【第一百二十期】AI+药物研发领域一周资讯

2024-03-31

临床研究

前言AIDD Pro 根据国内外各大网站以及人工智能药物设计主流新闻网站及公众号，从 AIDD会议、AIDD招聘，重大科研进展、行业动态、最新报告发布等角度，分析挖掘了每周人工智能辅助药物设计领域所发生的、对领域技术发展产生重大推动作用的事件，旨在帮助 AIDD领域研究人员和业内人士及时追踪最新科研动态、洞察前沿热点。如果您觉得符合以上要求的内容我们有遗漏或者更好建议，欢迎后台留言。科研进展2024年3月29日【深度学习】J. Chem. Inf. Model. | HydraProt：一种新的深度学习工具，用于快速准确地预测蛋白质结构中的水分子位置2024年3月29日【蛋白质设计】ACS Synth. Biol. | 利用蛋白质设计和定向进化来单体化一个明亮的近红外荧光蛋白2024年3月27日【药物开发】ACS Infect. Dis. | 寄生虫病媒传播疾病药物开发过程中的环境风险评估:一个关键的反思2024年3月27日【蛋白质相互作用】Chem. Rev. | 预测拥挤细胞环境中蛋白质-蛋白质相互作用的计算方法2024年3月27日【SARS-CoV-2】ACS Omega | 绿色合成碳基纳米材料作为阻断SARS-CoV-2结合的ACE2抑制剂的理论研究2024年3月26日【机器学习】J. Chem. Inf. Model. | 从核磁共振到人工智能：设计一种新的化学表征来增强物理化学性质的机器学习预测具体信息，请滑动下方文字1.【深度学习】水分子是蛋白质结构稳定的组成部分，对促进分子间的相互作用至关重要。然而，准确预测它们在蛋白质结构周围的精确位置仍然是一个重大挑战，使其成为一个充满活力的研究领域。在本文中，我们介绍了HydraProt(蛋白质的深度水合作用)，这是一种用于预测蛋白质结构周围水分子氧原子精确位置的新方法，利用两种相互关联的深度学习架构:3D U-net和多层感知器(MLP)。我们的方法首先引入基于粗体素的蛋白质表示，这允许通过3D U-net快速采样候选水位置。然后通过MLP在欧几里得空间中嵌入水-蛋白关系来评估这些水的位置。最后，应用后处理步骤进一步改进MLP预测。HydraProt在精确度和召回率方面超过了现有的最先进的方法，并已在蛋白质结构的大型数据集上得到验证。值得注意的是，我们的方法提供了快速的推理运行时间，应该构成蛋白质结构研究和药物发现应用的首选方法。我们的预训练模型、数据和再现这些结果所需的源代码可在https://github.com/azamanos/HydraProt上访问。链接网址：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.3c01559DOI：https://doi.org/10.1021/acs.jcim.3c015592.【蛋白质设计】小红外荧光蛋白(smURFP)是一种明亮的近红外(NIR)荧光蛋白(FP)，形成二聚体并在其二聚体界面结合其荧光发色团胆绿素。为了设计一个基于smURFP的单体近红外FP，可能更适合生物成像，我们采用蛋白质设计，用两个螺旋的新片段扩展蛋白质主链，以保护原始二聚体的界面，同时覆盖原始二聚体的第二链中的胆绿素结合袋。我们对13种设计进行了实验表征，并获得了一个具有弱荧光的单体蛋白。我们通过两轮定向进化增强了该设计蛋白的荧光性，获得了设计的单体smURFP (DMsmURFP)，这是一种明亮、稳定、单体的近红外FP，分子量为19.6 kDa。我们测定了DMsmURFP在载脂蛋白状态和与胆绿素配合物状态下的晶体结构，证实了设计的结构。演示了DMsmURFP在哺乳动物系统体内成像中的应用。这里使用的基于骨架设计的策略也可以应用于其他具有亚基间功能位点的天然多聚体蛋白质的单体化。链接网址：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acssynbio.3c00643DOI：https://doi.org/10.1021/acssynbio.3c006433.【药物开发】寄生虫病媒传播疾病占全球传染病负担的近20%。此外，全球旅行、城市化和气候变化也加剧了生物多样性疾病的传播。由于现有药物的局限性，VBDs的治疗面临挑战，因为非目标物种的潜在副作用引起了重大的环境问题。因此，在药物开发过程的早期考虑环境风险是至关重要的。在这里，我们检查了欧盟兽药产品的环境风险评估过程，并确定了这些药物的生态毒性数据中的主要差距。通过强调常用抗寄生虫药物的生态毒理学数据的稀缺性，我们强调迫切需要考虑一个健康的概念。