单细胞组学
1. A longitudinal single-cell atlas to predict outcome and toxicity after BCMA-directed CAR T cell therapy in multiple myeloma
单细胞图谱预测BCMA靶向CAR-T治疗多发性骨髓瘤的疗效。尽管BCMA CAR-T疗法改变了骨髓瘤治疗,但不同产品的疗效差异及毒性机制仍需深入研究。研究通过纵向单细胞多组学分析,发现CD4+细胞毒性T细胞的扩增与完全缓解及免疫毒性密切相关。该研究揭示了驱动免疫治疗差异的细胞机制,并为浆细胞样树突状细胞肿瘤提供了新治疗思路。
多发性骨髓瘤 | BCMA, T细胞扩增 | 单细胞多组学, CAR-T疗法
Rade, Michael · … · Merz, Maximilian · Cancer Cell · 2026/03/09
原文链接:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1535610825004908?dgcid=rss_sd_all
2. Bacterial reporter-paired scRNA sequencing reveals cross talk between zinc starvation and zinc toxicity in macrophage antibacterial defense.
单细胞测序揭示巨噬细胞抗菌防御中锌饥饿与锌毒性的协同。巨噬细胞如何利用锌毒性杀灭细菌的机制尚不明确。研究通过结合细菌报告系统和单细胞RNA测序,发现巨噬细胞通过下调锌外排蛋白SLC30A4来协同实施锌饥饿与锌毒性攻击。该发现为设计增强宿主免疫防御、放大锌介导抗菌效应的治疗方案提供了新思路。
巨噬细胞免疫 | 锌毒性, SLC30A4 | 细菌报告系统, 单细胞测序
von Pein Jessica B · … · Sweet Matthew J · · 2026/03/09
该研究由昆士兰大学Matthew J Sweet团队完成 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
原文链接:https://doi.org/10.1073/pnas.2530503123
3. Psoriasis-like disease prevents squamous skin tumor development by neutrophil-driven inflammation.
银屑病样炎症抑制皮肤鳞癌发生。银屑病与皮肤鳞状细胞癌的关系尚不明确。研究发现中性粒细胞驱动的炎症通过诱导角质形成细胞衰老来阻止肿瘤起始。该研究为癌症预防策略提供了先天免疫控制的新视角。
皮肤鳞状细胞癌, 银屑病 | 中性粒细胞, 细胞衰老, NETs | 单细胞RNA测序, 基因工程小鼠模型
Tsokkou Panagiota · … · Wagner Erwin F · · 2026/03/09
该研究由维也纳医学院Wagner Erwin F团队完成 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
原文链接:https://doi.org/10.1073/pnas.2536378123
4. Single-Cell Transcriptomics Reveals FLS2-Dependent Hypoxia Signaling and ERF13-Mediated Transcription During flg22-Triggered Immunity.
标题:单细胞转录组揭示植物免疫与缺氧信号互作。背景:拟南芥中flg22诱导的免疫反应已被广泛研究,但其细胞类型特异性的调节机制仍不清楚。发现:研究通过单细胞测序发现flg22诱导了缺氧样反应,并鉴定出ERF13是协调免疫、缺氧和活性氧信号以平衡生长与免疫的核心调节因子。价值:该研究提供了植物空间免疫组织和应激适应的单细胞视角,揭示了不同应激通路间的交叉对话机制。
植物模式触发免疫 (PTI) | ERF13, 缺氧信号通路, ROS | 单细胞RNA测序, 伪时间分析
Zhou Yaping · … · Sun Xuwu · · 2026/03/09
该研究由河南大学孙旭武团队完成 Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
原文链接:https://doi.org/10.1002/advs.202516380
5. Hyaluronic acid-CD44 signaling defines therapeutic resistance and immunosuppressive microenvironment in peritoneal metastasis of gastric cancer.
标题:透明质酸-CD44信号驱动胃癌腹膜转移耐药。背景:胃癌腹膜转移因高复发率和治疗反应差而成为临床难题,细胞外基质重塑在其中的作用尚不明确。发现:研究发现透明质酸沉积通过CD44信号诱导调节性T细胞分化,构建免疫抑制微环境并导致免疫治疗耐药。价值:该研究揭示了基质重塑与免疫逃逸的联系,为克服腹膜转移耐药提供了新策略。
胃癌腹膜转移 | HA-CD44通路, 调节性T细胞 (Treg) | 单细胞转录组测序, 药理学抑制
Zhao Junjie · … · Wang Xuefei · · 2026/03/09
该研究由复旦大学附属中山医院王学非团队完成 Journal for immunotherapy of cancer
原文链接:https://doi.org/10.1136/jitc-2025-014179
6. Targeting endosomal trafficking-mediated antigen escape to resensitize myeloma to CAR-T therapy.
标题:靶向内体运输逆转骨髓瘤CAR-T治疗耐药。背景:抗原逃逸是CAR-T治疗复发的主要原因,但肿瘤内在触发抗原丢失的机制仍不清楚。发现:研究发现代谢酶RRM2通过激活RAB7A促进抗原溶酶体降解,使用奥沙米特抑制RRM2可恢复抗原表达并增强疗效。价值:该研究揭示了蛋白质运输驱动的抗原逃逸新机制,为多发性骨髓瘤提供了临床可行的联合治疗方案。
多发性骨髓瘤, 抗原逃逸 | RRM2, 内体运输, MICA/B | CAR-T细胞疗法, 单细胞RNA测序
Wang Zhuning · … · Shi Jumei · · 2026/03/09
该研究由同济大学附属东方医院施菊妹团队完成 Journal for immunotherapy of cancer
原文链接:https://doi.org/10.1136/jitc-2025-014040
7. Efficacy and immunomodulatory effect of Claudin18.2-specific IL-7/XCL1 armored CAR-T cells in digestive tract cancer: preclinical and clinical analysis.
标题:装甲化CAR-T细胞有效治疗消化道肿瘤。背景:由于免疫抑制微环境和功能缺陷,CAR-T细胞在消化道肿瘤等实体瘤中的疗效有限。发现:研究开发了分泌IL-7和XCL1的CLDN18.2靶向CAR-T细胞,临床显示其安全性良好且能重塑肿瘤微环境。价值:该研究为消化道肿瘤提供了一种创新的细胞疗法,展示了装甲化CAR-T在实体瘤治疗中的潜力。
消化道肿瘤 | CLDN18.2, IL-7/XCL1, 肿瘤微环境 | 装甲化CAR-T, 单细胞RNA测序
Zhao Xuan · … · Zhang Yi · · 2026/03/09
该研究由郑州大学第一附属医院张毅团队完成 Signal transduction and targeted therapy
原文链接:https://doi.org/10.1038/s41392-026-02621-8
8. Epilepsy-associated FOXJ3 variants link a transcriptional program of the PTEN-mTOR pathway to neuronal specification and cortical lamination.
