【第一百零九期】AI+药物研发领域一周资讯

2024-01-07

临床1期

前言AIDD Pro 根据国内外各大网站以及人工智能药物设计主流新闻网站及公众号，从 AIDD会议、AIDD招聘，重大科研进展、行业动态、最新报告发布等角度，分析挖掘了每周人工智能辅助药物设计领域所发生的、对领域技术发展产生重大推动作用的事件，旨在帮助 AIDD领域研究人员和业内人士及时追踪最新科研动态、洞察前沿热点。如果您觉得符合以上要求的内容我们有遗漏或者更好建议，欢迎后台留言。科研进展2024年1月5日【蛋白质-配体结合相互作用】J. Chem. Inf. Model. | 通过比较复杂结构建模的蛋白质-配体结合相互作用的高质量数据集2024年1月5日【机器学习】J. Med. Chem. | PatentNetML：利用网络科学和机器学习预测专利中关键化合物的新框架2024年1月5日【蛋白质组学】ACS Chem. Biol. | 通过化学蛋白质组学研究对两种NNMT双基质抑制剂的比较分析：揭示非常规SAM类似物片段在提高选择性方面的作用2024年1月5日【SARS-CoV-2】ACS Appl. Nano Mater. | 可解释的机器学习揭示基于金纳米岛表面增强拉曼散射的检测机制，用于SARS-CoV-2抗原检测2024年1月4日【药物发现】J. Chem. Inf. Model. | 利用基于结构的药物发现方法发现人二氢乙酸脱氢酶的纳米摩尔抑制剂2024年1月3日【分子对接】ACS Omega | 利用药效团模型、分子对接、MD模拟和DFT分析探索柑橘植物化学物质作为乳腺癌基因BRCA1和BRCA2的潜在抑制剂具体信息，请滑动下方文字1.【蛋白质-配体结合相互作用】高质量的蛋白质配体复合物结构为在原子水平上理解非共价结合相互作用的本质提供了基础，并使基于结构的药物设计成为可能。然而，与广阔的化学空间相比，实验确定的复杂结构是稀缺的。在本研究中，我们通过比较复杂结构建模构建了BindingNet数据集，该数据集包含69,816个具有实验结合亲和力数据的高质量蛋白质-配体复杂结构。BindingNet为研究蛋白质-配体相互作用提供了有价值的见解，允许对结构类似物的结构-活性关系进行视觉检查和解释。它还可以用于评估基于机器学习的评分函数。我们的研究结果表明，在BindingNet上训练的机器学习模型可以减少由埋藏的溶剂可达表面积引起的偏差，正如我们之前在pdbind数据集上训练的模型所发现的那样。我们还讨论了改进BindingNet的策略及其在分子对接方法和配体结合自由能计算方法的基准测试中的潜在应用。BindingNet是pdbinding的补充，构建了一个充分和公正的蛋白质配体结合数据集，可以在http://bindingnet.huanglab.org.cn上免费获得。链接网址：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.3c01170DOI：https://doi.org/10.1021/acs.jcim.3c011702.【机器学习】专利在药物研究和开发中发挥着至关重要的作用，使人们能够及早获得未发表的数据，并提供独特的见解。识别专利中的关键化合物对于发现新的先导化合物至关重要。本研究收集了包括1555项专利的综合数据集，涵盖1000个关键化合物，以探索预测这些关键化合物的创新方法。我们的新型PatentNetML框架集成了网络科学和机器学习算法，结合了网络测量、ADMET特性和物理化学特性，构建了健壮的分类模型来识别关键化合物。通过模型解释和对三个引人注目的案例研究的分析，我们展示了PatentNetML在揭示各种专利中隐藏的模式和联系方面的潜力。虽然我们的框架是开创性的，但我们承认它在应用于偏离假定中心模式的专利时的局限性。这项工作为未来的研究工作奠定了良好的基础，旨在有效地识别有希望的候选药物并加快制药行业的药物发现。链接网址：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jmedchem.3c01893DOI：https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.3c018933.