流感肆虐，高分Cell子刊揭示肠菌如何影响呼吸道感染

2024-02-02

微生物疗法

02月02日的《热心肠日报》，我们解读了 15 篇文献，关注：肠肺轴，饮食干预，PPI，口腔菌移位，抗菌肽，母婴，心血管，种族，方法学，动物菌群，Novonesis，诺和诺德，中誉宠物，博盛医疗，金匙医学。该篇日报由R·AI辅助创作生成，人工审核校对。 Cell子刊：肠道菌群对呼吸道病毒感染的影响 Cell Host and Microbe——[30.3] ① 研究肠道菌群组成对呼吸道病毒感染的影响，并发现分节丝状菌（SFB）保护小鼠免受呼吸道病毒感染；② SFB保护小鼠免受流感病毒、呼吸道合胞病毒和新冠病毒感染，这种保护与干扰素和适应性免疫无关，但需要基底驻留的肺泡巨噬细胞（AMs）；③ SFB定植小鼠的AMs基因发生改变，可抵抗病毒诱导的AMs耗尽和炎症信号；④ SFB定植小鼠的AMs通过增强补体产生和吞噬作用直接抵抗病毒入侵；⑤ 将SFB转化的AMs转移至无SFB宿主中，可重现SFB介导的抗病毒保护作用；⑥ 本研究揭示肠道菌群与AMs功能和呼吸病毒感染严重程度之间的复杂相互作用，为未来开发相关干预手段提供了新的思路。【原文信息】 Intestinal microbiota programming of alveolar macrophages influences severity of respiratory viral infection 2024-01-30 , doi: 10.1016/j.chom.2024.01.002 Nature子刊：饮食干预对人体免疫系统的差异影响 Nature Medicine——[82.9] ① 纳入20名参与者进行2周严格的素食或生酮饮食干预，探讨膳食干预对免疫力和菌群的影响；② 生酮饮食显著影响适应性免疫系统，而素食饮食对先天免疫系统有显著影响；③ 两种饮食显著且不同程度地影响菌群和宿主相关氨基酸代谢，生酮饮食显著下调大多数微生物通路；④ 尽管参与者多样性较大，但数据集之间存在紧密联系，受氨基酸、脂类和免疫系统相关化合物的驱动；⑤ 本研究表明短期饮食干预已足以显著且不同程度地影响宿主免疫系统，对精准营养干预具有重要意义，为个性化饮食方案的制定提供科学依据。【原文信息】 Differential peripheral immune signatures elicited by vegan versus ketogenic diets in humans 2024-01-30 , doi: 10.1038/s41591-023-02761-2 四川大学华西医院：质子泵抑制剂促进口腔菌群易位，改变肠道菌群 Gut——[24.5] ① 四川大学华西医院杨锦林和肖雪作为共同通讯在Gut上发表最新研究，发现质子泵抑制剂（PPIs）通过破坏胃酸屏障和促进口腔细菌向肠道的易位来改变肠道菌群，漱口水可能有助于减少PPIs使用者肠道菌群变化，降低肠道感染风险；② PPIs通过增加肠道中口腔来源链球菌的丰度来改变肠道菌群，而漱口水可以消除这种改变；③ 施用PPI后未发现肠道内的分类群在属水平上明显减少；④ 咽峡炎链球菌菌不能在低pH下存活，但可以通过PPIs转移到肠道。【原文信息】 Proton pump inhibitors alter gut microbiota by promoting oral microbiota translocation: a prospective interventional study 2024-01-24 , doi: 10.1136/gutjnl-2023-330883 口腔细菌不太可能在健康人大肠中异位定植 Scientific data——[9.8] ① 16S rRNA基因测序是表征人体微生物群的最常用方法，但对大多数细菌的属以下分类置信度较低，这是由于同一属的不同物种在相同的16S rRNA基因区域的变异水平较低，这项研究使用shotgun宏基因组测序技术分析健康成年人口腔和结肠微生物群，发现口腔和结肠微生物之间的重叠很少；② 分析4个健康成年人队列的500个配对的粪便/口腔样本（4个口腔位点）的数据，发现两个生态位之间的重叠很少；③ 将口腔和粪便样本中的标记基因进行比较，具有物种级别重叠的样本中，只有7个个体的重叠是相同菌株定植；④ 这些发现表明在健康成年人中，口腔细菌在远端肠道中的异位定植是不太可能的。