标题:FOXJ3变异通过PTEN通路导致癫痫发生。背景:局灶性皮质发育不良是耐药性癫痫的主因,但其神经元迁移异常的分子基础尚不明确。发现:研究鉴定出FOXJ3致病变异通过下调PTEN激活mTOR信号,干扰神经元迁移、分化及皮质层级构建。价值:该研究定义了调节PTEN-mTOR通路的转录程序,为理解癫痫和皮质发育畸形提供了新见解。
局灶性皮质发育不良 (FCD), 癫痫 | FOXJ3, PTEN-mTOR通路 | 单细胞RNA测序, 子宫内电转
Cheng Haw-Yuan · … · Tsai Jin-Wu · · 2026/03/09
该研究由国立阳明交通大学蔡金吾团队完成 Nature communications
原文链接:https://doi.org/10.1038/s41467-026-69241-2
9. Gene expression dynamics of human and mouse craniofacial development at the single-cell level.
单细胞水平揭示人鼠颅面发育基因动力学。颅面发育涉及多种瞬时细胞类型,但对人类该过程的了解仍十分有限。本研究通过单核RNA测序分析了受孕后4-8周的人类颅面发育,识别出间充质和神经嵴等亚型,并发现其与小鼠具有功能保守性。该资源为理解面部形态发育及口面裂等疾病的细胞机制提供了重要参考。
颅面发育, 口面裂 | 基因表达动力学, 细胞亚型 | 单核RNA测序 (snRNA-seq)
Khouri-Farah Nagham · … · Cotney Justin · · 2026/03/09
该研究由费城儿童医院Justin Cotney团队完成 Nature communications
原文链接:https://doi.org/10.1038/s41467-026-70232-6
10. Ribosomal modifications are associated with mesenchymal fate selection in the neural crest lineage.
核糖体修饰关联神经嵴谱系的间充质命运选择。神经嵴细胞分化为骨骼间充质或神经胶质谱系的分子机制尚不完全清楚。利用单细胞转录组学,研究发现rRNA修饰因子而非结构蛋白决定了间充质命运,且该机制在神经母细胞瘤进展中同样关键。该发现揭示了核糖体异质性在正常发育和肿瘤演变中调节细胞命运决策的重要作用。
神经嵴发育, 神经母细胞瘤 | rRNA修饰, 核糖体异质性 | Smart-seq2, 单细胞转录组学
Poverennaya Irina · … · Adameyko Igor · · 2026/03/09
该研究由维也纳医科大学Igor Adameyko团队完成 Nature communications
原文链接:https://doi.org/10.1038/s41467-026-70375-6
11. Single-cell genomics highlight MYC-associated metabolic activation and altered cell interactions in T-prolymphocytic leukemia progression.
单细胞组学揭示T-淋巴前体细胞白血病进展机制。T-PLL通常进展迅速,但部分患者存在惰性期,其向活跃期转化的分子机制尚不清楚。研究通过纵向单细胞RNA测序发现,活跃期细胞表现出MYC靶基因上调、能量代谢增强及与微环境相互作用减少。该分析为理解肿瘤演化提供了新见解,并识别出潜在的治疗干预靶点。
T-淋巴前体细胞白血病 (T-PLL) | MYC通路, 代谢激活, 免疫逃逸 | 单细胞RNA测序, 纵向基因组分析
Wahnschaffe Linus · … · Herling Marco · · 2026/03/09
该研究由科隆大学医院Marco Herling团队完成 Nature communications
原文链接:https://doi.org/10.1038/s41467-026-70185-w
12. Unbiased recording and identification of thymic cellular interactomes using synthetic Notch receptors.
利用合成Notch受体无偏见记录胸腺细胞相互作用组。胸腺细胞与其他免疫及基质细胞的相互作用对T细胞发育至关重要,但传统方法难以全面解析。研究者利用synNotch受体在小鼠体内直接标记与CD4+细胞接触的细胞,并结合单细胞转录组学揭示了支持T细胞发育的复杂网络。该工作为研究体内细胞间相互作用提供了全新的遗传学手段。
T细胞发育, 免疫衰老 | 细胞间相互作用, 配体-受体对 | 合成Notch受体, 单细胞RNA测序
Sánchez-Lanzas Raúl · … · Ganuza Miguel · · 2026/03/09
该研究由伦敦玛丽女王大学Miguel Ganuza团队完成 Nature communications
原文链接:https://doi.org/10.1038/s41467-026-70225-5
13. IFN-gene signatures in B cells following influenza A and B virus infection and influenza vaccination.
流感病毒感染及疫苗接种后B细胞的干扰素基因特征研究。尽管有疫苗接种,流感仍造成沉重负担,且不同感染类型诱导的免疫特征差异尚不明确。本研究通过单细胞测序分析了流感特异性B细胞,发现乙型流感患者B细胞中干扰素刺激基因显著上调。这些发现揭示了甲、乙型流感在诱导B细胞免疫方面的差异,为优化疫苗设计和治疗策略提供了重要参考。
流感病毒感染, 疫苗免疫 | B细胞免疫, 干扰素刺激基因, IFITM1 | 单细胞RNA测序, 抗原探针
Zhang Wuji · … · Nguyen Thi H O · · 2026/03/09
该研究由墨尔本大学Thi H O Nguyen团队完成 EMBO molecular medicine
原文链接:https://doi.org/10.1038/s44321-026-00395-8
14. Single Cell Multi-Omics Revealing the Important Role of MR1 Mediated MAIT Cells in Maintaining Rejection for Liver Transplantation.
