性黑色素瘤；ZielBio 正在开发一种针对实体瘤的 plectin 单克隆抗体；PharmCADD 正在开发一种候选 mRNA 疫苗，用于治疗 SARS-CoV-2。此外，还有三项资产处于I期： Peptilogics的多肽抗生素用于治疗假体周围关节感染；SparX Therapeutics的claudin 18.2 单克隆抗体用于治疗胃癌；PharmCADD 公司的另一种 mRNA 疫苗用于治疗 SARS-CoV-2。在临床前管线中，AI驱动的生物技术公司主要的开发方向是肿瘤学领域，共有8款药物。就疗法而言，临床前开发中的 RNA 疗法和多肽疗法（约占所有分子的 50%）多于抗体疗法。这可能是由于抗体设计的复杂性较高，而且缺乏可用于训练机器学习工具的功能数据。就目前情况来看，AI在大分子药物开发中的应用在逐渐增多，但大规模的应用还具有挑战。要实现AI在该领域的潜力，需要解决几个要素。首先，必须将AI模型充分融入研究过程，并对研究科学家进行适当的能力建设。通过这样做，公司可以快速训练和验证机器学习算法，同时还能克服人工智能工作中潜在的 "孤岛 "问题。例如，在使用大型语言模型对抗体亲和力进行高通量预测时，通过综合研究系统及时进行体外验证，将进一步训练和提高硅学模型的性能。其次，必须建立技术环境，如复杂的数据工程管道（整合公共和内部数据并能够自动标记）、合适的计算基础设施以及源系统建模环境的整合。这样，企业就能以一定的速度训练和完善人工智能模型，为下一次实验提供信息并加以改进。最后，需要将人工智能技术结合到药物发现之外的整个研发过程中，如试验设计和患者亚群识别等领域，以进一步提高试验效率和成功概率。细胞系产品查询投稿丨商务合作加入交流群往期推荐石药集团生物药技术平台及管线梳理减肥赛道竞争格局：一大波减肥药即将来袭荣昌生物Hibody双抗平台及ADC专利点击下方“药研网”，关注更多精彩内容

Chicago-based biopharmaceutical firm Sparx Therapeutics has announced that it is expanding its operations into Yangzhou, China, with the imminent construction of a 1.2 million square foot facility for its commercial production. The project is under a 20-year lease agreement that Sparx chief executive Gui Dong Zhu signed with the Yangzhou Economic Zone, the property's landlord. The manufacturing site is intended to hold a 400,000-square-foot cGMP cleanroom on a 10-acre parcel of land. In a statement, the firm said that the total bioreactor capacity of the facility is 80,000 liters and will be able to support the production requirements of five commercial products in parallel. It is also vast enough to accommodate the CMC needs of over 12 programs undergoing clinical trials at various development stages. The new facility will commence construction soon, as the lease was only signed July 8 and is expected to be operational by the end of 2022. "The current cGMP pilot plant is not able to meet our development needs and the planned facilities. With a total bioreactor capacity of 80,000 liters, the new site will provide sufficient quantities of drug substances and drug products to support preclinical and clinical development and, ultimately, commercial launch," Dr. Zhu was quoted as saying. Sparx is well-known for its work involving multi-specific antibody and antibody drug conjugate discovery platforms. The company uses artificial intelligence (AI) to drive its target mining engine, allowing scientists to identify cellular targets that can be best leveraged for synergistic biological activity. This is then combined with SAILING, an integrated multi-component antibody optimization system, and four ADC technologies to improve the success rate of drug development. Since its incorporation in 2018, the firm has built two technologies, LEMMAb and SMARTOP, to expedite the discovery of multi-functional biologics that show promising drug-like properties. LEMMAb is short for Linker Enhanced Mono-chained Multi-specific Antibody and is Sparx's tech platform that utilizes natural IgG with Fc to create bispecific and multi-specific antibodies for use in drug research and development. SMARTOP, Symmetric Multispecific Antibodies with Relative-affinities fine-Tuned by phage Off-rate and PH-selections, is another tech platform with similar features as LEMMAb that focuses on finding treatment solutions for tumor-related conditions. "The global pharmaceutical market is growing with strength and empowered antibody discovery is taking the center stage in driving these efforts"," added Dr. Zhu. At present, it has GMP facilities in both Chicago and China.