【第一百一十八期】AI+药物研发领域一周资讯

2024-03-17

临床1期

前言AIDD Pro 根据国内外各大网站以及人工智能药物设计主流新闻网站及公众号，从 AIDD会议、AIDD招聘，重大科研进展、行业动态、最新报告发布等角度，分析挖掘了每周人工智能辅助药物设计领域所发生的、对领域技术发展产生重大推动作用的事件，旨在帮助 AIDD领域研究人员和业内人士及时追踪最新科研动态、洞察前沿热点。如果您觉得符合以上要求的内容我们有遗漏或者更好建议，欢迎后台留言。科研进展2024年3月15日【药物发现】ACS Cent. Sci. | 机器学习辅助药物发现高通量筛选的命中优先级2024年3月15日【机器学习】J. Chem. Inf. Model. | 用机器学习模型探索化学反应空间：表征和特征视角2024年3月14日【药物设计】J. Chem. Inf. Model. | 基于自动化结构的从头药物设计的最新进展2024年3月14日【药物再利用】J. Chem. Inf. Model. | EKGDR：一种基于端到端知识图的药物再利用计算方法2024年3月14日【SARS-CoV-2】ACS Med. Chem. Lett. | 利用DNA编码的重点文库对SARS-CoV-2 PLpro进行化学空间分析2024年3月13日【AlphaFold2】ACS Catal. | 功能多样的过氧酶通过AlphaFold2，设计和信号肽洗牌具体信息，请滑动下方文字1.【药物发现】从高通量筛选活动中高效优选生物活性化合物是加速药物开发工作的根本挑战。在这项研究中，我们提出了第一个数据驱动的方法，同时检测检测干扰和优先考虑真正的生物活性化合物。通过使用一种新的样本影响公式，分析梯度增强模型在嘈杂的高通量筛选数据上训练期间的学习动态，我们能够区分显示所需生物反应的化合物和产生分析伪影的化合物。因此，我们的方法可以实现假阳性和真阳性检测，而不依赖于先前的筛选或分析干扰机制，使其适用于任何高通量筛选活动。我们证明，我们的方法始终排除不同机制的分析干扰，并比所有测试基线更有效地优先考虑生物学相关化合物，包括一个回顾性案例研究，模拟其在真实药物发现活动中的使用。最后，我们的工具具有极高的计算效率，在低资源硬件上每次分析所需的时间不到30秒。因此，我们的研究结果表明，我们的方法是现有假阳性检测工具的理想补充，可用于指导高通量筛选活动后的进一步药理优化。链接网址：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acscentsci.3c01517DOI：https://doi.org/10.1021/acscentsci.3c015172.【机器学习】化学反应是有机化学和药物设计的基础。在大型人工智能模型时代，数据驱动的方法已经出现，可以创新新反应的设计，优化现有反应以提高产量，并发现综合合成化学结构的新途径。为了用机器学习模型有效地解决这些挑战，必须获得鲁棒性和信息性的表示，或者使用广泛的反应数据集进行特征工程。这项工作旨在对已建立的反应特征化方法进行全面的回顾，为广泛任务的表征选择和特征设计提供见解。详细阐述了应用smile、分子指纹图谱、分子图谱和基于物理的性质的优点和局限性。弥合不同表述之间差距的解决方案也将被严格评估。此外，我们引入了化学反应预训练的新前沿，有望成为一种创新但尚未探索的途径。链接网址：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.4c00004DOI：https://doi.org/10.1021/acs.jcim.4c000043.【药物设计】随着确定和预测的蛋白质结构的数量以及类似药物的“按需制造”文库的规模激增，基于结构的计算机辅助药物设计的耗时本质要求创新的计算算法。新药物设计引入了计算机启发式方法来加速在广阔的化学空间中的搜索。本文综述了基于结构的新药物设计的最新进展，从传统的基于片段的方法、进化算法、Metropolis蒙特卡罗方法到深度生成模型。由于新药物设计产生易于获得的药物样分子的历史局限性，我们强调了每个类别的合成可及性努力以及为验证所提出的框架所采取的基准策略。链接网址：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.4c00247DOI：https://doi.org/10.1021/acs.jcim.4c002474.