单细胞多组学揭示MR1介导的MAIT细胞在肝移植排斥中的作用。MAIT细胞在免疫调节中具有重要作用,但其在肝移植免疫中的具体机制尚不明确。研究通过单细胞测序和MR1敲除模型发现,CD8+ MAIT细胞在移植肝中显著增加,且MR1缺失能通过重塑TCR库减轻排斥反应。该发现阐明了MAIT细胞在移植排斥中的关键角色,为移植免疫研究奠定了基础。
肝移植排斥 | MAIT细胞, MR1, TCR库重塑 | 单细胞RNA/TCR测序
Cai Hailun · … · Wu Bin · · 2026/03/10
该研究由福建医科大学附属协和医院Wu Bin团队完成 Cell proliferation
原文链接:https://doi.org/10.1111/cpr.70194
15. RHD6LA regulates root hair responses to both symbionts and commensals
RHD6LA调节豆科植物根毛对共生菌的反应。豆科植物如何区分共生固氮菌与普通土壤共生菌的机制尚不明确。通过单细胞转录组测序,研究发现RHD6LA转录因子在协调根毛感染道形成及限制对共生菌过度反应中起关键作用。该研究揭示了植物与微生物相互作用的复杂信号重叠机制。
植物-微生物相互作用 | RHD6LA, 根毛发育 | 单细胞RNA测序
Tedeschi, Francesca · … · Andersen, Stig Uggerhøj · Nature Communications · 2026/03/10
原文链接:http://dx.doi.org/10.1038/s41467-026-70504-1
空间组学
1. Integrative spatial profiling pipeline for determining TME architectures in archival clinical specimens using CmTSA superplex technology
超多重成像揭示肿瘤微环境架构。临床存档样本的RNA不稳定和高背景噪声限制了空间转录组和蛋白组的应用。研究开发了CmTSA技术,结合深度学习管线,实现了30-60种生物标志物的超高分辨率成像。该平台为量化肿瘤微环境功能龛位提供了强有力工具,助力精准免疫治疗研究。
肿瘤微环境 (TME) | 功能龛位 (FN), 细胞空间相互作用 | CmTSA超多重成像, 空间蛋白组学
Xiao, Chaoxin · … · Zhao, Chengjian · · 2026/03/10
该研究由四川大学华西医院赵成坚团队完成 Cell Discovery
原文链接:http://dx.doi.org/10.1038/s41421-026-00874-9
2. Spatial cartography of human thymus enables the geopositioning of lineage transcription factors in rare mimetic thymic epithelial cells
人类胸腺的高分辨率空间图谱。胸腺是T细胞发育的关键器官,但其复杂的空间架构和罕见细胞调控机制尚不明确。研究利用Stereo-seq技术构建了人类胎儿及儿童胸腺的空间转录组和蛋白组图谱。该图谱揭示了调控罕见拟态上皮细胞的转录因子网络,为免疫发育研究提供了重要资源。
免疫发育, T细胞成熟 | 转录因子网络, 胸腺上皮细胞 | Stereo-seq, 空间转录组学
Kamaraj, Uma S. · … · Loh, Yuin-Han · Nature Communications · 2026/03/10
原文链接:http://dx.doi.org/10.1038/s41467-026-68596-w
基因组或者转录组学
1. Compound starch granule formation in grass seeds is associated with distinct temporal patterns of gene expression
禾本科种子复合淀粉粒形成与特定基因表达模式相关。禾本科植物胚乳中淀粉粒形态存在显著差异,但其背后的分子机制尚不明确。研究通过对105个物种的调查及比较转录组分析,发现SS3a、SBE1等基因的表达与复合淀粉粒形成密切相关。该研究为理解胚乳发育及淀粉形态自然变异提供了重要的表型和基因表达数据集。
淀粉粒形态发育 | SS3a, SBE1, 基因表达调控 | 比较转录组学, 电子显微镜
Watson-Lazowski, Alexander · … · Seung, David · Current Biology · 2026/03/09
原文链接:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960982226000771?dgcid=rss_sd_all
2. Dispersal and isolation of the scaly-foot snail across abyssal insular habitats and through time
深海热液口鳞角腹足蜗牛的扩散与隔离机制。深海热液口物种的扩散障碍及遗传隔离模式在生物地理学研究中仍不清晰。研究通过对印度洋8个热液口的125个个体进行群体基因组分析,揭示了深海洋流和转换断层对基因流的影响。该研究为深海采矿背景下的生物多样性保护提供了重要的基准数据。
种群遗传结构 | 基因流, 扩散障碍 | 群体基因组学, 物理海洋模型
Chen, Xi · … · Sun, Jin · Current Biology · 2026/03/09
原文链接:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960982226000722?dgcid=rss_sd_all
3. An ancient disease from the New World
古DNA研究揭示梅毒起源于“新大陆”。梅毒等螺旋体疾病自15世纪末以来造成了巨大痛苦,但其早期起源一直存在争议。研究利用古代DNA技术分析了梅毒的起源,证实其可能在农业出现前就起源于美洲。这一发现澄清了长期以来的形态学争论,为理解这种古老疾病的演化史提供了关键证据。
梅毒起源 | 螺旋体演化 | 古代DNA分析
Gross, Michael · Current Biology · 2026/03/09
原文链接:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960982226002216?dgcid=rss_sd_all
4. Mutualism in disguise: A mosquito parasite with mixed transmission mode displays mutualistic traits promoting oogenesis.
蚊子寄生虫通过互利共生特征促进宿主卵子发生。兼具垂直和水平传播模式的共生体如何演化出互利特征一直是生物学研究的谜题。研究发现台湾囊虫能通过增强氮代谢和解毒功能提升蚊子的繁殖能力,表现出明显的互利共生倾向。该发现模糊了寄生与互利的界限,揭示了生理耦合在共生关系演化中的关键作用。
宿主-寄生虫相互作用 | 卵子发生, 氮代谢 | 双转录组分析
Girard Maxime · … · Minard Guillaume · · 2026/03/09
该研究由克劳德·贝纳德里昂第一大学Guillaume Minard团队完成 PLoS pathogens
原文链接:https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1014034
5. The population structure in the Baltic herring reflects natural selection and local adaptation.
波罗的海鲱鱼种群结构反映自然选择与局部适应。物种如何适应环境并调节繁殖时间是进化生物学的核心课题。研究通过高分辨率遗传分析发现了与盐度、温度等环境梯度相关的多个适应性遗传集群。该研究对可持续渔业和生物多样性管理具有重要指导意义。
局部适应, 种群结构 | 自然选择, 染色体倒位 | SNP基因分型, 连锁不平衡分析
Goodall Jake · … · Laikre Linda · · 2026/03/09
该研究由斯德哥尔摩大学Laikre Linda团队完成 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
原文链接:https://doi.org/10.1073/pnas.2526500123
6. Deciphering the Evolution Pattern of Structural Variations Overlapped With Repetitive Sequence During Cattle Evolution.
重复序列重叠结构变异揭示牛类进化模式。重复序列对理解真核基因组进化至关重要,但在家畜中的研究尚不充分。研究整合了全球牛类的长读长测序数据,揭示了与体型等性状相关的结构变异演化景观。该发现为牛类分子育种和进化遗传学研究提供了重要标记。
家畜进化, 性状改良 | 结构变异(SV), 重复序列 | 长读长测序, 比较基因组学
Guo Zhifan · … · Li Yan · · 2026/03/09
该研究由云南大学李艳团队完成 Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
原文链接:https://doi.org/10.1002/advs.202523333
7. The prevalence and clinical significance of clonal monocytosis.
克隆性单核细胞增多的患病率及其临床意义。克隆性单核细胞增多症的临床相关性尚未在人群水平得到评估。研究通过分析英国生物样本库数据,确认其是与髓系肿瘤及心血管疾病强相关的高危实体。该研究为完善相关疾病的诊断定义提供了循证医学依据。
克隆性造血, 髓系肿瘤 | 单核细胞增多, 基因突变 | 机器学习分类器, 队列研究
Dunn William Grant · … · Vassiliou George S · · 2026/03/09
该研究由剑桥大学Vassiliou George S团队完成 Blood
原文链接:https://doi.org/10.1182/blood.2025031883
8. Water mass specific genes dominate the Southern Ocean microbiome.
标题:水团特异性基因主导南大洋微生物组。背景:南大洋在调节全球生物地球化学循环中起关键作用,但维持其生物活动的微生物基因尚未被充分表征。发现:研究通过分析218个宏基因组构建了微生物基因集,发现38%的基因为南大洋特有,且其分布受水团结构驱动。价值:该工作捕捉了快速变化海洋中独特的微生物多样性,为理解南大洋浮游生物生态与进化迈出了重要一步。
