单细胞组学
1. Systems mapping of intra-donor, cross-tissue T cell clonal expansion and tissue adaptation in the gut-liver-blood axis.
肠-肝-血轴中T细胞克隆扩增与组织适应的系统图谱研究。肠-肝轴是关键的免疫界面，但跨组织塑造T细胞适应和克隆扩增的因素尚不明确。研究通过对同一供体的多组织T细胞进行单细胞测序，揭示了组织驻留T细胞的转录分化及克隆演化规律。该研究提供了人类肠-肝-血轴T细胞多样性的单供体图谱，为理解跨器官免疫反应提供了参考。
肠-肝轴免疫 | T细胞克隆扩增, 组织驻留记忆T细胞 | 单细胞RNA测序, TCR测序
Ran Ran · … · Trapecar Martin · · 2026/01/29
该研究由免疫学约翰霍普金斯大学Trapecar Martin团队完成 Cell reports
原文链接：https://doi.org/10.1016/j.celrep.2025.116916
2. MAP4K2 suppresses antitumor immunity in a pancreatic cancer model by promoting Treg differentiation.
1.MAP4K2通过促进Treg分化抑制抗肿瘤免疫。2. MAP4K家族在免疫调节中作用关键，但MAP4K2在胰腺癌免疫逃逸中的具体机制尚不明确。3. 研究发现MAP4K2通过磷酸化DDX39B促进Foxp3剪接和Treg分化，敲除该基因可增强抗PD-1疗效。4. 该研究揭示了胰腺癌免疫抑制的新机制，为联合免疫治疗提供了新思路。
胰腺癌, 免疫逃逸 | MAP4K2, Treg分化, DDX39B | 单细胞RNA测序, 基因敲除小鼠
Chuang Huai-Chia · … · Tan Tse-Hua · · 2026/01/29
该研究由免疫学国家卫生研究院(台湾)Tse-Hua Tan团队完成 The Journal of clinical investigation
原文链接：https://doi.org/10.1172/JCI196379
3. Cross-species cellular mapping and humanization of Fcγ receptors to advance antibody modeling.
人源化Fcγ受体小鼠模型助力抗体药物研发。Fc受体介导抗体效应功能，但物种间Fcγ受体表达差异限制了临床前模型的转化效率。本研究通过跨物种细胞图谱分析，构建了替换小鼠受体并包含人源FcRn的人源化Fcγ受体小鼠模型。该模型能更真实地模拟人体Fcγ受体表达，显著提升抗体类药物的临床前评价精度。
抗体效应功能 | Fcγ受体, FcRn | 人源化小鼠模型, 跨物种细胞图谱
Van Damme Karel F A · … · Lambrecht Bart N · · 2026/01/30
该研究由黏膜免疫学VIB-UGent炎症研究中心Lambrecht Bart N团队完成 Science immunology
原文链接：https://doi.org/10.1126/sciimmunol.ady7328
4. Single-cell Aging Clocks: A Precision Tool for Dissecting and Targeting the Aging Process.
单细胞衰老时钟：精准剖析衰老过程。传统的组织水平衰老时钟掩盖了细胞异质性，而高分辨率单细胞技术使精准测量生物年龄成为可能。本文综述了单细胞衰老时钟的计算基础及其揭示的“马赛克衰老”和衰老可塑性等生物学见解。这些工具将衰老视为受控且可干预的程序，为开发下一代精准干预手段奠定了基础。
生物学年龄测量 | 细胞异质性, 衰老可塑性 | 单细胞衰老时钟
Hao Yuduo · … · Lin Hao · · 2026/01/28
该研究由生物信息学电子科技大学林昊团队完成 Ageing research reviews
原文链接：https://doi.org/10.1016/j.arr.2026.103040
空间组学
1. Spatially resolved molecular sex differences at single-cell resolution in the adult human ventromedial and arcuate hypothalamus.
成年人下丘脑腹内侧和弓状核的空间单细胞分子性别差异图谱。下丘脑调节性别差异化功能，但人类该区域的分子和空间特征相较于啮齿类动物仍知之甚少。研究构建了人类ARC和VMH的空间单细胞图谱，识别出与性别偏向性疾病相关的神经元群体及基因表达差异。该分子图谱为理解神经发育和精神疾病中的性别差异提供了重要的机械论基础。
性别差异 | 下丘脑, 性别偏向性疾病基因 | 空间转录组学, 单细胞测序
Mulvey Bernard · … · Maynard Kristen R · · 2026/01/28
该研究由神经科学Lieber脑发育研究所Maynard Kristen R团队完成 Cell reports
原文链接：https://doi.org/10.1016/j.celrep.2025.116877
2. Lymph node colonization induces tissue remodeling via immunosuppressive fibroblast-myeloid cell niches supporting metastatic tolerance.
淋巴结定植通过构建免疫抑制性生态位支持转移耐受。癌症淋巴结转移与预后不良相关，但淋巴结定植如何诱导全身性免疫抑制的机制仍有待阐明。研究通过空间组学发现，淋巴结定植诱导了由成纤维细胞和髓系细胞组成的免疫抑制生态位，导致T细胞功能障碍。该发现确立了淋巴结定植是全身免疫抑制的主动驱动因素，为阻断癌症转移进展提供了新的干预靶点。
癌症淋巴结转移 | 免疫抑制生态位, CAF-髓系细胞交谈 | 空间转录组学, 空间蛋白质组学
Haist Maximilian · … · Nolan Garry P · Cancer cell · 2026/01/29
⭐ 该研究由病理学斯坦福大学Garry P. Nolan团队完成
原文链接：https://doi.org/10.1016/j.ccell.2026.01.003
3. Single-cell spatial transcriptomics uncovers niches that govern response to PD-1/PD-L1 blockade in cutaneous squamous cell carcinoma.
