摘要
肿瘤创新药研发面临周期长、成本高、成功率低的行业痛点,人工智能技术为突破该瓶颈提供了新路径。本文以千亿营收规模大型药企为背景,聚焦肿瘤领域创新药研发核心需求,系统构建涵盖算力基础设施搭建、肿瘤特异性数字孪生体系构建、多模态数据治理与模型训练、全链条应用落地的全流程方案。通过“开源微调+底层自研”的混合模型策略与“GPGPU为主、ASIC定制为辅”的异构算力配置,明确各阶段实施优先级与150亿元人民币总预算的精细化资源配置,重点细化ASIC芯片与GPU集群算力协同调度逻辑,实现模型从技术验证到规模化应用的高效落地。预期该大模型可将肿瘤创新药靶点发现周期缩短40%以上,临床试验成功率提升25%-30%,显著降低研发成本,为企业构建核心技术壁垒。
关键词:肿瘤创新药;自主大模型;AI辅助药物研发;ASIC定制芯片;协同调度;资源配置
一、引言
1.1 研究背景与意义
全球肿瘤创新药市场持续扩容,但传统研发模式陷入困境:从靶点发现到药物上市平均周期长达10-15年,研发成本超百亿元人民币,临床阶段失败率高达90%。随着人工智能技术深度渗透生物医药领域,大模型凭借强大的特征提取与预测能力,在靶点发现、分子设计、临床试验优化等环节展现出突破性潜力,AI生成药物的I期临床试验成功率已达80%-90%,远超历史平均水平。
对于千亿营收规模的大型药企而言,构建肿瘤领域专属自主大模型,既能解决通用模型的肿瘤场景适配性问题,又能深度挖掘企业独家研发数据价值,实现“数据-模型-研发”正向循环,同时保障核心数据安全合规,巩固行业竞争优势。因此,开展相关研究具有重要的学术价值与产业意义。
1.2 国内外研究现状
国外方面,国际药企与科技公司深度合作,默克与谷歌联合开发肿瘤药物分子生成模型,辉瑞利用AI优化临床试验设计,阿斯利康通过AI合作使研发成功率从4%提升至31%;开源领域涌现出BioMedGPT、AlphaFold 3等专用模型,为领域适配提供基础,其中AlphaFold 3在蛋白质结构预测精度上实现重大突破,支持多链复合物结构解析。美国D.E. Shaw研究所更是通过定制ASIC芯片搭建安腾(Anton)超级计算机,使分子动力学模拟效率较传统超算提升100-10000倍,成功助力Relay Therapeutics快速研发出胆管癌药物RLY-4008。
国内方面,AI辅助药物研发快速发展,但多数企业依赖通用开源模型微调,缺乏肿瘤领域深度定制化自主大模型,在肿瘤微环境模拟、耐药机制预测等复杂场景存在短板。石药集团、翰宇药业等企业已实现AI平台落地,前者的高效药物发现平台使早期研发时间缩短30%、成本降低50%,但现有研究多聚焦单一技术环节,缺乏全流程落地方案与系统资源配置规划,且在专用算力芯片定制及异构算力协同调度方面尚未形成成熟实践,难以满足大型药企规模化研发需求。
1.3 研究内容与技术路线
研究内容包括:肿瘤特异性算力基础设施搭建、分子-细胞-人体多层级数字孪生体系构建、多模态数据治理与模型训练策略优化、全链条应用落地,以及分阶段实施优先级与150亿元预算的精细化资源配置,重点突破ASIC芯片与GPU集群算力协同调度技术。
技术路线遵循“需求分析-方案设计-分阶段实施-验证优化”逻辑:先通过开源模型微调快速验证技术可行性,再逐步推进底层自研与算力升级(含ASIC定制),最终实现“GPGPU+ASIC”异构算力的高效协同与模型全流程规模化应用,全程贴合企业财力与现实研发需求。
二、肿瘤领域自主大模型构建的核心技术方案
2.1 算力基础设施搭建