海洋微生物多样性 | 极地适应性, DMSP裂解 | 宏基因组学, 基因目录构建
Faure Emile · … · Maignien Loïs · · 2026/03/09
该研究由法国海洋开发研究院Maignien Loïs团队完成 Nature communications
原文链接:https://doi.org/10.1038/s41467-026-69584-w
9. Distinct genomic trajectory among invasive Salmonella Typhimurium ST313 infections.
揭示侵袭性鼠伤寒沙门氏菌ST313的独特基因组演化轨迹。ST313引起的侵袭性非伤寒沙门氏菌病是全球健康挑战,但其传播和演化驱动力尚不明确。通过分析超一万个基因组,研究识别出高耐药亚系并发现其跨洲传播与人类活动相关,且伴随毒力增强的遗传改变。研究强调了人为因素对病原体演化的塑造作用,并指出加强监测对应对耐药菌株的重要性。
侵袭性非伤寒沙门氏菌病, 抗生素耐药性 | 基因组演化, 移动组介导耐药 | 谱系基因组分析
Jia Chenghao · … · Yue Min · · 2026/03/09
该研究由浙江大学/中国科学院杭州高等研究院岳敏团队完成 Nature communications
原文链接:https://doi.org/10.1038/s41467-026-70196-7
10. Long-read sequencing of families reveals increased germline and postzygotic mutation rates in repetitive DNA.
长读长测序揭示重复DNA区域中生殖细胞和合子后突变率的增加。复杂重复区域的变异识别和亲本来源分配一直是基因组学研究的难点。本研究对42个自闭症家庭进行多平台测序,发现长读长技术显著提升了新发突变的检出率,并揭示了合子后突变在重复序列中的富集现象。该研究深化了对人类基因组突变规律的理解,特别是重复序列在遗传变异中的作用。
自闭症, 遗传变异 | 新发突变, 重复序列, 合子后突变 | 长读长测序, 纳米孔测序
Noyes Michelle D · … · Eichler Evan E · · 2026/03/09
该研究由华盛顿大学Evan E Eichler团队完成 Nature communications
原文链接:https://doi.org/10.1038/s41467-026-70342-1
11. Effects of daily multivitamin-multimineral and cocoa extract supplementation on epigenetic aging clocks in the COSMOS randomized clinical trial.
每日补充多维元素对表观遗传衰老时钟的影响。多维元素和可可黄烷醇可能获益于老年慢性病,但其是否能延缓生物衰老过程尚无定论。本研究通过随机对照试验发现,每日补充多维元素能适度减缓特定表观遗传时钟的增长速度,尤其在基线衰老较快的人群中效果更明显。该研究为多维元素在延缓生物衰老方面的潜在作用提供了初步的分子证据。
生物衰老 | 表观遗传时钟, DNA甲基化 | 随机临床试验, 表观遗传分析
Li Sidong · … · Sesso Howard D · Nature medicine · 2026/03/09
⭐ 该研究由哈佛医学院Howard D Sesso团队完成
原文链接:https://doi.org/10.1038/s41591-026-04239-3
12. Genome evolution and regulatory dynamics underlying salt stress tolerance in the halophyte Halogeton arachnoideus.
盐生植物盐蓬的基因组进化与耐盐调控机制研究。极端环境下的植物是研究抗逆机制的宝贵资源,但盐蓬的耐盐分子机制尚不清晰。本研究通过长读长测序构建了高质量染色体级基因组,并揭示了转录因子家族在盐胁迫下的调控网络重构。该研究为理解盐生植物的进化过程提供了基因组学框架,并为培育耐盐作物奠定了遗传基础。
植物耐盐性 | 基因调控网络, 转录因子 | 基因组组装, 转录组分析
Xu Kaiming · … · Liu Shuyu · · 2026/03/09
该研究由兰州大学刘书雨团队完成 Communications biology
原文链接:https://doi.org/10.1038/s42003-026-09802-9
13. Global genomic diversity of temperate P2-like viruses.
全球温和型P2样病毒的基因组多样性研究。P2样病毒广泛存在但其多样性和生态功能因传统分离方法的局限而研究不足。本研究通过分析公共数据库,将已知P2V基因组扩大了48倍,并将其划分为13个超进化支。研究还发现了大量具有生境特异性的辅助代谢基因,揭示了其在宿主适应和微生物组动态中的关键作用。该工作极大地扩展了对温和噬菌体遗传多样性的认知。
病毒多样性, 微生物组动态 | 宿主适应, 辅助代谢基因 | 宏基因组分析, 系统发育分类
Liu Yundan · … · Liang Yantao · · 2026/03/09
该研究由中国海洋大学梁彦韬团队完成 Communications biology
原文链接:https://doi.org/10.1038/s42003-026-09823-4
14. A clinic-responder-derived defined microbial consortium enhances anti-PD-1 immunotherapy efficacy in mice.
肠道菌群联合PD-1疗法增强肺癌免疫治疗效果。针对肠道菌群是提升癌症免疫治疗效率的潜在策略,但临床成功案例有限。本研究通过宏基因组分析筛选出15种与非小细胞肺癌患者免疫响应相关的细菌,构建了能产生免疫调节代谢物并促进CD8+ T细胞浸润的菌群RCom。该研究为开发改善PD-1疗法响应性的微生物辅助疗法提供了新思路。
非小细胞肺癌 | 肠道菌群, 免疫调节代谢物 | 宏基因组分析, PD-1免疫治疗
Zhou Haiyan · … · Yang Chen · Nature microbiology · 2026/03/09
⭐ 该研究由上海交通大学Yang Chen团队完成
原文链接:https://doi.org/10.1038/s41564-026-02279-6
15. The antimicrobial gut resistome of the Wayampi reveals a shared background of antibiotic and metal resistance genes with industrialized populations, underscoring the "robust-yet-fragile" architecture of human gut microbiomes.
原住民肠道耐药组揭示人类菌群“稳健且脆弱”的架构。大多数耐药性研究集中于工业化人群,忽略了受人为污染极小的偏远群体。通过对法属圭亚那Wayampi原住民的宏基因组分析,发现其拥有与工业化人群相似的核心抗生素耐药基因,但金属耐药基因丰富度更高。该研究强调了耐药基因分布的韧性,为理解人类肠道微生物组的长期进化提供了广阔视角。
