近日,上海药物研究所徐石林团队与郑明月、张素林团队在药物化学期刊Journal of Medicinal Chemistry上发表题为《Furo[2,3-f]quinazolin-7(6H)-one Derivatives as Potent, Selective, and Orally Bioavailable MAT2A Inhibitors for MTAP-Deficient Cancer Therapy》的研究论文,报道了一系列具有高活性、高选择性及良好口服生物利用度的三环呋喃并喹唑啉酮类MAT2A小分子抑制剂,其中化合物18(ZS34)在临床前研究中展现出优异的抗肿瘤效果与安全性,有望成为治疗MTAP缺失型肿瘤的候选药物。
一分钟速览研究背景
在肿瘤精准治疗领域,“合成致死”(Synthetic Lethality)是一种能够精准杀伤肿瘤细胞的理想策略。其核心在于:当两个基因中的一个失活时,细胞仍能存活;但两个基因同时失活就会导致肿瘤细胞死亡。
MAT2A(蛋氨酸腺苷转移酶2A)——作为催化S-腺苷甲硫氨酸(SAM)合成的关键酶,是近年来备受瞩目的新兴合成致死靶点。其合成致死效应与MTAP(甲基硫腺苷磷酸化酶)蛋白功能密切相关。在约15%的人类肿瘤中,MTAP基因发生缺失,进而引起MTAP蛋白功能的抑制,导致其底物MTA(5'-甲基硫腺苷)在细胞内大量累积。这些累积的MTA会与维持细胞存活与增殖所必需的关键蛋白PRMT5(蛋白精氨酸甲基转移酶5)的底物SAM竞争结合,从而干扰PRMT5的甲基转移酶功能。因此,MTAP缺失的癌细胞对于MAT2A蛋白功能的抑制更加敏感,如果MTAP缺失的癌细胞中的MAT2A蛋白功能失活,则会降低癌细胞中SAM水平,从而导致MTA对于PRMT5蛋白功能的完全抑制,进而杀伤肿瘤细胞。研究内容
1. 药物设计策略
基于先导化合物AZ-28与MAT2A的共晶结构,团队在喹唑啉酮母核的5,6位引入呋喃环,构建了新颖的三环骨架。
2. 构效关系
通过酶活性和选择性筛选,结合分子模拟对接,系统优化取代基团,最终通过优势片段组合,获得了酶抑制活性IC50值为13 nM的强效抑制剂18(ZS34)。
3. 体外药效验证
候选分子ZS34对HCT116 MTAP⁻/⁻细胞的抗增殖活性(IC50 = 124 nM),显著优于AZ-28(IC50 = 616 nM),且对野生型细胞几乎无毒性(IC50 >10000 nM),选择性指数>80,展现出优异的“合成致死”特性。该选择性在多个天然MTAP缺失的癌细胞系中得到进一步验证,并证实其能剂量依赖性地降低细胞内SAM、SDMA水平,并诱导DNA损伤。
4. 体内药效验证
ZS34展现出优异的成药性,在HCT116 MTAP⁻/⁻移植瘤模型中,疗效显著优于临床化合物AG-270。
5. 安全性评估
初步安全性数据显示ZS34对hERG和UGT1A1没有明显抑制作用,在急性毒性实验中,化合物在400 mg/kg的剂量下给药也未造成小鼠死亡。研究总结
本研究针对MTAP缺失肿瘤,通过结构优化设计出新型MAT2A抑制剂ZS34。该化合物在酶和细胞水平均表现出纳摩尔级高活性与优异选择性(SI>80)。其口服生物利用度优秀,在动物模型中强效抑瘤(TGI=89%)且未显示明显毒性,心脏与肝毒性风险低,是具有开发潜力的候选药物。详细阅读1. 1. 研究背景
甲硫氨酸腺苷转移酶2A(MAT2A)是甲硫氨酸循环中的关键限速酶,主要负责催化甲硫氨酸与ATP合成S-腺苷甲硫氨酸(SAM)——一种广泛存在于生物体内的通用甲基供体。MAT2A在表观遗传修饰和细胞代谢中具有核心作用,且在结直肠癌、胃癌、肝细胞癌及胶质瘤等恶性肿瘤中常出现功能异常。近年来,随着研究发现MAT2A与甲硫腺苷磷酸化酶(MTAP)在癌细胞中存在“合成致死”效应,该酶已成为药物研发的重要靶点[1]。MTAP作为甲硫氨酸回收通路中的唯一代谢酶,可催化5’-甲硫腺苷(MTA)分解并再生甲硫氨酸。值得注意的是,约15%的人类癌症存在MTAP基因缺失,这种缺失往往导致患者预后不良[2]。目前针对MTAP缺失型实体瘤,美国FDA尚未批准任何特异性疗法。
在MTAP缺失的癌细胞中,MTAP功能丧失导致MTA在细胞内积聚,进而竞争性抑制依赖SAM的PRMT5的活性。这种对PRMT5的抑制使得MTAP缺失癌细胞对MAT2A抑制产生独特的敏感性。因此,通过药物手段抑制MAT2A活性,已成为治疗MTAP缺失型癌症极具前景的治疗策略。MAT2A抑制剂研发历程经历了多个阶段。早期的底物竞争性抑制剂因效力和选择性不足而受限。2017年,辉瑞报道了首个变构MAT2A抑制剂PF-9366,开启了新的研究方向[3]。Agios公司开发的AG-270成为首个进入临床试验的口服MAT2A抑制剂,虽展现出良好疗效,但因潜在的毒性于2023年终止研发[4]。此后,阿斯利康通过片段筛选获得了喹唑啉酮衍生物AZ-28[5],Ideaya公司的IDE397在早期临床中也显示出应用前景[6]。目前还有多个候选药物处于临床研究阶段,包括S095035、ISM3412和SYH-2039等[7-9]。