【蛋白质组学】非常规的s -腺苷- l-蛋氨酸(SAM)模拟物具有增强的疏水性，是开发SAM依赖性甲基转移酶的细胞有效抑制剂作为靶向治疗的适应性构建块。我们最近通过使用一种非常规的SAM模拟物发现了烟酰胺n -甲基转移酶(NNMT)的细胞有效双底物抑制剂。为了深入研究非常规SAM模拟物的选择性影响，我们采用化学蛋白质组学方法在内源性蛋白质组中评估了两种有效的NNMT抑制剂LL320 (Ki, app = 6.8 nM)和II399(含有非常规SAM模拟物Ki, app = 5.9 nM)。我们首先以LL320和II399为母体化合物，合理设计和合成了固定化探针1和2。与这些探针相关的蛋白质网络的系统分析揭示了一个全面的景观。值得注意的是，NNMT成为最受欢迎的药物，证实了这两种抑制剂的高选择性。同时，我们发现了LL320(38)和II399(17)的其他相互作用蛋白，展示了与这些化合物相关的复杂选择性谱。后续实验证实LL320与RNMT、DPH5和SAHH相互作用，而II399与SHMT2和MEPCE相互作用。重要的是，与LL320相比，在II399中加入非常规的SAM模拟物可以提高选择性。我们的研究结果强调了选择性分析的重要性，并验证了非常规的SAM模拟物作为一种可行的策略来创建SAM依赖性甲基转移酶的高选择性和细胞渗透性抑制剂。链接网址：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acschembio.3c00531DOI：https://doi.org/10.1021/acschembio.3c005314.【SARS-CoV-2】在这项研究中，我们引入了一种简化的表面增强拉曼散射(SERS)纳米生物传感器，利用监督机器学习方法精确检测SARS-CoV-2抗原。该生物传感器由金纳米岛偶联4-氨基噻吩拉曼报告蛋白和抗sars - cov -2抗体制成。通过整合特征选择和学习算法，即逻辑回归、线性判别分析和支持向量机，我们在抗原检测中达到了96%到100%的高精度。此外，我们采用基于决策树和随机森林算法的多维校准空间概念，确定了潜在的检测机制。这种具有可解释机器学习的分析使我们能够深入了解为什么我们的简化纳米生物传感器与之前的三明治型免疫传感器相比，对SARS-CoV-2的灵敏度较低。这里提出的结果强调了监督机器学习在SERS生物传感中的潜力，它可以应用于任何类型的诊断。链接网址：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acsanm.3c05848DOI：https://doi.org/10.1021/acsanm.3c058485.【药物发现】我们使用基于结构的药物发现方法来鉴定人类二氢酸脱氢酶(DHODH)的新抑制剂，DHODH是治疗癌症、自身免疫性和炎症性疾病的治疗靶点。在急性髓性白血病的情况下，以前发现的DHODH抑制剂尚未成功地应用于临床。因此，仍然迫切需要新的抑制剂来替代目前的治疗标准。我们的目标是鉴定新的DHODH抑制剂。在项目的早期阶段，我们执行了预过滤步骤，以省略PAINS和Lipinski违反者。这丰富了数据集中具有较高的有利口服药物潜力的化合物。在Glide SP对接评分的指导下，我们从ChemBridge EXPRESS-pick文库中发现了20个结构独特的化合物，它们抑制DHODH的IC50值在91 nM到2.7 μM之间。其中10种化合物降低了MOLM-13细胞活力，其IC50值在2.3 ~ 50.6 μM之间。在生化表征过程中，化合物16 (IC50, DHODH = 91 nM)比已知的DHODH抑制剂teriflunomide (IC50, DHODH = 130 nM)更有效地抑制了DHODH，为未来的hit-to-lead优化工作提供了一个有希望的框架。化合物17 (IC50, MOLM-13 = 2.3 μM)在降低MOLM-13细胞系存活率方面效果最好。