肠道耐药组 | 抗生素耐药基因, 金属耐药基因 | 宏基因组捕获平台
Fernández-de-Bobadilla Miguel D · … · Coque Teresa M · Microbiome · 2026/03/09
⭐ 该研究由马德里Ramón y Cajal卫生研究所Teresa M Coque团队完成
原文链接:https://doi.org/10.1186/s40168-026-02345-5
16. Diameter-dependent effects of nanopillar arrays on PEEK bioactivity and soft tissue integration.
纳米柱阵列直径显著影响PEEK材料的生物活性与软组织整合。PEEK材料因生物惰性导致软组织整合欠佳,限制了其在骨修复中的临床应用。研究通过模板法制备了不同直径的纳米柱阵列PEEK,发现其能通过上调Areg等基因促进成纤维细胞粘附及胶原沉积,且效果呈直径依赖性。该研究为通过表面拓扑结构设计增强植入物生物活性提供了重要策略。
软组织整合 | 纳米拓扑结构, Areg基因 | 纳米柱阵列加工, 转录组分析
Liu Xi · … · Song Wen · · 2026/03/09
该研究由空军军医大学Song Wen团队完成 Journal of nanobiotechnology
原文链接:https://doi.org/10.1186/s12951-026-04254-z
17. Allelic variation at a single locus distinguishes spring and winter faba beans
单位点变异决定蚕豆冬春性。提高蚕豆耐寒性对农业可持续性至关重要,但其遗传机制此前尚不清楚。研究通过高质量参考基因组构建和全基因组关联分析,鉴定了决定耐寒性的核心位点。该成果为培育高产耐寒蚕豆品种提供了重要的基因资源和育种工具。
植物耐寒性 | 等位基因变异, 遗传决定因素 | 全基因组关联分析 (GWAS), 参考基因组重测序
Zhang, Hailin · … · Jayakodi, Murukarthick · Nature Genetics · 2026/03/10
原文链接:http://dx.doi.org/10.1038/s41588-026-02524-y
18. In-depth Genetic and Molecular Characterization of Unilateral Coexisting Adrenal Cortical Adenoma and Carcinoma in the Context of MEN1 Syndrome
MEN1综合征中肾上腺腺瘤与腺癌的分子特征。MEN1患者常出现肾上腺病变,但良恶性肿瘤共存及其演变机制尚不明确。通过对同一患者的三种肿瘤样本进行全外显子测序,研究发现了TP53和NF1等致病突变,但未证实腺瘤向腺癌的直接转化。该数据强调了MEN1患者发生肾上腺恶性肿瘤的高风险性。
MEN1综合征, 肾上腺皮质癌 | TP53, NF1, 杂合性丢失(LOH) | 全外显子组测序(WES)
Cioppi, Francesca · … · Luconi, Michaela · Endocrine Pathology · 2026/03/10
原文链接:http://dx.doi.org/10.1007/s12022-026-09908-0
19. Ancient DNA and spatial modeling reveal a pre-Inca trans-Andean parrot trade
古DNA与空间建模揭示前印加时期的鹦鹉贸易。亚马逊鹦鹉羽毛是前西班牙安第斯文明的地位象征,但其获取路径此前不明。通过整合古DNA、稳定同位素及空间建模,研究证实这些鹦鹉跨越安第斯山脉被活体运送至沿海地区。该发现揭示了前印加时期复杂的跨区域贸易网络。
古代贸易网络 | 遗传多样性, 饮食分析 | 古DNA分析, 稳定同位素分析
Olah, George · … · Shimada, Izumi · Nature Communications · 2026/03/10
原文链接:http://dx.doi.org/10.1038/s41467-026-69167-9
20. Acinetobacter baumannii’s lifestyle includes soil-dwelling colonization of decaying plant material and airborne spread
鲍曼不动杆菌在自然环境中的生存与传播机制。作为臭名昭著的医院致病菌,鲍曼不动杆菌在院外的生态演化过程知之甚少。研究发现该菌具有土壤栖息和空气传播能力,且其泛基因组规模远超此前预期。这解释了其对极端环境的耐受性及其演化为多重耐药菌的潜力。
鲍曼不动杆菌感染, 抗生素耐药性 | 环境适应性, 泛基因组 | 全基因组测序
Wilharm, Gottfried · … · Jerzak, Leszek · Nature Communications · 2026/03/10
原文链接:http://dx.doi.org/10.1038/s41467-026-70072-4
21. Magnetoreception in a freshwater ciliate arises from endosymbiosis
淡水纤毛虫通过内共生获得磁感应能力。磁感应是生物探测地磁场的能力,但真核单细胞生物获取该能力的机制尚不明确。研究发现一种纤毛虫通过招募能合成磁铁矿晶体的内共生细菌,实现了类似趋磁细菌的导航能力。该发现扩展了我们对水生生态系统中内共生演化及磁感应起源的理解。
磁感应, 生物导航 | 内共生, 磁铁矿生物矿化 | 基因组分析, 电子显微镜
Bolzoni, Romain · … · Lefevre, Christopher T. · Nature Communications · 2026/03/10
原文链接:http://dx.doi.org/10.1038/s41467-026-70462-8
22. Cell type-specific epigenetic regulatory circuitry of coronary artery disease loci
冠状动脉疾病位点的细胞类型特异性表观调控图谱。尽管已发现数百个冠心病风险位点,但其分子调控机制仍不明确。研究整合了百万人的遗传数据与45种细胞的表观遗传数据,识别出1580个候选基因,并验证了非编码RNA基因IQCH-AS1的作用。该研究为理解冠心病的遗传机制提供了细胞水平的精准视角。
冠状动脉疾病(CAD) | 非编码RNA, 表观遗传调控 | 全基因组关联分析(GWAS), 整合分析
Hecker, Dennis · … · Schulz, Marcel H. · Nature Communications · 2026/03/10
原文链接:http://dx.doi.org/10.1038/s41467-026-70216-6
蛋白质组学
1. Identification and characterization of a wet adhesive protein extracted from Dreissena bugensis, the freshwater quagga mussel.
斑马贻贝湿粘附蛋白的鉴定与特性分析。水生生物进化出了高效的湿粘附机制,但合成生物相容性粘附材料仍受限。研究从淡水斑马贻贝中鉴定出Dbfp7蛋白家族,发现其无需DOPA即可在水中表现出粘附能力。该研究为开发新型生物启发式医疗粘附材料奠定了基础。
湿粘附材料开发 | Dbfp7蛋白, 非DOPA依赖粘附 | 定量蛋白质组学, 原子力显微镜
Obille Angelico R · … · Sone Eli D · · 2026/03/09
该研究由多伦多大学Sone Eli D团队完成 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
原文链接:https://doi.org/10.1073/pnas.2537453123
2. Hetero-oligomerization drives structural plasticity of eukaryotic peroxiredoxins
异源寡聚化驱动过氧化物酶结构可塑性。真核生物中多种过氧化物酶同工酶共存,但此前多被认为仅形成同源寡聚体。研究通过生化重建和质谱分析,证实了异源二聚体和十聚体在不同物种中的普遍存在。该发现挑战了传统的同源寡聚范式,为理解细胞应激响应和氧化还原信号提供了新维度。
氧化还原平衡 | 过氧化物酶 (Prx), 异源十聚化 | 原位质量光度术, 电子显微镜
Zimmermann, Jannik · … · Morgan, Bruce · Nature Chemical Biology · 2026/03/10
原文链接:http://dx.doi.org/10.1038/s41589-026-02157-6
代谢组学
1. Elevated phthalate exposure and metabolic susceptibility increased breast cancer risk: A 20-y follow-up study in Taiwan.