单细胞空间转录组揭示皮肤鳞癌免疫治疗响应生态位。新辅助PD-1阻断在皮肤鳞癌中疗效显著但存在个体差异。研究通过单细胞空间转录组技术分析了患者样本，识别出六个与疗效相关的空间生态位。空间生态位谱系在预测病理缓解方面优于PD-L1状态，揭示了肿瘤异质性及耐药机制，为开发精准生物标志物提供了新方向。
皮肤鳞状细胞癌 | 空间生态位, 免疫逃逸 | 单细胞空间转录组
Lee Maxwell Y · … · Divi Vasu · · 2026/01/30
该研究由耳鼻喉头颈外科斯坦福大学Divi Vasu团队完成 Journal for immunotherapy of cancer
原文链接：https://doi.org/10.1136/jitc-2025-014067
基因组或者转录组学
1. Intronic polyadenylation-derived long noncoding RNA modulates nucleolar integrity and function.
内含子聚腺苷酸化衍生的长非编码RNA调节核仁功能。编码基因位点常产生非编码异构体，但这些IPA衍生RNA的功能在很大程度上仍未被探索。研究发现CUL1-IPA定位于核仁，通过与GPATCH4等蛋白结合维持核仁完整性及rRNA加工。该研究揭示了IPA衍生lncRNA作为关键调控分子的生物学功能，并提示其与癌症预后相关。
核仁完整性 | CUL1-IPA, rRNA加工 | RNA-蛋白相互作用分析
Mallick Sumana · … · Singh Irtisha · · 2026/01/30
该研究由遗传学德克萨斯A&M大学Singh Irtisha团队完成 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
原文链接：https://doi.org/10.1073/pnas.2514521123
2. Five energy metabolism pathways show distinct regional distributions and lifespan trajectories in the human brain.
1.人脑能量代谢路径呈现独特的空间与发育特征。2. 了解皮层生化过程的空间分布对于理解大脑结构与功能至关重要。3. 研究通过整合转录组学绘制了五大代谢路径图谱，发现能量产生与合成代谢路径在发育过程中存在显著分歧。4. 该研究揭示了人脑代谢组织的生化复杂性，为神经科学研究提供了重要参考。
脑能量代谢 | 糖酵解, 氧化磷酸化 | 转录组学图谱, 空间对齐分析
Pourmajidian Moohebat · … · Dagher Alain · · 2026/01/30
该研究由神经科学麦吉尔大学Alain Dagher团队完成 PLoS biology
原文链接：https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3003619
3. HIV impairs and exploits pulmonary Th17 and Th22 cell-mediated immune responses to Mycobacterium tuberculosis.
HIV通过损害并利用肺部Th17/Th22细胞加重结核病。结核病是HIV感染者的首要死因，但HIV如何影响肺部抗结核免疫反应的机制尚不完全清楚。研究利用人源化小鼠模型发现，HIV优先感染Th17细胞并抑制其产生的关键细胞因子，同时削弱Th22免疫。该研究揭示了HIV与结核分枝杆菌协同致病的免疫机制，强调了针对性恢复Th17/Th22功能的重要性。
HIV与结核共感染 | Th17/Th22细胞, 免疫抑制 | 人源化小鼠模型, 转录组测序
Martinez-Martinez Yazmin B · … · Endsley Janice J · · 2026/01/30
该研究由微生物学与免疫学德克萨斯大学医学部Endsley Janice J团队完成 PLoS pathogens
原文链接：https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1013897
4. A gut-activated NHR-86-CYP pathway mediates the neuroprotective effects of Enterococcus faecium probiotics in a nematode model of amyotrophic lateral sclerosis.
肠道激活的NHR-86-CYP通路介导益生菌的神经保护作用。神经退行性疾病常伴随氧化应激，但益生菌如何通过肠-脑轴影响神经健康的机制尚不明确。研究在ALS线虫模型中发现，屎肠球菌通过激活肠道内的核受体NHR-86及其下游细胞色素P450基因来降低氧化应激。该发现揭示了微生物信号与宿主神经保护之间的分子联系，为通过调节肠道菌群治疗神经退行性疾病提供了依据。
肌萎缩侧索硬化(ALS) | NHR-86, 细胞色素P450 | 益生菌干预, 线虫模型
Sang Yu · … · Aballay Alejandro · · 2026/01/30
该研究由遗传学MD安德森癌症中心Aballay Alejandro团队完成 PLoS biology
原文链接：https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3003627
5. Histone methyltransferase Setd8 preserves chromatin accessibility to safeguard retinal progenitor cell identity during development.
Setd8维持视网膜祖细胞身份。视网膜发育中维持祖细胞增殖与神经源潜能的表观遗传机制尚不明确。研究通过整合RNA-seq和ATAC-seq发现，Setd8通过维持特定染色质开放性来保护视网膜祖细胞身份。该发现为理解视网膜发育及相关疾病提供了新机制。
视网膜发育 | Setd8, H4K20单甲基化 | RNA-seq, ATAC-seq
Sekiryu Haruka · … · Matsuda Taito · · 2026/01/29
该研究由神经生物学奈良先端科学技术大学院大学Matsuda Taito团队完成 Stem cell reports
原文链接：https://doi.org/10.1016/j.stemcr.2025.102789
6. Evolution of root nodule symbiosis via paleopolyploidy and modular pathway rewiring.
古多倍体驱动根瘤共生演化。根瘤共生是植物获取氮的关键创新，但其基因水平的演化机制仍缺乏统一框架。研究通过比较基因组学重建了单基因分辨率的共生调控网络，发现其起源于核心真双子叶植物的古六倍化及通路重组。该工作为理解复杂性状的演化提供了统一的调控架构。
根瘤共生演化 | 基因重组, 古多倍体化 | 比较基因组学
Liu Hui · … · Wang Ertao · · 2026/01/29
该研究由植物学中国科学院分子植物科学卓越创新中心王二涛团队完成 Cell host & microbe
原文链接：https://doi.org/10.1016/j.chom.2026.01.001
7. Molecular Systems, Human Non-Coding Sequence Variants, and Blood Pressure.
非编码序列变异与血压调节的分子系统研究。GWAS已识别出大量与血压相关的非编码变异，但其效应基因和调控机制仍待阐明。本文综述了通过表观基因组分析和基因编辑等手段揭示非编码变异如何影响基因表达及血压。该研究强调了功能基因组学在理解人类生物学及复杂疾病分子系统中的核心作用。
高血压 | 非编码变异, 顺式调控元件 | GWAS
Qiu Qiongzi · Liang Mingyu · Physiological reviews · 2026/01/30
⭐ 该研究由生理学亚利桑那大学Liang Mingyu团队完成
原文链接：https://doi.org/10.1152/physrev.00029.2025
8. Mast cells inhibit stem cell-driven epithelial repair in IBD via suppressing Wnt/lrp6/β-catenin signaling pathway.
肥大细胞抑制IBD中的肠道上皮修复。肥大细胞在炎症性肠病（IBD）发病中起关键作用，但其对肠道干细胞的调节作用尚不明确。研究发现肥大细胞通过分泌CPA3及招募中性粒细胞，抑制Wnt/lrp6/β-catenin通路，从而阻碍上皮再生。该发现揭示了肥大细胞在IBD修复障碍中的新机制，为治疗提供了新靶点。
