iCell 已发表论文(2025年10月更新)
Articles published online and citable.
ARTICLE REVIEW
01
炎症性疾病中的外泌体miRNA
Exosomal miRNAs in Inflammatory Diseases
外泌体miRNA是一类存在于外泌体中的非编码RNA分子。作为细胞间通讯载体,miRNA通过外泌体在细胞间传递信息,参与调控多种生理和病理过程。在炎症反应期间,外泌体miRNA能够调控炎症细胞的活化及炎症介质的释放,进而影响炎症性疾病的发展进程。基于其功能特性与表达变化,外泌体miRNA有望成为监测疾病进展的重要生物标志物。此外,由于外泌体能保护miRNA免遭RNase降解,针对外泌体miRNA内容物释放的靶向药物研发,为未来开发创新性靶向治疗奠定了基础。本综述聚焦外泌体miRNA领域,旨在系统梳理并掌握其在炎症疾病研究中的最新进展。
引用格式:
Guo SF, Lou XL, Yang LY, Zhou L, Hou YQ, Zheng SG. Exosomal miRNAs in Inflammatory Diseases. iCell, 2025 Apr.8;2(1).doi:10.71373/NDAN1471
原文链接: https://www.icelljoural.com/index.php/iCell/article/view/11/9
BRIEF ARTICLE
02
Nod样受体信号通路的预后意义和免疫浸润:泛癌的综合分析
Prognostic Implications and Immune Infiltration in the Nod-like receptor signaling pathway: A Comprehensive Analysis across Pan-cancer
核苷酸结合寡糖样受体(NOD)是调节炎症、肿瘤转化、血管生成、肿瘤干细胞和化疗耐药的关键分子。本研究旨在评估NOD信号在不同癌症类型中的预后意义及其与免疫浸润的关系。本文通过整合TCGA中与NOD信号通路相关的基因表达数据与临床数据,采用单因素Cox回归分析、多因素Cox回归分析和Kaplan-Meier分析筛选出NOD通路中的预后相关基因。TRAF5是多种癌症类型中的重要预后基因,突变分析表明,携带TRAF5突变的患者生存率降低。免疫浸润分析显示,高危组和低危组效应记忆CD8+T细胞和未成熟B细胞存在差异,提示存在潜在的药物靶点。单细胞分析强调,在原发灶和转移灶组织中,TXN过表达均与患者存活率降低有关。结论:NOD信号通路(特别是TRAF5)在各种癌症类型的预后中起着关键作用。免疫浸润差异提供了治疗机会,而TXN则是新型抗癌治疗的潜在靶点。
引用格式:
Meng QX, Que TC, Yan TY, Liu ZJ, Wei HL, Xie B, Liang BY, Li W, Zhang D, Jiang NL, Wang HF, Liu WJ, Hu YL. Prognostic Implications and Immune Infiltration in the Nod-like receptor signaling pathway: A Comprehensive Analysis across Pan-cancer. iCell, 2024 Nov.1;1(1).doi:10.71373/ZAGA861
原文链接:https://www.icelljournal.com/index.php/iCell/article/view/2/1
ARTICLE REVIEW
03
RNA病毒介导的肿瘤发生机制
The Mechanism of RNA Virus-mediated Tumorigenesis
各种RNA病毒可导致肿瘤发生。由于这些病毒属于不同的属,它们进化出不同的肿瘤发生机制,在关键的癌蛋白、癌基因和宿主因子之间具有独特的相互作用。本文综述了两种已知的人类RNA肿瘤病毒(HTLV-1、HCV)的致瘤机制,并探讨了同为RNA病毒的SARS-CoV-2的潜在致瘤作用。
引用格式:
Chen HB , Meng J, Lin LZ. The Mechanism of RNA Virus-mediated Tumorigenesis. iCell, 2024 Nov.1; 1(1). doi:10.71373/XEWE3812