邻苯二甲酸酯暴露与代谢易感性增加乳腺癌风险。邻苯二甲酸酯(尤其是DEHP)的致癌性在长期人群研究中仍缺乏定论。这项长达20年的随访研究发现,高DEHP暴露结合代谢易感性和初潮过早显著提升了女性患乳腺癌的风险。研究结果确定了MEHP%作为更佳的代谢生物标志物,为乳腺癌的预防和环境风险评估提供了依据。
乳腺癌 | DEHP代谢, 激素干扰 | 嵌套病例对照研究, 代谢物检测
Chen Hui-Chi · … · Chen Chien-Jen · · 2026/03/09
该研究由台湾中央研究院陈建仁团队完成 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
原文链接:https://doi.org/10.1073/pnas.2507008123
2. Leveraging antibiotic hormesis for cryptic natural product discovery.
抗生素毒物兴奋效应助力天然产物发现。大量微生物天然产物因生物合成基因簇在标准条件下不表达而难以获取。研究开发了基于高剂量抑制、低剂量诱导的筛选平台,成功鉴定出多种新型天然产物。该方法为药物研发和微生物代谢调节研究提供了高效平台。
天然产物发现 | 抗生素毒物兴奋效应, 生物合成基因簇 | 代谢组学分析, 高通量筛选
An Joon Soo · … · Seyedsayamdost Mohammad R · · 2026/03/09
该研究由普林斯顿大学Seyedsayamdost Mohammad R团队完成 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
原文链接:https://doi.org/10.1073/pnas.2529841123
3. Combining Pathway Engineering and Precursor Enrichment to Build a Multi-Trait Soybean Platform for Aquaculture Feed Applications.
标题:代谢工程与育种构建多性状大豆水产饲料平台。背景:利用油料作物生产ω-3脂肪酸和抗氧化剂受限于异源途径的代谢通量和前体供应。发现:研究通过引入九种酶在大豆中生产EPA和虾青素,并利用代谢育种策略扩大前体池,使EPA含量提升四倍并修复了生长缺陷。价值:该研究展示了前体池扩展在解决复杂代谢工程瓶颈中的关键作用,为可持续水产饲料生产提供了多性状平台。
代谢通量限制 | 前体池扩展, 脂肪酸脱饱和/伸长 | 代谢工程, 合成生物学
Kim Hyojin · … · Cahoon Edgar B · · 2026/03/07
该研究由内布拉斯加大学林肯分校Cahoon Edgar B团队完成 Metabolic engineering
原文链接:https://doi.org/10.1016/j.ymben.2026.03.003
4. Residential green space, air pollution, and related metabolites in association with depression among cancer survivors.
居住绿地与空气污染影响癌症幸存者抑郁风险。自然环境暴露对癌症幸存者心理健康的影响及代谢组学在其中的作用尚不明确。通过分析UK Biobank超2万名幸存者数据,发现高绿地暴露可显著降低抑郁风险,且该关联部分由血浆代谢物介导。研究强调了改善居住环境对降低癌症患者抑郁风险及通过代谢途径干预的重要性。
抑郁症, 癌症生存者 | 环境暴露, 代谢通路 | 流行病学分析, 代谢组学
Zhao Jianhui · … · Li Xue · · 2026/03/09
该研究由浙江大学医学院Xue Li团队完成 Nature communications
原文链接:https://doi.org/10.1038/s41467-026-70393-4
多组学
1. Axes of biological variation in diffuse large B cell lymphoma
单细胞多组学揭示弥漫大B细胞淋巴瘤的生物学变异。传统的体学分析难以充分刻画DLBCL内部的遗传和基因表达异质性。研究通过对103份活检样本进行单细胞RNA和ATAC测序,识别了恶性B细胞的遗传亚群及其分化、增殖特征。该单细胞资源阐明了肿瘤内外的生物学差异,为研究DLBCL的发病机制和治疗反应提供了重要工具。
弥漫大B细胞淋巴瘤 | 遗传亚群, B细胞分化 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序
Wang, Boya · … · Staudt, Louis M. · Cancer Cell · 2026/03/09
原文链接:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1535610825005495?dgcid=rss_sd_all
2. B cells disrupt tertiary lymphoid structure formation and suppress anti-tumor immunity
IGLL5+ B细胞通过破坏三级淋巴结构抑制抗肿瘤免疫。三级淋巴结构(TLS)能促进抗肿瘤免疫,但其在癌症中的稳态调节机制尚不明确。研究通过单细胞和空间转录组发现,IGLL5+ B细胞通过抑制LTβR信号导致TLS解体,从而削弱免疫治疗效果。该发现确定了IGLL5+ B细胞是免疫逃逸的关键调节者,为增强癌症免疫治疗提供了新靶点。
膀胱癌 | 三级淋巴结构, IGLL5, LTβR信号 | 空间转录组学, 单细胞测序
Chen, Changhao · … · Lin, Tianxin · Cancer Cell · 2026/03/09
⭐ 该研究由中山大学孙逸仙纪念医院林天歆团队完成
原文链接:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1535610825005458?dgcid=rss_sd_all
3. Multi-modal dissection of cell-type specific TDP-43 pathology in the motor cortex.
多模态解析运动皮层中TDP-43病理的细胞特异性。TDP-43蛋白病是ALS等神经退行性疾病的共同特征,但受累细胞类型的易感机制尚不明确。研究结合流式核分选、单细胞多组学及空间转录组学,确定了受影响最严重的兴奋性神经元亚群及其特异性转录异常。该研究强调了针对特定细胞类型开发TDP-43病理治疗方案的必要性。
肌萎缩侧索硬化 (ALS), TDP-43蛋白病 | 细胞特异性易感性, 隐性外显子包含 | 单细胞多组学 (ATAC-seq/RNA-seq), 空间转录组学
Ruf Wolfgang P · … · Danzer Karin M · · 2026/03/09
该研究由乌尔姆大学Karin M Danzer团队完成 Nature communications
原文链接:https://doi.org/10.1038/s41467-026-69944-6
4. DPEP2 suppresses hyperinflammation via metabolic reprogramming of macrophages in sepsis.
DPEP2通过巨噬细胞代谢重塑抑制脓毒症中的过度炎症。脓毒症引起的过度炎症是导致患者死亡的主因,但临床上缺乏有效的干预手段。研究发现DPEP2在脓毒症患者单核细胞中表达降低,其缺失会加剧炎症反应,机制涉及LTD4积累诱导的代谢重塑。该研究揭示了DPEP2的免疫代谢调节功能,并提出LNP介导的mRNA递送作为潜在疗法。
脓毒症, 过度炎症 | DPEP2, 白三烯D4, 代谢重塑, NF-κB | 单细胞RNA测序, 脂质纳米颗粒(LNP)