炎症性肠病 (IBD) | 肥大细胞, Wnt通路 | RNA-seq
Zhang Tao · … · Duan Liping · · 2026/01/28
该研究由消化内科学北京大学第三医院段丽萍团队完成 Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
原文链接：https://doi.org/10.1016/j.jcmgh.2026.101741
9. Ectopic cambia in wisteria vines are associated with the expression of conserved KNOX genes.
紫藤藤本植物中的异位形成层与KNOX基因表达相关。次生维管生长通常由单一形成层产生，但某些植物具有非典型的维管结构。研究通过发育解剖学和比较转录组学发现，日本紫藤的异位形成层起源于皮层薄壁组织，且KNOX基因的重复与表达与其形成密切相关。该研究为理解种子植物维管变异的分子机制提供了首批遗传学见解。
维管发育 | KNOX基因, 异位形成层 | 比较转录组学
Cunha-Neto Israel L · … · Onyenedum Joyce G · · 2026/01/30
该研究由环境研究纽约大学Onyenedum Joyce G团队完成 Nature communications
原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-68669-w
10. Dual promoter-enhancer activities reflect a unified regulatory logic.
启动子与增强子的双重活性反映统一调控逻辑。启动子和增强子常表现出功能重叠，但其内在联系尚不明确。研究开发了大规模并行双报告基因检测技术，发现人类基因组中许多元件同时具备两种活性，且两者在序列语法和转录因子结合模式上高度共享。该研究提出了调控元件的统一模型，深化了对基因表达调控复杂性的理解。
基因表达调控 | 启动子-增强子双重功能 | 大规模并行报告基因检测
Paramo Mauricio I · … · Yu Haiyuan · · 2026/01/30
该研究由计算生物学康奈尔大学于海源团队完成 Nature communications
原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-68780-y
11. Phased-assembly-driven pangenome graphs for structural variant genotyping and complex trait mapping in dairy cattle.
相位组装驱动的泛基因组图谱助力奶牛性状映射。结构变异是遗传多样性的重要来源，但在奶牛研究中尚未得到充分探索。研究构建了荷斯坦牛特异性泛基因组图谱，显著提升了结构变异的检测精度和基因分型能力。该成果证明了泛基因组在精准基因分型和复杂性状关联分析中的巨大潜力。
奶牛遗传多样性 | 结构变异 | 泛基因组图谱, 全基因组关联分析
Yang Liu · … · Liu George E · · 2026/01/30
该研究由动物基因组学美国农业部George E. Liu团队完成 Nature communications
原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-68807-4
12. Global metagenomics reveals plastid diversity and unexplored algal lineages.
全球宏基因组学揭示质体多样性与未知藻类谱系。真核生物光合细胞器的起源深刻影响了生命进化，但许多质体多样性仍未被发现。研究利用宏基因组技术捕获了上千个质体序列，发现了多个新谱系并挑战了单次内共生起源模型。该成果显著扩展了对光合真核生物进化关系的理解。
质体进化, 藻类多样性 | 内共生起源 | 全球宏基因组学
Shrestha Bikash · … · Schulz Frederik · · 2026/01/30
该研究由宏基因组学美国能源部联合基因组研究所Frederik Schulz团队完成 Nature communications
原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-68871-w
13. Quantifying the real-world impact of antibiotic use and genetic determinants of resistance on gonococcal dynamics.
贝叶斯模型量化抗生素耐药性的适应度影响。细菌耐药性动态受遗传决定因素和抗生素压力的共同影响，但缺乏现实世界的适应度评估。研究开发了分层贝叶斯系统动力学模型，量化了淋球菌耐药决定因素对菌株成功的贡献。该方法为链接病原体基因组学与抗生素使用以预测生态趋势建立了新途径。
淋球菌耐药性 | 适应度代价 | 贝叶斯系统动力学模型
Helekal David · … · Grad Yonatan H · Nature microbiology · 2026/01/30
⭐ 该研究由免疫学与传染病哈佛大学Yonatan H. Grad团队完成
原文链接：https://doi.org/10.1038/s41564-025-02235-w
14. Differential immune- and apoptosis-related gene signatures in pancreatic alpha and beta cells contribute to their fate in type 1 diabetes.
基因特征差异决定1型糖尿病中胰岛细胞命运。1型糖尿病中β细胞死亡而α细胞存活的机制差异尚不清楚。研究通过单细胞数据分析发现，α细胞具有更强的免疫样基因表达和抗凋亡能力，且促凋亡因子MEG3在β细胞中特异性高表达。该发现揭示了β细胞易受损的分子基础，为保护β细胞提供了新思路。
1型糖尿病 | MEG3, 细胞凋亡 | 单细胞转录组分析
Yi Xiaoyan · … · Eizirik Decio L · · 2026/01/30
该研究由代谢疾病布鲁塞尔自由大学Decio L. Eizirik团队完成 Cell death and differentiation
原文链接：https://doi.org/10.1038/s41418-026-01669-x
15. Progressive neuroinflammation and deficits in motor function in a mouse model with an Epg5 pathogenic variant of Vici syndrome.
Vici综合征小鼠模型揭示进行性神经炎症与运动功能障碍。Vici综合征是由EPG5突变引起的自噬调节障碍，但其导致神经功能衰退的细胞机制不明。研究构建了携带患者来源突变的Epg5小鼠模型，发现其存在显著的神经胶质激活和神经炎症特征。该模型为评估针对自噬相关神经退行性疾病的疗法提供了关键平台。
Vici综合征 | EPG5, 神经炎症 | 基因编辑小鼠模型
Thornton Bradley T · … · Vivian Jay L · · 2026/01/30
该研究由神经生物学堪萨斯城儿童慈善医院Jay L Vivian团队完成 Experimental & molecular medicine
原文链接：https://doi.org/10.1038/s12276-026-01644-z
16. Characterization and therapy of fertilization failure in murine and human models with HNRNPR mutations.
HNRNPR突变导致受精失败的机制及治疗研究。精子来源的卵子激活失败是导致不孕的重要原因，但其分子机制和治疗手段仍不明确。研究发现HNRNPR突变通过m6A依赖方式影响Plcz1剪接，导致钙振荡异常，并证明人工卵子激活可恢复受精。该发现揭示了男性不育的新机制，并提出了有效的临床干预策略。
男性不育 | HNRNPR, PLCζ | 人工卵子激活(AOA)