原文链接:https://www.icelljournal.com/index.php/iCell/article/view/4/5
BRIEF ARTICLE
04
TGDD:基于基因组学的肿瘤治疗药物数据库
TGDD: A Genomics-Based Database for Tumor Treatment Drugs
随着癌症基因组学的进步,精准医学越来越多地应用于癌症治疗。然而,基因突变相关信息的碎片化和缺乏标准化的解释工具对其有效实施和临床决策提出了重大挑战。为了应对这些挑战,我们开发了肿瘤基因组药物数据库(TGDD),这是一个全面的基于基因组学的癌症药物治疗资源。它整合了来自已建立的癌症知识库(如CIViC、COSMIC和OncoKB)的基因、分子特征、癌症类型和治疗药物的数据,提供了统一和标准化的临床支持工具。目前,它包含19,557个条目,包括391个基因数据集,525种癌症类型,5,322种药物组合和8,109个突变坐标。该资源帮助临床医生制定个性化治疗计划,并支持癌症研究和药物开发。
引用格式:
Li W, Xiong ZN, He KM, Zhang ZN, Wei HL, Meng QX, Yan TY, He YX, Pan XY, Yanling Hu. TGDD: A Genomics-Based Database for Tumor Treatment Drugs. iCell, 2024 Nov.1; 1(1). doi:10.71373/UYBT8671
原文链接:https://www.icelljournal.com/index.php/iCell/article/view/3/2
ARTICLE REVIEW
05
RNA结合蛋白:生物学机制及其对骨质疏松症发展的影响
RNA-Binding Proteins: Biological Mechanisms and Their Impact on Osteoporosis Development
骨质疏松症是一种常见的骨病,其特征是骨量减少和骨折风险增加,主要是由成骨细胞和破骨细胞活性失衡引起的。最近的研究强调了rna结合蛋白(rbp)在骨代谢调控中的关键作用,特别是在成骨细胞和破骨细胞功能中。这些蛋白质也与其他骨骼疾病有关,表明它们对骨骼健康有更广泛的影响。本文综述了rbp影响骨细胞的分子机制,讨论了它们作为骨质疏松症治疗靶点的潜力。
引用格式:
Lin LZ, Xu PJ, Tan RX, Li DT, Mo YZ. RNA-Binding Proteins: Biological Mechanisms and Their Impact on Osteoporosis Development. iCell, 2024 Nov.1; 1(1). doi: 10.71373/LIGH9788
原文链接:https://www.icelljournal.com/index.php/iCell/article/view/6/7
BRIEF ARTICLE
06
用于鉴定mRNA 疫苗开发中肿瘤抗原和免疫亚型的泛癌分析
Pan-Cancer Analysis for Identification of Tumor Antigens and Immune Subtypes in mRNA Vaccine Development
疫苗免疫疗法被证实对多种癌症有效,但迄今为止仍缺乏针对许多癌症类型的疫苗。本研究的目的在于筛选可用于研发泛癌种mRNA疫苗的潜在肿瘤抗原,并绘制泛癌免疫图谱,以选择合适的患者接种疫苗。本文通过收集中国胶质瘤基因组图谱(CGGA)和癌症基因组图谱(TCGA)的归一化基因表达数据和临床数据。采用基因表达谱交互分析2.0版本分析癌基因的差异表达,计算每个所选抗原的预后指数。通过cBioPortal可视化TCGA数据中潜在肿瘤抗原的基因改变,利用TIMER分析和可视化免疫浸润与已鉴定出的有效抗原表达水平之间的关联。采用一致性矩阵分析确定相应基因模块及免疫亚型;通过单因素和多因素Cox回归分析及对数秩检验,评估胶质母细胞瘤(GBM)免疫亚型的预后差异,利用Monocle软件包的降维功能,可视化TCGA和CGGA患者中免疫亚型的分布情况。结果发现,在GBM中,七种肿瘤抗原(DIRAS3、EGFLAM、FUCA1、LILRB2、MPZL2、OSMR和STC1)被确定为开发抗GBM mRNA疫苗的潜在候选抗原。根据免疫基因表达谱,将GBM分为4种免疫亚型(IS1-IS4)。IS1和IS4为免疫“热”型,意味着这类亚型的患者更有可能从疫苗治疗中受益。此外,还鉴定出6个免疫中枢基因(CLCF1、CD54、SOCS3、PLAUR、LIF和BCL3)可被作为GBM疫苗有效性的潜在生物标志物。
