【第一百一十期】AI+药物研发领域一周资讯

2024-01-14

蛋白降解靶向嵌合体

前言AIDD Pro 根据国内外各大网站以及人工智能药物设计主流新闻网站及公众号，从 AIDD会议、AIDD招聘，重大科研进展、行业动态、最新报告发布等角度，分析挖掘了每周人工智能辅助药物设计领域所发生的、对领域技术发展产生重大推动作用的事件，旨在帮助 AIDD领域研究人员和业内人士及时追踪最新科研动态、洞察前沿热点。如果您觉得符合以上要求的内容我们有遗漏或者更好建议，欢迎后台留言。科研进展2024年1月11日【对接模型】J. Chem. Inf. Model. | DockOpt：自动优化对接模型的工具2024年1月11日【蛋白质结合亲和力模型】ACS Omega | 界面接触和氨基酸对蛋白质结合亲和力的预测模型和影响2024年1月10日【药物发现】J. Med. Chem. | 抗疟药物发现的新靶点：功能分子机制的验证和见解2024年1月10日【蛋白质配体相互作用】J. Med. Chem. | 筛选超大编码化合物文库导致新的蛋白质-配体相互作用和高选择性2024年1月10日【药物再利用】ACS Omega | 整合转录组学和结构见解：揭示散发性ALS药物再利用的机会2024年1月10日【SARS-CoV-2】ACS Med. Chem. Lett. | 基于GC-376的拟肽PROTAC降解SARS-CoV-2 3-凝乳胰蛋白酶样蛋白酶的研究具体信息，请滑动下方文字1.【对接模型】分子对接是一种广泛使用的利用蛋白质结构发现配体的技术，但由于尚未充分解决的局限性，仍然难以利用。尽管在自动化方面取得了一些进展，但对接仍然需要专家指导，这阻碍了更广泛的研究人员采用它。为了使对接更容易实现，我们开发了一个名为DockOpt的新实用程序，它可以在将对接模型部署到大型前瞻性屏幕之前自动创建、评估和优化对接模型。DockOpt在DUDE-Z基准数据集中的所有43个靶标上都优于我们之前的自动化流水线，并且为84%的靶标生成的模型显示出足够的丰富度，可以保证它们在未来的筛选中使用，标准化LogAUC值至少为15%。DockOpt是UCSF DOCK 3.8发行版中包含的Python包Pydock3的一部分，学术研究人员可以在https://dock.compbio.ucsf.edu免费获得，每个人在https://tldr.docking.org注册后都可以免费获得。链接网址：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.3c01406DOI：https://doi.org/10.1021/acs.jcim.3c014062.【蛋白质结合亲和力模型】蛋白质-蛋白质相互作用(PPIs)在几乎所有的细胞过程中起着核心作用。PPI的结合强度以结合亲和度(BA)为特征，是控制蛋白-蛋白复合物形成和确定结构-功能关系的关键因素。尽管对蛋白-蛋白结合的理解取得了进展，但对界面区域及其与BA的关联仍有很多未知。需要新的模型来预测BA，以提高治疗设计的准确性。在这里，我们使用机器学习方法来研究不同类型的界面接触如何很好地用于预测实验确定的BA，并揭示结合界面上特定氨基酸对BA的影响。我们创建了一系列多元线性回归模型，包括残留物和原子水平上的不同接触特征，并研究了识别和表征这些属性的不同方法如何影响这些模型的性能。特别地，我们介绍了一种基于蛋白质-蛋白质界面上特定氨基酸的数量来预测BA的新方法。我们发现蛋白质-蛋白质界面上特定氨基酸的数量与BA相关。我们发现，氨基酸的界面数可以用于在不同数据集上产生具有一致良好性能的模型，这表明界面氨基酸在潜在BA中的身份的重要性。当对来自两个基准数据集的多种复合物进行训练时，生成的最佳BA模型具有包含六种氨基酸的显式线性方程。其中酪氨酸被认为是控制BA的关键氨基酸，与BA的相关性最强，在特征重要性研究中一直被认为是最重要的氨基酸。甘氨酸和丝氨酸被认为是预测BA最重要的两个氨基酸。本研究的结果进一步加深了我们对PPIs的理解，并可用于改进BA的预测，从而为制药行业的药物设计和筛选提供指导。链接网址：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acsomega.3c06996DOI：https://doi.org/10.1021/acsomega.3c069963.【药物发现】据报告，2021年约有619 000人死于疟疾，对推荐药物(包括青蒿素联合疗法)的耐药性威胁着疟疾的控制。在泰国东北部发现以青蒿素为基础的联合疗法治疗失败率高达93%，一些非洲国家已经报告了导致青蒿素耐药性的寄生虫突变。因此，迫切需要确定具有新靶点的替代治疗方法。在这方面，我们讨论了一些有前途的抗疟药物靶点，包括参与蛋白质水解、DNA和RNA代谢、蛋白质合成和类异戊二烯代谢的酶。