Gan Shiming · … · Huang Hefeng · · 2026/01/30
该研究由生殖医学浙江大学黄荷凤团队完成 EMBO molecular medicine
原文链接：https://doi.org/10.1038/s44321-026-00374-z
17. Metagenomics indicates an interplay of the microbiome and functional pathways in Parkinson's disease.
宏基因组学揭示帕金森病患者肠道菌群与功能通路的相互作用。肠道微生物变化可能为帕金森病（PD）提供早期诊断标志物，但相关研究结果仍存在争议。研究通过全基因组测序对比PD患者与健康对照，发现厚壁菌门和放线菌门丰度升高，并识别出10条显著差异的功能通路。该研究支持了肠道菌群在PD发病中的潜在作用，并强调了进一步验证的必要性。
帕金森病 | 肠道菌群, 宏基因组功能通路 | 宏基因组测序
Park Sarah Jaehwa · … · Mischley Laurie K · · 2026/01/30
该研究由神经科学巴斯蒂尔大学Laurie K Mischley团队完成 NPJ Parkinson's disease
原文链接：https://doi.org/10.1038/s41531-026-01271-5
18. Design of RGD-functionalized GSH-responsive pegylated polymeric protacs for selective BRD4 degradation and EndMT-driven cardiac fibrosis inhibition.
靶向BRD4的响应型纳米PROTAC抑制心脏纤维化。内皮-间质转化（EndMT）驱动心脏纤维化，但缺乏针对该过程的细胞特异性干预手段。研究开发了血小板靶向的GSH响应型PROTAC，通过降解BRD4并阻断其与RAF1的相互作用来抑制MAPK信号。该策略为心脏纤维化的精准治疗提供了新思路和表观遗传靶点。
心脏纤维化 | BRD4, EndMT, MAPK通路 | 纳米PROTAC
Bi Tao · … · Liu Zengjin · · 2026/01/30
该研究由心血管疾病西南医科大学刘增进团队完成 Journal of nanobiotechnology
原文链接：https://doi.org/10.1186/s12951-026-04036-7
19. SRSF2 mutations drive daunorubicin resistance in acute myeloid leukemia via THBS1 stabilization.
SRSF2突变通过稳定THBS1驱动急性髓系白血病耐药。AML患者常因化疗耐药预后不良，SRSF2突变的致病机制尚不明确。研究发现SRSF2突变通过增强THBS1 mRNA稳定性和翻译效率导致柔红霉素耐药，且联合PDGFB抑制剂可增敏。该发现为改善突变型AML患者的临床疗效提供了新靶点。
急性髓系白血病 | SRSF2突变, THBS1, PDGFB通路 | 转录组分析, 剪接分析
Ye Wu · … · Gong Yuping · · 2026/01/30
该研究由血液学四川大学华西医院Gong Yuping团队完成 Journal of experimental & clinical cancer research : CR
原文链接：https://doi.org/10.1186/s13046-026-03649-y
20. Resolving sampling and population-size biases in domestication genomics supports a South Asian origin of walnuts.
驯化基因组学研究证实核桃起源于南亚。采样不平衡和群体大小差异常导致驯化起源推断出现偏差。研究提出了一种优化的STRUCTURE软件参数化策略，并结合全基因组重测序数据证实普通核桃起源于遗传多样性极高的南亚。该研究解决了核桃起源的长期争议，并为复杂人口统计背景下的遗传推断提供了新方法。
物种驯化起源 | 种群遗传结构 | 全基因组重测序, 遗传推断算法
Chen Cai-Jin · … · Bai Wei-Ning · · 2026/01/30
该研究由生物多样性北京师范大学Bai Wei-Ning团队完成 Genome biology
原文链接：https://doi.org/10.1186/s13059-026-03959-6
蛋白质组学
1. A J-domain protein enhances memory by promoting physiological amyloid formation in Drosophila.
J结构域蛋白通过促进生理性淀粉样蛋白形成增强记忆。记忆形成依赖于突触蛋白组的经验依赖性改变，但伴侣蛋白在其中的作用尚不明确。研究发现JDP蛋白Funes通过与Orb2结合促进翻译活性淀粉样蛋白的形成，进而增强果蝇长时记忆。该研究揭示了大脑利用伴侣蛋白调节生理性淀粉样蛋白以影响记忆的新机制。
记忆增强 | Funes (CG10375), Orb2, 淀粉样蛋白 | 冷冻电镜, 蛋白质组学筛选
Patton Kyle · … · Si Kausik · · 2026/01/30
该研究由神经生物学Stowers医学研究所Si Kausik团队完成 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
原文链接：https://doi.org/10.1073/pnas.2516310123
2. NuSAP Safeguards Centriole Integrity to Mediate CEP57-CEP152 Torus Recruitment for Proper Engagement.
NuSAP通过维护中心粒完整性介导中心体环状复合物招募。精确的中心体调节对细胞分裂至关重要，但微管相关蛋白如何维持中心粒完整性尚不清楚。研究发现NuSAP定位于中心粒，通过稳定中心粒微管结构来介导CEP57-CEP63-CEP152复合物的层级招募。该发现阐明了微管稳定与中心体组织之间的机械联系，为理解细胞分裂调控提供了新的分子框架。
细胞分裂调控 | NuSAP, 中心粒完整性 | 超分辨率显微成像, TurboID蛋白质组学
Zhang Shiyu · … · Liou Yih-Cherng · · 2026/01/30
该研究由生物科学新加坡国立大学Liou Yih-Cherng团队完成 Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
原文链接：https://doi.org/10.1002/advs.202515192
3. Molecular features of human pathological tau distinguish tauopathy-associated dementias.
病理性Tau蛋白分子特征区分痴呆类型。不同神经退行性疾病均表现出Tau聚集，但其病理蛋白质形式的差异尚不清楚。研究利用定量质谱平台FLEXITau对203名受试者进行深度表征，识别出各疾病特有的Tau分子特征。该研究为痴呆症的分子分层、生物标志物开发及治疗靶点识别提供了关键数据。
阿尔茨海默病, 痴呆 | Tau蛋白, 翻译后修饰 | 定量质谱 (FLEXITau)