尽管研发进展显著,目前尚无MAT2A抑制剂获得上市批准。现有候选药物仍面临效力不足、选择性有限或毒副作用等挑战。因此,开发兼具高效力、高选择性和良好安全性的新型MAT2A抑制剂,仍然是满足MTAP缺失肿瘤临床治疗需求的迫切任务,也是当前药物研发的重要方向。2. 药物设计
作者以具有良好酶活性的AZ-28为起点,通过分析其与MAT2A的共晶结构(PDB: 7BHV),发现该分子通过三组关键相互作用结合于变构口袋:喹唑啉酮核心与Phe20/Trp274的π-π堆积、与Phe333的CH-π作用,以及嘧啶酮与Arg313的双齿氢键。
基于结构分析,作者在喹唑啉酮5,6位引入呋喃环构建三环骨架(化合物9),期望与Phe18形成额外π-π堆积以提升活性。然而该改造导致活性显著下降(IC50从41.9 nM降至1264 nM),推测是呋喃环引入导致二面角改变,增加了空间位阻。
通过去除一个甲基获得化合物10,其活性恢复至38.6 nM。分子对接证实,该优化使呋喃环与Phe18形成了预期的π-π堆积,同时甲基胺与呋喃氧形成分子内氢键,稳定了优势构象。这一成功改造为后续系统的构效关系研究奠定了基础。
图1. 基于结构的MAT2A抑制剂设计3. 构效关系
第一轮优化:确立R1位优势片段
研究团队首先对R1位进行结构优化(表1)。结果表明,该位置对空间体积高度敏感:小体积甲基(化合物10)和乙基能保持优异活性;而环丙基、丙基等稍大基团会导致活性下降;氧杂环丁烷或芳香基团则使活性显著降低。以上结果明确了小体积烷基为该位置的优势基团,最终甲基被选择作为后续优化的基础。
表1. 针对化合物9-16的MAT2A酶抑制活性测定
第二轮优化:发现R3位关键优势片段——邻位甲基
在第二轮结构优化中,本研究针对R3位开展了系统性拓展(表2)。其中,邻位取代效应最为显著:2-吡啶取代(化合物17)导致活性急剧下降,而邻位甲基(化合物18)则实现活性提升,将活性提升至13.7 nM,成为该轮最重要的优势片段。在间位取代中,3-吡啶(化合物22)与氟原子等基团(化合物25)可维持活性,但甲基与甲氧基(化合物24,25)反而产生负面影响。在对位取代基上引入的取代基均导致活性大幅下降,提示该位置不宜引入取代基团。
表2. 针对化合物17-33的MAT2A酶抑制活性测定
第三轮优化:探索R4位以及组合R3位点的优势基团
本研究尝试将R4位的Cl替换为它基团(Br、CF3、Me、OMe),发现Br(化合物34)和CF3(化合物35)能略微提升或保持活性(表3)。之后作者进行了优势片段的组合,将最优的R3基团(如邻位甲基)与改良的R4基团(Br或CF3)结合,得到了化合物38-45。这些化合物均表现出较高的酶抑制活性(IC50在14.0-35.6 nM)。作者进一步评价了酶活性较好化合物的细胞活性和选择性(表4),结果表明化合物18(ZS34)和38表现最优的细胞活性和选择性,鉴于SZ34更低的hERG抑制活性,以及其对UGT1A1没有抑制活性,该化合物被选为本文最终化合物进行进一步生物活性评价。
表3. 针对化合物34-45的MAT2A酶抑制活性测定
表4. MAT2A抑制剂对细胞生长的抑制作用
4. 化合物细胞水平活性研究以及相关机制研究
①化合物18对天然MTAP缺失癌细胞的选择性抗增殖活性
为验证化合物18对MTAP缺失癌细胞的抑制活性,研究团队在多株癌细胞中评估其抗增殖效果(表5)。结果显示:在MTAP缺失细胞系中,化合物18表现出强效抗增殖活性(IC50为1.70-386 nM),显著优于阳性对照AZ-28;而在MTAP正常细胞中,其活性极弱(IC50 > 10,000 nM),且选择性远优于AZ-28。这些发现证实化合物18的抗增殖活性与MTAP缺失状态密切相关,展现出对MTAP缺失癌症的理想选择性。
表5. MAT2A抑制剂对天然MTAP缺失癌细胞抑制作用
②化合物18抗肿瘤作用的机制研究
研究表明,化合物18通过抑制MAT2A发挥其选择性抗肿瘤作用。在MTAP缺失的HCT116细胞中,该化合物能剂量依赖性地抑制MAT2A合成SAM(IC50 = 5.3 nM),效力较AZ-28强约10倍;同时显著抑制PRMT5甲基化底物SDMA的生成(IC50 = 5.7 nM),效力较AZ-28强44倍,且在野生型细胞中无此效应(图2)。此外,化合物18可特异性诱导MTAP缺失细胞中的DNA损伤标志物γH2AX表达升高,而在野生型细胞中无此现象。这些发现揭示了化合物18通过抑制MAT2A-SAM-PRMT5轴并选择性诱导DNA损伤,从而实现对MTAP缺失癌细胞的特异性杀伤作用。