这些发现的化合物为开发和优化新型DHODH抑制剂提供了良好的起点。链接网址：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.3c01358DOI：https://doi.org/10.1021/acs.jcim.3c013586.【分子对接】背景:结构-活性关系(SAR)被认为是发现因基因突变引起的乳腺癌潜在拮抗剂的有效方法。由于各种拮抗化合物的发现，传统SAR在预测新型拮抗剂方面面临着重大挑战。方法与结果:在预测乳腺癌拮抗剂时，采用可行的互补方法对从柑橘种子中分离的植物化学物质进行了多步骤筛选。通过Flare项目建立了三维定量构效关系(3D-QSAR)模型，其中进行了构象分析、药效团生成和化合物比对。通过3D-QSAR模型的开发，获得了10个命中化合物。为探索活性化合物对共晶抑制剂的作用机制，通过Molegro软件(MVD)进行分子对接分析，鉴定先导化合物。三个新蛋白，即1T15、3EU7和1T29，显示出最好的Moldock得分。通过分子动力学模拟来评估对接研究的质量。根据对接研究中与受体的结合亲和性，获得了3个先导化合物(豆甾醇P8、环氧佛手摩素P28和皂角素P29)，并通过SwissADME在线服务进行了吸收、分布、代谢和排泄(ADME)研究，证明P28和P29是抗乳腺癌活性最高、毒性最低的变构抑制剂。然后，利用密度泛函理论(DFT)对活性化合物的反应性、硬度和柔软度进行了测量。结论:这种植物化学物质的多步骤筛选通过3D-QSAR使用耀斑，对接分析和DFT研究揭示了高可靠性的乳腺癌拮抗剂。本研究有助于为开发新的BRCA1和BRCA2抑制剂提供适当的指导。链接网址：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acsomega.3c05098DOI：https://doi.org/10.1021/acsomega.3c05098上下滚动查看更多药企动态2023年1月5日【纽伦捷生物】纽伦捷生物完成数千万元pre-A轮融资2023年1月5日【罗氏】罗氏抗流感药「玛巴洛沙韦干混悬剂」在华获批上市2023年1月4日【BridGene】BridGene与Galapagos进行战略合作，发现靶向肿瘤的小分子药物2023年1月4日【驯鹿生物】驯鹿生物和Umoja共同开发即用型体外和体内细胞与基因疗法2023年1月3日【罗氏】罗氏制药罗视佳®再添新适应症，为中国新生血管性AMD患者带来新的曙光2023年1月3日【勃林格殷格翰】超20亿美元！勃林格殷格翰与瑞博生物合作开发NASH siRNA疗法各动态具体信息，请滑动下方文字1.【纽伦捷生物】2024年1月5日，纽伦捷生物医药科技（苏州）有限公司（以下简称“纽伦捷生物”）宣布已于2023年12月完成数千万元Pre-A轮融资。本轮融资由上海科技创业投资股份有限公司领投，武汉百赢、上海司南园科、上海生物医药公共技术服务有限公司等机构跟投，纽伦捷生物创始股东（包括核心团队）亦战略性追加投资。本轮融资将用于进一步加速公司的研发进展及团队建设等工作。链接网址请戳我2.【罗氏】1月5日，国家药监局网站显示，罗氏的抗流感药玛巴洛沙韦干混悬剂获批上市，适用于儿童单纯性甲型和乙型流感单纯性甲型和乙型流感患者，包括既往健康的患者以及存在流感并发症高风险的患者。玛巴洛沙韦（Xofluza）是罗氏和盐野义合作开发的一款First-in-Class口服抗病毒药物，服用一次即可见效，可治疗对奥司他韦耐药的病毒株和禽流感病毒株。链接网址请戳我3.【BridGene】1月4日，BridGene Biosciences宣布与Galapagos签订战略合作与许可协议。根据合作协议， BridGene将利用其化学蛋白质组学平台IMTAC™，发现针对合作靶点的新型小分子药物候选物。双方将合作推进这些分子成为临床候选物，而Galapagos拥有开发和商业化的独家权利。链接网址请戳我4.【驯鹿生物】1月4日，驯鹿生物和Umoja Biopharma宣布进一步深化战略合作，共同开发即用型体外和体内细胞与基因疗法。