Kumar Mukesh · … · Steen Judith A · Cell · 2026/01/29
⭐ 该研究由神经生物学波士顿儿童医院Steen Judith A团队完成
原文链接：https://doi.org/10.1016/j.cell.2025.12.036
4. Bone Marrow Proteomic Profiling Reveals TMEM109 as a Biomarker for Relapse in Thrombotic Thrombocytopenic Purpura.
骨髓蛋白质组学发现TTP复发标志物。血栓性血小板减少性紫癜（TTP）复发风险高，亟需预测性生物标志物。研究通过对TTP患者骨髓样本进行定量蛋白质组学分析，结合机器学习筛选出TMEM109蛋白。验证显示TMEM109在复发患者中表达显著降低，具有极高的预测价值，有助于实现TTP的个体化监测与治疗。
血栓性血小板减少性紫癜 | TMEM109 | 蛋白质组学, 机器学习
Wen Qing · … · Zhang Lei · · 2026/01/28
该研究由血液学中国医学科学院血液病医院张磊团队完成 Journal of thrombosis and haemostasis : JTH
原文链接：https://doi.org/10.1016/j.jtha.2026.01.003
5. Supercharging-enhanced nDIA-MS enables global profiling of drug-induced proteome solubility shifts.
增强型质谱技术揭示药物诱导的蛋白质溶解度变化。蛋白质功能受丰度和物理状态共同调节，但高通量监测溶解度变化仍具挑战。研究通过优化超荷电试剂增强质谱信号，实现了近万种蛋白质的高灵敏度定量。该平台揭示了药物处理后广泛的蛋白质溶解度重塑，为理解细胞响应提供了新维度。
蛋白质溶解度重塑 | 药物诱导状态转换 | nDIA-MS, 超荷电增强
Xiong Yun · … · Lorenzi Philip L · · 2026/01/30
该研究由生物信息学与计算生物学德克萨斯大学MD安德森癌症中心Philip L. Lorenzi团队完成 Nature communications
原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-69025-8
代谢组学
1. Fe metal-organic framework-derived heterojunction for metabolic diagnosis of thymic epithelial tumor.
铁基MOF异质结助力胸腺上皮肿瘤代谢诊断。胸腺上皮肿瘤诊断困难且缺乏无创分层工具，导致高危亚型预后较差。研究开发了基于Fe3O4@Fe MOF的质谱平台，结合机器学习实现了对肿瘤的高灵敏度代谢诊断与风险分层。该工作为胸腺肿瘤的快速大规模筛查和精准管理提供了临床转化框架。
胸腺上皮肿瘤 | 血清代谢指纹图谱 | LDI质谱, 金属有机框架, 机器学习
Liang Yongpeng · … · Chen Xiao-Ming · · 2026/01/30
该研究由无机化学中山大学陈小明团队完成 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
原文链接：https://doi.org/10.1073/pnas.2522028123
2. Harnessing gut microbiota for brain health: protective role of Hungatella hathewayi for post-mTBI cognitive impairment.
肠道哈氏汉盖特氏菌缓解轻度脑外伤后的认知障碍。轻度脑外伤后的认知障碍临床治疗困难，肠道菌群在其中的作用日益受到关注。研究发现哈氏汉盖特氏菌通过增加丁酸产量，减轻肠道和大脑炎症并促进小胶质细胞保护表型。该研究为通过调节肠道菌群改善脑外伤预后提供了新策略。
轻度脑外伤, 认知障碍 | 肠脑轴, 丁酸 | 粪菌移植, 代谢组学
Du Qiujing · … · Li Ka · · 2026/01/30
该研究由护理与材料四川大学华西医院李卡团队完成 NPJ biofilms and microbiomes
原文链接：https://doi.org/10.1038/s41522-026-00922-y
3. Connexin43 Deficiency Leads to Ventricular Arrhythmias by Reprogramming Proline Metabolism.
Cx43缺失通过重编程脯氨酸代谢诱发室性心律失常。Cx43是心脏电传导的关键蛋白，其下调导致心律失常的机制尚不明确。研究发现Cx43缺失通过干扰SNAT2介导的脯氨酸转运，导致线粒体功能障碍和钙处理异常。该研究揭示了代谢重编程在心律失常中的作用，为治疗提供了新策略。
室性心律失常 | Cx43, SNAT2, 脯氨酸代谢 | 代谢组学, iPSC-CMs
Ying Hangying · … · Liang Ping · · 2026/01/31
该研究由多器官移植浙江大学Ping Liang团队完成 Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
原文链接：https://doi.org/10.1002/advs.202516090
多组学
1. Multidimensional Characterization of Tumor-Immune Architecture Reveals Clinically Relevant Classic Hodgkin Lymphoma Subtypes.
1.多维图谱揭示霍奇金淋巴瘤临床亚型。2. 经典霍奇金淋巴瘤独特的组织架构和免疫微环境异质性阻碍了分子分型。3. 研究整合空间转录组和成像质谱流式技术，鉴定出具有不同突变和空间特征的四种分子亚型。4. 该发现为开发针对淋巴瘤免疫生态系统的精准治疗提供了新靶点。
经典霍奇金淋巴瘤 | 肿瘤微环境, CSF2RB突变 | 空间转录组学, 成像质谱流式
Aoki Tomohiro · … · Steidl Christian · · 2026/01/30
该研究由肿瘤学不列颠哥伦比亚癌症机构Christian Steidl团队完成 Cancer discovery
原文链接：https://doi.org/10.1158/2159-8290.CD-25-0859
2. Direct Extracellular Matrix Modulation Attenuates Intestinal Fibrosis via a Fibronectin-Targeted Approach.
靶向纤连蛋白可直接调节细胞外基质并缓解肠纤维化。肠纤维化由细胞外基质与成纤维细胞的恶性循环驱动，但目前缺乏针对基质本身的治疗手段。研究通过多组学分析确定纤连蛋白为核心支架，并证明消减纤连蛋白可阻断胶原沉积并抑制成纤维细胞活化。该研究为纤维化疾病提供了新的治疗维度，将纤连蛋白识别为具有临床转化潜力的药物靶点。
肠纤维化 | 纤连蛋白, 细胞外基质(ECM) | 基质组学分析, 结构域特异性抑制
Ma Wenlong · … · Lu Jiaoyang · · 2026/01/30
该研究由消化病学山东大学齐鲁医院卢骄阳团队完成 Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
原文链接：https://doi.org/10.1002/advs.202519433
3. TENT5A Maintains MYC mRNA Stability to Enhance Osteosarcoma Stemness.
TENT5A通过维持MYC mRNA稳定性增强骨肉瘤干性。骨肉瘤中MYC的基因扩增与转录输出之间存在不一致性，其转录后调控机制亟待阐明。研究发现RNA聚合酶TENT5A在MYC激活的肿瘤中高表达，通过延长MYC mRNA的聚腺苷酸尾来稳定其转录本。该研究揭示了骨肉瘤中MYC持续激活的新机制，并证明TENT5A是逆转化学耐药的潜在治疗靶点。