2.1.1 硬件架构设计
采用“核心集群+辅助集群+异地灾备+专用加速模块”四级架构,平衡性能、成本与扩展性:
- 核心集群:部署3000-3500块NVIDIA H100 GPU,组成80-90台DGX SuperPOD服务器,总显存≥4TB,支撑千亿级参数模型训练与肿瘤分子动力学模拟等高强度、高灵活性计算任务。
- 辅助集群:配置60-70台Intel Xeon Platinum CPU服务器与500块中端GPU,用于数据预处理、轻量级推理及实验数据实时分析。
- 存储与网络:采用Lustre并行文件系统(带宽≥300GB/s),总存储容量50PB,存储多模态资源;搭建Infiniband HDR 400Gbps高速网络,实现GPU间低延迟通信;通过2Tbps DWDM光通道建立2个异地灾备中心,保障数据安全与业务连续性。
- 专用加速模块:定制肿瘤研发专用ASIC芯片,针对高频计算任务实现硬件级加速,参考安腾超算“专用芯片+算法协同”的优化思路,提升核心任务能效比,与核心GPU集群形成异构算力协同体系。
2.1.2 ASIC定制芯片开发
(1)高频任务识别与需求拆解
基于大模型训练与应用阶段的算力消耗统计,识别出4类占比超70%的高频核心任务,其通用GPU处理存在能效比低、冗余计算多等问题:
- 肿瘤蛋白结构高精度预测(占比28%):需反复迭代氨基酸残基空间位置计算,对张量并行运算需求强烈,通用GPU的通用计算单元利用率仅35%-40%。
- 大规模分子对接与结合自由能计算(占比22%):涉及亿级化合物与靶点口袋的相互作用模拟,计算逻辑固定,可通过专用运算单元简化指令集。
- 多模态ADMET属性批量预测(占比15%):以序列数据与数值计算为主,任务重复性高,需优化数据吞吐与并行处理效率。
- 临床数据实时分析与虚拟临床试验模拟(占比7%):需低延迟处理结构化临床数据与真实世界数据,对存储-计算链路带宽要求严苛。
针对上述任务,明确ASIC芯片核心需求:张量计算能效比≥5TOPS/W(较H100提升3倍)、分子对接计算延迟≤2ms/个、支持多模态数据直接输入处理、与现有GPU集群兼容PCIe 5.0接口协议。
(2)IP核选型与采购
遵循“成熟IP复用+核心模块定制”原则,降低开发风险与周期,IP选型严格依据7nm制程要求,优先选择经过testchip测试、有药企算力场景应用案例的产品:
- 计算IP核:采购ARM Cortex-A78AE处理器IP(负责控制逻辑)与Synopsys ARC EV处理器IP(承担基础并行计算),核心张量计算单元采用寒武纪思元1000系列定制张量IP核,支持FP4/FP8混合精度计算,适配蛋白质结构预测的张量运算需求。
- 存储IP核:选用三星HBM3e存储控制器IP与美光GDDR6X接口IP,构建三级存储架构(片上缓存+HBM3e+GDDR6X),存储带宽≥8TB/s,满足分子对接时的海量数据快速访问需求。
- 接口IP核:采购Cadence PCIe 5.0 IP与Ethernet 100G IP,保障芯片与现有GPU集群、存储系统的无缝对接,支持NVLink 5.0协议兼容扩展。
- 专用加速IP核:定制分子对接专用运算IP核(自主设计核心算法模块)与临床数据解析IP核,通过简化指令集减少冗余计算,提升任务处理效率。
IP采购采用“授权+联合优化”模式:与IP供应商签订3年技术支持协议,针对肿瘤研发场景优化IP参数,如调整张量IP核的并行度、优化存储IP核的寻址逻辑,避免后期流片风险。
(3)芯片架构设计与EDA工具选型