我们提倡在抗寄生虫药物研发的早期阶段采用预测工具和非动物方法，如新方法方法。此外，采用渐进式方法减轻生态风险需要综合考虑现实世界复杂性的非标准测试，并使用与环境有关的暴露情景。这种战略对于可持续的药物开发进程至关重要，因为它坚持“同一个健康”的原则，最终有助于建立一个更健康和更可持续的世界。链接网址：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acsinfecdis.4c00131DOI：https://doi.org/10.1021/acsinfecdis.4c001314.【蛋白质相互作用】研究蛋白质之间的相互作用对于理解细胞生物学过程至关重要，因为蛋白质通常在分子复合体中起作用，而不是孤立地起作用。虽然实验和计算方法为这些相互作用提供了有价值的见解，但它们往往忽略了一个关键因素:拥挤的细胞环境。这种环境显著影响蛋白质的行为，包括结构稳定性、扩散和最终的结合性质。在这篇综述中，我们讨论了理论和计算方法，这些方法允许生物系统建模来指导和补充实验，从而可以显着推进研究，并可能预测细胞质拥挤环境中蛋白质-蛋白质相互作用。我们探讨的主题包括晶格模拟的统计力学、流体动力学相互作用、高粘度环境中的扩散过程以及基于分子动力学模拟的几种方法。通过协同利用生物物理学和计算生物学的方法，我们回顾了研究分子拥挤对蛋白质-蛋白质相互作用影响的计算方法的最新进展，并讨论了其对人类相互作用组表征的潜在革命性影响。链接网址：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.chemrev.3c00550DOI：https://doi.org/10.1021/acs.chemrev.3c005505.【SARS-CoV-2】自2020年SARS-CoV-2出现以来，世界面临全球大流行，迫切需要有效的治疗方法来对抗COVID-19。这项研究探索了绿色合成的碳基纳米材料作为ACE2的潜在抑制剂的使用，ACE2是SARS-CoV-2进入宿主细胞的关键受体。具体来说，本研究检测了姜黄素合成的四种碳基纳米材料，即CD1、CD2、CD3和CD4，分别为氨基、石墨、吡啶和吡啶形式，以研究它们与ACE2的结合亲和力。分子对接研究表明，CD3(吡啶形式)与ACE2的结合亲和力最高，超过了对照化合物姜黄素。值得注意的是，CD3与ACE2关键残基形成疏水相互作用和氢键，表明其有可能阻断SARS-CoV-2与人类细胞的结合。此外，分子动力学模拟证明了这些配体- ace2复合物的稳定性，进一步支持了CD3作为抑制剂的前景。量子化学分析，包括前沿分子轨道、自然键轨道分析和分子中原子的量子理论，揭示了这些配体的反应性和相互作用强度的有价值的见解。CD3表现出理想的化学性质，表明其适合治疗发展。该研究结果表明，绿色合成的碳基纳米材料，特别是CD3，有可能作为ACE2的有效抑制剂，为开发针对COVID-19的治疗方法提供了一条有希望的途径。有必要进一步进行实验验证，以推进这些发现并为正在进行的全球大流行建立新的治疗方法。链接网址：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acsomega.4c00759DOI：https://doi.org/10.1021/acsomega.4c007596.【机器学习】提出了一种利用核磁共振(NMR)光谱数据通过机器学习算法预测logD的新方法。在分析中，使用先进的机器学习模型(如支持向量回归(SVR)、梯度增强(Gradient Boosting)和AdaBoost)对754种化合物的数据集进行了评估，并采用了包括10倍交叉验证、bootstrapping和left -one-out在内的综合验证和测试方法。该研究揭示了桶集成方法在降维方面的优越性能，在所有数据集和标准化方案中始终产生最低的均方根误差(RMSE)。SVR预测模型计算效率高，成本低，最佳RMSE值达到0.66。我们最好的模型优于现有的工具，如JChem Suite的logD Predictor(0.91)和CplogD(1.27)，并且与传统的分子表征相比较产生了相当的RMSE(0.50)，强调了我们的NMR数据集成的稳健性。核磁共振数据在制药和工业研究中的广泛可用性为预测建模提供了一个尚未开发的资源，突出了对像我们这样的可访问方法的需求，这些方法可以补充传统二维方法之外的分析工具箱。我们的方法旨在利用来自核磁共振光谱的丰富空间数据，提供额外的见解，并通过免费访问的工具丰富药物发现和计算化学。