骨肉瘤干性 | TENT5A, MYC mRNA稳定性 | 单细胞转录组学, 患者来源类器官
Tao Yining · … · Sun Wei · · 2026/01/30
该研究由骨肿瘤学上海交通大学孙伟团队完成 Cancer research
原文链接：https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-25-4635
4. Multi-omics analysis of red blood cells reveals thalassemia severity beyond globin gene mutations.
多组学分析揭示地中海贫血临床严重程度的分子机制。地中海贫血患者的临床严重程度存在显著差异，且这种差异无法仅通过珠蛋白基因突变来解释。研究通过对红细胞进行转录组和蛋白质组整合分析，发现剪接功能障碍、铁死亡和自噬抑制是导致重型贫血的关键。该研究从多维度阐明了地中海贫血表型差异的分子基础，为疾病的精准诊断和干预提供了新靶点。
地中海贫血 | 铁死亡, 自噬抑制 | 转录组-蛋白质组整合分析
Mitra Nibedita · … · Basu Anupam · · 2026/01/30
该研究由分子生物学伯德旺大学Basu Anupam团队完成 Blood advances
原文链接：https://doi.org/10.1182/bloodadvances.2025016677
5. Precise probiotic therapy: Advances, bottlenecks, and the road to microbiome-informed nutrition.
精准益生菌疗法：进展、瓶颈与微生态营养之路。肠道微生物组对健康至关重要，但传统益生菌疗法因个体差异效果有限。本文综述了驱动这种变异的生物与环境因素，探讨了整合多组学数据预测疗效的新框架。文章重点介绍了益生菌菌株挖掘与工程化改造的突破，展望了数据驱动模型与精准工程菌结合在个性化干预中的潜力。
肠道微生物组 | 宿主-微生物相互作用 | 精准益生菌疗法, 多组学整合
Jiang Yuesong · … · Huang Shi · · 2026/01/30
该研究由口腔生物医学香港大学黄适团队完成 Gut microbes
原文链接：https://doi.org/10.1080/19490976.2026.2623359
6. Clonal expansion of cytotoxic CD8⁺ T cells in lecanemab-associated ARIA.
细胞毒性CD8+ T细胞克隆扩增与Lecanemab相关的ARIA相关。淀粉样蛋白相关成像异常（ARIA）是阿尔茨海默病免疫疗法的主要安全隐患。研究通过多组学分析发现，ARIA患者外周血中CD8+效应记忆T细胞显著扩增并具有血管贩运特征。该发现为ARIA的生物标志物开发和风险缓解提供了免疫学依据。
阿尔茨海默病, ARIA | CD8+ T细胞, 代谢重编程 | 多组学分析, 免疫分型
Johnson Lance A · … · Morganti Josh M · · 2026/01/30
该研究由衰老研究肯塔基大学医学院Josh M. Morganti团队完成 Nature communications
原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-68921-3
7. Extracellular vesicles as structured vectors of quorum sensing signals influence aquatic microbial communities.
胞外囊泡作为群体感应信号载体调节水生微生物群落。水环境中的群体感应信号易受稀释和降解影响，限制了微生物间的通讯。研究证实胞外囊泡能有效包裹并保护疏水性信号分子，实现长距离传输并影响特定受体菌群。该发现揭示了自然水体中微生物协同进化和生态调节的新机制。
微生物群体感应 | 胞外囊泡, 信号保护 | 多组学分析
Xu Xueli · … · Huang Qiansheng · · 2026/01/31
该研究由环境健康中国科学院城市环境研究所黄乾生团队完成 NPJ biofilms and microbiomes
原文链接：https://doi.org/10.1038/s41522-026-00924-w
8. Diversity and ecological roles of hidden viral players in groundwater microbiomes.
地下水微生物组中隐藏病毒的多样性与生态作用。地下水生态系统中的病毒作用长期被忽视。研究通过大规模宏基因组和宏转录组分析，鉴定了大量新型病毒，并揭示了其与宿主间的复杂代谢互动。该成果为理解病毒如何驱动地下水碳氮硫循环及微生物群落演化提供了基准。
地下水生态系统 | 病毒-宿主相互作用, 辅助代谢基因 | 宏基因组学, 宏转录组学
Pratama Akbar Adjie · … · Küsel Kirsten · · 2026/01/30
该研究由水生地球微生物学耶拿大学Kirsten Küsel团队完成 Nature communications
原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-68914-2
9. Mitochondrial complex I subunit NDUFS4 overexpression drives glioma progression by regulating mitochondrial function and COX5B.
NDUFS4过表达通过调节线粒体功能驱动胶质瘤进展。胶质瘤中线粒体蛋白NDUFS4的功能机制及其对患者预后的影响亟待阐明。研究发现NDUFS4在胶质瘤中高表达，通过调节COX5B维持线粒体呼吸和ATP合成，促进肿瘤增殖与侵袭。该研究确定了NDUFS4是治疗侵袭性胶质瘤的潜在靶点。
胶质瘤 | NDUFS4, COX5B | 单细胞测序, 多组学整合
Wu Jiang · … · Jiang Li · · 2026/01/30
该研究由肿瘤学西湖大学Jiang Li团队完成 NPJ precision oncology
原文链接：https://doi.org/10.1038/s41698-026-01281-9
10. Large-scale single-cell analysis and in silico perturbation reveal dynamic evolution of HCC: from initiation to therapeutic targeting.
单细胞图谱揭示肝细胞癌动态演化与治疗靶点。肝癌的高度异质性是治疗的主要障碍，需系统剖析驱动肿瘤进展的细胞生态系统。研究整合多部位单细胞转录组与空间组学，定义了四种恶性元程序，并识别出HSP90B1为关键依赖靶点。该研究为针对肝癌内在状态和微环境依赖性的精准治疗建立了框架。
肝细胞癌 | HSP90B1, 肿瘤微环境 | 单细胞转录组测序, 空间转录组
Xia Peng · … · Wang Degui · · 2026/01/30
该研究由肿瘤学兰州大学Wang Degui团队完成 NPJ precision oncology
原文链接：https://doi.org/10.1038/s41698-026-01307-2
11. Notch3 regulates pericyte phenotypic plasticity in colorectal cancer.
Notch3信号通路调控结直肠癌中周细胞的表型可塑性。周细胞在肿瘤微环境中的表型转变机制及其对癌症进展的影响尚不清楚。研究通过谱系追踪和单细胞测序发现，Notch3激活促进周细胞增殖并抑制其收缩功能，导致血管异常。该研究表明靶向Notch3诱导血管正常化是改善结直肠癌治疗的潜在策略。
结直肠癌 | Notch3, 周细胞 | 单细胞转录组测序
Chalkidi Niki · … · Koliaraki Vasiliki · · 2026/01/30
该研究由肿瘤学亚历山大·弗莱明生物医学研究中心Vasiliki Koliaraki团队完成 Communications biology
原文链接：https://doi.org/10.1038/s42003-026-09629-4
12. The biological role of local and global fMRI BOLD signal variability in multiscale human brain organization.
揭示fMRI BOLD信号变异性在人脑多尺度组织中的生物学作用。理解脑信号变异性对探索脑功能至关重要，但区分生物来源与噪声干扰一直存在挑战。研究整合了组织学、转录组学及代谢等多模态数据，证明BOLD信号变异性是反映脑组织特性的核心生物学属性。该工作为跨时空尺度研究大脑随机性提供了新的视角。
脑功能组织 | BOLD信号变异性 | 多模态数据整合, fMRI
Baracchini Giulia · … · Spreng R Nathan · · 2026/01/30
该研究由神经科学麦吉尔大学R Nathan Spreng团队完成 Nature communications
原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-68700-0
13. Mixed gangliocytoma-pituitary neuroendocrine tumour: clinical, immunohistochemical, and molecular genetic profiles in a series of four patients.