引用格式:
Lin Y, Xu XY, Liu ZY , Chen HB , Bao Y , Meng J, Li Z, An SQ, Li YQ, Hu XP, Chu JM. Pan-Cancer Analysis for Identification of Tumor Antigens and Immune Subtypes in mRNA Vaccine Development. iCell, 2024 Nov.1; 1(1). doi: 10.71373/FEHU5094
原文链接:https://www.icelljournal.com/index.php/iCell/article/view/5/6
ARTICLE REVIEW
07
长新冠:现状、挑战和未来方向
Long COVID: Current Status, Challenges and Future Directions
长新冠是指新型冠状病毒感染者在感染后出现的持续性症状和健康问题。随着疫情的持续,长新冠相关研究逐渐成为全球医学界关注的焦点。目前的研究表明,长新冠的发病机制可能与免疫反应、炎症反应、神经损伤、微血管病变等因素密切相关。临床表现多样,包括但不限于疲劳、呼吸困难、认知障碍和心理健康问题。流行病学研究显示,不同人群的长新冠发病率存在显著异常,且其影响具有长期性,会严重损害患者的生活质量。目前,长新冠的诊断方法仍在探索阶段,常用评估工具包括临床访谈和问卷调查。在治疗策略方面,虽然目前还没有特异性治疗手段,但包括症状缓解、康复训练和心理支持在内的综合管理方法已显示出一定的效果。本文通过对最新研究成果的分析,旨在为临床实践和未来研究提供参考,促进对长新冠的进一步认识和应对。
引用格式:
Xu QQ, Huang LL, Huang TT, Liao YQ, He SL, Hu YL, Lv JN, Zhang YL. Long COVID: Current Status, Challenges and Future Directions. iCell, 2024 Nov.1; 1(1). doi: 10.71373/ELJT3204
原文链接:https://www.icelljournal.com/index.php/iCell/article/view/7/8
BRIEF ARTICLE
08
人内源性逆转录病毒的注释与靶点分析
Annotation and target analysis of human endogenous retroviruses
内源性逆转录病毒(ERVs)是人类基因组中重要的调控元件,可通过长末端重复序列(LTR)和编码区(gag, pol, env)参与宿主基因表达调控和疾病进展。本文基于隐式Markov模型,整合LTRharvest和LTRdigest软件,结合55个ERV相关蛋白结构域数据库,对人类基因组(GRCh38.p14)中的ERVs元件进行系统注释,并通过STRING、GO和KEGG分析了它们的潜在靶点和功能。共鉴定出47666条 HERVs 候选序列(占基因组的11.05%),其中605条结构完整,主要集中在1号和3号染色体上。结果表明,在三种蛋白质结构中,env占比最低。筛选LTR上下游20kb范围内的潜在靶基因,发现组蛋白家族基因H4C6、H2BC12以及免疫相关基因TLR2、CCR5等核心靶基因,可通过染色质重塑或免疫途径参与疾病调控。富集结果显示,这些靶标与核小体组装、先天免疫应答及癌症相关通路(单纯疱疹病毒感染、系统性红斑狼疮)显著相关。结论:本研究构建了一个全面的HERVs注释数据库,揭示了LTR的潜在调控能力,为HERVs在癌症、自身免疫性疾病及进化研究中的应用提供理论依据,也为靶向治疗策略的开发奠定基础。
引用格式:
Wei HL, Liang BY, Jiang CL, Lyu TW, Li W, Meng QX, Yan TY, Pan XY, He YX, Zhou JP, Hu YL. Annotation and target analysis of human endogenous retroviruses. iCell, 2025 May.14; 2(1). doi: 10.71373/PVSC2027
原文链接:https://www.icelljournal.com/index.php/iCell/article/view/12/12
ARTICLE REVIEW
09
从虚拟细胞挑战到虚拟器官:导航医疗人工智能模型的深水区
From Virtual Cell Challenge to Virtual Organs: Navigating the Deep Waters of Medical AI Models
单细胞分析和人工智能的最新进展使虚拟细胞的构建成为可能,这些计算实体以前所未有的分辨率模拟细胞状态和反应。“虚拟细胞世界挑战赛”等项目突出了大型人工智能模型的潜力,使其从注释转向预测和生成模拟。然而,下一个前沿领域在于从虚拟细胞到虚拟器官的跨越,其中数千种细胞类型在空间、时间和生物物理维度上相互作用。这种转变面临多项重大挑战:细胞图谱不完整、空间与纵向数据整合有限、跨尺度建模难度大,以及缺乏可靠的验证框架。克服这些障碍,需将生物学先验知识嵌入基础模型,开发多模态集成策略,并采用基于图的混合力学统计方法。数字孪生(器官或患者特异性复制品)的出现说明了虚拟器官模型如何为药物研发、毒性预测和精准医疗指导方面发挥作用。最终,从虚拟细胞到虚拟器官的发展路径,指向构建“虚拟人类”的愿景,使大规模的计算机实验成为可能。实现这一目标不仅需要技术突破,还需要协作验证,确保医疗人工智能在这些深水区导航,走向安全和变革性的临床应用。
引用格式:
Qin HS , An SQ, Liang SY, Qu JP, Liang LX, Luo ZY, Kuang XC, Sun XY, Liu ZY. From Virtual Cell Challenge to Virtual Organs: Navigating the Deep Waters of Medical AI Models. iCell, 2025 Sep.5; 2(1). doi: 10.71373/IQHA9494
原文链接:https://www.icelljournal.com/index.php/iCell/article/view/22/30
BRIEF ARTICLE
10
揭示PAM 作为透明细胞肾细胞癌的预后生物标志物和治疗靶点
Revealing PAM as a Prognostic Biomarker and Therapeutic Target in Clear Cell Renal Cell Carcinoma
越来越多的证据表明,肽酰甘氨酸α-酰胺化单加氧酶(PAM)参与了重要的生理和病理过程,包括癌症的发生和进展。然而,PAM介导的通路在透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中的确切作用仍然知之甚少。阐明PAM在ccRCC中的作用可能会对该疾病的发病机制提供新的见解,并提出潜在的治疗策略。本文利用来自UK Biobank的全基因组关联研究(GWAS)数据和全血eQTL数据,筛选与ccRCC相关基因,并将PAM鉴定为潜在的致癌基因。通过差异表达、预后、基因组和甲基化分析等生物信息学方法,明确PAM在ccRCC中的作用。此外,通过基因集富集分析探索 PAM的功能通路,并评估了PAM表达、免疫细胞浸润和免疫治疗反应之间的关系。随后,进行体外肿瘤表型实验,如细胞活力,伤口愈合和改良Boyden室试验,以验证生物信息学预测。研究结果显示,与癌旁正常组织相比,ccRCC组织中PAM表达水平显著升高,且其高表达与ccRCC患者无病生存期缩短有关。在ccRCC中检测到基因扩增等基因组改变,PAM表达与多种癌症途径相关。在ccRCC中,PAM的表达与免疫细胞浸润呈正相关,与免疫细胞功能呈负相关。体外功能实验显示,PAM下调可降低ccRCC细胞的增殖和迁移能力。本研究证实,PAM可作为ccRCC潜在的预后生物标志物和治疗靶点。
引用格式:
Wang XY, Wu HH, Gao Y, Liu HR, Zhang YJ, Duan C, Mao XM, Yao XY, Liu K, Li B, Xu ZZ, Li YH, Gong Y, Xu H.