此前，驯鹿生物与Umoja于2022年11月就达成协议，双方将结合驯鹿生物的嵌合抗原受体（CARs与Umoja的iCIL平台合作开发下一代即用型的细胞疗法。链接网址请戳我5.【罗氏】2024年1月3日，罗氏制药宣布，中国国家药品监督管理局正式批准眼科注射双特异性抗体罗视佳®（Vabysmo®，通用名：法瑞西单抗）用于治疗新生血管性年龄相关性黄斑变性（nAMD）。罗视佳®是全球首个双通路眼底创新治疗药物，其同时靶向抗血管生成素-2（Ang-2）和血管内皮生长因子A（VEGF-A）的双重作用机制和持久性优势可以在抑制新生血管生成的同时增强血管稳定性，改善患者长期视力获益和生活质量。这是继不久前获批的糖尿病黄斑水肿（DME）后，罗视佳®在国内获得的第二项适应症，有望为我国nAMD患者提供全新的治疗选择。链接网址请戳我6.【勃林格殷格翰】1月3日，勃林格殷格翰与苏州瑞博生物及瑞博国际研发中心宣布，将共同开发治疗非酒精性或代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（NASH/MASH）的小核酸创新疗法。根据双方合作条款，瑞博除了将收到一笔预付款外，在此次多靶点合作项目中，瑞博将有权获得基于开展临床研究、药物注册和商业成功等里程碑付款以及上市产品的阶梯式销售提成，总交易金额超过20亿美元。链接网址请戳我上下滚动查看更多会议信息2024年2月28-29日举办AntibodyChina 第七届抗体药物深度聚焦峰会2024年3月21-22日上海恺默信息咨询有限公司举办SIT 2024第六届小分子药物创新与合作大会2024年3月21-22日上海恺默信息咨询有限公司举办PDD 2024多肽药物产业发展大会2024年4月18-19日举办第四届I-RNA小核酸药物深度聚焦峰会2024年6月27-28日举办上海求实医药咨询有限公司ING 2024第七届免疫及基因治疗论坛各会议具体详情和参会方式，请滑动下方文字AntibodyChina 第七届抗体药物深度聚焦峰会会议时间：2024年2月28-29日会议地点：上海会议主旨：峰会议题跨越抗体药物研发的最前沿，追踪最新的临床进展，致力于打破行业的封闭循环，破除行业内卷，助推创新多元发展！一切尽在抗体药物的年度产业大会！链接网址请戳我SIT 2024第六届小分子药物创新与合作大会主办方：上海恺默信息咨询有限公司会议时间：2024年3月21日-22日会议地点：上海会议主旨：峰会议题跨越小分子药物研发的热点领域，一览当下化学创新药研发新动向，致力于打破行业的封闭循环，破除行业内卷，助推创新多元发展！一切尽在小分子药物的年度产业大会！链接网址请戳我PDD 2024多肽药物产业发展大会主办方：上海恺默信息咨询有限公司会议时间：2024年3月21日-22日会议地点：上海会议主旨：共谈多肽减重药物、多肽药物的法规与申报、开发案例与趋势、CMC 各个环节中的难点与挑战。力求为多肽企业致力于多肽药物研究的专家及科研人员提供一个深度的思想碰撞及经验分享平台。链接网址请戳我第四届I-RNA小核酸药物深度聚焦峰会会议时间：2024年4月18日-19日会议地点：苏州会议主旨：破解递送挑战与CMC难点，汇聚最新临床进展与热门研发方向；构建小核酸药物专属交流平台，打造产业闭环，推动国产小核酸药物产业化进程。链接网址请戳我ING 2024第七届免疫及基因治疗论坛主办方：上海求实医药咨询有限公司会议时间：2024年6月27日-28日会议地点：北京会议主旨：聚焦CGT领域开发的核心问题，破除技术壁垒，推动产业不断前进，开启生物医药产业下一个风口！链接网址请戳我上下滚动查看更多版权信息本文内容均由小编收集于公开的各个网络平台，发布的目的仅为了方便大家一站式了解AIDD行业信息，并未对发布源头进行真实性验证。如您发现相关信息有任何版权侵扰或者信息错误，请及时联系AIDD Pro（请添加微信号sixiali_fox59）进行删改处理。原创内容未经授权，禁止转载至其他平台。有问题可发邮件至sixiali@stonewise.cn关注我，更多资讯早知道↓↓↓

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