【药物再利用】从零开始开发新药的漫长而昂贵的过程，加上高失败率，促使药物再利用/重新定位作为一种更有效和更具成本效益的方法出现。这种方法包括确定现有批准药物的新治疗应用，利用已经收集的广泛的药物相关数据。然而，数据的多样性和异质性，以及已知药物-疾病相互作用的有限可用性，对计算药物设计构成了重大挑战。为了应对这些挑战，本研究引入了EKGDR，这是一种基于端到端知识图的计算药物再利用方法。EKGDR利用药物知识图谱的力量，这是一个药物相关信息的综合存储库，包括已知的药物相互作用和各种分类信息，以及药物的结构分子描述符。EKGDR采用尖端的图表示学习技术——图神经网络，以端到端的方式嵌入药物知识图(节点和关系)。通过这样做，EKGDR可以有效地学习药物-疾病相互作用背后的潜在原因(意图)，并沿着不同的多跳邻居路径(关系路径)递归地聚合和组合节点之间的关系消息。该过程生成疾病和药物节点的表示，使EKGDR能够以端到端的方式预测每种药物-疾病对的相互作用概率。结果表明，EKGDR在三个评价指标上均优于之前的模型:接收者工作特征曲线下面积(AUROC = 0.9475)、精确度-召回率曲线下面积(AUPRC = 0.9490)和前200个推荐的召回率(Recall@200 = 0.8315)。为了进一步验证EKGDR的有效性，我们评估了针对阿尔茨海默病和帕金森病推荐的前20种候选药物。链接网址：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.3c01925DOI：https://doi.org/10.1021/acs.jcim.3c019255.【SARS-CoV-2】DNA编码文库(DEL)技术以其快速构建和反褶积能力而备受关注。我们的研究探索了一种新的策略，使用为SARS-CoV-2木瓜蛋白酶量身定制的理性DELs，发现了新的片段。del筛选后的结构变化模拟了传统药物化学先导优化。我们揭示了独特的芳香结构，提供了另一种优化路径。值得注意的是，我们发现了针对BL2凹槽的优质结合片段。衍生物16的IC50值为0.25 μM，是最有前途的。衍生物6的IC50值为2.91 μM，其芳香片段被萘片段盖住。分子模型揭示了与Lys157残基的氢键相互作用以及与附近氨基酸残基的潜在共价相互作用。这项研究强调了DEL在针对SARS-CoV-2蛋白酶的基于片段的药物发现方面的潜力。链接网址：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acsmedchemlett.4c00069DOI：https://doi.org/10.1021/acsmedchemlett.4c000696.【AlphaFold2】非特异性过氧酶(UPOs)是一种真菌酶，因其利用H2O2进行多种氧化官能化反应的能力而受到广泛关注。与其他加氧酶不同，upo不需要额外的还原等价物或电子转移链，从而使基础和应用研究复杂化。然而，UPO通常表现出低或无异种生产水平，迄今为止仅通过晶体学确定了四种UPO结构，限制了它们的用途并阻碍了研究。为了克服这一瓶颈，我们实施了一个工作流程，将PROSS稳定性设计应用于10个独特和多样化的upo的AlphaFold2模型结构，然后进行信号肽重组以实现异源生产。在毕赤酵母中产生了九种功能性UPOs，包括顽固性CciUPO和三种来自卵菌的UPOs，这是第一个通过实验表征的非真菌UPOs。我们的结论是，新的建模和设计工作流程的高精度和可靠性极大地扩展了酶的基础和应用研究。链接网址：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acscatal.4c00883DOI：https://doi.org/10.1021/acscatal.4c00883上下滚动查看更多药企动态2023年3月16日【默沙东】默沙东 HIF-2α抑制剂在华申报上市2023年3月15日【Madrigal Pharmaceuticals】全球首款NASH疗法问世！Madrigal新药获批2023年3月15日【百济神州】百济神州「替雷利珠单抗」获FDA批准上市2023年3月14日【阿斯利康】10.5亿美元！阿斯利康收购罕见病疗法公司2023年3月13日【勃林格殷格翰】勃林格殷格翰与上海莱士达成重磅合作，携手开发血友病创新药物2023年3月13日【嘉和生物】嘉和生物CDK4/6抑制剂新适应症申报上市各动态具体信息，请滑动下方文字1.