混合型神经节细胞瘤-垂体神经内分泌肿瘤的临床与分子特征。混合型GC-PitNET极为罕见且组织来源不明，常导致难治性肢端肥大症。研究通过对四例患者的基因组和转录组分析，发现其具有独特的线粒体和核糖体基因表达模式。干细胞标志物SOX9的表达支持了该肿瘤成分具有共同起源的假设。
垂体神经内分泌肿瘤 | SOX9, 共同起源 | 全基因组甲基化分析
Dalakas Konstantinos · … · Casar-Borota Olivera · · 2026/01/30
该研究由病理学乌普萨拉大学Olivera Casar-Borota团队完成 Acta neuropathologica communications
原文链接：https://doi.org/10.1186/s40478-026-02225-x
14. An integrated multi-omics and network analysis of neutrophil differentiation from initial- to late-stage.
多组学整合分析揭示中性粒细胞分化的早期调控机制。中性粒细胞谱系承诺的初始分子事件尚未阐明，尤其是核心转录因子的作用。研究通过整合转录组、染色质开放性和3D基因组技术，发现CEBPA是驱动分化的关键先锋因子。该工作系统揭示了染色质状态与基因组拓扑结构在中性粒细胞发育中的协同演变。
中性粒细胞分化 | CEBPA, 3D基因组结构 | HiCut, 多组学整合分析
Chen Qing · … · Li Wei · · 2026/01/30
该研究由遗传医学儿童国家医院Li Wei团队完成 Genome biology
原文链接：https://doi.org/10.1186/s13059-025-03902-1
15. Additive and Partially Dominant Effects from Genomic Variation Contribute to Rice Heterosis.
基因组变异的加性和部分显性效应贡献了水稻杂种优势。杂种优势的分子机制在不同物种和性状间存在争议。研究系统识别了与水稻杂种优势相关的基因和代谢物，发现加性和部分显性效应是主要的遗传模式。该发现从基因组下游信息出发，为提高杂交作物育种效率提供了定量见解。
杂种优势机制 | 加性效应, 部分显性效应 | 基因组学, 代谢组学
Dan Zhiwu · … · Huang Wenchao · · 2026/01/31
该研究由杂交水稻武汉大学Wenchao Huang团队完成 Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
原文链接：https://doi.org/10.1002/advs.202523376
16. Systematic Engineering of Proteases in Saccharopolyspora Spinosa Reveals Synergistic Enhancement of Spinosad Biosynthesis via Substrate Flux Optimization.
刺糖多孢菌蛋白酶系统工程优化底物通量提升多杀菌素产量。天然产物合成受限于氮源分配，缺乏可扩展的增产策略。研究通过多组学分析和蛋白酶基因操控，构建了协同增强氮利用的工程菌株。该研究揭示了蛋白酶介导的代谢流调节机制，为工业微生物的理性设计提供了参考。
天然产物产量优化 | 蛋白酶调节, 氮代谢流 | 组合工程, 多组学分析
Jin Duo · … · Xia Liqiu · · 2026/01/31
该研究由微生物分子生物学湖南师范大学Liqiu Xia团队完成 Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
原文链接：https://doi.org/10.1002/advs.202522638
17. Gut-Metabolome-Proteome Interactions in Age-Related Hearing Loss: Insights from Fecal Microbiota Transplantation and Multi-Omics Analyses.
肠道-代谢-蛋白组交互作用在年龄相关性听力损失中的机制研究。肠道微生物在听力衰老中的作用尚不明确。研究通过多组学分析发现5-羟色氨酸（5-HTP）是肠-内耳网络中的关键代谢物，并具有听力保护作用。该研究为年龄相关性听力损失的生物标志物发现和治疗开发提供了新方向。
年龄相关性听力损失 | 5-HTP, PI3K/Akt通路 | 粪菌移植, 多组学整合分析
Yang Ting · … · Yuan Wei · · 2026/01/31
该研究由耳鼻咽喉头颈外科重庆大学Wei Yuan团队完成 Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
原文链接：https://doi.org/10.1002/advs.202514269
生物信息软件
1. vEMINR: Ultra-Fast Isotropic Reconstruction for Volume Electron Microscopy With Implicit Neural Representation.
vEMINR实现体积电子显微镜图像的超快速各向同性重建。体积电子显微镜在3D成像时轴向分辨率远低于侧向分辨率，且大规模数据处理效率低下。研究提出一种基于隐式神经表示的重建方法vEMINR，通过学习真实退化模式实现了极速且高精度的图像增强。该方法显著提升了细胞器和神经元的重建精度，为大规模生物结构的高通量3D可视化提供了强力工具。
3D生物结构可视化 | 隐式神经表示(INR) | 各向同性重建算法, 体积电子显微镜
Yang Jibin · … · Han Renmin · · 2026/01/30
该研究由数学与交叉科学山东大学韩仁敏团队完成 Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
原文链接：https://doi.org/10.1002/advs.202511922
2. MIL-Adapter: Coupling multiple instance learning and vision-language adapters for few-shot slide-level classification.