讨论的其他靶点包括转运蛋白、恶性疟原虫乙酰辅酶A合成酶、n -肉豆醇基转移酶和环鸟苷单磷酸依赖蛋白激酶g。我们概述了机制细节，了解了这些靶点的生物学作用，从而确定了这些靶点的可药物性。我们相信，对潜在的化学相互作用有一个清晰的认识，对药物化学家在寻求设计合适的抑制剂时是有价值的。链接网址：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jmedchem.3c01828DOI：https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.3c018284.【蛋白质配体相互作用】DNA编码库(DNA-encoded library, DEL)发现平台是近年来出现的一种强大的命中识别技术。它已与HTS和数据挖掘等其他策略一起成为小分子药物发现的主要并行工作流程之一。对于许多在DEL领域工作的研究人员来说，越来越明显的是，通过DEL筛选发现的许多hit和lead以独特的、前所未有的结合模式与靶蛋白结合。这个视角是我们试图分析DEL筛选报告的目的是提供一个严格和有用的结合模式观察到的DEL衍生配体的结合模式，重点是结合模式的新颖性。链接网址：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jmedchem.3c01861DOI：https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.3c018615.【药物再利用】肌萎缩性侧索硬化症(ALS)是一种进行性和破坏性的神经退行性疾病，其特征是上下运动神经元的丧失，导致衰弱性肌肉无力和萎缩。目前，ALS还没有有效的治疗方法，这给管理这种每年每10万人中约有两人患病的疾病带来了重大挑战。为了解决ALS有效治疗的迫切需求，我们结合生物信息学工具和分子对接技术进行了药物再利用研究。我们分析了GEO数据库中散发性ALS相关基因，并通过DAVID通路分析确定了散发性ALS发病的关键信号通路。随后，我们利用Clue Connectivity Map识别潜在候选药物，并利用AutoDock Vina进行分子对接，评估候选药物与关键散发性als相关基因的结合亲和力。我们的研究确定头孢克洛、苯苯多、氟苯达唑、氟替卡松、来司替尼、那多洛尔、非那米、替莫唑胺和托特罗定是散发性ALS治疗的潜在候选药物。值得注意的是，lestutinib显示出对多种蛋白质的高结合亲和力，这表明它有可能成为散发性ALS的广谱治疗剂。此外，对接分析显示NOS3是与所有入围药物相互作用的基因，提示其可能参与这些药物治疗散发性ALS的潜在机制。总的来说，我们的研究为确定散发性ALS治疗的潜在候选药物提供了一个系统框架，并强调了药物再利用作为发现神经退行性疾病新疗法的有前途的策略的潜力。链接网址：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acsomega.3c07296DOI：https://doi.org/10.1021/acsomega.3c072966.【SARS-CoV-2】我们应用蛋白水解靶向嵌合体(PROTAC)技术获得了一种能够触发SARS-CoV-2 3-凝乳胰蛋白酶样蛋白酶(3CLPro)降解的拟肽分子。PROTAC分子是通过哌嗪-哌啶连接剂将基于GC-376 GC-376的二肽基3CLPro配体与泊马度胺部分偶联而设计的。核磁共振和晶体学数据以及酶和细胞研究表明，(i) PROTAC的二肽基部分与SARS-CoV-2CLPro二聚体状态的活性位点结合，与催化剂Cys145的硫原子形成可逆共价键，(ii) PROTAC的连接体和pomalidomide小脑配体从蛋白质中伸出，显示出高度的灵活性，不与蛋白质的其他区域相互作用。(iii) PROTAC降低了培养细胞中SARS-CoV-2CLPro的蛋白水平。这项研究为未来拟肽protac在解决3CLPro依赖性病毒感染中的应用铺平了道路。链接网址：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acsmedchemlett.3c00498DOI：https://doi.org/10.1021/acsmedchemlett.3c00498上下滚动查看更多药企动态2023年1月11日【渤健】渤健终止与Acorda的MS药物协议2023年1月11日【勤浩医药】勤浩医药 KIF18A抑制剂GH2616临床试验申请获NMPA批准2023年1月11日【和黄医药】国产首款！和黄医药 Syk抑制剂「索乐匹尼布 Syk抑制剂「索乐匹尼布」申报上市2023年1月10日【迈巴制药】迈巴制药完成2400万美元A轮融资，用于开发具有修复中枢神经系统潜力的同类首创药物2023年1月10日【君实生物】君实生物终止与Coherus许可与商业化协议各动态具体信息，请滑动下方文字1.