【默沙东】3月16日，CDE网站显示，默沙东的Belzutifan片在华申报上市，今年2月，该药物已被CDE纳入优先审评，适应症为von Hippel-Lindau（VHL）病相关肾细胞癌（RCC）、中枢神经系统（CNS）血管母细胞瘤或胰腺神经内分泌肿瘤（pNET）。链接网址请戳我2.【Madrigal Pharmaceuticals】3月15日凌晨，生物医药公司Madrigal Pharmaceuticals研发的药物Resmetirom获FDA批准，用于治疗代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH，曾称为NASH）成人患者，这是全球首款获批上市的MASH药物。链接网址请戳我3.【百济神州】3月15日，百济神州宣布，FDA 已批准百济神州 PD-1抑制剂替雷利珠单抗Tislelizumab(Tevimbra) 上市，用于治疗既往经系统化疗后不可切除、局部晚期或转移性食管鳞状细胞癌（ESCC）成年患者。链接网址请戳我4.【阿斯利康】3月14日，阿斯利康宣布已与Amolyt Pharma达成最终协议，将在“cash and debt free”基础上，以最高10.5亿美元的总价收购Amolyt所有已发行股票，这包括8亿美元预付款以及2.5亿美元特定里程碑付款。链接网址请戳我5.【勃林格殷格翰】2024年3月13日，研发驱动的全球领先生物制药企业勃林格殷格翰今天宣布与上海莱士血液制品有限公司（以下简称“上海莱士”）达成一项重磅合作：位于上海的勃林格殷格翰生物药业（中国）有限公司（以下简称“勃林格殷格翰中国生物制药”）将为上海莱士旗下血友病创新药物SR604注射液提供工艺转移及临床生产制造服务，致力于通过国际一流CDMO平台转化为优质终端产品，助力中国创新走向海外，惠及全球患者。链接网址请戳我6.【嘉和生物】3月13日，CDE官网显示，嘉和生物盐酸来罗西利片（GB491，Lerociclib）新适应症上市申请获受理。根据临床试验进展，推测适应症为一线治疗HR+/HER2-乳腺癌 HER2-乳腺癌。此前2023年3月，来罗西利与氟维司群联用二线治疗HR+/HER2-乳腺癌 HER2-乳腺癌的上市申请已获CDE受理。链接网址请戳我上下滚动查看更多会议信息2024年3月21-22日上海恺默信息咨询有限公司举办SIT 2024第六届小分子药物创新与合作大会2024年3月21-22日上海恺默信息咨询有限公司举办PDD 2024多肽药物产业发展大会2024年4月18-19日举办第四届I-RNA小核酸药物深度聚焦峰会2024年6月27-28日举办上海求实医药咨询有限公司ING 2024第七届免疫及基因治疗论坛各会议具体详情和参会方式，请滑动下方文字SIT 2024第六届小分子药物创新与合作大会主办方：上海恺默信息咨询有限公司会议时间：2024年3月21日-22日会议地点：上海会议主旨：峰会议题跨越小分子药物研发的热点领域，一览当下化学创新药研发新动向，致力于打破行业的封闭循环，破除行业内卷，助推创新多元发展！一切尽在小分子药物的年度产业大会！链接网址请戳我PDD 2024多肽药物产业发展大会主办方：上海恺默信息咨询有限公司会议时间：2024年3月21日-22日会议地点：上海会议主旨：共谈多肽减重药物、多肽药物的法规与申报、开发案例与趋势、CMC 各个环节中的难点与挑战。力求为多肽企业致力于多肽药物研究的专家及科研人员提供一个深度的思想碰撞及经验分享平台。链接网址请戳我第四届I-RNA小核酸药物深度聚焦峰会会议时间：2024年4月18日-19日会议地点：苏州会议主旨：破解递送挑战与CMC难点，汇聚最新临床进展与热门研发方向；构建小核酸药物专属交流平台，打造产业闭环，推动国产小核酸药物产业化进程。链接网址请戳我ING 2024第七届免疫及基因治疗论坛主办方：上海求实医药咨询有限公司会议时间：2024年6月27日-28日会议地点：北京会议主旨：聚焦CGT领域开发的核心问题，破除技术壁垒，推动产业不断前进，开启生物医药产业下一个风口！链接网址请戳我上下滚动查看更多版权信息本文内容均由小编收集于公开的各个网络平台，发布的目的仅为了方便大家一站式了解AIDD行业信息，并未对发布源头进行真实性验证。如您发现相关信息有任何版权侵扰或者信息错误，请及时联系AIDD Pro（请添加微信号sixiali_fox59）进行删改处理。原创内容未经授权，禁止转载至其他平台。有问题可发邮件至sixiali@stonewise.cn关注我，更多资讯早知道↓↓↓

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