MIL-Adapter框架提升少样本病理切片分类性能。在计算病理学中，利用视觉语言模型处理超大尺寸全切片图像的少样本学习仍面临挑战。研究提出MIL-Adapter，首次结合可训练的多实例学习聚合函数与轻量级视觉语言适配器，并引入文本集成学习。该方法在多种数据集上展现了卓越的预测性能和可解释性，为数据受限下的癌症辅助诊断提供了新方案。
癌症病理诊断 | 视觉语言表征学习 | 多实例学习(MIL), 适配器微调
Meseguer Pablo · … · Naranjo Valery · · 2026/01/26
该研究由计算病理学瓦伦西亚理工大学Naranjo Valery团队完成 Medical image analysis
原文链接：https://doi.org/10.1016/j.media.2026.103964
3. Integrating Medicinal Chemist Expertise with Deep Learning for Automated Molecular Optimization.
结合专家知识与深度学习的自动化分子优化。药物分子的结构优化高度依赖化学家的经验。研究构建了基于图深度学习的MolOpt框架，并开发了AutoOptimizer平台，整合了近九千条专家优化策略。在FGFR4和HPK1靶点的案例研究中，该平台成功生成了活性提升数十倍的先导化合物，展示了AI加速药物研发的潜力。
药物研发 | FGFR4, HPK1 | 深度学习, 分子优化
Liang Li · … · Zhang Yanmin · · 2026/01/30
该研究由药物分子设计中国药科大学张颜民团队完成 Journal of medicinal chemistry
原文链接：https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.5c03746
4. Trustworthy prediction of enzyme commission numbers using a hierarchical interpretable transformer.
基于分层可解释Transformer的酶功能预测。准确预测酶委员会（EC）编号对理解生物过程至关重要，但现有模型在处理稀有编号时表现欠佳。研究提出了HIT-EC模型，采用与EC编号分层结构一致的四层Transformer架构，并引入证据深度学习以提供可信度评估。该模型在预测性能和可解释性上均优于现有工具，对酶学和药物研发具有重要意义。
酶功能预测 | 蛋白质序列分析 | Transformer模型, 深度学习
Dumontet Louis · … · Kang Mingon · · 2026/01/30
该研究由计算机科学内华达大学拉斯维加斯分校Kang Mingon团队完成 Nature communications
原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-68727-3
5. AI-driven virtual screening platform identifies novel NSUN2 inhibitor candidates for targeted cancer therapy: a computational drug discovery approach.
AI驱动的虚拟筛选平台发现新型NSUN2抑制剂候选药物。RNA甲基转移酶NSUN2是癌症治疗的新兴靶点，但缺乏高效的选择性抑制剂。研究利用AI加速工作流从上亿化合物中筛选出具有良好药代动力学特性的候选分子。该计算药学方法为克服NSUN2驱动的肿瘤耐药性提供了潜在的治疗手段。
肿瘤耐药性 | NSUN2, RNA甲基化 | AI虚拟筛选, 分子动力学模拟
Yu Shuangqi · … · Long Shengrong · · 2026/01/30
该研究由胸外科华中科技大学同济医学院附属同济医院龙胜荣团队完成 NPJ precision oncology
原文链接：https://doi.org/10.1038/s41698-026-01296-2
6. RNA2seg: a generalist model for cell segmentation in image-based spatial transcriptomics.
RNA2seg：用于空间转录组图像细胞分割的通用模型。在基于图像的空间转录组学中，如何准确地将RNA分子分配给特定细胞是一项重大挑战。研究开发了RNA2seg算法，通过整合RNA点云和多种染色信息，在跨器官数据集中展现了卓越的分割性能。该工具为高分辨率空间转录组数据的精准分析提供了强有力的技术支撑。
细胞分割 | 空间转录组数据处理 | RNA2seg算法, 深度学习
Defard Thomas · … · Walter Thomas · · 2026/01/30
该研究由计算生物学巴黎矿业学院Thomas Walter团队完成 Genome biology
原文链接：https://doi.org/10.1186/s13059-025-03908-9
7. Benchmarking alignment strategies for Hi-C reads in metagenomic Hi-C data.
宏基因组Hi-C数据比对策略的基准测试研究。宏基因组Hi-C可揭示微生物群落结构，但将Hi-C读段比对至重叠群面临复杂挑战。研究评估了七种比对策略，发现BWA MEM -5SP在重叠群间读段对数量和分箱质量上表现最优。该研究为宏基因组Hi-C数据的标准化分析流程提供了重要参考。
微生物群落结构 | 基因组组织 | 宏基因组Hi-C, 序列比对算法, 基准测试
Wang Yuqiu · … · Du Yuxuan · · 2026/01/30
该研究由生物信息学德克萨斯大学圣安东尼奥分校Du Yuxuan团队完成 Genome biology
原文链接：https://doi.org/10.1186/s13059-026-03970-x
8. Parameter-efficient fine-tuning enables scalable transfer of regulatory sequence models to novel contexts.
参数高效微调实现调控序列模型向新背景的扩展。深度学习模型预测表观基因组谱受限于计算成本和细胞状态覆盖度。本研究开发了基于参数高效微调的Borzoi模型迁移框架，显著降低了内存需求并保持了高预测精度。该框架为在不同生物学背景下解析基因调控和变异效应提供了高效工具。
基因调控解析 | 遗传变异效应 | 深度学习, 参数高效微调, 迁移学习
Yuan Han · … · Kelley David R · · 2026/01/30
该研究由计算生物学Calico Life Sciences David R Kelley团队完成 Genome biology
原文链接：https://doi.org/10.1186/s13059-026-03935-0
9. Revealing interactions between microbes, metabolites, and dietary compounds using genome-scale analysis.
基因组规模分析揭示肠道微生物与饮食化合物的相互作用。目前缺乏对肠道微生物代谢特定饮食成分的全面认知。研究利用代谢网络模型量化了微生物与代谢物的交互，发现微生物代谢能力存在显著的种间差异和功能冗余。该发现为设计个性化合生元及精准饮食干预提供了理论基础。
肠道微生物代谢 | 饮食-微生物交互 | 基因组规模代谢网络, 网络分析
Wang Tong · … · Liu Yang-Yu · Microbiome · 2026/01/30
⭐ 该研究由网络医学哈佛医学院Liu Yang-Yu团队完成
原文链接：https://doi.org/10.1186/s40168-025-02312-6
10. ML Workflows for Screening Degradation-Relevant Properties of Forever Chemicals.
机器学习工作流助力永久性化学品降解特性的筛选。PFAS的环境持久性亟需高效的修复技术，但其庞大的化学空间使传统实验方法难以为继。研究开发了物理启发的机器学习模型，能够准确预测PFAS的键解离能和热力学稳定性。该工具为快速筛选和设计PFAS降解策略提供了高效的计算平台。
PFAS环境污染 | 键解离能, 热力学稳定性 | 机器学习, 物理启发模型
Ray Pranoy · … · Kalidindi Surya R · · 2026/01/31
该研究由机械工程佐治亚理工学院Surya R Kalidindi团队完成 Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
原文链接：https://doi.org/10.1002/advs.202523817
声明：本文使用了AI进行翻译和总结