【原文信息】 Multi-cohort shotgun metagenomic analysis of oral and gut microbiota overlap in healthy adults 2024-01-16 , doi: 10.1038/s41597-024-02916-x 抗菌肽新发现：治疗牙周炎相关脂肪肝病 NPJ Biofilms and Microbiomes——[9.2] ① 本研究发现，抗菌肽乳酸链球菌素（nisin）可以改善牙周炎相关的肠道菌群失调，并调节肝脏的糖脂代谢和炎症；② Nisin促进口腔、小肠和肝脏的有害菌群向健康菌群转变，减轻牙周炎；③ Nisin预防小肠中伴随绒毛结构完整性下降的有害炎症，减轻小肠和肝脏中细菌总量，消除肝脏脂质沉积和丙二醛积累；④ Nisin恢复感染牙周炎后的线粒体失调，改变氧化磷酸化和金属/铁结合相关的基因；⑤ 人体尸检标本表明，牙齿脱落与肝脏疾病严重程度之间有相关性。【原文信息】 Nisin lantibiotic prevents NAFLD liver steatosis and mitochondrial oxidative stress following periodontal disease by abrogating oral, gut and liver dysbiosis 2024-01-17 , doi: 10.1038/s41522-024-00476-x 国内团队：Cell子刊揭示产前地塞米松暴露对后代肠道菌群和疾病易感性的影响机制 Cell Reports Medicine——[14.3] ① 武汉大学汪晖团队揭示了产前地塞米松暴露（PDE）对后代肠道菌群组成和疾病易感性的影响；② PDE导致后代肠道菌群定植和组成异常，并对胆汁淤积性肝损伤的易感性增加，尤其是雌性后代；③ 产前和产后CDX2表达减少导致Muc2表达抑制，从而介导雌性后代异常肠道菌群定植；④ 机制上，地塞米松通过激活GR/HDAC11信号通路和调节CDX2表观遗传修饰来抑制Muc2表达；⑤ 本研究揭示了PDE对后代肠道菌群和疾病易感性的影响机制，有助于深入理解产前用药对后代健康的潜在影响。【原文信息】 Epigenetic programming mediates abnormal gut microbiota and disease susceptibility in offspring with prenatal dexamethasone exposure 2024-01-31 , doi: 10.1016/j.xcrm.2024.101398 张群业等：肠道菌群与妊娠并发症的研究现状与未来展望（综述） iMeta——[0] ① 山东大学张群业团队发表综述，探讨肠道菌群与妊娠并发症的研究进展；② 妊娠并发症严重影响母婴健康，迫切需要科学研究和治疗策略以减少其健康和社会经济影响；③ 肠道菌群失调是妊娠并发症的病因和促进因素；④ 肠道菌群衍生的代谢物参与多种与妊娠并发症发病机制密切相关的病理生理途径，包括肠道屏障通透性、炎症反应以及糖脂代谢；⑤ 基于肠道微生物的新兴治疗策略在妊娠并发症中显示出潜力，但缺乏随机对照试验（RCTs）的证据。