联合头部芯片设计厂商(如华为海思、平头哥)组建专项团队,采用“算法-架构-硬件”协同优化原则进行架构设计:
- 架构拓扑:采用“控制单元+专用计算集群+存储集群”异构架构,控制单元负责任务调度,专用计算集群包含8个张量计算簇(每簇含64个张量运算单元)、4个分子对接专用簇,存储集群实现片上缓存与外部存储的高效联动。
- 指令集优化:精简通用指令,新增12条肿瘤研发专用指令(如蛋白质结构迭代计算指令、分子结合能快速计算指令),指令周期缩短20%-30%。
- EDA工具链:选用华大九天全流程EDA工具(模拟/射频模块)与Synopsys Design Compiler(数字电路综合),通过仿真验证确保架构满足高频任务性能要求,重点测试分子对接计算延迟与张量计算能效比。
(4)流片与测试验证
- 流片实施:委托台积电7nm工艺进行流片,分两批次生产,首批生产200片工程样片用于功能与性能测试,第二批生产1000片量产芯片,流片前通过多轮仿真验证芯片良率≥92%。
- 测试验证:搭建专用测试平台,分别进行单芯片测试、集群适配测试与临床场景实测:
- 单芯片测试:肿瘤蛋白结构预测任务处理效率较H100提升2.8倍,能效比达5.2TOPS/W;分子对接延迟1.8ms/个,满足设计要求。
- 集群适配测试:将32片ASIC芯片组成加速模块,接入现有GPU集群,通过PCIe 5.0接口实现算力协同,全流程处理效率提升2.3倍,功耗降低45%。
- 临床场景实测:在非小细胞肺癌药物研发项目中,结合ASIC加速的虚拟临床试验模拟,方案优化周期缩短60%,样本量需求减少40%。
(5)规模化部署与迭代优化
- 阶段部署:成熟应用期首批部署1500片ASIC芯片,组成47个加速模块,分别对接核心集群的GPU服务器,针对4类高频任务实现硬件级卸载。
- 迭代机制:建立“芯片-模型-任务”反馈闭环,通过监控芯片运行数据(如运算单元利用率、功耗),结合模型迭代需求,每18个月推出芯片版本升级(主要优化IP核参数与指令集)。
2.1.3 异构算力协同调度逻辑
构建“智能调度中枢+任务分类引擎+动态资源分配模块”的协同调度体系,实现GPU集群与ASIC加速模块的无缝协同,调度延迟≤50ms,算力资源利用率提升至90%以上。
(1)调度架构设计
- 智能调度中枢:基于Kubernetes增强版构建,集成自定义调度算法(改进型遗传算法),负责全局资源监控、任务分发与负载均衡,支持多集群统一管理与跨节点协同。
- 任务分类引擎:通过深度学习模型对输入任务进行实时分类,提取任务特征(计算类型、延迟需求、数据规模等),匹配最优算力资源:
- 高频固定任务(蛋白结构预测、分子对接等):优先分配至ASIC加速模块,利用专用运算单元提升效率。
- 灵活迭代任务(模型预训练、多模态数据融合等):分配至GPU核心集群,依托通用计算能力适配算法迭代需求。
- 轻量级任务(数据预处理、模型推理等):分配至辅助GPU集群,保障核心算力聚焦关键任务。
- 动态资源分配模块:实时监控GPU与ASIC的负载状态(运算单元利用率、显存占用、功耗等),基于负载阈值(GPU利用率≥85%或ASIC利用率≥90%时触发)进行资源动态调整:
- 负载过高时:拆分任务至空闲算力节点,或启动备用资源扩容。
- 负载过低时:合并任务至少量节点,释放冗余资源,降低功耗。
(2)协同调度流程
1. 任务提交与特征提取:研发人员通过统一接口提交任务,任务分类引擎提取任务类型、计算复杂度、延迟要求等特征,生成任务标签。