【渤健】1月11日，Acorda Therapeutics宣布，Biogen 已决定终止两家公司之间就多发性硬化症药物Fampyra的许可和合作协议，Acorda将重新获得FAMPYRA（氨吡啶）的全球商业化权利，该协议自2025年1月1日起生效。这一事件的宣布，结束了两家公司为期 15 年的合作。关于其背后的原因，Biogen发言人向媒体透露，缘由为衰老型多发性硬化症（MS）药物Fampyra的销售额持续下滑。链接网址请戳我2.【勤浩医药】2024年1月11日，中国苏州——致力于利用组合技术平台开发全球新一代抗肿瘤小分子药物的研发企业，勤浩医药今日宣布，公司申报的1类新药KIF18A抑制剂GH2616临床试验申请已经通过中国国家药品监督管理局（NMPA）审评。与此同时，勤浩医药也完成了美国临床试验申请递交。链接网址请戳我3.【和黄医药】1月11日，CDE网站显示，和黄医药的醋酸索乐匹尼布片申报上市，适应症为既往接受过一线标准治疗（糖皮质激素、免疫球蛋白）无效或复发的成人慢性原发免疫性血小板减少症（ITP）。链接网址请戳我4.【迈巴制药】2024年1月10日，美东时间上午6:45。MEDFORD, Mass.--(BUSINESS WIRE)--(美国商业资讯)--美国马萨诸塞州生物技术公司迈巴制药（Myrobalan Therapeutics) 宣布完成2400万美元的A轮融资。该公司致力于开发新型口服神经修复疗法，旨在修复中枢神经系统损伤并恢复神经功能，以满足神经退行性疾病中的重大未满足临床需求。此次融资由凯风创投领投，新老投资机构，关子私募基金、本草资本和AB Magnitude创投集团参与了本轮投资。链接网址请戳我5.【君实生物】1月10日，君实生物发布公告称，收到Coherus BioSciences, Inc.关于终止重组人源化抗TIGIT单克隆抗体（项目代号：JS006）许可合作的通知函，许可终止自公司收到通知函起六个月后生效。终止生效后，Coherus不再享有JS006的许可权利，君实重新获得开发、生产和商业化JS006的全部全球权利。链接网址请戳我上下滚动查看更多会议信息2024年2月28-29日举办AntibodyChina 第七届抗体药物深度聚焦峰会2024年3月21-22日上海恺默信息咨询有限公司举办SIT 2024第六届小分子药物创新与合作大会2024年3月21-22日上海恺默信息咨询有限公司举办PDD 2024多肽药物产业发展大会2024年4月18-19日举办第四届I-RNA小核酸药物深度聚焦峰会2024年6月27-28日举办上海求实医药咨询有限公司ING 2024第七届免疫及基因治疗论坛各会议具体详情和参会方式，请滑动下方文字AntibodyChina 第七届抗体药物深度聚焦峰会会议时间：2024年2月28-29日会议地点：上海会议主旨：峰会议题跨越抗体药物研发的最前沿，追踪最新的临床进展，致力于打破行业的封闭循环，破除行业内卷，助推创新多元发展！一切尽在抗体药物的年度产业大会！链接网址请戳我SIT 2024第六届小分子药物创新与合作大会主办方：上海恺默信息咨询有限公司会议时间：2024年3月21日-22日会议地点：上海会议主旨：峰会议题跨越小分子药物研发的热点领域，一览当下化学创新药研发新动向，致力于打破行业的封闭循环，破除行业内卷，助推创新多元发展！一切尽在小分子药物的年度产业大会！链接网址请戳我PDD 2024多肽药物产业发展大会主办方：上海恺默信息咨询有限公司会议时间：2024年3月21日-22日会议地点：上海会议主旨：共谈多肽减重药物、多肽药物的法规与申报、开发案例与趋势、CMC 各个环节中的难点与挑战。力求为多肽企业致力于多肽药物研究的专家及科研人员提供一个深度的思想碰撞及经验分享平台。链接网址请戳我第四届I-RNA小核酸药物深度聚焦峰会会议时间：2024年4月18日-19日会议地点：苏州会议主旨：破解递送挑战与CMC难点，汇聚最新临床进展与热门研发方向；构建小核酸药物专属交流平台，打造产业闭环，推动国产小核酸药物产业化进程。链接网址请戳我ING 2024第七届免疫及基因治疗论坛主办方：上海求实医药咨询有限公司会议时间：2024年6月27日-28日会议地点：北京会议主旨：聚焦CGT领域开发的核心问题，破除技术壁垒，推动产业不断前进，开启生物医药产业下一个风口！链接网址请戳我上下滚动查看更多版权信息本文内容均由小编收集于公开的各个网络平台，发布的目的仅为了方便大家一站式了解AIDD行业信息，并未对发布源头进行真实性验证。如您发现相关信息有任何版权侵扰或者信息错误，请及时联系AIDD Pro（请添加微信号sixiali_fox59）进行删改处理。原创内容未经授权，禁止转载至其他平台。有问题可发邮件至sixiali@stonewise.cn关注我，更多资讯早知道↓↓↓

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