【原文信息】 Intestinal flora and pregnancy complications: Current insights and future prospects 2024-02-22 , doi: 10.1002/imt2.167 从种族角度看肠道微生物与心血管健康 Cardiovascular Research——[10.8] ① 这项研究发现某些肠道微生物与心血管疾病存在潜在因果关系，且具有种族特异性效应，其中以克里斯滕森菌科-甲烷短杆菌-瘤胃菌科（CMR）为中心的营养网络，在南亚裔苏里南人中经常缺乏，对心血管疾病风险具有保护作用，并与低甘油三酯水平相关；② 通过机器学习等技术分析肠道菌群组成与心血管疾病之间的因果关系，鉴定的与心血管疾病相关的微生物分类群通常是种族特异的，但在一些种族之间也发现一些一致性；③ 嗜粘蛋白-阿克曼氏菌和瘤胃菌科 UCG-002对非洲裔苏里南人和摩洛哥人的缺血性心脏病的保护作用；④ 血脂、心血管疾病风险和相关微生物克里斯滕森菌科-甲烷短杆菌-瘤胃菌科（CMR）的综合丰度之间存在强烈的负相关，在两个独立队列中也发现了CMR簇，并且与甘油三酯的关联得到了验证；⑤ 研究强调了肠道微生物在心血管健康中的重要作用，为未来个体化医学和精准健康提供了重要的科学依据。【原文信息】 Networks of gut bacteria relate to cardiovascular disease in a multi-ethnic population: the HELIUS study 2024-01-30 , doi: 10.1093/cvr/cvae018 Nature子刊：如何定义菌株，如何评估菌株数量？ Nature Communications——[16.6] ① 这项研究对如何定义一个菌株以及如何评估构成自然细菌群体的菌株数量等概念进行探究；② 对来自两个太阳盐场的138株随机选择的红色盐细菌进行测序，并将这些基因组与相同样本的短读长-元基因组数据进行对比分析；③ 在这些分离株中基因组聚合平均核苷酸同源性（ANI）值的分布显示双峰分布，进一步分析发现物种内序列空间中存在自然“间隙”，因此利用这个ANI间隙来定义基因组型，而ANI值>99.99%以及共享基因内容>99.0%来定义菌株；④ 138个分离株占据Sal. ruber种群的80%，但估计在一个盐场池塘中总种群由5500到11000个基因组型组成，其中绝大多数在原位是非常稀少的；⑤ 在实验室培养基中最常恢复的分离株通常不是原位中最丰富的基因组型，这表明培养具有偏倚；⑥ 研究对菌株的定义以及对菌株数量评估的方法都对研究微生物多样性提供新的思路。【原文信息】 Towards estimating the number of strains that make up a natural bacterial population 2024-01-16 , doi: 10.1038/s41467-023-44622-z 热温带千足虫肠道菌群：分类不同，功能相似 Microbiome——[15.5] ① 利用比较宏基因组学和宏转录组学研究热带千足虫（Ep）和温带千足虫（Gc）在相同饮食下的后肠菌群；② Ep菌载量高于Gc，且更多样化；③ 两个物种的菌群显著差异，Ep组装获得282个宏基因组组装基因组（MAGs）且以拟杆菌门为主，Gc获得33个MAGs且以变形菌门为主，其中包括90个新细菌类群（Ep81个，Gc9个）；④ 尽管它们的分类存在差异，但在碳水化合物降解、硫酸盐还原和氮循环等功能上相似；⑤ 某些功能如还原性乙酸发酵和固氮菌仅出现在Ep中；⑥ 两者均丰富表达真菌细胞壁降解酶；⑦ 本研究揭示了千足虫后肠菌群的基因组能力及生态生理学特征。【原文信息】 Functional similarity, despite taxonomical divergence in the millipede gut microbiota, points to a common trophic strategy 2024-01-29 , doi: 10.1186/s40168-023-01731-7 诺维信和科汉森合并正式完成，Novonesis官宣成立 ① 1月29日，诺维信和科汉森宣布合并正式完成，即Novonesis公司正式成立；② Novonesis致力于成为全球领先的生物解决方案合作伙伴，共同推动更好的业务发展，更健康的生活方式和更可持续的地球环境；③ 合并后的公司拥有全球10,000多名员工，涵盖30多个不同行业领域的专业技能；④ 未来营收报告将分为“食品与健康生物解决方案”和“地球健康生物解决方案”2部分；⑤ 前者包括“食品和饮料”（诺维信的食品和饮料业务以及科汉森的食品菌种和酶业务）和“人类健康”（诺维信的人类健康业务和科汉森的人类健康业务）；⑥ 后者包括“农业、能源和技术工业”（诺维信的生物能源、农业和动物健康/营养、谷物和技术加工业务以及科汉森的动植物健康业务）和“家居护理”（诺维信的家居护理业务）。