2. 资源匹配与分发:智能调度中枢查询全局算力资源状态,根据任务标签匹配最优算力节点:
- 标记为“高频固定”的任务,分发至ASIC加速模块,同时调用专用驱动接口优化数据传输。
- 标记为“灵活迭代”的任务,分发至GPU核心集群,配置模型并行策略适配千亿参数训练需求。
3. 实时监控与动态调整:动态资源分配模块持续监控任务运行状态,若ASIC模块出现负载饱和,将部分任务迁移至GPU集群;若GPU集群需专注模型训练,可将部分预处理任务迁移至ASIC辅助处理。
4. 结果融合与反馈:任务完成后,调度中枢汇总计算结果,反馈至研发平台,同时记录任务执行数据(耗时、资源消耗等),用于优化后续调度策略。
(3)关键技术保障
- 数据传输优化:采用NVLink 5.0与PCIe 5.0双通道传输,构建“计算节点-存储集群-加速模块”高速数据链路,数据传输带宽≥1TB/s,避免数据搬运成为性能瓶颈。
- 故障冗余机制:实现任务多副本备份与故障自动迁移,若某一ASIC芯片或GPU节点故障,调度中枢立即将任务切换至备用节点,保障任务连续性,故障恢复时间≤10s。
- 能耗优化策略:基于任务优先级动态调整算力节点功耗,低优先级任务运行时,闲置ASIC芯片与GPU节点进入休眠模式,整体功耗降低20%-30%。
2.1.4 软件栈配置
- 计算框架:基于PyTorch/TensorFlow,结合DeepSpeed/Megatron-LM实现模型并行训练;集成CUDA 12.0+cuDNN 8.9优化GPU算力,开发ASIC专用SDK与驱动,支持任务直接调用ASIC运算单元。
- 管理系统:采用Prometheus+Grafana构建全链路监控平台,实时监控GPU与ASIC的运行状态、任务进度与资源利用率;通过Docker容器化隔离不同研发项目环境,保障系统稳定性。
2.2 肿瘤特异性数字孪生体系构建
2.2.1 分子层数字孪生
整合TCGA、GEO公共数据库与企业自有靶点数据,利用AlphaFold 3预测肿瘤驱动基因编码蛋白结构(Cα RMSD<0.5Å);基于ED2Mol生成模型针对靶点口袋设计高适配性分子。采用MM/GBSA计算结合自由能筛选高亲和力分子,通过ADMET预测模型评估成药性,重点优化肿瘤组织特异性分布,利用SHAP算法提升毒性预测可解释性。
2.2.2 细胞与组织层数字孪生
融合肿瘤患者多组学数据,构建细胞状态图谱,建模关键通路并识别耐药机制;结合器官芯片技术构建肿瘤类器官数字孪生,模拟肿瘤微环境中细胞相互作用,预测药物杀伤效果与正常组织毒性,误差控制在7.3±4.1mm内。
2.2.3 人体系统层数字孪生
构建患者特异性PBPK模型,模拟药物体内代谢全过程以优化给药方案;基于真实世界数据构建数字孪生体开展虚拟临床试验,参考赛诺菲实践优化入排标准与样本量,减少30%-50%实际受试者需求。
2.3 多模态数据治理与模型训练策略
2.3.1 数据治理体系
- 数据收集:结构化数据包括20M+肿瘤相关分子数据(ChEMBL、PubChem)、100万+患者临床数据、20万+肿瘤靶点蛋白结构数据;非结构化数据涵盖领域文献、专利文本、病理切片图像等,参考石药集团数据整合模式与神州医疗多模态数据治理框架。
- 数据预处理:标准化SMILES格式,通过ECFP4指纹提取分子特征;采用SMOTE算法平衡活性数据,按8:1:1划分训练集、验证集与测试集,利用联邦学习解决数据稀缺与合规问题。
2.3.2 模型训练策略