图2. 化合物18抑制癌细胞增殖的作用机制5. 化合物18的代谢稳定性与药代动力学特征
肝微粒体实验显示(表6),化合物18在小鼠肝微粒体中具中等代谢稳定性,而在大鼠和人类肝微粒体中稳定性显著提升。在小鼠体内药代研究中,其口服生物利用度优秀,半衰期为2.53小时,达峰血药浓度8049 ng/mL,血浆暴露量达17549 ng·h/mL,展现出优异的药代动力学特性。
表6. 化合物18的肝微粒体稳定性与小鼠体内药代动力学特征
6. 化合物18的体内抗肿瘤活性与安全性评价
在ICR小鼠中,单次口服400 mg/kg化合物14天未见死亡或体重下降,显示化合物18具有良好安全性(图3)。在HCT116 MTAP⁻/⁻移植瘤模型中,每日口服10和30 mg/kg的化合物18,肿瘤抑制率分别达57.3%和89.0%,显著优于临床候选药AG-270(50 mg/kg,抑瘤率43.4%),且高剂量组呈现肿瘤消退趋势。小鼠在治疗期间未引起明显体重降低,且小鼠的肿瘤组织中SAM水平显著下降,证实化合物18通过MAT2A抑制发挥强效抗肿瘤作用,兼具良好安全性。
图3. 化合物18的毒性特征及体内抗肿瘤活性7. 总结
本研究通过基于结构的药物设计,成功开发了一系列呋喃[2,3-f]喹唑啉-7(6H)-酮衍生物作为MAT2A抑制剂。其中化合物18(ZS34)展现出最优的活性:在酶水平IC50达13.7 nM;对HCT116 MTAP⁻/⁻细胞抗增殖活性(IC50 = 124 nM)显著优于AZ-28(IC50 = 616 nM),且对野生型细胞选择性指数>80;能有效抑制多种天然MTAP缺失癌细胞的生长。机制研究表明其通过降低SAM、SDMA水平并诱导DNA损伤发挥特异性抗肿瘤作用。
该化合物还表现出较好的安全性:hERG(IC50 > 40 μM)和UGT1A1(IC50 > 100 μM)抑制风险极低,具有良好代谢稳定性和高口服生物利用度。在体内模型中,口服给药能强效抑制肿瘤生长且无可见毒性。现有数据表明ZS34可以作为治疗MTAP缺失癌症的候选药物,并进行后续开发。
表7. 化合物ZS34与代表性MAT2A抑制剂对比
上海药物研究所研究生施咨含以及联合培养研究生林可欣、林立洁、陈智溢为本文的共同第一作者。上海药物研究所徐石林研究员、郑明月研究员以及张素林研究员为论文通讯作者。本研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、中科院青年创新促进会项目等的资助。
参考文献
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[7]NCT06188702. S095035 as a single agent and in combination in adult participants with advanced or metastatic solid tumors with deletion of MTAP. Available at: https://clinicaltrials.gov/study/NCT06188702. Accessed October 4, 2025.
[8]NCT06414460. Study of ISM3412 in participants with locally advanced/metastatic solid tumors. Available at: https://clinicaltrials.gov/study/NCT06414460. Accessed October 4, 2025.
[9]NCT06568614. Study of SYH2039 in participants with advanced solid tumors. Available at: https://clinicaltrials.gov/study/NCT06568614. Accessed October 4, 2025.原文链接
Zihan Shi, Kexin Lin, Lijie Lin, et al. Furo[2,3-f]quinazolin-7(6H)-one Derivatives as Potent, Selective, and Orally Bioavailable MAT2A Inhibitors for MTAP-Deficient Cancer Therapy. Journal of Medicinal Chemistry, 2025, Doi: 10.1021/acs.jmedchem.5c02062.(点击下方阅读原文跳转)