Luo Wenchen · … · Zhong Jing · · 2026/03/09
该研究由复旦大学中山医院钟静团队完成 Nature communications
原文链接:https://doi.org/10.1038/s41467-026-70466-4
5. Predictive biomarkers of response to chimeric antigen receptor (CAR) T-cell therapy for pan-haematologic cancer.
泛血液肿瘤CAR-T细胞治疗反应的预测性生物标志物研究。识别预测性标志物对于优化CAR-T疗法至关重要,但样本量有限和数据非均一性是主要挑战。研究者整合了5种癌症类型、13项临床试验的患者数据,通过流式细胞术和血清标志物分析构建了多维度资源库。该研究发现了具有普适性的预测标志物,为指导不同血液肿瘤的CAR-T临床治疗提供了科学依据。
血液肿瘤, CAR-T疗法 | 治疗反应预测, 免疫标志物 | 流式细胞术, 机器学习, 临床试验分析
Chen Gregory M · … · Fraietta Joseph A · Nature biomedical engineering · 2026/03/09
⭐ 该研究由宾夕法尼亚大学Joseph A Fraietta团队完成
原文链接:https://doi.org/10.1038/s41551-026-01633-7
生物信息软件
1. A context-augmented large language model for accurate precision oncology medicine recommendations
增强上下文大语言模型提升精准肿瘤学用药推荐。肿瘤分子疗法的快速更迭使临床医生难以实时掌握最新的精准医疗建议。研究开发了基于检索增强生成(RAG)的LLM工作流,在生物标志物驱动的治疗推荐中达到了93%以上的准确率。该方法为在临床环境中部署人工智能辅助决策、支持癌症患者精准治疗提供了重要指导。
精准肿瘤学 | 生物标志物匹配 | 大语言模型, 检索增强生成
Jun, Hyeji · … · Van Allen, Eliezer · Cancer Cell · 2026/03/09
原文链接:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1535610825005513?dgcid=rss_sd_all
2. Self-supervised Monocular Depth and Pose Estimation for Endoscopy with Latent Priors.
基于潜验先验的自监督单目内窥镜深度与位姿估计。内窥镜下的3D重建对于病变表征至关重要,但复杂的纹理和光照使得可靠的深度估计极具挑战。研究提出了一种结合StyleGAN和VAE的框架,通过引入自然图像的潜验先验显著提升了预测的鲁棒性。该框架在多个内窥镜数据集上表现优异,为实现精准的消化道病变定量分析提供了技术支撑。
消化道病变表征 | 3D重建, 深度估计 | 自监督学习, StyleGAN
Xu Ziang · … · Rittscher Jens · · 2026/03/09
该研究由牛津大学Jens Rittscher团队完成 IEEE transactions on medical imaging
原文链接:https://doi.org/10.1109/TMI.2026.3671423
3. Spatio-temporal characterization of gastric distensibility in upper endoscopy identifies the presence of Helicobacter pylori.
胃扩张性的时空特征分析可识别幽门螺杆菌感染。胃扩张性受炎症等病理状态影响,但临床常规内窥镜检查缺乏定量的评估手段。研究利用AI工具从常规内窥镜视频中重建胃表面,通过量化表面弯曲度的时空变化来评估扩张性差异。该方法能有效捕捉幽门螺杆菌感染引起的微小胃壁变化,为无创诊断胃部病理状态提供了新策略。
幽门螺杆菌感染 | 胃扩张性改变 | 形状恢复算法, 深度学习
Ruano-Balseca Josue · … · Romero Eduardo · · 2026/03/09
该研究由哥伦比亚国立大学Eduardo Romero团队完成 IEEE transactions on medical imaging
原文链接:https://doi.org/10.1109/TMI.2026.3672198
4. Discovery of Peripheral Airway Beyond Incomplete CT Annotations for Navigational Bronchoscopy.
ASTRA-Net深度学习框架提升外周气道分割精度。支气管导航依赖于精确的外周气道重建,但现有方法常受限于标注不全和CT采集差异。研究提出的ASTRA-Net整合了解剖辅助输入和注意力机制,显著提高了对未标注外周分支的检测率。该成果为实现稳健的图像引导支气管镜手术提供了关键技术支持,具有重要的临床应用前景。
支气管导航 | 气道分割 | 深度学习, ASTRA-Net
Lee SiYeoul · … · Kim MinWoo · · 2026/03/09
该研究由釜山国立大学MinWoo Kim团队完成 IEEE transactions on medical imaging
原文链接:https://doi.org/10.1109/TMI.2026.3672178
5. Pareto optimality reveals an atlas of cellular archetypes.
帕累托最优揭示细胞表型变异的通用原则。识别细胞类型内表型变异的组织原则是系统生物学的核心目标。研究利用帕累托最优理论分析单细胞图谱,发现细胞转录组变异反映了功能间的权衡。该发现为构建下一代虚拟细胞语言模型提供了理论基础。
细胞表型异质性 | 帕累托最优, 功能权衡 | 单细胞转录组分析, 数学建模
Crowley George · … · Quake Stephen R · · 2026/03/09
该研究由斯坦福大学Quake Stephen R团队完成 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
原文链接:https://doi.org/10.1073/pnas.2530194123
6. Graph data science in fungal biotechnology: Opportunities and applications.
标题:图数据科学加速真菌生物技术创新。背景:真菌生物技术在工业酶和发酵产品中至关重要,但真菌基因组的复杂性限制了其生物学关系的转化应用。发现:研究综述了图数据科学在建模复杂分子相互作用和检测基因组结构变异方面的优势,指出其能克服传统非图方法的局限性。价值:该综述强调了图数据科学在整合多模态真菌数据集中的潜力,为桥接基础发现与工业应用提供了新框架。
真菌基因组功能注释 | 分子相互作用网络 | 图数据科学, 机器学习
Ko Jui-Tse · … · Santos Alberto · Biotechnology advances · 2026/03/07
⭐ 该研究由丹麦科技大学Santos Alberto团队完成
原文链接:https://doi.org/10.1016/j.biotechadv.2026.108864
7. CAMPER: mechanistic artificial intelligence for designing peptides that target MRSA persisters.
机械学习框架CAMPER助力设计针对耐药金黄色葡萄球菌的抗菌肽。开发高效且稳定的抗菌肽是应对抗生素耐药性的关键挑战。本研究提出CAMPER人工智能框架,结合机器学习与生物物理排序,成功筛选出能有效杀灭MRSA生物膜及持久态细胞的短肽。该技术为新型抗菌药物的研发提供了高效的计算工具和候选分子。
耐药金黄色葡萄球菌感染 | 膜靶向肽, 生物膜抑制 | 机器学习, 抗菌肽设计, 微流控单细胞分析
Shehadeh Fadi · … · Mylonakis Eleftherios · · 2026/03/09
该研究由休斯顿卫理公会医院Eleftherios Mylonakis团队完成 Nature communications
原文链接:https://doi.org/10.1038/s41467-026-70348-9
8. Molecular mapping in DNA-PAINT via modified Gaussian Mixture Modeling.
基于改进高斯混合模型的G5M算法提升DNA-PAINT分子成像分辨率。超分辨率荧光显微技术在推断单个生物分子的精确位置时仍面临聚类算法的局限。本研究开发了G5M算法,通过整合定位精度、空间约束和杂交动力学先验知识,实现了极高准确度的分子定位。该工具显著增强了核孔复合物等结构的成像质量,为高精度分子制图提供了新方案。