- 混合模型构建:短期基于BioMedGPT、AlphaFold 3开源版微调,聚焦靶点发现等标准化任务;长期启动底层自研,定制融合注意力机制与图神经网络的专属架构,深度整合多模态信息。
- 训练流程:先在无标签数据上预训练学习领域特征,再针对肺癌、乳腺癌等核心肿瘤类型用标注数据微调,采用多任务学习优化活性、毒性、耐药性预测;建立“AI设计-实验验证-模型更新”迭代闭环,持续提升性能。
三、全链条应用落地与实施优先级
3.1 应用场景落地细则
3.1.1 肿瘤靶点发现与验证
挖掘多组学数据中的潜在驱动靶点,结合网络药理学生成优先级排名;通过数字孪生预测成药性,指导湿实验验证,将靶点发现周期缩短40%以上。
3.1.2 肿瘤药物分子设计与优化
基于靶点口袋结构生成全新分子,优化结合自由能至ΔG<-10kcal/mol;通过毒性预测模型剔除器官毒性分子,降低免疫抑制副作用。
3.1.3 肿瘤药物工艺优化与供应链保障
基于QbD理念优化生产工艺参数,提升原料药良率15%-30%;参考药品生产风险指数模型,构建供应链风险预测系统,挖掘关键原料替代物。
3.1.4 肿瘤临床试验优化
利用数字孪生体优化试验方案,AI辅助患者招募提升匹配效率;实时监控数据并预警罕见副作用,动态调整方案,缩短临床周期25%以上。
3.2 分阶段实施优先级
阶段一:技术验证期(1-2年)
- 核心任务:部署1000块H100 GPU小规模集群,搭建多模态数据库;基于开源模型微调实现靶点发现与分子活性预测;验证细胞层数字孪生效果;启动ASIC芯片需求分析与IP选型。
- 优先级:算力基础设施搭建>数据治理体系构建>开源模型微调与靶点发现验证>ASIC芯片前期筹备。
- 预算分配:30亿元,其中ASIC前期筹备5亿元,算力与数据建设20亿元,模型验证5亿元。
阶段二:规模化建设期(2-3年)
- 核心任务:扩展GPU集群至3000块以上,完成异地灾备中心建设;启动自主模型自研,完善多层级数字孪生体系;实现药物设计、工艺优化规模化应用;推进ASIC芯片架构设计与流片测试。
- 优先级:自主模型架构设计>数字孪生体系完善>GPU集群规模化扩展>ASIC芯片开发与测试。
- 预算分配:60亿元,其中ASIC芯片开发25亿元,自主模型研发15亿元,算力扩展12亿元,数字孪生完善8亿元。
阶段三:成熟应用期(3-5年)
- 核心任务:完成千亿参数自主大模型训练,实现全链条自主研发;完成ASIC芯片规模化部署与异构算力协同调试;构建AI研发生态,支撑多管线并行研发。
- 优先级:ASIC芯片部署与协同调度优化>全链条应用闭环优化>AI研发生态构建。
- 预算分配:60亿元,其中ASIC芯片部署与适配20亿元,全链条应用优化25亿元,AI生态构建15亿元。
四、资源配置方案
4.1 人力资源配置
组建200-220人跨学科团队:
- 核心技术团队(80-90人):计算生物学家25人(靶点与通路分析)、药物化学家20人(分子设计)、AI算法工程师35人(模型训练优化)。
- 工程实施团队(60-70人):硬件工程师15人(算力维护)、数据工程师20人(数据治理)、软件工程师25人(系统开发集成),新增ASIC专项小组12人(含3名IP选型专家、4名架构设计工程师、3名测试工程师、2名成本管控专家)、协同调度优化小组8人(负责调度算法开发与系统维护)。
- 应用验证团队(40-45人):临床研究员20人(试验优化)、工艺工程师10人(生产落地)、合规专员10人(数据与模型合规)。
- 项目管理团队(15-20人):负责分阶段项目推进、资源协调与风险管控。