链接网址：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.3c02039DOI：https://doi.org/10.1021/acs.jcim.3c02039上下滚动查看更多药企动态2023年3月29日【三迭纪】三迭纪 IgA肾病药物D23获批IND，以简洁3D打印工艺实现复杂制剂的开发和生产2023年3月29日【和黄医药】和黄医药「呋喹替尼」新适应症申报上市2023年3月29日【吉利德】吉利德超6亿美元囊获创新肿瘤免疫疗法！2023年3月28日【恒瑞医药】恒瑞医药 TROP2 ADC获FDA快速通道资格2023年3月27日【Moderna】7.5亿美元！Moderna与黑石生命科学达成流感项目资助协议2023年3月27日【Akebia Therapeutics】FDA再批准一款口服肾性贫血药物上市各动态具体信息，请滑动下方文字1.【三迭纪】3月29日，三迭纪宣布国家药品监督管理局（NMPA）批准了公司3D打印药物产品D23的新药临床试验申请（IND），D23成为第三款在国内获批进入临床的3D打印药物。链接网址请戳我2.【和黄医药】3月29日，CDE网站显示，和黄医药的呋喹替尼胶囊新适应症上市申请获得受理，推测本次申报的新适应症为联合信迪利单抗用于既往系统性抗肿瘤治疗后疾病进展且不适合进行根治性手术治疗或根治性放疗的晚期pMMR或non MSI-H子宫内膜癌患者。此前，该适应症已被纳入优先审评。链接网址请戳我3.【吉利德】吉利德科学公司（Gilead Sciences）和Xilio Therapeutics今天宣布达成一项总额可能超过6亿美元的独家许可协议，两家公司将共同开发和商业化Xilio的肿瘤激活白介素12（IL-12）蛋白XTX301，该在研药物目前处于临床1期阶段。链接网址请戳我4.【恒瑞医药】3月28日，恒瑞医药发布公告，其注射用SHR-A1921获得美国FDA授予快速通道资格（FTD)。这是恒瑞第3款获得美国FDA快速通道资格认定的产品。链接网址请戳我5.【Moderna】3月27日，Moderna在疫苗日活动上披露，其最近与黑石生命科学公司（Blackstone Life Sciences ）达成了一项开发和商业化资助协议，以推进公司的流感疫苗项目。链接网址请戳我6.【Akebia Therapeutics】3月27日，Akebia Therapeutics宣布FDA已经批准vadadustat上市（商品名为：Vafseo），用于治疗至少接受3个月透析的慢性肾病（CKD）贫血患者。链接网址请戳我上下滚动查看更多会议信息2024年4月12-13日 E药学苑举办第三届多肽与核酸药物产业发展创新论坛2024年4月18-19日举办第四届I-RNA小核酸药物深度聚焦峰会2024年6月20-21日智药邦举办2024人工智能与生物医药生态大会2024年6月27-28日上海求实医药咨询有限公司举办ING 2024第七届免疫及基因治疗论坛各会议具体详情和参会方式，请滑动下方文字第三届多肽与核酸药物产业发展创新论坛主办方：E药学苑会议时间：2024年4月12日-13日会议地点：苏州会议主旨：聚焦更多创新的内容，相关领域的专家及科研人员，旨在为行业提供一个深度的多肽与核酸药物的思想碰撞及经验分享平台。链接网址请戳我第四届I-RNA小核酸药物深度聚焦峰会会议时间：2024年4月18日-19日会议地点：苏州会议主旨：破解递送挑战与CMC难点，汇聚最新临床进展与热门研发方向；构建小核酸药物专属交流平台，打造产业闭环，推动国产小核酸药物产业化进程。链接网址请戳我2024人工智能与生物医药生态大会主办方：智药邦会议时间：2024年6月20日-21日会议地点：上海会议主旨：充分介绍和讨论AI赋能生物医药领域的前沿进展、重要案例、关键问题和各方思考，加强交流与合作，加速生物制药相关技术和产业的发展。链接网址请戳我ING 2024第七届免疫及基因治疗论坛主办方：上海求实医药咨询有限公司会议时间：2024年6月27日-28日会议地点：北京会议主旨：聚焦CGT领域开发的核心问题，破除技术壁垒，推动产业不断前进，开启生物医药产业下一个风口！链接网址请戳我上下滚动查看更多版权信息本文内容均由小编收集于公开的各个网络平台，发布的目的仅为了方便大家一站式了解AIDD行业信息，并未对发布源头进行真实性验证。如您发现相关信息有任何版权侵扰或者信息错误，请及时联系AIDD Pro（请添加微信号sixiali_fox59）进行删改处理。原创内容未经授权，禁止转载至其他平台。有问题可发邮件至sixiali@stonewise.cn关注我，更多资讯早知道↓↓↓

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