分子成像分辨率 | 分子定位, 聚类分析 | DNA-PAINT, 高斯混合模型, 超分辨率显微镜
Kowalewski Rafal · … · Jungmann Ralf · · 2026/03/09
该研究由马克斯·普朗克生物化学研究所Ralf Jungmann团队完成 Nature communications
原文链接:https://doi.org/10.1038/s41467-026-70198-5
9. Reconstructing fine-scale 3D wind fields with terrain-informed machine learning.
FuXi-CFD框架利用地形感知机器学习重建精细化三维风场。传统气象模型在公里级分辨率下难以捕捉地形诱导的复杂近地面风场特征。本研究开发了FuXi-CFD模型,仅需粗分辨率大气输入和高分辨率地形信息即可生成30米分辨率的三维风场。该模型在保持计算流体力学精度的同时大幅缩短了推理时间,对风能预测和野火建模具有重要价值。
风场预测 | 地形感知, 湍流特征 | 机器学习, 计算流体力学(CFD)
Lin Chensen · … · Li Hao · · 2026/03/09
该研究由复旦大学李昊团队完成 Nature communications
原文链接:https://doi.org/10.1038/s41467-026-70562-5
10. Benchmarking Hi-C scaffolders using reference genomes and de novo assemblies.
Hi-C基因组组装工具的大规模基准测试与性能评估。利用Hi-C技术进行染色体水平的基因组组装已广泛应用,但缺乏全面的工具性能比较。研究对比了Lachesis、HiRise等五种主流软件在不同物种及组装条件下的表现,发现HiRise和Lachesis在平均性能上表现最优。该基准测试为研究人员选择合适的Hi-C组装工具提供了重要参考依据。
基因组组装 | 染色体支架构建 | Hi-C技术, 软件基准测试
Sur Aakash · … · Myler Peter J · · 2026/03/10
该研究由华盛顿大学Peter J Myler团队完成 Genome biology
原文链接:https://doi.org/10.1186/s13059-026-03978-3
11. Deep learning-based in silico labeling for analyzing morphological features of MSCs to predict immunomodulatory capacity
深度学习预测干细胞免疫调节能力。传统间充质干细胞(MSC)检测方法具有侵入性且耗时,影响细胞活性和生产效率。研究开发了整合深度学习与机器学习的非侵入性框架,通过形态特征预测MSC效力。该工具为细胞治疗制造过程中的实时质量控制提供了高效、无损的评估手段。
间充质干细胞 (MSC) 质量控制 | 细胞形态与功能关联 | 深度学习, 实例分割
Liu, Zhiyu · … · Liu, Muyun · Communications Biology · 2026/03/10
原文链接:http://dx.doi.org/10.1038/s42003-026-09833-2
12. A foundation model for multi-task cross-distribution restoration of fluorescence microscopy images
荧光显微图像修复的基础模型。现有的深度学习图像修复模型多为特定任务设计,缺乏跨分布的泛化能力。研究推出了FluoResFM基础模型,利用文本先验实现多任务、跨生物结构的图像修复。该模型显著提升了成像质量和下游分析精度,为生物医学成像提供了通用工具。
显微成像质量 | 图像去噪与超分辨率 | 基础模型, 深度学习
Lu, Qiqi · … · Cheng, Shenghua · · 2026/03/10
该研究由华中科技大学程胜华团队完成 Nature Communications
原文链接:http://dx.doi.org/10.1038/s41467-026-70307-4
13. A meta learning and task adaptive approach for drug target affinity prediction
元学习助力药物靶点亲和力预测。准确预测药物-靶点亲和力(DTA)对药物研发至关重要,但现有模型在小样本下泛化性差。研究提出AdaMBind框架,通过元学习和动态任务调度,在数据稀缺情况下实现了高精度预测。该模型成功筛选出具有潜力的抑制剂,为低数据环境下的药物发现提供了稳健工具。
药物研发, 虚拟筛选 | 药物-靶点亲和力 (DTA) | 元学习, 深度学习
Wan, Mengxuan · … · Bo, Xiaochen · · 2026/03/10
该研究由军事医学研究院伯晓晨团队完成 Nature Communications
原文链接:http://dx.doi.org/10.1038/s41467-026-70554-5
14. Ensemble test for microbiome data
微生物组数据的集成检验方法。微生物组数据具有高稀疏性和高维性,传统统计方法在不同场景下稳健性不足。研究提出E-MANOVA方法,通过集成学习思想构建检验统计量,显著提升了关联分析的效能。该方法在吸烟者等真实数据分析中表现优异,为微生物组与疾病关联研究提供了有力工具。
微生物组与疾病关联 | 统计稳健性 | E-MANOVA, 集成学习
Bu, Deliang · … · Li, Qizhai · Microbiome · 2026/03/10
⭐ 该研究由中国科学院李启寨团队完成
原文链接:http://dx.doi.org/10.1186/s40168-026-02367-z
15. Prospective evaluation of artificial intelligence integration into breast cancer screening in multiple workflow settings: the GEMINI study
人工智能优化乳腺癌筛查流程。乳腺癌筛查需求多样,评估AI在不同临床工作流中的实际表现对推广至关重要。GEMINI研究通过前瞻性评估发现,AI集成可提升癌症检出率10.4%并减少31%的工作量。该研究证明了AI在提升筛查效能和运营效率方面的价值,支持其在医疗体系中的应用。
乳腺癌筛查 | 早期诊断 | 人工智能 (AI), 临床工作流优化
Vries, Clarisse Florence · … · Anderson, Lesley Ann · Nature Cancer · 2026/03/10
原文链接:http://dx.doi.org/10.1038/s43018-026-01126-1
16. Population-level structural variant characterization using pangenome graphs
基于泛基因组图谱的群体水平结构变异识别。在泛基因组时代,从复杂基因组序列中准确识别结构变异(SV)仍具挑战。研究开发了基于深度学习的Swave方法,通过“投影波”技术和循环神经网络精准解析简单及复杂SV。该工具将深化我们对遗传多样性及疾病相关结构变异的理解。
遗传多样性 | 结构变异(SV) | 深度学习, 泛基因组图谱
Wang, Songbo · … · Ye, Kai · Nature Genetics · 2026/03/10
⭐ 该研究由西安交通大学叶凯团队完成
原文链接:http://dx.doi.org/10.1038/s41588-026-02538-6
17. A paired sequence language model for protein-protein interaction modeling
配对序列语言模型提升蛋白质相互作用预测。理解蛋白质相互作用(PPI)对揭示细胞过程至关重要,但现有模型多针对单链设计。研究引入了蛋白质配对语言模型(PPLM),通过联合编码配对序列,在预测结合亲和力和界面接触方面优于现有方法。该工具为计算建模和药物研发提供了强大的技术支撑。
蛋白质相互作用(PPI) | 结合亲和力, 界面接触 | 蛋白质语言模型, 深度学习
Liu, Jun · … · Zhang, Yang · · 2026/03/10
该研究由密歇根大学张阳团队完成 Nature Communications
原文链接:http://dx.doi.org/10.1038/s41467-026-70457-5
声明:本文使用了AI进行翻译和总结