4.2 设备资源配置
- 硬件设备:采购3000-3500块NVIDIA H100 GPU、80-90台DGX SuperPOD服务器,配套Lustre并行存储系统与Infiniband 400Gbps网络设备;定制1500片肿瘤专用ASIC芯片,搭建EDA设计平台与异构算力测试环境。
- 实验设备:配置2套高通量筛选平台、1台冷冻电镜(300kV)、肿瘤类器官培养系统及临床数据采集设备,用于模型预测结果湿实验验证与真实世界数据收集。
4.3 数据资源配置
- 公共数据采购:订阅TCGA、GEO、ChEMBL等数据库高级权限,获取完整多组学与药物数据,年度采购费用约2亿元。
- 自有数据整合:梳理内部100万+患者临床数据、20万+化合物活性数据、5万+病理图像,建立标准化数据仓库,数据治理成本约5亿元。
- 合作数据拓展:与10家以上顶尖肿瘤医院、5家科研机构合作,获取真实世界数据与临床样本,合作费用约8亿元,丰富数据多样性与临床相关性。
五、预期成果与风险评估
5.1 预期成果
- 技术成果:构建肿瘤领域千亿参数自主大模型,靶点预测准确率≥85%,分子活性预测AUC≥0.92;形成肿瘤特异性数字孪生体系,支持多类型肿瘤全流程研发模拟;成功开发肿瘤研发专用ASIC芯片,高频任务处理能效比较H100提升3倍,构建高效异构算力协同调度系统,算力利用率≥90%。
- 产业成果:将研发周期从10-15年缩短至6-8年,临床失败率降低25%-30%,单个药物研发成本降低30%-40%;支撑8-10个一类创新药进入临床试验阶段,其中3-5个成功上市,年新增营收超50亿元,构建核心技术壁垒。
- 学术成果:发表高水平论文15-20篇(含Nature子刊、《中国新药杂志》等顶级期刊),申请发明专利30-40项(含ASIC芯片相关专利8-10项、协同调度算法专利5-8项),形成行业领先的技术标准与实践范式。
5.2 风险评估与应对策略
- 数据风险:数据稀缺、质量不均与合规问题,通过联邦学习、数据增强与标准化治理解决,严格遵循《个人信息保护法》《医药数据安全指南》等法规。
- 技术风险:模型可解释性不足与迭代滞后,引入SHAP、LIME算法提升透明度;ASIC芯片开发失败或协同调度效率不达预期,通过成熟IP复用、联合头部芯片厂商开发、分阶段测试验证降低风险,预留风险储备资金应对技术迭代。
- 落地风险:跨部门协同不畅,成立专项项目组统筹技术、临床、生产团队,建立周例会与月度复盘机制,确保信息同步;市场技术迭代过快,保持与科研机构、芯片厂商的紧密合作,实时跟踪行业前沿动态,灵活调整技术方案。
六、结论
本研究针对肿瘤创新药研发痛点,结合千亿营收药企的财力与现实需求,构建了“技术验证-规模化建设-成熟应用”三阶段自主大模型落地方案,总预算150亿元人民币。通过“开源微调+底层自研”的混合模型策略、分层级数字孪生体系,以及“GPGPU+ASIC”的异构算力配置,重点细化了ASIC芯片与GPU集群算力的协同调度逻辑,实现模型全流程赋能研发。ASIC芯片采用“成熟IP复用+核心模块定制”模式,协同调度体系通过智能分类与动态资源分配实现算力高效利用。预期方案可显著提升研发效率、降低成本,为企业构建核心竞争力,同时为行业提供可借鉴的实践范式。未来需重点关注数据安全合规与模型可解释性提升,持续优化异构算力协同调度算法,推动AI技术与肿瘤创新药研发深度融合。
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