【原文信息】诺维信和科汉森合并正式完成，Novonesis官宣成立 2024-01-31 , Foodaily 诺和诺德减重疗法CagriSema国内获批临床 ① 1月26日，国家药监局药品审批中心官网显示，诺和诺德 CagriSema注射液获批临床，拟用于血糖控制不佳的成人2型糖尿病患者；② CagriSema注射液是一款复方制剂，包含两种成分，分别是新一代GLP-1药物司美格鲁肽，以及长效胰淀素类似物卡格列肽；③ 诺和诺德围绕CagriSema在2型糖尿病和减重适应证上开展了多项3期临床试验，CagriSema相比于司美格鲁肽单药，其减重和降糖效果都有显著提升。【原文信息】预期减重至少25%！司美格鲁肽复合疗法CagriSema注射液获批国内临床 2024-01-30 , GLP减重宝典宠物食品生产商「中誉宠物」完成数千万元A轮融资 ① 近日，河南中誉宠物宣布完成数千万元的A轮融资，投资方包括漯河市臻选食品产业基金、广发乾和、郑州高创兴港基金和擎石投资；② 融资主要用于中誉宠物漯河园区二期工程项目和湿粮研发中心的建设，进一步强化其鲜肉烘焙粮生产优势，并新建鲜肉膨化粮产线；③ 2023年全年，中誉宠物营收突破4亿元，国内营收首次超过国外；④ 中誉宠物菏泽湿粮产线预计2024年3月投产，年产能达2万吨。【原文信息】独家丨中誉宠物完成数千万元融资：加码鲜肉烘焙粮，新建鲜肉膨化粮产线 2024-01-25 , 宠物家博盛医疗3D 4K荧光内窥镜系统获批上市 ① 近日，博盛医疗的X1主机及3D 4K荧光超高清电子胸腹腔镜获批，X1内窥镜平台正式获得进入临床的“通行证”；② X1主机采取国内首创的ALL-IN-ONE设计，一机实现多种功能，可用于胃肠外科、甲乳外科、心胸外科和骨科等多个科室；③ 博盛医疗将推动X1内窥镜平台在临床开展大规模试用，不断加强与AI技术的结合，持续推动内窥镜设备发展。【原文信息】博盛医疗X1平台全线获证，3D 4K荧光内窥镜系统将正式落地临床 2024-01-30 , 动脉网金匙医学3款医疗器械获得药监局批准 ① 近期，金匙医学旗下3款医疗器械分别获得天津市药监局批准上市；② 高通量全自动样本制备系统GK21003获得医疗器械二类注册证，该系统用于临床人体来源样本的自动化核酸提取、核酸纯化和文库制备；③ 病原微生物测序数据分析软件Genseq-BSI可分析巨细胞病毒（CMV）、EB病毒和屎肠球菌等9种重要病原微生物信息；④ 全自动核酸纯化仪GensLab Titan内置HEPA系统和紫外消毒装置，可降低核酸气溶胶风险，交叉污染可控制在七十万分之一。【原文信息】杏泽资本伙伴企业金匙医学三款医疗器械连获得药监局批准 2024-01-30 , 杏泽资本感谢本期日报的审核者：圆圈儿，RZN，章台柳，刘永鑫-农科院-宏基因组，617，Richard 点击阅读过去10天的日报： 0201 | 1月，最值得看的40篇肠道健康文献！ 0131 | 今日Cell：于君/沈祖尧团队发现新的促胃癌菌 0130 | 炎症性肠病如何进行营养治疗？胃肠病学顶刊发出最新专家建议 0129 | 国内团队24页综述详解瘤内菌群——肿瘤研究新前沿 0128 | 32分综述详解：饮食如何通过菌群代谢物影响免疫？ 0127 | 今日Cell双发聚焦肠道！揭示肠道免疫和肠肝轴新机制 0126 | 改善心衰，肠菌代谢物提供治疗新思路 0125 | 高糖高油食品如何"绑架"大脑？Cell子刊揭示肠脑机制 0124 | 郝海平等Cell子刊：精神压力如何伤肠道？揭晓肠菌介导的脑-肠轴机制 0123 | 肠道致病菌如何长期感染？高分Cell子刊揭示机制