Revealing PAM as a Prognostic Biomarker and Therapeutic Target in Clear Cell Renal Cell Carcinoma. iCell, 2025 Jun.4;2(1).doi: 10.71373/YASO5977
原文链接:https://www.icelljournal.com/index.php/iCell/article/view/10/14
BRIEF ARTICLE
11
白藜芦醇低聚物反式木质素H促进活性氧生成和载体降解抑制癌细胞活力
Resveratrol Oligomers Trans-gnetin H Promotes Reactive Oxygen Species Generation and Rictor Degradation to Suppress Cancer Cell Viability
白藜芦醇的抗氧化功能在于清除体内活性氧(ROS),其对细胞活性的影响已被广泛报道。然而,目前关于反式木质素H对细胞影响的研究尚不充分,是否具有与白藜芦醇相同的生理功能也尚未确定。本研究试图通过研究反式木质素H对多种癌细胞中活性氧、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)、细胞活力、自噬和铁下垂的影响来回答这个问题。结果发现,反式木质素H可调节细胞活力、细胞增殖和自噬,但不影响铁下垂。分子实验表明,这些作用是通过ROS依赖的方式显著促进ROS的产生和抑制mTOR的激活来实现的。进一步的机制实验表明,反式木质素H通过诱导fbxw7介导的泛素化和mTORC2关键成分Rictor的降解来抑制mTOR的激活。因此,反式木质素H似乎通过一种涉及ROS-Rictor信号轴的新型调控机制,通过抑制mTORC1和mTORC2通路的激活来控制肿瘤细胞的活力。
引用格式:
Lou SY, Zhang RX, Xia C, Zheng YN, Zhu MM, Feng DP, Deng L. Resveratrol Oligomers Trans-gnetin H Promotes Reactive Oxygen Species Generation and Rictor Degradation to Suppress Cancer Cell Viability. iCell, 2025 Aug.26;2(1). doi: 10.71373/UGHK9221
原文链接:https://www.icelljournal.com/index.php/iCell/article/view/20/27
BRIEF ARTICLE
12
JNK1下调赋予成纤维细胞乳腺上皮细胞的命运
JNK1 downregulation confers fibroblasts with a mammary epithelial cell fate
细胞的命运从根本上是由其特定的转录模式决定,这些模式决定了细胞的身份和分化途径。此前,在我们的研究中,我们证明了包含单小分子TGFβR1抑制剂RepSox(R)的化学混合物能够通过有效下调TGFβR1表达,诱导转录模式的显著变化,并将体细胞重编程为化学诱导的乳房上皮细胞(R-iMECs)。然而,这种重编程的化学诱导的潜在分子机制仍不清楚且定义不明确,限制了其更广泛的应用。在此,为了解决这一空白,我们采用了全面的单细胞测序(scRNA-seq和scATAC-seq),系统地揭示了RepSox诱导的重编程事件,并绘制了详细的分子轨迹。重要的是,我们的综合分析表明,TGFβR1信号通路中的关键下游基因JNK1的表达在R-iMECs的转化中起着不可或缺的作用。因此,TGFβR1-JNK1信号级联可能作为成纤维细胞到乳腺上皮细胞命运决定的关键调节剂,通过转录调节协调细胞转变。这些发现为乳腺上皮细胞命运决定的复杂过程提供了有价值的机制见解,并可能为开发新型、有高效的体外大规模功能性泌乳乳腺细胞生成策略铺平道路,同时也有助于在体内进行靶向乳腺再生和修复,以推动治疗进展。
引用格式:
Zhang DD, Qin LS, Liu QH, Deng S, Lei ZG, Sun LF, Pan H, Wang GD, Wang ZQ, Yuang X, Huang B. JNK1 downregulation confers fibroblasts with a mammary epithelial cell fate. iCell, 2025 Oct.24; 2(1). doi:10.71373/PMKJ7669
原文链接:https://www.icelljournal.com/index.php/iCell/article/view/18/32
iCell是一本致力于探索细胞生物学和生物医学进步的动态世界的前沿期刊。在本期杂志中,我们汇集了一系列开创性的研究,这些研究突破了我们对细胞机制、生物学人工智能和治疗创新的理解界限。从对基因调控的新见解到精准医学的变革性技术,iCell 为思想领袖和创新者提供了一个分享其开创性发现的平台。
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